Name: high-resolution mapping of protein-dna interactions in mouse stem cell-derived neurons using chromatin immunoprecipitation-exonuclease (chip-exo)
Uploaded: 2020-08-14T16:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo at JoVE.com

نشكر عضو مختبر ري على تبادل البيانات غير المنشورة والمناقشات القيمة. وقد تم دعم هذا العمل من قبل مجلس البحوث الطبيعية والهندسية في كندا (NSERC) منحة RGPIN-2018-06404 (H.R.).

ملاحظة: ينصح بالماء المقطر أوتومكسيد و deionized (ddH2O) لصنع المخازن المؤقتة وخلطات رد الفعل الرئيسية. تصف الأقسام 1-4 تحلل الخلايا و sonication، وتصف الأقسام 5−7 التحلل المناعي للكروماتين (ChIP)، وتصف الأقسام 8−11 التفاعلات الأنزيمية على الخرز، ويصف القسمان 12 و13 elution ChIP وتنقية الحمض النووي، وتصف ال...

<ol>
	<li>Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+in+vivo+protein-DNA+interactions.">Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions.</a> Science. 316 (5830), 1497-1502 (2007).</li><li>Patten, D. K., Corleone, G., Magnani, L., A, J. e. l. t. s. c. h., Rots, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenome+Editing:+Methods+and+Protocols.">Epigenome Editing: Methods and Protocols.</a> Methods in Molecular Biology. 1767, 271-288 (2018).</li><li>Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., Carroll, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+Illumina-based+ChIP-exonuclease+method+provides+insight+into+FoxA1-DNA+binding+properties.">Development of an Illumina-based ChIP-exonuclease method provides insight into FoxA1-DNA binding properties.</a> Genome Biology. 14 (12), 147 (2013).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution.">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-exo+method+for+identifying+genomic+location+of+DNA-binding+proteins+with+near-single-nucleotide+accuracy.">ChIP-exo method for identifying genomic location of DNA-binding proteins with near-single-nucleotide accuracy.</a> Current Protocols in Molecular Biology. Chapter 21, 21-24 (2012).</li><li>Starick, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-exo+signal+associated+with+DNA-binding+motifs+provides+insight+into+the+genomic+binding+of+the+glucocorticoid+receptor+and+cooperating+transcription+factors.">ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provides insight into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors.</a> Genome Research. 25 (6), 825-835 (2015).</li><li>Han, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-Wide+Organization+of+GATA1+and+TAL1+Determined+at+High+Resolution.">Genome-Wide Organization of GATA1 and TAL1 Determined at High Resolution.</a> Molecular and Cellular Biology. 36 (1), 157-172 (2016).</li><li>Rhee, H. S., Bataille, A. R., Zhang, L. Y., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subnucleosomal+Structures+and+Nucleosome+Asymmetry+across+a+Genome.">Subnucleosomal Structures and Nucleosome Asymmetry across a Genome.</a> Cell. 159 (6), 1377-1388 (2014).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+structure+and+organization+of+eukaryotic+pre-initiation+complexes.">Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes.</a> Nature. 483 (7389), 295-301 (2012).</li><li>Zhou, X. F., Yan, Q., Wang, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+regulon+of+a+GntR+family+regulator+via+transcriptome+and+ChIP-exo+analyses+and+its+contribution+to+virulence+in+Xanthomonas+citri.">Deciphering the regulon of a GntR family regulator via transcriptome and ChIP-exo analyses and its contribution to virulence in Xanthomonas citri.</a> Molecular Plant Pathology. 18 (2), 249-262 (2017).</li><li>Kim, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems+assessment+of+transcriptional+regulation+on+central+carbon+metabolism+by+Cra+and+CRP.">Systems assessment of transcriptional regulation on central carbon metabolism by Cra and CRP.</a> Nucleic Acids Research. 46 (6), 2901-2917 (2018).</li><li>Niu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+genome-wide+binding+interactions+of+mouse+and+human+constitutive+androstane+receptors+reveal+novel+gene+targets.">In vivo genome-wide binding interactions of mouse and human constitutive androstane receptors reveal novel gene targets.</a> Nucleic Acids Research. 46 (16), 8385-8403 (2018).</li><li>Uuskula-Reimand, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topoisomerase+II+beta+interacts+with+cohesin+and+CTCF+at+topological+domain+borders.">Topoisomerase II beta interacts with cohesin and CTCF at topological domain borders.