Name: high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states
Uploaded: 2021-06-29T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

이 작품은 로이 J. 카버 자선 신탁에서 줄리앙 로슈에 이르는 기금으로 지원되었습니다. 우리는 친절하게 RRM2 샘플을 제공 J. D. 레벤트와 B. S. 톨버트 감사합니다.

참고: 여기에 설명된 프로토콜은 (i) 2.5 kbar 등급의 알루미늄 강성 지르코니아튜브(18),(ii) NMR 스펙트럼 분석을 위한 소프트웨어 SPARKY19, (iii) 곡선 피팅 소프트웨어가 있는 고압 펌프 및 셀이 필요합니다.
1. 샘플 준비, 고압 셀조립 및 실험 설정.
<ol><li>버퍼선택: 인산염 및 트리스20,21과같은 음이온...

<ol>
	<li>Alderson, R. T., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unveiling+invisible+protein+states+with+NMR+spectroscopy.">Unveiling invisible protein states with NMR spectroscopy.</a> Current Opinion in Structural Biology. 60, 39-49 (2020).</li><li>Korzhnev, D. M., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=probing+invisible,+low-populated+states+of+protein+molecules+by+relaxation+dispersion+NMR+spectroscopy:+An+application+to+protein+folding.">probing invisible, low-populated states of protein molecules by relaxation dispersion NMR spectroscopy: An application to protein folding.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 442-451 (2008).</li><li>Loria, P. J., Berlow, R. B., Watt, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+enzyme+motions+by+solution+NMR+relaxation+dispersion.">Characterization of enzyme motions by solution NMR relaxation dispersion.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 214-221 (2008).</li><li>Ishima, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CPMG+relaxation+dispersion.">CPMG relaxation dispersion.</a> Methods in Molecular Biology. 1084, 29-49 (2014).</li><li>Longo, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+exchange+saturation+transfer+(CEST):+an+efficient+tool+for+detecting+molecular+information+on+proteins'+behaviour.">Chemical exchange saturation transfer (CEST): an efficient tool for detecting molecular information on proteins' behaviour.</a> Analyst. 39, 2687-2690 (2014).</li><li>Fawzi, N. L., Ying, J., Torchia, D. A., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+exchange+kinetics+and+atomic+resolution+dynamics+in+high-molecular-weight+complexes+using+dark-state+exchange+saturation+transfer+NMR+spectroscopy.">Probing exchange kinetics and atomic resolution dynamics in high-molecular-weight complexes using dark-state exchange saturation transfer NMR spectroscopy.</a> Nature Protocols. 7, 1523-1533 (2012).</li><li>Anthis, N. J., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+transient+dark+states+by+NMR+spectroscopy.">Visualizing transient dark states by NMR spectroscopy.</a> Quarterly Reviews of Biophysics. 48, 35-116 (2015).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavities+determine+the+pressure+unfolding+of+proteins.">Cavities determine the pressure unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 6945-6950 (2012).</li><li>Chen, C. R., Makhatadze, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+determinant+of+the+effects+of+hydrostatic+pressure+on+protein+folding+stability.">Molecular determinant of the effects of hydrostatic pressure on protein folding stability.</a> Nature Communications. 8, 14561 (2017).</li><li>Roche, J., Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lessons+from+pressure+denaturation+of+proteins.">Lessons from pressure denaturation of proteins.</a> Journal of the Royal Society Interface. 15, 20180244 (2018).</li><li>Xu, X., Gagn&#233;, D., Aramini, J. M., Gardner, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+and+compressibility+differences+between+protein+conformations+revealed+by+high-pressure+NMR.">Volume and compressibility differences between protein conformations revealed by high-pressure NMR.</a> Biophysical Journal. 120, 924-935 (2021).</li><li>Akasaka, K., Li, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low-lying+excited+states+of+proteins+revealed+from+non-linear+pressure+shifts+in+1H+and+15N+NMR.">Low-lying excited states of proteins revealed from non-linear pressure shifts in 1H and 15N NMR.</a> Biochemistry. 40, 8665-8671 (2001).</li><li>Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+conformational+fluctuation+of+proteins+by+pressure+perturbation.">Probing conformational fluctuation of proteins by pressure perturbation.