इस प्रोटोकॉल का उपयोग मेटाबोलाइट और परजीवी वितरण के 3 डी मॉडल बनाने के लिए किया जा सकता है। यह स्थानीय ऊतक चयापचय गड़बड़ी, परजीवी वितरण और नैदानिक रोग के लक्षणों के बीच संबंधों को समझने में मदद कर सकता है। इस विधि का मुख्य लाभ यह है कि यह मेटाबोलाइट वितरण बनाम रोगज़नक़ वितरण और इसके सांख्यिकीय विश्लेषण के लाइव स्केल क्रॉस-ऑर्गन मैपिंग को सक्षम बनाता है।
सैद्धांतिक रूप से, रासायनिक कार्टोग्राफी रोगजनन के लिए जिम्मेदार मेटाबोलाइट्स और उपचार के प्रभावों की सीधे जांच करके मेजबान पर बीमारी के विकास और प्रभाव का पता लगा सकती है। वजन और ट्यूबों लेबलिंग से शुरू करें। प्रति ट्यूब एक अनुभाग के साथ ऊतकों को व्यवस्थित रूप से अनुभागित करें।
नमूना वजन निर्धारित करने और वजन रिकॉर्ड करने के लिए ऊतक के नमूनों वाली ट्यूबों का वजन करें। ऊतक के नमूनों के पानी आधारित homogenization प्रदर्शन करने के लिए, ऊतक के नमूनों युक्त दो मिलीलीटर माइक्रोसेंट्रिफ्यूज ट्यूबों में एक पांच मिलीमीटर स्टेनलेस स्टील मनका जोड़ें। LCMS ग्रेड पानी युक्त एक खाली ट्यूब बनाओ।
ठंडा LCMS ग्रेड पानी जोड़कर नमूने के प्रति 50 मिलीग्राम प्रति 500 माइक्रोलीटर तक मात्रा बनाएं, फिर तीन मिनट के लिए 25 हर्ट्ज पर नमूनों को homogenize करें। नमूनों को पूरी तरह से homogenized किया जाना चाहिए। डीएनए निष्कर्षण और अन्य विश्लेषणों के लिए homogenization मात्रा का 1/10 वां हिस्सा ले लीजिए।
बर्फ ठंडा LCMS ग्रेड मेथनॉल homogenate करने के लिए sulfachloropyridazine के चार micromolar के साथ spiked जोड़ें। तीन मिनट के लिए 25 हर्ट्ज पर एक ऊतक homogenizer में homogenize नमूने, 10 मिनट के लिए centrifugation द्वारा पीछा किया. एक 96 अच्छी तरह से प्लेट में supernatant की एक समान मात्रा ले लीजिए और supernatants इकट्ठा करते समय बर्फ पर ठोस अवशेष रखें।
सूखी जलीय निष्कर्षण supernatant पूरी तरह से अधिकतम गति और कोई हीटिंग का उपयोग कर. 1, 000 माइक्रोलीटर को जोड़कर कार्बनिक निष्कर्षण पूर्व-ठंडा डाइक्लोरोमेथेन मेथनॉल के दो माइक्रोमोलर सल्फाक्लोरोपिरिडाज़िन प्रति 50 मिलीग्राम ठोस अवशेष नमूने के साथ स्पाइक किया जाता है। पांच मिनट के लिए 25 हर्ट्ज पर homogenize नमूने, 10 मिनट के लिए centrifugation के बाद.
एक 96 अच्छी तरह से प्लेट में supernatant की एक बराबर मात्रा ले लीजिए. ब्याज के अंग की एक तस्वीर ले लो। फ़ाइल पर क्लिक करें, फिर रुचि के अंगों की एक तस्वीर आयात करने के लिए स्केचअप सॉफ़्टवेयर में आयात करें।
लाइनों उपकरण पर क्लिक करें और फ्रीहैंड विकल्प का चयन करें। ब्याज के अंगों की रूपरेखा का पता लगाने और आकर्षित करने के लिए पेंसिल उपकरण का उपयोग करें। पुश / पुल टूल का चयन करें और ड्राइंग को 2 डी से 3 डी में बदलने के लिए छायांकित क्षेत्र पर खींचें।
फ़ाइल निर्यात और उसके बाद 3 डी मॉडल पर क्लिक करके फ़ाइल को डे प्रारूप में निर्यात करें। मॉडल के यथार्थवाद को बेहतर बनाने के लिए, फ़ाइल का चयन करके मॉडल को MeshLab सॉफ़्टवेयर में आयात करें, फिर आयात मेष पर क्लिक करें। शीर्ष मेनू पर वायरफ्रेम का चयन करें, फिर फ़िल्टर का चयन करें, रिमेशिंग सरलीकरण और पुनर्निर्माण पर क्लिक करें, और फिर उपखंड सतहों मध्य बिंदु पर।
सभी मानों को डिफ़ॉल्ट के रूप में छोड़ दें और दो बार लागू करें का चयन करें। फ़ाइल पर क्लिक करके sdl प्रारूप में मॉडल निर्यात करें, फिर मेष के रूप में निर्यात करें, और उसके बाद प्रकार ड्रॉपडाउन मेनू में SDL फ़ाइल स्वरूप का चयन करें। इसे सहेजें और अगले पॉपअप मेनू में ठीक का चयन करें।
Meshmixer सॉफ़्टवेयर खोलें और पिछले चरण में उत्पन्न एसडीएल फ़ाइल आयात करें। मूर्तिकला, ब्रश, ड्रैगन मूर्तिकला, ब्रश, फूलाए गए उपकरणों का उपयोग करें ताकि मॉडल सतहों को बाहर निकाला जा सके जिन्हें गोल करने की आवश्यकता होती है। फ़ाइल और निर्यात पर क्लिक करके मॉडल वांछित उपस्थिति है एक बार यह एसडीएल प्रारूप में सहेजें.
