Caenorhabditis nematoder er rigtige dyr, der lever i naturen. Indsamling vilde nematoder, giver os mulighed for at studere gener, og genomer i deres naturlige sammenhæng afslørende funktioner, der kan blive tilsløret af de kunstige forhold i laboratoriet. Denne teknik, ekstraherer orme, fra bakterierige organiske substrater i marken, og skaber rene kulturer på petriskåle, indfange et øjebliksbillede af hver befolkning, på det tidspunkt, det blev indsamlet.
Disse populationer er velegnede til økologi, befolkning genetik, eller meta genetik spørgsmål. Vilde stamme kulturer, er også værdifulde, for kvantitative genetiske undersøgelser. Denne teknik er enkel, og let at udføre, selv for et felt forskning novice.
Men en vellykket indsamling tur, kræver tankevækkende forberedelse af materialer, før de rejser. Identificer et bakterierigt substrat på marken, såsom rådnende frugt, blomster, svampe, stængler af urteagtige planter, jord eller bladkuld. Placer en lille mængde af substratet, i en mærket plastikpose.
Hvis rådnende materiale er sjældent i marken side af interesse, placere nogle frugter som agn. Lad det til rock, så hente det, og eventuelle orme, der har koloniseret det. Registrer prøve-id, breddegrad, længdegrad, dato og beskrivelse af substratet.
Registrer alle andre lokale miljømålinger, der er relevante for eksperimentet, såsom omgivelses- og substrattemperatur, substrattilstand, indsamlingstid og tilstedeværelse af substratforbundne makrohvirvelløse dyr. Brug en saks til at skære en tre centimeter segment, af gummi slanger fra hver tragt. Sæt slangen over enden af en plastiktragt.
Skub en slangeklemme over gummislangen, og fastgør den. For at lave en tragtholder skal du skære cirkulære huller i midten af en udfoldet papflue modbydelig bakke. Vend pap, fold siderne op en gang, og tape dem sammen.
Dette vil skabe ben, der hæver hullerne over bænken. Sørg for, at slangeklemmene er i lukket position, og placer tragte i hullerne. Hæld sterilt vand i hver tragt og fyld det omkring tre centimeter under fælgen.
Tryk på tragten for at frigive eventuelle indespærrede luftbobler i slangen. Fold en fnugfri tørre i halve, for at gøre en firkant, og placere den over tragten. Tryk derefter på kluden ned for at nedsænke den i vandet.
Opbryd manuelt store faste stykker af det naturlige substrat. Læg forsigtigt noget af prøven på aftørningen i tragten. Sørg for ikke at punktere kluden, eller lad en prøve stikke ud over fælgen.
Fold forsigtigt hjørnerne af kluden over prøven for at forhindre vand i at svede ud over kanten af tragten. Mærk tragten med eksempel-id'et, svarende til feltsamlingsnoter. Udvælge eventuelle aktive insekter, eller andre dyr, der kan rejse og krydsforurene prøver.
Tilsæt mere vand til hver tragt for at nedsænke hele prøven. Mens inkubation ved stuetemperatur natten over, aktive nematoder vil vrikke gennem vævet, og synke til bunden af tragten. Skriv prøve-id'et for en tragt, på bunden af en seks centimeter NGM orm plade, siddende med en plet af OP50 E.coli bakterier.
Fjern låget fra pladen, fjern tragten, der indeholder prøven fra tragtstativet, og hold det oprejst over den åbne ormplade med den ene hånd. Slip trykket på slangeklemmen med den anden hånd, og lad en eller to dråber vand falde fra slangen, på ormepladen ved siden af bakterieplænen. Så snart vandet falder fra tragten, skal du hurtigt klemme det lukket igen for at forhindre oversvømmelse af NGM-pladen.
For at rydde op, smide indholdet af tragtene, og vask dem med varmt vand, til efterfølgende genbrug. Overhold de isolerede nematoder under stereomikroskopet. Ud over nematoder vil der lejlighedsvis være små Oligo kit annelids, Tardigrades, rotifers og små krebsdyr.
For at etablere ISO hermafrodit, eller ISO kvindelige linjer, overføre hver L4 hermafrodit eller parret voksen kvinde, til en separat 3,5 centimeter NGM plade, siddende med OP50. Steriliser ormen pick, før og efter hver overførsel. Endelig wrap plader grundigt til rejser, med en paraffin film.
På Barro Colorado øen Panama blev 131 substrater i 2018 behandlet ved denne metode. 99%, som gav nematoder. 34% gav Caenorhabditis nematoder.
I Tjernobyl-eksklusionszonen Ukraine blev 170 substrater i 2019 behandlet ved denne metode. 56%, som gav nematoder, hvoraf ingen var Caenorhabditis. Denne metode virker, fordi nematoderne svømmer gennem kluden.
men substratet og andre dyr forbliver på toppen. Mange aspekter af en protokol kan ændres for at gøre brug af de ressourcer, der er tilgængelige i marken. Prøver indsamlet ved hjælp af denne metode, giver forskerne mulighed for at løse en bred vifte af befolkningsbiologi spørgsmål i etablerede kulturer for efterfølgende laboratorieundersøgelser.
