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•
09:17 min
March 1st, 2022
DOI :
10.3791/63406-v
Chapters
0:04
Introduction
0:45
Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
Transcript
このプロトコールの目標は、植物転写因子WRKYドメインタンパク質を例示的な系として用いて、DNAに沿ったタンパク質の1次元拡散の構造ダイナミクスを明らかにすることである。マルコフ状態モデル構築の下での原子シミュレーションは、DNAに沿ったタンパク質の1-bpステップ運動を原子の詳細で明らかにする。一方、粗粒度のシミュレーションは、DNAに沿って10bpsを超えるタンパク質のプロセス拡散のサンプリングに焦点を当てています。
まず、10 マイクロ秒の全原子 MD 軌道を使用して、1
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Summary
このプロトコールの目標は、植物転写因子WRKYドメインタンパク質を例示的な系として用いて、DNAに沿ったタンパク質の1次元拡散の構造ダイナミクスを明らかにすることである。これを行うために、原子論的および粗粒度の分子動力学シミュレーションと広範な計算サンプリングの両方が実装されています。
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