</a> Chemical Reviews. 106, 1814-1835 (2006).</li><li>Kitahara, R., Yokoyama, S., Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMR+snapshots+of+a+fluctuating+protein+structure:+ubiquitin+at+30+bar-3+kbar.">NMR snapshots of a fluctuating protein structure: ubiquitin at 30 bar-3 kbar.</a> Journal of Molecular Biology. 347, 277-285 (2005).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=remodeling+of+the+folding+free+energy+landscape+of+Staphylococcal+nuclease+by+cavity-creating+mutations.">remodeling of the folding free energy landscape of Staphylococcal nuclease by cavity-creating mutations.</a> Biochemistry. 51, 9535-9546 (2012).</li><li>Nucci, N. V., Fuglestad, B., Athanasoula, E. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+cavities+and+hydration+in+the+pressure+unfolding+of+T4+lysozyme.">Role of cavities and hydration in the pressure unfolding of T4 lysozyme.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 13846-13851 (2014).</li><li>Maeno, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavity+as+a+source+of+conformational+fluctuation+and+high-energy+state:+High-pressure+NMR+study+of+a+cavity-enlarged+mutant+of+T4+lysozyme.">Cavity as a source of conformational fluctuation and high-energy state: High-pressure NMR study of a cavity-enlarged mutant of T4 lysozyme.</a> Biophysical Journal. 108, 133-145 (2015).</li><li>Peterson, R. W., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Self-contained+high-pressure+cell,+apparatus,+and+procedure+for+the+preparation+of+encapsulated+proteins+dissolved+in+low+viscosity+fluids+for+nuclear+magnetic+resonance+spectroscopy.">Self-contained high-pressure cell, apparatus, and procedure for the preparation of encapsulated proteins dissolved in low viscosity fluids for nuclear magnetic resonance spectroscopy.</a> Review of Scientific Instruments. 76, 094101 (2005).</li><li>Goddard, T. D., Kneller, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Sparky 3. , (2010).</li><li>Caro, J. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Practical+aspects+of+high-pressure+NMR+spectroscopy+and+its+applications+in+protein+biophysics+and+structural+biology.">Practical aspects of high-pressure NMR spectroscopy and its applications in protein biophysics and structural biology.</a> Methods. 148, 67-80 (2018).</li><li>Kitamura, T., Itoh, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reaction+volume+of+protonic+ionization+for+buffering+agents.+Prediction+of+pressure+dependence+of+pH+and+pOH.">Reaction volume of protonic ionization for buffering agents. Prediction of pressure dependence of pH and pOH.</a> Journal of Solution Chemistry. 16, 715-725 (1987).</li><li>Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+volume+changes+in+pressure-induced+protein+unfolding.">Revisiting volume changes in pressure-induced protein unfolding.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1595, 201-209 (2002).</li><li>Erlach, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relationship+between+nonliner+pressure-induced+chemical+shift+changes+and+thermodynamic+parameters.">Relationship between nonliner pressure-induced chemical shift changes and thermodynamic parameters.</a> Journal of Physical Chemistry B. 118, 5681-5690 (2014).</li><li>de Oliveira, G. A. P., Silva, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+hypothesis+to+reconcile+the+physical+and+chemical+unfolding+of+proteins.">A hypothesis to reconcile the physical and chemical unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of The United States of America. 112, 2775-2784 (2015).</li><li>Nguyen, L. M., Roche, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-pressure+NMR+techniques+for+the+study+of+protein+dynamics,+folding+and+aggregation.">High-pressure NMR techniques for the study of protein dynamics, folding and aggregation.</a> Journal of Magnetic Resonance. 277, 179-185 (2017).</li></ol>

이 연구는 압력 동요에 대한 단백질 구조 및 열역학 반응을 조사하기 위해 구현된 프로토콜을 자세히 설명합니다. RRM2에 기록된 고압 실험은 비완전 협동 전개를 나타내는 ΔVU 값의 큰 변화가 상대적으로 작은 단일 도메인 단백질에서 발견될 수 있음을 보여준다. 압력하에서 1H화학 적 변화 변화의 분석에서 유사한 그림이 나타난다. 칼비처와 동료들은 화학적 시프트 변화에 대한 ?...

