Name: multi-faceted mass spectrometric investigation of neuropeptides in callinectes sapidus
Uploaded: 2022-05-31T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus at JoVE.com

Bu araştırma Ulusal Bilim Vakfı (CHE-1710140 ve CHE-2108223) ve Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) tarafından R01DK071801 hibesi ile desteklenmiştir. AP kısmen NIH Kimya-Biyoloji Arayüzü Eğitim Hibesi (T32 GM008505) tarafından desteklenmiştir. N.V.Q., Ulusal Kalp Akciğer ve Kan Enstitüsü'nden Wisconsin-Madison Üniversitesi Kardiyovasküler Araştırma Merkezi'ne (T32 HL007936) Ruth L. Kirschstein Ulusal Araştırma Hizmeti Ödülü kapsamında Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından kısmen desteklenmiştir. L.L., NIH hibeleri R56 MH110215, S10RR029531 ve S10OD025084'ün yanı sıra Wisconsin Mezunları Araştırma Vakfı ve Wisconsin-Madison Üniversitesi Eczacılık Fakültesi tarafından sağlanan fon ile Vilas Seçkin Başarı Profesörlüğü ve Charles Melbourne Johnson Profesörlüğünden finansman desteğini kabul etmek ister.

Tanımlanan tüm doku örneklemeleri Wisconsin-Madison Üniversitesi kılavuzlarına uygun olarak gerçekleştirilmiştir.
1. Nöropeptitlerin LC-ESI-MS analizi
<ol><li>Nöropeptit ekstraksiyonu ve tuzdan arındırma<ol>
<li>Doku ediniminden önce,16'da açıklandığı gibi asitleştirilmiş metanol (acMeOH) (90: 9: 1 MeOH: su: asetik asit) hazırlayın.</li>
		<li>Kabuklular17'den beyin dokusunu toplayın ve her biri 20 μL a...

