Name: the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides
Uploaded: 2021-11-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

N.E.S støttes av Australian Research Council Future Fellowship (FT200100270) og et ARC Discovery Project Grant (DP210100362). Vi takker Melbourne Mass Spectrometry and Proteomics Facility of The Bio21 Molecular Science and Biotechnology Institute for tilgang til MS-instrumentering.

MERK: Tilberedning og analyse av bakterielle glykopeptidprøver kan deles inn i fire seksjoner (figur 1). For denne studien ble glykosylering av tre sekvenserte A. baumannii-stammer vurdert (tabell 1). Proteome FASTA-databaser for hver av disse stammene er tilgjengelige via Uniprot. Se tabell 2 for sammensetningen av buffere som brukes i denne protokollen.
1. Fremstilling av proteinprøver for proteomisk analyse</s...

Åpent søk er en effektiv og systematisk metode for identifisering av ukjente modifikasjoner. Mens identifisering av ukjente glykaner innen bakterielle proteomprøver tradisjonelt har vært et tidkrevende og teknisk spesialisert foretak, muliggjør den nylige utviklingen av verktøy som MSfragger21,41 og Byonic31,38 nå rask og effektiv identifisering av deltamasser for videre karakterisering som potensi...

Proteinglykosylering, prosessen med å feste karbohydrater til proteinmolekyler, er en av de vanligste postoversettelsesendringene (PTMer) i naturen 1,2. På tvers av alle områder av livet har en rekke komplekse maskiner utviklet seg dedikert til generering av glykoproteiner som påvirker et utall cellulære funksjoner 1,3,4,5. Mens proteinglykosylering forekommer på en rekke aminosyrer 6,7, er N-koblede og O-tilknyttede glykosyleringshendelser to dominerende former observert i naturen. N-koblet glykosylering innebærer vedlegg av glykaner til et nitrogenatom av asparagin (Asn) rester, mens i O-koblet glykosylering er glykaner festet til et oksygenatom av serin (Ser), treonin (Thr) eller tyrosin (Tyr) rester7. Til tross for likhetene i rester målrettet av glykosyleringssystemer, resulterer forskjellene i glykanene festet til proteiner i glykosylering som den mest kjemisk mangfoldige klassen av PTMer som finnes i naturen.
Mens eukaryote glykosyleringssystemer har glykansk mangfold, er disse systemene vanligvis begrenset i antall unike karbohydrater som brukes. Det resulterende mangfoldet stammer fra hvordan disse karbohydratene er ordnet i glykaner 8,9,10,11,12. I motsetning har bakterielle og arkaeale arter nesten ubegrenset glykansk mangfold på grunn av det store utvalget av unike sukkerarter generert i disse systemene 2,10,13,14,15,16,17. Disse forskjellene i det glykanske mangfoldet som observeres på tvers av livets domener, representerer en betydelig analytisk utfordring for karakterisering og identifisering av glykosyleringshendelser. For eukaryotisk glykosylering har evnen til å forutse glykansammensetninger lagt til rette for den økende interessen for glykobiologi; Likevel gjelder det samme ikke for bakteriell glykosylering, som fortsatt i stor grad er begrenset til studier av spesialiserte laboratorier. Etter hvert som tilgjengeligheten av massespektrometri (MS) instrumentering har økt i biovitenskapen, er MS-baserte tilnærminger nå den primære metoden for glykoproteomisk analyse.
MS har dukket opp som det viktigste verktøyet for karakterisering av glykosylering, med både ovenfra og ned og nedenfra og opp tilnærminger som nå ofte brukes til å karakterisere glykoproteiner6. Mens ovenfra-og-ned-proteomikk brukes til å vurdere globale glykosyleringsmønstre av spesifikke proteiner18,19, brukes nedenfra-og-opp-tilnærminger for å muliggjøre glykanspesifikk karakterisering av glykopeptider, selv fra komplekse blandinger 6,20,21,22,23. For analyse av glykopeptider er generering av informativ fragmenteringsinformasjon avgjørende for karakterisering av glykosyleringshendelser24,25. En rekke fragmenteringsmetoder er nå rutinemessig tilgjengelige på instrumenter, inkludert resonansionfellebasert kollisjonsindusert dissosiasjon (IT-CID), kollisjonsindusert dissosiasjon av stråletype (CID) og elektronoverføringsdissosiasjon (ETD). Hver tilnærming har forskjellige styrker og svakheter for glykopeptidanalyse25,26, med betydelig fremgang det siste tiåret i å anvende disse fragmenteringsmetodene for å analysere glykosylering 6,20. Men for bakteriell glykosyleringsanalyse har den kritiske begrensningen ikke vært evnen til å fragmentere glykopeptider, men snarere manglende evne til å forutsi de potensielle glykanske sammensetningene i prøver. Innenfor disse systemene begrenser den ukjente naturen til forskjellige bakterielle glykaner identifiseringen av glykopeptider, selv med glykosyleringsfokuserte søkeverktøy som nå er vanlige for analyse av eukaryote glykopepeptider, som O-Pair27, GlycopeptideGraphMS28 og GlycReSoft29. For å løse dette problemet er det nødvendig med en alternativ søkemetode, med bruk av åpne søkeverktøy som dukker opp som en kraftig tilnærming for studiet av bakteriell glykosylering30.
