Name: f&#246;rster resonance energy transfer mapping: a new methodology to elucidate global structural features
Uploaded: 2022-03-16T13:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about FÃ¶rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features at JoVE.com

Bu çalışma, Ulusal Sağlık Enstitüleri hibesi R15GM135904 (IM'ye verildi) ve Ulusal Sağlık Enstitüleri Hibe GM110552 (DBO'ya verildi) tarafından desteklenmiştir.

1. Etiketleme alanlarının seçimi
<ol><li>Mevcut protein yapıları üzerindeki varsayılan bağlanma bölgesini üçgenleştirmek için en az üç potansiyel etiketleme bölgesi tanımlayın. Bu durumda, genetik füzyon yoluyla SecA'ya bağlı SecA, SecYEG ve preprotein tanımlandı2.<ol>
<li>Varsayılan bağlanma bölgesinin 25-75 şiçindeki etiketleme bölgelerini seçin ve proteinin nispeten statik bölgelerinde, mesafe kullanılacak spesifik FRET boya çiftini belirleyec...

FRET haritalama metodolojisini kullanarak, SecA proteini üzerindeki sinyal dizisi bağlanma bölgesini belirledik. Daha da önemlisi, kompleksin 3 boyutlu kristal yapısının varlığı, çalışmamızı büyük ölçüde kolaylaştırdı. Bu haritalama metodolojisinin gücü, etiketleme için konumları tanımlamak için mevcut bir yapıyı kullanma yeteneğinde yatmaktadır. Bu metodoloji 3B bir yapıyı belirlemek için kullanılamaz; Bununla birlikte, yapısal elemanların belirlenmesi56, me...

