Name: detection of post-replicative gaps accumulation and repair in human cells using the dna fiber assay
Uploaded: 2022-02-03T14:15:00
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C.F.M.M. 실험실에서의 연구는 FAPESP와 네덜란드 과학 연구기구 (NWO, 네덜란드)의 국제 협력 연구에 따라 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP, 상파울루, 브라질, 보조금 #2019/19435-3, #2013/08028-1 및 2017/05680-0)의 지원을 받습니다. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq, Brasília, DF, Brazil, Grants # 308868/2018-8] 및 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal do Ensino Superior (CAPES, Brasília, DF, Brazil, Finance Code 001).

이 연구는 인간 세포를 사용함에 따라 상파울루 대학의 생물 의학 연구소 윤리위원회 (ICB-USP, 승인 번호 #48347515.3.00005467)에서 인간 샘플을 사용한 연구를 승인했습니다.
참고: 여기에 설명된 프로토콜은 이전 간행물에서 약간의 수정 14,16,28로 사용되었습니다. 여기서 초점은 DNA 손상제로서 자외선 C (UVC)의 ?...

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표준 DNA 섬유 분석 프로토콜의 중요한 단계는 이전 간행물32에서 논의되었다. 여기에서, 우리는14에서 초기에 기술된 갭 채우기에 의한 그들의 복구뿐만 아니라 복제 후 ssDNA 갭의 존재를 조사하기 위해 표준 DNA 섬유 분석의 변형된 버전을 기술한다. 복제 후 ssDNA 갭 존재의 맥락에서, S1 섬유 프로토콜에서 S1 뉴클레아제를 사용하는 것은 갭 형성 및 후속 검출을 ?...

정액 연구는 박테리아1 및 인간 세포 2,3에서 DNA 손상제를 사용한 처리시 복제 후 단일 가닥 (ssDNA) 갭의 축적에 대한 증거를 제공했다. 손상된 DNA 주형의 복제 동안, DNA 합성 기계는 특정 트랜스플레션 합성 DNA 폴리머라제를 사용하거나 주형 스위칭 메커니즘을 통해 병변을 우회할 수 있다. 대안적으로, 리플리솜은 또한 단순히 ssDNA 갭을 남겨두고 병변을 건너 뛰고, 나중에 수리될 수 있다. 보다 최근에, 한 연구는 유전 독성 제제를 사용한 치료가 복제 중간체의 특정 구조를 시각화하기 위해 전자 현미경을 활용하여 진핵생물에서 ssDNA 갭을 유도한다는 것을 분명히 보여주었습니다4. 복제 후 갭의 이들 영역의 형성은 처음에 DNA 복제2의 반불연속 모드의 간단한 결과라고 제안되었다. 이 경우, 뒤쳐진 가닥의 병변은 오카자키 단편의 신장을 차단할 수 있지만, 포크 진행은 ssDNA 갭을 남기고 다음 오카자키 단편에 의해 자연적으로 구출됩니다. 그러나 추가 연구에 따르면 박테리아 5에서 처음 나타난 것처럼 선행 가닥에 틈새 형성이 가능하다는 것이입증되었습니다. 진핵생물에서, 프리미아제 활성을 갖는 독특한 DNA 중합효소인 PRIMPOL은 그의 재검 활성 6,7,8,9,10,11을 통해 병변을 차단하는 복제 하류의 DNA 합성을 재개할 수 있는 것으로 나타났다. 따라서, PRIMPOL 프리마제 활성은 인간 세포(12)에서 DNA 손상제로 처리시 선행 가닥에서 복제 후 ssDNA 갭의 형성을 설명할 수 있다. 그럼에도 불구하고, 이러한 갭의 검출 및 갭 복구는 최근까지 전자 현미경(4) 또는 플라스미드-기반 분석(13)과 같은 간접적 또는 시간-소모적인 접근법을 필요로 하였다. 인간 세포의 틈새를 검출하기 위해 ssDNA 특이적 S1 뉴클레아제의 사용은 수크로오스 구배 기술 2,3을 사용하여 사십 년 전 초기 연구에 의해 개척되었습니다. 보다 최근에, 우리 그룹은 DNA 섬유 및 혜성 분석14와 같은 다른 방법을 사용하여 DNA를 복제 (사후 복제 갭)에서 ssDNA를 검출하기 위해이 뉴클레아제의 사용을 적용했습니다. 이러한 새로운 접근법은 복제 후 격차에 대한 연구의 현재 급증을위한 길을 열었습니다. 여기에서는 S1 뉴클레아제를 사용하여 DNA 섬유 분석법에 의해 복제 후 ssDNA 갭을 탐지하는 전략을 설명하고 DNA 섬유 프로토콜의 차등 표지 체계가 어떻게 이러한 갭의 복구에 대한 연구를 허용 할 수 있는지 설명합니다.
