Name: high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states
Uploaded: 2021-06-29T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

تم دعم هذا العمل بأموال من صندوق روي ج. كارفر الخيري لجوليان روش. نشكر ج. د. ليفينغود وب. س. تولبرت على التكرم بتقديم عينة RRM2.

ملاحظة: يتطلب البروتوكول الموضح هنا (1) مضخة عالية الضغط وخلية مع أنبوب الزركونيا 2.5 كيلوبار مصنف من الألومنيوم18، (2) البرنامج SPARKY19 لتحليل أطياف NMR ، و (3) برنامج تركيب المنحنى.
1. إعداد العينة، وتجميع الخلية ذات الضغط العالي، وإعداد التجارب.
<ol><li>اختيا...

<ol>
	<li>Alderson, R. T., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unveiling+invisible+protein+states+with+NMR+spectroscopy.">Unveiling invisible protein states with NMR spectroscopy.</a> Current Opinion in Structural Biology. 60, 39-49 (2020).</li><li>Korzhnev, D. M., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=probing+invisible,+low-populated+states+of+protein+molecules+by+relaxation+dispersion+NMR+spectroscopy:+An+application+to+protein+folding.">probing invisible, low-populated states of protein molecules by relaxation dispersion NMR spectroscopy: An application to protein folding.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 442-451 (2008).</li><li>Loria, P. J., Berlow, R. B., Watt, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+enzyme+motions+by+solution+NMR+relaxation+dispersion.">Characterization of enzyme motions by solution NMR relaxation dispersion.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 214-221 (2008).</li><li>Ishima, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CPMG+relaxation+dispersion.">CPMG relaxation dispersion.</a> Methods in Molecular Biology. 1084, 29-49 (2014).</li><li>Longo, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+exchange+saturation+transfer+(CEST):+an+efficient+tool+for+detecting+molecular+information+on+proteins'+behaviour.">Chemical exchange saturation transfer (CEST): an efficient tool for detecting molecular information on proteins' behaviour.</a> Analyst. 39, 2687-2690 (2014).</li><li>Fawzi, N. L., Ying, J., Torchia, D. A., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+exchange+kinetics+and+atomic+resolution+dynamics+in+high-molecular-weight+complexes+using+dark-state+exchange+saturation+transfer+NMR+spectroscopy.">Probing exchange kinetics and atomic resolution dynamics in high-molecular-weight complexes using dark-state exchange saturation transfer NMR spectroscopy.</a> Nature Protocols. 7, 1523-1533 (2012).</li><li>Anthis, N. J., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+transient+dark+states+by+NMR+spectroscopy.">Visualizing transient dark states by NMR spectroscopy.</a> Quarterly Reviews of Biophysics. 48, 35-116 (2015).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavities+determine+the+pressure+unfolding+of+proteins.">Cavities determine the pressure unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 6945-6950 (2012).</li><li>Chen, C. R., Makhatadze, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+determinant+of+the+effects+of+hydrostatic+pressure+on+protein+folding+stability.">Molecular determinant of the effects of hydrostatic pressure on protein folding stability.</a> Nature Communications. 8, 14561 (2017).</li><li>Roche, J., Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lessons+from+pressure+denaturation+of+proteins.">Lessons from pressure denaturation of proteins.</a> Journal of the Royal Society Interface. 15, 20180244 (2018).</li><li>Xu, X., Gagn&#233;, D., Aramini, J. M., Gardner, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+and+compressibility+differences+between+protein+conformations+revealed+by+high-pressure+NMR.">Volume and compressibility differences between protein conformations revealed by high-pressure NMR.</a> Biophysical Journal. 120, 924-935 (2021).</li><li>Akasaka, K., Li, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low-lying+excited+states+of+proteins+revealed+from+non-linear+pressure+shifts+in+1H+and+15N+NMR.">Low-lying excited states of proteins revealed from non-linear pressure shifts in 1H and 15N NMR.</a> Biochemistry. 40, 8665-8671 (2001).</li><li>Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+conformational+fluctuation+of+proteins+by+pressure+perturbation.">Probing conformational fluctuation of proteins by pressure perturbation.