Name: multi-faceted mass spectrometric investigation of neuropeptides in callinectes sapidus
Uploaded: 2022-05-31T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus at JoVE.com

تم دعم هذا البحث من قبل المؤسسة الوطنية للعلوم (CHE-1710140 و CHE-2108223) والمعاهد الوطنية للصحة (NIH) من خلال منحة R01DK071801. تم دعم A.P. جزئيا من قبل منحة التدريب على واجهة الكيمياء والبيولوجيا في المعاهد الوطنية للصحة (T32 GM008505). تم دعم N.V.Q. جزئيا من قبل المعاهد الوطنية للصحة ، بموجب جائزة Ruth L. Kirschstein National Research Service Award من المعهد الوطني للقلب والرئة والدم إلى مركز أبحاث القلب والأوعية الدموية بجامعة ويسكونسن ماديسون (T32 HL007936). L.L. يود أن يعرب عن تقديره لمنح المعاهد الوطنية للصحة R56 MH110215 و S10RR029531 و S10OD025084 ، بالإضافة إلى دعم التمويل من أستاذية Vilas للإنجاز المتميز وأستاذية تشارلز ملبورن جونسون بتمويل مقدم من مؤسسة أبحاث خريجي ويسكونسن وكلية الصيدلة بجامعة ويسكونسن ماديسون.

تم إجراء جميع عمليات أخذ عينات الأنسجة الموصوفة وفقا للمبادئ التوجيهية لجامعة ويسكونسن ماديسون.
1. تحليل LC-ESI-MS للببتيدات العصبية
<ol><li>استخراج نيوروببتيد وتحلية المياه<ol>
<li>قبل اكتساب الأنسجة ، قم بإعداد الميثانول المحمض (acMeOH) (90: 9: 1 MeOH: الماء: حمض الخليك) كما هو موضح...

