Name: the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides
Uploaded: 2021-11-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

يتم دعم N.E.S من خلال زمالة المستقبل لمجلس البحوث الأسترالي (FT200100270) ومنحة مشروع اكتشاف ARC (DP210100362). نشكر مرفق ملبورن لقياس الطيف الكتلي والبروتينات التابع لمعهد Bio21 للعلوم الجزيئية والتكنولوجيا الحيوية على الوصول إلى أجهزة التصلب المتعدد.

ملاحظة: يمكن تقسيم إعداد وتحليل عينات الجليكوببتيد البكتيرية إلى أربعة أقسام (الشكل 1). بالنسبة لهذه الدراسة ، تم تقييم غليكوزيل ثلاث سلالات A. baumannii متسلسلة (الجدول 1). يمكن الوصول إلى قواعد بيانات Proteome FASTA لكل من هذه السلالات عبر Uniprot. ارجع إلى الجدول 2 ...

البحث المفتوح هو طريقة فعالة ومنهجية لتحديد التعديلات غير المعروفة. في حين أن تحديد الجليكان غير المعروف داخل عينات البروتيوم البكتيرية كان تقليديا مهمة مستهلكة للوقت ومتخصصة تقنيا ، فإن التطورات الأخيرة لأدوات مثل MSfragger 21,41 و Byonic31,38...

