Name: isolation and screening from soil biodiversity for fungi involved in the degradation of recalcitrant materials
Uploaded: 2022-05-16T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials at JoVE.com

Мы выражаем признательность Scuola di Alta Formazione Dottorale (SAFD) из Университета Павии и профессору Сольвейгу Тоси за предоставление возможности для этой работы.

1. Подбор грибковых штаммов, способных разлагать непокорные материалы из почвы
<ol><li>Приготовление раствора антибиотика.<ol>
<li>Поместите пенициллин (50 мг/л), стрептомицин (40 мг/л), хлортетрациклин (40 мг/л), неомицин (100 мг/л) и хлорамфеникол (100 мг/л) в 250 мл деионизированной стерильной...

Богатое биоразнообразие почвы является обильным источником грибов, которые обладают многочисленными метаболическими способностями, некоторые из которых могут быть потенциальными кандидатами на биоремедиацию. Селективные испытания сред (раздел 1 протокола) являются простыми в выпол...

Почва является фундаментальным компонентом жизни на Земле и является основой многих экосистем. Минералы, органические вещества и микроорганизмы в почве можно рассматривать как одну систему, между которой происходят тесные ассоциации и взаимодействия. Взаимодействие этих соединений оказывает важное влияние на наземные процессы, качество окружающей среды и здоровье экосистем1. Загрязнение почв создает серьезные экологические проблемы во всем мире. Неизбирательное, долгосрочное и чрезмерное применение непокорных и токсичных веществ, таких как пестициды, нефтепродукты, пластмассы и другие химические вещества, оказывает серьезное воздействие на экологию почвы и, как следствие, может изменить микробиоту почвы. Микробные сообщества в почвах состоят из широкого спектра организмов в различных физиологических состояниях, большинство из которых являются бактериями и грибами. Многие из загрязняющих веществ в почвах имеют средне- и долгосрочную стабильность, и их стойкость может привести к развитию адаптивных механизмов, позволяющих микроорганизмам использовать непокорные вещества в качестве питательных веществ 2,3. Поэтому эти микроорганизмы могут рассматриваться для методов биоремедиации.
Биоремедиация пытается смягчить последствия загрязнения путем использования микроорганизмов и их ферментов для деградации или превращения отходов в менее токсичные или нетоксичные соединения. Различные виды архей, бактерий, водорослей и грибов обладают этой способностью биоремедиации4. В результате своего особого биодеградативного действия грибы являются особенно перспективными организмами для биоремедиации. Они могут атаковать различные субстраты, используя свою гифальную сеть, что позволяет им проникать в почвенную матрицу более эффективно, чем другие микроорганизмы. Кроме того, они могут достигать недоступных промежутков, где загрязняющие вещества трудно удалить5, и они также могут выдерживать низкий уровень влажности6. Кроме того, грибы синтезируют различные кассеты неспецифических ферментов, как правило, для разложения природных непокорных веществ, таких как целлюлоза, лигнин и гуминовые кислоты. Те, у кого отсутствует целевой субстрат, могут быть вовлечены в деградацию широкого спектра непокорных загрязнителей, таких как углеводороды, пластмассы и пестициды 7,8,9,10. Поэтому, хотя многие виды грибов уже были зарегистрированы в качестве агентов биоремедиации, растет интерес к изучению видов, которые еще не были изучены, для отбора кандидатов на биоремедиацию непокорных загрязняющих веществ. Уже известные виды, обладающие биоремедиационными свойствами, принадлежат к типу Ascomycota 11,12,13, Basidiomycota 14,15 и Mucoromycota. Например, хорошо известно, что роды Penicillium и Aspergillus участвуют в деградации алифатических углеводородов13, различных пластиковых полимеров 16,17,18, тяжелых металлов 19 и красителей20. Аналогичным образом, исследования, проведенные на грибах базидиомицетов, таких как Phanerochaete chrysosporium и Trametes versicolor, выявили их участие в окислении непокорных материалов, таких как ароматические углеводороды13 и пластмассы21. Другим примером грибов, участвующих в процессах биодеградации, являются зигомицеты Rhizopus spp., Mucor spp. и Cunninghamella spp.22,23. В частности, Cunninghamella способна окислять ароматические углеводороды и считается модельным организмом для изучения детоксикации продуктов из широкого спектра ксенобиотиков13.
Существует несколько грибковых ферментов, участвующих в основных деградативных процессах непокорных материалов24,25, таких как эстераза, лакказа, пероксидаза и протеаза. Лакказы представляют собой медьсодержащие оксидазы, вырабатываемые в клетке и впоследствии секретируемые, которые позволяют окислять различные фенольные и ароматические соединения. Они могут разлагать орто- и парадифенолы, аминогруппсодержащие фенолы, лигнин и арильную группу, содержащие диамины26. Пероксидазы используют перекись водорода в качестве медиатора для разложения лигнина и других ароматических соединений. Существует много различных пероксидаз, но те, которые обладают наибольшим потенциалом для разложения токсичных веществ, - это лигнинпероксидаза и пероксидаза марганца27.
Эстеразы и протеазы относятся к группе экстра- или эктоклеточных ферментов, которые действуют вне клеток своего происхождения, но все еще связаны с ними. Эти ферменты могут катализировать гидролиз больших непокорных молекул в более мелкие. Благодаря низкой субстратной специфичности эти ферменты могут играть ключевую роль в биоремедиации различных загрязняющих веществ, таких как текстильные красители, стоки, выделяемые из целлюлозно-бумажной промышленности и кожевенного дубления, нефтепродукты, пластмассы и пестициды 28,29,30.
Уже опубликован ряд методов скрининга для отбора биоремедиативных грибковых штаммов. Например, агаровая среда на основе соломы использовалась для скрининга грибов белой гнили с высоким потенциалом деградации полициклических ароматических углеводородов (ПАУ)31; и небольшие кусочки гниющей древесины были помещены на агар экстракта солода (MEA) для изоляции гниющих грибов32. Однако большинство методов, которые уже были предложены, отбирают очень специфические грибы для их интересующей деятельности. Это исследование предлагает более широкий подход к выбору почвенных грибов с более широким спектром действия. Метод основан на первоначальном нанесении серийных разбавлений образцов почвы на среду, дополненную гуминовыми кислотами или лигноцеллюлозой, смешанной с антибиотиками, для отбора грибов, обладающих способностью разлагать эти природные непокорные вещества. Гуминовые кислоты и лигноцеллюлоза, по сути, являются веществами, которые чрезвычайно устойчивы к биодеградации, так как имеют очень сложные молекулярные структуры, и это позволяет им быть отличными показателями деградативной способности испытуемых грибов33,34. Впоследствии грибы, отобранные в первых тестах, проверяются для выявления грибов, способных разлагать конкретные загрязняющие вещества, такие как вазелин, отработанное моторное масло и пластмассы. Наконец, проводятся качественные ферментативные тесты для выявления грибковых штаммов, способных продуцировать ферменты, участвующие в процессах биодеградации непокорных веществ. С этой целью проводятся протеазные и эстеразные тесты, при этом галловая кислота и гваякол используются в качестве индикаторов выработки лакказы и других лигнинолитических ферментов35,36. Эти субстраты используются, потому что была обнаружена сильная корреляция между способностью грибов окислять их до их коричневой формы и обладанием лигнинолитической способностью 37,38,39.
