Name: isolation and screening from soil biodiversity for fungi involved in the degradation of recalcitrant materials
Uploaded: 2022-05-16T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials at JoVE.com

Vi erkänner Scuola di Alta Formazione Dottorale (SAFD) vid Universitetet i Pavia och professor Solveig Tosi för att ha gett möjlighet till detta arbete.

1. Val av svampstammar som kan bryta ner motsträviga material från jord
<ol><li>Framställning av antibiotikalösning.<ol>
<li>Sätt penicillin (50 mg / L), streptomycin (40 mg / L), klortetracyklin (40 mg / L), neomycin (100 mg / L) och kloramfenikol (100 mg / L) i 250 ml avjoniserat sterilt vatten.</li>
		<li>Innan du tillsätter kloramfenikol till antibiotikalösningen, lös upp den i 3 ml ≥99% etanol.</li>
		<li>Placera antibiotikalösningen på en magnetomrörare (ingen värme) med en magnetis...

Jordens rika biologiska mångfald är en riklig källa till svampar som har många metaboliska förmågor, varav några kan vara potentiella kandidater för bioremediering. Selektiva medietester (avsnitt 1 i protokollet) är enkla att utföra och effektiva metoder för att isolera svampar som kan växa på naturliga komplexa polymerer som sin enda kolkälla. Svampar kan producera extracellulära, ospecifika hydrolaser och oxidoreduktaser30 såsom de ligninolytiska enzymerna laccases och peroxidase...