<ol>
	<li>H&#246;kfelt, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptides+-+an+overview.">Neuropeptides - an overview.</a> Neuropharmacology. 39 (8), 1337-1356 (2000).</li><li>Radhakrishnan, V., Henry, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophysiology+of+neuropeptides+in+the+sensory+spinal+cord.">Electrophysiology of neuropeptides in the sensory spinal cord.</a> Progress in Brain Research. 104, 175-195 (1995).</li><li>N&#228;ssel, D. R., Ekstr&#246;m, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+neuropeptides+by+immunocytochemistry.">Detection of neuropeptides by immunocytochemistry.</a> Methods in Molecular Biology. 72, 71-101 (1997).</li><li>Martins, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+Neuropeptide+Y+Receptors+Modulates+Retinal+Ganglion+Cell+Physiology+and+Exerts+Neuroprotective+Actions+In+Vitro.">Activation of Neuropeptide Y Receptors Modulates Retinal Ganglion Cell Physiology and Exerts Neuroprotective Actions In Vitro.</a> ASN Neuro. 7 (4), 1759091415598292 (2015).</li><li>Racaityte, K., Lutz, E. S. M., Unger, K. K., Lubda, D., Boos, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+neuropeptide+Y+and+its+metabolites+by+high-performance+liquid+chromatography-electrospray+ionization+mass+spectrometry+and+integrated+sample+clean-up+with+a+novel+restricted-access+sulphonic+acid+cation+exchanger.">Analysis of neuropeptide Y and its metabolites by high-performance liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry and integrated sample clean-up with a novel restricted-access sulphonic acid cation exchanger.</a> Journal of Chromatography. A. 890 (1), 135-144 (2000).</li><li>Salisbury, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+MALDI-TOF+mass+spectrometry+workflow+for+Drosophila+melanogaster+differential+neuropeptidomics.">A rapid MALDI-TOF mass spectrometry workflow for Drosophila melanogaster differential neuropeptidomics.</a> Molecular Brain. 6, 60 (2013).</li><li>Schmerberg, C. M., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Function-driven+discovery+of+neuropeptides+with+mass+spectrometry-based+tools.">Function-driven discovery of neuropeptides with mass spectrometry-based tools.</a> Protein and Peptide Letters. 20 (6), 681-694 (2013).</li><li>Lee, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptidomics:+Mass+Spectrometry-Based+Identification+and+Quantitation+of+Neuropeptides.">Neuropeptidomics: Mass Spectrometry-Based Identification and Quantitation of Neuropeptides.</a> Genomics &amp; Informatics. 14 (1), 12-19 (2016).</li><li>Sauer, C. S., Phetsanthad, A., Riusech, O. L., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developing+mass+spectrometry+for+the+quantitative+analysis+of+neuropeptides.">Developing mass spectrometry for the quantitative analysis of neuropeptides.</a> Expert Review of Proteomics. 18 (7), 607-621 (2021).</li><li>Pratavieira, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+Imaging+Analysis+of+Neuropeptides+in+Africanized+Honeybee+(+Apis+mellifera)+Brain:+Effect+of+Aggressiveness.">MALDI Imaging Analysis of Neuropeptides in Africanized Honeybee ( Apis mellifera) Brain: Effect of Aggressiveness.</a> Journal of Proteome Research. 17 (7), 2358-2369 (2018).</li><li>Buchberger, A. R., Vu, N. Q., Johnson, J., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Simple+and+Effective+Sample+Preparation+Strategy+for+MALDI-MS+Imaging+of+Neuropeptide+Changes+in+the+Crustacean+Brain+Due+to+Hypoxia+and+Hypercapnia+Stress.">A Simple and Effective Sample Preparation Strategy for MALDI-MS Imaging of Neuropeptide Changes in the Crustacean Brain Due to Hypoxia and Hypercapnia Stress.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (5), 1058-1065 (2020).</li><li>Vu, N. Q., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptidomics:+Improvements+in+Mass+Spectrometry+Imaging+Analysis+and+Recent+Advancements.">Neuropeptidomics: Improvements in Mass Spectrometry Imaging Analysis and Recent Advancements.</a> Current Protein &amp; Peptide Science. 22 (2), 158-169 (2021).</li><li>Li, L., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptides+in+the+brain:+mass+spectrometry-based+measurement+approaches+and+challenges.">Peptides in the brain: mass spectrometry-based measurement approaches and challenges.</a> Annual Review of Analytical Chemistry (Palo Alto, Calif). 1, 451-483 (2008).</li><li>Li, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+Precipitation+and+Delipidation+Enables+Efficient+Enrichment+of+Low-Molecular+Weight+Proteins+and+Peptides+from+Human+Plasma.">Sequential Precipitation and Delipidation Enables Efficient Enrichment of Low-Molecular Weight Proteins and Peptides from Human Plasma.</a> Journal of Proteome Research. 19 (8), 3340-3351 (2020).</li><li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PEAKS+DB:+de+novo+sequencing+assisted+database+search+for+sensitive+and+accurate+peptide+identification.">PEAKS DB: de novo sequencing assisted database search for sensitive and accurate peptide identification.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics : MCP. 11 (4), (2012).</li><li>Sturm, R. M., Greer, T., Woodards, N., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+evaluation+of+neuropeptidomic+profiles+upon+heat+stabilization+treatment+of+neuroendocrine+tissues+in+crustaceans.">Mass spectrometric evaluation of neuropeptidomic profiles upon heat stabilization treatment of neuroendocrine tissues in crustaceans.</a> Journal of Proteome Research. 12 (2), 743-752 (2013).</li><li>Gutierrez, G. J., Grashow, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+borealis+stomatogastric+nervous+system+dissection.">Cancer borealis stomatogastric nervous system dissection.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (25), e1207 (2009).</li><li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PRESnovo:+Prescreening+Prior+to+de+novo+Sequencing+to+Improve+Accuracy+and+Sensitivity+of+Neuropeptide+Identification.">PRESnovo: Prescreening Prior to de novo Sequencing to Improve Accuracy and Sensitivity of Neuropeptide Identification.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (7), 1358-1371 (2020).</li><li>Oleisky, E. R., Stanhope, M. E., Hull, J. J., Christie, A. E., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+neuropeptide+modulation+of+premotor+and+motor+neurons+in+the+lobster+cardiac+ganglion.">Differential neuropeptide modulation of premotor and motor neurons in the lobster cardiac ganglion.</a> Journal of Neurophysiology. 124 (4), 1241-1256 (2020).</li><li>Ma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+in+silico+transcriptome+mining+and+biological+mass+spectrometry+for+neuropeptide+discovery+in+the+Pacific+white+shrimp+Litopenaeus+vannamei.">Combining in silico transcriptome mining and biological mass spectrometry for neuropeptide discovery in the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei.</a> Peptides. 31 (1), 27-43 (2010).</li><li>Christie, A. E., Stemmler, E. A., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crustacean+neuropeptides.">Crustacean neuropeptides.</a> Cellular and Molecular Life Sciences : CMLS. 67 (24), 4135-4169 (2010).</li><li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+techniques,+applications+and+perspectives+in+neuropeptide+research.">New techniques, applications and perspectives in neuropeptide research.</a> The Journal of Experimental Biology. 221, (2018).</li><li>Habenstein, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic,+peptidomic,+and+mass+spectrometry+imaging+analysis+of+the+brain+in+the+ant+Cataglyphis+nodus.">Transcriptomic, peptidomic, and mass spectrometry imaging analysis of the brain in the ant Cataglyphis nodus.</a> Journal of Neurochemistry. 158 (2), 391-412 (2021).</li><li>Maes, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+sensitivity+of+the+nano+ultra-high+performance+liquid+chromatography-tandem+mass+spectrometric+analysis+of+low-concentrated+neuropeptides+by+reducing+aspecific+adsorption+and+optimizing+the+injection+solvent.">Improved sensitivity of the nano ultra-high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometric analysis of low-concentrated neuropeptides by reducing aspecific adsorption and optimizing the injection solvent.</a> Journal of Chromatography. A. 1360, 217-228 (2014).</li><li>Li, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanosecond+photochemically+promoted+click+chemistry+for+enhanced+neuropeptide+visualization+and+rapid+protein+labeling.">Nanosecond photochemically promoted click chemistry for enhanced neuropeptide visualization and rapid protein labeling.</a> Nature Communications. 10 (1), 4697 (2019).</li><li>Corbi&#232;re, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strategies+for+the+Identification+of+Bioactive+Neuropeptides+in+Vertebrates.">Strategies for the Identification of Bioactive Neuropeptides in Vertebrates.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 948 (2019).</li><li>Chen, R., Ma, M., Hui, L., Zhang, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+neuropeptides+in+crustacean+hemolymph+via+MALDI+mass+spectrometry.">Measurement of neuropeptides in crustacean hemolymph via MALDI mass spectrometry.</a> Journal of American Society for Mass Spectrometry. 20 (4), 708-718 (2009).</li><li>Fridjonsdottir, E., Nilsson, A., Wadensten, H., Andr&#233;n, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+Tissue+Sample+Stabilization+and+Extraction+Strategies+for+Neuropeptidomics.">Brain Tissue Sample Stabilization and Extraction Strategies for Neuropeptidomics.</a> Peptidomics: Methods and Strategies. , 41-49 (2018).</li><li>Buchberger, A. R., DeLaney, K., Johnson, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry+Imaging:+A+Review+of+Emerging+Advancements+and+Future+Insights.">Mass Spectrometry Imaging: A Review of Emerging Advancements and Future Insights.</a> Analytical Chemistry. 90 (1), 240-265 (2018).</li><li>Phetsanthad, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+mass+spectrometry+analysis+of+neuropeptides.">Recent advances in mass spectrometry analysis of neuropeptides.</a> Mass Spectrometry Reviews. , 21734 (2021).</li><li>P&#233;rez-Cova, M., Bedia, C., Stoll, D. R., Tauler, R., Jaumot, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MSroi:+A+pre-processing+tool+for+mass+spectrometry-based+studies.">MSroi: A pre-processing tool for mass spectrometry-based studies.</a> Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems. 215, 104333 (2021).</li><li>Christie, A. E., Chi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+of+the+neuropeptidomes+of+members+of+the+Astacidea+(Crustacea,+Decapoda)+using+publicly+accessible+transcriptome+shotgun+assembly+(TSA)+sequence+data.">Prediction of the neuropeptidomes of members of the Astacidea (Crustacea, Decapoda) using publicly accessible transcriptome shotgun assembly (TSA) sequence data.</a> General and Comparative Endocrinology. 224, 38-60 (2015).</li><li>Livnat, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+d-Amino+Acid-Containing+Neuropeptide+Discovery+Funnel.">A d-Amino Acid-Containing Neuropeptide Discovery Funnel.</a> Analytical Chemistry. 88 (23), 11868-11876 (2016).</li><li>Lehrer, R. I., Ganz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defensins:+endogenous+antibiotic+peptides+from+human+leukocytes.">Defensins: endogenous antibiotic peptides from human leukocytes.</a> Ciba Foundation Symposium. 171, 276-290 (1992).</li></ol>

