Name: high-resolution mapping of protein-dna interactions in mouse stem cell-derived neurons using chromatin immunoprecipitation-exonuclease (chip-exo)
Uploaded: 2020-08-14T16:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo at JoVE.com

Yayınlanmamış verileri ve değerli tartışmaları paylaştığı için Rhee laboratuvarı üyesine teşekkür ederiz. Bu çalışma Kanada Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) hibe RGPIN-2018-06404 (H.R.) tarafından desteklendi.

NOT: Tamponlar ve reaksiyon ana karışımları yapmak için otomatik kapatılmış damıtılmış ve deiyonize su (ddH2O) önerilir. Bölüm 1−4 hücre lizizini ve sonikasyonu, bölüm 5−7 kromatin immün özürlülüğü (ChIP) tanımlar, bölüm 8−11 boncuklar üzerindeki enzimatik reaksiyonları açıklar, bölüm 12 ve 13 ChIP elution ve DNA saflaştırmayı açıklar ve bölüm 14−19 kütüphane hazırlığını tanımlar.
1. Hücrelerin toplanması ve çapraz ba...

<ol>
	<li>Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+in+vivo+protein-DNA+interactions.">Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions.</a> Science. 316 (5830), 1497-1502 (2007).</li><li>Patten, D. K., Corleone, G., Magnani, L., A, J. e. l. t. s. c. h., Rots, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenome+Editing:+Methods+and+Protocols.">Epigenome Editing: Methods and Protocols.</a> Methods in Molecular Biology. 1767, 271-288 (2018).</li><li>Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., Carroll, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+Illumina-based+ChIP-exonuclease+method+provides+insight+into+FoxA1-DNA+binding+properties.">Development of an Illumina-based ChIP-exonuclease method provides insight into FoxA1-DNA binding properties.</a> Genome Biology. 14 (12), 147 (2013).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution.">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-exo+method+for+identifying+genomic+location+of+DNA-binding+proteins+with+near-single-nucleotide+accuracy.">ChIP-exo method for identifying genomic location of DNA-binding proteins with near-single-nucleotide accuracy.</a> Current Protocols in Molecular Biology. Chapter 21, 21-24 (2012).</li><li>Starick, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-exo+signal+associated+with+DNA-binding+motifs+provides+insight+into+the+genomic+binding+of+the+glucocorticoid+receptor+and+cooperating+transcription+factors.">ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provides insight into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors.</a> Genome Research. 25 (6), 825-835 (2015).</li><li>Han, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-Wide+Organization+of+GATA1+and+TAL1+Determined+at+High+Resolution.">Genome-Wide Organization of GATA1 and TAL1 Determined at High Resolution.</a> Molecular and Cellular Biology. 36 (1), 157-172 (2016).</li><li>Rhee, H. S., Bataille, A. R., Zhang, L. Y., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subnucleosomal+Structures+and+Nucleosome+Asymmetry+across+a+Genome.">Subnucleosomal Structures and Nucleosome Asymmetry across a Genome.</a> Cell. 159 (6), 1377-1388 (2014).</li><li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+structure+and+organization+of+eukaryotic+pre-initiation+complexes.">Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes.</a> Nature. 483 (7389), 295-301 (2012).</li><li>Zhou, X. F., Yan, Q., Wang, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+regulon+of+a+GntR+family+regulator+via+transcriptome+and+ChIP-exo+analyses+and+its+contribution+to+virulence+in+Xanthomonas+citri.">Deciphering the regulon of a GntR family regulator via transcriptome and ChIP-exo analyses and its contribution to virulence in Xanthomonas citri.</a> Molecular Plant Pathology. 18 (2), 249-262 (2017).</li><li>Kim, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems+assessment+of+transcriptional+regulation+on+central+carbon+metabolism+by+Cra+and+CRP.">Systems assessment of transcriptional regulation on central carbon metabolism by Cra and CRP.</a> Nucleic Acids Research. 46 (6), 2901-2917 (2018).</li><li>Niu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+genome-wide+binding+interactions+of+mouse+and+human+constitutive+androstane+receptors+reveal+novel+gene+targets.">In vivo genome-wide binding interactions of mouse and human constitutive androstane receptors reveal novel gene targets.</a> Nucleic Acids Research. 46 (16), 8385-8403 (2018).