Name: f&#246;rster resonance energy transfer mapping: a new methodology to elucidate global structural features
Uploaded: 2022-03-16T13:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about FÃ¶rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features at JoVE.com

تم دعم هذا العمل من خلال منحة المعاهد الوطنية للصحة R15GM135904 (الممنوحة ل IM) ومنحة المعاهد الوطنية للصحة GM110552 (الممنوحة ل DBO).

1. اختيار مواقع وضع العلامات
<ol><li>حدد ما لا يقل عن ثلاثة مواقع محتملة لوضع العلامات لتثليث موقع الربط المفترض على هياكل البروتين الحالية. في هذه الحالة ، تم تحديد SecA و SecYEG و preprotein المرتبطة ب SecA من خلال الاندماج الجيني2.<ol>
<li>اختر مواقع وضع العلامات ضمن 25-75 Å من موقع الرب?...

من خلال استخدام منهجية رسم الخرائط FRET ، حددنا موقع ربط تسلسل الإشارة على بروتين SecA. الأهم من ذلك ، أن وجود بنية بلورية 3-D للمجمع سهل دراستنا بشكل كبير. تكمن قوة منهجية رسم الخرائط هذه في القدرة على استخدام هيكل موجود لتحديد المواقع لوضع العلامات. لا يمكن استخدام هذه المنهجية لتحديد هيكل 3-D. و...

