Name: quantification of circulating pig-specific dna in the blood of a xenotransplantation model
Uploaded: 2020-09-22T14:00:00
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この研究は、中国国家主要R&Dプログラム(2017YFC1103704)、深セン科学技術財団(JCYJ20170817081717172116272)、広東省の高等病院建設のための特別基金からの助成金によって支えられました (2019年)、深センのサンミング医学プロジェクト(SZSM201412020)、深セン高レベル医療規律建設基金(2016031638)、深セン健康家族計画委員会(SZXJ2017021)、SZXJ2018059)。

すべての実験は、深セン大学第一附属病院、深セン第二人民病院の機関審査委員会の関連ガイドラインと規制に従って行われました。
1. ブタ固有のプライマーを設計する
<ol><li>全ゲノムBLAST解析を行い、NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)ソフトウェアを使用して、ヒト、サル、マウスとは異なるブタ特異的遺伝子を同定します。</li>
	<li>プライマー5のソフトウェアを用いて19個の豚特...

<ol>
	<li>Buchman, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+organ+failure.">Multiple organ failure.</a> Current Opinion In General Surgery. , 26-31 (1993).</li><li>Smith, M., Dominguez-Gil, B., Greer, D., Manara, A., Souter, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organ+donation+after+circulatory+death:+current+status+and+future+potential.">Organ donation after circulatory death: current status and future potential.</a> Intensive care medicine. 45 (3), 310-321 (2019).</li><li>Lopez-Fraga, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+needed+Convention+against+trafficking+in+human+organs.">A needed Convention against trafficking in human organs.</a> Lancet. 383 (9936), 2187-2189 (2014).</li><li>Sykes, M., Sachs, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transplanting+organs+from+pigs+to+humans.">Transplanting organs from pigs to humans.</a> Science immunology. 4 (41), 6298 (2019).</li><li>Reardon, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+life+for+pig-to-human+transplants.">New life for pig-to-human transplants.</a> Nature. 527 (7577), 152-154 (2015).</li><li>Song, Z., Cooper, D. 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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-invasive+approaches+for+the+diagnosis+of+acute+cardiac+allograft+rejection.">Non-invasive approaches for the diagnosis of acute cardiac allograft rejection.</a> Heart. 99 (7), 445-453 (2013).</li><li>Mandel, P., Metais, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Les+acides+nucl&#233;iques+du+plasma+sanguin+chez+l'homme.">Les acides nucl&#233;iques du plasma sanguin chez l'homme.</a> Comptes Rendus des Seances de l Academie des Sciences. 142 (3-4), 241-243 (1948).</li><li>Okkonen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasma+cell-free+DNA+in+patients+needing+mechanical+ventilation.">Plasma cell-free DNA in patients needing mechanical ventilation.</a> Critical Care. 15 (4), 196 (2011).</li><li>Wagner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Free+DNA--new+potential+analyte+in+clinical+laboratory+diagnostics.">Free DNA--new potential analyte in clinical laboratory diagnostics.</a> Biochemia Medica. 22 (1), 24-38 (2012).</li><li>Schwarzenbach, H., Nishida, N., Calin, G. A., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+relevance+of+circulating+cell-free+microRNAs+in+cancer.">Clinical relevance of circulating cell-free microRNAs in cancer.</a> Nature Reviews Clinical Oncology. 11 (3), 145-156 (2014).</li><li>Mohiuddin, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chimeric+2C10R4+anti-CD40+antibody+therapy+is+critical+for+long-term+survival+of+GTKO.hCD46.hTBM+pig-to-primate+cardiac+xenograft.">Chimeric 2C10R4 anti-CD40 antibody therapy is critical for long-term survival of GTKO.hCD46.hTBM pig-to-primate cardiac xenograft.</a> Nature Communications. 7, 11138 (2016).</li><li>Bettegowda, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+circulating+tumor+DNA+in+early-+and+late-stage+human+malignancies.">Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies.</a> Science Translational Medicine. 6 (224), 24 (2014).</li><li>Dawson, S. 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K., Nelson, J. L., Boespflug, N. D., Guthrie, K. A., Kuhr, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Soluble+donor+DNA+concentrations+in+recipient+serum+correlate+with+pancreas-kidney+rejection.">Soluble donor DNA concentrations in recipient serum correlate with pancreas-kidney rejection.</a> Clinical Chemistry. 52 (3), 379-382 (2006).</li></ol>