</a> Genome Biology. 17, (2016).</li><li>Rhee, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+Terminal+Effector+Genes+in+Mammalian+Neurons+Is+Maintained+by+a+Dynamic+Relay+of+Transient+Enhancers.">Expression of Terminal Effector Genes in Mammalian Neurons Is Maintained by a Dynamic Relay of Transient Enhancers.</a> Neuron. 92 (6), 1252-1265 (2016).</li><li>Pugh, B. F., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+Organization+of+Human+Transcription+Initiation+Complexes.">Genomic Organization of Human Transcription Initiation Complexes.</a> Plos One. 11 (2), (2016).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATF4+Gene+Network+Mediates+Cellular+Response+to+the+Anticancer+PAD+Inhibitor+YW3-56+in+Triple-Negative+Breast+Cancer+Cells.">ATF4 Gene Network Mediates Cellular Response to the Anticancer PAD Inhibitor YW3-56 in Triple-Negative Breast Cancer Cells.</a> Molecular Cancer Therapeutics. 14 (4), 877-888 (2015).</li><li>Barfeld, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=c-Myc+Antagonises+the+Transcriptional+Activity+of+the+Androgen+Receptor+in+Prostate+Cancer+Affecting+Key+Gene+Networks.">c-Myc Antagonises the Transcriptional Activity of the Androgen Receptor in Prostate Cancer Affecting Key Gene Networks.</a> Ebiomedicine. 18, 83-93 (2017).</li><li>McHaourab, Z. F., Perreault, A. A., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+and+ChIP-exo+profiling+of+Pol+II,+H2A.Z,+and+H3K4me3+in+human+K562+cells.">ChIP-seq and ChIP-exo profiling of Pol II, H2A.Z, and H3K4me3 in human K562 cells.</a> Scientific Data. 5, 180030 (2018).</li><li>Perreault, A. A., Sprunger, D. M., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+and+transcriptional+profiling+of+triple+negative+breast+cancer.">Epigenetic and transcriptional profiling of triple negative breast cancer.</a> Scientific Data. 6, 190033 (2019).</li><li>Rossi, M. J., Lai, W. K. M., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+ChIP-exo+assays.">Simplified ChIP-exo assays.</a> Nature Communications. 9 (1), 2842 (2018).</li><li>Perreault, A. A., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ChIP-exo+Method:+Identifying+Protein-DNA+Interactions+with+Near+Base+Pair+Precision.">The ChIP-exo Method: Identifying Protein-DNA Interactions with Near Base Pair Precision.</a> Journal of Visualized Experiments. (118), (2016).</li><li>Jezek, M., Jacques, A., Jaiswal, D., Green, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+Immunoprecipitation+(ChIP)+of+Histone+Modifications+from+Saccharomyces+cerevisiae.">Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae.</a> Journal of Visualized Experiments. (130), (2017).</li><li>Terranova, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Integrated+Platform+for+Genome-wide+Mapping+of+Chromatin+States+Using+High-throughput+ChIP-sequencing+in+Tumor+Tissues.">An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues.</a> Journal of Visualized Experiments. (134), (2018).</li><li>Pchelintsev, N. A., Adams, P. D., Nelson, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Critical+Parameters+for+Efficient+Sonication+and+Improved+Chromatin+Immunoprecipitation+of+High+Molecular+Weight+Proteins.">Critical Parameters for Efficient Sonication and Improved Chromatin Immunoprecipitation of High Molecular Weight Proteins.</a> PLos One. 11 (1), (2016).</li><li>Yamada, N., Lai, W. K. M., Farrell, N., Pugh, B. F., Mahony, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+protein-DNA+binding+event+subtypes+in+ChIP-exo+data.">Characterizing protein-DNA binding event subtypes in ChIP-exo data.</a> Bioinformatics. 35 (6), 903-913 (2019).</li><li>Yen, K., Vinayachandran, V., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SWR-C+and+INO80+chromatin+remodelers+recognize+nucleosome-free+regions+near++1+nucleosomes.">SWR-C and INO80 chromatin remodelers recognize nucleosome-free regions near +1 nucleosomes.</a> Cell. 154 (6), 1246-1256 (2013).</li><li>Vinayachandran, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+and+precise+reprogramming+of+yeast+protein-genome+interactions+in+response+to+heat+shock.">Widespread and precise reprogramming of yeast protein-genome interactions in response to heat shock.</a> Genome Research. , (2018).</li></ol>

