Name: the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides
Uploaded: 2021-11-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

N.E.S er støttet af et Australian Research Council Future Fellowship (FT200100270) og et ARC Discovery Project Grant (DP210100362). Vi takker Melbourne Mass Spectrometry and Proteomics Facility fra Bio21 Molecular Science and Biotechnology Institute for adgang til MS-instrumentering.

BEMÆRK: Fremstilling og analyse af bakterielle glycopeptidprøver kan opdeles i fire sektioner (figur 1). Til denne undersøgelse blev glycosyleringen af tre sekventerede A. baumannii-stammer vurderet (tabel 1). Proteome FASTA-databaser for hver af disse stammer er tilgængelige via Uniprot. Se tabel 2 for sammensætningen af buffere, der anvendes i denne protokol.
1. Fremstilling af proteinprøver til proteomisk ...

Åben søgning er en effektiv og systematisk metode til identifikation af ukendte modifikationer. Mens identifikationen af ukendte glycaner inden for bakterielle proteomprøver traditionelt har været en tidskrævende og teknisk specialiseret virksomhed, muliggør den seneste udvikling af værktøjer som MSfragger21,41 og Byonic31,38 nu hurtig og effektiv identifikation af deltamasser til yderligere karak...

Proteinglykosylering, processen med at binde kulhydrater til proteinmolekyler, er en af de mest almindelige post-translationelle modifikationer (PTM'er) i naturen 1,2. På tværs af alle livets domæner har der udviklet sig en række komplekse maskiner dedikeret til generering af glycoproteiner, der påvirker et utal af cellulære funktioner 1,3,4,5. Mens proteinglykosylering forekommer på en række aminosyrer 6,7, er N-bundne og O-bundne glycosyleringshændelser to dominerende former observeret i naturen. N-bundet glykosylering involverer fastgørelse af glycaner til et nitrogenatom af asparagin (Asn) rester, mens glycaner i O-bundet glykosylering er bundet til et oxygenatom af serin (Ser), threonin (Thr) eller tyrosin (Tyr) rester7. På trods af lighederne i restkoncentrationer målrettet mod glykosyleringssystemer resulterer forskellene inden for glycanerne bundet til proteiner i, at glycosylering er den mest kemisk forskelligartede klasse af PTM'er, der findes i naturen.
Mens eukaryote glykosyleringssystemer besidder glycandiversitet, er disse systemer typisk begrænset i antallet af unikke kulhydrater, der anvendes. Den resulterende mangfoldighed stammer fra, hvordan disse kulhydrater er arrangeret i glycaner 8,9,10,11,12. I modsætning hertil besidder bakterielle og arkæale arter næsten ubegrænset glycandiversitet på grund af det store udvalg af unikke sukkerarter, der genereres inden for disse systemer 2,10,13,14,15,16,17. Disse forskelle i glycandiversiteten observeret på tværs af livets domæner udgør en betydelig analytisk udfordring for karakterisering og identifikation af glykosyleringshændelser. For eukaryot glycosylering har evnen til at foregribe glykansammensætninger lettet den voksende interesse for glykobiologi; Alligevel gælder det samme ikke for bakteriel glykosylering, som stadig stort set er begrænset til undersøgelse af specialiserede laboratorier. Da tilgængeligheden af massespektrometri (MS) instrumentering er steget i biovidenskaberne, er MS-baserede tilgange nu den primære metode til glykoproteomisk analyse.
MS har vist sig som det vigtigste værktøj til karakterisering af glykosylering, med både top-down og bottom-up tilgange, der nu almindeligvis anvendes til at karakterisere glycoproteiner6. Mens top-down proteomics bruges til at vurdere globale glykosyleringsmønstre af specifikke proteiner 18,19, anvendes bottom-up-tilgange til at muliggøre den glykanspecifikke karakterisering af glycopeptider, selv fra komplekse blandinger 6,20,21,22,23. Til analyse af glycopeptider er genereringen af informativ fragmenteringsinformation afgørende for karakteriseringen af glycosyleringshændelser24,25. En række fragmenteringsmetoder er nu rutinemæssigt tilgængelige på instrumenter, herunder resonansionfældebaseret kollisionsinduceret dissociation (IT-CID), stråle-type kollisionsinduceret dissociation (CID) og elektronoverførselssociation (ETD). Hver tilgang besidder forskellige styrker og svagheder for glycopeptidanalyse25,26, med betydelige fremskridt i løbet af det sidste årti med at anvende disse fragmenteringsmetoder til at analysere glykosylering 6,20. For bakteriel glykosyleringsanalyse har den kritiske begrænsning imidlertid ikke været evnen til at fragmentere glycopeptider, men snarere manglende evne til at forudsige de potentielle glykansammensætninger i prøver. Inden for disse systemer begrænser den ukendte karakter af forskellige bakterielle glycaner identifikationen af glycopeptider, selv med glycosyleringsfokuserede søgeværktøjer, der nu er almindelige til analyse af eukaryote glycopeptider, såsom O-Pair27, GlycopeptideGraphMS28 og GlycReSoft29. For at løse dette problem kræves en alternativ søgemetode med brug af åbne søgeværktøjer, der fremstår som en stærk tilgang til undersøgelsen af bakteriel glykosylering30.