بالنسبة للبروتينات ، يؤدي توضيح الديناميكيات إلى جانب المعرفة الهيكلية ثلاثية الأبعاد (3-D) إلى فهم معزز للعلاقات بين البنية والوظيفة للأنظمة الجزيئية الحيوية. تلتقط الطرق الهيكلية ، مثل علم البلورات بالأشعة السينية والمجهر الإلكتروني المبرد ، بنية ثابتة وغالبا ما تتطلب تحديد هياكل متعددة لتوضيح جوانب ربط الجزيئات الحيوية وديناميكياتها1. تتناول هذه المقالة طريقة قائمة على الحلول لتعيين العناصر الهيكلية العالمية، مثل مواقع الربط أو تفاعلات الربط، التي يحتمل أن تكون أكثر عابرة وأقل سهولة في التقاطها بواسطة الطرق الثابتة. الأنظمة المرشحة القوية لهذه المنهجية هي تلك التي تم فيها تحديد بنية 3-D مسبقا بواسطة علم البلورات بالأشعة السينية أو التحليل الطيفي للرنين المغناطيسي النووي أو الطرق الهيكلية الأخرى. في هذه الحالة ، نستفيد من البنية البلورية للأشعة السينية لمجمع SecA-SecYEG ، وهو لاعب مركزي في مسار الإفراز العام للبروتين ، لرسم خريطة لموقع ربط ببتيد الإشارة باستخدام نقل طاقة الرنين Förster (FRET) قبل نقل البروتين المسبق عبر الغشاء2. إن التلاعب بالنظام البيولوجي من خلال التعديلات الجينية إلى جانب معرفتنا بالبنية ثلاثية الأبعاد مكن من تحديد تشكيل تسلسل الإشارة والمنطقة الناضجة المبكرة مباشرة قبل إدخالها في القناة 3.
يتضمن FRET نقل الطاقة بدون إشعاع من جزيء واحد (مانح) إلى آخر (متقبل) بطريقة تعتمد على المسافة التي تتم عبر الفضاء 4,5. يتم رصد كفاءة هذا النقل إما من خلال انخفاض في المتبرع أو زيادة في كثافة التألق المتقبل. يمكن وصف كفاءة نقل الطاقة بأنها
E = R 0 6/(R0 6 + R 6)
حيث تكون قيمة R0 هي المسافة التي يكون فيها النقل فعالا بنسبة 50٪6. وقد وصفت هذه التقنية سابقا بأنها مسطرة جزيئية وهي فعالة في تحديد المسافات في نطاق 2.5-12 نانومتر، اعتمادا على هوية الأصباغ المتقبلة المانحة4،7،8،9. تسمح كثافة التألق المانحة وعمرها الافتراضي مع أو بدون المتقبل بتحديد كفاءات النقل وبالتالي ، المسافات 5,8. نظرا لتوافر التكنولوجيا ، وحساسية الطريقة ، وسهولة الاستخدام ، وجدت FRET أيضا تطبيقا واسعا في مجالات مثل التحليل الطيفي الفلوري أحادي الجزيء والمجهر البؤري6. ظهور البروتينات الفلورية مثل بروتين الفلورسنت الأخضر جعل ملاحظة الديناميكيات داخل الخلايا وتصوير الخلايا الحية سهلة نسبيا10,11. تتم مناقشة العديد من تطبيقات FRET مثل هذه بالتفصيل في هذه المشكلة الافتراضية.
في هذه الدراسة ، نركز بشكل خاص على استخدام قياسات FRET لإنتاج قيم المسافة لتحديد التفاصيل الهيكلية. في السابق ، تم استخدام قياسات FRET بشكل فعال لتحديد تكوين جزيئات الحمض النووي عند ارتباطها بالبروتين 12،13،14 ، والديناميات الداخلية للبروتينات ، وتفاعلات ربط البروتين15،16،17. تكمن مزايا هذه الطريقة في القدرة على تحديد العناصر الهيكلية المرنة والديناميكية في حل بكميات منخفضة نسبيا من المواد. بشكل ملحوظ ، هذه الطريقة فعالة بشكل خاص عند استخدامها بالاقتران مع المعلومات الهيكلية الموجودة ولا يمكن استخدامها كوسيلة لتحديد هيكل 3-D. توفر هذه الطريقة أفضل رؤية وصقل للهيكل إذا كان العمل يعتمد على المعلومات الهيكلية الموجودة غالبا ما يقترن بالمحاكاة الحسابية18,19. هنا ، يتم وصف استخدام المسافات التي تم الحصول عليها من قياسات FRET ذات الحالة الثابتة والوقت المحدد لرسم خريطة لموقع ربط ، لم يكن موقعه معروفا ، على بنية بلورية موجودة لمجمع SecA-SecYEG ، البروتينات الرئيسية في مسار الإفراز العام3.
يتوسط مسار الإفراز العام ، وهو نظام محفوظ للغاية من بدائيات النوى إلى حقيقيات النوى إلى العتائق ، نقل البروتينات إما عبر الغشاء أو داخله إلى موقعها الوظيفي في الخلية. بالنسبة للبكتيريا سالبة الجرام ، مثل الإشريكية القولونية ، الكائن الحي المستخدم في دراستنا ، يتم إدخال البروتينات في الغشاء الداخلي أو نقله عبر الغشاء الداخلي إلى periplasm. ينسق مجمع قناة SecY البكتيري (المسمى translocon) مع البروتينات الأخرى لنقل البروتين المركب حديثا ، والذي يتم توجيهه إلى موقعه الصحيح في الخلية من خلال تسلسل إشارة يقع عادة في N-terminus20,21. بالنسبة للبروتينات المرتبطة بالبيريبلازما ، يرتبط بروتين ATPase SecA بنفق خروج الريبوسوم ، ومع البروتين المسبق بعد ترجمة ما يقرب من 100 بقايا22. جنبا إلى جنب مع بروتين SecB chaperone ، فإنه يحافظ على البروتين المسبق في حالة غير مطوية. يرتبط SecA ب SecYEG translocon ، ومن خلال العديد من دورات التحلل المائي ATP ، يسهل نقل البروتين عبر الغشاء23,24.
