Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
Transcript
Målet med denne protokol er at afsløre strukturel dynamik af endimensionel diffusion af protein langs DNA ved hjælp af en plantetranskriptionsfaktor WRKY domæneprotein som et eksemplarisk system. De atomare simuleringer under Markov-statsmodelkons
Sign in or start your free trial to access this content
Målet med denne protokol er at afsløre strukturel dynamik af endimensionel diffusion af protein langs DNA ved hjælp af en plantetranskriptionsfaktor WRKY domæneprotein som et eksemplarisk system. For at gøre dette er både atomistiske og grovkornede molekylære dynamiksimuleringer sammen med omfattende beregningsprøver blevet implementeret.