Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
Transcript
Målet med denne protokollen er å avdekke strukturell dynamikk i endimensjonal diffusjon av protein langs DNA, ved hjelp av en plantetranskripsjonsfaktor WRKY-domeneprotein som et eksemplarisk system. Atomsimuleringene under Markov-tilstandsmodellk
Sign in or start your free trial to access this content
Målet med denne protokollen er å avdekke strukturell dynamikk i endimensjonal diffusjon av protein langs DNA, ved hjelp av en plantetranskripsjonsfaktor WRKY-domeneprotein som et eksemplarisk system. For å gjøre dette er både atomistiske og grovkornede molekylære dynamikksimuleringer sammen med omfattende beregningsprøver implementert.