पहले सिद्धांतों आणविक गतिशीलता सिमुलेशन का विश्लेषण हमें तरल पदार्थों के भौतिक और रासायनिक गुणों की सटीक भविष्यवाणी करने की अनुमति देता है। इस विधि को भौतिकी और रसायन विज्ञान में किसी भी परमाणु विश्लेषण पर लागू किया जा सकता है। प्रारंभ करने के लिए, पैकेज से एक या अधिक समर्पित पायथन स्क्रिप्ट का उपयोग करके भौतिक गुणों के प्रत्येक विशिष्ट सेट को निकालें।
आदेश पंक्ति पर सभी स्क्रिप्ट चलाएँ। वे सभी झंडे की एक श्रृंखला को नियोजित करते हैं, जो एक स्क्रिप्ट से दूसरे में यथासंभव सुसंगत होते हैं। एक UMD फ़ाइल में एक प्रथम-सिद्धांत कोड में किए गए एमडी सिमुलेशन के आउटपुट को बदलें, फिर VMD या VESTA जैसे विभिन्न अन्य पैकेजों पर विज़ुअलाइज़ेशन की सुविधा के लिए umd फ़ाइलों को xyz फ़ाइलों में स्थानांतरित करें।
UMD फ़ाइल को VASP-प्रकार POSCAR फ़ाइलों में umd2poscar का उपयोग करके रिवर्स करें। py स्क्रिप्ट, पूर्वनिर्धारित आवृत्ति के साथ सिमुलेशन के स्नैपशॉट का चयन. gofrs_umd चलाएँ.
परमाणु प्रकार A और B.The आउटपुट के सभी जोड़े के लिए युग्म वितरण फ़ंक्शन की गणना करने के लिए py स्क्रिप्ट एक ASCII फ़ाइल टैब में लिखा जाता है जो एक्सटेंशन गोफ़र्स के साथ अलग होता है.dat। पहले समन्वय क्षेत्रों की त्रिज्या के रूप में औसत अंतर-परमाणु बंधन दूरी निकालें। इसके लिए, गोफ्र्स की साजिश रचकर जोड़ी वितरण कार्यों के पहले अधिकतम की स्थिति की पहचान करें।
एक स्प्रेडशीट एप्लिकेशन में dat फ़ाइल और परमाणुओं की प्रत्येक जोड़ी के लिए maxima और minima के लिए खोज, तो स्प्रेडशीट सॉफ्टवेयर का उपयोग कर पीडीएफ के पहले न्यूनतम के रूप में पहले समन्वय क्षेत्र की त्रिज्या की पहचान करें। कनेक्टिविटी मैट्रिक्स प्राप्त करने और समन्वय polyhedra या polymerization प्राप्त करने के लिए प्रजाति स्क्रिप्ट चलाएँ। speciation_umd चलाएँ.
ध्वज r0 के साथ py स्क्रिप्ट, जो समन्वय polyhedra की पहचान करने के लिए पहले स्तर पर कनेक्टिविटी ग्राफ का नमूना. speciation_umd चलाएँ. फ्लैग r1 के साथ py स्क्रिप्ट, जो पोलीमराइजेशन प्राप्त करने के लिए सभी गहराई के स्तर पर कनेक्टिविटी ग्राफ का नमूना देता है।
सिमुलेशन में पाए जाने वाले सभी रासायनिक प्रजातियों के प्रत्येक परमाणु समूह के जीवनकाल को प्लॉट करें जैसा कि पैपुल में पाया जाता है। dat फ़ाइलें. आत्म-विसरणशीलता प्राप्त करने के लिए समय के एक समारोह के रूप में परमाणुओं के माध्य वर्ग विस्थापन या एमएसडी को निकालें, फिर msd_umd की श्रृंखला का उपयोग करके एमएसडी की गणना करें।
py लिपियों और प्रत्येक परमाणु प्रकार के औसत MSD की गणना. प्रत्येक परमाणु और रासायनिक प्रजातियों के एमएसडी की गणना करें। एक स्प्रेडशीट-आधारित सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके MSD को प्लॉट करें और MSD की ढलान से प्रसार गुणांक की गणना करें।
vibr_spectrum_umd चलाएँ। py स्क्रिप्ट प्रत्येक परमाणु प्रकार के लिए परमाणु वेग वेग autocorrelation या VAC समारोह की गणना करने के लिए और अपने तेजी से फूरियर रूपांतरण प्रदर्शन करने के लिए। vibr से कंपन स्पेक्ट्रम प्लॉट.