Jord är en grundläggande del av livet på jorden och är grunden för många ekosystem. Mineralerna, organiskt material och mikroorganismer i jorden kan betraktas som ett system, med nära föreningar och interaktioner som uppstår mellan dem. Samspelet mellan dessa föreningar har en viktig inverkan på terrestra processer, miljökvalitet och ekosystemhälsa1. Markföroreningar utgör allvarliga miljöproblem över hela världen. Den urskillningslösa, långsiktiga och överdrivna tillämpningen av motsträviga och giftiga ämnen, såsom bekämpningsmedel, petroleumprodukter, plast och andra kemikalier, har allvarliga effekter på markens ekologi och kan som ett resultat förändra markens mikrobiota. Mikrobiella samhällen i jordar består av ett brett spektrum av organismer i olika fysiologiska tillstånd, där majoriteten är bakterier och svampar. Många av föroreningarna i jord har stabilitet på medellång till lång sikt, och deras uthållighet kan leda till utveckling av adaptiva mekanismer som gör det möjligt för mikroorganismerna att använda motsträviga ämnen som näringsämnen 2,3. Dessa mikroorganismer kan därför övervägas för bioremedieringstekniker.
Bioremediering försöker mildra effekterna av föroreningar genom att använda mikroorganismer och deras enzymer för nedbrytning eller omvandling av avfall till mindre giftiga eller giftfria föreningar. Olika arter av arkéer, bakterier, alger och svampar har denna bioremedieringsförmåga4. Som ett resultat av deras speciella biologiska verkan är svampar särskilt lovande organismer för bioremediering. De kan attackera olika substrat med hjälp av deras hyphalnätverk, vilket gör det möjligt för dem att tränga in i jordmatrisen mer effektivt än andra mikroorganismer. Dessutom kan de nå otillgängliga mellanrum där föroreningar är svåra att ta bort5, och de kan också överleva låga fuktnivåer6. Dessutom syntetiserar svampar olika kassetter av ospecifika enzymer, vanligtvis för att bryta ner naturliga motsträviga ämnen såsom cellulosa, lignin och humana syror. De som saknar målsubstratet kan vara involverade i nedbrytningen av ett brett spektrum av motsträviga föroreningar, såsom kolväten, plast och bekämpningsmedel 7,8,9,10. Därför, även om många svamparter redan har rapporterats som bioremedieringsmedel, finns det ett ökande intresse för att utforska arter som ännu inte har studerats för att välja kandidater för bioremediering av motsträviga förorenande ämnen. De arter som redan är kända för att ha bioremedieringsegenskaper tillhör phyla Ascomycota 11,12,13, Basidiomycota 14,15 och Mucoromycota. Till exempel är släktena Penicillium och Aspergillus välkända för att vara involverade i nedbrytningen av alifatiska kolväten13, olika plastpolymerer 16,17,18, tungmetaller 19 och färgämnen20. På liknande sätt har studier utförda på basidiomycetessvampar, såsom Phanerochaete chrysosporium och Trametes versicolor, avslöjat deras engagemang i oxidationen av motsträviga material såsom aromatiska kolväten13 och plast21. Ett annat exempel på svampar som är involverade i de biologiska nedbrytningsprocesserna är zygomycetes Rhizopus spp., Mucor spp., och Cunninghamella spp.22,23. I synnerhet kan Cunninghamella oxidera aromatiska kolväten och anses vara en modellorganisme för att studera avgiftning av produkter från ett brett spektrum av xenobiotika13.
Det finns flera svampenzymer involverade i de stora nedbrytande processerna av motsträviga material 24,25, såsom esteras, laccase, peroxidas och proteas. Laccases är kopparinnehållande oxidaser som produceras i cellen och därefter utsöndras, som möjliggör oxidation av en mängd olika fenoliska och aromatiska föreningar. De kan bryta ner orto- och paradifenoler, aminogruppinnehållande fenoler, lignin och arylgruppinnehållande diaminer26. Peroxidaser använder väteperoxid som medlare för att bryta ner lignin och andra aromatiska föreningar. Det finns många olika peroxidaser, men de som har störst potential att bryta ner giftiga ämnen är ligninperoxidas och manganperoxidas27.
Esteraser och proteaser tillhör gruppen extra- eller ektocellulära enzymer, som verkar utanför sina ursprungsceller men fortfarande är bundna till dem. Dessa enzymer kan katalysera hydrolysen av stora motsträviga molekyler till mindre. På grund av deras låga substratspecificitet kan dessa enzymer spela en nyckelroll i bioremediering av olika föroreningar, såsom textilfärger, avloppsvatten som släpps ut från massa- och pappersindustrin och lädergarvning, petroleumprodukter, plast och bekämpningsmedel 28,29,30.
Ett antal screeningmetoder att välja för bioremedierande svampstammar har redan publicerats. Till exempel har halmbaserat agarmedium använts för att screena för vitrötsvampar med hög potential i nedbrytningen av polycykliska aromatiska kolväten (PAH)31; och små bitar av ruttnande trä har placerats på maltextraktagar (MEA) för att isolera trärötande svampar32. De flesta av de metoder som redan har föreslagits väljer emellertid mycket specifika svampar för deras aktivitet av intresse. Denna forskning föreslår ett bredare tillvägagångssätt för att välja marksvampar med ett bredare spektrum av åtgärder. Metoden bygger på initial plätering av seriella utspädningar av jordprover på ett medium som ändrats med humana syror eller lignocellulosa blandat med antibiotika för att välja svampar med förmågan att bryta ner dessa naturliga motsträviga ämnen. Humic syror och lignocellulosa är i själva verket ämnen som är extremt resistenta mot biologisk nedbrytning eftersom de har mycket komplexa molekylära strukturer, vilket gör att de kan vara utmärkta indikatorer på den nedbrytbara förmågan hos de testade svamparna33,34. Därefter screenas de svampar som valts ut i de första testerna för att identifiera de som har potential att bryta ned specifika föroreningar som petrolatum, begagnad motorolja och plast. Slutligen utförs kvalitativa enzymatiska tester för att detektera svampstammar som kan producera enzymer som är involverade i de biologiska nedbrytningsprocesserna av motsträviga ämnen. För detta ändamål utförs proteas- och esterastester, medan gallinsyra och guaiakol används som indikatorer på lakonfall och annan ligninolytisk enzymproduktion35,36. Dessa substrat används eftersom en stark korrelation har hittats mellan svamparnas förmåga att oxidera dem till sin brunfärgade form och innehavet av ligninolytisk förmåga 37,38,39.