Proteinler için, 3 boyutlu (3-B) yapısal bilgi ile birlikte dinamiklerin aydınlatılması, biyomoleküler sistemlerin yapı-işlev ilişkilerinin daha iyi anlaşılmasına yol açar. X-ışını kristalografisi ve kriyojenik elektron mikroskobu gibi yapısal yöntemler, statik bir yapı yakalar ve genellikle biyomolekül bağlanmasının ve dinamiğinin yönlerini aydınlatmak için çoklu yapıların belirlenmesini gerektirir1. Bu makalede, bağlama siteleri veya bağlama etkileşimleri gibi genel yapısal öğeleri eşlemek için potansiyel olarak daha geçici ve statik yöntemlerle daha az kolay yakalanan çözüm tabanlı bir yöntem anlatılmaktadır. Bu metodoloji için güçlü aday sistemler, 3 boyutlu bir yapının daha önce X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi veya diğer yapısal yöntemlerle belirlendiği sistemlerdir. Bu durumda, protein genel sekretuar yolunda merkezi bir oyuncu olan SecA-SecYEG kompleksinin X-ışını kristal yapısından yararlanarak, preproteinin membran2 boyunca taşınmasından önce Förster rezonans enerji transferini (FRET) kullanarak bir sinyal peptid bağlanma bölgesinin yerini haritalandırıyoruz. Biyolojik sistemin genetik modifikasyonlar yoluyla manipülasyonu, 3-D yapısı hakkındaki bilgimizle birleştiğinde, kanal 3'e yerleştirilmeden hemen önce sinyal dizisinin ve erken olgun bölgenin konformasyonunun belirlenmesini sağladı.
FRET, enerjinin bir molekülden (donör) diğerine (alıcı) radyasyonsuz transferini, mesafeye bağlı bir şekilde,uzay 4,5 boyunca içerir. Bu transferin etkinliği, donördeki bir azalma veya alıcı floresan yoğunluğundaki bir artış ile izlenir. Enerji transferinin verimliliği şu şekilde tanımlanabilir:
E = R 0 6/(R0 6 + R 6)
R0 değerinin, aktarımın% 50 verimli olduğu mesafe6. Bu teknik daha önce moleküler bir cetvel olarak tanımlanmıştır ve donör-alıcıboyaların 4,7,8,9 kimliğine bağlı olarak 2.5-12 nm aralığındaki mesafelerin belirlenmesinde etkilidir. Donör floresan yoğunlukları ve alıcılı veya alıcısız ömürleri, transfer verimliliklerinin ve dolayısıylamesafelerin 5,8 olarak belirlenmesine izin verir. Teknolojinin mevcudiyeti, yöntemin hassasiyeti ve kullanım kolaylığı nedeniyle, FRET ayrıca tek moleküllü floresan spektroskopisi ve konfokal mikroskopi6 gibi alanlarda geniş bir uygulama alanı bulmuştur. Yeşil floresan proteini gibi floresan proteinlerin ortaya çıkışı, hücre içi dinamiklerin ve canlı hücre görüntülemenin gözlemlenmesini nispeten kolay hale getirmiştir10,11. Bunlar gibi birçok FRET uygulaması bu sanal sayıda ayrıntılı olarak ele alınmıştır.
Bu çalışmada, yapısal detayları belirlemek için mesafe değerlerini elde etmek için FRET ölçümlerinin kullanımına özellikle odaklanıyoruz. Daha önce, FRET ölçümleri, protein 12,13,14'e, proteinlerin iç dinamiklerine ve protein bağlanma etkileşimlerine15,16,17 bağlandığında DNA moleküllerinin konformasyonunu belirlemek için etkili bir şekilde kullanılmıştır. Bu yöntemin avantajları, nispeten düşük miktarda malzemeye sahip bir çözeltide esnek ve dinamik yapısal elemanları belirleme yeteneğinde yatmaktadır. Önemli bir şekilde, bu yöntem mevcut yapısal bilgilerle birlikte kullanıldığında özellikle etkilidir ve 3 boyutlu yapı belirleme aracı olarak kullanılamaz. Yöntem, çalışmanın genellikle hesaplamalı simülasyon18,19 ile birleştirilen mevcut yapısal bilgilere dayanması durumunda yapının en iyi içgörüsünü ve iyileştirilmesini sağlar. Burada, kararlı durum ve zaman çözümlü FRET ölçümlerinden elde edilen mesafelerin kullanımı, genel sekretuar yolu3'teki ana proteinler olan SecA-SecYEG kompleksinin mevcut bir kristalografik yapısı üzerinde, yeri bilinmeyen bir bağlanma bölgesini haritalamak için tanımlanmıştır.
Prokaryotlardan ökaryotlara ve arkelere kadar oldukça korunmuş bir sistem olan genel salgı yolu, proteinlerin hücre içindeki fonksiyonel konumlarına membran boyunca veya içine taşınmasına aracılık eder. Çalışmamızda kullanılan organizma olan E. coli gibi Gram-negatif bakteriler için, proteinler iç zar boyunca periplazmaya yerleştirilir veya yer değiştirir. Bakteriyel SecY kanal kompleksi (translokon olarak adlandırılır), tipik olarak N-terminus20,21'de bulunan bir sinyal dizisi aracılığıyla hücredeki doğru konumuna yönlendirilen yeni sentezlenmiş proteini translokasyona yerleştirmek için diğer proteinlerle koordine olur. Periplazmaya bağlı proteinler için, ATPaz SecA proteini, ribozomun çıkış tüneli ile ve yaklaşık 100 kalıntı çevrildikten sonra preprotein ile ilişkilidir22. SecB şaperon proteini ile birlikte, preproteini açılmamış bir durumda tutar. SecA, SecYEG translokonuna bağlanır ve birçok ATP hidrolizi döngüsü boyunca, membran23,24 boyunca protein taşınmasını kolaylaştırır.