फ़ाइल को वांछित के रूप में नाम दें, SDL बाइनरी स्वरूप का चयन करें और सहेजें. MeshLab सॉफ़्टवेयर में 3 डी मॉडल खोलें। पोस्ट ओपन प्रोसेसिंग पॉपअप विंडो में ठीक पर क्लिक करें।
पिक पॉइंट्स टूल का चयन करके प्रत्येक नमूना स्थान के लिए X, Y, और Z निर्देशांक प्राप्त करें और फिर 3D मॉडल सतह पर नियमित रूप से अंतराल पर राइट-क्लिक करें। एक बार जब सभी वांछित निर्देशांक का चयन कर लिया जाता है, तो फॉर्म पॉपअप विंडो में सबसे ऊपर सहेजें बटन पर क्लिक करें। स्प्रेडशीट सॉफ़्टवेयर में, पिछले चरण में उत्पन्न पीपी फ़ाइल खोलें।
डेटा पाठ पर स्तंभों पर क्लिक करके डेटा प्रदर्शन समायोजित करें, फिर सीमांकित करें. Next पर क्लिक करें और फिर स्पेस का चयन करें और खत्म पर क्लिक करें। Reformat ताकि केवल संख्यात्मक मान स्प्रेडशीट कक्षों में होम ढूँढें और बदलें का चयन करें का चयन करके बने रहें।
ढूँढें क्या बॉक्स में, Y बराबर कोट दर्ज करें और बदलें बॉक्स को खाली छोड़ दें. Replace All पर क्लिक करें और फिर OK पर क्लिक करें। एक्स बराबर कोट के लिए और जेड बराबर कोट के लिए और से अधिक कोट स्लैश के लिए दोहराएं। स्प्रेडशीट सॉफ़्टवेयर तालिका में, पंक्तियाँ प्रत्येक स्थिति और स्तंभों से डेटा के अनुरूप होती हैं.
बाद के स्प्रेडशीट स्तंभों में उपयुक्त मेटाडेटा और मेटाबोलाइट सुविधा बहुतायत चिपकाएँ. त्रिज्या स्तंभ में, मॉडल पर विज़ुअलाइज़ किए जाने वाले नमूना धब्बों का वांछित आकार दर्ज करें। त्रिज्या के लिए मानों को अनुभवजन्य रूप से निर्धारित करें और फ़ाइल को CSV स्वरूप में सहेजें.
ELI प्लॉट सॉफ़्टवेयर पर नेविगेट करें, Surface का चयन करें, फिर ब्राउज़र विंडो में बनाए गए 3D मॉडल को खींचें और छोड़ें। उसी ब्राउज़र विंडो में बनाई गई सुविधा तालिका को खींचें और छोड़ें. 3 डी मॉडल पर वांछित डेटा स्तंभ प्रोजेक्ट करने के लिए नीचे दाएं कोने पर किंवदंती का उपयोग करें।
3 डी मॉडल पर इस मेटाबोलाइट सुविधा के वितरण का आकलन करने के लिए लगातार प्रत्येक डेटा कॉलम का चयन करें। इस विश्लेषण ने 5, 502 सुविधाओं की एक तालिका और 3 डी में उनके विज़ुअलाइज़ेशन का नेतृत्व किया। यह दृष्टिकोण व्यक्तिगत जानवरों में मेटाबोलाइट सुविधाओं के विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम बनाता है जो उच्च परजीवी लोड की साइट पर उच्च होते हैं, ऊतक क्षेत्रों में विभेदक वितरण के साथ मेटाबोलाइट्स और मेटाबोलाइट विशेषताएं जो छोटी और बड़ी आंतों में तुलनीय स्तर पर पाई जाती हैं।
केवल एलसीएमएस सॉल्वैंट्स का उपयोग करना और सभी आसन्न ऊतकों को इकट्ठा करना और स्थानिक मानचित्रों में अंतराल से बचने के लिए सभी एकत्र किए गए नमूनों के लिए मेटाबोलाइट्स को निकालने के लिए याद रखना महत्वपूर्ण है। इस तकनीक का उपयोग संक्रमण पर 3 डी मेटाबोलाइट वितरण मानचित्रों की तुलना के माध्यम से रोग रोगजनन को समझने के लिए ट्रिपैनोसोमाटिड परजीवी द्वारा ऊतक उपनिवेशीकरण के लिए पोषक तत्वों की आवश्यकताओं का पता लगाने के लिए किया जा सकता है।