Genom dessa protokoll är det möjligt att isolera svampstammar med hög nedbrytande potential och ett brett spektrum av verkan direkt från jordprover. Isoleringen av dessa svampstammar kan hjälpa till att hitta nya kandidater för bioremedieringsändamål.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 microwell plate</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>650185</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>VWR</td>
			<td>84609.05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bushnell-Haas Broth</td>
			<td>Fluka</td>
			<td>B5051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C5670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroamphenicol</td>
			<td>Eurobio</td>
			<td>GABCRL006Z</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chlortetracycline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y0001451</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CoCl2&#183;6H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CuCl2&#183;2H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C3279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>VWR Chemicals</td>
			<td>20821.296</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FeCl3&#183;6H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>236489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.2 &#181;m</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>10462200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gallic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G7384</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass cover slips</td>
			<td>Biosigma</td>
			<td>VBS634</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass vials 15 mL</td>
			<td>SciLabware</td>
			<td>P35467</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>guaiacol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-density polyethylene (HDPE)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>434272</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Humic acids</td>
			<td>Aldrich Chemistry</td>
			<td>53680</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>K2HPO4</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P8281</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KH2PO4</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5655</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lignocellulose</td>
			<td>/</td>
			<td>/</td>
			<td>Sterilized bioethanol production waste</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-shaped cell spreader</td>
			<td>Laboindustria S.p.a</td>
			<td>21133</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>magnetic stirrer</td>
			<td>A.C.E.F</td>
			<td>8235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Malt Extract Broth</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70146</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgSO4&#183;7H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M2643</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette 1000 &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>FA10006M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette 200&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>FA10005M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MnCl2&#183;4H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M5005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2MoO4&#183;2H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M1651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neomycin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N0401000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>1504489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>peptone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>83059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyethylene terephthalate (PET)</td>
			<td>Goodfellow</td>
			<td>ES306031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes</td>
			<td>Laboindustria S.p.a</td>
			<td>21050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petrolatum (Paraffin liquid)</td>
			<td>A.C.E.F</td>
			<td>009661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potato Dextrose Broth</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P6685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polystyrene (PS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>331651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyurethane (PUR)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>GF20677923</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyvinyl chloride (PVC)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>81388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile falcon tube</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>227 261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile glass vials 20 mL</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SU860051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile point 1000&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F172511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile point 200&#160; &#956;L</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F172311</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile polyethylene bags</td>
			<td>WHIRL-PAK</td>
			<td>B01018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sterile syringe</td>
			<td>Rays</td>
			<td>5523CM25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptomycin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S-6501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 80</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P1754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Used engine oil</td>
			<td>/</td>
			<td>/</td>
			<td>complex mixture of hydrocarbons, engine additives, and metals, provided by an Italian private company</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vials 50 mL</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>33108-U</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZnCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z0152</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation and screening from soil biodiversity for fungi involved in the degradation of recalcitrant materials

