Name: high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states
Uploaded: 2021-06-29T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

Detta arbete stöddes av medel från Roy J. Carver Charitable Trust till Julien Roche. Vi tackar J.D. Levengood och B. S. Tolbert för att de vänligen tillhandahåller RRM2-provet.

OBS: Protokollet som beskrivs här kräver (i) en högtryckspump och cell med en 2,5 kbar-klassad aluminiumhärdad zirconiarör18, (ii) programvaran SPARKY19 för analys av NMR-spektra och (iii) en kurvmonteringsprogramvara.
1. Provberedning, montering av högtryckscellen och inrättandet av experimenten.
<ol><li>Val av buffert: Använd lika blandning av anjoniska och katjoniska buffertar, såsom fosfat och tris20,<...

<ol>
	<li>Alderson, R. T., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unveiling+invisible+protein+states+with+NMR+spectroscopy.">Unveiling invisible protein states with NMR spectroscopy.</a> Current Opinion in Structural Biology. 60, 39-49 (2020).</li><li>Korzhnev, D. M., Kay, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=probing+invisible,+low-populated+states+of+protein+molecules+by+relaxation+dispersion+NMR+spectroscopy:+An+application+to+protein+folding.">probing invisible, low-populated states of protein molecules by relaxation dispersion NMR spectroscopy: An application to protein folding.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 442-451 (2008).</li><li>Loria, P. J., Berlow, R. B., Watt, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+enzyme+motions+by+solution+NMR+relaxation+dispersion.">Characterization of enzyme motions by solution NMR relaxation dispersion.</a> Accounts of Chemical Research. 41, 214-221 (2008).</li><li>Ishima, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CPMG+relaxation+dispersion.">CPMG relaxation dispersion.</a> Methods in Molecular Biology. 1084, 29-49 (2014).</li><li>Longo, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+exchange+saturation+transfer+(CEST):+an+efficient+tool+for+detecting+molecular+information+on+proteins'+behaviour.">Chemical exchange saturation transfer (CEST): an efficient tool for detecting molecular information on proteins' behaviour.</a> Analyst. 39, 2687-2690 (2014).</li><li>Fawzi, N. L., Ying, J., Torchia, D. A., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+exchange+kinetics+and+atomic+resolution+dynamics+in+high-molecular-weight+complexes+using+dark-state+exchange+saturation+transfer+NMR+spectroscopy.">Probing exchange kinetics and atomic resolution dynamics in high-molecular-weight complexes using dark-state exchange saturation transfer NMR spectroscopy.</a> Nature Protocols. 7, 1523-1533 (2012).</li><li>Anthis, N. J., Clore, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+transient+dark+states+by+NMR+spectroscopy.">Visualizing transient dark states by NMR spectroscopy.</a> Quarterly Reviews of Biophysics. 48, 35-116 (2015).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavities+determine+the+pressure+unfolding+of+proteins.">Cavities determine the pressure unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 6945-6950 (2012).</li><li>Chen, C. R., Makhatadze, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+determinant+of+the+effects+of+hydrostatic+pressure+on+protein+folding+stability.">Molecular determinant of the effects of hydrostatic pressure on protein folding stability.</a> Nature Communications. 8, 14561 (2017).</li><li>Roche, J., Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lessons+from+pressure+denaturation+of+proteins.">Lessons from pressure denaturation of proteins.</a> Journal of the Royal Society Interface. 15, 20180244 (2018).</li><li>Xu, X., Gagn&#233;, D., Aramini, J. M., Gardner, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+and+compressibility+differences+between+protein+conformations+revealed+by+high-pressure+NMR.">Volume and compressibility differences between protein conformations revealed by high-pressure NMR.</a> Biophysical Journal. 120, 924-935 (2021).</li><li>Akasaka, K., Li, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low-lying+excited+states+of+proteins+revealed+from+non-linear+pressure+shifts+in+1H+and+15N+NMR.">Low-lying excited states of proteins revealed from non-linear pressure shifts in 1H and 15N NMR.