С помощью этих протоколов можно выделять грибковые штаммы с высоким деградативным потенциалом и широким спектром действия непосредственно из образцов почвы. Выделение этих грибковых штаммов может помочь найти новых кандидатов для целей биоремедиации.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 microwell plate</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>650185</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>VWR</td>
			<td>84609.05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bushnell-Haas Broth</td>
			<td>Fluka</td>
			<td>B5051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C5670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroamphenicol</td>
			<td>Eurobio</td>
			<td>GABCRL006Z</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chlortetracycline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y0001451</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CoCl2&#183;6H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CuCl2&#183;2H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C3279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>VWR Chemicals</td>
			<td>20821.296</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FeCl3&#183;6H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>236489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.2 &#181;m</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>10462200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gallic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G7384</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass cover slips</td>
			<td>Biosigma</td>
			<td>VBS634</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass vials 15 mL</td>
			<td>SciLabware</td>
			<td>P35467</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>guaiacol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-density polyethylene (HDPE)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>434272</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Humic acids</td>
			<td>Aldrich Chemistry</td>
			<td>53680</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>K2HPO4</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P8281</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KH2PO4</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5655</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lignocellulose</td>
			<td>/</td>
			<td>/</td>
			<td>Sterilized bioethanol production waste</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-shaped cell spreader</td>
			<td>Laboindustria S.p.a</td>
			<td>21133</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>magnetic stirrer</td>
			<td>A.C.E.F</td>
			<td>8235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Malt Extract Broth</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70146</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgSO4&#183;7H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M2643</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette 1000 &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>FA10006M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette 200&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>FA10005M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MnCl2&#183;4H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M5005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2MoO4&#183;2H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M1651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neomycin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N0401000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>1504489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>peptone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>83059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyethylene terephthalate (PET)</td>
			<td>Goodfellow</td>
			<td>ES306031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes</td>
			<td>Laboindustria S.p.a</td>
			<td>21050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petrolatum (Paraffin liquid)</td>
			<td>A.C.E.F</td>
			<td>009661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potato Dextrose Broth</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P6685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polystyrene (PS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>331651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyurethane (PUR)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>GF20677923</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyvinyl chloride (PVC)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>81388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile falcon tube</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>227 261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile glass vials 20 mL</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SU860051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile point 1000&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F172511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile point 200&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F172311</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile polyethylene bags</td>
			<td>WHIRL-PAK</td>
			<td>B01018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sterile syringe</td>
			<td>Rays</td>
			<td>5523CM25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptomycin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S-6501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 80</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P1754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Used engine oil</td>
			<td>/</td>
			<td>/</td>
			<td>complex mixture of hydrocarbons, engine additives, and metals, provided by an Italian private company</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vials 50 mL</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>33108-U</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZnCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z0152</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation and screening from soil biodiversity for fungi involved in the degradation of recalcitrant materials