Miljöföroreningar är ett ökande problem, och att identifiera svampar som är involverade i bioremedieringsprocessen är en viktig uppgift. Jord är värd för en otrolig mångfald av mikrobiellt liv och kan vara en bra källa till dessa bioremedierande svampar. Detta arbete syftar till att söka efter marksvampar med bioremedieringspotential genom att använda olika screeningtester. Mineralodlingsmedier kompletterade med motsträviga ämnen som enda kolkälla användes som tillväxttester. Först pläterades jordutspädningar på petriskålar med mineralmedium ändrat med humana syror eller lignocellulosa. De växande svampkolonierna isolerades och testades på olika substrat, såsom komplexa blandningar av kolväten (petrolatum och begagnad motorolja) och pulver av olika plastpolymerer (PET, PP, PS, PUR, PVC). Kvalitativa enzymatiska tester associerades med tillväxttesterna för att undersöka produktionen av esteraser, laccases, peroxidaser och proteaser. Dessa enzymer är involverade i de huvudsakliga nedbrytningsprocesserna av motsträvigt material, och deras konstitutiva utsöndring av de undersökta svampstammarna kan ha potential att utnyttjas för bioremediering. Mer än 100 stammar isolerades och testades, och flera isolat med god bioremedieringspotential hittades. Sammanfattningsvis är de beskrivna screeningtesterna en enkel och billig metod för att identifiera svampstammar med bioremedieringspotential från jorden. Dessutom är det möjligt att skräddarsy screeningtesterna för olika föroreningar, enligt kraven, genom att lägga till andra motsträviga ämnen till minimala odlingsmedier.

