Name: semi-quantitative analysis of peptidoglycan by liquid chromatography mass spectrometry and bioinformatics
Uploaded: 2020-10-13T15:00:00
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जेनिफर गेडेस-मैकएलिस्टर और डॉ एंथनी क्लार्क को इस प्रोटोकॉल को परिष्कृत करने में उनके योगदान के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं। इस काम को सीएमके (पीजेटी 156111) को दिए गए सीआईएचआर से परिचालन अनुदान द्वारा समर्थित किया गया था और ईएमए को दिए गए एनएसईआरसी अलेक्जेंडर ग्राहम बेल सीजीएस डी को BioRender.com को आंकड़े बनाए गए थे।

1. पेप्टिडोग्लाइकन नमूना तैयारी
<ol><li>बैक्टीरियल संस्कृतियों का विकास नोट: बैक्टीरियल संस्कृतियों की वृद्धि बैक्टीरिया प्रजातियों और जांच की जा रही विकास स्थितियों के आधार पर भिन्न होगी। परीक?...

<ol>
	<li>Vollmer, W., Blanot, D., de Pedro, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycan+structure+and+architecture.">Peptidoglycan structure and architecture.</a> FEMS Microbiology Reviews. 32, 149-167 (2007).</li><li>Pazos, M., Peters, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycan.">Peptidoglycan.</a> Sub-cellular Biochemistry. 92, 127-168 (2019).</li><li>Typas, A., Banzhaf, M., Gross, C. A., Vollmer, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+regulation+of+peptidoglycan+synthesis+to+bacterial+growth+and+morphology.">From the regulation of peptidoglycan synthesis to bacterial growth and morphology.</a> Nature Reviews. Microbiology. 10 (2), 123-136 (2011).</li><li>Yadav, A. K., Espaillat, A., Cava, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+strategies+to+preserve+cell+wall+integrity+against+environmental+threats.">Bacterial strategies to preserve cell wall integrity against environmental threats.</a> Frontiers in Microbiology. 9, 2064 (2018).</li><li>Bera, A., Herbert, S., Jakob, A., Vollmer, W., G&#246;tz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+are+pathogenic+staphylococci+so+lysozyme+resistant?+The+peptidoglycan+O-acetyltransferase+OatA+is+the+major+determinant+for+lysozyme+resistance+of+Staphylococcus+aureus.">Why are pathogenic staphylococci so lysozyme resistant? The peptidoglycan O-acetyltransferase OatA is the major determinant for lysozyme resistance of Staphylococcus aureus.</a> Molecular Microbiology. 55 (3), 778-787 (2005).</li><li>Brott, A. S., Clarke, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycan+O-acetylation+as+a+virulence+factor:+its+effect+on+lysozyme+in+the+innate+immune+system.">Peptidoglycan O-acetylation as a virulence factor: its effect on lysozyme in the innate immune system.</a> Antibiotics. 8 (3), 94 (2019).</li><li>Putty, S., Vemula, H., Bobba, S., Gutheil, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+liquid+chromatography-tandem+mass+spectrometry+assay+for+D-Ala-D-Lac:+A+key+intermediate+for+vancomycin+resistance+in+vancomycin-resistant+Enterococci.">A liquid chromatography-tandem mass spectrometry assay for D-Ala-D-Lac: A key intermediate for vancomycin resistance in vancomycin-resistant Enterococci.</a> Analytical Biochemistry. 442 (2), 166-171 (2013).</li><li>Arthur, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+in+vivo+incorporation+of+D-lactate+into+peptidoglycan+precursors+of+vancomycin-resistant+Enterococci.">Evidence for in vivo incorporation of D-lactate into peptidoglycan precursors of vancomycin-resistant Enterococci.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 36 (4), 867-869 (1992).</li><li>Mardarowicz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolierung+und+Charakterisierung+des+Murein-Sacculus+von+Brucella.">Isolierung und Charakterisierung des Murein-Sacculus von Brucella.</a> Z. Naturforsdig. 21, 1006-1007 (1966).</li><li>Glauner, B., H&#246;ltje, J. V., Schwarz, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+composition+of+the+murein+of+Escherichia+coli.">The composition of the murein of Escherichia coli.</a> The Journal of Biological Chemistry. 263 (21), 10088-10095 (1988).</li><li>Glauner, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Separation+and+quantification+of+muropeptides+with+high-performance+liquid+chromatography.">Separation and quantification of muropeptides with high-performance liquid chromatography.</a> Analytical Biochemistry. 172, 451-464 (1988).</li><li>Anderson, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycomics+reveals+compositional+changes+in+peptidoglycan+between+biofilm-+and+planktonic-derived+Pseudomonas+aeruginosa.">Peptidoglycomics reveals compositional changes in peptidoglycan between biofilm- and planktonic-derived Pseudomonas aeruginosa.</a> The Journal of Biological Chemistry. 295 (2), 504-516 (2020).</li><li>van der Aart, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+analysis+of+the+peptidoglycan+composition+in+Streptomyces+coelicolor.">High-resolution analysis of the peptidoglycan composition in Streptomyces coelicolor.</a> Journal of Bacteriology. 200 (20), 00290 (2018).</li><li>Bern, M., Beniston, R., Mesnage, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Towards+an+automated+analysis+of+bacterial+peptidoglycan+structure.">Towards an automated analysis of bacterial peptidoglycan structure.