في هذا البروتوكول، يتم استخدام ChIP متبوعاً بعملية الهضم exonuclease للحصول على مكتبات الحمض النووي لتحديد التفاعلات البروتين والحمض النووي في خلايا الثدييات في دقة رسم الخرائط عالية جداً. العديد من المتغيرات تساهم في جودة تجربة ChIP-exo. المعلمات التجريبية الحرجة تشمل نوعية الأجسام المضادة، الأم?...

توفر مواقع تفاعلات البروتين والحمض النووي نظرة ثاقبة على آليات تنظيم الجينات. وقد استخدمت كروماتين المناعي إلى جانب تسلسل عالية الإنتاجية (ChIP-eq) لعقد من الزمن لدراسة التفاعلات على نطاق الجينوم البروتين والحمض النووي في الخلايا الحية1,2. ومع ذلك، فإن طريقة ChIP-seq محدودة بسبب التغايرية في تجزئة الحمض النووي وتلوث الحمض النووي غير المقيد الذي يؤدي إلى دقة رسم خرائط منخفضة، وإيجابيات كاذبة، ومكالمات لم يتم الحصول عليها، وإشارة خلفية غير محددة. مزيج من ChIP مع الهضم exonuclease (ChIP-exo) يحسن على طريقة ChIP-seq عن طريق تقليم الحمض النووي ChIP إلى نقاط الربط بين البروتين والحمض النووي، وتوفير قرب قاعدة القرار زوج وإشارة خلفية منخفضة3،4،5. قرار رسم الخرائط المحسن بشكل كبير والخلفية المنخفضة التي يوفرها ChIP-exo تسمح بتحديد مواقع ربط البروتين والحمض النووي الدقيقة والشاملة عبر الجينوم. ChIP-exo قادرة على الكشف عن زخارف متميزة وظيفيا الحمض النووي ملزمة، والتفاعلات التعاونية بين عوامل النسخ (TF)، ومتعددة مواقع ربط البروتين والحمض النووي في موقع معين ملزم الجينوم، لا يمكن الكشف عنها من قبل طرق أخرى لرسم الخرائط الجينومية3،4،6،7.
تم استخدام ChIP-exo في البداية في الخميرة الناشئة لفحص ربط الحمض النووي للتسلسل المحدد من TFs ، لدراسة التنظيم الدقيق لمجمع النسخ قبل البدء ، وبنية النوية الفرعية للستونات الفردية عبر الجينوم4،8،9. منذ إدخالها في 20114، تم استخدام ChIP-exo بنجاح في العديد من الكائنات الحية الأخرى بما في ذلك البكتيريا والفئران والخلايا البشرية7،10،11،12،13،14،15،16،17. في عام 2016 ، استخدم Rhee etal. 14 ChIP-exo في الخلايا العصبية الثديية لأول مرة لفهم كيفية الحفاظ على التعبير الجيني العصبي بعد التنظيم الهابط للبرمجة TF Lhx3 ، والتي تشكل مجمع heterodimer مع برمجة أخرى TF Isl1. وأظهرت هذه الدراسة أنه في غياب Lhx3، Isl1 يتم تجنيدها إلى معززات الخلايا العصبية الجديدة ملزمة Onecut1 TF للحفاظ على التعبير الجيني للجينات أثر الخلايا العصبية. في هذه الدراسة، كشف ChIP-exo كيف أن العديد من TFs تتعرف بشكل حيوي على نوع الخلية والعناصر التنظيمية للحمض النووي الخاصة بالمرحلة الخاصة بالخلايا بطريقة الجمع بين النوكليوتيدات القريبة من دقة رسم الخرائط. واستخدمت دراسات أخرى أيضا طريقة ChIP-exo لفهم التفاعل بين البروتينات والحمض النووي في خطوط خلايا الثدييات الأخرى. استخدم Han etal. 7 ChIP-exo لفحص تنظيم على نطاق الجينوم لـ GATA1 و TAL1 TFs في خلايا erythroid الماوس باستخدام ChIP-exo. وجدت هذه الدراسة أن TAL1 يتم تجنيده مباشرة إلى الحمض النووي بدلا من غير مباشر من خلال التفاعلات البروتين البروتينية مع GATA1 في جميع أنحاء التمايز erythroid. كما استخدمت الدراسات الحديثة ChIP-exo لتحديد مواقع الربط على نطاق الجينوم من مركز الـ CTCF، RNA Polymerase II، وعلامات Histone لدراسة الآليات الجينومية والنسخية في خطوط الخلايا البشرية18،19.
هناك عدة إصدارات من بروتوكول ChIP-exo متاح3،5،20. ومع ذلك، هذه البروتوكولات ChIP-exo يصعب متابعة للأبحاث الذين ليسوا على دراية إعداد مكتبة تسلسل الجيل التالي. تم نشر نسخة ممتازة من بروتوكول ChIP-exo مع تعليمات سهلة المتابعة والفيديو21، ولكنها تضمنت العديد من الخطوات الأنزيمية التي تتطلب قدرا كبيرا من الوقت لإكمال. هنا نقوم بالإبلاغ عن نسخة جديدة من بروتوكول ChIP-exo يحتوي على خطوات انزيمية مخفضة وأوقات حضانة، وتفسيرات لكل خطوة انزيمية21. يتم الجمع بين إصلاح نهاية وdA-الذيل التفاعلات في خطوة واحدة باستخدام نهاية الإنزيم الإعدادية. يتم تقليل أوقات الحضانة لمؤشر والخطوات الربط محول عالمي من 2 ساعة إلى 15 دقيقة باستخدام محسن الربط. يتم إزالة رد فعل kinase بعد الخطوة ربط محول الفهرس الموضحة في بروتوكول ChIP-exo السابقة. بدلا من ذلك، يتم إضافة مجموعة الفوسفات أثناء تخليق الحمض النووي القلوي إلى واحدة من 5 'نهايات من محول مؤشر (الجدول 1) ، والتي سوف تستخدم لخطوة الهضم exonuclease لامدا. في حين أن بروتوكول ChIP-exo السابق استخدم هضم RecJf exonuclease للقضاء على ملوثات الحمض النووي التي تقطعت بها السبل واحدة ، تتم إزالة خطوة الهضم هذه هنا لأنها ليست حاسمة لجودة مكتبة ChIP-exo. وبالإضافة إلى ذلك، لتنقية الحمض النووي العكسي crosslinked بعد elution ChIP، يتم استخدام طريقة تنقية الخرز المغناطيسي بدلا من طريقة استخراج الفينول: الكلوروفورم:ايساميل الكحول (PCIA). وهذا يقلل من وقت حضانة استخراج الحمض النووي. الأهم من ذلك، فإنه يزيل غالبية خافمات محول شكلت أثناء ربط محول مؤشر، والتي قد تؤثر على كفاءة PCR بوساطة الربط.
تم تحسين بروتوكول ChIP-exo المعروض هنا للكشف عن تفاعلات دقيقة للبروتين والحمض النووي في الخلايا العصبية الثديية المتمايزة عن خلايا الجذع الجنينية الفأر (ES). لفترة وجيزة، يتم حصادها والخلايا العصبية crosslinked lysed، للسماح chromatin أن يتعرض ل sonication، ثم سونيكاتيد بحيث يتم الحصول على شظايا الحمض النووي الحجم المناسب (الشكل 1). ثم يتم استخدام الخرز المغلفة بالأجسام المضادة للتشخيط المناعي بشكل انتقائي مجزأ ، الكروماتين القابل للذوبان إلى البروتين الذي يثير الاهتمام. في حين أن الحمض النووي المناعي لا يزال على الخرز ، يتم تنفيذ الإصلاح النهائي ، وربط محولات التسلسل ، رد فعل التعبئة و 5 ' إلى 3 ' لامدا خطوات الهضم exonuclease. خطوة الهضم exonuclease هو ما يعطي ChIP-exo لها دقة عالية جدا وارتفاع نسبة الإشارة إلى الضوضاء. لامدا exonuclease تقليم الحمض النووي المناعي عدد قليل من أزواج قاعدة (bp) من موقع crosslinking، مما تسبب في تحلل الحمض النووي الملوث. يتم استخلاص الحمض النووي ChIP المعالج من الخرز المغلف بالأجسام المضادة ، ويتم عكس الروابط المتقاطعة بين البروتين والحمض النووي ، ويتم تحلل البروتينات. يتم استخراج الحمض النووي وتحريفه إلى الحمض النووي ChIP الذي تقطعت به السبل، يليه الوَحن التمهيدي والامتداد لصنع الحمض النووي المزدوج (DsDNA). بعد ذلك، يتم تنفيذ ربط محول عالمي إلى نهايات المعالجة exonuclease. يتم تنقية الحمض النووي الناتج، ثم تضخيم PCR، هلام تنقية، وتخضع لتسلسل الجيل القادم.