De selektiva mediemetoderna (avsnitt 1 i protokollet) gjorde det möjligt att screena markens rika biologiska mångfald och välja svampar med hög bioremedieringspotential. Med huminsyra- och lignocellulosamedierna isolerades mer än 100 svampstammar. Dessa svampar producerade enzymer som är involverade i biologisk nedbrytning av naturliga motsträviga material, som har en kemisk struktur som liknar många föroreningar. De svampstammar som isolerades med det selektiva mediet behövde dock ytterligare screening. Specif...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials at JoVE.com

Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials

Här presenterar vi ett protokoll för screening av markens biologiska mångfald för att leta efter svampstammar som är involverade i nedbrytningen av motsträviga material. Först isoleras svampstammar som kan växa på humana syror eller lignocellulosa. Deras aktivitet testas sedan både i enzymatiska analyser och på föroreningar som kolväten och plast.

Isolering och screening från markens biologiska mångfald för svampar som är involverade i nedbrytningen av motsträviga material

Environmental pollution is an increasing problem, and identifying fungi involved in the bioremediation process is an essential task. Soil hosts an ...

Detta protokoll är viktigt eftersom det isolerar svampstammar med hög nedbrytande potential direkt från jordprover för att betraktas som kandidater för bioremedieringsändamål. Detta protokoll är en billig screening för att hitta svampar med bioremedieringspotential. Dessutom ger det resultat som är lätta att tolka.Eftersom denna teknik innebär hantering av mikroorganismer är det mycket viktigt att arbeta sterilt med ett laminärt flödesskåp eller en Bunsen-brännare för att undvika kontaminering. För att börja, prova jorden av intresse och sikta jorden med ett två millimeter nät för att ta bort rötter och växtskräp. Under ett laminärt flödesskåp tillsätt ett gram av den siktade jorden i ett sterilt 15-milliliter rör.Tillsätt sedan 10 ml sterilt avjoniserat vatten för att göra en 10 till minus en utspädning. Skaka röret horisontellt i 30 minuter. Innan suspensionen sätter sig, ta en milliliter av 10 till minus en utspädning med en steril pipett och överför den till en nio milliliter avjoniserat vattenämne för att göra 10 till minus två utspädning.Vortex suspensionen noggrant. Gör på liknande sätt en utspädning på 10 till minus tre från en utspädningsslang på minus 10 till minus två. För plätering av jordutspädningar på selektiva medier, samla 100 mikroliter av 10 till minus tre utspädning med en mikropipett med en steril punkt och överför den till en humisk agar Petriskål.Fördela utspädningen jämnt på skålens yta med en steril, engångsformad, L-formad cellspridare. Förbered fyra till fem sådana rätter. Förbered på samma sätt lignocellulosafat från ett 10 till minus tre utspädningsrör.Låt diskarna lufttorka i 10 till 15 minuter innan du ruvar vid 25 grader Celsius i mörkret i 15 dagar. Kontrollera alla svampkolonier som finns för likheter. Förbered vid behov en bild som ska observeras under ett ljusmikroskop.Under ett laminärt flödesskåp eller vid en Bunsen-brännare, isolera varje vald svampstam genom att försiktigt ta bort en liten del av myceliet från kolonin med en steril ympningsnål. Överför den isolerade kolonin till en ny maltextraktagar, eller MEA, maträtt. Överför 20 ml Bushnell Haas, eller BH-medium, till 50 ml glasflaskor.Överför sju milliliter avjoniserat vatten till 15 milliliter injektionsflaskor och tillsätt bitar av trasiga glaslock i varje injektionsflaska. Sterilisera injektionsflaskorna genom autoklavering vid 121 grader Celsius i 20 minuter. För att testa tillväxten på petrolatum, tillsätt en milliliter petrolatum till varje 50-milliliter BH-injektionsflaska med en steril pipett under det laminära flödesskåpet.Förvara några injektionsflaskor med endast BH som negativ kontroll. Ta bort myceliet på ytan av mediet från MEA-plattan med den valda svampstammen med en steril nål och överför den till en 15-milliliter glasflaska med de trasiga lockglidningarna. Agitera injektionsflaskan på en virvelblandare i två minuter, så att de trasiga täckglidningarna kan skära svampkolonins kub och göra en suspension.Inokulera varje injektionsflaska med petrolatum med 200 mikroliters suspension. Gör två replikat för varje svampstam. För den negativa kontrollen, tillsätt 200 mikroliter svampsuspension i injektionsflaskan som endast innehåller BH-medium.Förvara också injektionsflaskan med petrolatum utan svampinokulering för att kontrollera om det finns kontaminering i mediet. Inkubera injektionsflaskorna vid 25 grader Celsius i mörkret och observera dem efter 15 och 30 dagar från inokulatet. För att testa tillväxten på begagnad motorolja, överför 500 mikroliter begagnad motorolja till BHA Petri-skålen och fördela oljan jämnt.Inokulera sedan plattan med svampstam genom att samla myceliet från MEA-plattor. För att testa tillväxt på plast, överför 200 mikroliter svampsuspension till en 96-mikrowellplatta. Gör tre replikat av kombinationen svampstam-plast.Tillsätt 10 milligram av ett annat plastpulver till varje brunn med svampsuspensionen. För den negativa kontrollen, tillsätt 200 mikroliter BH-medium till brunnen med svampsuspensionen. För varje plastpulver fyller du dessutom en brunn med 200 mikroliter BH-lösning och 10 milligram av varje plastdamm för att kontrollera om det finns kontaminering.Inkubera plattorna vid 25 grader Celsius i mörkret och observera dem efter 15 och 30 dagar. För kvalitativt laccases kalorimetriskt test, förbered en liter potatisdextrosagar eller PDA och autoklav i 20 minuter. Efter autoklavering, när mediet har svalnat men fortfarande är flytande, tillsätt 400 mikroliter guaiacol under en laminär flödeshuv och platta det i petriskålar.Inokulera PDA guaiacol-plattan med svampstam genom att samla myceliet från MEA-plattan. För negativa kontroller, förbered PDA-plattor med varje svampstam och en platta med PDA och guaiacol. Inkubera plattorna vid 25 grader Celsius i mörkret och observera dem efter sju dagar.För det kvalitativa esterastestet, förbered en liter Tween 80-medium. Placera sedan mediet på en magnetisk omrörare utan uppvärmning med en omrörningsstång inuti mediet. Efter 10 minuter, när allt smälts, överför fem milliliter av mediet till 20 ml sterila ampuller och autoklav.Tillsätt 200 mikroliter svampsuspension till Tween 80 medium steriliserad injektionsflaska. För den negativa kontrollen, tillsätt fem milliliter autoklaverat BH-medium i en 20-milliliter injektionsflaska. Tillsätt sedan 200 mikroliter svampsuspension till injektionsflaskan.Inkubera injektionsflaskorna vid 25 grader Celsius i mörkret i 21 dagar och observera dem var sjunde dag. Andelen svampstammar som kunde växa på petrolatum, använd motorolja och plastpulver som enda kolkälla med olika grad av framgång utvärderades. Svamparnas förmåga att utnyttja petrolatum bedömdes som skillnaden i kolonitillväxt mellan kontrollerat BH och innehållande petrolatum.Nästan 75% av de testade stammarna kunde använda petrolatum som sin enda kolkälla och 21% uppvisade maximal tillväxt. Tillväxten för plattor som endast innehöll BHA och i närvaro av motorolja övervakades också. Nästan 90% av stammarna växte på begagnad motorolja, med 39% som visade maximal tillväxt.Bildandet av en rödbrunaktig halo runt svampkolonin indikerade högre produktion av laccases och andra lignolytiska enzymer. Cirka 60% av svamparna kunde producera laccases. Dessutom producerade 17% av stammarna en intensiv mörk halo runt kolonin i guaiacolmediet.Esterases aktivitet bedömdes genom bildandet av en vit fällning i Tween 80-medium. Nästan 60% av stammarna visade esterasaktivitet och 13% visade högre fällningsbildning. Detta protokoll kan skräddarsys för att screena för svampar som kan bryta ner alla föroreningar genom att tillsätta det motsträviga ämnet av intresse till ett minimalt odlingsmedium.

