Name: t and b cell receptor immune repertoire analysis using next-generation sequencing
Uploaded: 2021-01-12T13:00:00
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Questo studio è stato approvato dal comitato di revisione istituzionale dello Sheba Medical Center e il consenso scritto informato è stato ottenuto da tutti i soggetti partecipanti.
1. Isolamento e quantificazione del DNA
<ol><li>Digestione elisi cellulare delle biopsie intestinali<ol>
<li>Recuperare le biopsie intestinali, appena raccolte o quelle conservate a -20 °C o -80 °C. Se si utilizzano biopsie congelate, scongelare sul ghiaccio.</li>
		<li>Aggiungere 600 μL di soluzione di lys...

<ol>
	<li>Bassing, C. H., Swat, W., Alt, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mechanism+and+regulation+of+chromosomal+V(D)J+recombination.">The mechanism and regulation of chromosomal V(D)J recombination.</a> Cell. 109, 45-55 (2002).</li><li>Roth, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=V(D)J+Recombination:+Mechanism,+Errors,+and+Fidelity.">V(D)J Recombination: Mechanism, Errors, and Fidelity.</a> Microbiology Spectrum. 2 (6), (2014).</li><li>Heather, J. M., Ismail, M., Oakes, T., Chain, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+sequencing+of+the+T-cell+receptor+repertoire:+pitfalls+and+opportunities.">High-throughput sequencing of the T-cell receptor repertoire: pitfalls and opportunities.</a> Brief Bioinformatics. 19 (4), 554-565 (2018).</li><li>Pabst, O., Hazanov, H., Mehr, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Old+questions,+new+tools:+does+next-generation+sequencing+hold+the+key+to+unraveling+intestinal+B-cell+responses.">Old questions, new tools: does next-generation sequencing hold the key to unraveling intestinal B-cell responses.</a> Mucosal Immunology. 8 (1), 29-37 (2015).</li><li>Bashford-Rogers, R. J. M., Smith, K. G. C., Thomas, D. 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M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+B+cell+receptor+repertoire+in+six+immune-mediated+diseases.">Analysis of the B cell receptor repertoire in six immune-mediated diseases.</a> Nature. 574 (7776), 122-126 (2019).</li><li>Wu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expanded+TCRbeta+CDR3+clonotypes+distinguish+Crohn's+disease+and+ulcerative+colitis+patients.">Expanded TCRbeta CDR3 clonotypes distinguish Crohn's disease and ulcerative colitis patients.</a> Mucosal Immunology. 11 (5), 1487-1495 (2018).</li><li>Rosati, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+disease-associated+traits+and+clonotypes+in+the+T-cell+receptor+repertoire+of+monozygotic+twins+affected+by+inflammatory+bowel+diseases.">Identification of disease-associated traits and clonotypes in the T-cell receptor repertoire of monozygotic twins affected by inflammatory bowel diseases.</a> Journam of Crohn's and Colitis. , (2019).</li><li>Allez, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T+cell+clonal+expansions+in+ileal+Crohn's+disease+are+associated+with+smoking+behaviour+and+postoperative+recurrence.">T cell clonal expansions in ileal Crohn's disease are associated with smoking behaviour and postoperative recurrence.</a> Gut. 68 (11), 1961-1970 (2019).</li><li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IMGT/HighV+QUEST+paradigm+for+T+cell+receptor+IMGT+clonotype+diversity+and+next+generation+repertoire+immunoprofiling.">IMGT/HighV QUEST paradigm for T cell receptor IMGT clonotype diversity and next generation repertoire immunoprofiling.</a> Nature Communications. 4, 2333 (2013).</li><li>H, I. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strategies+for+B-cell+receptor+repertoire+analysis+in+primary+immunodeficiencies:+from+severe+combined+immunodeficiency+to+common+variable+immunodeficiency.">Strategies for B-cell receptor repertoire analysis in primary immunodeficiencies: from severe combined immunodeficiency to common variable immunodeficiency.</a> Frontiers Immunology. 6, 157 (2015).</li><li>Ghraichy, M., Galson, J. D., Kelly, D. 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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peripheral+Blood+TCR+Repertoire+Profiling+May+Facilitate+Patient+Stratification+for+Immunotherapy+against+Melanoma.">Peripheral Blood TCR Repertoire Profiling May Facilitate Patient Stratification for Immunotherapy against Melanoma.</a> Cancer Immunology Research. 7 (1), 77-85 (2019).</li><li>Aversa, I., Malanga, D., Fiume, G., Palmieri, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+T-Cell+Repertoire+Analysis+as+Source+of+Prognostic+and+Predictive+Biomarkers+for+Checkpoint+Blockade+Immunotherapy.">Molecular T-Cell Repertoire Analysis as Source of Prognostic and Predictive Biomarkers for Checkpoint Blockade Immunotherapy.</a> International Journal of Molecular Sciences. 21 (7), (2020).</li><li>Hirsch, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+and+prognostic+value+of+clone-specific+minimal+residual+disease+in+acute+myeloid+leukemia.">Precision and prognostic value of clone-specific minimal residual disease in acute myeloid leukemia.</a> Haematologica. 102 (7), 1227-1237 (2017).</li><li>De Simone, M., Rossetti, G., Pagani, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Cell+T+Cell+Receptor+Sequencing:+Techniques+and+Future+Challenges.">Single Cell T Cell Receptor Sequencing: Techniques and Future Challenges.</a> Frontiers Immunology. 9, 1638 (2018).</li><li>Zemmour, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+gene+expression+reveals+a+landscape+of+regulatory+T+cell+phenotypes+shaped+by+the+TCR.">Single-cell gene expression reveals a landscape of regulatory T cell phenotypes shaped by the TCR.</a> Nature Immunology. 19 (3), 291-301 (2018).</li><li>Zheng, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Landscape+of+Infiltrating+T+Cells+in+Liver+Cancer+Revealed+by+Single-Cell+Sequencing.">Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing.</a> Cell. 169 (7), 1342-1356 (2017).</li></ol>