يعد التحديد الدقيق والقياس الكمي والتوطين للببتيدات العصبية والببتيدات الداخلية الموجودة في الجهاز العصبي أمرا بالغ الأهمية لفهم وظيفتها23,24. قياس الطيف الكتلي هو تقنية قوية يمكن أن تسمح بتحقيق كل هذا ، حتى في الكائنات الحية التي لا تحتوي على جينوم متسلسل ?...

الجهاز العصبي معقد ويتطلب شبكة من الخلايا العصبية لنقل الإشارات عبر الكائن الحي. ينسق الجهاز العصبي المعلومات الحسية والاستجابة البيولوجية. تتطلب التفاعلات المعقدة والمعقدة التي ينطوي عليها نقل الإشارة العديد من جزيئات الإشارات المختلفة مثل الناقلات العصبية والمنشطات والببتيدات العصبية. نظرا لأن الببتيدات العصبية هي جزيئات الإشارة الأكثر تنوعا وقوة التي تلعب أدوارا رئيسية في تنشيط الاستجابات الفسيولوجية للإجهاد والمحفزات الأخرى ، فمن المهم تحديد دورها المحدد في هذه العمليات الفسيولوجية. ترتبط وظيفة Neuropeptide ببنية الأحماض الأمينية الخاصة بها ، والتي تحدد الحركة وتفاعل المستقبلات والتقارب1. تقنيات مثل الكيمياء النسيجية ، وهو أمر مهم لأنه يمكن توليف الببتيدات العصبية وتخزينها وإطلاقها في مناطق مختلفة من الأنسجة ، وقد تم استخدام الفيزيولوجيا الكهربية للتحقيق في بنية الببتيد neuropeptide ووظيفتها 2,3,4 ، ولكن هذه الطرق محدودة بالإنتاجية والخصوصية لحل تنوع التسلسل الهائل من neuropeptides.
يتيح قياس الطيف الكتلي (MS) تحليل الإنتاجية العالية لبنية الببتيد النيوروبي ووفرته. ويمكن القيام بذلك من خلال تقنيات MS المختلفة، والأكثر شيوعا الكروماتوغرافيا السائلة - التأين الكهربائي MS (LC-ESI-MS)5 والامتزاز/التأين بالليزر بمساعدة المصفوفة MS (MALDI-MS)6. باستخدام قياسات الكتلة عالية الدقة وتجزئة MS ، يوفر MS القدرة على تعيين تسلسل الأحماض الأمينية وحالة التعديل بعد الترجمة (PTM) إلى neuropeptides من مخاليط معقدة دون معرفة مسبقة للمساعدة في التحقق من وظيفتها 7,8. بالإضافة إلى المعلومات النوعية، يتيح MS المعلومات الكمية عن الببتيدات العصبية من خلال القياس الكمي الخالي من الملصقات (LFQ) أو الطرق القائمة على الملصقات مثل وضع العلامات النظيرية أو المتساوية الضغط9. تشمل المزايا الرئيسية ل LFQ بساطتها وانخفاض تكلفة التحليل وانخفاض خطوات إعداد العينات التي يمكن أن تقلل من فقدان العينة. ومع ذلك ، فإن عيوب LFQ تشمل زيادة تكاليف وقت الأداة لأنها تتطلب تكرارات تقنية متعددة لمعالجة الخطأ الكمي من التباين من تشغيل إلى تشغيل. وهذا يؤدي أيضا إلى انخفاض القدرة على تحديد الاختلافات الصغيرة بدقة. تخضع الطرق القائمة على الملصقات لتباين أقل منهجية حيث يمكن تصنيف عينات متعددة بشكل تفاضلي باستخدام مجموعة متنوعة من النظائر المستقرة ، ودمجها في عينة واحدة ، وتحليلها من خلال قياس الطيف الكتلي في وقت واحد. وهذا يزيد أيضا من الإنتاجية، على الرغم من أن الملصقات النظيرية يمكن أن تستغرق وقتا طويلا ومكلفة في توليفها أو شرائها. كما يزداد التعقيد الطيفي لأطياف كتلة المسح الكامل (MS1) مع زيادة تعدد الإرسال ، مما يقلل من عدد الببتيدات العصبية الفريدة التي يمكن تجزئتها وبالتالي تحديدها. وعلى العكس من ذلك، فإن وضع العلامات متساوي الضغط لا يزيد من التعقيد الطيفي على مستوى MS1، على الرغم من أنه يقدم تحديات للتحليلات منخفضة الوفرة مثل الببتيدات العصبية (neuropeptides). وبما أن القياس الكمي متساوي الضغط يتم إجراؤه على مستوى أطياف كتلة أيون الشظايا (MS2)، فقد لا يمكن تحديد كمية الببتيدات العصبية منخفضة الوفرة حيث يمكن اختيار مكونات مصفوفة أكثر وفرة للتجزئة وقد لا يكون لدى تلك المختارة وفرة عالية بما يكفي لتحديدها كميا. مع وضع العلامات النظيرية ، يمكن إجراء القياس الكمي على كل ببتيد محدد.
بالإضافة إلى التحديد والقياس الكمي، يمكن الحصول على معلومات التوطين بواسطة MS من خلال تصوير MALDI-MS (MALDI-MSI)10. عن طريق تنقيط ليزر عبر سطح عينة، يمكن تجميع أطياف MS في صورة خريطة حرارية لكل قيمة m/z . يمكن أن يوفر رسم خرائط كثافة إشارة neuropeptide العابرة في مناطق مختلفة عبر الظروف معلومات قيمة لتحديد الوظيفة11. توطين الببتيدات العصبية مهم بشكل خاص لأن وظيفة neuropeptide قد تختلف اعتمادا على الموقع12.
تم العثور على Neuropeptides بوفرة أقل في الجسم الحي من جزيئات الإشارات الأخرى ، مثل الناقلات العصبية ، وبالتالي تتطلب طرقا حساسة للكشف13. يمكن تحقيق ذلك من خلال إزالة مكونات مصفوفة الوفرة العالية ، مثل الدهون11,14. يجب إجراء اعتبارات إضافية لتحليل الببتيدات العصبية عند مقارنتها بسير عمل البروتيوميات الشائعة ، ويرجع ذلك أساسا إلى أن معظم التحليلات غير المنطقية العصبية تحذف الهضم الأنزيمي. هذا يحد من خيارات البرامج لتحليل بيانات neuropeptide حيث تم بناء معظمها باستخدام خوارزميات تعتمد على بيانات البروتينات ومطابقة البروتين المستنيرة باكتشاف الببتيد. ومع ذلك ، فإن العديد من البرامج مثل PEAKS15 أكثر ملاءمة لتحليل neuropeptide بسبب قدراتها على تسلسل de novo. هناك عدة عوامل يجب مراعاتها لتحليل الببتيدات العصبية بدءا من طريقة الاستخراج إلى تحليل بيانات التصلب المتعدد.
وتشمل البروتوكولات الموصوفة هنا طرقا لإعداد العينات ووضع العلامات على نظائر ثنائي الميثيل، والحصول على البيانات، وتحليل بيانات الببتيدات العصبية بواسطة LC-ESI-MS، MALDI-MS، وMALDI-MSI. من خلال النتائج التمثيلية للعديد من التجارب ، يتم إثبات فائدة وقدرة هذه الطرق على تحديد وقياس وتوطين الببتيدات العصبية من سرطان البحر الأزرق ، Callinectes sapidus. لفهم الجهاز العصبي بشكل أفضل ، يتم استخدام أنظمة النماذج بشكل شائع. العديد من الكائنات الحية ليس لديها جينوم متسلسل بالكامل متاح ، مما يمنع اكتشاف neuropeptide الشامل على مستوى الببتيد. ومن أجل التخفيف من حدة هذا التحدي، أدرج بروتوكول لتحديد الببتيدات العصبية الجديدة وتعدين النسخ لإنشاء قواعد بيانات للكائنات الحية التي لا تحتوي على معلومات كاملة عن الجينوم. يمكن تحسين جميع البروتوكولات المعروضة هنا لعينات neuropeptide من أي نوع ، وكذلك تطبيقها لتحليل أي ببتيدات داخلية.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Chemicals, Reagents, and Consumables</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix</td>
			<td>Supelco</td>