단백질과 단백질 복합체의 고에너지, 인구밀도가 낮은 형태가 많은 생물학적경로1,2,3에서중요한 역할을 한다는 것은 오랫동안 인식되어 왔다. 카-퍼셀-메이붐-길(CPMG)4,화학교류 포화전달(CEST)5,암흑상태 교환 포화전달(DEST)6 펄스 서열(그 외) 등) 실험덕분에, 용액 NMR 분광법은 일시적인 축축상태를 특성화하기 위한 선택의 방법으로등장했다. 이러한 실험과 함께, 온도, pH 또는 화학 적 강수제와 같은 교란은 더 높은 에너지 형성 하위 상태의 상대적 인구를 증가시키기 위해 도입 될 수있다. 마찬가지로, 단백질 평형증은 또한 높은 정압을 적용하여 혼란을 수 있습니다. 해당 형태 변화와 관련된 부피 변화의 크기에 따라, 수백~몇 천 개의 바의 압력 증가는 더 높은 에너지 상태를 현저하게 안정화하거나 단백질이8,9,10으로완전히 전개될 수 있다. 단백질 NMR 스펙트럼은 일반적으로 정수 압력으로 두 가지 유형의 변화를 표시합니다: (i) 화학 적 변화 변화와 (ii) 피크 강도 변화. 화학적 변화 변화는 단백질 표면-물 인터페이스 및/또는 단백질 구조의 국소 압축에서의 변화를 빠른 시간 척도(NMR 시간 척도에 비해)11로반영한다. 큰 비선형 화학적 변속 압력 의존성을 나타내는 크로스피크는12,13의높은 에너지 형성 상태의 존재를 나타낼 수 있다. 반면에, 피크 강도 변화는 접힌 상태 집단의 변화와 같은 느린 시간 척도의 주요 형태 전환을 가리킵니다. 접이식 중간체 이상의 에너지 상태의 존재는 주어진 단백질14,15,16,17의상이한 잔류물을 측정하여 전개시 부피 변화의 크기가 큰 변화로부터 검출될 수 있다. 우리의 경험을 바탕으로, 일반적으로 2 상태 폴더로 분류되는 작은 단백질조차도 압력에 대한 균일하지 않은 반응을 나타내며, 이는 현지 접이식 안정성에 대한 유용한 정보를 제공합니다. 여기에 설명된 아미드 피크 강도및 1H화학적 변화 압력 의존성의 수집 및 분석을 위한 프로토콜이, 모델 단백질로서 이질적인 핵 리보뉴클레오프로틴 A1(hnRNPA1)의 절연 RNA 인식 모티프 2(RRM2)를 사용하는 것이다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Bruker Nmr Cell 2.5 Kbar</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>NMRCELL-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sparky3</td>
			<td>University of California San Francisco, CA</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xtreme-60 Syringe pump</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>XTREME-60</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states

고압은 구형 단백질을 불안정하게 하고 단백질 복합체를 가역적 방식으로 해리시키는 데 사용할 수 있는 잘 알려진 교란 방법입니다. 유압은 낮은 어금니 볼륨을 가진 주쪽으로 열역학 평형을 구동합니다. 증가하는 압력은, 그러므로, 구형 단백질의 안정성및 단백질 복합체의 올리고머화 평형을 미세하게 조정할 수 있는 기회를 제공합니다. 고압 NMR 실험은 압력 변투의 미세한 안정성 튜닝 능력과 솔루션 NMR 분광법에 의해 제공되는 사이트 해상도를 결합하여 구형 단백질의 안정성, 접이식 메커니즘 및 올리고머화 메커니즘의 안정성을 관장하는 요인의 상세한 특성화를 허용합니다. 여기서 우리는 1 bar에서 2.5 kbar로 기록된 2D 1H-15N 실험세트를 통해 단백질의 국소 접이식 안정성을 조사하는 프로토콜을 제시한다. 이러한 실험의 수집 및 분석에 필요한 단계는 hnRNPA1의 RRM2 도메인에서 획득한 데이터와 함께 설명됩니다.