I cambiamenti nell'abbondanza e nella funzione dei linfociti B e T si incontrano spesso in diverse neoplasie maligne18,disturbi infiammatori cronici (ad esempio colite ulcerosa e artrite reumatoide)10,19e in varie immunodeficienze17,20. Il metodo attuale utilizza NGS per facilitare una visione approfondita dei repertori TCR e BCR, consentendo il rilevamento di sottili cambiamenti n...

Il sistema immunitario adattivo, composto da linfociti T e B, utilizza la memoria immunologica per riconoscere un antigene precedentemente incontrato e avviare una risposta rapida. I linfociti sono generati nel midollo osseo e maturano nel timo (cellule T) o nel midollo osseo (cellule B). Sia il recettore delle cellule T (TCR) che il recettore delle cellule B (BCR) mostrano configurazioni uniche che consentono il riconoscimento di antigeni specifici. Nell'omeostasi, le cellule T e B circolano e rilevano costantemente i trilioni di diversi peptidi presentati sulle cellule che presentano antigeni. La legazione TCR o BCR di un antigene specifico ad alta affinità, insieme ad un'adeguata co-stimolazione, porta all'attivazione cellulare, con conseguente secrezione di citochine, espansione clonale e generazione di anticorpi, nel caso delle cellule B.
L'enorme gamma delle diverse cellule T o B è collettivamente definita repertorio immunitario, consentendo il riconoscimento di innumerevoli epitopi diversi. Al fine di generare un repertorio così vasto, si svolge un complesso processo di assemblaggio casuale di diversi segmenti genico, creando combinazioni quasi infinite di recettori in grado di legare antigeniunici 1. Questo processo, chiamato ricombinazione V(D)J, include riarrangiamenti di diversi geni variabili (V), diversità (D) e unione (J), accompagnati da deezioni casuali e inserimenti di nucleotidi nellegiunzioni 2.
L'architettura del sistema immunitario adattivo ha interessato scienziati in diversi campi per molti decenni. In passato, il sequenziamento di Sanger, lo spettrotipizzazione complementare della regione determinante 3 (CDR3) e la citometria del flusso erano usati per caratterizzare il repertorio immunitario, ma fornivano una bassa risoluzione. Nell'ultimo decennio, i progressi nei metodi di sequenziamento di nuova generazione (NGS) hanno permesso una visione approfondita delle caratteristiche e della composizione dei repertori TCR e BCR di unindividuo 3,4. Questi sistemi ad alta produttività (HTS) sequenziano ed elaborano contemporaneamente milioni di prodotti TCR o BCR riorganizzati e consentono un'analisi ad alta risoluzione di specifiche cellule T e B a livello di nucleotide o amminoacidi. NGS fornisce una nuova strategia per studiare il repertorio immunitario sia in salute che in malattia. Gli studi che utilizzano HTS hanno dimostrato repertori TCR e BCR alterati nelle malattie autoimmuni5,immunodeficienze primarie6,7e neoplasie maligne, come nella leucemia mieloide acuta8. Utilizzando NGS, noi e altri abbiamo mostrato l'espansione oligoclonale di specifici cloni cellulari T e B, in pazienti con malattia infiammatoria intestinale (IBD), tra cui colite ulcerosa e malattia di Crohn9,10,11,12,13,14. Nel complesso, studi provenienti da diversi campi suggeriscono che i cambiamenti nel repertorio hanno un ruolo cruciale nella patogenesi dei disturbi immuno-mediati.
L'attuale protocollo descrive un metodo per l'isolamento del DNA dalle biopsie intestinali e dal sangue, la generazione di librerie PCR TCRβ e IGH per NGS e le prestazioni di sequenziamento. Forniamo anche passaggi di base nell'analisi dei dati del repertorio immunitario. Questo protocollo può essere applicato anche per la generazione di librerie TCRα, TCRγ e IGL. Il metodo è anche compatibile con altri organi (ad esempio linfonodi, tumori, liquido sinoviale, tessuto adiposo, ecc.) purché siano utilizzati protocolli di digestione specifici per i tessuti.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-propanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>I9516-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.7 mL micro-centrifuge tubes</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>8187631104051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 mL centrifuge tubes</td>