			<td>39319</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A38S-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A955-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Borane pyridine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>179752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker peptide calibration mix</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td>NC9846988</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary</td>
			<td>Polymicro</td>
			<td>1068150019</td>
			<td>to make nanoflow column (75 &#181;m inner diameter x 360 &#181;m outer diameter)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryostat cup</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E6032</td>
			<td>any cup or mold should work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108434</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>252549</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde - D2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>492620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A117-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gelatin</td>
			<td>Difco</td>
			<td>214340</td>
			<td>place in 37 &#176;C water bath to melt</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophobic barrier pen</td>
			<td>Vector Labs</td>
			<td>15553953</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Indium tin oxide (ITO)-coated glass slides</td>
			<td>Delta Technologies</td>
			<td>CB-90IN-S107</td>
			<td>25 mm x 75 mm x 0.8 mm (width x length x thickness)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC-MS vials</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>TFMSCERT5000-30LVW</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol Optima LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A456-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P7793</td>
			<td>Hydrophobic film</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH-Indicator strips</td>
			<td>Supelco</td>
			<td>109450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Red phosphorus clusters</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>343242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reversed phase C18 material</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186002350</td>
			<td>manually packed into nanoflow column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wite-out pen</td>
			<td>BIC</td>
			<td>150810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZipTip</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>Z720070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instruments and Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automatic matrix sprayer system- M5</td>
			<td>HTX Technologies, LLC</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge - 5424 R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>05-401-205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryostat- HM 550</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>956564A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Desiccant</td>
			<td>Drierite</td>
			<td>2088701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>WPI</td>
			<td>501764</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI stainless steel target plate</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td>8280781</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-Lite XLS</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>17014391</td>
			<td>200 &#181;L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q Exactive Plus Hybrid Quadrupole-Orbitrap</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFALGMBDK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RapifleX MALDI-TOF/TOF</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpeedVac - SVC100</td>
			<td>Savant</td>
			<td>SVC-100D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Bransonic</td>
			<td>2510R-MTH</td>
			<td>for sonication</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic homogenizer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB120110</td>
			<td>FB120 Sonic Dismembrator with CL-18 Probe</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum pump- Alcatel 2008 A</td>
			<td>Ideal Vacuum Products</td>
			<td>P10976</td>
			<td>ultimate pressure = 1 x 10-4 Torr</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>Corning</td>
			<td>6775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath (37C) - Isotemp 110</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-460-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Analysis Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Expasy</td>
			<td>https://web.expasy.org/translate/</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexAnalysis</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexControl</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexImaging</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PEAKS Studio</td>
			<td>Bioinformatics Solutions, Inc.</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SCiLS Lab</td>
			<td>https://scils.de/</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SignalP 5.0</td>
			<td>https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tBLASTn</td>
			<td>http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&#38;BLAST_ 
			PROGRAMS=tblastn&#38;PAGE_ 
			TYPE=BlastSearch&#38;SHOW_ 
			DEFAULTS=on&#38;LINK_LOC 
			=blasthome</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