</a> Biochemistry. 40, 8665-8671 (2001).</li><li>Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+conformational+fluctuation+of+proteins+by+pressure+perturbation.">Probing conformational fluctuation of proteins by pressure perturbation.</a> Chemical Reviews. 106, 1814-1835 (2006).</li><li>Kitahara, R., Yokoyama, S., Akasaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMR+snapshots+of+a+fluctuating+protein+structure:+ubiquitin+at+30+bar-3+kbar.">NMR snapshots of a fluctuating protein structure: ubiquitin at 30 bar-3 kbar.</a> Journal of Molecular Biology. 347, 277-285 (2005).</li><li>Roche, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=remodeling+of+the+folding+free+energy+landscape+of+Staphylococcal+nuclease+by+cavity-creating+mutations.">remodeling of the folding free energy landscape of Staphylococcal nuclease by cavity-creating mutations.</a> Biochemistry. 51, 9535-9546 (2012).</li><li>Nucci, N. V., Fuglestad, B., Athanasoula, E. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+cavities+and+hydration+in+the+pressure+unfolding+of+T4+lysozyme.">Role of cavities and hydration in the pressure unfolding of T4 lysozyme.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 13846-13851 (2014).</li><li>Maeno, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cavity+as+a+source+of+conformational+fluctuation+and+high-energy+state:+High-pressure+NMR+study+of+a+cavity-enlarged+mutant+of+T4+lysozyme.">Cavity as a source of conformational fluctuation and high-energy state: High-pressure NMR study of a cavity-enlarged mutant of T4 lysozyme.</a> Biophysical Journal. 108, 133-145 (2015).</li><li>Peterson, R. W., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Self-contained+high-pressure+cell,+apparatus,+and+procedure+for+the+preparation+of+encapsulated+proteins+dissolved+in+low+viscosity+fluids+for+nuclear+magnetic+resonance+spectroscopy.">Self-contained high-pressure cell, apparatus, and procedure for the preparation of encapsulated proteins dissolved in low viscosity fluids for nuclear magnetic resonance spectroscopy.</a> Review of Scientific Instruments. 76, 094101 (2005).</li><li>Goddard, T. D., Kneller, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Sparky 3. , (2010).</li><li>Caro, J. A., Wand, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Practical+aspects+of+high-pressure+NMR+spectroscopy+and+its+applications+in+protein+biophysics+and+structural+biology.">Practical aspects of high-pressure NMR spectroscopy and its applications in protein biophysics and structural biology.</a> Methods. 148, 67-80 (2018).</li><li>Kitamura, T., Itoh, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reaction+volume+of+protonic+ionization+for+buffering+agents.+Prediction+of+pressure+dependence+of+pH+and+pOH.">Reaction volume of protonic ionization for buffering agents. Prediction of pressure dependence of pH and pOH.</a> Journal of Solution Chemistry. 16, 715-725 (1987).</li><li>Royer, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+volume+changes+in+pressure-induced+protein+unfolding.">Revisiting volume changes in pressure-induced protein unfolding.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1595, 201-209 (2002).</li><li>Erlach, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relationship+between+nonliner+pressure-induced+chemical+shift+changes+and+thermodynamic+parameters.">Relationship between nonliner pressure-induced chemical shift changes and thermodynamic parameters.</a> Journal of Physical Chemistry B. 118, 5681-5690 (2014).</li><li>de Oliveira, G. A. P., Silva, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+hypothesis+to+reconcile+the+physical+and+chemical+unfolding+of+proteins.">A hypothesis to reconcile the physical and chemical unfolding of proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of The United States of America. 112, 2775-2784 (2015).</li><li>Nguyen, L. M., Roche, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-pressure+NMR+techniques+for+the+study+of+protein+dynamics,+folding+and+aggregation.">High-pressure NMR techniques for the study of protein dynamics, folding and aggregation.</a> Journal of Magnetic Resonance. 277, 179-185 (2017).</li></ol>