			<td>Greiner</td>
			<td>188261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Absolute ethanol</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1.08543.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amplitaq Gold</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>N8080241</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP Beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat block</td>
			<td>Bioer</td>
			<td>Not applicable</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Sensitivity D1000 Sample Buffer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5603</td>
			<td>For Tapestation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Sensitivity D1000 ScreenTape</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5584</td>
			<td>For Tapestation. Tubes sold seperately</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lymphotrack Assay kit</td>
			<td>Invivoscribe</td>
			<td>TRB: 70-91210039 IGH: 70-92250019</td>
			<td>Each includes 24 indexes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Reagent Kit v2 (500 cycle)</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>MS-102-2003</td>
			<td>Includes standard flow cell type and all reagents required</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Sequencer</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-410-1003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR strips</td>
			<td>4titude</td>
			<td>4ti-0792</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>EO0491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 4 Fluorometer</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>Q33226</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>Includes buffer, dye, standards, and specialized tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker</td>
			<td>Biosan</td>
			<td>Not applicable</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tapestation 2100 Bioanalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2940CA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ultra pure water</td>
			<td>Bio-lab</td>
			<td>7501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wizard DNA isolation kit</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1120</td>
			<td>Includes cell lysis solution, nuclei lysis solution, and protein precipitation buffer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

t and b cell receptor immune repertoire analysis using next-generation sequencing

La memoria immunologica, il segno distintivo dell'immunità adattiva, è orchestrata da linfociti T e B. In circolazione e in diversi organi, ci sono miliardi di cloni di cellule T e B unici, e ognuno può legare uno specifico antigene, portando alla proliferazione, differenziazione e / o secrezione di citochine. La vasta eterogeneità nelle cellule T e B è generata dalla ricombinazione casuale di diversi segmenti genetici. Le tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), sviluppate nell'ultimo decennio, consentono una visione approfondita senza precedenti del repertorio immunitario del recettore delle cellule T e B. Studi in varie condizioni infiammatorie, immunodeficienze, infezioni e neoplasie maligne hanno dimostrato marcati cambiamenti nella clonalità, nell'uso genico e nelle proprietà biofisiche del repertorio immunitario, fornendo importanti approfondimenti sul ruolo delle risposte immunitarie adattive nei diversi disturbi.
Qui, forniamo un protocollo dettagliato per NGS del repertorio immunitario delle cellule T e B dal sangue e dai tessuti. Presentiamo una pipeline che parte dall'isolamento del DNA attraverso la preparazione della libreria, sequenziamento sul sequencer NGS e termina con analisi di base. Questo metodo consente l'esplorazione di specifiche cellule T e B a livello nucleotidico o amminoacido, e quindi può identificare cambiamenti dinamici nelle popolazioni di linfociti e parametri di diversità in diverse malattie. Questa tecnica sta lentamente entrando nella pratica clinica e ha il potenziale per l'identificazione di nuovi biomarcatori, stratificazione del rischio e medicina di precisione.