</li><li>Uuskula-Reimand, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topoisomerase+II+beta+interacts+with+cohesin+and+CTCF+at+topological+domain+borders.">Topoisomerase II beta interacts with cohesin and CTCF at topological domain borders.</a> Genome Biology. 17, (2016).</li><li>Rhee, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+Terminal+Effector+Genes+in+Mammalian+Neurons+Is+Maintained+by+a+Dynamic+Relay+of+Transient+Enhancers.">Expression of Terminal Effector Genes in Mammalian Neurons Is Maintained by a Dynamic Relay of Transient Enhancers.</a> Neuron. 92 (6), 1252-1265 (2016).</li><li>Pugh, B. F., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+Organization+of+Human+Transcription+Initiation+Complexes.">Genomic Organization of Human Transcription Initiation Complexes.</a> Plos One. 11 (2), (2016).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATF4+Gene+Network+Mediates+Cellular+Response+to+the+Anticancer+PAD+Inhibitor+YW3-56+in+Triple-Negative+Breast+Cancer+Cells.">ATF4 Gene Network Mediates Cellular Response to the Anticancer PAD Inhibitor YW3-56 in Triple-Negative Breast Cancer Cells.</a> Molecular Cancer Therapeutics. 14 (4), 877-888 (2015).</li><li>Barfeld, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=c-Myc+Antagonises+the+Transcriptional+Activity+of+the+Androgen+Receptor+in+Prostate+Cancer+Affecting+Key+Gene+Networks.">c-Myc Antagonises the Transcriptional Activity of the Androgen Receptor in Prostate Cancer Affecting Key Gene Networks.</a> Ebiomedicine. 18, 83-93 (2017).</li><li>McHaourab, Z. F., Perreault, A. A., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+and+ChIP-exo+profiling+of+Pol+II,+H2A.Z,+and+H3K4me3+in+human+K562+cells.">ChIP-seq and ChIP-exo profiling of Pol II, H2A.Z, and H3K4me3 in human K562 cells.</a> Scientific Data. 5, 180030 (2018).</li><li>Perreault, A. A., Sprunger, D. M., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+and+transcriptional+profiling+of+triple+negative+breast+cancer.">Epigenetic and transcriptional profiling of triple negative breast cancer.</a> Scientific Data. 6, 190033 (2019).</li><li>Rossi, M. J., Lai, W. K. M., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+ChIP-exo+assays.">Simplified ChIP-exo assays.</a> Nature Communications. 9 (1), 2842 (2018).</li><li>Perreault, A. A., Venters, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ChIP-exo+Method:+Identifying+Protein-DNA+Interactions+with+Near+Base+Pair+Precision.">The ChIP-exo Method: Identifying Protein-DNA Interactions with Near Base Pair Precision.</a> Journal of Visualized Experiments. (118), (2016).</li><li>Jezek, M., Jacques, A., Jaiswal, D., Green, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+Immunoprecipitation+(ChIP)+of+Histone+Modifications+from+Saccharomyces+cerevisiae.">Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae.</a> Journal of Visualized Experiments. (130), (2017).</li><li>Terranova, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Integrated+Platform+for+Genome-wide+Mapping+of+Chromatin+States+Using+High-throughput+ChIP-sequencing+in+Tumor+Tissues.">An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues.</a> Journal of Visualized Experiments. (134), (2018).</li><li>Pchelintsev, N. A., Adams, P. D., Nelson, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Critical+Parameters+for+Efficient+Sonication+and+Improved+Chromatin+Immunoprecipitation+of+High+Molecular+Weight+Proteins.">Critical Parameters for Efficient Sonication and Improved Chromatin Immunoprecipitation of High Molecular Weight Proteins.</a> PLos One. 11 (1), (2016).</li><li>Yamada, N., Lai, W. K. M., Farrell, N., Pugh, B. F., Mahony, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+protein-DNA+binding+event+subtypes+in+ChIP-exo+data.">Characterizing protein-DNA binding event subtypes in ChIP-exo data.</a> Bioinformatics. 35 (6), 903-913 (2019).</li><li>Yen, K., Vinayachandran, V., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SWR-C+and+INO80+chromatin+remodelers+recognize+nucleosome-free+regions+near++1+nucleosomes.">SWR-C and INO80 chromatin remodelers recognize nucleosome-free regions near +1 nucleosomes.</a> Cell. 154 (6), 1246-1256 (2013).</li><li>Vinayachandran, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+and+precise+reprogramming+of+yeast+protein-genome+interactions+in+response+to+heat+shock.">Widespread and precise reprogramming of yeast protein-genome interactions in response to heat shock.</a> Genome Research. , (2018).</li></ol>

