Name: the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides
Uploaded: 2021-11-02T13:00:00
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A N.E.S é apoiada por uma Bolsa futura do Conselho de Pesquisa Australiano (FT200100270) e uma subvenção do Projeto ARC Discovery (DP210100362). Agradecemos ao Centro de Espectrometria de Massa de Melbourne e Proteômica do Instituto bio21 de ciência molecular e biotecnologia pelo acesso à instrumentação de MS.

NOTA: A preparação e análise de amostras de glicoptocida bacteriano podem ser divididas em quatro seções (Figura 1). Para este estudo, foi avaliada a glicosylation de três cepas sequenciadas de A. baumannii (Tabela 1). Os bancos de dados Proteome FASTA de cada uma dessas cepas são acessíveis via Uniprot. Consulte a Tabela 2 para a composição dos buffers utilizados neste protocolo.
1. Preparação de amost...

A busca aberta é um método eficaz e sistemático para a identificação de modificações desconhecidas. Embora a identificação de glícans desconhecidos em amostras de proteome bacteriano tenha sido tradicionalmente um empreendimento demorado e tecnicamente especializado, os recentes desenvolvimentos de ferramentas como MSfragger21,41 e Byonic31,38 agora permitem a identificação rápida e eficaz de...

A glicossomilação proteica, o processo de anexação de carboidratos a moléculas de proteínas, é uma das modificações pós-translacionais mais comuns (PTMs) na natureza 1,2. Em todos os domínios da vida, uma gama de máquinas complexas evoluiu dedicada à geração de glicoproteínas que impactam uma miríade de funções celulares 1,3,4,5. Enquanto a glicossilation proteica ocorre em uma gama de aminoácidos 6,7, eventos de glicosylation ligados a N são duas formas dominantes observadas na natureza. A glicosylação ligada a N envolve a fixação de glicocanos a um átomo de nitrogênio de resíduos de asparagine (Asn), enquanto na glicosylação ligada a O, os glicanos são ligados a um átomo de oxigênio deresíduos de serina (Ser), threonine (Thr) ou tyrosine (Tyr). Apesar das semelhanças nos resíduos visados pelos sistemas de glicoseção, as diferenças dentro dos glicanos ligados às proteínas resultam na glicossylation sendo a classe mais quimicamente diversificada de PTMs encontrados na natureza.
Embora os sistemas de glicoseção eucariótica possuam diversidade glican, esses sistemas são tipicamente restritos no número de carboidratos únicos utilizados. A diversidade resultante decorre da forma como esses carboidratos são dispostos em glicanos 8,9,10,11,12. Em contraste, as espécies bacterianas e arqueais possuem uma diversidade glican praticamente ilimitada devido à pura variedade de açúcares únicos gerados nesses sistemas 2,10,13,14,15,16,17. Essas diferenças na diversidade glican observada entre os domínios da vida representam um desafio analítico significativo para a caracterização e identificação dos eventos de glicosylation. Para a glicosylation eucariótica, a capacidade de antecipar composições glican facilitou o crescente interesse pela glicobiologia; no entanto, o mesmo não se aplica à glicossylation bacteriana, que ainda é amplamente restrita ao estudo por laboratórios especializados. Como a acessibilidade da instrumentação da espectrometria de massa (MS) aumentou nas biociências, as abordagens baseadas em MS são agora o principal método para análise glicoproteômica.
A ESM emergiu como a ferramenta quintessencial para a caracterização da glicosylation, com abordagens de cima para baixo e de baixo para cima agora comumente usadas para caracterizar glicoproteínas6. Enquanto a proteômica de cima para baixo é usada para avaliar padrões globais de glicosylação de proteínas específicas18,19, abordagens de baixo para cima são usadas para permitir a caracterização glican-específica de glicaptocidas, mesmo a partir de misturas complexas 6,20,21,22,23. Para a análise dos glicacopeptídeos, a geração de informações informativas de fragmentação é essencial para a caracterização dos eventos de glicossylation24,25. Uma série de abordagens de fragmentação agora é rotineiramente acessível em instrumentos, incluindo dissociação induzida por colisão baseada em ressonância ion trap (TI-CID), dissociação induzida por colisão do tipo feixe (CID) e dissociação de transferência de elétrons (ETD). Cada abordagem possui diferentes pontos fortes e fracos para a análise de glicocopepcida25,26, com progresso significativo na última década na aplicação dessas abordagens de fragmentação para analisar a glicosylação 6,20. No entanto, para a análise da glicostilação bacteriana, a limitação crítica não tem sido a capacidade de fragmentar glycopeptídeos, mas sim a incapacidade de prever as potenciais composições glica dentro das amostras. Dentro desses sistemas, a natureza desconhecida de diversos glicanos bacterianos limita a identificação de glicocopeptídeos, mesmo com ferramentas de busca focadas em glicosylation agora comuns para a análise de glicoptodides eucarióticos, como O-Par27, GlycopeptideGraphMS28 e GlycReSoft29. Para superar essa questão, é necessário um método alternativo de busca, com o uso de ferramentas de busca aberta emergindo como uma abordagem poderosa para o estudo da glicosylation bacteriana30.