بروتوكول ChIP-exo أطول من بروتوكول ChIP-seq، ولكن لا يشكل تحدياً تقنياً للغاية. يمكن إخضاع أي الحمض النووي ChIP المثبط المناعي بنجاح لـ ChIP-exo ، مع العديد من الخطوات الأنزيمية الإضافية. المزايا البارزة لـ ChIP-exo، مثل دقة رسم الخرائط العالية للغاية، وإشارة الخلفية المنخفضة، وانخفاض الإيجابيات والسلبيات الكاذبة، فيما يتعلق بمواقع الربط الجينومي، تفوق التكلفة الزمنية.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Agarose, UltraPure</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >16500</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Albumin, Bovine Serum (BSA), Protease Free, Heat Shock Isolation, Min. 98%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >ALB003</td>
			<td >Blocking Solution</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Antibody against Isl1</td>
			<td >DSHB</td>
			<td >39.3F7</td>
			<td >Antibody incuation with beads (Section 5.6)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Bioruptor Pico&#160;</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >B01060010</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Bovine serum albumin (BSA), Molecular Biology Grade</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >B9000S</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge 5424 R</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5404000138</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.5), Checking Sonication (Section 4.3.1, 4.3.3 and 4.3.4)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge 5804 R</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22623508</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3), Cell lysis (Section 2.2 and 2.3), Sonicating Chromatin (Section 3.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td >Roche</td>
			<td >4693159001</td>
			<td >Added to all buffers, except Proteinase K buffer and ChIP Elution buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >N0440S</td>
			<td >dA-Tailing Reaction (Section 15.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxycholic Acid Sodium Salt</td>
			<td >fisher scientific</td>
			<td >BP349</td>
			<td >Lysis Buffer 3, High Salt Wash Buffer and LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dNTP Mix, Molecular Biology Grade</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >R0192</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DreamTaq Green PCR Master Mix, 2x&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >K1081</td>
			<td >Ligation-Mediated PCR (Section 18.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >EDTA, 0.5 M, Sterile Solution, pH 8.0</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >EDT111</td>
			<td >Lysis Buffer 1-3, Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer, LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ethyl Alcohol Anhydrous, 100%</td>
			<td >Commercial alcohols</td>
			<td >P006EAAN</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Formaldehyde, 36.5-38%, contains 10-15% methanol</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >F8775</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycerol, Reagent Grade, min 99.5%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >GLY002</td>
			<td >Lysis Buffer 1</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycine, Biotechnology Grade, min. 99%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >GLN001</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycogen, RNA Grade</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >R0551</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HEPES, 1 M Sterile-filtered Solution, pH 7.3&#160;</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >HEP003</td>
			<td >Lysis Buffer 1, High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3-&#62;5 exo-)</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0212S</td>
			<td >dA-Tailing Reaction (Section 15.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Lambda exonuclease</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0262S</td>
			<td >Lambda Exonuclease Digestion on Beads (Section 11.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ligase Enhancer</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7645S</td>
			<td >NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ligase Master Mix</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7645S</td>
			<td >NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Lithium Chloride (LiCl), Reagent grade</td>
			<td >Bioshop</td>
			<td >LIT704</td>
			<td >LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic beads for ChIP (Dynabeads Protein G)</td>