Bu protokolde ChIP ve ardından exonuclease sindirimi, memeli hücrelerindeki protein-DNA etkileşimlerinin ultra yüksek haritalama çözünürlüğünde tanımlanması için DNA kütüphaneleri elde etmek için kullanılır. Birçok değişken ChIP-exo deneyinin kalitesine katkıda bulunur. Kritik deneysel parametreler antikorların kalitesini, sonication optimizasyonunu ve LM-PCR döngülerinin sayısını içerir. Bu kritik deneysel parametreler aynı zamanda ChIP-exo deneylerini sınırlayabilir ve aşağıda tartı...

Protein-DNA etkileşimlerinin yerleri gen düzenleme mekanizmaları hakkında fikir sağlar. Kromatin immünorepitasyonu, yüksek verimli dizileme (ChIP-seq) ile birleştiğinde, canlı hücrelerde genom çapındaki protein-DNA etkileşimlerini incelemek için on yıldır1,2. Bununla birlikte, ChIP-seq yöntemi, düşük haritalama çözünürlüğüne, yanlış pozitiflere, cevapsız çağrılara ve spesifik olmayan arka plan sinyaline yol açan DNA parçalanması ve ilişkisiz DNA kirlenmesinde heterojenlik ile sınırlıdır. ChIP'nin exonuclease sindirimi (ChIP-exo) ile kombinasyonu, ChIP DNA'sını protein-DNA çapraz bağlantı noktalarına kırparak, taban çifti çözünürlüğü ve düşük arka plan sinyali 3 ,4,5sağlayarak ChIP-seq yönteminde gelişir. ChIP-exo tarafından sağlanan büyük ölçüde geliştirilmiş haritalama çözünürlüğü ve düşük arka plan, genom genelinde doğru ve kapsamlı protein-DNA bağlama konumlarının belirlenmesini sağlar. ChIP-exo, fonksiyonel olarak farklı DNA bağlayıcı motifleri, transkripsiyon faktörleri (TF) arasındaki işbirliği etkileşimlerini ve belirli bir genomik bağlama konumundaki çoklu protein-DNA çapraz bağlantı alanlarını ortaya çıkarabilir, diğer genomik haritalamayöntemleriyletespit edilemez 3,4,6,7.
ChIP-exo başlangıçta tomurcuklanan mayada TF'lerin diziye özgü DNA bağlamasını incelemek, transkripsiyon öncesi başlatma kompleksinin kesin organizasyonunu ve genom4,8,9boyunca bireysel histonların nükleozomal yapısını incelemek için kullanılmıştır. 2011 yılında piyasaya sürülmesinden bu yana4, ChIP-exo, bakteriler, fareler ve insan hücreleri 7 , 10 , 11 ,12,13,14,15,16,17dahil olmak üzere diğer birçok organizmada başarıyla kullanılmıştır. 2016 yılında Rhee ve ark.14, başka bir programlama TF Isl1 ile heterodimer kompleksi oluşturan TF Lhx3 programlamasının küçültülmesi sonrasında nöronal gen ekspresyonunun nasıl sürdürüldüğünü anlamak için ilk kez memeli nöronlarında ChIP-exo kullandı. Bu çalışma, Lhx3'ün yokluğunda, Isl1'in nöronal efektör genlerin gen ekspresyonunun sürdürülmesi için Onecut1 TF'ye bağlı yeni nöronal arttırıcılara işe alındığını göstermiştir. Bu çalışmada ChIP-exo, birden fazla TF'nin hücre tiplerini ve hücre aşamasına özgü DNA düzenleyici elementleri neredeyse nükleotid haritalama çözünürlüğünde kombinatoryal bir şekilde nasıl dinamik olarak tanıdığını ortaya koydu. Diğer çalışmalar ayrıca diğer memeli hücre hatlarındaki proteinler ve DNA arasındaki etkileşimi anlamak için ChIP-exo yöntemini kullandı. Han ve ark.7, ChIP-exo kullanarak fare eritroid hücrelerinde GATA1 ve TAL1 TF'lerin genom çapındaki organizasyonunu incelemek için ChIP-exo'yu kullandı. Bu çalışma, TAL1'in eritroid farklılaşması boyunca GATA1 ile protein-protein etkileşimleri yoluyla dolaylı olarak değil, doğrudan DNA'ya işe alındığı bulunmuştur. Son çalışmalar ayrıca, insan hücre hatlarındaki epigenomik ve transkripsiyonel mekanizmaları incelemek için CTCF, RNA Polymerase II ve histone izlerinin genom çapındaki bağlama konumlarının profilini çıkarmak için ChIP-exo'yu kullanmıştır18,19.
ChIP-exo protokolünün çeşitli sürümleri vardır3,5,20. Ancak, bu ChIP-exo protokollerini, yeni nesil sıralama kütüphanesi hazırlığına aşina olmayan araştırmalar için takip etmek zordur. ChIP-exo protokolünün mükemmel bir sürümü, takip edilmesi kolay talimatlar ve bir video21ile yayınlandı, ancak tamamlanması için önemli miktarda zaman gerektiren birçok enzymatic adım içeriyordu. Burada chip-exo protokolünün yeni bir sürümünü bildiriyoruz azaltılmış enzymatic adımlar ve kuluçka süreleri ve her enzymatic adım21için açıklamalar . Uç onarımı ve dA-tailing reaksiyonları, uç hazırlık enzimi kullanılarak tek bir adımda birleştirilir. Dizin ve evrensel bağdaştırıcı ligasyon adımları için kuluçka süreleri, ligasyon arttırıcı kullanılarak 2 h'den 15 dakikaya düşürülür. Önceki ChIP-exo protokolünde açıklanan dizin bağdaştırıcısı ligasyon adımından sonraki kinaz reaksiyonu kaldırılır. Bunun yerine, lambda exonuclease sindirim adımı için kullanılacak olan indeks adaptörünün 5' uçlarından birine(Tablo 1)oligo DNA sentezi sırasında bir fosfat grubu eklenir. Önceki ChIP-exo protokolü, tek iplikli DNA kirleticilerini ortadan kaldırmak için RecJf exonuclease sindirimi kullanırken, bu sindirim adımı chIP-exo kütüphanesinin kalitesi için kritik olmadığı için burada kaldırılır. Ek olarak, ChIP işleminden sonra ters çapraz bağlı DNA'yı arındırmak için fenol:kloroform:izoamil alkol (PCIA) ekstraksiyon yöntemi yerine manyetik boncuk temizleme yöntemi kullanılır. Bu, DNA ekstraksiyonunun kuluçka süresini azaltır. Daha da önemlisi, dizin bağdaştırıcısı ligasyonu sırasında oluşan bağdaştırıcı solukluklarının çoğunu kaldırır ve bu da ligasyon aracılı PCR'nin verimliliğini etkileyebilir.
