Name: density gradient ultracentrifugation for investigating endocytic recycling in mammalian cells
Uploaded: 2021-06-30T13:15:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Density Gradient Ultracentrifugation for Investigating Endocytic Recycling in Mammalian Cells at JoVE.com

وقد دعم هذا العمل من أموال من مجلس منح البحوث في هونغ كونغ، وخطة المنح المباشرة CUHK، وصندوق الهبات التابع للكلية المتحدة، والصندوق الاستئماني الخيري التابع ل TUYF. تم اقتباس الأرقام في هذا العمل من منشورنا السابق ، "ARF6-Rac1 إشارة بوساطة نمو neurite هو potentiated من قبل محول الخلايا العصبية FE65 من خلال تنسيق ARF6 و ELMO1" المنشورة في مجلة FASEB في أكتوبر 2020.

1. زراعة خلايا الثدييات والعابها
<ol><li>طبق 2 × 106 خلايا في طبق ثقافة 100 ملم. استخدم أربعة أطباق لكل إصابة. ملاحظة: قد يختلف عدد الخلايا المطلوبة لخطوط الخلايا المختلفة. قد يكون التحسين ضروريا قبل الانتقال إلى خطوة العزل.</li>
	<li>في اليوم التالي، تحمى الخلايا مع ليبوفيكتامين وفقا لتعليمات...