</a> Analytical and Bioanalytical Chemistry. 409, 551-560 (2017).</li><li>Brott, A. S., Sychantha, D., Clarke, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assays+for+the+enzymes+catalyzing+the+O-acetylation+of+bacterial+cell+wall+polysaccharides.">Assays for the enzymes catalyzing the O-acetylation of bacterial cell wall polysaccharides.</a> Methods in Molecular Biology. 1954, 115-136 (2019).</li><li>Clarke, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compositional+analysis+of+peptidoglycan+by+high-performance+anion-exchange+chromatography.">Compositional analysis of peptidoglycan by high-performance anion-exchange chromatography.</a> Analytical Biochemistry. 212 (2), 344-350 (1993).</li><li>Rusconi, F., Douard Valton, &. #. 2. 0. 1. ;., Nguyen, R., Dufourc, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+sodium+dodecyl+sulfate+in+microliter-volume+biochemical+samples+by+visible+light+spectroscopy.">Quantification of sodium dodecyl sulfate in microliter-volume biochemical samples by visible light spectroscopy.</a> Analytical Biochemistry. 295, 31-37 (2001).</li><li>Verwer, R. W. H., Beachey, E. H., Keck, W., Stoub, A. M., Poldermans, J. 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D., Foster, E. E., Thadani, A. N., Ramirez, A. J., Kim, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+Staphylococcus+aureus+cell+wall+biosynthesis+by+desleucyl-oritavancin:+A+quantitative+peptidoglycan+composition+analysis+by+mass+spectrometry.">Inhibition of Staphylococcus aureus cell wall biosynthesis by desleucyl-oritavancin: A quantitative peptidoglycan composition analysis by mass spectrometry.</a> Journal of Bacteriology. 199 (15), 00278 (2017).</li><li>Glauner, B., H&#246;ltje, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+pattern+of+the+murein+sacculus+of+Escherichia+coli.">Growth pattern of the murein sacculus of Escherichia coli.</a> The Journal of Biological Chemistry. 265 (31), 18988-18996 (1990).</li><li>Espaillat, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemometric+analysis+of+bacterial+peptidoglycan+reveals+atypical+modifications+that+empower+the+cell+wall+against+predatory+enzymes+and+fly+innate+immunity.">Chemometric analysis of bacterial peptidoglycan reveals atypical modifications that empower the cell wall against predatory enzymes and fly innate immunity.</a> Journal of the American Chemical Society. 138 (29), 9193-9204 (2016).</li><li>Quintela, J. C., Caparros, M., de Pedro, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variability+of+peptidoglycan+structural+parameters+in+Gram-negative+bacteria.">Variability of peptidoglycan structural parameters in Gram-negative bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 125, 95-100 (1995).</li><li>Quintela, J. C., Zollner, P., Portillo, F. G., Allmaier, G., de Pedro, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+wall+structural+divergence+among+Thermus+spp.">Cell wall structural divergence among Thermus spp.</a> FEMS Microbiology Letters. 172, 223-229 (1999).</li><li>Torrens, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+peptidoglycans+from+Pseudomonas+aeruginosa+isolates+recovered+from+chronic+and+acute+infections.">Comparative analysis of peptidoglycans from Pseudomonas aeruginosa isolates recovered from chronic and acute infections.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 0868 (2019).</li><li>Antignac, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detailed+structural+analysis+of+the+peptidoglycan+of+the+human+pathogen+Neisseria+meningitidis.">Detailed structural analysis of the peptidoglycan of the human pathogen Neisseria meningitidis.</a> The Journal of Biological Chemistry. 278 (34), 31521-31528 (2003).</li><li>De Jonges, B. L. M., Changi, Y. S., Gage, D., Tomaszs, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycan+composition+of+a+highly+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+strain.+The+role+of+penicillin+binding+protein+2A.">Peptidoglycan composition of a highly methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain. The role of penicillin binding protein 2A.</a> The Journal of Biological Chemistry. 267 (16), 11248-11264 (1992).</li><li>Lee, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Muropeptides+in+Pseudomonas+aeruginosa+and+their+role+as+elicitors+of+&#946;-lactam-antibiotic+resistance.">Muropeptides in Pseudomonas aeruginosa and their role as elicitors of &#946;-lactam-antibiotic resistance.</a> Angewandte Chemie - International Edition. 55, 6882-6886 (2016).</li><li>Schumann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidoglycan+Structure.">Peptidoglycan Structure.</a> Methods in Microbiology. 38, 101-129 (2011).</li><li>Wientjes, F. B., Woldringh, C. L., Nanninga, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amount+of+peptidoglycan+in+cell+walls+of+Gram-negative+bacteria.">Amount of peptidoglycan in cell walls of Gram-negative bacteria.</a> Journal of Bacteriology. 173 (23), 7684-7691 (1991).</li></ol>