SecA هو بروتين متعدد المجالات موجود في أشكال الخلايا والمرتبطة بالغشاء. بروتين متجانس في السيتوسول ، يتكون SecA من مجال ربط ما قبل البروتين أو الربط المتقاطع25 ، ومجالين مرتبطين بالنيوكليوتيدات ، ومجال جناح حلزوني ، ومجال سقالة حلزونية ، وإصبعين حلزوني (THF) 26،27،28،29 (الشكل 1). في الدراسات البلورية السابقة لمجمع SecA-SecYEG ، اقترح موقع THF أنه شارك بنشاط في نقل البروتين والتجارب اللاحقة للربط المتبادل مع ببتيد الإشارة ، مما زاد من أهمية هذه المنطقة في نقل البروتين30,31. أظهرت الدراسات السابقة ، باستخدام منهجية رسم الخرائط FRET ، أن ببتيدات الإشارة الخارجية ترتبط بهذه المنطقة من SecA 2,32. لفهم كامل لتكوين وموقع تسلسل الإشارة والمنطقة الناضجة المبكرة للبروتين المسبق قبل إدخاله في قناة SecYEG ، تم إنشاء وهم البروتين الذي تم فيه ربط تسلسل الإشارة وبقايا المنطقة الناضجة المبكرة ب SecA من خلال رابط Ser-Gly (الشكل 1). باستخدام هذا البناء القابل للحياة بيولوجيا ، ثبت كذلك أن تسلسل الإشارة والمنطقة الناضجة المبكرة من البروتين المسبق ترتبط ب THF بطريقة متوازية2. وفي وقت لاحق، استخدمت منهجية رسم الخرائط FRET لتوضيح تشكيل وموقع تسلسل الإشارة والمنطقة الناضجة المبكرة في وجود SecYEG كما هو موضح أدناه3.
سمحت لنا معرفة الهيكل ثلاثي الأبعاد لمجمع SecA-SecYEG 33,34,35 والموقع المحتمل لموقع الربط بوضع ملصقات المانحين والمتقبلين بحكمة في المواقع التي يحدد فيها تقاطع مسافات FRET الفردية موقع موقع الربط. كشفت قياسات رسم الخرائط FRET هذه أن تسلسل الإشارة والمنطقة الناضجة المبكرة من البروتين المسبق يشكلان دبوس شعر مع وجود الطرف عند فم قناة SecYEG ، مما يدل على أن بنية دبوس الشعر يتم تشكيلها قبل إدخال القناة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>490 nm LED laser</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>1684-LED</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 C2 Maleimide//DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>A20347</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Difco</td>
			<td>DF0812</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 C5 Maleimide/DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>A10254</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>S10904</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>S10906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra&#173;4 Centrifugal filter (50kDa MWCO)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>UFC805008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dodecylmaltoside (DDM)</td>
			<td>Anatrace</td>
			<td>D310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli alkaline phosphatase signal peptide SP22</td>
			<td>Biomolecules Midwest</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Synthesized custom item</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>extended signal peptide SP41</td>
			<td>Biomolecules Midwest</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Synthesized custom item</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FluorEssence</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>version 2.4</td>
			<td>spectral acquisition program for Fluoromax4 spectrofluorometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoromax 4 spectrofluorometer</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GlobalsWE</td>
			<td>Laboratory for Fluorescence Dynamics, University of California, Irvine</td>
			<td></td>
			<td>spectral analysis program for time-resolved decays</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H&#173;4&#173;Azido&#173;Phe&#173;OH</td>
			<td>BACHEM</td>
			<td>4020250.0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB (Miller) Broth</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP9723</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ludox HS-40 colloidal silica (40 wt.% suspension in H2O)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>420816</td>
			<td>dilution is needed to make a proper scattering solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTI Felix GX</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>version 4.1.0.4096</td>
			<td>spectral acquisition program for PTI Time Master Instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTI Time Master Instrument</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pymol Molecular Graphics Program</td>
			<td>Schrodinger</td>
			<td>version 2.4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>NESLAB RTE 10</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