<ol>
	<li>Elkin, S. R., Lakoduk, A. M., Schmid, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocytic+pathways+and+endosomal+trafficking:+a+primer.">Endocytic pathways and endosomal trafficking: a primer.</a> Wiener Medizinische Wochenschrift. 166 (7-8), 196-204 (2016).</li><li>Kumari, S., Mg, S., Mayor, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocytosis+unplugged:+multiple+ways+to+enter+the+cell.">Endocytosis unplugged: multiple ways to enter the cell.</a> Cell Research. 20 (3), 256-275 (2010).</li><li>Naslavsky, N., Caplan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+endosome+-+sorting+the+ins+and+outs+of+endocytic+trafficking.">The enigmatic endosome - sorting the ins and outs of endocytic trafficking.</a> Journal of Cell Science. 131 (13), (2018).</li><li>Cullen, P. J., Steinberg, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+degrade+or+not+to+degrade:+mechanisms+and+significance+of+endocytic+recycling.">To degrade or not to degrade: mechanisms and significance of endocytic recycling.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 19, 679-696 (2018).</li><li>Weeratunga, S., Paul, B., Collins, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recognising+the+signals+for+endosomal+trafficking.">Recognising the signals for endosomal trafficking.</a> Current Opinion in Cell Biology. 65, 17-27 (2020).</li><li>Khan, I., Steeg, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocytosis:+a+pivotal+pathway+for+regulating+metastasis.">Endocytosis: a pivotal pathway for regulating metastasis.</a> British Journal of Cancer. 124 (1), 66-75 (2021).</li><li>Grant, B. D., Donaldson, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathways+and+mechanisms+of+endocytic+recycling.">Pathways and mechanisms of endocytic recycling.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 10 (9), 597-608 (2009).</li><li>Maxfield, F. R., McGraw, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocytic+recycling.">Endocytic recycling.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 5 (2), 121-132 (2004).</li><li>McDonald, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Explosion+in+the+complexity+of+membrane+protein+recycling.">Explosion in the complexity of membrane protein recycling.</a> American Journal of Physiology. Cell Physiology. 320 (4), 483-494 (2021).</li><li>O'Sullivan, M. J., Lindsay, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Endosomal+Recycling+pathway-at+the+crossroads+of+the+cell.">The Endosomal Recycling pathway-at the crossroads of the cell.</a> International Journal of Molecular Sciences. 21 (17), 6074 (2020).</li><li>D'Souza-Schorey, C., Li, G., Colombo, M. I., Stahl, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+regulatory+role+for+ARF6+in+receptor-mediated+endocytosis.">A regulatory role for ARF6 in receptor-mediated endocytosis.</a> Science. 267 (5201), 1175-1178 (1995).</li><li>Schweitzer, J. K., Sedgwick, A. E., D'Souza-Schorey, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARF6-mediated+endocytic+recycling+impacts+cell+movement,+cell+division+and+lipid+homeostasis.">ARF6-mediated endocytic recycling impacts cell movement, cell division and lipid homeostasis.</a> Seminars in Cell and Developmental Biology. 22 (1), 39-47 (2011).</li><li>Finicle, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sphingolipids+inhibit+endosomal+recycling+of+nutrient+transporters+by+inactivating+ARF6.">Sphingolipids inhibit endosomal recycling of nutrient transporters by inactivating ARF6.</a> Journal of Cell Science. 131 (12), (2018).</li><li>Lu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=APE1+upregulates+MMP-14+via+redox-sensitive+ARF6-mediated+recycling+to+promote+cell+invasion+of+esophageal+adenocarcinoma.">APE1 upregulates MMP-14 via redox-sensitive ARF6-mediated recycling to promote cell invasion of esophageal adenocarcinoma.</a> Cancer Research. 79 (17), 4426-4438 (2019).</li><li>Qi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arf6-driven+endocytic+recycling+of+CD147+determines+HCC+malignant+phenotypes.">Arf6-driven endocytic recycling of CD147 determines HCC malignant phenotypes.</a> Journal of Experimental and Clinical Cancer Research. 38 (1), 471 (2019).</li><li>Crupi, M. J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GGA3-mediated+recycling+of+the+RET+receptor+tyrosine+kinase+contributes+to+cell+migration+and+invasion.">GGA3-mediated recycling of the RET receptor tyrosine kinase contributes to cell migration and invasion.</a> Oncogene. 39 (6), 1361-1377 (2020).</li><li>Gamara, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+Arf6+deletion+in+PLB-985+differentiated+in+neutrophil-like+cells+and+in+mouse+neutrophils:+impact+on+adhesion+and+migration.">Assessment of Arf6 deletion in PLB-985 differentiated in neutrophil-like cells and in mouse neutrophils: impact on adhesion and migration.</a> Mediators of Inflammation. 2020, 2713074 (2020).