여기서 설명된 프로토콜은 2.5 kbar 범위(>90%) 내에서 거의 완전히 전개되는 hnRNPA1(잔기 95-106)의 제2 RNA 인식 모티프인 RRM2의 압력 의존성을 조사하는 데 사용되었다. 1 H-15N 스펙트럼은 1 바, 500 바, 750 바, 1 kbar, 1.5 kbar, 2.5 kbar(그림 2)에서수집되었습니다. 네이티브 크로스피크가 2.5kbar의 노이즈 레벨 이상으로 보이지 않았기 때문에, 모든 상응하는 잔류물은 이<stro...

Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States

우리는 고압 세포를 조립하고, 고압 NMR 실험을 설정하고 기록하고, 마지막으로 압력하에서 피크 강도 와 화학 적 변화 변화를 모두 분석하는 데 필요한 단계에 대한 자세한 설명을 제공합니다. 이 실험은 단백질의 접이식 통로 및 구조적인 안정성에 귀중한 통찰력을 제공할 수 있습니다.

단백질 저거짓말 형성 상태를 검출하기 위한 고압 NMR 실험

High-pressure is a well-known perturbation method that can be used to destabilize globular proteins and dissociate protein complexes in a reversible ...

고압은 단백질 형성 시료의 상대적 집단을 변화시킬 수 있는 방법이다. 고에너지 형성 상태를 격리하고 특성화하는 데 매우 유용합니다. pH 또는 온도와 같은 모든 변투 방법에 비해 압력 중단은 쉽게 적용되고 완전히 되돌릴 수 있습니다.또한 유리 충치 또는 보이드 볼륨이 있는 영역에 주로 영향을 미치는 국소 의 동요이기도 합니다. 먼저, 유리 파이펫을 사용하여 지르코니아 튜브에 질소-15 라벨이 부착된 샘플을 소개하고 튜브 바닥의 샘플 시트를 확인합니다. 시료가 투과액과 혼합되는 것을 방지하기 위해 샘플을 200 마이크로리터의 미네랄 오일로 오버레이한 다음 나머지 튜브를 전송 액체로 채웁니다.지르코니아 튜브 위에 일회용 O 링을 넣고 튜브를 베이스로 밀어 넣습니다. 그런 다음 튜브를 고압 밧줄 라인에 연결하고 손으로 기지를 셀에 조입니다. 그런 다음 14.7 뉴턴 미터 토크를 적용하여 낮은 압력에서 누출을 방지하십시오.압력 세포 조립의 무결성을 확인하려면 세포 지지체 및 봉쇄 용기를 사용하여 분광계 외부에서 최대 300 개의 막대를 가압하십시오. 15분 후, 압력을 한 막대로 재설정하고 깨끗한 보풀이 없는 물티슈로 누출을 확인합니다. 테더 라인을 신중하게 안내하여 억제되지 않은 튜브를 분광계에 삽입합니다.튜브가 샘플 앉아 위치에 도달 할 때까지 분광기에 튜브를 밀어 넣습니다. 고정, 심, 일치 하 고 프로티움과 질소 채널을 조정 하 고 미래에 대 한 최적화 된 심을 저장 합니다. 이종 단일 양자 일관된 분광법으로 횡방향 이완 최적화 분광법을 설정하고 대기 조건에서 참조 실험을 기록합니다.500개의 막대마다 한 막대에서 2.5킬로바까지 일련의 2D 실험을 기록합니다. 정확한 접이식 또는 전개 속도가 알려지면 각 500bar'증분 후에 샘플을 15~20분 동안 평형화하게 하십시오. 접기 또는 전개 전환의 변곡점이 도달하면 추가 실험을 기록하여 적합성의 정밀도를 향상시킵니다.이 프로토콜은 제2 RNA 인식 모티프 이질적인 핵 리보뉴클레오프로틴 A1의 압력 의존성을 조사하는 데 사용되었다. 이종 단일 양자 일관성 분광기 분광기 분광기를 가진 횡방향 휴식 최적화 분광기는 1bar, 1.5 킬로바, 2킬로바 및 2.5 킬로바에서 수집되었다. RRM2는 2.5킬로바 범위 내에서 거의 완전히 전개됩니다. 개별 압력 강도 프로파일은 여기에 표시된 방정식에 따라 장착되었으며, 전개 반응과 관련된 표준 깁스 자유 에너지 및 부피의 해당 변화를 얻었다.도메인 구조에 매핑되었을 때, 볼륨 변화의 가장 큰 크기의 잔류물은 도메인 구조 코어 내에서 발견되었으며, 볼륨 변화의 크기가 가장 작은 잔류물은 주로 베타 가닥과 베타 가닥 사이의 C 단자 나선 사이의 연결 루프에 위치했다. 접힌 상태 앙상블의 압축성 및 형태 이질성의 정도를 조사하기 위해, 프로티움 화학적 변화가 분석되었다. 프로티움 화학 적 변화의 개별 프로파일은 도시된 방정식을 사용하여 장착되어 사이트별 선형 및 비선형 계수를 추출하였다.가장 큰 비선형 계수를 가진 잔류물은 주로 도메인의 구조 코어에서 발견되었으며, 가장 작은 비선형 계수를 가진 잔류물은 대부분 다른 구조 모티브를 연결하는 루프 내에 위치했다. 누출을 방지하기 위해 튜브를 압력이 올바르게 설정하여 설정하는 것이 중요합니다. 누출이 발생하면 미네랄 오일의 흔적을 정리하기 위해 프로브를 제거해야 할 것입니다.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

