Name: quantitative proteomics workflow using multiple reaction monitoring based detection of proteins from human brain tissue
Uploaded: 2021-08-28T13:00:00
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我们承认MHRD-UAY项目（UCHHATAR AVISHKAR YOJANA），该项目#34_IITB在生物技术部的支持下，在孟买国际信息技术研究所（BT/PR13114/INF/206/206/2015）进行所有MS相关实验。
我们特别感谢里沙布·亚达夫先生制作和编辑了整个视频，并感谢尼尚特·内鲁卡尔先生在编辑音频方面的工作。

这项研究涉及来自人类参与者的脑组织样本，由TMH和IITB IEC审查和批准 - （IITB-IEC/2018/019）。参与者提供了他们知情和书面的同意，以参与这项研究。
1 从脑组织中提取蛋白质
<ol><li>重约50毫克的脑组织，用300微升的1倍磷酸盐缓冲盐水（PBS）用微管清洗组织。 注：此步骤旨在去除组织外部表面的任何血液，必要时必须重复。建议从组织中去除尽可能多的血液，因为它会干?...

<ol>
	<li>Picotti, P., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selected+reaction+monitoring-based+proteomics:+Workflows,+potential,+pitfalls+and+future+directions.">Selected reaction monitoring-based proteomics: Workflows, potential, pitfalls and future directions.</a> Nature Methods. , (2012).</li><li>Carr, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+peptide+measurements+in+biology+and+medicine:+Best+practices+for+mass+spectrometry-based+assay+development+using+a+fit-for-purpose+approach.">Targeted peptide measurements in biology and medicine: Best practices for mass spectrometry-based assay development using a fit-for-purpose approach.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 13 (3), 907-917 (2014).</li><li>Pitt, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Principles+and+applications+of+liquid+chromatography-mass+spectrometry+in+clinical+biochemistry.">Principles and applications of liquid chromatography-mass spectrometry in clinical biochemistry.</a> The Clinical biochemist Reviews. 30 (1), 19-34 (2009).</li><li>Hosp, F., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Primer+on+Concepts+and+Applications+of+Proteomics+in+Neuroscience.">A Primer on Concepts and Applications of Proteomics in Neuroscience.</a> Neuron. 96 (3), 558-571 (2017).</li><li>Scopes, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+protein+by+spectrophotometry+at+205+nm.">Measurement of protein by spectrophotometry at 205 nm.</a> Analytical Biochemistry. , (1974).</li><li>Kusebauch, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+SRMAtlas:+A+Resource+of+Targeted+Assays+to+Quantify+the+Complete+Human+Proteome.">Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome.</a> Cell. , (2016).</li><li>MacLean, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Skyline:+an+open+source+document+editor+for+creating+and+analyzing+targeted+proteomics+experiments.">Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments.</a> Bioinformatics. 26 (7), 966-968 (2010).</li><li>Gerber, S. A., Rush, J., Stemman, O., Kirschner, M. W., Gygi, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Absolute+quantification+of+proteins+and+phosphoproteins+from+cell+lysates+by+tandem+MS.">Absolute quantification of proteins and phosphoproteins from cell lysates by tandem MS.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. , (2003).</li><li>Escher, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+iRT,+a+normalized+retention+time+for+more+targeted+measurement+of+peptides.">Using iRT, a normalized retention time for more targeted measurement of peptides.</a> Proteomics. , (2012).</li><li>Gillette, M. A., Carr, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+peptides+and+proteins+in+biomedicine+by+targeted+mass+spectrometry.">Quantitative analysis of peptides and proteins in biomedicine by targeted mass spectrometry.</a> Nature Methods. 10 (1), 28-34 (2013).</li><li>Whiteaker, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+targeted+proteomics-based+pipeline+for+verification+of+biomarkers+in+plasma.">A targeted proteomics-based pipeline for verification of biomarkers in plasma.</a> Nature Biotechnology. , (2011).</li><li>H&#252;ttenhain, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reproducible+quantification+of+cancer-associated+proteins+in+body+fluids+using+targeted+proteomics.">Reproducible quantification of cancer-associated proteins in body fluids using targeted proteomics.</a> Science Translational Medicine. 4 (142), 94 (2012).</li><li>Mermelekas, G., Vlahou, A., Zoidakis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SRM/MRM+targeted+proteomics+as+a+tool+for+biomarker+validation+and+absolute+quantification+in+human+urine.">SRM/MRM targeted proteomics as a tool for biomarker validation and absolute quantification in human urine.</a> Expert Review of Molecular Diagnostics. 15 (11), 1441-1454 (2015).</li><li>Koldamova, R. P., Lefterov, I. M., Lefterova, M. I., Lazo, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Apolipoprotein+A-I+directly+interacts+with+amyloid+precursor+protein+and+inhibits+A&#946;+aggregation+and+toxicity.">Apolipoprotein A-I directly interacts with amyloid precursor protein and inhibits A&#946; aggregation and toxicity.</a> Biochemistry. , (2001).</li><li>Jiang, S. X., Slinn, J., Aylsworth, A., Hou, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vimentin+participates+in+microglia+activation+and+neurotoxicity+in+cerebral+ischemia.">Vimentin participates in microglia activation and neurotoxicity in cerebral ischemia.</a> Journal of Neurochemistry. , (2012).</li><li>Liu, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nicotinamide+Phosphoribosyltransferase+May+Be+Involved+in+Age-Related+Brain+Diseases.">Nicotinamide Phosphoribosyltransferase May Be Involved in Age-Related Brain Diseases.</a> PLoS ONE. , (2012).</li><li>Abbatiello, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+guidelines+for+publication+of+manuscripts+describing+development+and+application+of+targeted+mass+spectrometry+measurements+of+peptides+and+proteins.">New guidelines for publication of manuscripts describing development and application of targeted mass spectrometry measurements of peptides and proteins.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 16 (3), 327-328 (2017).</li></ol>