Denna studie beskriver ett protokoll som genomförts för att sondera protein strukturella och termodynamik svar på tryck stör. De högtrycksexperiment som registrerats här på RRM2 visar att stora variationer i ΔV U-värden, som tyder på icke-helt kooperativ utveckling, finns i ett relativt litet endomänprotein. En liknande bild framträder från analysen av 1H kemiska skiftförändringar under tryck. Det bör noteras att Kalbitzer och medarbetare har visat att en mer djupgående analys av f?...

Det har länge erkänts att glesbefolkade konformations tillstånd av proteiner och proteinkomplex spelar en nyckelroll i många biologiska vägar1,2,3. Tack vare experiment baserade på Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG)4,Chemical Exchange Saturation Transfer (CEST)5, och mörkstatsväxlingsmättnadsöverföring (DEST)6 pulssekvenser (bland andra), har lösning NMR-spektroskopi dykt upp som en metod för att karakterisera övergående konformationstillstånd7. Tillsammans med dessa experiment kan reaktioner som temperatur, pH eller kemiska denatureringsmedel införas för att öka den relativa populationen av högre energikonformationsunderstater. På samma sätt kan proteinjämvikt också störs genom att applicera högt hydrostatiskt tryck. Beroende på storleken på volymförändringen i samband med motsvarande konformationsförändringar kan en ökning av trycket med några hundra till några tusen staplar avsevärt stabilisera ett högre energitillstånd eller orsaka att ett protein helt utvecklas8,9,10. Protein NMR-spektra uppvisar vanligtvis två typer av förändringar med hydrostatiskt tryck: (i) kemiska skiftförändringar och (ii) högsta intensitetsförändringar. Förändringar i kemiskt skifte återspeglar förändringar vid proteinets ytvattengränssnitt och/eller lokal kompression av proteinstrukturen på en snabb tidsskala (i förhållande till NMR-tidsskalan)11. Crosspeaks som uppvisar stora icke-linjära kemiska skiftningar tryckberoende kan indikera förekomsten av högre energikonformations tillstånd12,13. Å andra sidan pekar toppintensitetsförändringar på stora konformationsövergångar på en långsam tidsskala, till exempel förändringar i vikta/utfällda tillståndspopulationer. Förekomsten av vikbara intermediärer eller högre energilägen kan detekteras från stora variationer i volymförändringens storlek vid utfällning mätt för olika rester av ett givet protein14,15,16,17. Baserat på vår erfarenhet uppvisar även små proteiner som vanligtvis klassificeras som tvåstatsmappar icke-enhetliga svar på tryck, vilket ger användbar information om deras lokala vikstabilitet. Beskrivs här är ett protokoll för förvärv och analys av amide topp intensitet och 1H kemikalie skiftar tryckberoende, med hjälp av som modellprotein det isolerade RNA erkännande motivet 2 (RRM2) av heterogeneous kärn- ribonucleoprotein A1 (hnRNPA1).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Bruker Nmr Cell 2.5 Kbar</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>NMRCELL-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sparky3</td>
			<td>University of California San Francisco, CA</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xtreme-60 Syringe pump</td>
			<td>Daedalus Innovations LLC</td>
			<td>XTREME-60</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-pressure nmr experiments for detecting protein low-lying conformational states