ブタ循環DNAを定量化することは、異種移植の免疫拒絶反応を監視する実現可能なアプローチを表す。Gadi et al.24 は、急性拒絶反応を有する患者の血液中のドナー由来循環DNA(ddcfDNA)含有量が拒絶反応のない患者のそれよりも有意に高いことを発見した。これらの研究は、ddcfDNAが臓器移植片の損傷を監視するための一般的なバイオマーカーである可能性があることを示唆してい?...

臓器不全は死の主な原因の1つである。細胞、組織、臓器の移植は、臓器不全2を治療する有効な方法である。それにもかかわらず、ドナー臓器の不足は、この方法の臨床応用を制限する 3,4.研究は、豚が臨床移植のための人間の臓器の潜在的な供給源として使用することができることを示しています 5,6.しかし、クロス種臓器移植は危険な免疫拒絶反応に直面している。したがって、異種移植の免疫拒絶反応を監視することが重要です。現在、免疫拒絶反応の臨床モニタリングは、主に患者の徴候および症状、ならびに実験室試験(例えば、生検、免疫生物化学分析、および超音波)7、8、9に依存する。ただし、これらの監視方法には多くの欠点があります。患者の免疫拒絶反応の徴候と症状は通常10年後半に現れるが、これは早期発見と早期介入を助長しない。生検は、患者が受け入れるのは容易ではない侵襲的な11の欠点を有する。免疫生物化学分析は感度や特異性を欠き、超音波は補助的で高価です。したがって、免疫拒絶反応を監視する効果的かつ便利な方法を見つけることが急務である。
循環DNAは、血液中に見られる細胞外タイプのDNAです。マンデルとメタイス12は、1948年に末梢血中の循環DNAの存在を最初に報告した。正常な生理学的条件下では、健常者の血液中の循環DNAはベースラインにおいて比較的低い。しかし、腫瘍、心筋梗塞、自己免疫疾患、移植拒絶反応などのいくつかの病態では、アポトーシスおよび壊死によって引き起こされる循環DNAの大量放出により、血液中の循環DNAのレベルが13,14に有意に増加する可能性がある。循環DNAの起源は、異種移植片拒絶反応16の特徴であるアポトーシスおよび壊死15と関連している。
循環DNAは、癌17、18、19を検出するための低侵襲バイオマーカーであることが証明されている。ドナー由来循環DNAの高いスループットシーケンシングは、臓器移植20,21の後の拒絶反応の検出に対して信頼できる。しかし、この方法では、高濃度の抽出DNAの品質が必要です。高いコストおよび時間消費に加えてDNAの条件は、この方法は、日常的な臨床使用のために不適格になります。ドナー由来の循環DNAは、特異的かつ感度の高い定量リアルタイムPCR(qPCR)によって正確に定量することができます。従って、qPCRによるブタ循環DNAの定量化は、異種移植の免疫拒絶反応をモニタリングする実現可能な方法である。これは、侵襲性が低く、高感度で特定の、低コストで時間を節約します。豚と人間は、遺伝的に全く異なるゲノム配列と分離されている(図1)。したがって、循環性ブタDNAは、異種拒絶反応のためにレシピエントの血液異種移植後に放出され得る。CpsDNAは、レシピエントの血液中の種特異的プライマーを用いてqPCRによって正確に定量することができる。これまで、我々は異種移植22,23のバイオマーカーとしてのcpsDNAの根拠と実現可能性を実証した。ここでは、より実験的なヒントと詳細を開示します。実験は、次の手順で構成されます。まず、ブタ特異的プライマーを設計し、ゲノムDNAを単離し、通常PCRによりプライマーの特異性を検証するために使用した。第二に、cpsDNAの標準曲線を構築し、サンプル血液からcpsDNAを単離する。最後に、循環するブタ特異的DNAをqPCRを用いて定量した。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td ><a>Agarose</a></td>
			<td >Biowest, Barcelona, Spain</td>
			<td >111860</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >BamHI-HF</td>
			<td >New England Biolabs, Ipswich, Mass, USA</td>
			<td >R3136S</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 mL microcentrifuge tube</td>
			<td >Axygen&#160;Biosciences, Union City, CA, USA</td>
			<td >MCT-150-C</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.2 mL PCR tube</td>
			<td >Axygen&#160;Biosciences, Union City, CA, USA</td>
			<td >PCR-02-C</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >C57BL/6 Mice</td>
			<td >Medical Animal Center of Guangdong Province,&#160; China</td>
			<td ></td>
			<td >8~10 weeks</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge</td>
			<td >Thermo&#160;Fisher&#160;Scientific, Walt- ham, MA, USA</td>
			<td >Micro 21R</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2-Log DNA Ladder</td>
			<td >New England Biolabs, Ipswich, Mass, USA</td>
			<td >N3200S</td>
			<td >0.1&#8211;10.0 kb</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Marker I&#160;</td>
			<td >Tiangen, Beijing, China</td>
			<td >MD101-02</td>
			<td >0.1&#8211;0.6 kb</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Mini Column(HiBind DNA Mini Columns)</td>
			<td >Omega Bio-tek, Norcross, GA, USA</td>
			<td >DNACOL-01</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA loading buffer</td>
			<td >Solarbio, Beijing, China</td>
			<td >D1010</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td rowspan="2" >E.Z.N.A.Plasmid DNA Mini Kit I and E.Z.N.A. Plasmid DNA Mini Kit II</td>
			<td rowspan="2" >Omega Bio-tek, Norcross, GA, USA</td>
			<td >D6942</td>
			<td rowspan="2" ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >D6943</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >EcoR I</td>
			<td >Takara&#160;Bio, Shiga, Japan</td>
			<td >&#160;1040S</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Female Bama mini pigs</td>
			<td >BGI Ark Biotechnology, Shenzhen, China</td>
			<td ></td>
			<td >2~4 months</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Genomic DNA Extraction Kit &#8544;</td>
			<td >Tiangen, Beijing, China</td>
			<td >DP304-02</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SYBR Green Realtime PCR Master Mix</td>
			<td >Toyobo, Osaka, Japan</td>
			<td >QPK-201</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gel Doc XR</td>
			<td >Bio-Rad, Hercules, USA</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Male cynomolgus monkeys</td>
			<td >Guangdong Landau Biotechnology, Guangzhou, China</td>
			<td ></td>
			<td >8 years</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Nucleic acid dye(Gelred)</td>
			<td >Biotium, Fremont, USA</td>
			<td >42003</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >polymerase(Premix Taq)</td>
			<td >Takara&#160;Bio, Shiga, Japan</td>
			<td >RR901A</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >pMD19-T plasmid</td>
			<td >Takara&#160;Bio, Shiga, Japan</td>
			<td >D102A</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >qPCR machine</td>
			<td >Applied Biosystems QSDx, Waltham, USA</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Serum/Circulating DNA Extraction Kit</td>
			<td >Tiangen, Beijing, China</td>
			<td >DP339</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >TAE</td>
			<td >sangon Biotech, Shanghai, China</td>
			<td >B548101</td>
			<td ></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantification of circulating pig-specific dna in the blood of a xenotransplantation model