Burada sunulan ChIP-exo protokolü, fare embriyonik sapı (ES) hücrelerinden farklılaştırılmış memeli nöronlarında kesin protein-DNA etkileşimlerinin tespiti için optimize edilmiştir. Kısaca, hasat edilen ve çapraz bağlı nöronal hücreler, kromatin sonikasyona maruz kalmasını sağlamak için yutulur, daha sonra uygun boyutta DNA parçaları elde edilecek şekilde sonicated (Şekil 1). Antikor kaplı boncuklar daha sonra parçalanmış, çözünür kromatinleri ilgi proteinine seçici olarak immün önseçimli hale getirmek için kullanılır. İmmün olarak kesinleşmemiş DNA hala boncuklardayken, son onarım, dizileme adaptörlerinin ligasyonu, dolgu reaksiyonu ve 5' ila 3' lambda exonuclease sindirim adımları gerçekleştirilir. Exonuclease sindirim adımı, ChIP-exo'ya ultra yüksek çözünürlüğünü ve yüksek sinyal-gürültü oranını veren şeydir. Lambda exonuclease, immün önyüklenmiş DNA'yı çapraz bağlama bölgesinden birkaç baz çifti (bp) keser, böylece kontamine DNA'nın bozulmasına neden olur. Exonuclease ile tedavi edilen ChIP DNA'sı antikor kaplı boncuklardan elde edilir, protein-DNA çapraz bağlantıları tersine çevrilir ve proteinler bozulur. DNA çıkarılır ve tek iplikli ChIP DNA'sına denatüre edilir, ardından çift iplikli DNA (dsDNA) yapmak için astar tavlama ve uzatma yapılır. Daha sonra, evrensel bir bağdaştırıcının exonuclease ile işlenmiş uçlara ligasyonu gerçekleştirilir. Elde edilen DNA saflaştırılır, daha sonra PCR yükseltilir, jel arındırılır ve yeni nesil sıralamaya tabi tutulur.
ChIP-exo protokolü ChIP-seq protokolünden daha uzundur, ancak teknik olarak çok zor değildir. Başarılı bir şekilde bağışıklık sistemi baskılanmış herhangi bir ChIP DNA'sı, birkaç ek enzymatik adımla ChIP-exo'ya tabi tutulabilir. ChIP-exo'nun ultra yüksek haritalama çözünürlüğü, azaltılmış arka plan sinyali ve genomik bağlama alanlarıyla ilgili yanlış pozitif ve negatiflerin azalması gibi önemli avantajları zaman maliyetinden daha ağır basmaktadır.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Agarose, UltraPure</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >16500</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Albumin, Bovine Serum (BSA), Protease Free, Heat Shock Isolation, Min. 98%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >ALB003</td>
			<td >Blocking Solution</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Antibody against Isl1</td>
			<td >DSHB</td>
			<td >39.3F7</td>
			<td >Antibody incuation with beads (Section 5.6)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Bioruptor Pico&#160;</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >B01060010</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Bovine serum albumin (BSA), Molecular Biology Grade</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >B9000S</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge 5424 R</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5404000138</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.5), Checking Sonication (Section 4.3.1, 4.3.3 and 4.3.4)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge 5804 R</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22623508</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3), Cell lysis (Section 2.2 and 2.3), Sonicating Chromatin (Section 3.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td >Roche</td>
			<td >4693159001</td>
			<td >Added to all buffers, except Proteinase K buffer and ChIP Elution buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >N0440S</td>
			<td >dA-Tailing Reaction (Section 15.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxycholic Acid Sodium Salt</td>
			<td >fisher scientific</td>
			<td >BP349</td>
			<td >Lysis Buffer 3, High Salt Wash Buffer and LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dNTP Mix, Molecular Biology Grade</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >R0192</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DreamTaq Green PCR Master Mix, 2x&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >K1081</td>
			<td >Ligation-Mediated PCR (Section 18.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >EDTA, 0.5 M, Sterile Solution, pH 8.0</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >EDT111</td>
			<td >Lysis Buffer 1-3, Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer, LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ethyl Alcohol Anhydrous, 100%</td>
			<td >Commercial alcohols</td>
			<td >P006EAAN</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Formaldehyde, 36.5-38%, contains 10-15% methanol</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >F8775</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycerol, Reagent Grade, min 99.5%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >GLY002</td>
			<td >Lysis Buffer 1</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycine, Biotechnology Grade, min. 99%</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >GLN001</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycogen, RNA Grade</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >R0551</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HEPES, 1 M Sterile-filtered Solution, pH 7.3&#160;</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >HEP003</td>
			<td >Lysis Buffer 1, High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3-&#62;5 exo-)</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0212S</td>
			<td >dA-Tailing Reaction (Section 15.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Lambda exonuclease</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0262S</td>
			<td >Lambda Exonuclease Digestion on Beads (Section 11.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ligase Enhancer</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7645S</td>
