Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
Transcript
מטרת פרוטוקול זה היא לחשוף דינמיקה מבנית של דיפוזיה חד-ממדית של חלבון לאורך דנ"א, תוך שימוש בחלבון מקדם שעתוק צמחי WRKY כמערכת מופתית. ההדמיות האטומיות תחת בניית מודל מצב מרקוב חושפות תנועות דריכה של 1-bp של חלבון לאורך דנ"א בפרטים אטומיים. בעוד ה
Sign in or start your free trial to access this content
מטרת פרוטוקול זה היא לחשוף דינמיקה מבנית של דיפוזיה חד-ממדית של חלבון לאורך דנ"א, תוך שימוש בחלבון מקדם שעתוק צמחי WRKY כמערכת מופתית. לשם כך יושמו הן סימולציות של דינמיקה מולקולרית אטומיסטית והן של דינמיקה מולקולרית גסה, יחד עם דגימות חישוביות נרחבות.