Qui, descriviamo un metodo per l'isolamento del DNA dal tessuto intestinale e dal sangue, la preparazione di librerie per NGS e i passaggi di base di una corsa di sequenziamento per il sequenziamento del repertorio immunitario. L'esecuzione genererà file fastq, che possono essere ulteriormente convertiti in file fasta per l'utilizzo nella piattaforma internazionale ImMunoGeneTics (IMGT)/HighV-QUEST. Questo HTS esegue e gestisce molte analisi di decine di migliaia di sequenze TCRβ e IGH riorganizzate, al livello nucleot...

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T and B Cell Receptor Immune Repertoire Analysis using Next-generation Sequencing

L'attuale protocollo descrive un metodo per l'isolamento del DNA da campioni di sangue e biopsie intestinali, generazione di librerie PCR TCRβ e IGH per il sequenziamento di nuova generazione, le prestazioni di una corsa NGS e l'analisi dei dati di base.

Analisi del repertorio immunitario del recettore delle cellule T e B utilizzando il sequenziamento di nuova generazione

Immunological memory, the hallmark of adaptive immunity, is orchestrated by T and B lymphocytes. In circulation and different organs, there are billions ...

Questo metodo consente l'esplorazione di specifiche cellule T e B a livello nucleotidico o amminoacido e può quindi identificare cambiamenti dinamici nelle popolazioni di linfociti e parametri di diversità in diversi disturbi. Il vantaggio del sequenziamento di nuova generazione è la capacità di identificare cloni di cellule T o B unici e rintracciarli in diversi siti anatomici o in individui diversi. Ciò ha il potenziale per identificare nuovi biomarcatori in diverse malattie.A dimostrare questa procedura sarà Naomi Salamon, un'assistente di ricerca del mio laboratorio. Inizia eseguendo la digestione e la llisi cellulare delle biopsie intestinali. Recupera le biopsie intestinali appena raccolte o conservate a -20 o a -80 gradi Celsius.Se si utilizzano biopsie congelate, scongelarle sul ghiaccio. Aggiungere 600 microlitri di soluzione di lysis nucleica a un tubo sterile a microcentrifugo da 1,7 millilitri, refrigerato sul ghiaccio. Quindi posizionare una biopsia nel tubo e incubarla a 65 gradi Celsius per 15-30 minuti.Aggiungere 17,5 microlitri di proteinasi K da 20 milligrammi per millilitro e incubare il tubo durante la notte a 55 gradi Celsius, con un delicato scuotimento. Dopo l'incubazione, lasciare raffreddare il campione a temperatura ambiente per cinque minuti. Per l'isolamento del DNA dal sangue, scuotere delicatamente il tubo fino a quando non viene accuratamente miscelato.Quindi trasferire il sangue in un tubo di centrifuga sterile da 15 millilitri contenente nove millilitri di soluzione di lisi cellulare. Invertire il tubo più volte durante un periodo di incubazione di 10 minuti a temperatura ambiente. Centrifuga a 600g per 10 minuti a temperatura ambiente.Quindi scartare il più supernatante possibile senza disturbare il pellet bianco visibile. Vortice vigorosamente il tubo per 15 secondi fino a quando non viene completamente rimescolato. Aggiungere tre millilitri di soluzione dilisi nucleica e pipetta più volte, causando la viscosità della soluzione.Aggiungere il tampone di precipitazione proteica al campione. Quindi vortice vigorosamente per 20 secondi e incubarlo sul ghiaccio per cinque minuti. Centrifuga a 16.000g per quattro minuti per formare un pellet stretto contenente le proteine precipitate.Trasferire con cura il supernatante senza disturbare il pellet in un nuovo tubo da 1,7 millilitri. Aggiungere un millilitro di 2-propanolo al tubo contenente il supernatante e mescolarlo delicatamente invertendo. Il DNA dovrebbe diventare visibile come una sostanza bianca fluttuante.Centrifugare a 16.000 volte g per un minuto e rimuovere completamente il supernatante. Aggiungere un millilitro di etanolo appena preparato al 70% e invertire il tubo più volte. Centrifugarlo a 16.000 g per un minuto a temperatura ambiente.Quindi scartare con cura il supernatante. Ripetere il lavaggio dell'etanolo. Quindi lasciare asciugare il pellet di DNA per 10-15 minuti.Aggiungere 50 microlitri di acqua ultra pura al DNA ed eseguire la quantificazione del DNA come descritto nel manoscritto testuale. Usa 150 nanogrammi