			<td >Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP)</td>
			<td >Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP)</td>
			<td >Antibody incubation with beads (Section 5)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic beads for DNA purification (AMPure XP Beads)</td>
			<td >Beckman Coulter</td>
			<td >A63880</td>
			<td >DNA Extraction (Section 13.3) and DNA Clean-up (Section 17.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic rack (DynaMag-2 Magnet)</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >12321D</td>
			<td >Used in many steps in Sections: 5 - 11, 13</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MinElute Gel Extraction Kit</td>
			<td >Qiagen&#160;</td>
			<td >28604</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >N-Lauroylsarcosine sodium salt solution, 30% aqueous solution, &#8805;97.0% (HPLC)</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >61747</td>
			<td >Lysis Buffer 3</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Octylphenol Ethoxylate (IGEPAL CA630)</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >NON999</td>
			<td >Lysis Buffer 1 and LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol, Biotechnology Grade (25:24:1)</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >PHE512</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phi29 DNA Polymerase</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0269L</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.3 and 14.4)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Phosphate-Buffered Saline (PBS), 1x&#160;</td>
			<td >Corning</td>
			<td >21040CV</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3) and Sonicating Chromatin (Section 3.1), Antibody incuation with beads (Section 5.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PowerPac Basic Power Supply</td>
			<td >BioRad</td>
			<td >1645050</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ProFlex PCR System</td>
			<td >Applied Biosystems</td>
			<td >ProFlex PCR System</td>
			<td >Used in Sections: 14.2, 14.4, 15.2, 16.2 and 18.2</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein LoBind Tube, 2.0 mL&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431102</td>
			<td >Antibody Incubation with Beads (Section 5.2) and Chromatin Immunoprecipitation (Section 6.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Proteinase K Solution, RNA Grade</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >25530049</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.2) and Elution and Reverse Crosslinking (Section 12.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit 4.0 Fluorometer</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >Q33226</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quibit dsDNA BR assay kit</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >Q32853</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rnase A, Dnase and Protease-free</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >EN0531</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.2) and DNA Extraction (Section 13.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium chloride (NaCl), BioReagent&#160;</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >S5886</td>
			<td >Lysis Buffer 1-3, High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), Electrophoresis Grade</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >SDS001</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sonication beads and 15 mL Bioruptor Tubes</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C01020031</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.1 and 3.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ThermoMixer F1.5&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5384000020</td>
			<td >Section 4.2, 4.3.2, 4.3.5, 8.2, 9.2, 10.3, 11.2, 12.2, 12.3, 13.2 and 16.2</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 7.4</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >T2194</td>
			<td >10 mM Tris-HCl Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 8.0</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >T2694</td>
			<td >Lysis Buffer 2, Lysis Buffer 3, Checking Sonication (Section 4.1), LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (24 rxn -&#62; 120 rxn)</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7546S</td>
			<td >End Prep Reaction mix and End Prep Enzyme mix. End-repair and dA-Tailing Reaction on Beads (Section 8.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >VWR Mini Tube Rocker, Variable Speed</td>
			<td >VWR</td>
			<td >10159-752</td>
			<td >Used in many steps in sections: 1, 2, 5, 6 and 7</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol, Triton X-100, Reagent Grade</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >TRX506</td>
			<td >Lysis Buffer 1, Sonicating Chromatin (Section 3.4) and High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-resolution mapping of protein-dna interactions in mouse stem cell-derived neurons using chromatin immunoprecipitation-exonuclease (chip-exo)