<ol>
	<li>H&#246;kfelt, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptides+-+an+overview.">Neuropeptides - an overview.</a> Neuropharmacology. 39 (8), 1337-1356 (2000).</li><li>Radhakrishnan, V., Henry, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophysiology+of+neuropeptides+in+the+sensory+spinal+cord.">Electrophysiology of neuropeptides in the sensory spinal cord.</a> Progress in Brain Research. 104, 175-195 (1995).</li><li>N&#228;ssel, D. R., Ekstr&#246;m, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+neuropeptides+by+immunocytochemistry.">Detection of neuropeptides by immunocytochemistry.</a> Methods in Molecular Biology. 72, 71-101 (1997).</li><li>Martins, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+Neuropeptide+Y+Receptors+Modulates+Retinal+Ganglion+Cell+Physiology+and+Exerts+Neuroprotective+Actions+In+Vitro.">Activation of Neuropeptide Y Receptors Modulates Retinal Ganglion Cell Physiology and Exerts Neuroprotective Actions In Vitro.</a> ASN Neuro. 7 (4), 1759091415598292 (2015).</li><li>Racaityte, K., Lutz, E. S. M., Unger, K. K., Lubda, D., Boos, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+neuropeptide+Y+and+its+metabolites+by+high-performance+liquid+chromatography-electrospray+ionization+mass+spectrometry+and+integrated+sample+clean-up+with+a+novel+restricted-access+sulphonic+acid+cation+exchanger.">Analysis of neuropeptide Y and its metabolites by high-performance liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry and integrated sample clean-up with a novel restricted-access sulphonic acid cation exchanger.</a> Journal of Chromatography. A. 890 (1), 135-144 (2000).</li><li>Salisbury, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+MALDI-TOF+mass+spectrometry+workflow+for+Drosophila+melanogaster+differential+neuropeptidomics.">A rapid MALDI-TOF mass spectrometry workflow for Drosophila melanogaster differential neuropeptidomics.</a> Molecular Brain. 6, 60 (2013).</li><li>Schmerberg, C. M., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Function-driven+discovery+of+neuropeptides+with+mass+spectrometry-based+tools.">Function-driven discovery of neuropeptides with mass spectrometry-based tools.</a> Protein and Peptide Letters. 20 (6), 681-694 (2013).</li><li>Lee, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptidomics:+Mass+Spectrometry-Based+Identification+and+Quantitation+of+Neuropeptides.">Neuropeptidomics: Mass Spectrometry-Based Identification and Quantitation of Neuropeptides.</a> Genomics &amp; Informatics. 14 (1), 12-19 (2016).</li><li>Sauer, C. S., Phetsanthad, A., Riusech, O. L., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developing+mass+spectrometry+for+the+quantitative+analysis+of+neuropeptides.">Developing mass spectrometry for the quantitative analysis of neuropeptides.</a> Expert Review of Proteomics. 18 (7), 607-621 (2021).</li><li>Pratavieira, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+Imaging+Analysis+of+Neuropeptides+in+Africanized+Honeybee+(+Apis+mellifera)+Brain:+Effect+of+Aggressiveness.">MALDI Imaging Analysis of Neuropeptides in Africanized Honeybee ( Apis mellifera) Brain: Effect of Aggressiveness.</a> Journal of Proteome Research. 17 (7), 2358-2369 (2018).</li><li>Buchberger, A. R., Vu, N. Q., Johnson, J., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Simple+and+Effective+Sample+Preparation+Strategy+for+MALDI-MS+Imaging+of+Neuropeptide+Changes+in+the+Crustacean+Brain+Due+to+Hypoxia+and+Hypercapnia+Stress.">A Simple and Effective Sample Preparation Strategy for MALDI-MS Imaging of Neuropeptide Changes in the Crustacean Brain Due to Hypoxia and Hypercapnia Stress.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (5), 1058-1065 (2020).</li><li>Vu, N. Q., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuropeptidomics:+Improvements+in+Mass+Spectrometry+Imaging+Analysis+and+Recent+Advancements.">Neuropeptidomics: Improvements in Mass Spectrometry Imaging Analysis and Recent Advancements.</a> Current Protein &amp; Peptide Science. 22 (2), 158-169 (2021).</li><li>Li, L., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptides+in+the+brain:+mass+spectrometry-based+measurement+approaches+and+challenges.">Peptides in the brain: mass spectrometry-based measurement approaches and challenges.</a> Annual Review of Analytical Chemistry (Palo Alto, Calif). 1, 451-483 (2008).</li><li>Li, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+Precipitation+and+Delipidation+Enables+Efficient+Enrichment+of+Low-Molecular+Weight+Proteins+and+Peptides+from+Human+Plasma.">Sequential Precipitation and Delipidation Enables Efficient Enrichment of Low-Molecular Weight Proteins and Peptides from Human Plasma.</a> Journal of Proteome Research. 19 (8), 3340-3351 (2020).</li><li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PEAKS+DB:+de+novo+sequencing+assisted+database+search+for+sensitive+and+accurate+peptide+identification.">PEAKS DB: de novo sequencing assisted database search for sensitive and accurate peptide identification.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics : MCP. 11 (4), (2012).</li><li>Sturm, R. M., Greer, T., Woodards, N., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+evaluation+of+neuropeptidomic+profiles+upon+heat+stabilization+treatment+of+neuroendocrine+tissues+in+crustaceans.">Mass spectrometric evaluation of neuropeptidomic profiles upon heat stabilization treatment of neuroendocrine tissues in crustaceans.</a> Journal of Proteome Research. 12 (2), 743-752 (2013).</li><li>Gutierrez, G. J., Grashow, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+borealis+stomatogastric+nervous+system+dissection.">Cancer borealis stomatogastric nervous system dissection.