multi-faceted mass spectrometric investigation of neuropeptides in callinectes sapidus

الببتيدات العصبية هي جزيئات تشير إلى جميع العمليات الفسيولوجية والسلوكية تقريبا ، مثل التطوير والتكاثر وتناول الطعام والاستجابة للضغوطات الخارجية. ومع ذلك ، فإن الآليات البيوكيميائية والمجموعة الكاملة من الببتيدات العصبية وأدوارها الوظيفية لا تزال غير مفهومة بشكل جيد. ويعوق توصيف هذه الببتيدات الذاتية المنشأ التنوع الهائل داخل هذه الفئة من جزيئات الإشارة. بالإضافة إلى ذلك ، تكون الببتيدات العصبية نشطة بيولوجيا بتركيزات أقل 100x - 1000x من تلك الموجودة في الناقلات العصبية وهي عرضة للتحلل الأنزيمي بعد الإطلاق المشبكي. قياس الطيف الكتلي (MS) هو أداة تحليلية حساسة للغاية يمكنها تحديد التحليلات وتحديدها كميا وتوطينها دون معرفة مسبقة شاملة. وهي مناسبة تماما لتحديد ملامح الببتيدات العصبية عالميا والمساعدة في اكتشاف الببتيدات الجديدة. نظرا للوفرة المنخفضة والتنوع الكيميائي العالي لهذه الفئة من الببتيدات ، تم تكييف العديد من طرق إعداد العينات ، ومعلمات اكتساب MS ، واستراتيجيات تحليل البيانات من تقنيات البروتينات للسماح بالتوصيف الأمثل ل neuropeptide. هنا ، يتم وصف طرق عزل الببتيدات العصبية عن الأنسجة البيولوجية المعقدة لتوصيف التسلسل والقياس الكمي والتوطين باستخدام الكروماتوغرافيا السائلة (LC)-MS والامتزاز / التأين بالليزر بمساعدة المصفوفة (MALDI)-MS. يتم تضمين بروتوكول لإعداد قاعدة بيانات neuropeptide من سرطان البحر الأزرق ، Callinectes sapidus ، وهو كائن حي بدون معلومات جينومية شاملة. يمكن تكييف سير العمل هذا لدراسة فئات أخرى من الببتيدات الذاتية المنشأ في أنواع مختلفة باستخدام مجموعة متنوعة من الأدوات.