</li><li>Santy, L. C., Ravichandran, K. S., Casanova, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DOCK180/Elmo+complex+couples+ARNO-mediated+Arf6+activation+to+the+downstream+activation+of+Rac1.">The DOCK180/Elmo complex couples ARNO-mediated Arf6 activation to the downstream activation of Rac1.</a> Current Biology. 15 (19), 1749-1754 (2005).</li><li>Wibo, M., Dumont, J. E., Brown, B. L., Marshall, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+fractionation+by+centrifugation+methods.">Cell fractionation by centrifugation methods.</a> Eukaryotic Cell Function and Growth: Regulation by Intracellular Cyclic Nucleotides. , 1-17 (1976).</li><li>Kelly, E. E., Horgan, C. P., McCaffrey, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rab11+proteins+in+health+and+disease.">Rab11 proteins in health and disease.</a> Biochemical Society Transactions. 40 (6), 1360-1367 (2012).</li><li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuronal+adaptor+FE65+stimulates+Rac1-mediated+neurite+outgrowth+by+recruiting+and+activating+ELMO1.">Neuronal adaptor FE65 stimulates Rac1-mediated neurite outgrowth by recruiting and activating ELMO1.</a> The Journal of Biological Chemistry. 293 (20), 7674-7688 (2018).</li><li>Chan, W. W. R., Li, W., Chang, R. C. C., Lau, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARF6-Rac1+signaling-mediated+neurite+outgrowth+is+potentiated+by+the+neuronal+adaptor+FE65+through+orchestrating+ARF6+and+ELMO1.">ARF6-Rac1 signaling-mediated neurite outgrowth is potentiated by the neuronal adaptor FE65 through orchestrating ARF6 and ELMO1.</a> FASEB Journal: Official Publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. 34 (12), 16397-16413 (2020).</li><li>Huber, L. A., Pfaller, K., Vietor, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organelle+proteomics:+implications+for+subcellular+fractionation+in+proteomics.">Organelle proteomics: implications for subcellular fractionation in proteomics.</a> Circulation Research. 92 (9), 962-968 (2003).</li><li>Fleischer, S., Kervina, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subcellular+fractionation+of+rat+liver.">Subcellular fractionation of rat liver.</a> Methods in Enzymology. 31, 6-41 (1974).</li><li>Marsh, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endosome+and+lysosome+purification+by+free-flow+electrophoresis.">Endosome and lysosome purification by free-flow electrophoresis.</a> Methods in Cell Biology. 31, 319-334 (1989).</li><li>Stasyk, T., Huber, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zooming+in:+fractionation+strategies+in+proteomics.">Zooming in: fractionation strategies in proteomics.</a> Proteomics. 4 (12), 3704-3716 (2004).</li><li>Iordachescu, A., Hulley, P., Grover, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+the+collection+of+nanoscopic+vesicles+from+an+organotypic+culture+model.">A novel method for the collection of nanoscopic vesicles from an organotypic culture model.</a> RSC Advances. 8 (14), 7622-7632 (2018).</li><li>Chavrier, P., vander Sluijs, P., Mishal, Z., Nagelkerken, B., Gorvel, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+endosome+membrane+dynamics+characterized+by+flow+cytometry.">Early endosome membrane dynamics characterized by flow cytometry.</a> Cytometry. 29 (1), 41-49 (1997).</li><li>Chasan, A. I., Beyer, M., Kurts, C., Burgdorf, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+a+specialized,+antigen-loaded+early+endosomal+subpopulation+by+flow+cytometry.">Isolation of a specialized, antigen-loaded early endosomal subpopulation by flow cytometry.</a> Methods in Molecular Biology. 960, 379-388 (2013).</li><li>Thapa, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphatidylinositol-3-OH+kinase+signaling+is+spatially+organized+at+endosomal+compartments+by+microtubule-associated+protein+4.">Phosphatidylinositol-3-OH kinase signaling is spatially organized at endosomal compartments by microtubule-associated protein 4.</a> Nature Cell Biology. 22 (11), 1357-1370 (2020).</li><li>Guimaraes de Araujo, M. E., Fialka, I., Huber, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Endocytic Organelles: Methods For Preparation And Analysis. In eLS. , (2001).</li><li>Rickwood, D., Graham, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Centrifugation Techniques. , (2015).</li><li>Lamberti, G., de Araujo, M. E., Huber, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+macrophage+early+and+late+endosomes+by+latex+bead+internalization+and+density+gradient+centrifugation.">Isolation of macrophage early and late endosomes by latex bead internalization and density gradient centrifugation.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2015 (12), (2015).</li><li>Urbanska, A., Sadowski, L., Kalaidzidis, Y., Miaczynska, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+characterization+of+APPL+endosomes:+the+role+of+annexin+A2+in+APPL+membrane+recruitment.">Biochemical characterization of APPL endosomes: the role of annexin A2 in APPL membrane recruitment.</a> Traffic. 12 (9), 1227-1241 (2011).</li></ol>