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (25), e1207 (2009).</li><li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PRESnovo:+Prescreening+Prior+to+de+novo+Sequencing+to+Improve+Accuracy+and+Sensitivity+of+Neuropeptide+Identification.">PRESnovo: Prescreening Prior to de novo Sequencing to Improve Accuracy and Sensitivity of Neuropeptide Identification.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (7), 1358-1371 (2020).</li><li>Oleisky, E. R., Stanhope, M. E., Hull, J. J., Christie, A. E., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+neuropeptide+modulation+of+premotor+and+motor+neurons+in+the+lobster+cardiac+ganglion.">Differential neuropeptide modulation of premotor and motor neurons in the lobster cardiac ganglion.</a> Journal of Neurophysiology. 124 (4), 1241-1256 (2020).</li><li>Ma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+in+silico+transcriptome+mining+and+biological+mass+spectrometry+for+neuropeptide+discovery+in+the+Pacific+white+shrimp+Litopenaeus+vannamei.">Combining in silico transcriptome mining and biological mass spectrometry for neuropeptide discovery in the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei.</a> Peptides. 31 (1), 27-43 (2010).</li><li>Christie, A. E., Stemmler, E. A., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crustacean+neuropeptides.">Crustacean neuropeptides.</a> Cellular and Molecular Life Sciences : CMLS. 67 (24), 4135-4169 (2010).</li><li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+techniques,+applications+and+perspectives+in+neuropeptide+research.">New techniques, applications and perspectives in neuropeptide research.</a> The Journal of Experimental Biology. 221, (2018).</li><li>Habenstein, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic,+peptidomic,+and+mass+spectrometry+imaging+analysis+of+the+brain+in+the+ant+Cataglyphis+nodus.">Transcriptomic, peptidomic, and mass spectrometry imaging analysis of the brain in the ant Cataglyphis nodus.</a> Journal of Neurochemistry. 158 (2), 391-412 (2021).</li><li>Maes, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+sensitivity+of+the+nano+ultra-high+performance+liquid+chromatography-tandem+mass+spectrometric+analysis+of+low-concentrated+neuropeptides+by+reducing+aspecific+adsorption+and+optimizing+the+injection+solvent.">Improved sensitivity of the nano ultra-high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometric analysis of low-concentrated neuropeptides by reducing aspecific adsorption and optimizing the injection solvent.</a> Journal of Chromatography. A. 1360, 217-228 (2014).</li><li>Li, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanosecond+photochemically+promoted+click+chemistry+for+enhanced+neuropeptide+visualization+and+rapid+protein+labeling.">Nanosecond photochemically promoted click chemistry for enhanced neuropeptide visualization and rapid protein labeling.</a> Nature Communications. 10 (1), 4697 (2019).</li><li>Corbi&#232;re, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strategies+for+the+Identification+of+Bioactive+Neuropeptides+in+Vertebrates.">Strategies for the Identification of Bioactive Neuropeptides in Vertebrates.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 948 (2019).</li><li>Chen, R., Ma, M., Hui, L., Zhang, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+neuropeptides+in+crustacean+hemolymph+via+MALDI+mass+spectrometry.">Measurement of neuropeptides in crustacean hemolymph via MALDI mass spectrometry.</a> Journal of American Society for Mass Spectrometry. 20 (4), 708-718 (2009).</li><li>Fridjonsdottir, E., Nilsson, A., Wadensten, H., Andr&#233;n, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+Tissue+Sample+Stabilization+and+Extraction+Strategies+for+Neuropeptidomics.">Brain Tissue Sample Stabilization and Extraction Strategies for Neuropeptidomics.</a> Peptidomics: Methods and Strategies. , 41-49 (2018).</li><li>Buchberger, A. R., DeLaney, K., Johnson, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry+Imaging:+A+Review+of+Emerging+Advancements+and+Future+Insights.">Mass Spectrometry Imaging: A Review of Emerging Advancements and Future Insights.</a> Analytical Chemistry. 90 (1), 240-265 (2018).</li><li>Phetsanthad, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+mass+spectrometry+analysis+of+neuropeptides.">Recent advances in mass spectrometry analysis of neuropeptides.</a> Mass Spectrometry Reviews. , 21734 (2021).</li><li>P&#233;rez-Cova, M., Bedia, C., Stoll, D. R., Tauler, R., Jaumot, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MSroi:+A+pre-processing+tool+for+mass+spectrometry-based+studies.">MSroi: A pre-processing tool for mass spectrometry-based studies.</a> Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems. 215, 104333 (2021).</li><li>Christie, A. E., Chi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+of+the+neuropeptidomes+of+members+of+the+Astacidea+(Crustacea,+Decapoda)+using+publicly+accessible+transcriptome+shotgun+assembly+(TSA)+sequence+data.">Prediction of the neuropeptidomes of members of the Astacidea (Crustacea, Decapoda) using publicly accessible transcriptome shotgun assembly (TSA) sequence data.</a> General and Comparative Endocrinology. 224, 38-60 (2015).</li><li>Livnat, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+d-Amino+Acid-Containing+Neuropeptide+Discovery+Funnel.">A d-Amino Acid-Containing Neuropeptide Discovery Funnel.</a> Analytical Chemistry. 88 (23), 11868-11876 (2016).</li><li>Lehrer, R. I., Ganz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defensins:+endogenous+antibiotic+peptides+from+human+leukocytes.">Defensins: endogenous antibiotic peptides from human leukocytes.</a> Ciba Foundation Symposium. 171, 276-290 (1992).</li></ol>