Åben søgning, også kendt som blind eller wildcard søgning, tillader identifikation af peptider med ukendte eller uventede PTM'er 21,30,31,32. Åbne søgninger bruger en række beregningsteknikker, herunder kuraterede modifikationssøgninger, databasesøgninger i flere trin eller tolerant søgning i bred masse 33,34,35,36,37. Selvom åben søgning har stort potentiale, er dets anvendelse typisk blevet hindret af den betydelige stigning i analysetider og tab i følsomhed ved påvisning af umodificerede peptider sammenlignet med begrænsede søgninger31,32. Faldet i påvisning af umodificerede peptid-spektrale matches (PSM'er) er et resultat af de øgede falsk-positive PSM-hastigheder forbundet med disse teknikker, hvilket kræver øget streng filtrering for at opretholde de ønskede falske opdagelseshastigheder (FDR'er)33,34,35,36,37 . For nylig er flere værktøjer blevet tilgængelige, der forbedrer tilgængeligheden af åben søgning betydeligt, herunder Byonic31,38, Open-pFind39, ANN-SoLo40 og MSFragger21,41. Disse værktøjer muliggør robust identifikation af glykosyleringshændelser ved at reducere analysetiderne betydeligt og implementere tilgange til håndtering af heterogene glycansammensætninger.
Denne artikel præsenterer en strømlinet metode til identifikation af bakterielle glycopeptider ved åben søgning ved hjælp af det gramnegative nosokonialpatogen, Acinetobacter baumannii, som model. A. baumannii besidder et bevaret O-bundet glycosyleringssystem, der er ansvarlig for modifikationen af flere proteinsubstrater, kendt som PglL-proteinglykosyleringssystemet 42,43,44. Mens lignende proteiner er målrettet mod glykosylering mellem stammer, er PglL-glykosyleringssystemet meget variabelt på grund af biosyntesen af glycanen, der anvendes til proteinglykosylering, der er afledt af kapsellodusen (kendt som K-locus)44,45,46. Dette resulterer i, at forskellige glycaner (også kendt som en K-enhed), afledt af enkelte eller begrænsede polymeriserede K-enheder, tilsættes til proteinsubstrater 30,44,46. Inden for dette arbejde bruges brugen af det åbne søgeværktøj, MSfragger, inden for softwaren FragPipe til at identificere glycaner på tværs af A. baumannii-stammer. Ved at kombinere åben søgning og manuel kuratering kan "glycanfokuserede søgninger" foretages for yderligere at forbedre identifikationen af bakterielle glycopeptider. Sammen muliggør denne flertrinsidentifikationsmetode identifikation af glycopeptider uden stor erfaring med karakterisering af nye glykosyleringshændelser.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>14 G Kel-F Hub point style 3</td>
			<td>Hamilton company</td>
			<td>hanc90514</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Chloroacetamide</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C0267-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>34851-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (28%)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>338818-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent A</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23228</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent B</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C8 Empore SPE</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66882-U</td>
			<td>An alterative vendor for C8 material is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>5.33002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>650447-2.5L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>M/4058/17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDB-RPS Empore SPE (Reversed-Phase Sulfonate)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66886-U</td>
			<td>An alterative vendor for SDB-RPS is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Deoxycholate</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>D6750-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoMixer C</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2232000083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>302031-10X1ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris 2-carboxyethyl phosphine hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C4706-2G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>252859-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin/Lys-C protease mixture</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum concentrator</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7810040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZIC-HILIC material</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1504580001</td>
			<td>Resin for use in single use SPE columns can be obtain by emptying a larger form column and using the free resin</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides

Proteinglykosylering anerkendes i stigende grad som en almindelig modifikation inden for bakterielle organismer, der bidrager til prokaryot fysiologi og optimal infektivitet af patogene arter. På grund af dette er der stigende interesse for at karakterisere bakteriel glykosylering og et behov for analytiske værktøjer med høj gennemstrømning til at identificere disse begivenheder. Selvom bottom-up-proteomics let muliggør generering af rige glycopeptiddata, gør bredden og mangfoldigheden af glycaner, der observeres i prokaryote arter, identifikationen af bakterielle glykosyleringshændelser ekstremt udfordrende.
Traditionelt gjorde den manuelle bestemmelse af glycansammensætninger inden for bakterielle proteomiske datasæt dette til en stort set skræddersyet analyse begrænset til feltspecifikke eksperter. For nylig er åbne søgebaserede tilgange opstået som et stærkt alternativ til identifikation af ukendte ændringer. Ved at analysere hyppigheden af unikke modifikationer observeret på peptidsekvenser tillader åbne søgeteknikker identifikation af almindelige glycaner bundet til peptider inden for komplekse prøver. Denne artikel præsenterer en strømlinet arbejdsgang til fortolkning og analyse af glycoproteomiske data, der viser, hvordan åbne søgeteknikker kan bruges til at identificere bakterielle glycopeptider uden forudgående kendskab til glycansammensætningerne.
Ved hjælp af denne tilgang kan glycopeptider i prøver hurtigt identificeres for at forstå glycosyleringsforskelle. Ved hjælp af Acinetobacter baumannii som model muliggør disse tilgange sammenligning af glycansammensætninger mellem stammer og identifikation af nye glycoproteiner. Samlet set demonstrerer dette arbejde alsidigheden af åbne databasesøgningsteknikker til identifikation af bakteriel glykosylering, hvilket gør karakteriseringen af disse meget forskellige glycoproteomer lettere end nogensinde før.

For at illustrere nytten af åben søgning efter bakteriel glycopeptidanalyse blev den kemiske mangfoldighed af O-bundne glycaner inden for tre stammer af A. baumannii-AB307-0294, ACICU og D1279779-vurderet. De O-bundne glycoproteomer er meget variable mellem A. baumannii-stammer, da glycanerne, der anvendes til glycosylering, er afledt af den meget variable kapsel loci 44,45,46. Denne kemiske...

Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Åben søgning muliggør identifikation af glycopeptider dekoreret med tidligere ukendte glycansammensætninger. Inden for denne artikel præsenteres en strømlinet tilgang til at foretage åben søgning og efterfølgende glycanfokuserede glycopeptidsøgninger for bakterieprøver ved hjælp af Acinetobacter baumannii som model.

Anvendelsen af åbne søgebaserede tilgange til identifikation af acinetobacter baumannii O-bundne glycopeptider

Protein glycosylation is increasingly recognized as a common modification within bacterial organisms, contributing to prokaryotic physiology and optimal ...