異種移植は、臓器不全を治療するための実行可能な方法である。しかし、異種移植の免疫拒絶反応を効果的に監視する方法は、医師や研究者にとって問題です。本稿では、豚からマウスへの細胞移植モデルおよびサルからサルへの動脈パッチ移植モデルにおける免疫拒絶反応をモニタリングする、簡単で効果的な方法を説明する。循環DNAは、臓器損傷のための潜在的に非侵襲的なバイオマーカーです。本研究では、循環ブタ特異的DNA(cpsDNA)を、定量リアルタイムPCR(qPCR)による異種移植片拒絶反応中にモニタリングした。本プロトコルでは、ブタ特異的プライマーを設計し、プラスミド含有ブタ特異的DNA断片を構築し、定量のための標準的な曲線を確立した。次に、ブタからマウスへの細胞移植モデルおよび豚からサルへの動脈パッチ移植モデルにおいて、種特異的プライマーを使用してqPCRによってcpsDNAを定量化した。この方法の値は、異種移植の免疫拒絶反応を監視するための簡便で、便利で低コストで、侵襲性の低い方法として使用できることを示唆している。

このプロトコルでは、ブタ特異的プライマーを設計し、プラスミド含有ブタ特異的DNA断片を構築し、定量のための標準的な曲線を確立した(図4)。19のプライマーの種特異性はPCRによって確認された。次に、種特異的プライマー(プライマー#4およびプライマー#11)を使用して、豚からマウスへの細胞移植モデルおよび豚からサルへの動脈パッチ移植モデルにおいてqPCRによっ...