غليكوزيل البروتين ، عملية ربط الكربوهيدرات بجزيئات البروتين ، هي واحدة من أكثر التعديلات ما بعد الانتقالية شيوعا (PTMs) في الطبيعة 1,2. في جميع مجالات الحياة ، تطورت مجموعة من الآلات المعقدة المخصصة لتوليد البروتينات السكرية التي تؤثر على عدد لا يحصى من الوظائف الخلوية1،3،4،5. في حين أن غليكوزيل البروتين يحدث على مجموعة من الأحماض الأمينية 6,7 ، فإن أحداث الجليكوزيل المرتبطة ب N و O هما شكلان مهيمنان لوحظا في الطبيعة. يتضمن الغليكوزيل المرتبط ب N ربط الجليكان بذرة نيتروجين من بقايا الأسباراجين (Asn) ، بينما في الغليكوزيل المرتبط ب O ، يتم ربط الجليكان بذرة أكسجين من بقايا سيرين (Ser) أو ثريونين (Thr) أو التيروزين (Tyr)7. على الرغم من أوجه التشابه في المخلفات التي تستهدفها أنظمة الجليكوزيل ، فإن الاختلافات داخل الجليكان المرتبطة بالبروتينات تؤدي إلى كون الجليكوزيل هو الفئة الأكثر تنوعا كيميائيا من PTMs الموجودة في الطبيعة.
في حين أن أنظمة الجليكوزيل حقيقية النواة تمتلك تنوع الجليكان ، فإن هذه الأنظمة عادة ما تكون مقيدة في عدد الكربوهيدرات الفريدة المستخدمة. ينبع التنوع الناتج من كيفية ترتيب هذه الكربوهيدرات في جليكان8،9،10،11،12. في المقابل ، تمتلك الأنواع البكتيرية والقديمة تنوعا غير محدود تقريبا من الجليكان بسبب المجموعة الهائلة من السكريات الفريدة المتولدة داخل هذه الأنظمة2،10،13،14،15،16،17. تمثل هذه الاختلافات في تنوع الجليكان الذي لوحظ عبر مجالات الحياة تحديا تحليليا كبيرا لتوصيف وتحديد أحداث الغليكوزيل. بالنسبة للغليكوزيل حقيقي النواة ، فإن القدرة على توقع تركيبات الجليكان قد سهلت الاهتمام المتزايد بعلم الأحياء السكرية. ومع ذلك ، فإن الشيء نفسه لا ينطبق على الجليكوزيل البكتيري ، الذي لا يزال مقتصرا إلى حد كبير على الدراسة من قبل المختبرات المتخصصة. مع زيادة إمكانية الوصول إلى أجهزة قياس الطيف الكتلي (MS) في العلوم البيولوجية ، أصبحت النهج القائمة على MS الآن الطريقة الأساسية لتحليل glycoproteomic.
برز مرض التصلب العصبي المتعدد كأداة مثالية لتوصيف الجليكوزيل، مع استخدام كل من النهج من أعلى إلى أسفل ومن أسفل إلى أعلى الآن بشكل شائع لتوصيف البروتينات السكرية6. في حين يتم استخدام البروتيوميات من أعلى إلى أسفل لتقييم أنماط الغليكوزيل العالمية لبروتينات محددة18,19 ، يتم استخدام النهج من أسفل إلى أعلى لتمكين التوصيف الخاص بالجليكان من glycopeptides ، حتى من المخاليط المعقدة6,20,21,22,23. لتحليل glycopeptides ، يعد توليد معلومات التجزئة الإعلامية ضروريا لتوصيف أحداث glycosylation24,25. ويمكن الآن الوصول إلى مجموعة من نهج التجزئة بشكل روتيني على الأدوات، بما في ذلك التفكك الناجم عن التصادم القائم على مصيدة أيون الرنين (IT-CID)، والتفكك الناجم عن التصادم من نوع الحزمة (CID)، وتفكك نقل الإلكترون (ETD). يمتلك كل نهج نقاط قوة وضعف مختلفة لتحليل الجليكوببتيد 25,26 ، مع تقدم كبير خلال العقد الماضي في تطبيق نهج التجزئة هذه لتحليل الغليكوزيل 6,20. ومع ذلك ، بالنسبة لتحليل الغليكوزيل البكتيري ، لم يكن القيد الحرج هو القدرة على تفتيت الجليكوببتيدات ولكن بالأحرى عدم القدرة على التنبؤ بتركيبات الجليكان المحتملة داخل العينات. داخل هذه الأنظمة ، تحد الطبيعة غير المعروفة للجليكان البكتيري المتنوع من تحديد الجليكوببتيدات ، حتى مع أدوات البحث التي تركز على الغليكوزيل الشائعة الآن لتحليل الجليكوببتيدات حقيقية النواة ، مثل O-Pair27 و GlycopeptideGraphMS28 و GlycReSoft29. للتغلب على هذه المشكلة ، هناك حاجة إلى طريقة بحث بديلة ، مع استخدام أدوات البحث المفتوحة الناشئة كنهج قوي لدراسة الغليكوزيل البكتيري30.
يسمح البحث المفتوح ، المعروف أيضا باسم البحث الأعمى أو بحرف البدل ، بتحديد الببتيدات ذات PTMs 21,30,31,32 غير المعروفة أو غير المتوقعة. تستخدم عمليات البحث المفتوحة مجموعة متنوعة من التقنيات الحسابية ، بما في ذلك عمليات البحث عن التعديل المنسق ، أو عمليات البحث في قاعدة البيانات متعددة الخطوات ، أو البحث المتسامح على نطاق واسع33،34،35،36،37. على الرغم من أن البحث المفتوح ينطوي على إمكانات كبيرة ، إلا أن استخدامه عادة ما يعوقه الزيادة الكبيرة في أوقات التحليل وفقدان حساسية الكشف عن الببتيدات غير المعدلة مقارنة بعمليات البحث المقيدة31,32. الانخفاض في الكشف عن التطابقات الطيفية الببتيد غير المعدلة (PSMs) هو نتيجة لزيادة معدلات PSM الإيجابية الكاذبة المرتبطة بهذه التقنيات ، الأمر الذي يتطلب زيادة التصفية الصارمة للحفاظ على معدلات الاكتشاف الخاطئ المطلوبة (FDRs) 33،34،35،36،37 . في الآونة الأخيرة ، أصبحت العديد من الأدوات المتاحة تعمل على تحسين إمكانية الوصول إلى البحث المفتوح بشكل كبير ، بما في ذلك Byonic 31,38 و Open-pFind 39 و ANN-SoLo 40 و MSFragger21,41. تمكن هذه الأدوات من التحديد القوي لأحداث الغليكوزيل من خلال تقليل أوقات التحليل بشكل كبير وتنفيذ نهج للتعامل مع تركيبات الجليكان غير المتجانسة.
تقدم هذه المقالة طريقة مبسطة لتحديد الببتيدات السكرية البكتيرية عن طريق البحث المفتوح ، باستخدام مسببات الأمراض في المستشفيات سالبة الجرام ، Acinetobacter baumannii ، كنموذج. يمتلك A. baumannii نظام جليكوزيل مرتبط ب O محفوظ مسؤول عن تعديل ركائز البروتين المتعددة ، والمعروف باسم نظام غليكوزيل البروتين PglL42,43,44. في حين يتم استهداف بروتينات مماثلة للغليكوزيل بين السلالات ، فإن نظام غليكوزيل PglL متغير للغاية بسبب التخليق الحيوي للجليكان المستخدم في غليكوزيل البروتين المشتق من موضع الكبسولة (المعروف باسم K-locus) 44،45،46. ينتج عن ذلك جليكان متنوع (يعرف أيضا باسم وحدة K) ، مشتقة من وحدات K المبلمرة المفردة أو المحدودة ، التي تضاف إلى ركائز البروتين 30,44,46. ضمن هذا العمل ، يتم استخدام أداة البحث المفتوحة ، MSfragger ، داخل برنامج FragPipe ، لتحديد الجليكان عبر سلالات A. baumannii. من خلال الجمع بين البحث المفتوح والتنظيم اليدوي ، يمكن إجراء "عمليات بحث تركز على الجليكان" لزيادة تحسين تحديد الببتيدات البكتيرية. معا ، يتيح نهج تحديد الهوية متعدد الخطوات هذا تحديد الجليكوببتيدات دون خبرة واسعة في توصيف أحداث الجليكوزيل الجديدة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>14 G Kel-F Hub point style 3</td>
			<td>Hamilton company</td>
			<td>hanc90514</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Chloroacetamide</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C0267-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>34851-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (28%)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>338818-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent A</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23228</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent B</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C8 Empore SPE</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66882-U</td>
			<td>An alterative vendor for C8 material is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>5.33002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>650447-2.5L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>M/4058/17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDB-RPS Empore SPE (Reversed-Phase Sulfonate)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66886-U</td>
			<td>An alterative vendor for SDB-RPS is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Deoxycholate</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>D6750-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoMixer C</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2232000083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>302031-10X1ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris 2-carboxyethyl phosphine hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C4706-2G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>252859-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin/Lys-C protease mixture</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum concentrator</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7810040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZIC-HILIC material</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1504580001</td>
			<td>Resin for use in single use SPE columns can be obtain by emptying a larger form column and using the free resin</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides

يتم التعرف بشكل متزايد على غليكوزيل البروتين كتعديل شائع داخل الكائنات الحية البكتيرية ، مما يساهم في فسيولوجيا بدائية النواة والعدوى المثلى للأنواع المسببة للأمراض. ونتيجة لذلك ، هناك اهتمام متزايد بتوصيف الجليكوزيل البكتيري والحاجة إلى أدوات تحليلية عالية الإنتاجية لتحديد هذه الأحداث. على الرغم من أن البروتيوميات من أسفل إلى أعلى تمكن بسهولة من توليد بيانات غليكوببتيد غنية ، فإن اتساع وتنوع الجليكان الذي لوحظ في الأنواع بدائية النواة يجعل تحديد أحداث الجليكوزيل البكتيرية أمرا صعبا للغاية.
تقليديا ، جعل التحديد اليدوي لتركيبات الجليكان داخل مجموعات البيانات البروتينية البكتيرية هذا تحليلا مخصصا إلى حد كبير يقتصر على خبراء ميدانيين محددين. في الآونة الأخيرة ، ظهرت النهج القائمة على البحث المفتوح كبديل قوي لتحديد التعديلات غير المعروفة. من خلال تحليل تواتر التعديلات الفريدة التي لوحظت على تسلسل الببتيد ، تسمح تقنيات البحث المفتوحة بتحديد الجليكان الشائع المرتبط بالببتيدات داخل عينات معقدة. تقدم هذه المقالة سير عمل مبسط لتفسير وتحليل بيانات glycoproteomic ، مما يوضح كيف يمكن استخدام تقنيات البحث المفتوح لتحديد الببتيدات السكرية البكتيرية دون معرفة مسبقة بتركيبات الجليكان.
باستخدام هذا النهج ، يمكن تحديد الببتيدات السكرية داخل العينات بسرعة لفهم الاختلافات في الغليكوزيل. باستخدام Acinetobacter baumannii كنموذج ، تمكن هذه الأساليب من مقارنة تركيبات الجليكان بين السلالات وتحديد البروتينات السكرية الجديدة. يوضح هذا العمل مجتمعا تنوع تقنيات البحث في قواعد البيانات المفتوحة لتحديد الغليكوزيل البكتيري ، مما يجعل توصيف هذه الجليكوبروتينات شديدة التنوع أسهل من أي وقت مضى.

لتوضيح فائدة البحث المفتوح عن تحليل الجليكوببتيد البكتيري ، تم تقييم التنوع الكيميائي للجليكان المرتبط ب O داخل ثلاث سلالات من A. baumannii-AB307-0294 و ACICU و D1279779-. الجليكوبروتيومات المرتبطة ب O متغيرة للغاية بين سلالات A. baumannii حيث يتم اشتقاق الجليكان المستخدم في الغليكوزيل من مواقع ا?...

Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

يتيح البحث المفتوح تحديد الببتيدات السكرية المزينة بتركيبات جليكان غير معروفة سابقا. ضمن هذه المقالة ، يتم تقديم نهج مبسط لإجراء البحث المفتوح وعمليات البحث اللاحقة عن الجليكوببتيد التي تركز على الجليكوبتيد للعينات البكتيرية باستخدام Acinetobacter baumannii كنموذج.

تطبيق النهج القائمة على البحث المفتوح لتحديد الجليكوببتيدات المرتبطة ب Acinetobacter baumannii O

Protein glycosylation is increasingly recognized as a common modification within bacterial organisms, contributing to prokaryotic physiology and optimal ...

يبسط هذا البروتوكول تحديد الببتيدات البكتيرية glycop٪ ، مما يمكن الباحثين من تحديد أحداث glycosylation الجديدة ، وكذلك الاختلافات في الجليكان المستخدمة في glycosylation بين السلالات. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تمكن خبراء غير الغليكوزيل من تحديد أحداث الجليكوزيل المحتملة في عينات البروتيوم البكتيرية. البحث المفتوح هو نهج قابل للتطبيق بشكل عام يمكن استخدامه لتحديد مجموعة من التعديلات ، وليس فقط الغليكوزيل ، ويمكن تطبيقه على أي عينة بروتينية.لإعداد نصائح استخراج STB-RPS للتوقف والانطلاق، استخدم إبرة حادة قياس 14 لاستئصال ثلاثة أقراص STB-RPS من غشاء STB-RPS بمساحة 47 ملليمترا مربعا لربط 50 ميكروغرام من الببتيد. بالنسبة لكميات الببتيد الأكبر ، قم بزيادة عدد الأقراص وفقا لذلك. قبل استخدام نصائح المرحلة SDB-RPS ، اغسل النصائح بإضافة 150 ميكرولتر من الأسيتونيتريل بنسبة 100٪ وتدوير المخزن المؤقت عن طريق الطرد المركزي أو الضغط بلطف باستخدام حقنة.بعد ذلك ، اغسل النصائح ب 150 ميكرولتر من 30٪ ميثانول يحتوي على 1٪ TFA ، ثم قم بموازنة النصائح مع 150 ميكرولتر من 90٪ isopropanol تحتوي على 1٪ TFA. بعد التوازن، قم بتحميل عينات البروتيوم على أطراف مرحلة STB-RPS عن طريق الطرد المركزي أو باستخدام حقنة. ثم ، اغسل النصائح ب 150 ميكرولتر من 90٪ isopropanol تحتوي على 1٪ TFA تليها 150 ميكرولتر من 1٪ TFA.لتمييع الببتيدات من نصائح مرحلة STB-RPS ، استخدم 150 ميكرولتر من هيدروكسيد الأمونيوم بنسبة 5٪ و 80٪ من الأسيتونيتريل المضاف إلى طرف واحد وجمع العينات المطفأة في أنابيب فردية عن طريق الضغط بلطف باستخدام حقنة. بدلا من ذلك ، إذا كان التخلص عن طريق الطرد المركزي ، استخدم 150 ميكرولتر في 5٪ هيدروكسيد الأمونيوم في 80٪ من الأسيتونيتريل المضاف إلى جميع أطراف المرحلة وجمعها في لوحة نظيفة. جفف الببتيدات المطفأة عن طريق الطرد المركزي بالتفريغ عند 25 درجة مئوية.بعد ذلك ، لإثراء عينات glycopeptide ، قم بإعداد كروماتوغرافيا سائلة للتفاعل المحب للماء zwitterionic ، أو ZIC-HHILIC ، نصائح المرحلة. قم باستئصال قرص C8 واحد من غشاء C8 مساحته 470 ملليمترا مربعا باستخدام إبرة حادة ذات مقياس 14 وقم بتعبئة القرص في طرف P-200 لإنشاء فريت. ثم أضف ما يقرب من خمسة ملليمترات من مادة ZIC-HILIC المعاد تعليقها في 50٪ من الأسيتونيتريل على الفريت عن طريق الضغط بلطف باستخدام حقنة.قبل استخدام الأطراف ، قم بموازنة الراتنج مع 20 وحدة تخزين مؤقت من ZIC-HILIC ، مع ترك 10 ميكرولترات من الحجم فوق الراتنج لضمان عدم جفاف الراتنج. بعد ذلك ، اغسل الراتنج بالتتابع ب 20 وحدة تخزين مؤقت لإعداد ZIC-HILIC متبوعا ب 20 وحدة تخزين من تخزين ZIC-HILIC أو المخزن المؤقت للغسيل. بعد ذلك ، أعد تعليق الببتيدات المهضومة والمجففة في مخزن التحميل المؤقت ZIC-HILIC إلى تركيز نهائي قدره أربعة ميكروغرام لكل ميكرولتر.