Denne protokol strømliner identifikationen af bakterielle glycop%eptider, hvilket gør det muligt for forskere at identificere nye glykosyleringshændelser samt forskellene i de glycaner, der anvendes til glykosylering mellem stammer. Den største fordel ved denne teknik er, at den gør det muligt for ikke-glykosyleringseksperter at identificere potentielle glykosyleringshændelser i bakterielle proteomprøver. Åben søgning er en generelt anvendelig tilgang, der kan bruges til identifikation af en række modifikationer, ikke kun glykosylering, og kan anvendes på enhver proteomprøve.For at forberede STB-RPS stop-and-go-ekstraktionsspidser skal du bruge en 14-gauge stump nål til at udskære tre STB-RPS-diske fra en 47-kvadratmillimeter STB-RPS-membran til binding af 50 mikrogram peptid. For større peptidmængder øges antallet af diske i overensstemmelse hermed. Før du bruger SDB-RPS-trinspidserne, skal du vaske spidserne ved at tilsætte 150 mikroliter 100% acetonitril og dreje bufferen ved centrifugering eller forsigtigt påføre tryk ved hjælp af en sprøjte.Vask derefter spidserne med 150 mikroliter 30% methanol indeholdende 1% TFA, og ligevægt derefter spidserne med 150 mikroliter 90% isopropanol indeholdende 1% TFA. Efter ligevægt lægges proteomprøverne på STB-RPS-trinspidserne ved centrifugering eller ved hjælp af en sprøjte. Vask derefter spidserne med 150 mikroliter 90% isopropanol indeholdende 1% TFA efterfulgt af 150 mikroliter 1% TFA.For at eluere peptiderne fra STB-RPS-trinspidserne skal du bruge 150 mikroliter 5% ammoniumhydroxid og 80% acetonitril tilsat til en enkelt spids og opsamle de eluerede prøver i individuelle rør ved forsigtigt at påføre tryk ved hjælp af en sprøjte. Alternativt, hvis eluering via centrifugering, skal du bruge 150 mikroliter ved 5% ammoniumhydroxid i 80% acetonitril tilsat til alle trinspidser og opsamles i en ren plade. Tør de eluerede peptider ved vakuumcentrifugering ved 25 grader Celsius.For at berige glycopeptidprøverne skal du derefter forberede en zwitterionisk hydrofil interaktion væskekromatografi eller ZIC-HILIC, scenespidser. Udspeg en C8-skive fra en 470 kvadratmeter C8-membran ved hjælp af en 14-gauge stump nål og pakk skiven i en P-200-spids for at skabe en frit. Derefter tilsættes ca. fem millimeter ZIC-HILIC-materiale, der er resuspended i 50% acetonitril på fritten ved forsigtigt at påføre tryk ved hjælp af en sprøjte.Før du bruger spidserne, skal du udligne harpiksen med 20 sengevolumener ZIC-HILIC elueringsbuffer, hvilket efterlader 10 mikroliter volumen over harpiksen for at sikre, at harpiksen ikke bliver tør. Vask derefter harpiksen sekventielt med 20 sengevolumener ZIC-HILIC-forberedelsesbuffer efterfulgt af 20 sengevolumener ZIC-HILIC-belastning eller vaskebuffer. Derefter suspenderes de fordøjede og tørrede peptider i ZIC-HILIC-belastningsbufferen til en endelig koncentration på fire mikrogram pr. Mikroliter.Vortex kortvarigt i et minut for at sikre, at prøverne suspenderes igen, og drej dem derefter i et minut ved 2000 gange G og 25 grader Celsius. Efter spinding skal du lægge den resuspenderede peptidprøve på den konditionerede ZIC-HILIC-søjle og derefter vaske søjlen tre gange med 20 sengevolumener af ZIC-HILIC-belastningsbufferen ved forsigtigt at påføre tryk ved hjælp af en sprøjte. Til sidst elueres glycopeptiderne med 20 sengevolumener af ZIC-HILIC-elueringsbufferen i et 1,5 ml rør ved forsigtigt at påføre tryk ved hjælp af en sprøjte, og tør derefter eluenten ved vakuumcentrifugering ved 25 grader Celsius.Til LC-MS-analyse skal prøverne i buffer A * suspenderes til en endelig koncentration på et mikrogram pr. Mikroliter, og derefter lægges prøverne på en HPLC-UPLC koblet til en MS for at muliggøre adskillelse og identifikation af glycopeptider. Overvåg den resulterende MS-dataindsamling, og sikre, at dataene indsamles med de ønskede parametre. For at analysere de proteom- og glycopeptidberigede prøver skal du åbne FragPipe og klikke på fanen Workflow.I rullemenuen Arbejdsgang skal du vælge indstillingen Åbn søgning og klikke på Tilføj filer for at importere de datafiler, der skal søges i, til FragPipe. Klik derefter på fanen Database efterfulgt af Download for at starte downloadmanageren til download af proteomdatabaser fra UniProt ved hjælp af et UniProt-tiltrædelsesnummer. I downloadmanageren skal du klikke på Tilføj lokkefugle og forurenende stoffer mulighed for at indarbejde lokke- og forurenende proteiner i denne database.Klik derefter på fanen MSFragger, og øg derefter masstolerancen for forløberen fra standardtolerancen på 500 dalton til 2.000 dalton i feltet Peak Matching for at identificere store ændringer. Klik på fanen Kør for at definere placeringen af FragPipe-output, og klik derefter på knappen Kør for at starte søgningen. Med højkonfiktionsglycopeptider tildelt, identificer almindeligt observerede glycan-associerede ioner for at forbedre identifikationen af glycopeptider.Klik derefter på fanen MSFragger og tilføj de bestemte deltamasser af de observerede glycaner i sektionerne Variable modifikationer og Masseforskydninger med individuelle masser adskilt med en skråstreg. Derefter tilsættes de glycan-associerede fragmentmasser af disse glycaner i Glyco / Labile Mods-sektionen af MSFragger. Endelig skal du uploade alle MS-data, der er forbundet med proteomiske undersøgelser, til centraliserede proteomiske arkiver, såsom PRIDE- eller MassIVE-lagrene.Åben søgning af Acinetobacter baumannii stammen AB307-0294 afslørede to dominerende deltamasser svarende til 648,25 og 692,28 dalton. ACICU-kapslen er kendt for at være sammensat af en tetrasaccharid K-enhed svarende til en forudsagt masse på 843,31 dalton. Denne kapselstruktur er i overensstemmelse med den hyppigst observerede deltamasse inden for ACICU.Åben søgeanalyse af stammen D1279779 afslørede tilstedeværelsen af flere deltamasser i overensstemmelse med 203.08, 794.31 og 1588.62 dalton. Ved hjælp af den interaktive peptidspektrale annotator blev glycopeptider identificeret på tværs af tre A.baumannii-stammer vurderet, hvilket afslørede potentielle glycan-associerede ioner. Glycan-fokuserede søgninger førte til en bemærkelsesværdig stigning i det samlede antal glycopeptid/peptidspektrale matches identificeret på tværs af alle tre A.baumannii stammer, svarende til en 37% stigning i ACICU, en 117% stigning i AB307-0294 og en 363% stigning i D1279779.For individuelle MS-hændelser øger inkluderingen af glycanspecifik information typisk den observerede Hyperscore, omend denne stigning er meget glycanafhængig. Når du foretager ZIC-HILIC-berigelse, skal det sikres, at harpiksen altid forbliver våd, da tab af opløsningsmiddel kan kompromittere isoleringen af glycopeptider. Data om forskelle i glykosylering kan bruges til at informere mutageneseundersøgelser eller identificere genklasser, der er ansvarlige for glycanbiosyntese.Ved hjælp af åben databasesøgning er vi begyndt at karakterisere glycandiversitet på tværs af bakterieslægter. Dette har vist, at bakteriel glykosylering både er mere almindelig og langt mere forskelligartet, end vi engang troede.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identifikation af fedtsyrer i<em&gt; Bacillus cereus</em