Загрязнение окружающей среды является растущей проблемой, и выявление грибов, участвующих в процессе биоремедиации, является важной задачей. Почва содержит невероятное разнообразие микробной жизни и может быть хорошим источником этих биоремедиативных грибов. Эта работа направлена на поиск почвенных грибов с потенциалом биоремедиации с использованием различных скрининговых тестов. Минеральные питательные среды, дополненные непокорными веществами в качестве единственного источника углерода, использовались в качестве тестов на рост. Сначала разбавления почвы покрывали на чашках Петри минеральной средой, дополненной гуминовыми кислотами или лигноцеллюлозой. Растущие колонии грибов были выделены и испытаны на различных субстратах, таких как сложные смеси углеводородов (вазелин и отработанное моторное масло) и порошки различных пластиковых полимеров (ПЭТ, ПП, ПС, ПУР, ПВХ). Качественные ферментативные тесты были связаны с тестами роста для исследования производства эстераз, лакказ, пероксидаз и протеаз. Эти ферменты участвуют в основных процессах деградации непокорного материала, и их конститутивная секреция исследуемыми грибковыми штаммами может иметь потенциал для использования для биоремедиации. Было выделено и протестировано более 100 штаммов, обнаружено несколько изолятов с хорошим потенциалом биоремедиации. В заключение, описанные скрининговые тесты являются простым и недорогим методом выявления грибковых штаммов с потенциалом биоремедиации из почвы. Кроме того, можно адаптировать скрининговые тесты для различных загрязняющих веществ в соответствии с требованиями, добавляя другие непокорные вещества в минимальные питательные среды.

Методы селективных сред (раздел 1 протокола) позволили провести скрининг богатого биоразнообразия почвы и отобрать грибы с высоким потенциалом биоремедиации. С гуминовой кислотой и лигноцеллюлозной средой было выделено более 100 грибковых штаммов. Эти грибы продуцируют ферменты, участ...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials at JoVE.com

Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials

Здесь мы представляем протокол скрининга биоразнообразия почв для поиска грибковых штаммов, участвующих в деградации непокорных материалов. Сначала выделяют грибковые штаммы, способные расти на гуминовых кислотах или лигноцеллюлозе. Затем их активность проверяется как в ферментативных анализах, так и на загрязняющих веществах, таких как углеводороды и пластмассы.

Изоляция и скрининг из биоразнообразия почв на грибы, участвующие в деградации непокорных материалов

Environmental pollution is an increasing problem, and identifying fungi involved in the bioremediation process is an essential task. Soil hosts an ...