Sinir sisteminde bulunan nöropeptitlerin ve endojen peptitlerin doğru tanımlanması, nicelleştirilmesi ve lokalizasyonu, fonksiyonlarını anlamak için çok önemlidir23,24. Kütle spektrometresi, tam olarak sıralanmış bir genomu olmayan organizmalarda bile, tüm bunların gerçekleştirilmesine izin verebilecek güçlü bir tekniktir. Bu protokolün, LC-ESI- ve MALDI- MS'in bir kombinasyonu yoluyla C. sapidus'tan toplanan dokudan nöropeptitleri...

Sinir sistemi karmaşıktır ve bir organizma boyunca sinyalleri iletmek için bir nöron ağı gerektirir. Sinir sistemi duyusal bilgileri ve biyolojik tepkiyi koordine eder. Sinyal iletiminde yer alan karmaşık ve kıvrımlı etkileşimler, nörotransmiterler, steroidler ve nöropeptitler gibi birçok farklı sinyal molekülü gerektirir. Nöropeptitler, strese ve diğer uyaranlara karşı fizyolojik tepkileri aktive etmede kilit rol oynayan en çeşitli ve güçlü sinyal molekülleri olduğundan, bu fizyolojik süreçlerdeki spesifik rollerini belirlemek ilgi çekicidir. Nöropeptit fonksiyonu, hareketliliği, reseptör etkileşimini ve afinite1'i belirleyen amino asit yapıları ile ilgilidir. Nöropeptitler dokunun farklı bölgelerinde sentezlenebildiği, depolanabildiği ve salınabildiği için önemli olan histokimya ve elektrofizyoloji gibi teknikler, nöropeptit yapısını ve fonksiyonunu araştırmak için kullanılmıştır 2,3,4, ancak bu yöntemler nöropeptitlerin geniş dizi çeşitliliğini çözmek için verim ve özgüllük ile sınırlıdır.
Kütle spektrometresi (MS), nöropeptit yapısının ve bolluğunun yüksek verimli analizini sağlar. Bu, farklı MS teknikleriyle, en yaygın olarak sıvı kromatografi-elektrosprey iyonizasyon MS (LC-ESI-MS)5 ve matris yardımlı lazer desorpsiyon / iyonizasyon MS (MALDI-MS) 6 ile gerçekleştirilebilir. Yüksek hassasiyetli kütle ölçümleri ve MS parçalanması kullanan MS, fonksiyonlarını belirlemeye yardımcı olmak için a priori bilgi olmadan karmaşık karışımlardan nöropeptitlere amino asit dizisi ve post-translasyonel modifikasyon (PTM) durumu atama yeteneği sağlar 7,8. Nitel bilgilere ek olarak, MS, etiketsiz kantitasyon (LFQ) veya izotopik veya izobarik etiketleme9 gibi etiket tabanlı yöntemler yoluyla nöropeptitlerin nicel bilgisini sağlar. LFQ'nun başlıca avantajları arasında basitliği, düşük analiz maliyeti ve numune kaybını en aza indirebilecek daha az numune hazırlama adımları sayılabilir. Bununla birlikte, LFQ'nun dezavantajları, çalıştırmadan çalıştırmaya değişkenlikten kaynaklanan nicel hatayı ele almak için birden fazla teknik çoğaltma gerektirdiğinden, artan cihaz zaman maliyetlerini içerir. Bu aynı zamanda küçük varyasyonları doğru bir şekilde ölçme yeteneğinin azalmasına da yol açar. Etiket tabanlı yöntemler, birden fazla numune çeşitli kararlı izotoplar kullanılarak farklı şekilde etiketlenebildiği, tek bir numunede birleştirilebildiği ve aynı anda kütle spektrometresi ile analiz edilebildiği için daha az sistematik varyasyona tabi tutulur. Bu aynı zamanda verimi de artırır, ancak izotopik etiketlerin sentezlenmesi veya satın alınması zaman alıcı ve maliyetli olabilir. Tam tarama kütle spektrumu (MS1) spektral karmaşıklığı, çoklama arttıkça da artar, bu da parçalanabilen ve dolayısıyla tanımlanabilen benzersiz nöropeptitlerin sayısını azaltır. Tersine, izobarik etiketleme, MS1 seviyesinde spektral karmaşıklığı arttırmaz, ancak nöropeptitler gibi düşük bolluktaki analitler için zorluklar getirir. İzobarik kantitasyon, fragman iyon kütle spektrumu (MS2) seviyesinde gerçekleştirildiğinden, düşük bolluktaki nöropeptitler, parçalanma için daha bol miktarda matris bileşenleri seçilebileceğinden ve seçilenler nicelleştirilecek kadar yüksek bolluğa sahip olmayabileceğinden, nicelleştirilemeyebilir. İzotopik etiketleme ile, tanımlanan her peptid üzerinde kantitasyon yapılabilir.
Tanımlama ve nicelleştirmeye ek olarak, lokalizasyon bilgileri MS tarafından MALDI-MS görüntüleme (MALDI-MSI) yoluyla elde edilebilir10. Bir lazeri örnek bir yüzey boyunca rasterleştirerek, MS spektrumları her m / z değeri için bir ısı haritası görüntüsünde derlenebilir. Farklı bölgelerdeki geçici nöropeptit sinyal yoğunluğunun koşullar arasında haritalanması, fonksiyon tayini için değerli bilgiler sağlayabilir11. Nöropeptitlerin lokalizasyonu özellikle önemlidir, çünkü nöropeptit fonksiyonulokalizasyon 12. yere bağlı olarak farklılık gösterebilir.
Nöropeptitler, nörotransmiterler gibi diğer sinyal moleküllerinden in vivo olarak daha düşük bollukta bulunur ve bu nedenle tespit için hassas yöntemler gerektirir13. Bu, lipitler11,14 gibi daha yüksek bolluk matrisi bileşenlerinin çıkarılmasıyla sağlanabilir. Nöropeptitlerin analizi için ek hususlar, yaygın proteomik iş akışlarıyla karşılaştırıldığında yapılmalıdır, çünkü çoğu nöropeptidomik analiz enzimatik sindirimi atlar. Bu, nöropeptit veri analizi için yazılım seçeneklerini sınırlar, çünkü çoğu proteomik verilere ve peptid tespiti tarafından bilgilendirilen protein eşleşmelerine dayanan algoritmalarla oluşturulmuştur. Bununla birlikte, PEAKS15 gibi birçok yazılım, de novo dizileme yetenekleri nedeniyle nöropeptit analizine daha uygundur. Nöropeptitlerin analizinde ekstraksiyon yönteminden MS veri analizine kadar çeşitli faktörlerin göz önünde bulundurulması gerekmektedir.
Burada açıklanan protokoller, numune hazırlama ve dimetil izotopik etiketleme, veri toplama ve nöropeptitlerin LC-ESI-MS, MALDI-MS ve MALDI-MSI ile veri analizi için yöntemleri içerir. Birkaç deneyden elde edilen temsili sonuçlarla, bu yöntemlerin mavi yengeçlerden nöropeptitleri tanımlama, ölçme ve lokalize etme konusundaki yararı ve yeteneği Callinectes sapidus gösterilmiştir. Sinir sistemini daha iyi anlamak için, model sistemler yaygın olarak kullanılmaktadır. Birçok organizma, peptid seviyesinde kapsamlı nöropeptit keşfini önleyen tam olarak sıralanmış bir genoma sahip değildir. Bu zorluğu hafifletmek için, tam genom bilgisi olmayan organizmalar için veritabanları oluşturmak üzere yeni nöropeptitleri ve transkriptom madenciliğini tanımlamak için bir protokol dahil edilmiştir. Burada sunulan tüm protokoller, herhangi bir türden nöropeptit örnekleri için optimize edilebilir ve ayrıca herhangi bir endojen peptidin analizi için uygulanabilir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Chemicals, Reagents, and Consumables</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix</td>
			<td>Supelco</td>
			<td>39319</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A38S-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A955-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Borane pyridine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>179752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker peptide calibration mix</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td>NC9846988</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary</td>
			<td>Polymicro</td>
			<td>1068150019</td>
			<td>to make nanoflow column (75 &#181;m inner diameter x 360 &#181;m outer diameter)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryostat cup</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E6032</td>
			<td>any cup or mold should work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108434</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>252549</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde - D2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>492620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A117-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gelatin</td>
			<td>Difco</td>
			<td>214340</td>
			<td>place in 37 &#176;C water bath to melt</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophobic barrier pen</td>
			<td>Vector Labs</td>
			<td>15553953</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Indium tin oxide (ITO)-coated glass slides</td>
			<td>Delta Technologies</td>
			<td>CB-90IN-S107</td>
			<td>25 mm x 75 mm x 0.8 mm (width x length x thickness)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC-MS vials</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>TFMSCERT5000-30LVW</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol Optima LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A456-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P7793</td>
			<td>Hydrophobic film</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH-Indicator strips</td>
			<td>Supelco</td>
			<td>109450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Red phosphorus clusters</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>343242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reversed phase C18 material</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186002350</td>
			<td>manually packed into nanoflow column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wite-out pen</td>
			<td>BIC</td>
			<td>150810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZipTip</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>Z720070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instruments and Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automatic matrix sprayer system- M5</td>
			<td>HTX Technologies, LLC</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge - 5424 R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>05-401-205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryostat- HM 550</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>956564A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Desiccant</td>
			<td>Drierite</td>
			<td>2088701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>WPI</td>
			<td>501764</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI stainless steel target plate</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td>8280781</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-Lite XLS</td>
			<td>Rainin</td>
			<td>17014391</td>
			<td>200 &#181;L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q Exactive Plus Hybrid Quadrupole-Orbitrap</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFALGMBDK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RapifleX MALDI-TOF/TOF</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpeedVac - SVC100</td>
			<td>Savant</td>
			<td>SVC-100D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Bransonic</td>
			<td>2510R-MTH</td>
			<td>for sonication</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic homogenizer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB120110</td>
			<td>FB120 Sonic Dismembrator with CL-18 Probe</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum pump- Alcatel 2008 A</td>
			<td>Ideal Vacuum Products</td>
			<td>P10976</td>
			<td>ultimate pressure = 1 x 10-4 Torr</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>Corning</td>
			<td>6775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath (37C) - Isotemp 110</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-460-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Analysis Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Expasy</td>
			<td>https://web.expasy.org/translate/</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexAnalysis</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexControl</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlexImaging</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PEAKS Studio</td>
			<td>Bioinformatics Solutions, Inc.</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SCiLS Lab</td>
			<td>https://scils.de/</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SignalP 5.0</td>
			<td>https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tBLASTn</td>
			<td>http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&#38;BLAST_ 
			PROGRAMS=tblastn&#38;PAGE_ 
			TYPE=BlastSearch&#38;SHOW_ 
			DEFAULTS=on&#38;LINK_LOC 
			=blasthome</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