비계 리포좀을 사용하여 근위 지질 단백질 - 단백질 상호 작용을 재구성<em&gt; 체외</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

연구

생화학

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

막 단백질 구조 분석 및 Ab 론 적 모델링 작은 각 중성자 산란 실험에서 일치 하는 대비 세제

The biological small-angle neutron scattering instrument at the High-Flux Isotope Reactor of Oak Ridge National Laboratory is dedicated to the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

셀 연락처에서 단백질 단백질 상호 작용의 형광 변동 분광학 분석 결과

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

경쟁 적정 형광 현미경 검사 법을 사용 하 여 녹음 방송 요인 DNA 바인딩 선호도의 높은 감도 측정

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Identification of Functional Protein Regions Through Chimeric Protein Construction

공상 단백질 구축을 통한 기능성 단백질 영역 식별

The goal of this protocol encompasses the design of chimeric proteins in which distinct regions of a protein are replaced by their corresponding sequences ...

Single-Molecule Tracking Microscopy - A Tool for Determining the Diffusive States of Cytosolic Molecules

단일 분자 추적 현미경 검사법 - 세포화 분자의 확산 상태를 결정하는 도구

Single-molecule localization microscopy probes the position and motions of individual molecules in living cells with tens of nanometer spatial and ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

결합 단일 도메인 항체 라이브러리의 단계별 파지 선택에 의해 고도로 특이적 화학적으로 유도된 단백질 이분화 시스템 생성

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the ...

Native Cell Membrane Nanoparticles System for Membrane Protein-Protein Interaction Analysis

멤브레인 단백질-단백질 상호 작용 분석을 위한 기본 세포막 나노입자 시스템

Protein-protein interactions in cell membrane systems play crucial roles in a wide range of biological processes- from cell-to-cell interactions to signal ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

연속 결정학 실험을 위한 Endothiapepsin 결정의 성장 최적화

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

NMR-Based Fragment Screening in a Minimum Sample but Maximum Automation Mode

최소 샘플이지만 최대 자동화 모드에서 NMR 기반 단편 스크리닝

Fragment-based screening (FBS) is a well-validated and accepted concept within the drug discovery process both in academia and industry. The greatest ...