</a> Chemical Reviews. 106, 1814-1835 (2006).</li><li>Kitahara, R., Yokoyama, S., Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMR+snapshots+of+a+fluctuating+protein+structure:+ubiquitin+at+30+bar-3+kbar.">NMR snapshots of a fluctuating protein structure: ubiquitin at 30 bar-3 kbar.</a> Journal of Molecular Biology. 347, 277-285 (2005).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=remodeling+of+the+folding+free+energy+landscape+of+Staphylococcal+nuclease+by+cavity-creating+mutations.">remodeling of the folding free energy landscape of Staphylococcal nuclease by cavity-creating mutations.</a> Biochemistry. 51, 9535-9546 (2012).</li><li>Nucci, N. V., Fuglestad, B., Athanasoula, E. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+cavities+and+hydration+in+the+pressure+unfolding+of+T4+lysozyme.">Role of cavities and hydration in the pressure unfolding of T4 lysozyme.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 13846-13851 (2014).</li><li>Maeno, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavity+as+a+source+of+conformational+fluctuation+and+high-energy+state:+High-pressure+NMR+study+of+a+cavity-enlarged+mutant+of+T4+lysozyme.">Cavity as a source of conformational fluctuation and high-energy state: High-pressure NMR study of a cavity-enlarged mutant of T4 lysozyme.</a> Biophysical Journal. 108, 133-145 (2015).</li><li>Peterson, R. W., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Self-contained+high-pressure+cell,+apparatus,+and+procedure+for+the+preparation+of+encapsulated+proteins+dissolved+in+low+viscosity+fluids+for+nuclear+magnetic+resonance+spectroscopy.">Self-contained high-pressure cell, apparatus, and procedure for the preparation of encapsulated proteins dissolved in low viscosity fluids for nuclear magnetic resonance spectroscopy.</a> Review of Scientific Instruments. 76, 094101 (2005).</li><li>Goddard, T. D., Kneller, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Sparky 3. , (2010).</li><li>Caro, J. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Practical+aspects+of+high-pressure+NMR+spectroscopy+and+its+applications+in+protein+biophysics+and+structural+biology.">Practical aspects of high-pressure NMR spectroscopy and its applications in protein biophysics and structural biology.</a> Methods. 148, 67-80 (2018).</li><li>Kitamura, T., Itoh, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reaction+volume+of+protonic+ionization+for+buffering+agents.+Prediction+of+pressure+dependence+of+pH+and+pOH.">Reaction volume of protonic ionization for buffering agents. Prediction of pressure dependence of pH and pOH.</a> Journal of Solution Chemistry. 16, 715-725 (1987).</li><li>Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+volume+changes+in+pressure-induced+protein+unfolding.">Revisiting volume changes in pressure-induced protein unfolding.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1595, 201-209 (2002).</li><li>Erlach, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relationship+between+nonliner+pressure-induced+chemical+shift+changes+and+thermodynamic+parameters.">Relationship between nonliner pressure-induced chemical shift changes and thermodynamic parameters.</a> Journal of Physical Chemistry B. 118, 5681-5690 (2014).</li><li>de Oliveira, G. A. P., Silva, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+hypothesis+to+reconcile+the+physical+and+chemical+unfolding+of+proteins.">A hypothesis to reconcile the physical and chemical unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of The United States of America. 112, 2775-2784 (2015).</li><li>Nguyen, L. M., Roche, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-pressure+NMR+techniques+for+the+study+of+protein+dynamics,+folding+and+aggregation.">High-pressure NMR techniques for the study of protein dynamics, folding and aggregation.</a> Journal of Magnetic Resonance. 277, 179-185 (2017).</li></ol>

تفصل هذه الدراسة بروتوكولا تم تنفيذه للتحقيق في استجابات البنيوية والديناميكا الحرارية للبروتين لاضطرابات الضغط. تثبت تجارب الضغط العالي المسجلة هنا على RRM2 أن الاختلافات الكبيرة في قيم ΔVU ، مما يدل على تطور غير تعاوني بالكامل ، يمكن العثور عليها في بروتين مجال واحد صغير نسبيا. وتنب...