多年来，免疫化学和西式印迹等技术一直被认为是验证蛋白质靶点的黄金标准。即使在今天，这些方法也很少在协议中修改，而且很少依赖技术，这使得它们非常繁琐和乏味。除此之外，它们还涉及使用昂贵的抗体，这些抗体在批次中并不总是表现出相同的特异性，并且需要大量的专业知识。此外，只有一小部分使用质谱仪等高通量技术识别的蛋白质具有相容的抗体，使整个过程更加复杂。因此?...

在过去十年中，质谱学（MS）的迅速发展，加上对色谱技术的了解增加，极大地促进了基于MS的蛋白造影学的进步。分子生物学技术，如西式印迹和免疫造血术，长期以来一直遭受重复性问题，缓慢的周转时间，观察者间变异性，以及它们无法准确量化蛋白质，仅举几例。为此，高通量蛋白质学方法的优越灵敏度继续为分子生物学家提供一个替代和更可靠的工具，以寻求更好地了解蛋白质在细胞中的作用。然而，猎枪蛋白质学方法（数据依赖获取或DDA）往往不能检测复杂组织中低富含的蛋白质，除了严重依赖仪器的灵敏度和分辨率。在过去的几年里，世界各地的实验室一直在开发数据独立获取 （DIA） 等技术，这些技术需要更大的计算能力和可靠的软件来处理这些高度复杂的数据集。然而，这些技术仍然是一个工作正在进行中，不是很用户友好。有针对性的基于MS的蛋白学方法在MS方法的高吞吐量性质和像ELISA这样的分子生物学方法的敏感性之间提供了完美的平衡。一个有针对性的质谱为基础的蛋白质解毒学实验侧重于检测假说驱动的蛋白质或肽从发现为基础的猎枪蛋白质学实验或通过可用文献1，2。多反应监测 （MRM） 是一种有针对性的 MS 方法，它使用串联四倍体质谱仪从复杂样品中准确检测和量化蛋白质/肽。尽管需要使用低分辨率仪器，但该技术仍具有更高的灵敏度和特异性。
四极体由 4 个平行杆制成，每根杆与对角对角线杆相连。通过应用交替射频和直流电压，在四极杆之间创建一个波动场。四极内离子的轨迹受相反杆上相同电压的存在影响。通过将射频施加到直流电压上，离子的轨迹可以稳定下来。正是这种四倍体的特性，允许它被用作质量过滤器，可以选择性地让特定的离子通过。根据需要，四胞胎可以在静态模式或扫描模式下操作。静态模式只允许指定 m/z 的离子通过，使该模式具有高度选择性和特定于兴趣离子。另一方面，扫描模式允许整个 m/z 范围的离子通过。因此，串联四倍体质谱仪可以以4种可能的方式运行：（i） 第一个四胞胎在静态模式下运行，第二个四极在扫描模式下运行：ii） 第一个四胞胎在扫描模式下运行，而第二个四胞胎在静态模式下操作：iii） 两个四极在扫描模式下工作;和 iv） 两个四极在静态模式3中运行 。在典型的 MRM 实验中，四极两者均以静态模式运行，允许对碎片后的特定前体及其产生的产品进行监控。这使得该技术非常敏感和有选择性，允许精确量化。
对于分子生物学家来说，人类脑组织及其细胞是一个宝库。人体一个有趣的器官的这些显着单位可以提供分子和细胞洞察其功能。对脑组织的蛋白细胞学研究不仅可以帮助我们了解健康大脑的系统性功能，而且可以帮助我们了解某些疾病引起的细胞通路。然而，具有所有异质性的脑组织是一个非常复杂的器官来分析，需要一致的方法来更好地了解分子水平的变化。以下工作描述了整个工作流程，从从脑组织中提取蛋白质、创建和优化 MRM 检测方法到验证目标（图 1）。在这里，我们系统地强调了使用人脑组织进行成功的 MRM 实验的主要步骤，目的是向更广泛的研究社区介绍该技术及其挑战。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Reagents</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile (MS grade)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A/0620/21</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin</td>
			<td>HiMedia</td>
			<td>TC194-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride</td>
			<td>Fischer Scienific</td>
			<td>BP510-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid (MS grade)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>147930250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetamide</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>1149-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol (MS grade)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Q13827</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Chloride</td>
			<td>Fischer Scienific</td>
			<td>BP214-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol (MS grade)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A456-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MS grade water</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>51140</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffer Saline</td>
			<td>HiMedia</td>
			<td>TL1006-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail</td>
			<td>Roche Diagnostics</td>