multi-faceted mass spectrometric investigation of neuropeptides in callinectes sapidus

Nöropeptitler, gelişim, üreme, gıda alımı ve dış stresörlere yanıt gibi hemen hemen tüm fizyolojik ve davranışsal süreçleri düzenleyen sinyal molekülleridir. Bununla birlikte, nöropeptitlerin biyokimyasal mekanizmaları ve tam tamamlayıcısı ve fonksiyonel rolleri tam olarak anlaşılamamıştır. Bu endojen peptitlerin karakterizasyonu, bu sinyal molekülleri sınıfındaki muazzam çeşitlilik tarafından engellenir. Ek olarak, nöropeptitler, nörotransmitterlerinkinden 100x - 1000x daha düşük konsantrasyonlarda biyoaktiftir ve sinaptik salınımdan sonra enzimatik bozunmaya eğilimlidir. Kütle spektrometresi (MS), kapsamlı a priori bilgi olmadan analitleri tanımlayabilen, ölçebilen ve lokalize edebilen oldukça hassas bir analitik araçtır. Nöropeptitlerin küresel olarak profillenmesi ve yeni peptitlerin keşfine yardımcı olmak için çok uygundur. Bu peptit sınıfının düşük bolluğu ve yüksek kimyasal çeşitliliği nedeniyle, çeşitli numune hazırlama yöntemleri, MS edinme parametreleri ve veri analizi stratejileri, optimal nöropeptit karakterizasyonuna izin vermek için proteomik tekniklerden uyarlanmıştır. Burada, sıvı kromatografisi (LC)-MS ve matris yardımlı lazer desorpsiyon/iyonizasyonu (MALDI)-MS kullanılarak sekans karakterizasyonu, kantitasyonu ve lokalizasyonu için nöropeptitleri karmaşık biyolojik dokulardan izole etmek için yöntemler tanımlanmıştır. Mavi yengeçten bir nöropeptit veritabanı hazırlamak için bir protokol, kapsamlı genomik bilgiye sahip olmayan bir organizma olan Callinectes sapidus dahil edilmiştir. Bu iş akışları, çeşitli aletler kullanılarak farklı türlerdeki diğer endojen peptit sınıflarını incelemek için uyarlanabilir.