ويبين الشكل 1 سير العمل لإعداد العينات وتحليل التصلب المتعدد. بعد تشريح الأنسجة العصبية ، يتم إجراء التجانس والاستخراج وتحلية المياه لتنقية عينات الببتيد neuropeptide. وإذا رغبت في تحديد كمي قائم على الملصقات النظيرية، فإن العينات توسم وتملح مرة أخرى. يتم تحليل العينة الناتجة م...

Watch this Scientific Journal Video about Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus at JoVE.com

Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus

يوفر التوصيف الطيفي الكتلي للببتيدات العصبية معلومات التسلسل والقياس الكمي والتوطين. سير العمل المحسن هذا ليس مفيدا فقط لدراسات الببتيد neuropeptide ، ولكن أيضا الببتيدات الداخلية الأخرى. تصف البروتوكولات المقدمة هنا إعداد العينات ، والحصول على MS ، وتحليل MS ، وتوليد قاعدة بيانات من neuropeptides باستخدام LC-ESI-MS ، MALDI-MS اكتشاف ، وتصوير MALDI-MS.

التحقيق الطيفي الكتلي متعدد الأوجه للببتيدات العصبية في Callinectes sapidus

Neuropeptides are signaling molecules that regulate almost all physiological and behavioral processes, such as development, reproduction, food intake, and ...