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Quantification of Circulating Pig-Specific DNA in the Blood of a Xenotransplantation Model

本プロトコルでは、ブタ特異的プライマーを設計し、プラスミド含有ブタ特異的DNA断片を構築し、定量のための標準的な曲線を確立した。種特異的プライマーを用いて、cpsDNAを、豚からマウスへの細胞移植モデルおよびブタからサルへの動脈パッチ移植モデルにおいてqPCRによって定量化した。

異種移植モデルの血液中の循環性豚特異的DNAの定量化

Xenotransplantation is a feasible method to treat organ failure. However, how to effectively monitor the immune rejection of xenotransplantation is a ...

異種移植は治療に可能な方法であるが、異種移植の免疫拒絶反応の効果的なモニタリングは医師および研究者にとって問題である。このプロトコルは、単純で便利で低コストで、ゼノトランスミューテーションの免疫拒絶反応を監視する方法です。この技術は、ブタからヒトへの小便移植、腎臓移植、肝臓移植、心臓移植などの異種移植分野で使用することができる。異なるマイクロ遠心チューブに血液サンプルの500マイクロリットルを転送することで始めます。20マイクロリットルのプロテアーゼKと500マイクロリットルのライシスバッファーをチューブに加えます。その後、徹底的にミックスにそれらを振ります。チューブを摂氏56度の水浴に10分間入れ、溶液が透明になるまでインキュベーション中に2〜3回振り、チューブカバーの内壁から液体ビーズを取り除きます。その後、無水、エチルアルコールの500マイクロリットルを追加し、徹底的に振ります。混合物を吸着カラムに移します。その後、カラムを2分間遠心し、廃液を捨てます。各吸着カラムに800マイクロリットルのリンス溶液を加え、遠心分離機を1分間加えます。残りのすす溶液を乾燥させるために、カラムを室温で数分間放置します。吸収カラムをきれいな遠心管に移します。吸着フィルムの中央に溶出バッファーの50マイクロリットルを追加し、2〜5分間室温に置き、1分間遠心分離します。原稿の方向に従ってPCRマスターミックスを準備し、その後、各0.6ミリリットルマイクロ遠心分離管にミックスの23マイクロリットルを追加します。各チューブに2マイクロリットルのゲノムDNAを加え、慎重にカボットを加えます。その後、簡単に混合し、遠心分離機。チューブを PCR サイクラーに入れ、増幅を開始します。反応が終了するとアガロース電気泳動を行う。100ミリメートルのTAEを含むフラスコにアガロース1.2グラムを加え、電子レンジで5分間沸騰させます。アガロースが約70°Cに冷却されたら、フラスコに5マイクロリットルの核酸染料を加え、ゆっくりとプレートに注ぎ、ゲルに固まるまで室温にしておきます。各サンプルの5マイクロリットルと2-Log DNAラダーまたはDNAマーカー1を、アガロースゲルのウェルに加え、バンドが分離されるまで1億2000万個の桟橋で電気泳動を行います。紫外線イメージャーでゲルを視覚化します。テキスト原稿に記載された形で変換を行った後、EcoR IおよびBam HIによる二重制限酵素消化によりプラスミドを検証する。消化した製品を1%アガロース電気泳動で分離し、ゲルをUV光にさらします。濃縮プラスミドをブタDNAの断片で希釈し、開始標準溶液の1ミリリットル当たり10~11部に2倍に希釈し、蒸留水を二重に使用します。標準曲線を確立するには、テキスト原稿に記載されているようにqPCRマスターミックスを準備し、8チューブストリップの各チューブに40マイクロリットルのミックスを追加します。異なる濃度の標準的なDNAの10マイクロリットルを追加し、チューブをキャップし、それらを簡単に混合し、遠心分離します。qPCRマシンにチューブを入れ、増幅を行います。EDTAチューブを使用して、豚からサルへの動脈パッチモデルから約400マイクロリットルの血液サンプル、または豚からマウスへの細胞移植モデルから100マイクロリットルの血液サンプルを収集します。その後、サンプルを1.5ミリリットルの遠心分離管に移します。血液サンプルから、低温・高速で遠心分離して血液細胞を除去します。上清を新しい1.5ミリリットルの遠心管に移し、16,000回Gで遠心分離して細胞の破片を10分間取り除きます。上清を新しい1.5ミリリットル遠心分離チューブに移し、DNA抽出キットを循環しながら市販の血清を使用して循環DNAを抽出します。循環DNAの体積を40マイクロリットルに凝縮し、マイナス20°Cで保存します。qPCRを実行して、循環するブタ特異的DNAを定量化します。ブタ特異的プライマーは、豚からマウスへの細胞移植モデルおよび豚からサルへの動脈パッチ、移植モデルにおいて、qPCRによって循環豚特異的DNAを定量化するために設計され、使用された。アガロース電気泳動は、増幅されたDNA断片を単離するために使用された。PCRを用いて、増幅ブタゲノムDNAに対するプライマー特異的な遺伝子を同定した。次に、サルまたはヒトゲノムDNAのコホート中またはマウスゲノムDNAのコホートにおけるこれらのプライマーの種特異性が、確認された。最後に2種特異的プライマーを、豚からサルへの動脈パッチおよび豚からマウスへの豚、細胞移植モデルで豚DNAを増幅するために使用した。このプロトコルを試みている間に覚えておくべき最も重要なことは、あらゆる種類の汚染を防ぐべきであるということです。この技術は、異種移植の免疫拒絶反応を監視する単純な低コストで非侵襲的な方法であるため、研究者が異種移植中の新しい質問を探求する道を開きます。