f&#246;rster resonance energy transfer mapping: a new methodology to elucidate global structural features

نقل طاقة الرنين Förster (FRET) هي طريقة راسخة قائمة على التألق تستخدم لقياس المسافات بنجاح في الجزيئات الحيوية وبينها في المختبر وكذلك داخل الخلايا. في FRET ، ترتبط كفاءة نقل الطاقة ، التي تقاس بالتغيرات في شدة التألق أو العمر الافتراضي ، بالمسافة بين جزيئين أو ملصقات فلورية. إن تحديد الديناميكيات والتغيرات التوافقية من المسافات ليست سوى بعض الأمثلة على تطبيقات هذه الطريقة على الأنظمة البيولوجية. في ظل ظروف معينة ، يمكن لهذه المنهجية أن تضيف إلى الهياكل البلورية الحالية للأشعة السينية وتعززها من خلال توفير معلومات تتعلق بالديناميكيات والمرونة والتكيف مع الأسطح الملزمة. نحن نصف استخدام FRET وتحديد المسافة المرتبطة به لتوضيح الخصائص الهيكلية ، من خلال تحديد موقع ربط أو اتجاهات الوحدات الفرعية dimer. من خلال الاختيار الحكيم لمواقع وضع العلامات ، وغالبا ما نستخدم استراتيجيات متعددة لوضع العلامات ، نجحنا في تطبيق طرق رسم الخرائط هذه لتحديد الخصائص الهيكلية العالمية في مجمع البروتين والحمض النووي ونظام نقل البروتين SecA-SecYEG. في نظام SecA-SecYEG ، استخدمنا طرق رسم خرائط FRET لتحديد موقع ربط ما قبل البروتين وتحديد التشكيل المحلي لمنطقة تسلسل الإشارة المرتبطة. تحدد هذه الدراسة خطوات إجراء دراسات رسم الخرائط FRET ، بما في ذلك تحديد مواقع وضع العلامات المناسبة ، ومناقشة الملصقات المحتملة بما في ذلك بقايا الأحماض الأمينية غير الأصلية ، وإجراءات وضع العلامات ، وكيفية إجراء القياسات ، وتفسير البيانات.