دوامة لفترة وجيزة لمدة دقيقة واحدة لضمان إعادة تعليق العينات ثم تدويرها لمدة دقيقة واحدة في 2000 مرة G و 25 درجة مئوية. بعد الدوران ، قم بتحميل عينة الببتيد المعاد تعليقها على عمود ZIC-HILIC المشروط ، ثم اغسل العمود ثلاث مرات ب 20 وحدة تخزين من مخزن تحميل ZIC-HILIC عن طريق الضغط بلطف باستخدام حقنة. وأخيرا، قم بالتخلص من الببتيدات السكرية مع 20 سريرا من المخزن المؤقت ZIC-HILIC في أنبوب سعة 1.5 ملليلتر عن طريق الضغط بلطف باستخدام حقنة، ثم قم بتجفيف المحلول عن طريق الطرد المركزي بالتفريغ عند 25 درجة مئوية.لتحليل LC-MS ، أعد تعليق العينات في Buffer A * إلى تركيز نهائي قدره ميكروغرام واحد لكل ميكرولتر ، ثم قم بتحميل العينات على HPLC-UPLC مقترنا ب MS لتمكين فصل وتحديد الببتيدات السكرية. راقب جمع بيانات MS الناتجة ، مما يضمن جمع البيانات باستخدام المعلمات المطلوبة. لتحليل العينات الغنية بالبروتينات والجليكوببتيد، افتح FragPipe وانقر فوق علامة التبويب سير العمل.من القائمة المنسدلة سير العمل، حدد الخيار فتح بحث وانقر فوق إضافة ملفات لاستيراد ملفات البيانات المراد البحث عنها في FragPipe. ثم انقر فوق علامة التبويب قاعدة البيانات متبوعة بتنزيل لتشغيل مدير التنزيل لتنزيل قواعد بيانات proteome من UniProt باستخدام رقم انضمام UniProt. ضمن مدير التنزيل، انقر فوق الخيار إضافة خداع وملوثات لدمج البروتينات المخادعة والملوثة في قاعدة البيانات هذه.بعد ذلك، انقر فوق علامة التبويب MSFragger، ثم ضمن المربع ذروة المطابقة، قم بزيادة التسامح مع كتلة السلائف من 500 دالتون الافتراضي إلى 2000 دالتون لتحديد التعديلات الكبيرة. انقر فوق علامة التبويب تشغيل لتحديد موقع مخرجات FragPipe، ثم انقر فوق الزر تشغيل لبدء البحث. مع تعيين جليكوببتيدات عالية الثقة ، حدد الأيونات المرتبطة بالغليكان التي تتم ملاحظتها بشكل شائع لتحسين تحديد الجليكوببتيدات.بعد ذلك ، انقر فوق علامة التبويب MSFragger وأضف كتل دلتا المحددة من الجليكان المرصود إلى أقسام التعديلات المتغيرة وإزاحة الكتلة مع كتل فردية مفصولة بشرطة مائلة. ثم أضف كتل الشظايا المرتبطة بالجليكان من هذه الجليكان إلى قسم Glyco / Labile Mods في MSFragger. وأخيرا، قم بتحميل جميع بيانات التصلب المتعدد المرتبطة بالدراسات البروتينية إلى مستودعات بروتينية مركزية، مثل مستودعات PRIDE أو MassIVE.كشف البحث المفتوح عن سلالة Acinetobacter baumannii AB307-0294 عن كتلتين دلتا مهيمنتين تقابلان 648.25 و 692.28 دالتون. من المعروف أن كبسولة ACICU تتكون من وحدة رباعي السكاريد K المقابلة لكتلة متوقعة تبلغ 843.31 دالتون. يتوافق هيكل الكبسولة هذا مع كتلة دلتا الأكثر شيوعا داخل ACICU.كشف تحليل البحث المفتوح للسلالة D1279779 عن وجود كتل دلتا متعددة تتفق مع 203.08 و 794.31 و 1588.62 دالتون. باستخدام الشرح الطيفي التفاعلي للببتيد ، تم تقييم الجليكوببتيدات التي تم تحديدها عبر ثلاث سلالات A.baumannii تكشف عن أيونات محتملة مرتبطة بالجليكان. أدت عمليات البحث التي تركز على الجلايكان إلى زيادة ملحوظة في العدد الإجمالي للتطابقات الطيفية بين الجليكوببتيد والببتيد المحددة عبر جميع سلالات A.baumannii الثلاث ، وهو ما يعادل زيادة بنسبة 37٪ في ACICU ، وزيادة بنسبة 117٪ في AB307-0294 ، وزيادة بنسبة 363٪ في D1279779.بالنسبة لأحداث التصلب المتعدد الفردية، فإن إدراج معلومات خاصة بالغليكان عادة ما يزيد من درجة فرط النتيجة المرصودة، على الرغم من أن هذه الزيادة تعتمد بشكل كبير على الجليكان. عند القيام بتخصيب ZIC-HILIC ، تأكد من أن الراتنج يظل رطبا دائما ، لأن فقدان المذيبات قد يعرض للخطر عزل الجليكوببتيدات. يمكن استخدام البيانات المتعلقة بالاختلافات في الجليكوزيل لإثراء دراسات الطفرات أو تحديد فئات الجينات المسؤولة عن التخليق الحيوي للجلايكان.باستخدام البحث في قاعدة البيانات المفتوحة ، بدأنا في توصيف تنوع الجليكان عبر الأجناس البكتيرية. وقد أظهر هذا أن الجليكوزيل البكتيري أكثر شيوعا وأكثر تنوعا مما كنا نعتقد في السابق.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