تحديد تفاعلات محددة البروتين والحمض النووي على الجينوم مهم لفهم تنظيم الجينات. يستخدم على نطاق واسع Chromatin المناعية إلى جانب تسلسل عالية الإنتاجية (ChIP-seq) لتحديد مواقع الربط على نطاق الجينوم من البروتينات التي تُربط الحمض النووي. ومع ذلك، فإن أسلوب ChIP-seq محدود من خلال عدم تجانسه في طول شظايا الحمض النووي سونيكاتيد والحمض النووي الخلفية غير محددة، مما يؤدي إلى انخفاض دقة رسم الخرائط وعدم اليقين في مواقع ربط الحمض النووي. للتغلب على هذه القيود ، فإن الجمع بين ChIP مع الهضم exonuclease (ChIP -exo) يستخدم 5 'إلى 3' هضم exonuclease لتقليم الحمض النووي غير المتجانسة الحجم المناعي إلى موقع الربط عبر الحمض النووي البروتين. العلاج exonuclease يزيل أيضا الحمض النووي الخلفية غير محددة. ويمكن إرسال الحمض النووي المعد للمكتبة والمهضم من قبل المكتبات لتسلسل عالي الإنتاجية. يسمح أسلوب ChIP-exo بدقة تعيين زوج قاعدة قريبة مع حساسية الكشف أكبر وإشارة خلفية مخفضة. ويرد أدناه وصف لبروتوكول ChIP-exo الأمثل لخلايا الثدييات وتسلسل الجيل التالي.