تحليل الببتيدات الذاتية المنشأ ، والتي هي أصغر من معظم البروتينات ، ولكنها أكبر من العديد من الببتيدات المهضومة هو مجال قيد الفحص. يعالج هذا البروتوكول الغطاء في مهام سير العمل القائمة على قياس الطيف الكتلي. قياس الطيف الكتلي حساس للغاية ويمكن استخدامه لاستهداف ببتيدات نيوروببتيدات محددة ذات أهمية أو يمكنه التقاط واكتشاف مجموعة من الببتيدات العصبية داخل العينة.يمكن أن يؤدي تحديد كمية وتوطين تعبير الببتيد النيوروبي بواسطة قياس الطيف الكتلي إلى تطوير علاجات الببتيد واكتشاف المؤشرات الحيوية للببتيد النيوروبيبتيد لمختلف الأمراض. لبدء استخراج neuropeptide جمع أنسجة المخ من القشريات واستخدام ملقط على الفور وضع نسيج واحد لكل منها في أنبوب 0.6 ملليلتر يحتوي على 20 ميكرولتر من الميثانول المحمض. أضف 150 ميكرولتر من الميثانول المحمض إلى العينة.اضبط إجمالي وقت مريض سونيك على 24 ثانية ، ووقت النبض على ثماني ثوان. توقف مؤقتا إلى 15 ثانية سعة إلى 50٪ على مجانس بالموجات فوق الصوتية وتجانس العينات على الجليد. الطرد المركزي للعينة عند أربع درجات مئوية عند 20،000 GS لمدة 20 دقيقة.باستخدام ماصة ، تم نقل المادة الفائقة إلى أنبوب وتجفيفها في مكثف فراغ عند حوالي 35 درجة مئوية. لإزالة الملح ، أعد تكوين عينة الأنسجة المستخرجة في 20 ميكرولتر من حمض الفورميك بنسبة 0.1٪. دوامة الحل وسونيكات في حمام مائي بدرجة حرارة الغرفة لمدة دقيقة واحدة.ضع 0.5 ميكرولتر من العينة على شريط الأس الهيدروجيني للتأكد من أن الرقم الهيدروجيني أقل من أربعة. جهاز طرد مركزي عند أربع درجات مئوية و 20،000 GS لمدة 30 ثانية. تحضير غسل توازن الترطيب في حلول الوهم.احصل على طرف تحلية 10 ميكرولتر باستخدام راتنج C18. ضع طرف تحلية المياه على ماصة سعة 20 ميكرولتر تم ضبطها على 15 ميكرولتر. قم بشفط الطرف ثلاث مرات باستخدام محلول الترطيب وثلاث مرات باستخدام حل التعاون المتساوي.الشفط في العينة 10 مرات متبوعا بالغسيل ثلاث مرات في محلول الغسيل مع التخلص من كل غسلة. Elute عن طريق الشفط 10 مرات في كل من حلول الوهم من أجل زيادة Acetonitrile. جفف الببتيدات العصبية المشار إليها في مكثف فراغ.إعادة تشكيل الببتيدات العصبية المملحة المجففة في خمسة ميكرولترات من 0.1٪ من حمض الفورميك. دوامة الحل وصوتنة في حمام مائي بدرجة حرارة الغرفة لمدة دقيقة واحدة. جهاز طرد مركزي لفترة وجيزة في 2000 GS. لاكتشاف الببتيدات العصبية وأنسجة القشرة، قم بماصة قطرة من العينة سعة ثلاثة ميكرولترات على فيلم مسعور.ماصة ثلاثة ميكرولترات من مصفوفة DHB مباشرة على قطرة العينة. امزج الحلول عن طريق السحب لأعلى ولأسفل. ماصة ميكرولتر واحد من خليط العينة والمصفوفة في بئر من لوحة الهدف من الفولاذ المقاوم للصدأ MALDI واستخدام طرف الماصة لنشر كل خليط إلى حواف العينة جيدا.ضع ميكرولتر واحد من خليط العيار والمصفوفة في بئر بالقرب من العينة. أدخل لوحة الهدف التي تحتوي على بقع عينة مجففة في أداة وقت الطيران الترادف MALDI. مع مصفوفة DHB تعيين قوة الليزر إلى 95٪ حدد التلقائي الأمثل كاشف كسب والذكية عينة كاملة وضع حركة الناقل عينة.احصل على MS Spectra في نطاق 200 إلى 3 ، 200 M على Z وأضف أطياف متعددة من كل بقعة معا لزيادة نسبة إشارة neuropeptide إلى الضوضاء. املأ نصف كوب كريوستات بالجيلاتين واتركه يتصلب في درجة حرارة الغرفة. حافظ على بقايا الجيلاتين السائل دافئا في حمام مائي 37 درجة مئوية.جمع الأنسجة العصبية المطلوبة من الحيوان واستخدام ملقط لغمس الأنسجة على الفور في أنبوب 0.6 ملليلتر يحتوي على الماء منزوع الأيونات لمدة ثانية واحدة. ضع الأنسجة فوق الجيلاتين الصلب واملأ بقية كوب cryostat بالجيلاتين السائل. استخدم الملقط لوضع الأنسجة.ضع كوب cryostat على سطح مستو وقم بتجميده بالثلج الجاف. لإعداد التقسيم ، افصل عينة الجيلاتين المضمنة عن قالب cryostat عن طريق قطع القالب بعيدا. قم بتركيب الأنسجة المدمجة على تشاك cryostat عن طريق سحب قطرة ملليلتر واحدة من الماء منزوع الأيونات على الظرف والضغط على الفور على الأنسجة المضمنة على القطرة.بمجرد تجميد الماصة ، المزيد من الماء منزوع الأيونات حول الأنسجة لزيادة تأمينها إلى تشاك. قسم الأنسجة بسماكة تقريبية لخلية واحدة. قم بتركيب كل قسم على شريحة زجاجية مغلفة بأكسيد القصدير الإنديوم عن طريق وضع جانب واحد من الشريحة بالقرب من القسم ووضع إصبع على الجانب الآخر من الشريحة لتسخين الزجاج ببطء والسماح للقسم بالالتصاق بالشرائح.تصدير دي نوفو الببتيدات فقط. CSV من قمم بمتوسط درجة ثقة محلية أكبر من أو يساوي 75. ابحث في قائمة الببتيد عن زخارف التسلسل المعروفة التي تشير إلى الببتيدات العصبية التي تنتمي إلى عائلات محددة من الببتيد النيوروبيبتيد.اختر تسلسل معروف من الأحماض الأمينية لهرمون ما قبل برو واستخدم TB blast N للبحث عن تسلسل هرمون ما قبل المحترفين مقابل قاعدة بيانات. حدد الكائن الحي المستهدف وقم بتغيير معلمات خوارزمية العتبة المتوقعة إلى 1000 لتشمل محاذاة منخفضة الدرجات. قم بتشغيل برنامج الانفجار ثم تحقق من النتائج للحصول على درجات تماثل عالية بين الاستعلام وتسلسلات الموضوع التي تنتج محاذاة كبيرة.احفظ ملف FASTA الذي يحتوي على تسلسل النيوكليوتيدات. ترجمة تسلسل النيوكليوتيدات الهرمونية قبل برو إلى تسلسلات الببتيد الهرمونية قبل برو باستخدام أداة ترجمة إكسباسي. بالنسبة ل callinectes sapidus ، حدد الميتوكوندريا اللافقارية للشفرة الوراثية وقم بتشغيل الأداة.تحقق من تسلسل الببتيد المرجعي ومواقع انقسام الهرمونات الاحترافية في تسلسل الببتيد باستخدام الإشارة P.This هو طيف تجزئة ل neuropeptide تم تحديده مع تغطية تسلسل 100٪ في خطأ كتلة شظية منخفض مع حد أقصى قدره 0.02 Dalton. هنا طيف من neuropeptide تم تحديده أيضا بتغطية تسلسل 100٪ ، ولكن مع عدد قليل من أيونات الشظايا ، وبالتالي فإن ثقة التعريف منخفضة. هذه هي كروماتوجرامات الأيونات المستخرجة لببتيد نيوروببتيد واحد تم تحديده في شوطين منفصلين ومتتاليين.على الرغم من أن وقت الاحتفاظ يختلف قليلا ، إلا أنه لا يزال من الممكن استخدامه للقياس الكمي بدون تسمية لأن تحول الوقت أقل من دقيقة واحدة. هذا مثال على طيف كتلة مسح كامل يحتوي على نيوروببتيد تم تصنيفه على ثنائي ميثيل مما أدى إلى تحول كتلة دالتون 4.025 بين الأشكال الخفيفة والثقيلة من الببتيد العصبي. يوضح طيف كتلة أيون الشظايا لببتيد De Novo المتسلسل تغطية جيدة للتجزئة ، حيث لوحظ أيون الشظايا B و أو Y لكل حمض أميني مع خطأ كتلة منخفض قدره 0.02 Dalton.هذا يشير إلى أنه لوحظ وجود ببتيد داخلي ينتمي إلى عائلة القشريات RYMI neuropeptide. تظهر أمثلة على البقع الجيدة التي تلمس جميع حواف نقش البئر على اليسار. وتظهر أمثلة على البقع السيئة على اليمين.بعد تصوير MALDI MS للببتيدات العصبية من أنسجة callinectes sapidus ، تم الحصول على صور توزيع الأيونات لمختلف قيم M على Z المقابلة لمختلف الببتيدات neuropeptides. يعد تحسين مذيب الاستخراج لنوع تحليلي معين أمرا بالغ الأهمية. تأكد أيضا من حدوث التجانس الكامل وضبط الطريقة حسب الحاجة.لن يتم الكشف عن أي شيء في اتجاه المصب إذا لم يتم استخراجه. يمكن أن توفر هذه التقنية قائمة تأسيسية من الببتيدات العصبية المهمة التي يمكن التحقيق فيها بشكل أكبر كمؤشرات حيوية محتملة ، بالإضافة إلى توفير معلومات توطين غير مستهدفة دون الحاجة إلى أجسام مضادة.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry (UPLC-HRMS)

