Name: use of crystal violet to improve visual cytopathic effect-based reading for viral titration using tcid50 assays
Uploaded: 2022-02-12T14:45:00
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Gli autori vorrebbero ringraziare il Dr. Frank Scholle per i suoi utili commenti nel manoscritto, Chloe Mariant per il suo aiuto con le immagini al microscopio e Teresa M. Tiedge per la sua utile revisione in inglese.

1. Protocollo di titolazione
NOTA: Utilizzare un virus citopatico che infetta le cellule aderenti. Per questa dimostrazione sono stati utilizzati il virus dell'influenza A (IAV) di origine suina (A/California/07/2009/(H1N1)) e il virus della sindrome riproduttiva e respiratoria suina (PRRSV) di tipo 2, ceppo NC 1-7-4.
<ol><li>Titolare questi virus in 96 piastre di pozzo per 7 giorni in un armadio di biosicurezza situato in un laboratorio di livello di biosicurezza 2 (BSL-2)....

<ol>
	<li>K&#228;rber, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contribution+to+the+collective+treatment+of+pharmacological+series+experiments.">Contribution to the collective treatment of pharmacological series experiments.</a> Naunyn-Schmiedeberg's Archive for Experimental Pathology and Pharmacology. 162 (4), 480-483 (1931).</li><li>Ramakrishnan, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+50%+endpoint+titer+using+a+simple+formula.">Determination of 50% endpoint titer using a simple formula.</a> World Journal of Virology. 5 (2), 85-86 (2016).</li><li>Reed, L. J., Muench, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+of+estimating+fifty+per+cent+endpoints.">A simple method of estimating fifty per cent endpoints.</a> American Journal of Epidemiology. 27 (3), 493-497 (1938).</li><li>Spearman, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+method+of+right+and+wrong+cases+(constant+stimuli)+without+Gauss's+formulae.">The method of right and wrong cases (constant stimuli) without Gauss's formulae.</a> British Journal of Psychology. 2 (3), 227 (1908).</li><li>Darling, A. J., Boose, J. A., Spaltro, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus+assay+methods:+accuracy+and+validation.">Virus assay methods: accuracy and validation.</a> Biologicals. 26 (2), 105-110 (1998).</li><li>Kim, J., Chae, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+virus+isolation,+polymerase+chain+reaction,+immunohistochemistry,+and+in+situ+hybridization+for+the+detection+of+porcine+circovirus+2+and+porcine+parvovirus+in+experimentally+and+naturally+coinfected+pigs.">A comparison of virus isolation, polymerase chain reaction, immunohistochemistry, and in situ hybridization for the detection of porcine circovirus 2 and porcine parvovirus in experimentally and naturally coinfected pigs.</a> Journal of Veterinary Diagnostic Investigation. 16 (1), 45-50 (2004).</li><li>Suchman, E., Blair, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytopathic+effects+of+viruses+protocols.">Cytopathic effects of viruses protocols.</a> American Society of Microbiology. , (2007).</li><li>Karakus, U., Crameri, M., Lanz, C., Y&#225;ng&#252;ez, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Influenza Virus. , 59-88 (2018).</li><li>Tingstedt, J. -. E., Nielsen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+immune+responses+in+the+lungs+of+pigs+infected+in+utero+with+PRRSV:+an+immunohistochemical+study.">Cellular immune responses in the lungs of pigs infected in utero with PRRSV: an immunohistochemical study.</a> Viral Immunology. 17 (4), 558-564 (2004).</li><li>Guarner, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunohistochemical+and+in+situ+hybridization+studies+of+influenza+A+virus+infection+in+human+lungs.">Immunohistochemical and in situ hybridization studies of influenza A virus infection in human lungs.</a> American Journal of Clinical Pathology. 114 (2), 227-233 (2000).</li><li>Nicholls, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+highly+pathogenic+influenza+and+pandemic+influenza+virus+in+formalin+fixed+tissues+by+immunohistochemical+methods.">Detection of highly pathogenic influenza and pandemic influenza virus in formalin fixed tissues by immunohistochemical methods.</a> Journal of Virological Methods. 179 (2), 409-413 (2012).</li></ol>

Le titolazioni virali sono abitualmente utilizzate nella ricerca virologica, con il rilevamento PFU e i saggi TCID50 più comunemente usati1,2,3,4. Entrambi i metodi si basano sul rilevamento di CPE nelle cellule infette e, anche se possono essere valutati visivamente tramite microscopia, di solito viene applicata una colorazione per ottenere un risultato più obiettivo o addirittura p...