Högt tryck är en välkänd störmetod som kan användas för att destabilisera klotformiga proteiner och dissociera proteinkomplex på ett reversibelt sätt. Hydrostatiskt tryck driver termodynamisk jämvikt mot tillstånden med den nedre molära volymen. Att öka trycket erbjuder därför möjligheterna att finjustera stabiliteten hos klotformiga proteiner och oligomeriseringsjämvikten hos proteinkomplex. Nmr-experiment med högt tryck möjliggör en detaljerad karakterisering av de faktorer som styr stabiliteten hos klotformiga proteiner, deras vikmekanismer och oligomeriseringsmekanismer genom att kombinera den finstabilitetsjusteringsförmågan hos tryckstörning och den platsupplösning som erbjuds av lösning NMR-spektroskopi. Här presenterar vi ett protokoll för att undersöka den lokala vikningsstabiliteten hos ett protein via en uppsättning 2D 1H-15N-experiment inspelade från 1 bar till 2,5 kbar. De steg som krävs för förvärv och analys av sådana experiment illustreras med data som förvärvats på RRM2-domänen hnRNPA1.

Protokollet som beskrivs här användes för att undersöka tryckberoendet av RRM2, det andra RNA-igenkänningsmotivet för hnRNPA1 (rester 95-106), som nästan helt utvecklas inom intervallet 2,5 kbar (>90%). 1 (på 1) H-15N spektra samlades in på 1 bar, 500 bar, 750 bar, 1 kbar, 1,5 kbar, 2 kbar och 2,5 kbar(figur 2). Eftersom ingen av de inhemska korsstötarna var synliga över bullernivån vid 2,5 kbar, tillskrevs alla motsvarande restprodukter ett intensitetsvärd...

Watch this Scientific Journal Video about High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States at JoVE.com

High-Pressure NMR Experiments for Detecting Protein Low-Lying Conformational States

Vi ger en detaljerad beskrivning av de steg som krävs för att montera en högtryckscell, ställa in och registrera NMR-experiment med högt tryck och slutligen analysera både toppintensitet och kemiska skiftförändringar under tryck. Dessa experiment kan ge värdefulla insikter om proteinens vikningsvägar och strukturella stabilitet.

NMR-experiment med högt tryck för detektering av protein låglänta konformations tillstånd

High-pressure is a well-known perturbation method that can be used to destabilize globular proteins and dissociate protein complexes in a reversible ...

Högt tryck är den metod som man väljer för att ändra den relativa populationen av ett proteinkonformationsprov. Det är extremt användbart för att isolera och karakterisera högenergikonformations tillstånd. Jämfört med alla störmetoder, som pH eller temperatur, är tryckstörning lätt att applicera och helt reversibel.Det är också en lokal stör, som främst påverkar regioner med glashålor eller tomrumsvolymer. Till att börja med introducera det kväve-15-märkta provet i zirconiaröret med en glaspipett och se till att provet sitter längst ner på röret. För att förhindra att provet blandas med överföringsvätskan, överlägg provet med 200 mikroliter mineralolja och fyll sedan resten av röret med överföringsvätska.Sätt en engångs O-ring ovanpå zirconiaröret och skjut in röret i basen. Anslut sedan röret till högtrycksförtjuderlinjen och dra åt basen till cellen för hand. Applicera sedan 14,7 newtonmeter vridmoment för att förhindra läckor vid lägre tryck.För att kontrollera tryckcellsenhetens integritet, tryck på röret upp till 300 staplar utanför spektrometern med hjälp av cellstöd och inneslutningskärl. Efter 15 minuter återställ trycket till en bar och kontrollera om det finns läckor med en ren luddfri våtservett. För in det trycksatta röret i spektrometern genom att försiktigt styra tjuderlinjen.Skjut in röret i spektrometern tills röret når prov sittplats. Lås, shim, matcha och finjustera protium- och kvävekanalerna och spara de optimerade shims för framtiden. Ställ in tvärgående avslappningsoptimerad spektroskopi med hetero-sammanhängande spektroskopi och fortsätt med att spela in ett referensexperiment vid atmosfäriska förhållanden.Spela in en serie 2D-experiment från en stapel till 2,5 kilobar för varje 500 bar. Om de exakta viknings- eller utfällbara hastigheten är kända, låt provet jämvikta i 15 till 20 minuter efter varje ökning på 500 staplar. När böjningspunkten för den vikbara eller utfällbara övergången når, registrera ytterligare experiment för att förbättra passformens precision.Detta protokoll användes för att undersöka tryck beroendet av RRM2, det andra RNA erkännande motiv heterogena nukleära ribonukleoprotein A1. Tvärgående avslappningsoptimerad spektroskopi med hetero en kvantsammanhållning spektroskopi spektra samlades in på en bar, 1,5 kilobar, två kilobars och 2,5 kilobars. RRM2 är nästan helt utfälld inom intervallet 2,5 kilobar. Individuella tryckintensitetsprofiler monterades enligt ekvationen som visas här, för att erhålla motsvarande förändringar i standard Gibbs fri energi och volym i samband med den utfällande reaktionen.När de kartlades på domänstrukturen hittades restprodukterna med den största omfattningen av volymförändringen inom domänens strukturella kärna, medan de med den minsta omfattningen av volymförändring huvudsakligen var belägna i anslutningsslingorna mellan betasträngarna och betasträngen till C-terminalen helix. För att undersöka graden av kompressibility och conformational heterogenitet i den vikta staten ensemble, protium kemiska skiften analyserades. Enskilda profiler av protium kemiska skiften som en funktion av tryck monterades med hjälp av ekvationen som visas, för att extrahera de platsspecifika linjära och icke-linjära koefficienterna.Resthalterna med de största ickelinjära koefficienterna hittades främst i domänens strukturella kärna, medan rester med de minsta ickelinjära koefficienterna mestadels var belägna inom slingor som förbinder de olika strukturella motiven. Det är viktigt att ställa in röret som ett tryck som är korrekt inställt för att förhindra läckor. Om en läcka inträffar måste sonden förmodligen avlägsnas för att rensa upp alla spår av mineralolja.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Använda Scaffold Liposomer att återskapa Lipid-proximala protein-proteininteraktioner<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Kontrast-matchande tvättmedel i liten vinkel Neutron Scattering experiment för membran Protein strukturell analys och Ab Initio modellering