			<td >NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ligase Master Mix</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7645S</td>
			<td >NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Lithium Chloride (LiCl), Reagent grade</td>
			<td >Bioshop</td>
			<td >LIT704</td>
			<td >LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic beads for ChIP (Dynabeads Protein G)</td>
			<td >Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP)</td>
			<td >Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP)</td>
			<td >Antibody incubation with beads (Section 5)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic beads for DNA purification (AMPure XP Beads)</td>
			<td >Beckman Coulter</td>
			<td >A63880</td>
			<td >DNA Extraction (Section 13.3) and DNA Clean-up (Section 17.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic rack (DynaMag-2 Magnet)</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >12321D</td>
			<td >Used in many steps in Sections: 5 - 11, 13</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MinElute Gel Extraction Kit</td>
			<td >Qiagen&#160;</td>
			<td >28604</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >N-Lauroylsarcosine sodium salt solution, 30% aqueous solution, &#8805;97.0% (HPLC)</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >61747</td>
			<td >Lysis Buffer 3</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Octylphenol Ethoxylate (IGEPAL CA630)</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >NON999</td>
			<td >Lysis Buffer 1 and LiCl Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol, Biotechnology Grade (25:24:1)</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >PHE512</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phi29 DNA Polymerase</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >M0269L</td>
			<td >Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.3 and 14.4)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Phosphate-Buffered Saline (PBS), 1x&#160;</td>
			<td >Corning</td>
			<td >21040CV</td>
			<td >Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3) and Sonicating Chromatin (Section 3.1), Antibody incuation with beads (Section 5.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PowerPac Basic Power Supply</td>
			<td >BioRad</td>
			<td >1645050</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ProFlex PCR System</td>
			<td >Applied Biosystems</td>
			<td >ProFlex PCR System</td>
			<td >Used in Sections: 14.2, 14.4, 15.2, 16.2 and 18.2</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein LoBind Tube, 2.0 mL&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431102</td>
			<td >Antibody Incubation with Beads (Section 5.2) and Chromatin Immunoprecipitation (Section 6.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Proteinase K Solution, RNA Grade</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >25530049</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.2) and Elution and Reverse Crosslinking (Section 12.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit 4.0 Fluorometer</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >Q33226</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quibit dsDNA BR assay kit</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >Q32853</td>
			<td >Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rnase A, Dnase and Protease-free</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >EN0531</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.3.2) and DNA Extraction (Section 13.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium chloride (NaCl), BioReagent&#160;</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >S5886</td>
			<td >Lysis Buffer 1-3, High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), Electrophoresis Grade</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >SDS001</td>
			<td >Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sonication beads and 15 mL Bioruptor Tubes</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C01020031</td>
			<td >Sonicating Chromatin (Section 3.1 and 3.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ThermoMixer F1.5&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5384000020</td>
			<td >Section 4.2, 4.3.2, 4.3.5, 8.2, 9.2, 10.3, 11.2, 12.2, 12.3, 13.2 and 16.2</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 7.4</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >T2194</td>
			<td >10 mM Tris-HCl Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 8.0</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >T2694</td>
			<td >Lysis Buffer 2, Lysis Buffer 3, Checking Sonication (Section 4.1), LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (24 rxn -&#62; 120 rxn)</td>
			<td >New England BioLabs</td>
			<td >E7546S</td>
			<td >End Prep Reaction mix and End Prep Enzyme mix. End-repair and dA-Tailing Reaction on Beads (Section 8.2)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >VWR Mini Tube Rocker, Variable Speed</td>
			<td >VWR</td>
			<td >10159-752</td>
			<td >Used in many steps in sections: 1, 2, 5, 6 and 7</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol, Triton X-100, Reagent Grade</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >TRX506</td>
			<td >Lysis Buffer 1, Sonicating Chromatin (Section 3.4) and High Salt Wash Buffer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-resolution mapping of protein-dna interactions in mouse stem cell-derived neurons using chromatin immunoprecipitation-exonuclease (chip-exo)