La titolazione virale tramite test TCID50 è una tecnica comunemente usata nella ricerca sulle malattie infettive1. Sebbene nel tempo siano state proposte variazioni sulla matematica alla base di questo metodo1,2,3,4, i metodi attualmente applicati di rilevamento delle infezioni si basano sulla conferma visiva attraverso la presenza di effetto citopatico (CPE) utilizzando la microscopia5. Per confermare la visualizzazione CPE in modo più obiettivo sui saggi TCID50, la colorazione intracellulare immunocitochimica (ICC) che prende di mira le proteine del virus è uno dei metodi più comunemente usati6 in quanto diversi virus possono produrre varie forme di CPE. Nel nostro caso, i cambiamenti morfologici cellulari sono simili quando infettati sia dal virus dell'influenza A (IAV) che dal virus della sindrome riproduttiva e respiratoria suina (PRRSV), in cui le cellule infette si arrotondano e si staccano dalla piastra. Nel caso del PRRSV, provoca un CPE noto come "distruzione totale", in cui tutte le cellule finiscono per staccarsi dal pozzo. IAV, d'altra parte, può presentare sia la distruzione totale che un CPE aggiuntivo noto come "distruzione subtotale" in cui un piccolo numero di cellule non si stacca dopo l'infezione7. Tuttavia, questa tecnica richiede molto tempo per essere eseguita e richiede l'uso di reagenti relativamente costosi. È importante notare che ICC non etichetta CPE, ma piuttosto il numero di cellule infettate con successo dal virus. Ciò implica che le cellule che sono state infettate con successo alla fine dell'incubazione saranno viste come positive anche se l'infezione non ha ancora causato CPE e, quindi, si prevede una percentuale più elevata di cellule POSITIVE ICC rispetto a CPE. Per questo motivo, in questo studio descriviamo un metodo complementare di rilevamento visivo del CPE in un test TCID50 basato sul viola cristallino, una sostanza chimica con una carica positiva che si attacca alle membrane cellulari e viene utilizzata per macchiare le cellule aderenti. Il viola cristallino è spesso utilizzato nella ricerca virologica per misurare le unità di formazione della placca, tra gli altri8.
In questo studio, confrontiamo la sensibilità del rilevamento CPE al microscopio non colorato con la colorazione viola cristallina e la colorazione immunocitochimica basata sul riconoscimento delle proteine virali, che è noto per essere più obiettivo a causa della sua elevata sensibilità. Questo studio dimostra che sia la colorazione viola cristallina che quella immunocitochimica sono più accurate del rilevamento CPE basato sulla microscopia visiva e possono essere utilizzate per identificare oggettivamente i pozzetti infetti in una titolazione TCID50. Data la loro capacità di raggiungere un livello quasi identico di accuratezza sui virus citopatici testati in linee cellulari, il viola cristallino è presentato come un modo più veloce e conveniente per determinare le titolazioni virali su un test TCID50. Il metodo proposto che utilizza la colorazione viola cristallina richiede un tempo totale di 40 minuti per l'esecuzione, con 15 minuti per l'incubazione della paraformaldeide (PFA), 5 minuti per l'incubazione del viola cristallino e un massimo di 15 minuti per la preparazione del materiale, i lavaggi tampone e l'essiccazione. Il protocollo immunocitochimico applicato per il confronto richiede un tempo medio di 4 h 30 min ed è stato eseguito come descritto in precedenza9,10. Il metodo proposto mira a visualizzare una titolazione virale completata. I tempi di infezione e incubazione possono essere eseguiti con layout diversi a seconda del virus. Qui abbiamo testato due virus a RNA con effetto citopatico sulle linee cellulari.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96-well cell culture plates</td>
			<td>Genesee</td>
			<td>25-221</td>
			<td>Clear, flat bottom</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AEC solution</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>1122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crystal violet</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>C581-25; C581-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM</td>
			<td>Corning</td>
			<td>10-017-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>BioWest</td>
			<td>S1480</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehide</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>J19943</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primary Influenza Antibody</td>
			<td>Bioss</td>
			<td>BS-0344R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primary PRRSV Antibody</td>
			<td>Bioss</td>
			<td>BS-10043R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Saponin</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>AAA1882014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondaty antibody</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>31460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Hydrochloride</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>AM9856</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

use of crystal violet to improve visual cytopathic effect-based reading for viral titration using tcid50 assays