منذ فترة طويلة من المسلم به أن الطاقة العالية، والدول تشكيلية قليلة السكان من البروتينات ومجمعات البروتين تلعب دورا رئيسيا في العديد من المسارات البيولوجية1،2،3. بفضل التجارب القائمة على كار بورسيل-ميبوم-جيل (CPMG)4، نقل تشبع التبادل الكيميائي (CEST)5، ونقل تشبع الصرف في الحالة المظلمة (DEST)6 تسلسلات نبض (من بين أمور أخرى) ، ظهر التحليل الطيفي NMR كحل كطريقة للاختيار لوصف الحالات التوافقية العابرة7. جنبا إلى جنب مع هذه التجارب، يمكن إدخال الاضطرابات مثل درجة الحرارة، ودرجة الحموضة، أو التسخين الكيميائي لزيادة عدد السكان النسبي من الدول الفرعية أعلى تشكيل الطاقة. وبالمثل، يمكن أيضا أن تكون مضطربة توازن البروتين عن طريق تطبيق الضغط الهيدروستاتيكي عالية. اعتمادا على حجم تغيير حجم المرتبطة التغيرات المطابقة تشكيلية, زيادة الضغط من قبل بضع مئات إلى بضعة آلاف من القضبان يمكن أن تستقر بشكل كبير في حالة طاقة أعلى أو يسبب البروتين تتكشف تماما8,9,10. عادة ما تعرض أطياف البروتين NMR نوعين من التغييرات مع الضغط الهيدروستاتيكي: (1) تغييرات التحول الكيميائي و (2) تغيرات كثافة الذروة. تعكس تغييرات التحول الكيميائي التغيرات في واجهة المياه السطحية البروتينية و / أو الضغط المحلي لهيكل البروتين على مقياس زمني سريع (بالنسبة إلى مقياس الوقت NMR)11. Crosspeaks عرض التحولات الكيميائية غير الخطية الكبيرة الاعتماد على الضغط يمكن أن تشير إلى وجود أعلى الدول تشكيل الطاقة12،13. ومن ناحية أخرى، تشير التغيرات في كثافة الذروة إلى تحولات تشكيلية رئيسية على نطاق زمني بطيء، مثل التغيرات في عدد سكان الولايات المطوية/التي تتكشف. يمكن الكشف عن وجود وسيطات قابلة للطي أو حالات طاقة أعلى من اختلافات كبيرة في حجم تغير الحجم عند التكشف قياسها لبقايا مختلفة من بروتين معين14،15،16،17. استنادا إلى تجربتنا، حتى البروتينات الصغيرة التي تصنف عادة على أنها مجلدات من دولتين تظهر استجابات غير موحدة للضغط، والتي توفر معلومات مفيدة حول استقرارها للطي المحلي. وصف هنا هو بروتوكول لاكتساب وتحليل كثافة الذروة وسط و 1H التحولات الكيميائية الاعتماد على الضغط، وذلك باستخدام بروتين نموذج التعرف على الحمض النووي الريبي معزولة عزر 2 (RRM2) من ريبونوكليوبروتين النووية غير متجانسة A1 (hnRNPA1).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Bruker Nmr Cell 2.5 Kbar</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>NMRCELL-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sparky3</td>
			<td>University of California San Francisco, CA</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xtreme-60 Syringe pump</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>XTREME-60</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states

الضغط العالي هو طريقة اضطراب معروفة يمكن استخدامها لزعزعة استقرار البروتينات الكروية ومجمعات البروتين التفكك بطريقة قابلة للعكس. يدفع الضغط الهيدروستاتيكي الاعتدال الديناميكي الحراري نحو الحالة (الدول) مع انخفاض حجم الضرس. زيادة الضغط يوفر، لذلك، الفرص لضبط بدقة استقرار البروتينات كروية والاعتدال أوليغوميرين من مجمعات البروتين. تسمح تجارب NMR عالية الضغط بإجراء توصيف مفصل للعوامل التي تحكم استقرار البروتينات الكروية ، وآليات طيها ، وآليات احتكار القلة من خلال الجمع بين الاستقرار الدقيق في ضبط قدرة اضطراب الضغط ودقة الموقع التي يوفرها التحليل الطيفي NMR الحل. هنا نقدم بروتوكولا للتحقيق في الاستقرار للطي المحلية من البروتين عن طريق مجموعة من التجارب 2D 1H-15N سجلت من 1 شريط إلى 2.5 كيلوبار. وتتجلى الخطوات اللازمة لاكتساب هذه التجارب وتحليلها في البيانات التي تم الحصول عليها في مجال RRM2 التابع ل hnRNPA1.