Genom üzerindeki spesifik protein-DNA etkileşimlerinin tanımlanması gen düzenlemesini anlamak için önemlidir. Kromatin immünorektasyon, yüksek verimli dizileme (ChIP-seq) ile birleştiğinde, DNA bağlayıcı proteinlerin genom çapındaki bağlayıcı konumlarını tanımlamak için yaygın olarak kullanılmaktadır. Bununla birlikte, ChIP-seq yöntemi, sonicated DNA parçalarının ve spesifik olmayan arka plan DNA'larının uzunluğundaki heterojenliği ile sınırlıdır ve bu da düşük haritalama çözünürlüğü ve DNA bağlayıcı bölgelerde belirsizlik ile sonuçlanır. Bu sınırlamaların üstesinden gelmek için, ChIP'nin exonuclease sindirimi (ChIP-exo) ile kombinasyonu, heterojen olarak boyutlandırılmış immün önyüklenmiş DNA'yı protein-DNA çapraz bağlantı bölgesine kırpmak için 5 ila 3' exonuclease sindirimini kullanır. Exonuclease tedavisi spesifik olmayan arka plan DNA'larını da ortadan kaldırır. Kütüphane tarafından hazırlanan ve exonuclease sindirilen DNA, yüksek verimli sıralama için gönderilebilir. ChIP-exo yöntemi, daha fazla algılama hassasiyeti ve azaltılmış arka plan sinyali ile neredeyse taban çifti eşleme çözünürlüğü sağlar. Memeli hücreleri ve yeni nesil dizileme için optimize edilmiş bir ChIP-exo protokolü aşağıda açıklanmıştır.