यह प्रोटोकॉल बैक्टीरियल संस्कृतियों से पेप्टिडोग्लाइकन को शुद्ध करने की एक विधि का वर्णन करता है, एलसी-एमएस का पता लगाने की प्रक्रिया और जैव सूचना विज्ञान तकनीकों का उपयोग करके संरचना का विश्लेषण कर?...

पेप्टिडोग्लाइकन (पीजी) बैक्टीरिया की एक परिभाषित विशेषता है जो प्रोटीन और अन्य सेलुलर घटकोंके लिए संरचनात्मक सहायता प्रदान करते हुए सेल आकृति विज्ञान को बनाए रखने का कार्य करता है। पीजी की रीढ़ वैकल्पिक β -1,4-लिंक्ड एन-एसिटाइल मुरमिक एसिड (एमयूआरएनएसी) और एन-एसिटाइल ग्लूकोसामाइन (जीएलसीएनएसी) 1,2 से बना है। प्रत्येक MurNAC में एक छोटा पेप्टाइड होता है जो '-लैक्टिल अवशेषों' पर बंधा होता है जिसे आसन्न डिसैकराइड-लिंक्ड पेप्टाइड्स (चित्रा 1ए, बी) से क्रॉसलिंक किया जा सकता है। यह क्रॉसलिंकिंग एक जाल जैसी संरचना पैदा करता है जो पूरे सेल को शामिल करता है और इसे अक्सर सैकुलस (चित्रा 1 सी) के रूप में जाना जाता है। पीजी संश्लेषण के दौरान, अग्रदूत साइटोप्लाज्म में उत्पन्न होते हैं, और फ्लिपपेस द्वारा साइटोप्लाज्मिक झिल्ली में ले जाया जाता है। अग्रदूतों को बाद में ट्रांसग्लाइकोसिलेज और ट्रांसपेप्टिडेस एंजाइमों द्वारा परिपक्व पीजी में शामिल किया जाता है,जो क्रमशः ग्लाइकोसिडिक और पेप्टाइड बॉन्ड का उत्पादन करते हैं। हालांकि, एक बार इकट्ठा होने के बाद, बैक्टीरिया द्वारा उत्पादित कई एंजाइम होते हैं जो विकास और विभाजन सहित कई सेलुलर प्रक्रियाओं को पूरा करने के लिए पीजी को संशोधित और / या नीचा दिखाते हैं। इसके अलावा, पीजी के विभिन्न संशोधनों को तनाव, विकास की स्थिति और पर्यावरणीय तनाव के लिए विशिष्ट अनुकूलन प्रदान करने के लिए दिखाया गया है, जिसे सेल सिग्नलिंग, रोगाणुरोधी प्रतिरोध और मेजबान प्रतिरक्षा चोरी4 में फंसाया गया है। उदाहरण के लिए, एक सामान्य संशोधन MurNAC पर एक C6 एसिटाइल समूह को जोड़ना है जो ग्लाइकन β -1,4 लिंकेज को मेजबान-उत्पादित लाइसोजाइम एंजाइमों तक पहुंच को सीमित करके प्रतिरोध प्रदान करता है जो पीजी 4,5,6 को नीचा दिखाते हैं। एंटरोकोकी में, पेप्टाइड साइडचेन के टर्मिनल -अला का प्रतिस्थापन -लैक के साथ रोगाणुरोधी, वैनकोमाइसिन 7,8 के लिए अधिक प्रतिरोध प्रदान करता है।
पीजी अलगाव और शुद्धिकरण के लिए सामान्य प्रक्रिया अपेक्षाकृत अपरिवर्तित रही है क्योंकि इसे 1960के दशक में वर्णित किया गया था। बैक्टीरियल झिल्ली को एसडीएस के साथ गर्मी उपचार के माध्यम से भंग कर दिया जाता है, इसके बाद बाध्य प्रोटीन, ग्लाइकोलिपिड्स और शेष डीएनए के एंजाइमैटिक हटाने के बाद। शुद्ध बरकरार सकुलस को बाद में जीएलसीएनएसी और एमयूआरएनएसी के बीच β -1,4 लिंकेज के हाइड्रोलिसिस द्वारा व्यक्तिगत घटकों में पचाया जा सकता है। यह पाचन किसी भी संरचनात्मक संशोधनों और / या क्रॉसलिंक के साथ GlcNac-MurNAC डिसैकराइड्स का उत्पादन करता है और इसे मुरोपेप्टाइड्स (चित्रा 1 बी) कहा जाता है।
पीजी का रचनात्मक विश्लेषण शुरू में प्रत्येक मुरोपेप्टाइड को शुद्ध करने के लिए उच्च दबाव तरल क्रोमैटोग्राफिक पृथक्करण (एचपीएलसी) के माध्यम से आयोजित किया गया था, जिसके बाद मुरोपेप्टाइड्स10,11 की मैन्युअल पहचान की गई थी। तब से इसे तरल क्रोमैटोग्राफी टेंडम मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एलसी-एमएस) द्वारा प्रतिस्थापित किया गया है, जो पहचान संवेदनशीलता को बढ़ाता है और प्रत्येक व्यक्ति के मुरोपेप्टाइड को शुद्ध करने के मैनुअल वर्कलोड को कम करता है। हालांकि, मुरोपेप्टाइड्स की मैनुअल पहचान की समय लेने वाली और जटिल प्रकृति एक सीमित कारक बनी हुई है, जिससे किए गए अध्ययनों की संख्या कम हो गई है। हाल के वर्षों में "ओमिक" प्रौद्योगिकियों के उद्भव के साथ, स्वचालित एलसी-एमएस सुविधा निष्कर्षण एक शक्तिशाली उपकरण बन गया है, जो बहुत बड़े डेटासेट से जटिल नमूनों में व्यक्तिगत यौगिकों का तेजी से पता लगाने और पहचान करने की अनुमति देता है। एक बार सुविधाओं की पहचान हो जाने के बाद, जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर सांख्यिकीय रूप से जटिल डेटासेट के बीच न्यूनतम अंतर को अलग करने और उन्हें उपयोगकर्ता को ग्राफिक रूप से प्रदर्शित करने