ركزت هذه الدراسة على تحديد موقع ربط ما قبل البروتين على SecA قبل إدخال البروتين المسبق في قناة SecYEG. لرسم خريطة لموقع الربط ، تم إجراء تجارب FRET بين مناطق مختلفة من البروتين المسبق وثلاثة مواقع متميزة على بروتينات SecA و SecYEG (الشكل 1A-D). من المسافات التي تم الحصول...

Watch this Scientific Journal Video about FÃ¶rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features at JoVE.com

F&#246;rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features

تفصل الدراسة منهجية رسم خرائط FRET بما في ذلك اختيار مواقع وضع العلامات ، واختيار الأصباغ ، والاقتناء ، وتحليل البيانات. هذه المنهجية فعالة في تحديد مواقع الربط ، والتغيرات التوافقية ، والحركات الديناميكية في أنظمة البروتين وهي مفيدة للغاية إذا تم تنفيذها بالاقتران مع المعلومات الهيكلية 3-D الحالية.

رسم خرائط نقل الطاقة بالرنين Förster: منهجية جديدة لتوضيح الميزات الهيكلية العالمية

F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) is an established fluorescence-based method used to successfully measure distances in and between ...

لقد طورنا منهجية رسم خرائط FRET التي تسمح بتحديد وتوصيف مواقع ربط الليغاند ، واتجاه الوحدة الفرعية ، والتغيرات التوافقية المرتبطة بربط الليغاند ، والحركات الديناميكية للبروتينات. ميزة هذه التقنية هي أنه يمكن إجراؤها في محلول ويمكن للجزيئات التحرك بحرية. المسافات التي تقاس بهذه التقنية مناسبة للأنظمة البيولوجية.FRET قابل للتطبيق على نطاق واسع على العديد من الأنظمة. يعزز رسم الخرائط رصد التغيرات الهيكلية والديناميكية في أي نظام جزيئي حيوي ، وهو فعال بشكل خاص إذا كانت هناك معلومات هيكلية ثلاثية الأبعاد. بعد تنقية البروتين ، فإن الجزء الأصعب هو وضع العلامات بكفاءة عالية ، وإزالة الصبغة الحرة.بالنسبة للتجارب ، من المفيد الحصول على أقل قدر ممكن من الصبغة الحرة. للبدء ، اختر مواقع وضع العلامات في غضون 25 إلى 75 أنغستروم من موقع الربط العقابي ، وفي المناطق الثابتة نسبيا من البروتين. ستحدد المسافة زوج صبغة FRET المحدد الذي سيتم استخدامه.حدد مواقع وضع العلامات في مناطق البروتين المتميزة نسبيا عن بعضها البعض. لذلك تصف المواقع رؤوس المثلث ، مع موقع الربط العقابي الموجود في الوسط. لقياس قيم R0 ، اعتمادا على حجم وحجم cuvette المطلوب ، قم بإعداد عينتين من البروتين بنفس تركيز البروتين الكلي.واحد مع البروتين المسمى مع صبغة المتبرع فقط ، وواحد مع البروتين المسمى مع صبغة المتقبل فقط. قم بتشغيل مقياس الفلورومتر وافتح برنامج الاستحواذ الطيفي والتحليل في برنامج FluorEssence ، إذا كنت تستخدم مقياس الطيف الفلوري. انقر فوق M الأحمر لتوصيل الكمبيوتر بالجهاز واختر أطياف الانبعاثات.أدخل معلمات المسح الضوئي باستخدام عنصر قائمة تجميع التجربة، مثل الطول الموجي للإثارة، ونطاق فحص الانبعاثات، ودرجة الحرارة، وتغيير موضع العينة. انقر فوق RTC وإعدادات الأداة المحسنة كما هو موضح في المخطوطة ، من خلال مراقبة انبعاث التألق في الذروة باستخدام طول موجي مثير محدد عند الحد الأقصى لامتصاص الصبغة. ضع عينة البروتين المصنفة من قبل المتبرع في حامل العينة، وانقر فوق تشغيل لإنشاء مسح انبعاث للبروتين الموسوم بصبغة المتبرع فقط، عن طريق إثارة العينة عند الحد الأقصى لامتصاص الصبغة، والمسح الضوئي فوق ذروة الانبعاثات.حدد خط أساس للفحص عن طريق تمديد المسح الضوئي عند 25 إلى 50 نانومتر بعد نهاية الذروة. قياس العائد الكمومي للبروتين المتبرع فقط عن طريق إجراء قياسات الامتصاص والتألق على عينات بتركيزات مختلفة ، كما هو موضح في مخطوطة النص. قم بإعداد البروتين المانح فقط ، والبروتين المتقبل فقط ، وعينات البروتين المتبرع المتقبل ، بنفس التركيز.احصل على المسح الضوئي للمتبرع فقط لتوليد أطياف الانبعاثات الفلورية. قم بإثارة المحلول عند الحد الأقصى لامتصاص صبغة المتبرع ، ومسح قمم الانبعاثات لدى المتبرع والمتقبل. إما تبادل العينة إلى البروتين المتقبل فقط ، أو تغيير العينة تغيير موقعك إلى كوفيت يحتوي على البروتين المتقبل فقط.احصل على فحص انبعاث للبروتين الموسوم بصبغة المستقبل فقط. إثارة العينة عند الطول الموجي للإثارة المانحة. استبدل العينة بعينة البروتين بين المتبرع والمتقبل أو غير العينة غير موضعك إلى الكوفيت الذي يحتوي على البروتين المسمى بالمتبرع والمتقبل.احصل على فحص انبعاث لعينة البروتين من المتبرع المتقبل باستخدام نفس الإعدادات. بالنسبة لجميع الأطياف، قم بتصحيح تألق الخلفية عن طريق طرح أعداد الخلفية التي تم قياسها في نهاية الفحص. استخدم برنامج عرض رسومي 3D مثل PyMOL لتعيين المسافات على الهيكل ، عن طريق إدخال الأوامر مباشرة من البرنامج النصي في نافذة الأوامر مع معلومات المسافة المناسبة.قم بإنشاء غلاف لكل مسافة تم قياسها ، والخطأ المقترن. قم بتعيين الموقع من خلال تقاطع الأصداف المختلفة. تم تعيين موقع ربط ببتيد الإشارة باستخدام ثلاثة مواقع مختلفة على SecA و SecYEG ، وأربعة مواقع مختلفة على ببتيد الإشارة.تقوم تجارب FRET بين مناطق مختلفة من ما قبل البروتين وثلاثة مواقع متميزة على بروتينات SecA و SecYEG بتعيين موقع واتجاه ربط ما قبل البروتين. تم تحديد موقع الربط العقابي لببتيد الإشارة سابقا على أنه إصبع الحلزوني الثنائي ، واقترح ذيل SecA C-terminal اتجاها موازيا لإصبع الحلزون. تم الحصول على أطياف FRET ذات الحالة الثابتة بين SecA37 و PhoA2 و PhoA22.يشير الانخفاض في كثافة المتبرع إلى أن الطاقة الأكبر تنتقل من PhoA22. بالنسبة إلى موقع PhoA2 ، الذي يقع بعيدا عن SecA37. أظهرت أطياف الاضمحلال الفلوري التي تم حلها عبر الزمن أن مجمع المتبرع المتقبل لديه اضمحلال متجانس أقصر بما يتفق مع نقل الطاقة المرتبط بمسافة واحدة.أظهرت قذائف مسافة FRET التي تم بناؤها بين بقايا SecA PhoA2 ، والمواقع المثلثة ، أن كل قذيفة تتقاطع مع إصبع الحلزون الثنائي ، موقع الربط المفترض ، والذي يظهر باللون الأخضر. المنطقة المتقاطعة أصغر من كل قشرة FRET وتشمل مساهمة كبيرة من السقالة الحلزونية. تصف قذائف مسافة FRET المحددة بين بقايا PhoA2 والمواقع المصنفة ، منطقة أصغر تقع بالقرب من طرف إصبع الحلزون وفم قناة SecYEG.تقع هذه المنطقة المتقاطعة في الطرف الآخر من إصبع الحلزون الثنائي من PhoA2. تتضمن الأشياء المهمة التي يجب مراعاتها الاختيار السليم لمواقع وضع العلامات لتثليث منطقة الاهتمام ، وقياس الغلة الكمومية لكل موقع ، وإزالة جميع الصبغة الحرة. تتوافق هذه الطريقة مع المعلومات الهيكلية التي تم الحصول عليها بطرق مثل الرنين المغناطيسي النووي أو علم البلورات بالأشعة السينية.عندما يتم وضع نتائج FRET في سياق هيكلي ، يمكن أن تعزز المعلومات الموجودة.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