Şekil 2A, fare ES hücrelerinden ayırt edilen motor nöron hücrelerinin çeşitli döngülerle hücre lizisi ve sonication sonrası sonikasyon sonuçlarını göstermektedir. En uygun sonication döngüsü sayısı (örneğin, Şekil 2A'da 12döngü) 100−400 bp DNA parçalarında güçlü DNA yoğunluğu yarattı. Yüksek kaliteli ChIP-exo kütüphaneleri parçalanmış kromatin DNA'sının büyüklüğüne ve miktarına dayanmaktadır. Bu nedenle, ChIP-exo...

Watch this Scientific Journal Video about High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo at JoVE.com

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo

Genom genelinde protein bağlayıcı yerlerin kesin olarak belirlenmesi gen düzenlemesini anlamak için önemlidir. Burada kromatin-immünprecipitated DNA'yı exonuclease sindirimi (ChIP-exo) ve ardından yüksek verimli dizilim ile tedavi eden bir genomik haritalama yöntemini açıklıyoruz. Bu yöntem, memeli nöronlarında yakın baz çifti haritalama çözünürlüğü ve yüksek sinyal-gürültü oranı ile protein-DNA etkileşimlerini tespit eder.

Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo) Kullanılarak Fare Kök Hücre Türevi Nöronlarda Protein-DNA Etkileşimlerinin Yüksek Çözünürlüklü Haritalanması

Identification of specific protein-DNA interactions on the genome is important for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation coupled ...