Åpne søk, også kjent som blind- eller jokertegnsøk, tillater identifisering av peptider med ukjente eller uventede PTMer 21,30,31,32. Åpne søk bruker en rekke beregningsteknikker, inkludert kuraterte endringssøk, flertrinns databasesøk eller omfattende massetolerante søkpå 33,34,35,36,37. Selv om åpen søking har stort potensial, har bruken vanligvis blitt hindret av den betydelige økningen i analysetider og tap i følsomhet for påvisning av umodifiserte peptider sammenlignet med begrensede søk31,32. Nedgangen i påvisning av umodifiserte peptid-spektralkamper (PSM-er) er et resultat av de økte falske positive PSM-ratene knyttet til disse teknikkene, noe som krever økt streng filtrering for å opprettholde de ønskede falske oppdagelsesratene (FDRs) 33,34,35,36,37 . Nylig har flere verktøy blitt tilgjengelige som forbedrer tilgjengeligheten av åpne søk betydelig, inkludert Byonic31,38, Open-pFind39, ANN-SoLo40 og MSFragger21,41. Disse verktøyene muliggjør robust identifisering av glykosyleringshendelser ved å redusere analysetidene betydelig og implementere tilnærminger for å håndtere heterogene glykansammensetninger.
Denne artikkelen presenterer en strømlinjeformet metode for identifisering av bakterielle glykopeptider ved åpen søking, ved hjelp av Gram-negativ nosokomial patogen, Acinetobacter baumannii, som modell. A. baumannii har et konservert O-koblet glykosyleringssystem som er ansvarlig for modifikasjon av flere proteinsubstrater, kjent som PglL-proteinglykosyleringssystemet 42,43,44. Mens lignende proteiner er rettet mot glykosylering mellom stammer, er PglL glykosyleringssystemet svært variabelt på grunn av biosyntesen til glykanen som brukes til proteinglykosylering som er avledet fra kapsellokker (kjent som K-locus)44,45,46. Dette resulterer i at forskjellige glykaner (også kjent som en K-enhet), avledet fra enkle eller begrensede polymeriserte K-enheter, blir tilsatt proteinsubstrater 30,44,46. Innenfor dette arbeidet brukes bruken av det åpne søkeverktøyet, MSfragger, i programvaren FragPipe, til å identifisere glykaner over A. baumannii stammer. Ved å kombinere åpen søking og manuell kurasjon, kan "glykanfokuserte søk" utføres for å forbedre identifiseringen av bakterielle glykopeptider ytterligere. Sammen muliggjør denne multistep identifikasjonsmetoden identifisering av glykopeptider uten omfattende erfaring med karakterisering av nye glykosyleringshendelser.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>14 G Kel-F Hub point style 3</td>
			<td>Hamilton company</td>
			<td>hanc90514</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Chloroacetamide</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C0267-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>34851-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (28%)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>338818-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent A</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23228</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent B</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C8 Empore SPE</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66882-U</td>
			<td>An alterative vendor for C8 material is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>5.33002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>650447-2.5L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>M/4058/17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDB-RPS Empore SPE (Reversed-Phase Sulfonate)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66886-U</td>
			<td>An alterative vendor for SDB-RPS is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Deoxycholate</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>D6750-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoMixer C</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2232000083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>302031-10X1ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris 2-carboxyethyl phosphine hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C4706-2G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>252859-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin/Lys-C protease mixture</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum concentrator</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7810040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZIC-HILIC material</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1504580001</td>
			<td>Resin for use in single use SPE columns can be obtain by emptying a larger form column and using the free resin</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides

Proteinglykosylering blir i økende grad anerkjent som en vanlig modifikasjon innen bakterielle organismer, noe som bidrar til prokaryotisk fysiologi og optimal infektivitet av patogene arter. På grunn av dette er det økende interesse for å karakterisere bakteriell glykosylering og behov for analytiske verktøy med høy gjennomstrømning for å identifisere disse hendelsene. Selv om oppblåst proteomikk lett muliggjør generering av rike glykopeptiddata, gjør bredden og mangfoldet av glykaner observert i prokaryote arter identifisering av bakterielle glykosyleringshendelser ekstremt utfordrende.
Tradisjonelt gjorde den manuelle bestemmelsen av glykansammensetninger innen bakterielle proteomiske datasett dette til en i stor grad skreddersydd analyse begrenset til feltspesifikke eksperter. Nylig har åpne søkebaserte tilnærminger dukket opp som et kraftig alternativ for identifisering av ukjente modifikasjoner. Ved å analysere frekvensen av unike modifikasjoner observert på peptidsekvenser, tillater åpne søketeknikker identifisering av vanlige glykaner festet til peptider i komplekse prøver. Denne artikkelen presenterer en strømlinjeformet arbeidsflyt for tolkning og analyse av glykoproteomiske data, som viser hvordan åpne søketeknikker kan brukes til å identifisere bakterielle glykopeptider uten forkunnskaper om glykansammensetningene.
Ved hjelp av denne tilnærmingen kan glykopeptider i prøver raskt identifiseres for å forstå glykosyleringsforskjeller. Ved å bruke Acinetobacter baumannii som modell, muliggjør disse tilnærmingene sammenligning av glykanske komposisjoner mellom stammer og identifisering av nye glykoproteiner. Samlet viser dette arbeidet allsidigheten til åpne databasesøketeknikker for identifisering av bakteriell glykosylering, noe som gjør karakteriseringen av disse svært varierte glykoproteomene enklere enn noen gang før.

For å illustrere nytten av åpen søken etter bakteriell glykopeptidanalyse ble det kjemiske mangfoldet av O-tilknyttede glykaner innenfor tre stammer av A. baumannii-AB307-0294, ACICU og D1279779-vurdert. De O-koblede glykoproteomene er svært variable mellom A. baumannii-stammer, da glykanene som brukes til glykosylering er avledet fra den svært variable kapsel loci 44,45,46. Dette kjemisk...

Watch this Scientific Journal Video about The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides at JoVE.com

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Åpen søking gjør det mulig å identifisere glykopeptider dekorert med tidligere ukjente glykanske komposisjoner. I denne artikkelen presenteres en strømlinjeformet tilnærming for å gjennomføre åpne søk og påfølgende glykanfokusert glykopeptidsøk for bakterieprøver ved hjelp av Acinetobacter baumannii som modell.

Anvendelsen av åpne søkebaserte tilnærminger for identifisering av Acinetobacter baumannii O-tilknyttede Glycopeptides

Protein glycosylation is increasingly recognized as a common modification within bacterial organisms, contributing to prokaryotic physiology and optimal ...