La titolazione virale è un test chiave per la ricerca virologica. Il rilevamento dell'effetto citopatico (CPE) tramite saggi TCID50 e saggi di unità di formazione della placca (PFU) sono i due metodi principali per calcolare il titolo di un virus e sono spesso basati sul rilevamento al microscopio o sulla colorazione cellulare per la visualizzazione. Nel caso del test TCID50, la visualizzazione oggettiva si basa comunemente sulla colorazione immunocitochimica (ICC) del virus intracellulare per calcolare i titoli combinati con il rilevamento visivo cpe tramite microscopia. Tuttavia, la colorazione ICC è costosa e richiede tempo. In questo studio, abbiamo confrontato l'osservazione visiva della CPE tramite microscopia, la colorazione ICC e la colorazione viola cristallina per determinare i titoli di due virus che formano CPE, il virus dell'influenza A (IAV) di origine suina e il virus della sindrome riproduttiva e respiratoria suina (PRRSV). Mostriamo che sia la colorazione viola cristallo che icc sono più accurate del rilevamento visivo CPE, presentando livelli di precisione quasi identici sia su IAV che su PRRSV. Per questo motivo, qui presentiamo la colorazione viola cristallina come un modo più rapido e conveniente per determinare le titolazioni virali su un test TCID50 per virus che formano CPE titolati in linee cellulari.

Le equazioni utilizzate per calcolare matematicamente il titolo erano state precedentemente descritte2,3.
In breve, per PRRSV, applichiamo il metodo Karber:
Titolo (TCID50) = 10 T + 1.3 dove:
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/63063/63063eq01.jpg">
In questa formula d = log negativo dell'ultima diluizione con risposta al virus compl...

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Use of Crystal Violet to Improve Visual Cytopathic Effect-based Reading for Viral Titration using TCID50 Assays

Questo protocollo mostra un approccio accurato e oggettivo per visualizzare le titolazioni virali utilizzando il viola cristallino, confrontandolo con la microscopia ottica e la colorazione immunocitochimica.

Uso di Crystal Violet per migliorare la lettura basata sull'effetto citopatico visivo per la titolazione virale utilizzando i saggi TCID50

Viral titration is a key assay for virology research. The detection of cytopathic effect (CPE) via TCID50 assays and plaque-forming units (PFU) assays are ...

L'obiettivo di questo protocollo è quello di produrre una titolazione delle scorte di virus e visualizzarla utilizzando la colorazione viola cristallina. Per fare ciò, verrà dimostrata una titolazione virale generale seguita dalla colorazione. Questa titolazione sarà eseguita in una piastra da 96 pozzetti per un periodo di sette giorni in un armadio di biosicurezza all'interno di un laboratorio di livello di biosicurezza 2.Per fare ciò, una piastra a 96 pozzetti della linea cellulare preferita verrà seminata utilizzando il mezzo corrispondente e lasciata crescere fino alla confluenza. Lo stock di virus sarà diluito utilizzando dieci diluizioni, mescolando 900 microlitri di media e 100 microlitri di virus, o la corrispondente diluizione. Assicurarsi di ruotare ogni tubo per garantire una corretta miscelazione del fluido e del virus ed evitare errori sulle diluizioni.Scrivi il layout della tua piastra in testa e ogni diluizione per aiutare durante il processo di infezione. Prima dell'infezione, lavare con 200 microlitri di PBS. Aggiungi 50 microlitri del tuo inoculo nei pozzetti corrispondenti.Quindi, incubare a 37 gradi Celsius in un incubatore a CO2 al 5% per sette giorni. Dopo l'incubazione di sette giorni, lavare con 200 microlitri di PBS. Fissare le cellule aggiungendo 50 microlitri per pozzetto di PFA al 4% in PBS e incubare per 15 minuti a temperatura ambiente.Dopo l'incubazione, lavare nuovamente le cellule due volte con 200 microlitri di PBS prima dell'aggiunta di 50 microlitri per pozzetto di viola cristallino in acqua e incubare per cinque minuti a temperatura ambiente. Infine, aspirare il cristallo viola dai pozzetti e, facoltativamente, lasciare asciugare le piastre all'aria per due-cinque minuti a temperatura ambiente o lavarlo con 200 microlitri d'acqua per rimuovere le macchie eccessive prima della visualizzazione. Di conseguenza, dopo la ricolorazione, le cellule negative saranno macchiate.I pozzi positivi saranno eliminati. Queste informazioni verranno utilizzate in una delle due formule descritte per calcolare il titolo virale finale. Quando il titolo ottenuto con ciascun metodo è stato confrontato, ha dimostrato che nella chimica monocyto la colorazione potrebbe in alcuni casi rilevare ulteriori pozzetti positivi rispetto al viola cristallino e che, allo stesso modo, entrambi i metodi di colorazione potrebbero rilevare più pozzi positivi rispetto alla valutazione visiva tramite microscopia.

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