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS

الايض غير مستهدفة من مصادر بيولوجية عن طريق Ultraperformance اللوني السائل عالية الدقة الطيف الكتلي (UPLC-HRMS)

Here we present a workflow to analyze the metabolic profiles for biological samples of interest including; cells, serum, or tissue. The sample is first ...

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight (MALDI-TOF) Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight MALDI-TOF Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

بمساعدة مصفوفة الليزر الامتزاز / التأين وقت الرحلة (MALDI-TOF) قداس التحليل الطيفي من البروتينات سليمة أكبر من 100 كيلو دالتون

Effectively determining masses of proteins is critical to many biological studies (e.g. for structural biology investigations). Accurate mass ...

Mass Spectrometric Approaches to Study Protein Structure and Interactions in Lyophilized Powders

كتلة الطيفية المداخل لدراسة بنية البروتين والتفاعلات في مساحيق المجففة بالتبريد

Amide hydrogen/deuterium exchange (ssHDX-MS) and side-chain photolytic labeling (ssPL-MS) followed by mass spectrometric analysis can be valuable for ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

تسلسل مصنع ستريت Heteroxylans عن طريق إنزيمي، والمواد الكيميائية (مثلأيشن) والمادية (الطيف الكتلي، الرنين المغناطيسي النووي) تقنيات

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

HKUST-1 as a Heterogeneous Catalyst for the Synthesis of Vanillin

HKUST-1 بمثابة محفز غير المتجانسة للتوليف ونيلين

Vanillin (4-hydoxy-3-methoxybenzaldehyde) is the main component of the extract of vanilla bean. The natural vanilla scent is a mixture of approximately ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

تحليل التنفس في الوقت الحقيقي باستخدام التأين نانوليكتروسبراي الثانوية بالإضافة إلى دقة عالية الطيف الكتلي

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

توليف وتحليل الطيف الكتلي اليغو-بيبتويدس

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

A Two-Step Pyrolysis-Gas Chromatography Method with Mass Spectrometric Detection for Identification of Tattoo Ink Ingredients and Counterfeit Products

طريقه التحلل اللوني للغاز بخطوتين مع الكشف الطيفي الشامل لتحديد مكونات حبر الوشم والمنتجات المزيفة

Tattoo inks are complex mixtures of ingredients. Each of them possesses different chemical properties which have to be addressed upon chemical analysis. ...

In situ FTIR Spectroscopy as a Tool for Investigation of Gas/Solid Interaction: Water-Enhanced CO2 Adsorption in UiO-66 Metal-Organic Framework

In situ FTIR Spectroscopy as a Tool for Investigation of Gas/Solid Interaction: Water-Enhanced CO2 Adsorption in UiO-66 Metal-Organic Framework

في الموقع التحليل الطيفي FTIR كأداة للتحقيق في الغاز/ التفاعل الصلب: امتصاصثاني أكسيد الكربون المحسن بالماء في إطار UiO-66 المعدني العضوي

In situ infrared spectroscopy is an inexpensive, highly sensitive, and selective valuable tool to investigate the interaction of polycrystalline solids ...

Cell-Lineage Guided Mass Spectrometry Proteomics in the Developing (Frog) Embryo

Cell-Lineage Guided Mass Spectrometry Proteomics in the Developing Frog Embryo

البروتيوميات قياس الطيف الكتلي الموجه بسلالة الخلية في الجنين النامي (الضفدع)

Characterization of molecular events as cells give rise to tissues and organs raises a potential to better understand normal development and design ...