DNA 섬유 분석은 점점 더 많은 실험실에서 사용되어 왔으며 복제 포크 역학 및 복제 스트레스 반응 메커니즘에 대한 귀중한 통찰력을 제공하는 강력한 기술입니다. 간략하게, 이 기술은 복제 DNA에 뉴클레오티드 유사체 (예를 들어 CldU-5-클로로-2'-데옥시우리딘-및 IdU-5-요오도-2'-데옥시우리딘)의 순차적 혼입에 기초한다. 수확 후, 세포는 용해되고, DNA 분자는 양성으로 코팅된 유리 슬라이드 상에 퍼진다. CldU 및 IdU는 이어서 특이적 항체에 의해 검출되며, 이는 이색 섬유로서 형광 현미경으로 가시화될 수 있다. 마지막으로, IdU 및 CldU 관로의 길이는 DNA 손상 유도의 결과로서 DNA 복제 역학의 임의의 변화를 확인하기 위해 측정된다. 이 기술은 포크 스톨링, 포크 슬레이트, 초기 DNA 분해 및 원산지 발사 빈도15,16의 변화와 같은 다양한 현상을 조사하는 데 사용될 수 있습니다.
DNA 섬유 분석의 한 가지 한계는 몇 킬로염기의 분해능입니다. 복제 후 ssDNA 갭은 수백 염기의 범위에있을 수 있기 때문에 표준 DNA 섬유 프로토콜에 의해 이러한 갭을 직접 시각화하는 것은 불가능합니다. 유전 독성 물질로 처리 된 인간 세포에서 DNA를 복제하는 것에 대한 ssDNA 갭의 존재는 이전에 간접적으로 연루되었습니다. 예를 들어, ssDNA 결합 단백질, 복제 단백질 A(RPA)의 모집에 의해 평가된 바와 같이, S 단계 밖의 세포에서, 또는 DNA 섬유 분석법에 의한 장기간의 포크 스톨링의 부재와 결합된 알칼리성 DNA 풀림에 의해 검출된 ssDNA의 형성 12,17,18,19,20,21 ssDNA 갭의 축적에 기인하였다. 또한, 복제 후 ssDNA 갭은 ATR 의존성 G2/M 위상 체크포인트를 유도하고 복제 독극물18,19,20,21,22로 처리된 세포를 정지시킨다.
S1 뉴클레아제는 5'-포스포릴 모노- 또는 올리고뉴클레오티드를 방출하는 단일 가닥 핵산을 분해하고, RNA에 비해 ssDNA에 대해 5배 더 높은 친화도를 갖는다. 이중 가닥 핵산 (DNA:DNA, DNA:RNA 또는 RNA:RNA)은 매우 높은 농도로 사용되는 경우를 제외하고는 S1 뉴클레아제에 내성이 있습니다. S1 뉴클레아제는 또한 닉, 갭, 미스매치 또는 루프로 인해 발생하는 단일 가닥 영역에서 이중 가닥 DNA를 절단합니다. 따라서 S1 뉴클레아제는 ssDNA 갭을 절단할 수 있는 ssDNA 특이적 엔도뉴클레아제이며, 궁극적으로 이중 가닥 파단23,24를 생성한다. 따라서, DNA 섬유 프로토콜에 S1 뉴클레아제 소화를 위한 단계를 간접적으로 추가함으로써 복제 후 ssDNA 갭의 검출을 가능하게 한다. 갭의 존재하에서, DNA 확산 전에 S1 핵으로 노출된 핵을 처리하면 갭(14)에 본질적으로 존재하는 ssDNA의 S1 절단의 결과로서 더 짧은 관로가 생성될 것이다. 따라서, 트랙트 단축은 이러한 접근법을 사용하는 ssDNA 갭에 대한 판독이다. 표준 DNA 섬유 프로토콜과 비교할 때, S1 뉴클레아제를 가진 DNA 섬유는 핵 노출 (세포 투과화)과 S1 뉴클레아제 치료의 두 가지 추가 단계 만 있으면됩니다. 유전독성제로 처리되었지만 S1 뉴클레아제가 없는 샘플 및 유전독성제가 없는 S1 뉴클레아제로 처리된 샘플과 같이 적절한 조절이 필수적이라는 점에 유의하는 것이 중요하다. 유사체의 혼입, S1 처리 및 확산을 포함한 프로토콜 자체는 1 일 내에 수행 될 수 있으며 예외적 인 물질을 필요로하지 않습니다. 티미딘 유사체, 정제된 S1 뉴클레아제, 적절한 1차 및 2차 항체, 및 형광 현미경만이 필요하다. 전반적으로, S1 뉴클레아제를 채용하는 DNA 섬유는 비교적 간단한 접근법을 사용하여 진행중인 복제 포크에서 ssDNA 갭을 검출한다.