يحدد البروتوكول أعلاه إجراءات عزل الاندوسومات المعاد تدويرها عن الخلايا المستزرعة عن طريق الطرد المركزي الفائق. وقد ثبت موثوقية هذه الطريقة من خلال أحدث نشر22، مما يثبت أن إعادة تدوير الاندوسومات يتم عزلها بنجاح من العضيات الأخرى(الشكل 1)، مثل جهاز غولجي والم?...

الاتجار بالاندوسومال هو عملية فسيولوجية أساسية تورط مختلف الأحداث البيولوجية1، على سبيل المثال ، نقل مستقبلات الإشارات ، والقنوات الأيونية ، وجزيئات الالتصاق. يتم استيعاب البروتينات المترجمة في غشاء البلازما عن طريق الغدد الصماء2. ثم يتم فرز البروتينات الداخلية من قبل endosome3في وقت مبكر . وتستهدف بعض البروتينات إلى الليسوسومات لتدهور4. ومع ذلك، يتم إعادة تدوير كمية كبيرة من البروتينات مرة أخرى إلى سطح الخلية عن طريق إعادة التدوير السريع وعمليات إعادة التدوير البطيئة. في إعادة التدوير السريع ، تترك البروتينات الاندوسومات المبكرة وتعود مباشرة إلى غشاء البلازما. وعلى العكس من ذلك، في إعادة التدوير البطيئة، يتم فرز البروتينات أولا إلى مقصورة إعادة التدوير الصماء ثم يتم نقلها مرة أخرى إلى غشاء البلازما. بروتينات الشحن المختلفة، على سبيل المثال، clathrin، مجمع ريتريمر، مجمع المسترد وبروتين متلازمة ويسكوت الدريتش، ومجمع SCAR Homologue (WASH)، تشارك في عملياتإعادة تدوير الأغشية هذه4و5و6و7و8و9. توازن حدث الانسد وإعادة التدوير أمر بالغ الأهمية لبقاء الخلية ويساهم في الأحداث الخلوية المختلفة10، على سبيل المثال ، التصاق الخلايا ، وهجرة الخلايا ، قطبية الخلية ، ونقل الإشارات.
ARF6، GTPase صغيرة، هو منظم ذكرت من الاتجار بالغدد الصماء7،11،12. من المثير للاهتمام، وقد أوضحت مجموعات بحثية مختلفة أهمية ARF6 في إعادة التدوير13،14،15،16،17. وتهدف الدراسة إلى التحقيق في العلاقة بين نمو العصب بوساطة ARF6 وإعادة التدوير الانسطي. يشير التقرير السابق إلى أن تفعيل ARF6 هو المنبع إلى نشاط Rac1 من خلال العمل على ELMO1-dedicator من السيتوكينسيس 1 (DOCK180) مجمع18. ومع ذلك، لا يزال من غير الواضح كيف يؤدي ARF6 إلى إشارة RAC1 بوساطة ELMO1-DOCK180. واستخدمت أجهزة الطرد الفائق الانحدار للكثافة للتحقيق في دور إعادة التدوير الإندوسيتيكي بوساطة ARF6 في هذه العملية. باستخدام ذلك ، تم الحصول على إعادة تدوير الكسر المحتوي على الإنسوم من lysatesالخلية 19. تعرض الكسر للنشاف الغربي لتحليل محتوى البروتين. كشفت نتائج المؤامرة المناعية أنه في ظل وجود FE65 ، وهو بروتين محول غني بالدماغ ، زاد ARF6 النشط بشكل كبير من مستوى ELMO1 في الكسر المحتوي على الإنسوم المعاد تدويره. ويتضمن البروتوكول التالي إجراءات (1) خلايا الثدييات العابرة؛ (2) الإصابة بالخلايا الثديية؛ (2) الإصابة بخلايا الثدييات؛ (2) الإصابة بخلايا الثدييات؛ (2) الإصابة بخلايا ال (2) إعداد العينات وأعمدة تدرج الكثافة؛ و (3) الحصول على إعادة تدوير الكسر المحتوي على الإندوسوم.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 mL, Open-Top Thickwall Polypropylene Tube, 11 x 34 mm</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>347287</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 mm tissue culture dish</td>
			<td>SPL</td>
			<td>20100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>13.2 mL, Certified Free Open-Top Thinwall Ultra-Clear Tube, 14 x 89 mm</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>C14277</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5x Sample Buffer</td>
			<td>GenScript</td>
			<td>MB01015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11873580001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>COX IV (3E11) Rabbit mAb</td>
			<td>Cell Signaling Technology</td>
			<td>4850S</td>
			<td>Rabbit monoclonal antibody for detecting COX IV.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cycloheximide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C1988</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dounce Tissue Grinder, 7 mL</td>
			<td>DWK Life Sciences</td>
			<td>357542</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM) with low glucose</td>
			<td>HyClone</td>
			<td>SH30021.01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ELMO1 antibody (B-7)</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-271519</td>
			<td>Mouse monoclonal antibody for detecting ELMO1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EndoFree Plasmid Maxi Kit</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>12362</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FE65 antibody (E-20)</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-19751</td>
			<td>Goat polyclonal antibody for detecting FE65.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine Serum, Research Grade</td>
			<td>HyClone</td>
			<td>SV30160.03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GAPDH Monoclonal Antibody (6C5)</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM4300</td>
			<td>Mouse monoclonal antibody for detecting GAPDH.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImageLab Software</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td></td>
			<td>Measurement of band intensity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imidazole</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I2399</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipofectamine 2000 Transfection Reagent</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11668019</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Monoclonal Anti-&#946;-COP antibody</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G6160</td>
			<td>Mouse monoclonal antibody for detecting &#946;-COP.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myc-tag (9B11) mouse mAb</td>
			<td>Cell Signaling Technology</td>
			<td>2276S</td>
			<td>Mouse monoclonal antibody for detecting myc tagged proteins.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OmniPur EDTA, Disodium Salt, Dihydrate</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>4010-OP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optima L-100 XP</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>392050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optima MAX-TL</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A95761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Opti-MEM I Reduced Serum Media</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31985070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS Tablets</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>18912014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosSTOP</td>
			<td>Roche</td>
			<td>4906845001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RAB11A-Specific Polyclonal antibody</td>
			<td>Proteintech</td>
			<td>20229-1-AP</td>
			<td>Rabbit polyclonal antibody for detecting Rab11.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Affymetrix</td>
			<td>AAJ21931A4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SW 41 Ti Swinging-Bucket Rotor</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>331362</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TLA-120.2 Fixed-Angle Rotor</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>362046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin-EDTA (0.05%), phenol red</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25300062</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