Numune hazırlama ve MS analizi için iş akışı Şekil 1'de gösterilmiştir. Nöronal dokunun diseksiyonundan sonra, nöropeptit örneklerini saflaştırmak için homojenizasyon, ekstraksiyon ve tuzdan arındırma yapılır. İzotopik etiket tabanlı niceleme isteniyorsa, numuneler daha sonra bir kez daha etiketlenir ve tuzdan arındırılır. Elde edilen numune, nöropeptit tanımlama ve nicelleştirme için LC-MS / MS ile analiz edilir.
Proteomik yazılım a...

Watch this Scientific Journal Video about Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus at JoVE.com

Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus

Nöropeptitlerin kütle spektrometrik karakterizasyonu sekans, kantitasyon ve lokalizasyon bilgileri sağlar. Bu optimize edilmiş iş akışı sadece nöropeptit çalışmaları için değil, aynı zamanda diğer endojen peptitler için de yararlıdır. Burada verilen protokoller, LC-ESI-MS, MALDI-MS lekeleme ve MALDI-MS görüntüleme kullanılarak nöropeptitlerin örnek hazırlama, MS edinimi, MS analizi ve veritabanı oluşturmayı açıklamaktadır.

Callinectes sapidus'ta Nöropeptitlerin Çok Yönlü Kütle Spektrometrik Araştırması

Neuropeptides are signaling molecules that regulate almost all physiological and behavioral processes, such as development, reproduction, food intake, and ...