Denne protokollen effektiviserer identifiseringen av bakterielle glycop%eptider, slik at forskere kan identifisere nye glykosyleringshendelser, samt forskjellene i glykanene som brukes til glykosylering mellom stammer. Den største fordelen med denne teknikken er at den gjør det mulig for ikke-glykosyleringseksperter å identifisere potensielle glykosyleringshendelser i bakterielle proteomprøver. Åpne søk er en generelt anvendelig tilnærming som kan brukes til identifisering av en rekke modifikasjoner, ikke bare glykosylering, og kan brukes på alle proteome prøver.For å forberede STB-RPS stop-and-go ekstraksjonstips, bruk en 14-gauge stump nål for å skille tre STB-RPS-plater fra en 47-kvadrat millimeter STB-RPS-membran for binding av 50 mikrogram peptid. For større peptidmengder, øk antall plater tilsvarende. Før du bruker SDB-RPS-trinnspissene, vask spissene ved å legge til 150 mikroliter med 100% acetonitril og spinne bufferen ved sentrifugering eller forsiktig påføre trykk ved hjelp av en sprøyte.Deretter vasker du spissene med 150 mikroliter 30% metanol som inneholder 1%TFA, og likevekter deretter spissene med 150 mikroliter 90% isopropanol som inneholder 1%TFA. Etter likevekt, last proteomprøvene på STB-RPS-trinnspissene ved sentrifugering eller bruk en sprøyte. Vask deretter spissene med 150 mikroliter 90% isopropanol som inneholder 1% TFA etterfulgt av 150 mikroliter av 1%TFA.For å unngå peptidene fra STB-RPS-trinnspissene, bruk 150 mikroliter 5% ammoniumhydroksid og 80% acetonitril tilsatt til en enkelt spiss og samle de eluterte prøvene i individuelle rør ved forsiktig å påføre trykk ved hjelp av en sprøyte. Alternativt, hvis du eluterer via sentrifugering, bruk 150 mikroliter ved 5% ammoniumhydroksid i 80% acetonitril tilsatt til alle trinntips og samle i en ren plate. Tørk de eluterte peptidene ved vakuumsentrifugering ved 25 grader Celsius.Deretter, for å berike glykopeptidprøvene, lag en zwitterionic hydrofil interaksjon flytende kromatografi, eller ZIC-HILIC, scenetips. Sluk en C8-plate fra en 470-kvadrat millimeter C8-membran ved hjelp av en 14-gauge stump nål og pakk platen i en P-200-spiss for å lage en frit. Tilsett deretter omtrent fem millimeter ZIC-HILIC-materiale som er resuspendert i 50% acetonitril på friten ved å forsiktig påføre trykk ved hjelp av en sprøyte.Før du bruker spissene, likevekter harpiksen med 20 sengevolumer av ZIC-HILIC elutionbuffer, og etterlater 10 mikroliter volum over harpiksen for å sikre at harpiksen ikke blir tørr. Vask deretter harpiksen sekvensielt med 20 sengevolumer ZIC-HILIC-tilberedningsbuffer etterfulgt av 20 sengevolumer ZIC-HILIC-lasting eller vaskebuffer. Deretter resuspenderer du de fordøyde og tørkede peptidene i ZIC-HILIC-lastebufferen til en endelig konsentrasjon på fire mikrogram per mikroliter.Vortex kort i ett minutt for å sikre at prøvene blir resuspendert, og spinn dem deretter i ett minutt ved 2000 ganger G og 25 grader Celsius. Etter spinning, last den resuspenderte peptidprøven på den betingede ZIC-HILIC-kolonnen, og vask deretter kolonnen tre ganger med 20 sengevolumer av ZIC-HILIC-lastebufferen ved å påføre trykket forsiktig ved hjelp av en sprøyte. Til slutt, elute glykopeptider med 20 sengevolumer av ZIC-HILIC elution buffer inn i en 1,5 milliliter rør ved forsiktig å påføre trykk ved hjelp av en sprøyte, deretter tørke eluent ved vakuum sentrifugation ved 25 grader Celsius.For LC-MS-analyse, bruk prøvene i buffer A* på nytt til en endelig konsentrasjon på ett mikrogram per mikroliter, og last deretter prøvene på en HPLC-UPLC koblet til en MS for å muliggjøre separasjon og identifisering av glykopeptider. Overvåk den resulterende MS-datainnsamlingen, og sørg for at dataene samles inn med de ønskede parameterne. For å analysere de proteome og glykopeptidberikede prøvene, åpne FragPipe og klikk på Arbeidsflyt-fanen.Velg alternativet Åpne søk på rullegardinmenyen Arbeidsflyt, og klikk Legg til filer for å importere datafilene som skal søkes i FragPipe. Klikk deretter databasefanen etterfulgt av Last ned for å starte nedlastingsbehandling for nedlasting av proteomdatabaser fra UniProt ved hjelp av et UniProt-tiltredelsesnummer. I nedlastingsbehandleren klikker du på Legg til decoys og forurensninger for å innlemme decoy og forurensningsproteiner i denne databasen.Deretter klikker du kategorien MSFragger , og deretter øker du Forløperens massetoleranse fra standard 500 dalton til 2000 dalton for å identifisere store endringer. Klikk kategorien Kjør for å definere plasseringen av utdataene for FragPipe, og klikk deretter Kjør for å starte søket. Med høy tillit glykopeptider tildelt, identifiser ofte observerte glykan-assosierte ioner for å forbedre identifiseringen av glykopeptider.Deretter klikker du kategorien MSFragger og legger til de bestemte deltamassene for de observerte glykanene i delene Variable modifikasjoner og Masseforskyvninger med individuelle masser atskilt med en skråstrek. Deretter legger du til de glykan-tilknyttede fragmentmassene til disse glykanene i Glyco / Labile Mods-delen av MSFragger. Til slutt laster du opp alle MS-data knyttet til proteomiske studier til sentraliserte proteomiske repositorier, for eksempel PRIDE- eller MassIVE-repositorier.Åpen leting etter Acinetobacter baumannii-stammen AB307-0294 avslørte to dominerende deltamasser tilsvarende 648,25 og 692,28 daltons. ACICU-kapselen er kjent for å bestå av en tetrasakkarid K-enhet som tilsvarer en anslått masse på 843,31 dalton. Denne kapselstrukturen er i samsvar med den hyppigst observerte deltamassen på ACICU.Åpen søkeanalyse av stammen D1279779 avslørte tilstedeværelsen av flere deltamasser i samsvar med 203.08, 794.31 og 1588.62 daltons. Ved hjelp av den interaktive peptidspektralanmeren ble glykopeptider identifisert over tre A.baumannii-stammer vurdert for å avdekke potensielle glykanrelaterte ioner. Glykanfokuserte søk førte til en merkbar økning i det totale antallet glykopeptid/peptidspektralkamper identifisert på tvers av alle de tre A.baumannii-stammene, tilsvarende en 37% økning i ACICU, en økning på 117% i AB307-0294, og en økning på 363% i D1279779.For individuelle MS-hendelser øker inkluderingen av glykanspesifikk informasjon vanligvis den observerte Hyperscore, selv om denne økningen er svært glykanavhengig. Når du foretar ZIC-HILIC-berikelse, må du sørge for at harpiksen alltid forblir våt, da tap av løsningsmiddel kan kompromittere isolasjonen av glykopeptider. Data om forskjeller i glykosylering kan brukes til å informere mutagenesestudier eller identifisere genklasser som er ansvarlige for glykan biosyntese.Ved hjelp av åpne databasesøk har vi begynt å karakterisere glykansk mangfold på tvers av bakteriell slekt. Dette har vist at bakteriell glykosylering er både mer vanlig og langt mer mangfoldig enn vi en gang trodde.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identifisering av fettsyrer i<em&gt; Bacillus cereus</em