A busca aberta, também conhecida como busca de curinga, permite a identificação de peptídeos com PTMs desconhecidos ou inesperados 21,30,31,32. Pesquisas abertas utilizam uma variedade de técnicas computacionais, incluindo pesquisas de modificação com curadoria, pesquisas de banco de dados multicamados ou pesquisa tolerante em larga massa 33,34,35,36,37. Embora a busca aberta tenha grande potencial, seu uso tem sido tipicamente dificultado pelo aumento significativo dos tempos de análise e perda de sensibilidade da detecção de peptídeos não modificados em comparação com pesquisas restritas31,32. A diminuição na detecção de partidas espectrais de peptídeos não modificados (PSMs) é resultado do aumento das taxas de PSM falso-positivo associadas a essas técnicas, o que requer uma filtragem rigorosa aumentada para manter as taxas de falsas descobertas desejadas (FDRs)33,34,35,36,37 . Recentemente, várias ferramentas se tornaram disponíveis que melhoram significativamente a acessibilidade da pesquisa aberta, incluindo Byonic31,38, Open-pFind39, ANN-SoLo40 e MSFragger21,41. Essas ferramentas permitem a identificação robusta de eventos de glicosylation, reduzindo significativamente os tempos de análise e implementando abordagens para lidar com composições glicas heterogêneas.
Este artigo apresenta um método simplificado para a identificação de glicoptocidas bacterianos por busca aberta, utilizando como modelo o patógeno nosocomial Gram-negativo, Acinetobacter baumannii. A. baumannii possui um sistema de glicoslação orientado ligado a O responsável pela modificação de múltiplos substratos proteicos, conhecido como sistema de glicoslação de proteínasPGLL 42,43,44. Embora proteínas semelhantes sejam destinadas à glicosylation entre cepas, o sistema de glicosylation pglL é altamente variável devido à biossíntese do glicano usado para glicossite de proteínas derivadas do locus cápsula (conhecido como K-locus)44,45,46. Isso resulta em diversos glicocanos (também conhecidos como unidade K), derivados de unidades K polimerizadas únicas ou limitadas, sendo adicionados a substratos proteicos 30,44,46. Dentro deste trabalho, o uso da ferramenta de pesquisa aberta, MSfragger, dentro do software FragPipe, é usado para identificar glycans em cepas A. baumannii. Combinando buscas abertas e curadoria manual, "pesquisas focadas em glycan" podem ser realizadas para melhorar ainda mais a identificação de glycopeptídeos bacterianos. Em conjunto, essa abordagem de identificação multistep permite a identificação de glycopeptídeos sem ampla experiência na caracterização de novos eventos de glicosylação.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>14 G Kel-F Hub point style 3</td>
			<td>Hamilton company</td>
			<td>hanc90514</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Chloroacetamide</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C0267-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>34851-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (28%)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>338818-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent A</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23228</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BCA Protein Assay Reagent B</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>23224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C8 Empore SPE</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66882-U</td>
			<td>An alterative vendor for C8 material is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>5.33002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>650447-2.5L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>M/4058/17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDB-RPS Empore SPE (Reversed-Phase Sulfonate)</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>66886-U</td>
			<td>An alterative vendor for SDB-RPS is Affinisep (https://www.affinisep.com/about-us/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Deoxycholate</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>D6750-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoMixer C</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2232000083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>302031-10X1ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris 2-carboxyethyl phosphine hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>C4706-2G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma Aldrich Pty Ltd</td>
			<td>252859-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin/Lys-C protease mixture</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum concentrator</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7810040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZIC-HILIC material</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1504580001</td>
			<td>Resin for use in single use SPE columns can be obtain by emptying a larger form column and using the free resin</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the application of open searching-based approaches for the identification of acinetobacter baumannii o-linked glycopeptides