density gradient ultracentrifugation for investigating endocytic recycling in mammalian cells

20- الاتجار بالمخدرات بالنهر هو عملية خلوية أساسية تنظم طائفة واسعة من الأحداث البيولوجية. يتم استيعاب البروتينات من غشاء البلازما ثم يتم نقلها إلى الاندوسومات المبكرة. يمكن نقل البروتينات الداخلية إلى الليسوسوم للتحلل أو إعادة تدويرها مرة أخرى إلى غشاء البلازما. مطلوب مسار إعادة تدوير الغدد الصماء قوية لتحقيق التوازن بين إزالة مواد الغشاء من الغدد الصماء. وتفيد التقارير أن البروتينات المختلفة لتنظيم المسار، بما في ذلك عامل الريبوسيليشن ADP-6 (ARF6). الكثافة الانحدار الطرد الفائق هو أسلوب كلاسيكي يجزئ الخلية. بعد الطرد المركزي، يتم ترسيب العضيات على سطحها غير المقوي. يتم تجميع الكسور واستخدامها لتطبيقات المتلقين للمعلومات الأخرى. الموصوفة هنا بروتوكول للحصول على إعادة تدوير النعوم المحتوية على جزء من خلايا الثدييات المصابة باستخدام كثافة التدرج الطرد الفائق. تعرضت الكسور المعزولة للنشاف الغربي القياسي لتحليل محتويات البروتين الخاصة بها. من خلال استخدام هذه الطريقة ، حددنا أن غشاء البلازما الذي يستهدف الابتلاع وحركة الخلية 1 (ELMO1) ، وهو مادة توكسين C3 botulinum ذات الصلة من راس ركيزة 1 (Rac1) عامل تبادل نواة جوانين ، هو من خلال إعادة التدوير الانسطي بوساطة ARF6.

بعد تجزئة خلايا HEK293 غير المصابة حسب التدرج الكثافي للطرد الفائق، تم جمع 12 كسرا بدءا من أعلى التدرج. تم تخفيف الكسور المحصودة مع حاجز التخفيف بنسبة 1:1 وتعرضت لجولة ثانية من الطرد المركزي. ثم تعرضت العينات للنشاف الغربي لتحليل محتويات البروتين الخاصة بها. كما هو مبين في الشكل 1</stron...

Watch this Scientific Journal Video about Density Gradient Ultracentrifugation for Investigating Endocytic Recycling in Mammalian Cells at JoVE.com

Density Gradient Ultracentrifugation for Investigating Endocytic Recycling in Mammalian Cells

تهدف هذه الورقة إلى تقديم بروتوكول لإعداد الاندوسومات المعاد تدويرها من خلايا الثدييات باستخدام الطرد الفائق الانحدار لكثافة السكروز.