di DNA per preparare la libreria al sequenziamento. Posizionare pipette e punte nella cappa con luce UV per 15 minuti per abbattere il DNA residuo.Nel frattempo, consentire ai diversi tubi indice e dna polimerasi di scongelarsi sul ghiaccio. In una cappa biologica, aggiungere 45 microlitri dai diversi tubi indice ai tubi PCR, facendo attenzione ad evitare la contaminazione incrociata. Quindi aggiungere 0,2 microlitri della DNA polimerasi e cinque microlitri del DNA preparato nei tubi PCR.Eseguire PCR utilizzando un programma preimpostato secondo le istruzioni del produttore. Usa perline magnetiche per la rimozione di primer, nucleotidi ed enzimi in eccesso. Riscaldare le perline a temperatura ambiente per almeno 30 minuti e preparare abbastanza etanolo fresco all'80% per 400 microlitri per campione.Aggiungere le perline a ciascun tubo PCR e mescolare pipettando 10 volte. Incubare i tubi per 10 minuti a temperatura ambiente. Posizionare il campione misto sul supporto magnetico per cinque minuti.Quindi aspirare il liquido limpido e scartare. Aspirare il liquido rimanente utilizzando una punta da 10 microliter. Aggiungere 200 microlitri di 80%etanolo a ciascun campione e incubare per 30 secondi.Aspira 195 microlitri di etanolo e scarta. Quindi aspirare il liquido rimanente utilizzando una punta da 10 microliter. Ripetere il lavaggio dell'etanolo.Quindi aprire i tappi dei tubi e lasciarli asciugare all'aria per cinque minuti. Dopo cinque minuti, rimuovere i campioni dal supporto magnetico e aggiungere 25 microlitri di tampone di eluizione. Mescolare con pipettazione fino a omogenea e incubare a temperatura ambiente per due minuti.Posizionare i tubi sul supporto magnetico per cinque minuti. Quindi trasferire 22 microlitri su un nuovo tubo PCR e misurare la concentrazione di DNA. Quantificare l'amplicon come descritto nel manoscritto testuale.Dopo aver calcolato la concentrazione finale del DNA e la dimensione in coppie di basi del picco del prodotto, preparare un nuovo mix di diluizione per ogni campione e trasferirvi due microlitri in un nuovo mix di pool. Preparare una soluzione fresca di idrossido di sodio normale 0,2 e aggiungere 10 microlitri alla libreria diluita. Incubare per cinque minuti a temperatura ambiente per denaturare il DNA a doppio filamento.Quindi aggiungere 980 microlitri di tampone pre-refrigerato dal kit al tubo contenente DNA e vortice brevemente. Caricare 600 microlitri della libreria finale sulla cartuccia designata e posizionare i campioni nella macchina. Per eseguire l'analisi di sequenziamento, scaricare le metriche di sequenziamento dal sequencer e verificare che i dati si trovano all'interno degli intervalli appropriati.Ripetere l'esecuzione per i campioni che non soddisfano i criteri. Questo protocollo è stato utilizzato per eseguire un'analisi di base di campioni rappresentativi di sangue autologo e rettale di un paziente con carenza del recettore IL10 e una storia di grave IBD ad esordio infantile. I campioni sono stati analizzati sia per il repertorio TCR-beta che per quello IGH.Tutti i cloni possono essere identificati dalla loro sequenza unica a livello nucleotidico o amminoacido. Queste sequenze possono essere confrontate tra diversi pazienti alla ricerca di cloni condivisi o nello stesso paziente tra diversi siti anatomici. I cinque cloni più frequenti per ogni campione sono mostrati qui.Le immagini TreeMap sono state generate per un'ampia panoramica del repertorio. Ogni quadrato colorato rappresenta un clone diverso e la dimensione è correlata alla sua frequenza. Queste immagini TreeMap dimostrano l'espansione clonale nel repertorio intestinale IGH.Al contrario, nel repertorio TCR-beta, si osserva una marcata espansione clonale nel sangue rispetto all'intestino autologo. A livello genico, NGS fornisce informazioni sull'uso di V, D e J a livello di gene, famiglia o allele. Inoltre, combinazioni VDJ specifiche possono essere dedotte dai dati per i repertori TCR-beta e IGH, rivelando modelli di utilizzo genico differenziale in varie condizioni.Questo protocollo può essere applicato sia sul DNA che sull'RNA e può essere utilizzato per generare repertori TCR-alfa, TCR-gamma e IGL. È anche compatibile con altri organi dopo lievi modifiche alla digestione.