A glicossomilação proteica é cada vez mais reconhecida como uma modificação comum dentro de organismos bacterianos, contribuindo para a fisiologia procariótica e a ótima infectividade de espécies patogênicas. Devido a isso, há um crescente interesse em caracterizar a glicossylation bacteriana e a necessidade de ferramentas analíticas de alto rendimento para identificar esses eventos. Embora a proteômica de baixo para cima permita prontamente a geração de dados de glicopticídeos ricos, a amplitude e diversidade de glicanos observados em espécies procarióticas tornam a identificação de eventos de glicoslação bacteriana extremamente desafiadora.
Tradicionalmente, a determinação manual das composições glican dentro de conjuntos de dados proteômicos bacterianos fez desta uma análise em grande parte sob medida restrita a especialistas específicos de campo. Recentemente, abordagens abertas baseadas em busca surgiram como uma alternativa poderosa para a identificação de modificações desconhecidas. Ao analisar a frequência de modificações únicas observadas em sequências de peptídeos, técnicas de busca aberta permitem a identificação de glicanos comuns ligados a peptídeos dentro de amostras complexas. Este artigo apresenta um fluxo de trabalho simplificado para a interpretação e análise de dados glicoproteômicos, demonstrando como técnicas de busca aberta podem ser utilizadas para identificar glicocopeptídeos bacterianos sem conhecimento prévio das composições glicânicas.
Usando essa abordagem, os glicaptocidas dentro das amostras podem ser rapidamente identificados para entender as diferenças de glicoseção. Utilizando a Acinetobacter baumannii como modelo, essas abordagens permitem a comparação de composições glican entre cepas e a identificação de novas glicoproteínas. Em conjunto, este trabalho demonstra a versatilidade de técnicas abertas de busca de banco de dados para a identificação da glicossilção bacteriana, tornando a caracterização desses glicoproteomes altamente diversos mais fácil do que nunca.

Para ilustrar a utilidade da busca aberta por análise de glicoptocida bacteriano, a diversidade química de glicocanos ligados a O dentro de três cepas de A. baumannii-AB307-0294, ACICU e D1279779-- foi avaliada. Os glicoproteomes ligados ao O são altamente variáveis entre as cepas de A. baumannii, pois os glicos usados para glicossolation são derivados da cápsula altamente variável loci 44,45,46.<sup class="x...

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The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

A busca aberta permite identificar glycopeptídeos decorados com composições glican até então desconhecidas. Dentro deste artigo, uma abordagem simplificada para realizar buscas abertas e subsequentes pesquisas de gliocopeptídio focadas em glycan são apresentadas para amostras bacterianas usando Acinetobacter baumannii como modelo.

A aplicação de abordagens baseadas em pesquisa aberta para a identificação de Glycopeptides ligados ao Acinetobacter baumannii O

Protein glycosylation is increasingly recognized as a common modification within bacterial organisms, contributing to prokaryotic physiology and optimal ...