SecA, sitozolik ve membrana bağlı formlarda bulunan çok alanlı bir proteindir. Sitosoldeki homodimerik bir protein olan SecA, bir preprotein bağlanma veya çapraz bağlanma alanı25, iki nükleotid bağlayıcı alan, bir sarmal kanat alanı, bir sarmal iskele alanı ve iki sarmal parmak (THF) 26,27,28,29'dan oluşur (Şekil 1). SecA-SecYEG kompleksinin önceki kristalografik çalışmalarında, THF'nin yeri, protein translokasyonunda aktif olarak yer aldığını ve daha sonra sinyal peptidi ile çapraz bağlanma deneylerinin bu bölgenin protein translokasyonundaki önemini daha da ortaya koyduğunu ileri sürdü30,31. FRET haritalama metodolojisini kullanan önceki çalışmalar, eksojen sinyal peptitlerinin SecA 2,32'nin bu bölgesine bağlandığını göstermiştir. SecYEG kanalına yerleştirilmeden önce sinyal dizisinin ve preproteinin erken olgun bölgesinin konformasyonunu ve yerini tam olarak anlamak için, erken olgun bölgenin sinyal dizisinin ve kalıntılarının bir Ser-Gly bağlayıcı aracılığıyla SecA'ya bağlandığı bir protein kimera oluşturuldu (Şekil 1). Bu biyolojik olarak uygulanabilir yapı kullanılarak, preproteinin sinyal dizisinin ve erken olgun bölgesinin THF'ye paralel bir şekilde bağlandığıgösterilmiştir 2. Daha sonra, FRET haritalama metodolojisi, aşağıda açıklandığı gibi SecYEG'nin varlığında sinyal dizisinin ve erken olgun bölgenin konformasyonunu ve yerini aydınlatmak için kullanılmıştır.
SecA-SecYEG kompleksi33,34,35'in 3-D yapısı ve bağlanma yerinin olası konumu hakkında bilgi, bireysel FRET mesafelerinin kesişiminin bağlanma yeri yerini tanımladığı yerlere bağışçı-alıcı etiketlerini makul bir şekilde yerleştirmemize izin verdi. Bu FRET haritalama ölçümleri, sinyal dizisinin ve preproteinin erken olgun bölgesinin, ucu SecYEG kanalının ağzında bulunan bir saç tokası oluşturduğunu ve saç tokası yapısının kanal yerleştirmeden önce şablonlandığını gösterdiğini ortaya koymuştur.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>490 nm LED laser</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>1684-LED</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 C2 Maleimide//DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>A20347</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Difco</td>
			<td>DF0812</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 C5 Maleimide/DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>A10254</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>S10904</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 DIBO Alkyne</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>S10906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra&#173;4 Centrifugal filter (50kDa MWCO)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>UFC805008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dodecylmaltoside (DDM)</td>
			<td>Anatrace</td>
			<td>D310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli alkaline phosphatase signal peptide SP22</td>
			<td>Biomolecules Midwest</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Synthesized custom item</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>extended signal peptide SP41</td>
			<td>Biomolecules Midwest</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Synthesized custom item</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FluorEssence</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>version 2.4</td>
			<td>spectral acquisition program for Fluoromax4 spectrofluorometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoromax 4 spectrofluorometer</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GlobalsWE</td>
			<td>Laboratory for Fluorescence Dynamics, University of California, Irvine</td>
			<td></td>
			<td>spectral analysis program for time-resolved decays</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H&#173;4&#173;Azido&#173;Phe&#173;OH</td>
			<td>BACHEM</td>
			<td>4020250.0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB (Miller) Broth</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP9723</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ludox HS-40 colloidal silica (40 wt.% suspension in H2O)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>420816</td>
			<td>dilution is needed to make a proper scattering solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTI Felix GX</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>version 4.1.0.4096</td>
			<td>spectral acquisition program for PTI Time Master Instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTI Time Master Instrument</td>
			<td>Horiba</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pymol Molecular Graphics Program</td>
			<td>Schrodinger</td>
			<td>version 2.4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>NESLAB RTE 10</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