The Bacillus species contain branched chain and unsaturated fatty acids (FAs) with diverse positions of the methyl branch (iso or anteiso) and of the ...

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Identification of Multiple Phosphorylations of Intrinsically Disordered Proteins

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for Identifikation af flere fosforyleringer af Intrinsically Disordered Proteiner

Aggregates of the neuronal Tau protein are found inside neurons of Alzheimer's disease patients. Development of the disease is accompanied by increased, ...

A Protein Preparation Method for the High-throughput Identification of Proteins Interacting with a Nuclear Cofactor Using LC-MS/MS Analysis

En Protein Forberedelse Metode til High-throughput Identifikation af proteiner Samspil med en Nuclear Cofactor Brug LC-MS / MS-analyse

Transcriptional coregulators are vital to the efficient transcriptional regulation of nuclear chromatin structure. Coregulators play a variety of roles in ...

The Identification of Sea Lamprey Pheromones Using Bioassay-Guided Fractionation

Identifikation af Havlampretten feromoner ved hjælp af Bioassay-styrede fraktionering

Bioassay-guided fractionation is an iterative approach that uses the results of physiological and behavioral bioassays to guide the isolation and ...

Measurement of Ion Concentration in the Unstirred Boundary Layer with Open Patch-Clamp Pipette: Implications in Control of Ion Channels by Fluid Flow

Måling af Ion koncentration i Unstirred grænselag med åben Patch-Clamp Pipette: konsekvenser i kontrol af Ionkanaler af væske Flow

Fluid flow is an important environmental stimulus that controls many physiological and pathological processes, such as fluid flow-induced vasodilation. ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Brug af open source-MALDI TOF-MS IDBac-rørledningen til analyse af mikrobiel protein og specialiserede metabolit data

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein

Karakterisering på molekyleniveau ved hjælp af robuste biokemiske tilgange af et nyt kinase protein

Extensive whole genome sequencing has identified many Open Reading Frames (ORFs) providing many potential proteins. These proteins may have important ...

SUMO-Binding Entities (SUBEs) as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-Binding Entities SUBEs as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-bindende enheder (SUBEs) som værktøjer til berigelse, isolation, identifikation og karakterisering af SUMO Proteome i leverkræft

Post-translational modification is a key mechanism regulating protein homeostasis and function in eukaryotic cells. Among all ubiquitin-like proteins in ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

Præcis og præcis enkeltmolekyle FRET-målinger ved hjælp af Open Source smfBox

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

Udnyttelse af tidsforelt protein-induceret fluorescensforbedring til at identificere stabile lokale konformationer En α-Synuclein Monomer ad gangen

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...