डायमंड लाइट सोर्स में एक्सकैम सुविधा नियमित, बड़े पैमाने पर क्रिस्टल ग्राफिक टुकड़ा स्क्रीनिंग प्रदान करती है, जो पूरे क्रिस्टल को जमाव प्रक्रिया का समर्थन करती है। एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी एफबीडीडी टूलकिट का एक अनिवार्य हिस्सा है। यह कमजोर बाइंडरों की पहचान करने के लिए पर्याप्त संवेदनशील है और आणविक स्तर पर बातचीत के बारे में सीधे संरचनात्मक जानकारी देता है।
टुकड़ा आधारित दवा की खोज लीड खोज के लिए व्यापक रूप से इस्तेमाल की जाने वाली रणनीति है। इसने नैदानिक उपयोग के लिए छह दवाएं वितरित की हैं और 50 से अधिक अणुओं को नैदानिक परीक्षणों के लिए उन्नत किया गया है। पारंपरिक भिगोने के तरीकों, डेटा संग्रह और विश्लेषण विधियों पर XChem प्लेटफॉर्म द्वारा प्रदान की गई प्रगति और दक्षता का प्रभाव नेत्रहीन रूप से सबसे अच्छा प्रदर्शित होता है।
क्रिस्टल और यौगिक स्थान चुनकर शुरू करें। एक पीसी से टेक्स्टरैंक खोलें और क्रिस्टल ट्रे का चयन करें, या तो नीचे दाईं ओर सूची से या ऊपर बाईं ओर बॉक्स में बारकोड टाइप करके। सही छवि प्रारूप और एकल अच्छी तरह से दृश्य का चयन करें।
क्रिस्टल से टकराए बिना एक बूंद में विलायक या यौगिकों को जोड़ने के लिए, ड्रॉप के भीतर राइट क्लिक करें, लेकिन क्रिस्टल से दूर जब ड्रॉप छवियों के माध्यम से चलते समय एक प्रयोग के लिए उपयुक्त क्रिस्टल पाया जाता है। इको सॉफ्टवेयर खोलें और ध्वनिक डिस्पेंसर का उपयोग करके समाधान निकालने के लिए नया चुनें। सही स्रोत अच्छी तरह से प्लेट और तरल वर्ग चुनें।
सुनिश्चित करें कि सही प्लेट प्रकार गंतव्य प्लेट के रूप में चुना गया है। फिर कस्टम बॉक्स को चेक करें और जारी रखें। आयात का चयन करें, और प्रासंगिक बैच फ़ाइल चुनें।
फिर सॉफ़्टवेयर द्वारा बताए गए अनुसार आयात चरणों को पूरा करें। वितरित किए जाने वाले समाधान और गंतव्य स्थानों की जांच करने के लिए प्लेट मानचित्रों का उपयोग करें। फिर प्रोटोकॉल को संकेतों के बाद चलाएं क्योंकि वे ऊपर आते हैं।
स्रोत प्लेट से समाधान चुने हुए क्रिस्टल बूंदों में बांट देंगे। आवश्यक समय के लिए इनक्यूबेटर में थाली स्टोर. अर्ध-स्वचालित क्रिस्टल कटाई उपकरण का उपयोग करके क्रिस्टल की कटाई करने के लिए, पहले चयनित अच्छी स्थिति में जाने के लिए वर्कफ़्लो बटन प्रारंभ करें दबाएं।
यदि क्रिस्टल बच गया है, तो इसे लूप में माउंट करें और इसे तरल नाइट्रोजन में डुबो दें, इसे सूची में पहले पक में एक स्थान पर रखें। इंटरफ़ेस से क्रिस्टल के लिए उपयुक्त विवरण का चयन करें। यदि ड्रॉप एक यौगिक सोख है, तो यौगिक अवस्था का विवरण रिकॉर्ड करें।
यदि क्रिस्टल को सफलतापूर्वक माउंट किया गया है, तो माउंट का चयन करें, अन्यथा, असफल का चयन करें। एक बार क्रिस्टल काटा गया है, बारकोड स्कैनर के लिए पक ले लो और पक और पिन बारकोड स्कैन करने के लिए एक समय में धारक में उन्हें जगह. एक बार स्कैनिंग पूरी हो जाने के बाद, पलकों को पक पर रखें और उन्हें तरल नाइट्रोजन भंडारण देवर में स्टोर करें।
गलत केंद्रित नमूनों को याद करने के लिए, ISPyB में नमूना परिवर्तक दृश्य को देखें और हरे रंग से लाल रंग में ऑटो संसाधित संकल्प द्वारा नमूनों को ग्रेड करने के लिए एपी संकल्प द्वारा रैंक का चयन करें। किसी भी लाल या पीले नमूने के लिए जाँच करने के लिए नमूने पर क्लिक करें. फिर क्रिस्टल स्नैपशॉट की जांच करें कि क्रिस्टल केंद्रित है या नहीं।