f&#246;rster resonance energy transfer mapping: a new methodology to elucidate global structural features

Förster rezonans enerji transferi (FRET), in vitro ve hücrelerdeki biyomoleküller arasındaki mesafeleri başarılı bir şekilde ölçmek için kullanılan floresan tabanlı bir yöntemdir. FRET'te, floresan yoğunluğundaki veya ömründeki değişikliklerle ölçülen enerji transferinin verimliliği, iki floresan molekülü veya etiketi arasındaki mesafe ile ilgilidir. Dinamiklerin belirlenmesi ve mesafelerden gelen konformasyonel değişiklikler, bu yöntemin biyolojik sistemlere uygulanmasına sadece birkaç örnektir. Belirli koşullar altında, bu metodoloji dinamikler, esneklik ve bağlanma yüzeylerine adaptasyon hakkında bilgi sağlayarak mevcut X-ışını kristal yapılarına katkıda bulunabilir ve geliştirebilir. Bir bağlanma yerinin tanımlanması veya dimer alt birimlerinin oryantasyonları yoluyla yapısal özellikleri aydınlatmak için FRET ve ilişkili mesafe belirlemelerinin kullanımını açıklıyoruz. Etiketleme alanlarının akıllıca seçilmesi ve sıklıkla çoklu etiketleme stratejilerinin kullanılmasıyla, bir protein-DNA kompleksindeki ve SecA-SecYEG protein translokasyon sistemindeki küresel yapısal özellikleri belirlemek için bu haritalama yöntemlerini başarıyla uyguladık. SecA-SecYEG sisteminde, preprotein bağlanma bölgesini tanımlamak ve bağlı sinyal dizisi bölgesinin yerel konformasyonunu belirlemek için FRET haritalama yöntemlerini kullandık. Bu çalışma, uygun etiketleme alanlarının belirlenmesi, doğal olmayan amino asit kalıntıları dahil olmak üzere olası etiketlerin tartışılması, etiketleme prosedürleri, ölçümlerin nasıl yapılacağı ve verilerin yorumlanması dahil olmak üzere FRET haritalama çalışmalarının gerçekleştirilmesi için gereken adımları özetlemektedir.

Bu çalışma, preproteinin SecYEG kanalına yerleştirilmesinden önce preprotein bağlanma bölgesinin SecA üzerindeki yerini belirlemeye odaklanmıştır. Bağlanma bölgesini haritalamak için, preproteinin farklı bölgeleri ile SecA ve SecYEG proteinleri üzerindeki üç farklı konum arasında FRET deneyleri yapıldı (Şekil 1A-D). Elde edilen mesafelerden ve SecA, SecYEG ve preproteinin üç boyutlu yapılarından, preprotein bağlanma bölgesinin ...

Watch this Scientific Journal Video about FÃ¶rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features at JoVE.com

F&#246;rster Resonance Energy Transfer Mapping: A New Methodology to Elucidate Global Structural Features

Çalışma, etiketleme alanlarının seçimi, boya seçimi, elde etme ve veri analizi dahil olmak üzere FRET haritalama metodolojisini detaylandırmaktadır. Bu metodoloji, protein sistemlerinde bağlanma bölgelerini, konformasyonel değişiklikleri ve dinamik hareketleri belirlemede etkilidir ve mevcut 3-B yapısal bilgilerle birlikte gerçekleştirilirse en yararlı olanıdır.

Förster Rezonans Enerji Transfer Haritalaması: Küresel Yapısal Özellikleri Aydınlatmak İçin Yeni Bir Metodoloji

F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) is an established fluorescence-based method used to successfully measure distances in and between ...