The biological small-angle neutron scattering instrument at the High-Flux Isotope Reactor of Oak Ridge National Laboratory is dedicated to the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

En fluorescens fluktuation spektroskopi haltbestämning av Protein-Protein interaktioner på Cell-Cell kontakter

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Hög känslighet mätning av transkription faktorn-DNA bindande samhörighet genom konkurrenskraftiga titrering med fluorescensmikroskopi

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Identification of Functional Protein Regions Through Chimeric Protein Construction

Identifiering av funktionellt Protein regioner genom chimära Protein konstruktion

The goal of this protocol encompasses the design of chimeric proteins in which distinct regions of a protein are replaced by their corresponding sequences ...

Single-Molecule Tracking Microscopy - A Tool for Determining the Diffusive States of Cytosolic Molecules

Single-molekyl tracking mikroskopi-ett verktyg för att bestämma Diffusiva stater cytosoliska molekyler

Single-molecule localization microscopy probes the position and motions of individual molecules in living cells with tens of nanometer spatial and ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

Att skapa mycket specifika kemiskt inducerad Proteindimeriseringssystem genom stegvis val av ett kombinatoriskt Endomänsantikroppsbibliotek

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the ...

Native Cell Membrane Nanoparticles System for Membrane Protein-Protein Interaction Analysis

Inbyggt cellmembrannanopartiklar system för membranprotein-protein interaktionsanalys

Protein-protein interactions in cell membrane systems play crucial roles in a wide range of biological processes- from cell-to-cell interactions to signal ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

Optimera tillväxten av endotiapepsinkristaller för seriella kristallografiexperiment

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

NMR-Based Fragment Screening in a Minimum Sample but Maximum Automation Mode

NMR-baserad fragmentscreening i ett minimalt prov men maximalt automatiseringsläge

Fragment-based screening (FBS) is a well-validated and accepted concept within the drug discovery process both in academia and industry. The greatest ...