स्प्रैडशीट जैसे सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके dat फ़ाइल. ओमेगा पर परिमित मान की पहचान करें जो शून्य के बराबर है जो परिमित आवृत्ति पर स्पेक्ट्रम की विभिन्न चोटियों में तरल पदार्थ के विसर्पण चरित्र से मेल खाता है। रन औसत.
py औसत मूल्यों और दबाव, तापमान, घनत्व, और UMD फ़ाइलों से आंतरिक ऊर्जा के लिए प्रसार निकालने के लिए. अंत में, पूर्ण औसत चलाएँ। py स्क्रिप्ट माध्य की त्रुटि सहित पूर्ण सांख्यिकीय विश्लेषण करने के लिए।
पाइरोलाइट एक मॉडल बहु-घटक सिलिकेट पिघला हुआ है जो थोक सिलिकेट पृथ्वी की संरचना का सबसे अच्छा अनुमान लगाता है। यूएमडी पैकेज का उपयोग पिघले हुए पायरोलाइट की कई विशेषताओं को निकालने के लिए किया गया था। सिलिकॉन-ऑक्सीजन जोड़ी वितरण समारोह का अधिकतम 1.635 एंगस्ट्रॉम पर स्थित है, जो मोड़ की लंबाई के लिए सबसे अच्छा सन्निकटन है।
सिलिकॉन-ऑक्सीजन बॉन्ड दूरी के रूप में इस सीमा का उपयोग करते हुए, विलक्षणता विश्लेषण से पता चलता है कि ऑर्थोसिलिकेट इकाइयां जो कुछ पिकोसेकंड तक रह सकती हैं, पिघल पर हावी होती हैं। पिघल का एक महत्वपूर्ण हिस्सा है जो आंशिक पोलीमराइजेशन दिखाता है जैसा कि Si3Ox इकाइयों जैसे डिसिलिकेट और ट्रिमर जैसे डिमर की उपस्थिति से परिलक्षित होता है। उनका संबंधित जीवनकाल पिकोसेकंड के क्रम में है।
उच्च क्रम पॉलिमर सभी में काफी कम जीवनकाल होता है। ऊर्ध्वाधर और क्षैतिज चरणों के विभिन्न मानों से MSD के विभिन्न नमूने प्राप्त होते हैं। यहां तक कि जेड और वी के बड़े मूल्य भी ढलानों को परिभाषित करने के लिए पर्याप्त हैं और इस प्रकार विभिन्न परमाणुओं के प्रसार गुणांक।
पोस्ट-प्रोसेसिंग समय Z और V.अंत में के बड़े मूल्यों के लिए नाटकीय रूप से बढ़ जाता है, परमाणु वेग autocorrelation कार्यों पिघल के कंपन स्पेक्ट्रम उपज. यहां मैग्नीशियम, सिलिकॉन और ऑक्सीजन परमाणुओं के योगदान के साथ-साथ कुल मूल्य भी दिखाया गया है। इस प्रोटोकॉल का प्रयास करते समय, हमेशा अभिसरण की जाँच करें।
सुनिश्चित करें कि परमाणु प्रक्षेपवक्र काफी लंबे समय तक हैं जैसे कि उस घटना को ठीक से कैप्चर करने के लिए जिसमें आप रुचि रखते हैं। यह तकनीक सिमुलेशन परिणामों के पोस्ट-प्रोसेसिंग को कवर करती है। सिमुलेशन और उनका विश्लेषण समानांतर में किया जाना चाहिए।