वाले अंतर विश्लेषण का उपयोग करके नमूनों के बीच भिन्नता की तुलना करता है। पीजी संरचना के विश्लेषण के लिए फीचर निष्कर्षण सॉफ्टवेयर का अनुप्रयोग केवल12,13,14 का पता लगाया जाना शुरू हुआ है और जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण12 के साथ युग्मित है। प्रोटिओमिक विश्लेषण के विपरीत जो आसानी से उपलब्ध प्रोटीन डेटाबेस से लाभान्वित होता है जो पेप्टाइड विखंडन की भविष्यवाणी करता है जो पूरी तरह से स्वचालित पहचान की अनुमति देता है, वर्तमान में पेप्टिडोग्लाइकोमिक्स के लिए कोई विखंडन पुस्तकालय मौजूद नहीं है। हालांकि, फीचर निष्कर्षण को मुरोपेप्टाइड पहचान12 की भविष्यवाणी करने के लिए ज्ञात और अनुमानित संरचनात्मक डेटाबेस के साथ जोड़ा जा सकता है। यहां हम पीजी संरचना के स्वचालित पहचान और जैव सूचना त्मक अंतर विश्लेषण के लिए एक मुरोपेप्टाइड लाइब्रेरी के साथ संयुक्त एलसी-एमएस-आधारित फीचर निष्कर्षण के उपयोग के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं (चित्रा 2)।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C18 reverse phase column - AdvanceBio Peptide column (100 mm x 2.1 mm 2.7 &#181;m)</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>LC-MS data acquisition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating mantle controller, Optichem</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>50-401-788</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating Mantle, 1000mL Hemispherical</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>CG1000008</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator, 37&#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>for sacculi purification and MS sample prep</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leibig condenser, 300MM 24/40,</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>CG121805</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lyophilizer</td>
			<td>Labconco</td>
			<td></td>
			<td>for lyophilization of sacculi</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magentic stirrer</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>90-691-18</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>mass spectrometer Q-Tof model UHD 6530</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>LC-MS data acquisition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microcentrifuge filters, Nanosep MF 0.2 &#181;m</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>50-197-9573</td>
			<td>cleanup of sample before MS injection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Retort stand</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>12-000-102</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Retort clamp</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S02629</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>round bottom flask - 1 liter pyrex</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>07-250-084</td>
			<td>for 4% SDS boil</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator model 120</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>FB120</td>
			<td>for sacculi purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator - micro tip</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>FB4422</td>
			<td>for sacculi purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultracentrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td></td>
			<td>sacculi wash steps</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultracentrifuge bottles, Ti45</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>NC9691797</td>
			<td>sacculi wash steps</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water supply</td>