كثافة التدرج الطرد الفائق للتحقيق في إعادة تدوير الغدد الصماء في خلايا الثدييات

Endosomal trafficking is an essential cellular process that regulates a broad range of biological events. Proteins are internalized from the plasma ...

ويساعد هذا البروتوكول في عزل الاندوسومات المعاد تدويرها التي تحتوي على جزء من خلايا الثدييات المتحولة جنسيا لتسهيل التحقيق في الاتجار بالبروتين عن طريق الاتجار بالغدد الصماء. هذه التقنية سهلة للتعامل معها وقابلة للتطبيق على كل من عينات الأنسجة والخلايا. إثبات الإجراء سيكون الآنسة تشاي يو تشي، طالبة دكتوراه من مختبر الدكتور لاو.للبدء، لوحة 2 مرات 10 إلى 6 خلايا في طبق ثقافة 100 ملليمتر. في اليوم التالي، تحويل الخلايا مع ليبولاكتامين وفقا لتعليمات الشركة المصنعة. لحصاد الخلايا، تجاهل متوسط الثقافة 48 ساعة بعد العدوى وغسل الخلايا مرتين مع برنامج تلفزيوني الجليد الباردة.ثم إضافة ملليلتر واحد من الجليد البارد PBS تكملها 0.5X كوكتيل مثبط البروتيز في 0.5X كوكتيل مثبط فوسفاتاز إلى كل طبق. بعد ذلك، باستخدام مكشطة الخلية، وجمع الخلايا ونقل تعليق الخلية إلى أنبوب الطرد المركزي 15 ملليلتر. الخلايا عن طريق الطرد المركزي باستخدام دوار دلو سوينغ.تجاهل supernatant وإعادة إنفاق بيليه الخلية بلطف في خمسة ملليلتر من العازلة التجانس. جمع الخلايا مرة أخرى عن طريق الطرد المركزي وإعادة إنفاق بيليه الخلية في ملليلتر واحد من العازلة التجانس. تجانس الخلايا مع التجانس Dounce باستخدام 15 إلى 20 السكتات الدماغية.ثم نقل المتجانس إلى أنبوب الطرد المركزي ملليلتر اثنين. إضافة 700 ميكرولتر من المخزن المؤقت التجانس إلى المتجانسة. ثم تدور المتجانس المخفف وجمع 1.5 ملليلتر من supernatant.تدور supernatant التي تم جمعها مرة أخرى ، ثم جمع 1.4 ملليلتر من supernatant وتسميتها بأنها ما بعد النووية العملاقة. لإعداد عمود تدرج الكثافة، قم بنقل 1.2 ملليلتر من الناسخ الفائق بعد النووية إلى أنبوب طرد مركزي فائق. ثم أضف ملليلتر واحد من محلول السكروز بنسبة 62٪ إلى العينة واخلط جيدا عن طريق الأنابيب اللطيفة.بعد ذلك ، أضف بعناية 3.3 ملليلتر من محلول السكروز بنسبة 35٪ فوق العينة ، يليه 2.2 ملليلتر من محلول السكروز بنسبة 25٪ بالإضافة إلى محلول السكروز بنسبة 35٪. وأخيرا، ملء أنبوب الطرد المركزي للغاية إلى الأعلى مع العازلة التجانس. طرد مركزي عمود الانحدار الكثافة وجمع بعناية 12 كسر من 1 ملليلتر لكل منهما، بدءا من أعلى التدرج.بعد ذلك، تمييع جميع الكسور مع ملليلتر واحد من العازلة تخفيف والطرد المركزي العينات المخففة. بعد الطرد المركزي، يستنشق supernatant وإضافة 50 ميكرولتر من العازلة عينة 1X لحصاد الكسور. تم الكشف عن علامة إعادة التدوير الإندوسوم Rab11 في الكسر السابع.كما تم بحث علامات أخرى دون الخلوية، بما في ذلك بيتا COP، COX IV، GAPDH، EEA1، راب 7، و Lamp1. كما تم الكشف عن إشارة إيجابية EEA1 في الكسر السابع. تظهر هنا كثافة النطاق المقاسة ل GAPDH و Cox IV و Rab11 في كل من الكسر السابع والناطقة الفائقة بعد النووية.بعد تحويل خلايا HEC293 إما مع ELMO1 أو ELMO1 ARF6Q67L أو ELMO1 ARF6Q67L FE65، لم يتم العثور على أي تغييرات في توزيع ELMO1 مع التعبير الزائد ARF6Q67L و FE65. تمت مقارنة مستوى ELMO1 في الكسر السابع بين المقاطعات المختلفة ووجد أنه مرتفع بعد إصابة ARF6Q67L. ولوحظت زيادة أخرى عندما شارك في التعبير عن كل من ARF6Q67L و FE65.وعلى العكس من ذلك، فإن ضرب FE65 قلل من تخصيب ال ARF6 بوساطة إلمو1 في الجزء السابع. ويمكن استخدام الكسر الذي تم الحصول عليه للتحليل اللاحق. على سبيل المثال، النشاف الغربي لتصور التغيرات مستوى البروتين في الكسر.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Isolation of High-density Lipoproteins for Non-coding Small RNA Quantification