Ligand bağlanma bölgelerinin, alt birim oryantasyonunun, ligand bağlanması ile ilişkili konformasyonel değişikliklerin ve proteinlerin dinamik hareketlerinin tanımlanmasına ve karakterizasyonuna izin veren bir FRET haritalama metodolojisi geliştirdik. Bu tekniğin bir avantajı, çözelti içinde gerçekleştirilebilmesi ve moleküllerin serbestçe hareket edebilmesidir. Bu teknikle ölçülen mesafeler biyolojik sistemler için uygundur.FRET birçok sistem için geniş çapta uygulanabilir. Haritalama, herhangi bir biyomoleküler sistemdeki yapısal ve dinamik değişikliklerin izlenmesini geliştirir ve özellikle üç boyutlu yapısal bilgi varsa etkilidir. Proteini saflaştırdıktan sonra, en zor kısım yüksek verimlilikle etiketlemek ve serbest boyayı çıkarmaktır.Deneyler için, mümkün olduğunca az serbest boya elde edilmesine yardımcı olur. Başlamak için, cezalandırıcı bağlanma bölgesinin 25 ila 75 angstromu içinde ve proteinin nispeten statik bölgelerinde etiketleme bölgelerini seçin. Mesafe, kullanılacak belirli FRET boya çiftini belirleyecektir.Etiketleme bölgelerini, birbirinden nispeten farklı olan protein bölgelerinde bulun. Böylece siteler bir üçgenin köşelerini tanımlar ve cezai bağlama bölgesi merkezde bulunur. R0 değerlerini ölçmek için, istenen küvet boyutuna ve hacmine bağlı olarak, aynı toplam protein konsantrasyonunda iki protein örneği hazırlayın.Biri sadece donör boya ile etiketlenmiş protein ile, diğeri ise sadece alıcı boya ile etiketlenmiş protein ile. Florometreyi açın ve spektroflorometre kullanıyorsanız, FluorEssence yazılımında spektral toplama ve analiz programını açın. Bilgisayarı cihaza bağlamak için kırmızı M'ye tıklayın ve Emisyon spektrumları'nı seçin.Toplama deneyi menü öğesini kullanarak uyarma dalga boyu, emisyon tarama aralığı, sıcaklık ve numune konumunuzu değiştirme gibi tarama parametrelerini girin. RTC'ye tıklayın ve makalede açıklandığı gibi optimize edilmiş cihaz ayarları, boyanın emme maksimumunda ayarlanmış bir uyarma dalga boyu kullanarak zirvedeki floresan emisyonunu izleyerek. Donör etiketli protein örneğini numune tutucuya yerleştirin ve numuneyi boya absorpsiyon maksimumunda heyecanlandırarak ve emisyon zirvesini tarayarak yalnızca donör boyasıyla etiketlenmiş proteinin emisyon taramasını oluşturmak için çalıştır'ı tıklayın.Taramayı zirvenin sonundan 25 ila 50 nanometre sonra uzatarak tarama için bir taban çizgisi oluşturun. Metin makalesinde açıklandığı gibi, farklı konsantrasyonlardaki numuneler üzerinde absorptsiyonlar ve floresan ölçümleri yaparak sadece donör proteininin kuantum verimini ölçün. Donör sadece protein, alıcı sadece protein ve donör-alıcı protein örneklerini aynı konsantrasyonda hazırlayın.Floresan emisyon spektrumları oluşturmak için sadece donör taramasını edinin. Çözeltiyi donör boya emiliminde maksimumda uyarın ve donör ve alıcı emisyon zirvelerini tarayın. Numuneyi sadece alıcı proteinle değiştirin veya numuneyi değiştirin, konumunuzu sadece alıcı proteini içeren küvete değiştirin.Yalnızca alıcı boya ile etiketlenmiş proteinin emisyon taramasını alın. Numuneyi donör uyarma dalga boyunda uyarın. Numuneyi donör-alıcı protein numunesine değiştirin veya numuneyi donör-alıcı etiketli proteini içeren küvete değiştirin.Aynı ayarları kullanarak donör-alıcı protein numunesinin emisyon taramasını alın. Tüm spektrumlar için, taramanın sonunda ölçülen arka plan sayılarını çıkararak arka plan floresansını düzeltin. Komutları doğrudan komut dosyasından komut penceresine uygun mesafe bilgileriyle girerek mesafeleri yapıya eşlemek için PyMOL gibi bir 3B grafik görüntüleme programı kullanın.Ölçülen her mesafe ve ilişkili hata için bir kabuk oluşturun. Konumu farklı mermilerin kesişimi boyunca haritalayın. Sinyal peptidi bağlanma bölgesi, SecA ve SecYEG üzerindeki üç farklı konum ve sinyal peptidi üzerindeki dört farklı konum kullanılarak haritalandı.Ön proteinin farklı bölgeleri ile SecA ve SecYEG proteinleri üzerindeki üç farklı konum arasındaki FRET deneyleri, protein öncesi bağlanma bölgesini ve yönünü haritalandırır. Sinyal peptidinin cezalandırıcı bağlanma bölgesi daha önce iki sarmal parmak olarak tanımlanmıştı ve SecA C-terminal kuyruğu iki sarmal parmağa paralel bir oryantasyon önerdi. SecA37 ile PhoA2 ve PhoA22 arasındaki kararlı durum FRET spektrumları elde edildi.Donör yoğunluğundaki azalma, PhoA22'den daha fazla enerjinin aktarıldığını göstermiştir. SecA2'den daha uzakta bulunan PhoA37 sitesine göre. Zaman çözülmüş floresan bozunma spektrumları, donör-alıcı kompleksinin, bir mesafe ile ilişkili enerji transferi ile tutarlı olarak daha kısa bir homojen bozunmaya sahip olduğunu göstermiştir.SecA PhoA2 kalıntısı ile üçgen bölgeler arasında inşa edilen FRET mesafe kabukları, her bir kabuğun yeşil renkle gösterilen varsayılan bağlanma bölgesi olan iki sarmal parmağıyla kesiştiğini göstermiştir. Kesişen alan her FRET kabuğundan daha küçüktür ve helisel iskeleden büyük bir katkı içerir. PhoA2 kalıntısı ile etiketlenmiş bölgeler arasında belirlenen FRET mesafe kabukları, iki sarmal parmağın ucuna ve SecYEG kanalının ağzına daha yakın bulunan daha küçük bir alanı tanımlar.Bu kesişen alan, PhoA2'den iki sarmal parmağın karşı ucunda yer almaktadır. Göz önünde bulundurulması gereken önemli şeyler, ilgi alanını üçgenleştirmek, her bir bölge için kuantum verimini ölçmek ve tüm serbest boyayı çıkarmak için etiketleme alanlarının doğru seçimini içerir. Bu yöntem, NMR veya X-ışını kristalografisi gibi yöntemlerle elde edilen yapısal bilgilerle uyumludur.FRET sonuçları yapısal bir bağlama yerleştirildiğinde, mevcut bilgileri geliştirebilir.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Cryomilled memeli hücrelerinden protein kompleksi olan ele geçirme kapasitesini