تم استخدام البروتوكول الموصوف هنا للتحقيق في الاعتماد على الضغط من RRM2 ، وهو ثاني عزر التعرف على الحمض النووي الريبي من hnRNPA1 (المخلفات 95-106) ، والذي يتم كشفه بالكامل تقريبا داخل نطاق 2.5 كيلوبار (>90٪). 1 H-15N تم جمع الأطياف في 1 بار، 500 بار، 750 بار، 1 كيلوبار، 1.5 كيلوبار، 2 كيلوبار، و 2.5 كيل?...

Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States

نحن نقدم وصفا مفصلا للخطوات المطلوبة لتجميع خلية الضغط العالي، وإعداد وتسجيل تجارب NMR عالية الضغط، وأخيرا تحليل كل من كثافة الذروة والتغيرات التحول الكيميائي تحت الضغط. يمكن أن توفر هذه التجارب رؤى قيمة في مسارات قابلة للطي والاستقرار الهيكلي للبروتينات.

تجارب NMR عالية الضغط للكشف عن حالات المطابقة منخفضة البروتين

High-pressure is a well-known perturbation method that can be used to destabilize globular proteins and dissociate protein complexes in a reversible ...

الضغط العالي هو الطريقة المفضلة لتغيير السكان النسبية لعينة من البروتين. وهو مفيد للغاية لعزل وتميز الدول عالية الطاقة تشكيلية. بالمقارنة مع جميع طرق الاضطراب، مثل درجة الحموضة أو درجة الحرارة، من السهل تطبيق اضطراب الضغط وعكسه بالكامل.بل هو أيضا اضطراب المحلية، التي تؤثر في المقام الأول على المناطق مع تجاويف الزجاج أو أحجام الفراغ. للبدء، أدخل عينة النيتروجين-15 المسمى في أنبوب الزركونيا باستخدام ماصة زجاجية، وضمان مقاعد العينة في الجزء السفلي من الأنبوب. لمنع العينة من الاختلاط مع السائل انتقال، تراكب العينة مع 200 ميكرولتر من النفط المعدني، ومن ثم ملء بقية الأنبوب مع السائل انتقال.وضع O-حلقة ذات استخدام واحد على رأس أنبوب الزركونيا والانزلاق أنبوب في القاعدة. ثم قم بتوصيل الأنبوب بخط الحبل عالي الضغط وشد القاعدة بالخلية باليد. ثم تطبيق 14.7 نيوتن متر عزم الدوران لمنع تسرب في الضغط المنخفض.للتحقق من سلامة تجميع خلايا الضغط، قم بالضغط على الأنبوب حتى 300 شريط خارج المطياف باستخدام دعم الخلية ووعاء الاحتواء. بعد 15 دقيقة، قم بإعادة ضبط الضغط على شريط واحد وتحقق من وجود تسربات بمسح نظيف خال من الوبر. أدخل الأنبوب غير المضغوط في المطياف بتوجيه خط الحبل بعناية.قم بتمرير الأنبوب إلى مطياف حتى يصل الأنبوب إلى موضع الجلوس بالعينة. قفل، شيم، المباراة وضبط البروتيوم والنيتروجين قنوات وحفظ الشيم الأمثل للمستقبل. إعداد الاسترخاء العرضي الأمثل التحليل الطيفي مع مطياف متماسك واحد الكم غير المغايرة والمضي قدما في تسجيل تجربة مرجعية في الظروف الجوية.سجل سلسلة من التجارب 2D من شريط واحد إلى 2.5 كيلوبار لكل 500 أشرطة. إذا كانت معدلات الطي الدقيقة أو التي تتكشف معروفة، بعد كل زيادة 500 شريط، دع العينة متساوية لمدة 15 إلى 20 دقيقة. عندما تصل نقطة انقلاب الانتقال القابل للطي أو التي تتكشف، سجل تجارب إضافية لتحسين دقة الملاءمة.تم استخدام هذا البروتوكول للتحقيق في الاعتماد على الضغط من RRM2، والثانية الحمض النووي الريبي الاعتراف عزر غير متجانسة النووية ribonucleoprotein A1. تم جمع التحليل الطيفي الأمثل للاسترخاء العرضي باستخدام أطياف التحليل الطيفي للتماسك أحادي الكم غير المتجانس في شريط واحد و1.5 كيلوبار واثنين من الكيلوبار و2.5 كيلوبار. وRRM2 تتكشف تماما تقريبا ضمن نطاق 2.5 كيلوبار. تم تركيب ملامح كثافة الضغط الفردي وفقا للمعادلة الموضحة هنا ، للحصول على التغييرات المقابلة في الطاقة الحرة القياسية جيبس وحجم المرتبطة رد الفعل تتكشف.عند تعيينها على هيكل المجال ، تم العثور على المخلفات ذات أكبر حجم من تغيير الحجم داخل النواة الهيكلية للمجال ، في حين أن تلك التي لها أصغر حجم من تغيير الحجم كانت موجودة بشكل رئيسي في حلقات الربط بين خيوط بيتا وخيط بيتا إلى الحلزون الطرفي C. للتحقيق في درجة الضغوط والتغايرية التركيبية لفرقة الدولة المطوية ، تم تحليل التحولات الكيميائية البروتيوم. تم تركيب ملامح فردية للتحولات الكيميائية البروتيوم كدالة للضغط باستخدام المعادلة المعروضة، لاستخراج المعاملات الخطية وغير الخطية الخاصة بالموقع.تم العثور على المخلفات ذات أكبر المعاملات غير الخطية في الغالب في النواة الهيكلية للمجال ، في حين كانت المخلفات ذات أصغر المعاملات غير الخطية موجودة في الغالب داخل حلقات تربط بين الزخارف الهيكلية المختلفة. من المهم إعداد الأنبوب كضغط تم ضبطه بشكل صحيح ، لمنع التسرب. إذا حدث تسرب، فإن التحقيق ربما يجب إزالتها لتنظيف أي أثر للنفط المعدني.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