			<td>11873580001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Merck</td>
			<td>DF6D661300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TCEP</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>646547</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Merck</td>
			<td>648310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin (MS grade)</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>90058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Merck</td>
			<td>MB1D691237</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Supplies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hypersil Gold C18 column</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>25002-102130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipettes</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F167380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stage tips</td>
			<td>MilliPore</td>
			<td>ZTC18M008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zirconia/Silica beads</td>
			<td>BioSpec products</td>
			<td>11079110z</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bead beater (Homogeniser)</td>
			<td>Bertin Minilys</td>
			<td>P000673-MLYS0-A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microplate reader (spectrophotometer)</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>MultiSkan Go</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH meter</td>
			<td>Eutech</td>
			<td>CyberScan pH 510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Probe Sonicator</td>
			<td>Sonics Materials, Inc</td>
			<td>VCX 130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaking Drybath</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>88880028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TSQ Altis mass spectrometer</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>TSQ02-10002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>uHPLC - Vanquish</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>VQF01-20001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum concentrator</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>Savant ISS 110</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative proteomics workflow using multiple reaction monitoring based detection of proteins from human brain tissue

过去十年来对人体脑组织的蛋白体分析极大地增进了我们对大脑的理解。然而，与大脑有关的疾病仍然是全世界死亡的主要原因，因此需要进一步了解其病理生物学。传统的抗体技术，如西式印迹或免疫造血术，除了劳动密集型、定性或半定量外，还具有低通量。即使是传统的基于质谱学的猎枪方法也未能提供确凿的证据来支持某种假设。有针对性的蛋白学方法主要是假设驱动的，与长期使用的常规猎枪蛋白学方法不同。多反应监测就是这样一种有针对性的方法，需要使用称为串联四倍质谱仪或三四倍质谱仪的特殊质谱仪。在目前的研究中，我们系统地强调了利用人脑组织成功实施基于四极谱的四极质谱系蛋白造影工作流程的主要步骤，目的是将这一工作流程引入更广泛的研究社区。

我们从10个样本中对3种蛋白质进行了相对量化，从每组大脑异常患者中进行了5个样本。这些蛋白质包括阿波利波蛋白A-I（APOA-I）、维门汀（VIM）和尼古丁胺磷酸转移酶（NAMPT），它们已知在脑细胞中起着不同的作用。数据运行后分析使用天际线日（Ver 20.2.1.286）进行。共监测了10种与3种蛋白质对应的肽。其中包括3个肽用于APOA-I，4个肽用于VIM，3个肽用于NAMPT。这10种肽的转化总数为57种。样本根据?...