الشكل 2A يوضح نتائج سونيكيشن بعد تحلل الخلية و sonication، مع دورات مختلفة، من الخلايا العصبية الحركية التي تختلف عن خلايا ES الماوس. العدد الأمثل لدورات سونيكيشن (على سبيل المثال، 12 دورة في الشكل 2A)ولدت كثافة الحمض النووي قوية في 100-400 شظايا الحمض النووي BP. تعتمد م?...

Watch this Scientific Journal Video about High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo at JoVE.com

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo

ومن المهم تحديد المواقع التي تربط البروتينات عبر الجينوم بدقة لفهم تنظيم الجينات. هنا نصف طريقة رسم الخرائط الجينومية التي تعالج الحمض النووي المنامونة مناعية الكروماتين مع الهضم exonuclease (ChIP-exo) تليها تسلسل عالية الإنتاجية. هذه الطريقة بالكشف عن البروتين والحمض النووي التفاعلات مع قرب قاعدة زوج قرار رسم الخرائط وارتفاع نسبة الإشارة إلى الضوضاء في الخلايا العصبية الثديية.

رسم خرائط عالية الدقة للتفاعلات البروتينية-الحمض النووي في الخلايا العصبية المشتقة من الخلايا الجذعية الماوس باستخدام Chromatin immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Identification of specific protein-DNA interactions on the genome is important for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation coupled ...

The main advantage of our ChIP-exo method is the improved mapping resolution of protein DNA interactions in the cell compared to the conventional chromatin immunoprecipitation method. To prepare protein G magnetic beads for ChIP, mix the magnetic beads until homogeneous. Then add 25 microliters of the magnetic beads to a two milliliter protein low bind tube.Add one milliliter of blocking solution to the beads. Mix well by pipetting, then place the tube on a magnetic rack for one minute. Once the supernatant is clear, remove it.Next, add one milliliter of blocking solution to the beads. Place the tube on a rocking platform at four degrees Celsius and rock for 10 minutes, then briefly spin the tube. Place the tube on the magnetic rack and remove the supernatant.Add 500 microliters of blocking solution to the magnetic beads. Briefly spin the antibody against Islet-1, then add four micrograms of the antibody to the tube containing the magnetic beads. Place the tube containing magnetic beads and Islet-1 antibody on a rocking platform at four degrees Celsius and rock for six to 24 hours.To begin the chromatin immunoprecipitation, wash the antibody-coated beads in one milliliter of blocking solution. Place the tube containing the antibody-coated beads on a rocking platform at four degrees Celsius for five minutes. After briefly spinning, place the tube on a magnetic rack and remove the supernatant.Resuspend the antibody-coated beads in 50 microliters of blocking solution. Add one milliliter of sonicated lysates to the antibody-coated beads, then incubate the sample on a rocking platform at four degrees Celsius overnight. After allowing the sample to incubate overnight, collect liquid from the cap by briefly spinning the tube, then place the tube on a magnetic rack.And after one minute, remove the supernatant carefully with a pipette. Next, perform a series of washes as follows. Add one milliliter of cold wash buffer containing CPI to the sample.Mix the sample on a rocking platform at four degrees Celsius for five minutes. Briefly spin the sample tube, then place on a magnetic rack. After one minute, remove the supernatant with a pipette.For the first enzymatic reaction and repair and DA tailing, add 38 microliters of autoclaved double distilled water to the sample, then add end prep reaction mix and end prep enzyme mix. Mix the contents of the tube by pipetting, then incubate the sample at 20 degrees Celsius for 30 minutes. Next, wash the sample beads with high salt wash buffer, lithium chloride wash buffer, and 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer as described previously.To perform the index adapter ligation, add 27 microliters of cold 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer to the sample. Then add index adapter, ligation enhancer, and ligase master mix. Incubate the sample at 20 degrees Celsius for 15 minutes.Again, wash the sample beads with high salt wash buffer, lithium chloride wash buffer, and 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer. Then add 47 microliters of cold 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer to the sample. To repair the nick in the DNA resulting from the missing phosphodiester bond, add 11.1 microliters of the fill-in mix to the sample.Incubate the sample at 30 degrees Celsius for 20 minutes. After a series of washes, add 50 microliters of cold autoclaved double distilled water to the sample. To digest the ChIP DNA in the five prime to three prime direction, add lambda exonuclease buffer and lambda exonuclease and mix the sample by pipetting.Incubate the sample at 37 degrees Celsius for 30 minutes. After the digestion is complete, repeat the three washes a final time. To elute ChIP sample from the beads, resuspend the sample in 75 microliters of ChIP elution buffer and incubator at 65 degrees Celsius for 15 minutes at 130 times G.Add 2.5 microliters of 20 milligrams per milliliter proteinase K to the sample.Vortex the sample briefly, then incubate overnight at 65 degrees Celsius. Briefly spin the sample and place on a magnetic rack. After one minute, transfer the supernatant to a new 1.5 milliliter tube.Purify and elute the DNA. After purifying the eluted DNA, transfer 16 microliters of the extracted DNA sample to a PCR tube. Add 1.2 microliters of denaturing and primer annealing mix to the sample.Using the program described in table six of the manuscript, denature and anneal primers to the template DNA. Add three microliters of primer extension mix to the sample and run the PCR program described in table seven of the manuscript. Add 4.1 microliters of DA tailing mix to the sample and run the sample using the PCR program in table eight of the manuscript.Then add 21.5 microliters of universal adapter ligation mix to the sample and incubate for 15 minutes at 20 degrees Celsius. Add 29 microliters of LM-PCR mix to the sample, then run the sample using the program from table 10 of the manuscript. Following 18 cycles of LM-PCR, ChIP-exo samples from mouse motor neurons were electrophoresed on a 1.5%agarose gel.The results for ChIP-exo Islet-1 showed amplified DNA libraries around 200 to 400 base pairs indicating that the ChIP-exo libraries were successfully amplified by LM-PCR. The band around 100 base pairs represents artifacts from adapters and PCR primers. The no antibody control demonstrates that non-specific background DNA was digested by the lambda exonuclease treatment.Using ChIP-exo and ChIP-seq, Islet-1 bound locations were identified. The ChIP-exo signal was highly focused at Islet-1 binding sites detecting multiple clustered Islet-1 transcription factor binding patterns. The ChIP-seq signal displayed broader signals indicating that ChIP-exo had higher mapping resolution than ChIP-seq for Islet-1.Multiple transcription factors often bind DNA next to each other as a protein-DNA complex. ChIP-exo allows us to study how multiple transcription factors recognize and regulate target DNA.