Этот протокол имеет важное значение, поскольку он изолирует грибковые штаммы с высоким деградирующим потенциалом непосредственно из образцов почвы, которые можно рассматривать в качестве кандидатов для целей биоремедиации. Этот протокол представляет собой недорогой скрининг для поиска грибов с потенциалом биоремедиации. Более того, он дает результаты, которые легко интерпретировать.Поскольку этот метод включает в себя обработку микроорганизмов, очень важно работать в стерильности с использованием ламинарного проточного шкафа или горелки Бунзена, чтобы избежать загрязнения. Для начала проведите отбор проб интересующей почвы и просейте почву, используя двухмиллиметровую сетку, чтобы удалить любые корни и растительный мусор. Под ламинарный проточный шкаф добавьте один грамм просеянной почвы в стерильную 15-миллилитровую трубку.Затем добавьте 10 миллилитров стерильной деионизированной воды, чтобы получить 10 до минус одного разведения. Встряхните тюбик горизонтально в течение 30 минут. Прежде чем суспензия осядет, возьмите один миллилитр из 10 до минус одного разведения стерильной пипеткой и переложите его на девятимиллилитр деионизированной заготовки воды, чтобы получить 10 до минус двух разведений.Тщательно вихрьте подвеску. Аналогично сделайте разбавление от 10 до минус трех от 10 до минус двух разбавленных трубок. Для обшивки почвенных разбавлений на селективных средах собирают 100 микролитров от 10 до минус трех разбавлений с помощью микропипетки со стерильной точкой и перекладывают ее на гуминовый агар Петри.Равномерно распределите разбавление по поверхности тарелки с помощью стерильного, одноразового, L-образного разбрасывателя клеток. Приготовьте четыре-пять таких блюд. Аналогично готовят блюда из лигноцеллюлозы от 10 до минус трех разведительных пробирок.Дайте посуде высохнуть на воздухе в течение 10-15 минут перед инкубацией при температуре 25 градусов Цельсия в темноте в течение 15 дней. Проверьте все присутствующие грибковые колонии на наличие сходства. При необходимости подготовьте слайд для наблюдения под световым микроскопом.Под ламинарным проточным шкафом или на горелке Бунзена изолируйте каждый выбранный грибковый штамм, осторожно удалив небольшую часть мицелия из колонии стерильной иглой для прививки. Перенесите изолированную колонию в новое блюдо с солодовым экстрактом агара, или MEA. Переведите 20 миллилитров Bushnell Haas, или среды BH, в 50-миллилитровые стеклянные флаконы.Переложите семь миллилитров деионизированной воды в 15-миллилитровые флаконы и добавьте в каждый флакон кусочки битой стеклянной крышки. Стерилизуйте флаконы автоклавированием при 121 градусе Цельсия в течение 20 минут. Чтобы проверить рост на вазелине, добавьте один миллилитр вазелина в каждый 50-миллилитровый флакон BH с помощью стерильной пипетки под ламинарным проточным шкафом.Держите несколько флаконов только с BH в качестве отрицательного контроля. Удалите мицелий на поверхности среды с пластины MEA с выбранным грибковым штаммом с помощью стерильной иглы и перенесите его в 15-миллилитровый стеклянный флакон с разбитыми крышками. Перемешайте флакон на вихревом смесителе в течение двух минут, позволив сломанной крышке соскользнуть, чтобы разрезать куб грибковой колонии, сделав суспензию.Инокулируйте каждый флакон вазелина 200 микролитрами суспензии. Сделайте две реплики для каждого грибкового штамма. Для отрицательного контроля добавьте 200 микролитров грибковой суспензии во флакон, содержащий только BH-среду.Кроме того, держите флакон с вазелином без какой-либо грибковой прививки, чтобы проверить загрязнение в среде. Инкубируйте флаконы при температуре 25 градусов Цельсия в темноте и наблюдайте за ними через 15 и 30 дней из инокулята. Чтобы проверить рост на отработанном моторном масле, переложите 500 микролитров отработанного моторного масла на чашку BHA Petri и равномерно распределите масло.Затем привите пластину грибковым штаммом, собрав мицелий из пластин MEA. Чтобы проверить рост на пластмассах, переложите 200 микролитров грибковой суспензии в 96-микролуночную пластину. Сделайте три реплики грибкового штамма-пластической комбинации.Добавьте 10 миллиграммов разного пластикового порошка в каждую лунку с грибковой суспензией. Для отрицательного контроля добавьте 200 микролитров среды BH в колодец с грибковой суспензией. Кроме того, для каждого пластикового порошка заполните колодец 200 микролитрами раствора BH и 10 миллиграммами каждой пластиковой пыли, чтобы проверить наличие загрязнений.Высиживайте пластины при 25 градусах Цельсия в темноте и наблюдайте за ними через 15 и 30 дней. Для качественного лакказа калориметрического теста приготовьте один литр картофельного декстрозы агара, или КПК, и автоклав в течение 20 минут. После автоклавирования, когда среда остынет, но все еще будет жидкой, добавьте 400 микролитров гуаякола под ламинарную вытяжку и разложите ее в чашку Петри.Инокулируйте пластину PDA guaiacol грибковым штаммом, собирая мицелий из пластины MEA. Для отрицательного контроля подготовьте пластины КПК с каждым грибковым штаммом и одну пластину с КПК и гуайаколом. Высиживайте пластины при температуре 25 градусов Цельсия в темноте и наблюдайте за ними через семь дней.Для качественного теста на эстеразы подготовьте один литр среды Tween 80. Затем поместите среду на магнитную мешалку без нагрева с перемешивающим стержнем внутри среды. Через 10 минут, когда все расплавится, переложите пять миллилитров среды в 20-миллилитровые стерильные флаконы и автоклав.Добавьте 200 микролитров грибковой суспензии в средний стерилизованный флакон Tween 80. Для отрицательного контроля добавьте пять миллилитров автоклавной среды BH во флакон с 20 миллилитрами. Затем добавьте во флакон 200 микролитров грибковой суспензии.Высиживайте флаконы при температуре 25 градусов Цельсия в темноте в течение 21 дня и соблюдайте их каждые семь дней. Был оценен процент грибковых штаммов, способных расти на вазелине, отработанном моторном масле и пластиковых порошках в качестве единственного источника углерода с разной степенью успеха. Способность грибов эксплуатировать вазелин оценивалась как разница в росте колонии между контролируемым BH и содержащим вазелином.Почти 75% протестированных штаммов смогли использовать вазелин в качестве единственного источника углерода, а 21% продемонстрировали максимальный рост. Также отслеживался рост пластин, содержащих только BHA и в присутствии моторного масла. Почти 90% штаммов выросли на отработанном моторном масле, причем 39% показали максимальный рост.Образование красно-коричневатого ореола вокруг грибковой колонии указывало на более высокую выработку лакказов и других лигнинолитических ферментов. Примерно 60% грибов смогли произвести лаккезы. Более того, 17% штаммов произвели интенсивный темный ореол вокруг колонии в среде гуаякола.Активность эстераз оценивали по образованию белого осадка в среде Tween 80. Почти 60% штаммов показали активность эстераз, а 13% продемонстрировали более высокое образование осадков. Этот протокол может быть адаптирован для скрининга грибов, способных разлагать любой загрязнитель, путем добавления непокорного вещества, представляющего интерес, в минимальную культуральную среду.