Research

JoVE Journal

Biology

Automated Microfluidic Blood Lysis Protocol for Enrichment of Circulating Nucleated Cells

有核細胞を循環の濃縮のための自動化されたマイクロ流体血液溶解プロトコル

In this report the protocol for an automated microfluidic blood lysis device is detailed. Circulating nucleated cells (CNCs), including leukocytes and ...

Quantification of &gamma;H2AX Foci in Response to Ionising Radiation

Quantification of &#947;H2AX Foci in Response to Ionising Radiation

電離放射線への応答でγH2AX病巣の定量化

DNA double-strand breaks (DSBs), which are induced by either endogenous metabolic processes or by exogenous sources, are one of the most critical DNA ...

Xenotransplantation of Human Stem Cells into the Chicken Embryo

ニワトリ胚へのヒト幹細胞の異種移植

The chicken embryo is a classical animal model for studying normal embryonic and fetal development and for xenotransplantation experiments to study the ...

Whole-mount Immunohistochemical Analysis for Embryonic Limb Skin Vasculature: a Model System to Study Vascular Branching Morphogenesis in Embryo

胚肢の皮膚の血管系のためのホールマウント免疫組織化学的解析：胚における血管分岐形態形成を研究するモデルシステム

Whole-mount immunohistochemical analysis for imaging the entire vasculature is pivotal for understanding the cellular mechanisms of branching ...

Visualization of DNA Replication in the Vertebrate Model System DT40 using the DNA Fiber Technique

DNAの繊維技術を用いた脊椎動物のモデルシステムのDT40のDNA複製の可視化

Maintenance of replication fork stability is of utmost importance for dividing cells to preserve viability and prevent disease. The processes involved not ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

レシオメトリック二分子ビーコンを使用して、生細胞における単エンジニアのRNA転写物のリアルタイムイメージング

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

Sampling Blood from the Lateral Tail Vein of the Rat

ラットの外側尾静脈から血液をサンプリング

Blood samples are commonly obtained in many experimental contexts to measure targets of interest, including hormones, immune factors, growth factors, ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

COSMICと細胞の薬剤-DNA相互作用のゲノムワイドなマッピング（小分子の架橋は、クロマチンを分離するために）

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

レトロウイルス統合サイトの増幅、次世代シーケンシング、およびゲノムDNAのマッピング

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...