Este protocolo agiliza a identificação de glicop%eptides bacterianos, permitindo aos pesquisadores identificar novos eventos de glicosylação, bem como as diferenças nos glicanos utilizados para a glicosylação entre cepas. A principal vantagem dessa técnica é que permite que especialistas em não glicossylation identifiquem potenciais eventos de glicosylation em amostras de proteome bacteriano. A busca aberta é uma abordagem geralmente aplicável que pode ser usada para a identificação de uma série de modificações, não apenas glicosylation, e pode ser aplicada a qualquer amostra de proteome.Para preparar as pontas de extração STB-RPS stop-and-go, use uma agulha sem medida de 14 bitola para extircular três discos STB-RPS de uma membrana STB-RPS de 47 milímetros para ligar 50 microgramas de peptídeo. Para maiores quantidades de peptídeos, aumente o número de discos em conformidade. Antes de usar as pontas do estágio SDB-RPS, lave as pontas adicionando 150 microliters de 100% acetonitrila e girando o buffer por centrifugação ou aplicando suavemente a pressão usando uma seringa.Em seguida, lave as pontas com 150 microliters de 30% de metanol contendo 1%TFA, depois equilibre as pontas com 150 microliters de 90% de isopropanol contendo 1%TFA. Após o equilíbrio, carregue as amostras de proteome nas pontas do estágio STB-RPS por centrifugação ou usando uma seringa. Em seguida, lave as pontas com 150 microliters de 90% isopropanol contendo 1%TFA seguido por 150 microliters de 1%TFA.Para elutar os peptídeos das pontas do estágio STB-RPS, use 150 microliters de hidróxido de amônio de 5% e 80% de acetonitrilo adicionado a uma única ponta e colete as amostras elucidadas em tubos individuais aplicando suavemente a pressão usando uma seringa. Alternativamente, se eludir via centrifugação, use 150 microlitres a hidróxido de amônio de 5% em 80% de acetonitrilo adicionado a todas as pontas do palco e colete em uma placa limpa. Seque os peptídeos elucidos por centrifugação a vácuo a 25 graus Celsius.Em seguida, para enriquecer as amostras de glicocopeptopídio, prepare uma cromatografia líquida de interação hidrofílica zwitterionic, ou ZIC-HILIC, pontas de estágio. Extite um disco C8 de uma membrana C8 de 470 milímetros quadrados usando uma agulha contundente de calibre 14 e coloque o disco em uma ponta P-200 para criar um frit. Em seguida, adicione aproximadamente cinco milímetros de material ZIC-HILIC resuspendido em 50% de acetonitrilo sobre o frit, aplicando suavemente a pressão usando uma seringa.Antes de usar as pontas, equilibre a resina com 20 volumes de cama de tampão de eluição ZIC-HILIC, deixando 10 microliters de volume acima da resina para garantir que a resina não seque. Em seguida, lave sequencialmente a resina com 20 volumes de cama de tampão de preparação ZIC-HILIC seguido por 20 volumes de cama de carregamento ZIC-HILIC ou tampão de lavagem. Em seguida, resuspenque os peptídeos digeridos e secos no tampão de carga ZIC-HILIC até uma concentração final de quatro microgramas por microliter.Vórtice brevemente por um minuto para garantir que as amostras sejam resuspended, em seguida, gire-as por um minuto a 2000 vezes G e 25 graus Celsius. Depois de girar, carregue a amostra de peptídeo resuspended na coluna ZIC-HILIC condicionada e, em seguida, lave a coluna três vezes com 20 volumes de cama do tampão de carregamento ZIC-HILIC aplicando suavemente a pressão usando uma seringa. Finalmente, elute os glycopeptides com 20 volumes de cama do tampão de eluição ZIC-HILIC em um tubo de 1,5 mililitro, aplicando suavemente a pressão usando uma seringa, em seguida, seque o eluente por centrifugação a vácuo a 25 graus Celsius.Para análise de LC-MS, resuspenja as amostras em Buffer A*para uma concentração final de um micrograma por microliter e, em seguida, carregue as amostras em um HPLC-UPLC acoplado a um MS para permitir a separação e identificação de glicacopeptídeos. Monitore a coleta de dados de MS resultante, garantindo que os dados sejam coletados com os parâmetros desejados. Para analisar as amostras enriquecidas com proteome e glicopticida, abra FragPipe e clique na guia Workflow.No menu pull-down do Workflow, selecione a opção Abrir pesquisa e clique em Adicionar arquivos para importar os arquivos de dados a serem pesquisados no FragPipe. Em seguida, clique na guia Banco de dados seguida de Download para lançar o gerenciador de downloads para baixar bancos de dados proteome do UniProt usando um número de adesão UniProt. Dentro do gerenciador de downloads, clique na opção Adicionar isca e contaminantes para incorporar proteínas chamariz e contaminantes neste banco de dados.Em seguida, clique na guia MSFragger, em seguida, dentro da caixa De correspondência de pico, aumente a tolerância de massa Precursor do padrão de 500 dalton para 2.000 dalton para identificar grandes modificações. Clique na guia Executar para definir a localização das saídas do FragPipe e clique no botão Executar para iniciar a pesquisa. Com glycopeptídeos de alta confiança atribuídos, identifique íons glicanos comumente observados para melhorar a identificação de glycopeptídeos.Em seguida, clique na guia MSFragger e adicione as massas delta determinadas dos glicanos observados nas seções de modificações variáveis e deslocamentos de massa com massas individuais separadas com uma barra. Em seguida, adicione as massas de fragmentos associadas ao glicano desses glicanos na seção Glyco/Labile Mods do MSFragger. Finalmente, carregue todos os dados de MS associados a estudos proteômicos para repositórios proteômicos centralizados, como os repositórios PRIDE ou MassIVE.A busca aberta da cepa Acinetobacter baumannii AB307-0294 revelou duas massas delta dominantes correspondentes a 648,25 e 692,28 daltons. A cápsula ACICU é conhecida por ser composta por uma unidade tetrassacarida K correspondente a uma massa prevista de 843,31 dalton. Esta estrutura da cápsula é consistente com a massa delta mais frequentemente observada dentro da ACICU.A análise de busca aberta da cepa D1279779 revelou a presença de múltiplas massas delta consistentes com 203,08, 794,31 e 1588,62 daltons. Utilizando o anotador espectral de peptídeo interativo, os glicopeptídeos identificados em três cepas de A.baumannii foram avaliados revelando potenciais íons glicanos associados. As pesquisas focadas em glycan levaram a um aumento notável no número total de partidas espectrais de glicopto/peptídeo identificadas em todas as três cepas A.baumannii, correspondendo a um aumento de 37% no ACICU, um aumento de 117% no AB307-0294 e um aumento de 363% na D1279779.Para eventos individuais de ES, a inclusão de informações específicas de glycan normalmente aumenta o Hyperscore observado, embora esse aumento seja altamente dependente de glycan. Ao realizar o enriquecimento ZIC-HILIC, certifique-se de que a resina permaneça sempre úmida, pois a perda de solvente pode comprometer o isolamento dos glipcopeptídeos. Dados sobre diferenças na glicossylation podem ser usados para informar estudos de mutagênese ou identificar classes genéticas responsáveis pela biossíntese glican.Usando a pesquisa aberta do banco de dados, começamos a caracterizar a diversidade glican entre os gêneros bacterianos. Isso mostrou que a glicossylation bacteriana é ao mesmo tempo mais comum e muito mais diversificada do que pensávamos.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

