Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
Transcript
Het doel van dit protocol is om de structurele dynamiek van eendimensionale diffusie van eiwit langs DNA te onthullen, met behulp van een plantaardig transcriptiefactor WRKY-domeineiwit als een voorbeeldig systeem. De atoomsimulaties onder de Mark
Sign in or start your free trial to access this content
Het doel van dit protocol is om de structurele dynamiek van eendimensionale diffusie van eiwit langs DNA te onthullen, met behulp van een plantaardig transcriptiefactor WRKY-domeineiwit als een voorbeeldig systeem. Om dit te doen, zijn zowel atomistische als grofkorrelige moleculaire dynamicasimulaties samen met uitgebreide computationele bemonsteringen geïmplementeerd.