البروتين مجمع القبض على الانجذاب من خلايا الثدييات Cryomilled

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

باستخدام سقالة الليبوزومات لإعادة تفاعلات البروتين البروتين، الدهون القريب<em&gt; في المختبر</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Atomic Scale Structural Studies of Macromolecular Assemblies by Solid-state Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

الحجم الذري الدراسات الهيكلية للتجميعات الجزيئات بالتحليل الطيفي الرنين المغناطيسي النووي الصلبة

Supramolecular protein assemblies play fundamental roles in biological processes ranging from host-pathogen interaction, viral infection to the ...

Quantitative Immunofluorescence to Measure Global Localized Translation

الفلورة الكمية لقياس عالمية مترجمة ترجمة

The mechanisms regulating mRNA translation are involved in various biological processes, such as germ line development, cell differentiation, and ...

Electrochemical Detection of Deuterium Kinetic Isotope Effect on Extracellular Electron Transport in Shewanella oneidensis MR-1

Electrochemical Detection of Deuterium Kinetic Isotope Effect on Extracellular Electron Transport in Shewanella oneidensis MR-1

الكهروكيميائية "الكشف من الديوتريوم الحركية النظائر تأثير النقل الإلكترون خارج الخلية" في أونيدينسيس شيوانيلا السيد-1

Direct electrochemical detection of c-type cytochrome complexes embedded in the bacterial outer membrane (outer membrane c-type cytochrome complexes; OM ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

استخدام الأنابيب الفلورية الرنين نقل الطاقة لدراسة ديناميات البروتين المجمعات في مقياس زمني ميلي ثانية

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...

Removal and Replacement of Endogenous Ligands from Lipid-Bound Proteins and Allergens

إزالة واستبدال الليغندات الذاتية من البروتينات والمواد المسببة للحساسية المرتبطة بالدهون

Many major allergens bind to hydrophobic lipid-like molecules, including Mus m 1, Bet v 1, Der p 2, and Fel d 1. These ligands are strongly retained and ...

NMR-Based Fragment Screening in a Minimum Sample but Maximum Automation Mode

فحص الأجزاء القائم على الرنين المغناطيسي النووي في الحد الأدنى من العينة ولكن وضع الأتمتة الأقصى

Fragment-based screening (FBS) is a well-validated and accepted concept within the drug discovery process both in academia and industry. The greatest ...

Single Molecule Fluorescence Energy Transfer Study of Ribosome Protein Synthesis

جزيء واحد فلورسينس دراسة نقل الطاقة من تخليق البروتين ريبوسوم

The ribosome is a large ribonucleoprotein complex that assembles proteins processively along mRNA templates. The diameter of the ribosome is approximately ...

F&#246;rster Resonance Energy Transfer Measurements in Living Plant Cells

قياسات نقل الطاقة الرنين Förster في الخلايا النباتية الحية

Sensitized emission-based F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) experiments are easily done but depend on the microscopic setup. Confocal laser ...