The Application of Open Searching-based Approaches for the Identification of Acinetobacter baumannii O-linked Glycopeptides

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Identificação de ácidos graxos no<em&gt; Bacillus cereus</em

The Bacillus species contain branched chain and unsaturated fatty acids (FAs) with diverse positions of the methyl branch (iso or anteiso) and of the ...

Bioquímica

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Identification of Multiple Phosphorylations of Intrinsically Disordered Proteins

Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear para a identificação de múltiplas fosfolarização de intrinsecamente desordenados Proteínas

Aggregates of the neuronal Tau protein are found inside neurons of Alzheimer's disease patients. Development of the disease is accompanied by increased, ...

A Protein Preparation Method for the High-throughput Identification of Proteins Interacting with a Nuclear Cofactor Using LC-MS/MS Analysis

Uma proteína Método de Preparação para a Identificação de alto rendimento de proteínas que interagem com um co-fator nuclear utilizando LC-MS / MS Análise

Transcriptional coregulators are vital to the efficient transcriptional regulation of nuclear chromatin structure. Coregulators play a variety of roles in ...

The Identification of Sea Lamprey Pheromones Using Bioassay-Guided Fractionation

A identificação das feromonas de lampreia do mar usando guiada por bioensaio fracionamento

Bioassay-guided fractionation is an iterative approach that uses the results of physiological and behavioral bioassays to guide the isolation and ...

Measurement of Ion Concentration in the Unstirred Boundary Layer with Open Patch-Clamp Pipette: Implications in Control of Ion Channels by Fluid Flow

Medição da concentração de íons na camada limite Unstirred com pipeta aberto Patch-Clamp: implicações no controle de canais iônicos por fluido fluem

Fluid flow is an important environmental stimulus that controls many physiological and pathological processes, such as fluid flow-induced vasodilation. ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Usando o pipeline de código aberto MALDI TOF-MS IDBac para análise de proteína microbiana e dados metabólito especializados

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein

Caracterização no nível molecular usando abordagens bioquímicas robustas de uma nova proteína quinase

Extensive whole genome sequencing has identified many Open Reading Frames (ORFs) providing many potential proteins. These proteins may have important ...

SUMO-Binding Entities (SUBEs) as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-Binding Entities SUBEs as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

Entidades vinculantes ao SUMO (SUBEs) como ferramentas para enriquecimento, isolamento, identificação e caracterização do Proteome SUMO em Câncer de Fígado

Post-translational modification is a key mechanism regulating protein homeostasis and function in eukaryotic cells. Among all ubiquitin-like proteins in ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

Fazendo medições de FRET de molécula única precisas e precisas usando o smfBox de código aberto

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

Utilizando o aprimoramento da fluorescência induzida por proteínas resolvidas pelo tempo para identificar conformações locais estáveis Um monômero α-sinucleína de cada vez

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...