XChem Explorer या XCE के माध्यम से डायमंड के ऑटो प्रोसेसिंग परिणामों को पुनः प्राप्त करने और उनका विश्लेषण करने के लिए, टर्मिनल में सब-फोल्डर प्रोसेसिंग पर जाएं और XChem Explorer खोलने के लिए उपनाम XCE का उपयोग करें। प्रयोगात्मक डेटा के सारांश को ताज़ा करने के लिए अवलोकन टैब में डेटा स्रोत से अद्यतन तालिकाओं का चयन करें। सेटिंग्स टैब के तहत, डेटा संग्रह निर्देशिका का चयन करें, डेटासेट टैब खोलें।
लक्ष्य ड्रॉपडाउन मेनू का चयन करें से लक्ष्य चुनें, डेटासेट ड्रॉपडाउन मेनू से ऑटो प्रोसेसिंग से नए परिणाम प्राप्त करें चुनें और रन पर क्लिक करें। डिंपल का उपयोग करके प्रारंभिक मानचित्रों की गणना करने के लिए, मानचित्र टैब खोलें, ड्रॉपडाउन मेनू से संदर्भ मॉडल चुनें और वांछित डेटासेट का चयन करें और उसके बाद चयनित एमटीजेड फाइलों पर डिंपल चलाएं। लिगैंड संयम उत्पन्न करने के लिए, वांछित डेटासेट का चयन करें और उसके बाद नक्शे और संयम ड्रॉप डाउन से चयनित यौगिकों की एससीएफ या पीडीबी या पीएनजी फ़ाइल बनाएं।
पांडा का उपयोग करके हिट की पहचान करने के लिए, पांडा टैब का चयन करें, सुनिश्चित करें कि आउटपुट निर्देशिका सही ढंग से परिभाषित है और पांडा चलाएं। हिट पहचान ड्रॉपडाउन मेनू से विश्लेषण करें। पांडा द्वारा पहचाने गए हिट का विश्लेषण करने के लिए, पांडा चलाएं।
हिट पहचान ड्रॉपडाउन मेनू से निरीक्षण करें। पांडा नियंत्रण कक्ष के साथ कूट खोलने के लिए। इवेंट मैप और मॉडल की तुलना के लिए डिंपल से औसत और 2mFo-DFc मैप लोड करें।
एक बार एक लिगैंड फिट हो जाने के बाद, मॉडल के साथ मर्ज लिगैंड पर क्लिक करें और बाउंड स्टेट मॉडल में किसी भी बदलाव को खोने से बचने के लिए किसी अन्य इवेंट में नेविगेट करने से पहले मॉडल को सेव करें। ईवेंट टिप्पणी फ़ील्ड का उपयोग करके बाइंडिंग ईवेंट को एनोटेट करें और रिकॉर्ड साइट जानकारी का उपयोग करके बाइंडिंग साइट्स को एनोटेट करें. एक बार जब सभी व्यवहार्य लिगेंड को घटना के नक्शे के आधार पर मॉडल, विलय और सहेजा गया है, तो panda.inspect को बंद करें।
पांडा निरीक्षण मॉडल को परियोजना निर्देशिका में वापस निर्यात करें और चयनित डेटासेट के लिए शोधन का प्रारंभिक दौर शुरू करें, और शोधन अब शोधन टैब में दिखाई देगा। एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा टुकड़ा स्क्रीनिंग के लिए एक्सकेम पाइपलाइन को बड़े पैमाने पर सुव्यवस्थित किया गया है, जिससे वैज्ञानिक समुदाय द्वारा इसका उत्थान सक्षम हो गया है। यह चार्ट 2015 में ब्लॉक आवंटन समूहों के निर्माण और 2019 में 2019 तक उपयोगकर्ता कार्यक्रम के उत्थान और समेकन और 2020 में COVID-19 महामारी के माध्यम से मंच के लचीलेपन को प्रदर्शित करता है।
सफल अभियान लक्ष्य प्रोटीन पर संभावित इंटरैक्शन साइटों का तीन आयामी मानचित्र उत्पन्न करते हैं। एक विशिष्ट परिणाम SARS-CoV-2 के मुख्य प्रोटीज की XChem स्क्रीन है। ब्याज की ज्ञात साइटें जैसे एंजाइम सक्रिय साइटें और उप जेब पीले रंग में दिखाए जाते हैं।
प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन में शामिल लोगों जैसे ख्यात एलोस्टेरिक साइटों को मैजेंटा और क्रिस्टल पैकिंग इंटरफेस में दिखाया जाता है, जिन्हें आमतौर पर झूठी सकारात्मक माना जाता है, हरे रंग में दिखाए जाते हैं। ऐतिहासिक रूप से, प्राथमिक टुकड़ा स्क्रीन के रूप में क्रिस्टलोग्राफी का उपयोग करना मुश्किल रहा है। इस अध्ययन ने नमूना तैयार करने से लेकर अंतिम संरचनाओं तक XChem पाइपलाइन प्रोटोकॉल का दस्तावेजीकरण किया।
क्रिस्टलोग्राफिक टुकड़ा स्क्रीनिंग अन्य बायोफिजिकल तकनीकों की तारीफ करता है और आमतौर पर यौगिकों का नेतृत्व करने के लिए टुकड़े हिट की प्रगति के लिए आवश्यक है। इसे किसी भी दवा खोज लक्ष्य वर्ग पर लागू किया जा सकता है।