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Quantitative Proteomics Workflow using Multiple Reaction Monitoring Based Detection of Proteins from Human Brain Tissue

该协议旨在引入使用三倍频谱仪进行临床样本蛋白质的多反应监测 （MRM）。我们提供了系统的工作流程，从样本准备到临床样本数据分析，并采取了所有必要的预防措施。

使用基于多反应监测的人类脑组织蛋白质的多反应监测工作流程定量蛋白质组学工作流程

The proteomic analysis of the human brain tissue over the last decade has greatly enhanced our understanding of the brain. However, brain related ...

有针对性的蛋白质方法正迅速成为短期蛋白质定性学实验或分子生物学实验中蛋白质验证的首选方法。多反应监测就是这样一种有针对性的方法，它正越来越多地用于检测和量化生物样本中的蛋白质。在这项研究中，我们走过了检测和量化人类脑组织蛋白质的各种步骤，目的是向读者介绍MM实验的基本要求。重约50毫克的脑组织，用300微升1倍磷酸盐缓冲盐水清洗组织。此步骤执行是为了去除组织外部表面的任何血液，因此建议尽可能多地去除血液。用 PBS 洗涤后，在含有组织的管子中加入 300 微升裂解缓冲器。使用探针声波器对组织进行莱塞，同时将管子放在冰浴上。继续使用珠子搅拌器进行组织均质化，以完全解合组织。在 4 摄氏度下将管子内的含量离心 6000 g，15 分钟。将超高纳特转移到新鲜的管子中，并同质混合。取一小片超高分子，然后使用标准蛋白质检测对蛋白质含量进行量化。在这里，我们展示了一个使用布拉德福德检测蛋白质估计的例子。在微中心管中加入50微克蛋白质，通过添加TCEP来减少其含量，使最终浓度达到20毫摩尔。将内容在 37 度下孵化一小时。孵化后，通过在管中加入碘酰胺来减少蛋白质的含量，最终浓度为40毫摩尔。在黑暗中孵育管子30分钟。现在添加缓冲B到管包含减少和烷基化蛋白质，使尿素的最终浓度小于一个摩尔。将试丁酶添加到30酶与蛋白质的比例中，在37度下在夜间孵育管子，持续摇晃。消化后，将消化的肽浓缩在真空浓缩器中。在此步骤中，肽可以重组和脱盐，也可以储存在负 80 以供将来使用。脱盐或肽清理在将样品加载到任何 LC-MS MS 上之前至关重要。从长远来看，样品中的盐和其他污染物会堵塞柱子并影响仪器的灵敏度。此过程可以使用市售的 C18 STAGE 提示或列执行。在这里，我们用C18舞台提示描绘了肽脱盐的工作流程。脱盐后，在真空浓缩器中干燥肽。重组这些清洁肽，然后使用示波器方法进行量化。为此，将样品的两个微升加载到微滴板中，并计算幻灯片中显示的浓度。过渡列表准备是 SRM 或 MRM 实验的关键步骤。过渡列表包含质谱仪监控过渡所需的所有信息。这包括前体和产品离子的 m 按 z 值、过渡的碰撞能量、仪器的极性以及数据采集的时间范围。使用天际线准备过渡列表。使用 UniProt 中的人类蛋白质组 Fasta 文件准备背景蛋白质组，并确保它在肽设置的背景选项卡下进行选择。在"过滤器"选项卡中，设置最小长度为 8，最大长度为 25。如果肽中没有其他修改，请继续使用默认设置。一旦制作了肽设置，请单击"过渡设置"。在"过滤器"选项卡下，将前体电荷设置为 2 和 3。将离子电荷设置为 1，并将离子类型设置为 y。产品离子可根据用户的选择进行选择。将所有参数保留为默认值。现在插入选定目标蛋白的加入 ID。这可以通过单击"编辑"选项卡，然后选择"插入"并最终粘贴加入 ID 来完成。ID 将映射到后台蛋白质组中的蛋白质，以及根据之前设置的肽和过渡设置创建的过渡列表。导出此过渡列表。通过单击"仪器类型"下拉选项，确保选择正确的工具。在这种情况下，仪器是热阿尔蒂斯。由于未定义的过渡列表具有太多的过渡，因此每个列表仅保留 350 个过渡限制，并作为多种方法进行导出。使用二元溶剂系统。溶剂 A 为 1%FA，溶剂 B 为 80%ACN。将流速保持在每分钟 450 微升，并按如图所示保持梯度。将柱室温度设置为 45 摄氏度。有关列和 LC 系统的更多详细信息，请参阅文本。请确保 TSQ Altis 中的 MS 设置如图所示。导入单个过渡列表以创建新方法。我们建议将四倍体 1 和四卢比 3 的分辨率保持在 7。如果需要，可以进一步优化这些优化。要确保运行中的一致性，从而确保数据质量，请按照所示准备运行序列。从几个空白开始，参考文本来合成空白混合物，然后是已知浓度的QC标准光 BSA，以监测仪器日常响应的任何变化。QC 完成应就在样品之前。接下来，将所有样品排起来，中间有空白。每个样品的注射量相等，每次注射25至1毫微克肽。要制作精制方法，首先对整个样品运行未定义的方法。将结果导入天际线并手动检查每种肽。对于每个肽，选择一个前体，显示所有样品中始终如一的良好峰值。删除未显示良好峰值的前体和肽。确保所有峰值都正确注释。要选择正确的峰值并进一步完善每个前体下的过渡，可以使用库。库是一组 MS-MS 光谱数据，与肽和当前实验数据的过渡相匹配。选择具有 DART P 值接近 1 的峰值，并删除与库不匹配的过渡。DART P 值表示实验峰值和库峰之间的匹配程度。经过一两轮优化后，将准备好一份精致的列表。此精制列表可用于单个示例。将精炼的运行导入天际线，并正确注释峰值。使用文档设置下的注释选项卡仔细注释文档网格中的每个示例。使用组比较功能在实验的条件 1 和条件 2 之间创建比较。这将提供调整后的 P 值的表，并在两组之间折叠更改值。据我们所知，这是首次利用MM检测人体脑组织样本中阿波利波蛋白A-1、维门汀和尼古丁胺磷酸转移酶的肽的研究。优化LC梯度、停留时间、周期时间和碰撞能量等各种参数，可以极大地影响MM实验的成功。我们相信，这项技术可以用来开发生物标志物模式，能够区分不同的临床条件和疾病。