			<td>City</td>
			<td></td>
			<td>for water cooled condenser</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemdraw</td>
			<td>Cambridgesoft</td>
			<td></td>
			<td>molecular editor for muropeptide fragmentation prediction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Excel</td>
			<td>Microsoft</td>
			<td></td>
			<td>viewing lists of annotated muropeptides, abundance, isotopic patterns, etc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassHunter Acquisition</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>running QTOF instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassHunter Mass Profiler Professional</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>bioinformatic differential analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassHunter Personal Compound Database and Library Manager</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>muropeptide m/z MS database</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassHunter Profinder</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>recursive feature extraction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassHunter Qualitative analysis</td>
			<td>Aglient</td>
			<td></td>
			<td>viewing MS and MS/MS chromatograms</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prism</td>
			<td>Graphpad</td>
			<td></td>
			<td>Graphing software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Perseus</td>
			<td>Max Plank Institute of Biochemistry</td>
			<td></td>
			<td>1D annotation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Material</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A998-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amylase</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A6380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>BP168-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNase</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>EN0521</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>27001-500ML-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC-MS tuning mix - HP0321</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G1969-85000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mutanolysin from Streptomyces globisporus ATCC 21553</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M9901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nitrogen gas (&#62;99% purity)</td>
			<td>Praxair</td>
			<td>NI 5.0UH-T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphoric acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pronase E from Streptomyces griseus</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5147</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNase</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>EN0531</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium azide</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S0489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium borohydride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>452890</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>BP166</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Phosphate (dibasic)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S373</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Phosphate (monobasic)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S369</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stains-all</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E9379</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