تحديد الأحماض الدهنية في<em&gt; العصوية الشمعية</em

The Bacillus species contain branched chain and unsaturated fatty acids (FAs) with diverse positions of the methyl branch (iso or anteiso) and of the ...

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Identification of Multiple Phosphorylations of Intrinsically Disordered Proteins

النووي التحليل الطيفي بالرنين المغناطيسي لتحديد Phosphorylations متعددة من جوهريا المختلين البروتينات

Aggregates of the neuronal Tau protein are found inside neurons of Alzheimer's disease patients. Development of the disease is accompanied by increased, ...

A Protein Preparation Method for the High-throughput Identification of Proteins Interacting with a Nuclear Cofactor Using LC-MS/MS Analysis

بروتين طريقة التحضير لتحديد إنتاجية عالية من البروتينات التفاعل مع العامل المساعد النووية عن طريق LC-MS / MS تحليل

Transcriptional coregulators are vital to the efficient transcriptional regulation of nuclear chromatin structure. Coregulators play a variety of roles in ...

The Identification of Sea Lamprey Pheromones Using Bioassay-Guided Fractionation

تحديد الفيرومونات لامبرى البحر باستخدام تجزئة تسترشد الحشري

Bioassay-guided fractionation is an iterative approach that uses the results of physiological and behavioral bioassays to guide the isolation and ...

Measurement of Ion Concentration in the Unstirred Boundary Layer with Open Patch-Clamp Pipette: Implications in Control of Ion Channels by Fluid Flow

قياس تركيز أيون في طبقة الحدود أونستيرريد مع ماصة المشبك التصحيح مفتوحة: تدفق الآثار في السيطرة على قنوات أيون بالسوائل

Fluid flow is an important environmental stimulus that controls many physiological and pathological processes, such as fluid flow-induced vasodilation. ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

استخدام خط أنابيب MALDI TOF-MS IDBac المفتوح المصدر لتحليل البروتين الميكروبي وبيانات المستقلب المتخصصة

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein

توصيف على المستوى الجزيئي باستخدام نهج كيميائية حيوية قوية لبروتين كيناز جديد

Extensive whole genome sequencing has identified many Open Reading Frames (ORFs) providing many potential proteins. These proteins may have important ...

SUMO-Binding Entities (SUBEs) as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-Binding Entities SUBEs as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

كيانات السومو الملزمة (SUBEs) كاداات لإثراء وعزل وتحديد وتوصيف بروتين السومو في سرطان الكبد

Post-translational modification is a key mechanism regulating protein homeostasis and function in eukaryotic cells. Among all ubiquitin-like proteins in ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

إجراء قياسات دقيقة ودقيقة أحادية الجزيء FRET باستخدام smfBox مفتوح المصدر

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

استخدام تحسين الفلورية المستحث بالبروتين الذي تم حله زمنيا لتحديد التركيبات المحلية المستقرة α-Synuclein Monomer في كل مرة

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...