The main advantage of our ChIP-exo method is the improved mapping resolution of protein DNA interactions in the cell compared to the conventional chromatin immunoprecipitation method. To prepare protein G magnetic beads for ChIP, mix the magnetic beads until homogeneous. Then add 25 microliters of the magnetic beads to a two milliliter protein low bind tube.Add one milliliter of blocking solution to the beads. Mix well by pipetting, then place the tube on a magnetic rack for one minute. Once the supernatant is clear, remove it.Next, add one milliliter of blocking solution to the beads. Place the tube on a rocking platform at four degrees Celsius and rock for 10 minutes, then briefly spin the tube. Place the tube on the magnetic rack and remove the supernatant.Add 500 microliters of blocking solution to the magnetic beads. Briefly spin the antibody against Islet-1, then add four micrograms of the antibody to the tube containing the magnetic beads. Place the tube containing magnetic beads and Islet-1 antibody on a rocking platform at four degrees Celsius and rock for six to 24 hours.To begin the chromatin immunoprecipitation, wash the antibody-coated beads in one milliliter of blocking solution. Place the tube containing the antibody-coated beads on a rocking platform at four degrees Celsius for five minutes. After briefly spinning, place the tube on a magnetic rack and remove the supernatant.Resuspend the antibody-coated beads in 50 microliters of blocking solution. Add one milliliter of sonicated lysates to the antibody-coated beads, then incubate the sample on a rocking platform at four degrees Celsius overnight. After allowing the sample to incubate overnight, collect liquid from the cap by briefly spinning the tube, then place the tube on a magnetic rack.And after one minute, remove the supernatant carefully with a pipette. Next, perform a series of washes as follows. Add one milliliter of cold wash buffer containing CPI to the sample.Mix the sample on a rocking platform at four degrees Celsius for five minutes. Briefly spin the sample tube, then place on a magnetic rack. After one minute, remove the supernatant with a pipette.For the first enzymatic reaction and repair and DA tailing, add 38 microliters of autoclaved double distilled water to the sample, then add end prep reaction mix and end prep enzyme mix. Mix the contents of the tube by pipetting, then incubate the sample at 20 degrees Celsius for 30 minutes. Next, wash the sample beads with high salt wash buffer, lithium chloride wash buffer, and 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer as described previously.To perform the index adapter ligation, add 27 microliters of cold 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer to the sample. Then add index adapter, ligation enhancer, and ligase master mix. Incubate the sample at 20 degrees Celsius for 15 minutes.Again, wash the sample beads with high salt wash buffer, lithium chloride wash buffer, and 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer. Then add 47 microliters of cold 10 millimolar Tris hydrogen chloride buffer to the sample. To repair the nick in the DNA resulting from the missing phosphodiester bond, add 11.1 microliters of the fill-in mix to the sample.Incubate the sample at 30 degrees Celsius for 20 minutes. After a series of washes, add 50 microliters of cold autoclaved double distilled water to the sample. To digest the ChIP DNA in the five prime to three prime direction, add lambda exonuclease buffer and lambda exonuclease and mix the sample by pipetting.Incubate the sample at 37 degrees Celsius for 30 minutes. After the digestion is complete, repeat the three washes a final time. To elute ChIP sample from the beads, resuspend the sample in 75 microliters of ChIP elution buffer and incubator at 65 degrees Celsius for 15 minutes at 130 times G.Add 2.5 microliters of 20 milligrams per milliliter proteinase K to the sample.Vortex the sample briefly, then incubate overnight at 65 degrees Celsius. Briefly spin the sample and place on a magnetic rack. After one minute, transfer the supernatant to a new 1.5 milliliter tube.Purify and elute the DNA. After purifying the eluted DNA, transfer 16 microliters of the extracted DNA sample to a PCR tube. Add 1.2 microliters of denaturing and primer annealing mix to the sample.Using the program described in table six of the manuscript, denature and anneal primers to the template DNA. Add three microliters of primer extension mix to the sample and run the PCR program described in table seven of the manuscript. Add 4.1 microliters of DA tailing mix to the sample and run the sample using the PCR program in table eight of the manuscript.Then add 21.5 microliters of universal adapter ligation mix to the sample and incubate for 15 minutes at 20 degrees Celsius. Add 29 microliters of LM-PCR mix to the sample, then run the sample using the program from table 10 of the manuscript. Following 18 cycles of LM-PCR, ChIP-exo samples from mouse motor neurons were electrophoresed on a 1.5%agarose gel.The results for ChIP-exo Islet-1 showed amplified DNA libraries around 200 to 400 base pairs indicating that the ChIP-exo libraries were successfully amplified by LM-PCR. The band around 100 base pairs represents artifacts from adapters and PCR primers. The no antibody control demonstrates that non-specific background DNA was digested by the lambda exonuclease treatment.Using ChIP-exo and ChIP-seq, Islet-1 bound locations were identified. The ChIP-exo signal was highly focused at Islet-1 binding sites detecting multiple clustered Islet-1 transcription factor binding patterns. The ChIP-seq signal displayed broader signals indicating that ChIP-exo had higher mapping resolution than ChIP-seq for Islet-1.Multiple transcription factors often bind DNA next to each other as a protein-DNA complex. ChIP-exo allows us to study how multiple transcription factors recognize and regulate target DNA.

Research

JoVE Journal

Genetics

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Mapping RNA-RNA Interactions Globally Using Biotinylated Psoralen

RNA-RNA Etkileşmelerini Biyotinlenmiş Psooren Kullanarak Küresel Olarak Haritalama

Knowing how RNAs interact with themselves and with others is key to understanding RNA based gene regulation in the cell. While examples of RNA-RNA ...

Genetik

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

ChEC-seq ile Protein-DNA Etkileşimlerinin Genom Boyunca Haritalandırılması<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Fare T-hücresi Hatlarında Kromatin İmmünopresipitasyonu (ChIP)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Retroviral Tarama: Hücreye Özel Düzenleyici Bölgeleri Tanımlamak İçin MLV Entegrasyon Konumlarının Haritalandırılması

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Yüksek çözünürlüklü Floresan Situ hibridizasyon Drosophila embriyo ve Tyramide sinyal güçlendirme kullanarak doku

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

Birincil insan T lenfositler tarafından ataç-Seq genom genelinde erişilebilir Kromatin eşleme

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) is a method used for the identification of open (accessible) regions ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Organizatörü yakalama Merhaba-C: Yüksek çözünürlüklü, genom çapında organizatörü etkileşimlerin profil oluşturma

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

CRISPR-Mediated Reorganization of Chromatin Loop Structure

Kromatin döngü yapısı yeniden yapılanma CRISPR-aracılı

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Bakteriyel konjugasyon frekans yüksek çözünürlüklü karşılaştırma

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

Mammalin hücrelerinde Micrococcal Nüklenleri kullanarak kromatin Immünopmamitasyon tahlil

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...