Research

JoVE Journal

Genetics

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Mapping RNA-RNA Interactions Globally Using Biotinylated Psoralen

رسم الخرائط التفاعلات رنا-رنا على الصعيد العالمي باستخدام السورالين البيروكسيديز

Knowing how RNAs interact with themselves and with others is key to understanding RNA based gene regulation in the cell. While examples of RNA-RNA ...

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

رسم الخرائط على نطاق الجينوم من التفاعلات البروتين الحمض النووي مع تشيك-سيق في<em&gt; ساكاروميسز سيريفيسياي</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

كروماتين إمونوبريسيبيتاتيون (رقاقة) في الماوس خلايا T- خطوط

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

ريتروفيرال المسح الضوئي: تعيين مواقع تكامل ملف لتحديد المناطق التنظيمية الخاصة بالخلية

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

عالية الدقة الفلورسنت في الموقع التهجين في المورفولوجية الأجنة والأنسجة باستخدام التضخيم الإشارات تيراميدي

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

رسم خرائط الجينوم المنظومة الكروماتين موجوداً في الخلايا الليمفاوية تي البشرية الأولية التي أتاك-Seq

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) is a method used for the identification of open (accessible) regions ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

مروج التقاط مرحبا c: عالية الاستبانة، وعلى نطاق الجينوم التنميط التفاعلات المروج

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

CRISPR-Mediated Reorganization of Chromatin Loop Structure

كريسبر بوساطة إعادة تنظيم هيكل حلقة الكروماتين

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

مقارنة عالية الاستبانة للترددات الاقتران البكتيري

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

الكروماتين المناعية الترسيب الفحص باستخدام النوكلور اتوcleases Micrococcal في خلايا الثدييات

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...