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Biyokimya

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

İskele Lipozomlar kullanarak Lipid-proksimal protein-protein etkileşimleri Sulandırın için<em&gt; İn Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Atomic Scale Structural Studies of Macromolecular Assemblies by Solid-state Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Atomik yapısal çalışmaların makromoleküllerin meclisleri tarafından katı hal Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi

Supramolecular protein assemblies play fundamental roles in biological processes ranging from host-pathogen interaction, viral infection to the ...

Quantitative Immunofluorescence to Measure Global Localized Translation

Nicel ayirt ölçmek küresel çeviri lokalize

The mechanisms regulating mRNA translation are involved in various biological processes, such as germ line development, cell differentiation, and ...

Electrochemical Detection of Deuterium Kinetic Isotope Effect on Extracellular Electron Transport in Shewanella oneidensis MR-1

Electrochemical Detection of Deuterium Kinetic Isotope Effect on Extracellular Electron Transport in Shewanella oneidensis MR-1

Elektrokimyasal algılama döteryum Kinetik izotop etkisi üzerinde ekstraselüler elektron taşıma Shewanella Corynebacterium Bay-1

Direct electrochemical detection of c-type cytochrome complexes embedded in the bacterial outer membrane (outer membrane c-type cytochrome complexes; OM ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

Protein kompleksleri milisaniyelik zaman ölçekte dinamikleri çalışmaya vitro Floresans rezonans enerji transferi içinde kullanma

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...

Removal and Replacement of Endogenous Ligands from Lipid-Bound Proteins and Allergens

Lipid'e Bağlı Proteinler ve Alerjenlerden Endojen Ligandların Çıkarılması ve Değiştirilmesi

Many major allergens bind to hydrophobic lipid-like molecules, including Mus m 1, Bet v 1, Der p 2, and Fel d 1. These ligands are strongly retained and ...

Single Molecule Fluorescence Energy Transfer Study of Ribosome Protein Synthesis

Ribozom Protein Sentezinin Tek Molekül floresan Enerji Transferi Çalışması

The ribosome is a large ribonucleoprotein complex that assembles proteins processively along mRNA templates. The diameter of the ribosome is approximately ...

F&#246;rster Resonance Energy Transfer Measurements in Living Plant Cells

Yaşayan Bitki Hücrelerinde Förster Rezonans Enerji Transferi Ölçümleri

Sensitized emission-based F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) experiments are easily done but depend on the microscopic setup. Confocal laser ...

Time-resolved F&#246;rster Resonance Energy Transfer Assays for Measurement of Endogenous Phosphorylated STAT Proteins in Human Cells

İnsan Hücrelerinde Endojen Fosforile STAT Proteinlerinin Ölçümü için Zaman Çözülmüş Förster Rezonans Enerji Transfer Testleri

The Janus kinase (JAK)/signal transducer and activator of transcription (STAT) signaling pathway plays a crucial role in mediating cellular responses to ...