The Bacillus species contain branched chain and unsaturated fatty acids (FAs) with diverse positions of the methyl branch (iso or anteiso) and of the ...

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Identification of Multiple Phosphorylations of Intrinsically Disordered Proteins

Nuclear Magnetic Resonance spektroskopi for identifisering av flere Phosphorylations med egen Uordnede Proteiner

Aggregates of the neuronal Tau protein are found inside neurons of Alzheimer's disease patients. Development of the disease is accompanied by increased, ...

A Protein Preparation Method for the High-throughput Identification of Proteins Interacting with a Nuclear Cofactor Using LC-MS/MS Analysis

En Protein Forberedelse metode for High-throughput identifisering av proteiner samspill med et kjernefysisk kofaktor Bruke LC-MS / MS-analyse

Transcriptional coregulators are vital to the efficient transcriptional regulation of nuclear chromatin structure. Coregulators play a variety of roles in ...

The Identification of Sea Lamprey Pheromones Using Bioassay-Guided Fractionation

Identifikasjon av havet Lamprey feromoner bruker Bioassay-guidede fraksjoneres

Bioassay-guided fractionation is an iterative approach that uses the results of physiological and behavioral bioassays to guide the isolation and ...

Measurement of Ion Concentration in the Unstirred Boundary Layer with Open Patch-Clamp Pipette: Implications in Control of Ion Channels by Fluid Flow

Måling av konsentrasjon i Unstirred grensen laget med åpne Patch-klemme Pipette: implikasjoner i kontroll av Ion kanaler av væske flyt

Fluid flow is an important environmental stimulus that controls many physiological and pathological processes, such as fluid flow-induced vasodilation. ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Ved hjelp av Open-Source MALDI TOF-MS IDBac rørledning for analyse av mikrobiell protein og spesialiserte metabolitten data

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein

Karakterisering på Molecular Level bruker robust biokjemiske tilnærminger av en ny kinase protein

Extensive whole genome sequencing has identified many Open Reading Frames (ORFs) providing many potential proteins. These proteins may have important ...

SUMO-Binding Entities (SUBEs) as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-Binding Entities SUBEs as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-bindende enheter (SUBEs) som verktøy for berikelse, isolasjon, identifisering og karakterisering av SUMO proteom i leverkreft

Post-translational modification is a key mechanism regulating protein homeostasis and function in eukaryotic cells. Among all ubiquitin-like proteins in ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

Foreta presise og nøyaktige FRET-målinger med ett molekyl ved hjelp av åpen kildekode-smfBox

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

Bruke tidsbestemt proteinindusert fluorescensforbedring for å identifisere stabile lokale konformasjoner En α-Synuclein Monomer om gangen

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...