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•
08:03 min
December 7th, 2021
DOI :
10.3791/63115-v
Chapters
0:04
Introduction
2:23
Conduct Analyses and Generate Visualizations
5:17
Results: Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Salmonella enterica
6:58
Conclusion
Transcript
该分析方案允许大规模研究细菌的致病性种群。这非常重要,因为它增强了生态和流行病学调查的进行方式。但要做到这一点,我们需要的是一个自动化和可扩展的工具,或者一个计算平台,允许同时分析数千个基因组序列。
ProkEvo适合这个利基市场,它允许大规模地进行实际的细菌种群分析,同时绘制泛基因组内容,审查基因型和这些基因型的独特特征,以进行生态和流行病学调查。该协议的主要优点是使用功能强大,自动化和可扩展的计算平台,例如ProkEvo,对细菌种群中的分层基因型进行启发式挖掘。今天在这里介
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Summary
该分析计算平台为对细菌种群基因组学感兴趣的微生物学家,生态学家和流行病学家提供实用指导。具体而言,这里介绍的工作展示了如何执行:i)分层基因型的系统发育指导映射;ii)基于频率的基因型分析;iii) 亲属关系和克隆性分析;iv)识别谱系分化附属位点。
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