عزل البروتينات الدهنية عالية الكثافة لغير الترميز الصغيرة RNA الكمي

The diversity of small non-coding RNAs (sRNA) is rapidly expanding and their roles in biological processes, including gene regulation, are emerging. Most ...

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

البروتين مجمع القبض على الانجذاب من خلايا الثدييات Cryomilled

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

تحليل توبرينتينج "الترجمة بدء تشكيل معقدة" في مرناس الثدييات

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

Dissipative Microgravimetry to Study the Binding Dynamics of the Phospholipid Binding Protein Annexin A2 to Solid-supported Lipid Bilayers Using a Quartz Resonator

ميكروجرافيميتري المسرف لدراسة ديناميات ملزمة فسفوليبيد ملزمة البروتين أنيكسين A2 إلى بليرس الدهن الصلب-يؤيد استخدام جهاز رنان مرو

The dissipative quartz crystal microbalance technique is a simple and label-free approach to measure simultaneously the mass uptake and viscoelastic ...

Analysis of Endocytic Uptake and Retrograde Transport to the Trans-Golgi Network Using Functionalized Nanobodies in Cultured Cells

تحليل لامتصاص اندوسيتيك والنقل إلى الوراء إلى غولجي عبر الشبكة باستخدام نانوبوديس فونكتيوناليزيد في الخلايا المستزرعة

Transport of proteins and membranes from the cell surface to the Golgi and beyond is essential for homeostasis, organelle identity and physiology. To ...

Atomic Absorbance Spectroscopy to Measure Intracellular Zinc Pools in Mammalian Cells

الطيفية الامتصاص الذري لقياس برك الزنك داخل خلايا الثدييات

Transition metals are essential micronutrients for organisms but can be toxic to cells at high concentrations by competing with physiological metals in ...

Isolation and Analysis of Plasma Lipoproteins by Ultracentrifugation

العزل والتحليل من البروتينات الدهنية البلازما من قبل الطاردة الفائقة

Analysis of plasma lipoproteins and apolipoproteins is an essential part for the diagnosis of dyslipidemia and studies of lipid metabolism and ...

Cell Fractionation of U937 Cells by Isopycnic Density Gradient Purification

تجزئة الخلايا لخلايا U937 عن طريق تنقية التدرج بكثافة isopycnic

This protocol describes a method to obtain subcellular protein fractions from mammalian cells using a combination of detergents, mechanical lysis, and ...

Polysome Profiling without Gradient Makers or Fractionation Systems

التنميط المتعدد بدون صانعي التدرج أو أنظمة التجزئة

Polysome fractionation by sucrose density gradient centrifugation is a powerful tool that can be used to create ribosome profiles, identify specific mRNAs ...

Efficient and Scalable Production of Full-length Human Huntingtin Variants in Mammalian Cells using a Transient Expression System

Full-length huntingtin (FL HTT) is a large (aa 1-3,144), ubiquitously expressed, polyglutamine (polyQ)-containing protein with a mass of approximately 350 ...