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Isolering av Protoplasts från vävnaderna på 14 dagar gamla plantor av Arabidopsis thaliana</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

Fluorescence-microscopy Screening and Next-generation Sequencing: Useful Tools for the Identification of Genes Involved in Organelle Integrity

Fluorescens-mikroskopi Screening och nästa generations sekvensering: Användbara verktyg för identifiering av gener involverade i Organell Integrity

This protocol describes a fluorescence microscope-based screening of Arabidopsis seedlings and describes how to map recessive mutations that alter the ...

Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

Isolering av befintliga jorden Mikroorganismer med potential för Breaking Down Biologiskt nedbrytbara plast kompost filmer som används i jordbruk

Fungi native to agricultural soils that colonized commercially available biodegradable mulch (BDM) films were isolated and assessed for potential to ...

Reporter-based Growth Assay for Systematic Analysis of Protein Degradation

Reporter baserade tillväxtanalys för systematisk analys av proteinnedbrytning

Protein degradation by the ubiquitin-proteasome system (UPS) is a major regulatory mechanism for protein homeostasis in all eukaryotes. The standard ...

Assays for the Degradation of Misfolded Proteins in Cells

Analyser för nedbrytningen av Felveckade proteiner i celler

Protein misfolding and aggregation are associated with various neurodegenerative diseases. Cellular mechanisms that recognize and degrade misfolded ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Hybrid-Cut: En förbättrad Sektione metod för Motsträviga växtvävnadsprover

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loopmedierad isotermisk förstärkning för screening av salmonella i djurfoder och bekräftelse av salmonella från kulturisolering

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has emerged as a powerful nucleic acid amplification test for the rapid detection of numerous bacterial, ...

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

Snabb in vivo-fixering och isolering av translationella komplex från eukaryota celler

Rapid responses involving fast redistribution of messenger(m)RNA and alterations of mRNA translation are pertinent to ongoing homeostatic adjustments of ...

Isolation and Culture of Primary Oral Keratinocytes from the Adult Mouse Palate

For years, most studies involving keratinocytes have been conducted using human and mouse skin epidermal keratinocytes. Recently, oral keratinocytes have ...

Isolation and Selection of Entomopathogenic Fungi from Soil Samples and Evaluation of Fungal Virulence against Insect Pests

Isolering och urval av entomopathogena svampar från jordprover och utvärdering av svampvinulens mot insektsskadedjur

Entomopathogenic fungi (EPF) are one of the microbial control agents for integrated pest management. To control local or invasive pests, it is important ...