semi-quantitative analysis of peptidoglycan by liquid chromatography mass spectrometry and bioinformatics

पेप्टिडोग्लाइकन जीवाणु कोशिका की दीवारों का एक महत्वपूर्ण घटक है और रोगाणुरोधी के लिए एक सामान्य सेलुलर लक्ष्य है। यद्यपि पेप्टिडोग्लाइकन संरचना के पहलुओं को सभी बैक्टीरिया में काफी संरक्षित किया जाता है, लेकिन ग्राम-पॉजिटिव / नकारात्मक और प्रजातियों के बीच भी काफी भिन्नता है। इसके अलावा, पेप्टिडोग्लाइकन के लिए कई ज्ञात विविधताएं, संशोधन या अनुकूलन हैं जो विकास चरण और / या पर्यावरणीय उत्तेजनाओं के जवाब में एक जीवाणु प्रजाति के भीतर हो सकते हैं। ये विविधताएं एक अत्यधिक गतिशील संरचना का उत्पादन करती हैं जो विकास / विभाजन, एंटीबायोटिक प्रतिरोध और मेजबान रक्षा परिहार सहित कई सेलुलर कार्यों में भाग लेने के लिए जानी जाती हैं। पेप्टिडोग्लाइकन के भीतर भिन्नता को समझने के लिए, समग्र संरचना को इसके संवैधानिक भागों (जिसे मुरोपेप्टाइड्स के रूप में जाना जाता है) में विभाजित किया जाना चाहिए और समग्र सेलुलर संरचना के लिए मूल्यांकन किया जाना चाहिए। पेप्टिडोग्लाइकेमिक्स उन्नत मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग उच्च शक्ति वाले जैव सूचना विज्ञान डेटा विश्लेषण के साथ संयुक्त रूप से करता है ताकि पेप्टिडोग्लाइकन संरचना की बारीक विस्तार से जांच की जा सके। निम्नलिखित प्रोटोकॉल बैक्टीरियल संस्कृतियों से पेप्टिडोग्लाइकन के शुद्धिकरण, तरल क्रोमैटोग्राफ-मास स्पेक्ट्रोमीटर के माध्यम से मुरोपेप्टाइड तीव्रता डेटा का अधिग्रहण, और जैव सूचना विज्ञान का उपयोग करके पेप्टिडोग्लाइकन संरचना के अंतर विश्लेषण का वर्णन करता है।

उच्च शक्ति वाले पीक रिकग्निशन सॉफ्टवेयर के साथ मिलकर एमएस मशीनरी की बढ़ती पहचान संवेदनशीलता ने जटिल नमूनों की पदार्थ रचनाओं को बहुत ही मिनट विस्तार से अलग करने, निगरानी करने और विश्लेषण करने की क्षमत?...

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Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

इस प्रोटोकॉल में उन्नत सुविधा निष्कर्षण और जैव सूचना विश्लेषण सॉफ्टवेयर के साथ युग्मित तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग करके पेप्टिडोग्लाइकन संरचना का विस्तृत विश्लेषण शामिल है।

तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री और जैव सूचना विज्ञान द्वारा पेप्टिडोग्लाइकन का अर्ध-मात्रात्मक विश्लेषण

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Research

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Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

प्रोटीन संरचना और गतिशीलता के अध्ययन के लिए समय का समाधान electrospray ionization हाइड्रोजन-ड्यूटेरियम एक्सचेंज मास स्पेक्ट्रोमेट्री

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

ब्लू मूल निवासी पृष्ठ और प्रोटीन सहसंबंध रूपरेखा द्वारा समानता शुद्ध प्रोटीन परिसरों का समाधान करना

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

की Metabolite विश्लेषण के लिए एक अग्रानुक्रम तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित दृष्टिकोण<em&gt; स्ताफ्य्लोकोच्चुस</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

मात्रात्मक मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए लिपिड बूंद अलगाव

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Isobaric लेबलिंग, व्यापक तरल क्रोमैटोग्राफी, मास स्पेक्ट्रोमेट्री, और सॉफ्टवेयर असिस्टेड ठहराव द्वारा डीप Proteome profile

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

एक न्यूक्लियोटाइड विस्तार और मालदी-तोफ मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण का उपयोग कर ठीक करना और डीएनए मरंमत परख

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

पेप्टाइड संवर्धन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन सर्वव्यापकता साइटों का पता लगाना

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptide प्रोफ़ेशनल और पहचान एंजियोटेन्सिन द्वितीय द्वारा सचित्र

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

एफ़िनिटी क्रोमैटोग्राफी द्वारा इनोसिटोल फॉस्फेट या फॉस्फोइनोसिटाइड इंटरैक्टिंग प्रोटीन की पहचान पश्चिमी ब्लॉट या मास स्पेक्ट्रोमेट्री के लिए जोड़ा गया

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

उलट-चरण तरल क्रोमैटोग्राफी-मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा सेल मुक्त प्रोटीन संश्लेषण चयापचय का निरपेक्ष क्वांटिफिकेशन

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...