Research

JoVE Journal

Biology

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

一个人脑组织中的染色质含量

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

科研

生物学

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

从人死后脑组织神经元细胞核分离

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Monitoring Acupuncture Effects on Human Brain by fMRI

通过功能磁共振成像监测针灸对人脑的影响

Functional MRI is used to study the effects of acupuncture on the BOLD response and the functional connectivity of the human brain.  Results demonstrate ...

Identification of protein complexes with quantitative proteomics in S. cerevisiae

鉴定与定量蛋白质组学在酿酒酵母中的蛋白质复合物

Lipids are the building blocks of cellular membranes that function as barriers and in compartmentalization of cellular processes, and recently, as ...

Obtaining High Quality RNA from Single Cell Populations in Human Postmortem Brain Tissue

人死后脑组织中的单细胞群获得高品质的RNA

We proposed to investigate the gray matter reduction in the superior temporal gyrus seen in schizophrenia patients, by interrogating gene expression ...

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

使用油脂全线Bicelle方法的膜蛋白的高通量结晶

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

A Quantitative Fitness Analysis Workflow

定量健身分析工作流程

Quantitative Fitness Analysis (QFA) is an experimental and computational workflow for comparing fitnesses of microbial cultures grown in parallel1,2,3,4. ...

Proteomic Sample Preparation from Formalin Fixed and Paraffin Embedded Tissue

修正了福尔马林蛋白质组学样品的制备和石蜡包埋组织

Preserved clinical material is a unique source for proteomic investigation of human disorders. Here we describe an optimized protocol allowing large scale ...

Identification of Protein Interaction Partners in Mammalian Cells Using SILAC-immunoprecipitation Quantitative Proteomics

的蛋白质相互作用的合作伙伴在哺乳动物细胞中使用SILAC-免疫定量蛋白质组学鉴定

Quantitative proteomics combined with immuno-affinity purification, SILAC immunoprecipitation, represent a powerful means for the discovery of novel ...

Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry for Absolute Protein Quantification

选择反应监测质谱法进行绝对定量蛋白质

Absolute quantification of target proteins within complex biological samples is critical to a wide range of research and clinical applications. This ...