Çoğu proteinden daha küçük, ancak birçok sindirilmiş peptitten daha büyük olan endojen peptitlerin analizi, incelenen bir alandır. Bu protokol, kütle spektrometresi tabanlı iş akışlarında scap'i ele alır. Kütle spektrometresi oldukça hassastır ve ilgilenilen spesifik nöropeptitleri hedeflemek için kullanılabilir veya bir numune içindeki bir dizi nöropeptiti yakalayabilir ve tespit edebilir.Nöropeptit ekspresyonunun kütle spektrometrisi ile kantitasyonu ve lokalizasyonu, peptid terapötiklerinin gelişmesine ve çeşitli hastalıklar için nöropeptit biyobelirteçlerinin keşfine yol açabilir. Nöropeptit ekstraksiyonuna başlamak için kabuklulardan beyin dokusu toplayın ve forseps kullanarak hemen her biri 20 mikrolitre asitlenmiş metanol içeren 0.6 mililitrelik bir tüpe bir doku yerleştirin. Numuneye 150 mikrolitre asitlenmiş metanol ekleyin.Toplam Sonic hasta süresini 24 saniyeye, nabız süresini sekiz saniyeye ayarlayın. Ultrasonik homojenizatörde% 50'ye kadar bir genliği 15 saniyeye kadar duraklatın ve buz üzerindeki örnekleri homojenleştirin. Numuneyi 20 dakika boyunca 20.000 GS'de dört santigrat derecede santrifüj yapın.Bir pipet ile süpernatantı bir tüpe aktarın ve yaklaşık 35 santigrat derecede bir vakum yoğunlaştırıcıda kurutun. Tuzdan arındırma için, ekstrakte edilen doku numunesini 20 mikrolitre% 0.1 formik asit içinde yeniden oluşturun. Çözeltiyi vorteks edin ve bir dakika boyunca oda sıcaklığında bir su banyosunda sonikat yapın.PH'ın dörtten az olduğunu doğrulamak için bir pH şeridine 0,5 mikrolitre numune uygulayın. 30 saniye boyunca dört santigrat derece ve 20.000 GS'de santrifüj. İllüzyon çözeltilerinde ıslatma dengeleme yıkaması hazırlayın.C18 reçine ile 10 mikrolitrelik bir tuz giderme ucu elde edin. Tuz alma ucunu 15 mikrolitreye ayarlanmış 20 mikrolitrelik bir pipete yerleştirin. Ucu ıslatma çözeltisiyle üç kez ve eşit işbirliği çözümüyle üç kez aspire edin.Numunede 10 kez aspirasyon yapın, ardından her yıkamayı atarak yıkama çözeltisinde üç kez yıkayın. Asetonitril'i arttırmak için illüzyon çözeltilerinin her birinde 10 kez aspire ederek süle edin. İma edilen nöropeptitleri bir vakum konsantratöründe kurutun.Kurutulmuş tuzdan arındırılmış nöropeptitleri% 0.1 formik asitten oluşan beş mikrolitre içinde yeniden oluşturur. Çözeltiyi vorteks edin ve bir dakika boyunca oda sıcaklığında bir su banyosunda sonikleştirin. 2000 GS'de kısaca santrifüj. Nöropeptitlerin ve kabuk dokularının lekelenmesi için, hidrofobik bir film üzerine üç mikrolitrelik bir numune damlacığı pipetin.Doğrudan numune damlacığı üzerinde üç mikrolitre DHB matrisi pipetin. Çözeltileri yukarı ve aşağı pipetle çekerek karıştırın. Numunenin bir mikrolitresini ve matris karışımını MALDI paslanmaz çelik hedef plakasının bir kuyucuğuna pipetleyin ve her karışımı numune kuyusunun kenarlarına yaymak için pipet ucunu kullanın.Bir mikrolitre bire bir kalibre ve matris karışımını numunenin yakınındaki bir kuyuya yerleştirin. Kurutulmuş numune noktaları içeren hedef plakayı MALDI tandem uçuş süresi cihazına yerleştirin. DHB matrisi ile lazer gücünü% 95'e ayarlayın Otomatik optimum dedektör kazancını ve akıllı komple numune taşıyıcı hareket modunu seçin.MS Spektrumlarını Z üzerinden 200 ila 3.200 M aralığında elde edin ve nöropeptit sinyalini gürültü oranına yükseltmek için her noktadan çoklu spektrumları bir araya getirin. Yarım kriyostat bardağını jelatinle doldurun ve oda sıcaklığında katılaşmasını bekleyin. Artık sıvı jelatini 37 santigrat derece su banyosunda sıcak tutun.İstenilen nöronal dokuyu hayvandan toplayın ve dokuyu derhal bir saniye boyunca deiyonize su içeren 0.6 mililitrelik bir tüpe batırmak için forseps kullanın. Dokuyu katı jelatinin üzerine yerleştirin ve kriyostat kabının geri kalanını sıvı jelatinle doldurun. Dokuyu konumlandırmak için forseps kullanın.Kriyostat kabını düz bir yüzeye yerleştirin ve kuru buzla dondurun. Kesitleme hazırlığı için, jelatin gömülü numuneyi, kalıbı keserek kriyostat kalıbından ayırın. Gömülü dokuyu, bir mililitrelik deiyonize su damlacığını mandren üzerine pipetleyerek ve gömülü dokuyu hemen damlacık üzerine bastırarak bir kriyostat mandren üzerine monte edin.Dondurulmuş pipet bir kez, mandrene daha fazla sabitlemek için dokunun etrafında daha fazla deiyonize su. Dokuyu bir hücrenin yaklaşık kalınlığında kesitleyin. Başparmak, slaytın bir tarafını bölümün yanına yerleştirerek ve camı yavaşça ısıtmak ve bölümün slayda yapışmasını sağlamak için parmağınızı slaytın diğer tarafına yerleştirerek her bölümü İndiyum kalay oksit kaplı bir cam slayt üzerine monte edin.De Novo sadece peptitleri ihraç edin. Ortalama yerel güven puanı 75'ten büyük veya ona eşit olan zirvelerden CSV. Belirli nöropeptit ailelerine ait nöropeptitlerin göstergesi olan bilinen dizi motifleri için peptid listesini arayın.İlgilendiğiniz bilinen bir pro-pro öncesi hormon amino asit dizisini seçin ve bir veritabanına karşı pro-pro öncesi hormon dizisini sorgulamak için TB blast N'yi kullanın. Hedef organizmayı seçin ve düşük puan hizalamalarını içerecek şekilde beklenen eşik algoritması parametrelerini 1000 olarak değiştirin. Patlama programını çalıştırın ve ardından önemli hizalamalar üreten sorgu ve konu dizileri arasında yüksek homoloji puanları için sonuçları kontrol edin.Nükleotid dizisini içeren FASTA dosyasını kaydedin. Expasy çeviri aracını kullanarak pro-pro öncesi hormon nükleotid dizisini pro-öncesi hormon peptid dizilerine çevirin. Callinectes sapidus için genetik kod için omurgasız mitokondriyal seçin ve aracı çalıştırın.Sinyal P.Bu, maksimum 0.02 Dalton limiti olan düşük bir fragman kütle hatasında% 100 dizi kapsamı ile tanımlanan bir nöropeptidin parçalanma spektrumudur. Burada% 100 sekans kapsamı ile de tanımlanan bir nöropeptitin spektrumu, ancak düşük sayıda fragman iyonu ile, bu nedenle tanımlamanın güveni düşüktür. Bunlar, iki ayrı ve ardışık çalışmada tanımlanan tek bir nöropeptit için ekstrakte edilen iyon kromatogramlarıdır.Saklama süresi biraz farklı olsa da, zaman kayması bir dakikadan az olduğu için etiketsiz niceleme için bu hala kullanılabilir. Bu, nöropeptidin hafif ve ağır formları arasında 4.025 Dalton kütle kayması ile sonuçlanan Dimetil etiketli bir nöropeptit içeren tam tarama kütle spektrumunun bir örneğidir. Bir De Novo dizili peptidin fragman iyonu kütle spektrumu, 0.02 Dalton'luk düşük bir kütle hatasıyla her amino asit için B ve veya Y fragman iyonunun gözlendiği iyi parçalanma kapsamını gösterir.Bu, kabuklu RYMI nöropeptit ailesine ait endojen bir peptidin gözlendiğini göstermektedir. Kuyu gravürünün tüm kenarlarına dokunan iyi noktaların örnekleri solda gösterilmiştir. Ve kötü noktaların örnekleri sağda gösterilmiştir.Kalinectes sapidus dokularından nöropeptitlerin MALDI MS görüntülemesinden sonra, farklı nöropeptitlere karşılık gelen çeşitli M over Z değerlerinin iyon dağılım görüntüleri elde edildi. Belirli bir analiz tipi için ekstraksiyon çözücü optimizasyonu çok önemlidir. Ayrıca tam homojenizasyonun gerçekleştiğinden emin olun ve yöntemi gerektiği gibi ayarlayın.Çıkarılmazsa aşağı yönde hiçbir şey algılanmaz. Bu teknik, potansiyel biyobelirteçler olarak daha fazla araştırılabilecek önemli nöropeptitlerin temel bir listesini sağlayabilir ve ayrıca antikorlara ihtiyaç duymadan hedeflenmemiş lokalizasyon bilgisi sağlayabilir.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry (UPLC-HRMS)