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Выделение протопластов из тканей 14-дневных Рассаду Arabidopsis thaliana</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

Fluorescence-microscopy Screening and Next-generation Sequencing: Useful Tools for the Identification of Genes Involved in Organelle Integrity

Флуоресценции микроскопии Скрининг и следующего поколения секвенирования: Полезные инструменты для идентификации генов, вовлеченных в органелл Integrity

This protocol describes a fluorescence microscope-based screening of Arabidopsis seedlings and describes how to map recessive mutations that alter the ...

Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

Выделение Родные почвенных микроорганизмов с потенциалом для Breaking Down биоразлагаемых пластиковых Фильмы Мульча используется в сельском хозяйстве

Fungi native to agricultural soils that colonized commercially available biodegradable mulch (BDM) films were isolated and assessed for potential to ...

Reporter-based Growth Assay for Systematic Analysis of Protein Degradation

Репортер основе анализа роста для систематического анализа белка деградации

Protein degradation by the ubiquitin-proteasome system (UPS) is a major regulatory mechanism for protein homeostasis in all eukaryotes. The standard ...

Assays for the Degradation of Misfolded Proteins in Cells

Анализы для деградации неправильно свернутых белков в клетках

Protein misfolding and aggregation are associated with various neurodegenerative diseases. Cellular mechanisms that recognize and degrade misfolded ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Гибрид-Cut: улучшенный Секционирование Метод непокорных растительных образцов тканей

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loop-Опосредованное изотермальное усиление для скрининга сальмонеллы в пище животных и подтверждение сальмонеллы от культурной изоляции

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has emerged as a powerful nucleic acid amplification test for the rapid detection of numerous bacterial, ...

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

Быстрая фиксация in vivo и выделение трансляционных комплексов из эукариотических клеток

Rapid responses involving fast redistribution of messenger(m)RNA and alterations of mRNA translation are pertinent to ongoing homeostatic adjustments of ...

Isolation and Culture of Primary Oral Keratinocytes from the Adult Mouse Palate

For years, most studies involving keratinocytes have been conducted using human and mouse skin epidermal keratinocytes. Recently, oral keratinocytes have ...

Isolation and Selection of Entomopathogenic Fungi from Soil Samples and Evaluation of Fungal Virulence against Insect Pests

Выделение и отбор энтомопатогенных грибов из образцов почвы и оценка грибковой вирулентности против насекомых-вредителей

Entomopathogenic fungi (EPF) are one of the microbial control agents for integrated pest management. To control local or invasive pests, it is important ...