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Transnuclear Mice with Pre-defined T Cell Receptor Specificities Against Toxoplasma gondii Obtained Via SCNT

Transnuclear Mice with Pre-defined T Cell Receptor Specificities Against Toxoplasma gondii Obtained Via SCNT

I topi con Transnuclear predefiniti Specificità cellule T contro il recettore Toxoplasma gondii Ottenuto Via SCNT

Lymphocytes, such as T cells, undergo genetic V(D)J recombination, to generate a receptor with a certain specificity1. Mice transgenic for a rearranged ...

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Flow Cytometry Analysis of Immune Cells Within Murine Aortas

Analisi Citometria a flusso di cellule immunitarie all&#39;interno aorte Murine

Atherosclerosis is a chronic inflammatory process of medium and large size vessels that is characterized by the formation of plaques consisting of foam ...

Isolation of Precursor B-cell Subsets from Umbilical Cord Blood

Isolamento di precursori delle cellule B di sottoinsiemi di sangue del cordone ombelicale

Umbilical cord blood is highly enriched for hematopoietic progenitor cells at different lineage commitment stages. We have developed a protocol for ...

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Efficiente protocollo Isolamento da B e T linfociti umani da Palatine Tonsille

Tonsils form a part of the immune system providing the first line of defense against inhaled pathogens. Usually the term &#8220;tonsils&#8221; refers to ...

Using X-ray Crystallography, Biophysics, and Functional Assays to Determine the Mechanisms Governing T-cell Receptor Recognition of Cancer Antigens

Utilizzando cristallografia a raggi X, Biofisica, e saggi funzionali per determinare i meccanismi di amministrazione delle cellule T del recettore Riconoscimento di cancro antigeni

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Visualizing the Actin and Microtubule Cytoskeletons at the B-cell Immune Synapse Using Stimulated Emission Depletion (STED) Microscopy

Visualizing the Actin and Microtubule Cytoskeletons at the B-cell Immune Synapse Using Stimulated Emission Depletion STED Microscopy

Visualizzando l'actina e Cytoskeletons dei microtubuli alla sinapsi della B-cellula Immune usando la microscopia di svuotamento (STED) emissione stimolata

B cells that bind to membrane-bound antigens (e.g., on the surface of an antigen-presenting cell) form an immune synapse, a specialized cellular structure ...

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Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing

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The immense adaptability of antigen recognition by antibodies is the basis of the acquired immune system. Despite our understanding of the molecular ...

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Studiare le dinamiche di Organelle nelle cellule B durante la formazione immunitaria di sinapsi

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Gene Knock-in di CRISPR/Cas9 e smistamento cellulare in macrofagi e linee cellulari T

Functional genomics studies of the immune system require genetic manipulations that involve both deletion of target genes and addition of elements to ...