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS

Ultra Performanslı Sıvı Kromatografi-Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometre (UPLC-HRMS) kullanarak Biyolojik Kaynaklar gelen hedefsiz Metabolomik

Here we present a workflow to analyze the metabolic profiles for biological samples of interest including; cells, serum, or tissue. The sample is first ...

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight (MALDI-TOF) Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight MALDI-TOF Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

Uçuş lazer desorpsiyon / iyonizasyon zaman sağlam proteinler (MALDI-TOF) kütle spektrometrik analizi Matris destekli daha büyük 100 kDa

Effectively determining masses of proteins is critical to many biological studies (e.g. for structural biology investigations). Accurate mass ...

Mass Spectrometric Approaches to Study Protein Structure and Interactions in Lyophilized Powders

Kitle Spektrometrik Liyofilize Toz Protein Yapısı ve Etkileşimler Eğitim Yaklaşımları

Amide hydrogen/deuterium exchange (ssHDX-MS) and side-chain photolytic labeling (ssPL-MS) followed by mass spectrometric analysis can be valuable for ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Enzimatik, kimyasal (Metilasyon) ve Fiziksel (Kütle Spektrometre, Nükleer Manyetik Rezonans) Teknikleri Kullanarak Bitki Duvar heteroksilanlar sıralanması

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

HKUST-1 as a Heterogeneous Catalyst for the Synthesis of Vanillin

HKUST-1 vanilin Sentezi için bir heterojen katalizör halinde

Vanillin (4-hydoxy-3-methoxybenzaldehyde) is the main component of the extract of vanilla bean. The natural vanilla scent is a mixture of approximately ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

İkincil Nanoelectrospray iyonlaşma kullanarak gerçek zamanlı nefes analiz için yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi birleştiğinde

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

A Two-Step Pyrolysis-Gas Chromatography Method with Mass Spectrometric Detection for Identification of Tattoo Ink Ingredients and Counterfeit Products

Dövme mürekkebi maddeleri ve taklit ürünlerin tanımlanması için kütle spektrometrik tespiti ile Iki adımlı Pyrolysis-Gas Kromatografi yöntemi

Tattoo inks are complex mixtures of ingredients. Each of them possesses different chemical properties which have to be addressed upon chemical analysis. ...

In situ FTIR Spectroscopy as a Tool for Investigation of Gas/Solid Interaction: Water-Enhanced CO2 Adsorption in UiO-66 Metal-Organic Framework

In situ FTIR Spectroscopy as a Tool for Investigation of Gas/Solid Interaction: Water-Enhanced CO2 Adsorption in UiO-66 Metal-Organic Framework

In situ Gaz/Katı Etkileşiminin Araştırılmasında Bir Araç Olarak FTIR Spektroskopisi: UiO-66 Metal-Organik Çerçevede Suyla Geliştirilmiş CO2 Adsorpsiyonu

In situ infrared spectroscopy is an inexpensive, highly sensitive, and selective valuable tool to investigate the interaction of polycrystalline solids ...

Cell-Lineage Guided Mass Spectrometry Proteomics in the Developing (Frog) Embryo

Cell-Lineage Guided Mass Spectrometry Proteomics in the Developing Frog Embryo

Gelişmekte Olan (Kurbağa) Embriyoda Hücre-Soy Kılavuzlu Kütle Spektrometrisi Proteomikleri

Characterization of molecular events as cells give rise to tissues and organs raises a potential to better understand normal development and design ...