باستخدام سقالة الليبوزومات لإعادة تفاعلات البروتين البروتين، الدهون القريب<em&gt; في المختبر</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

المنظفات مطابقة التباين في تجارب نثر النيوترون زاوية صغيرة لغشاء بروتين التحليل الهيكلي والنمذجة Ab منذ البداية

The biological small-angle neutron scattering instrument at the High-Flux Isotope Reactor of Oak Ridge National Laboratory is dedicated to the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

تحليل الطيفي تقلب Fluorescence من تفاعلات البروتين البروتين في الخلية جهات الاتصال

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

قياس حساسية عالية من الانتماءات الملزمة الحمض النووي عامل النسخ بالتنافسية معايرة باستخدام مجهر الأسفار

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Identification of Functional Protein Regions Through Chimeric Protein Construction

تحديد المناطق الوظيفية البروتين من خلال تشييد البروتين تشيميريك

The goal of this protocol encompasses the design of chimeric proteins in which distinct regions of a protein are replaced by their corresponding sequences ...

Single-Molecule Tracking Microscopy - A Tool for Determining the Diffusive States of Cytosolic Molecules

مجهريتتبع جزيء واحد - أداة لتحديد الدول المنافية للجزيئات الخلوية

Single-molecule localization microscopy probes the position and motions of individual molecules in living cells with tens of nanometer spatial and ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

إنشاء أنظمه تحديد البروتين المستحثة كيميائيا للغاية بواسطة الاختيار المتدرج لمكتبه الأجسام المضادة أحاديه المجال التوافقية

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the ...

Native Cell Membrane Nanoparticles System for Membrane Protein-Protein Interaction Analysis

غشاء الخلية الأصلية نظام الجسيمات النانوية لتحليل التفاعل البروتينية الغشاء

Protein-protein interactions in cell membrane systems play crucial roles in a wide range of biological processes- from cell-to-cell interactions to signal ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

تحسين نمو بلورات الإندوثيابسين لتجارب علم البلورات التسلسلي

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

NMR-Based Fragment Screening in a Minimum Sample but Maximum Automation Mode

فحص الأجزاء القائم على الرنين المغناطيسي النووي في الحد الأدنى من العينة ولكن وضع الأتمتة الأقصى

Fragment-based screening (FBS) is a well-validated and accepted concept within the drug discovery process both in academia and industry. The greatest ...