복제 스트레스 반응 메카니즘의 결과로서 형성된 복제 후 ssDNA 갭은 갭 필링 또는 복제 후 복구(PRR)25라고 불리는 프로세스에서 트랜스플레션 DNA 합성 또는 주형 스위칭을 포함한 상이한 메카니즘에 의해 복구(또는 채워짐)될 수 있다. 이러한 과정은 복제 독립적 인 DNA 합성14,26,27을 포함하는 전진하는 포크 뒤에서 발생합니다. 이러한 발견에 기초하여, 표준 DNA 섬유 분석과 구별되는 라벨링 스킴을 수행하여 G2 단계의 갭 채우기 이벤트를 직접 시각화 할 수 있습니다 14,16,26,28. 구체적으로, 하나의 티미딘 유사체는 유전 독성 처리 및 복제 후 ssDNA 갭 형성시에 복제 포크를 라벨링하는 데 사용될 수 있고, 다른 티미딘 유사체는 갭 채우기 이벤트를 라벨링하는데 사용될 수 있다. 이 프로토콜에서, 세포는 1시간 동안 유전독성 처리 직후 또는 이와 동시에 제1 티미딘 유사체 (예를 들어, IdU)로 표지되어, 초기 DNA가 갭 형성시에 표지된다. Nocodazole은 G2 / M에서 세포를 체포하기 위해 12-24 시간 동안 치료시 첨가되어 다음 S 단계를 예방합니다. 노코다졸 처리의 마지막 4시간 동안, 두 번째 티미딘 유사체(예를 들어, CldU)가 갭 충전 동안 혼입될 배지에 첨가된다. 중요하게도, 이 분석은 CldU로부터의 갭 채우기 신호가 S 단계에서 복제 DNA로의 CldU 혼입으로 인한 신호와 구별될 수 없기 때문에 G2에서 갭 채우기 이벤트를 검출하는 데에만 사용될 수 있다. 따라서, 배경 신호를 최소화하기 위해, 손상 유도 후 CldU 혼입의 타이밍은 대부분의 세포 집단이 G2 단계14에 진입할 때와 일치해야 한다. 따라서, 이러한 타이밍은 세포주 및 치료 조건에 따라 달라질 것이다. 이 검정을 채택하기 전에 세포 주기 진행을 최적화하는 것이 좋습니다. 이들 티미딘 유사체의 공동-염색은 ssDNA 갭이 생성되었을 때 유전독성 처리 동안 합성된 초기 DNA(IdU tracts)의 상부에 갭 필링(PRR) 관(CldU 패치)의 시각화를 가능하게 한다.

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	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetic acid, Glacial</td>
			<td>Synth</td>
			<td>64-19-7</td>
			<td>Alternatively, BSA - Biosera - REF PM-T1725/100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide</td>
			<td>Synth</td>
			<td>1336-21-6</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibody anti-mouse IgG1 Alexa Fluor 594</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>A11005</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibody anti-rat Alexa Fluor 488</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>A21470</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibody Mouse anti-BrdU</td>
			<td>Becton Disckson</td>
			<td>347580</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibody Rat anti-BrdU</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>&#160;Ab6326</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biological security hood</td>
			<td>Pachane</td>
			<td>PA 410</td>
			<td>Use hood present in the laboratory</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSA (Bovine Serum Albumin)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A3294</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell scraper</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>179693</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CldU</td>
			<td>Millipore-Sigma</td>
			<td>C6891</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cloridric acid</td>
			<td>Synth</td>
			<td>7647-01-0</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Confocal Zeiss LSM Series (7, 8 or 9)</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>-</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cover glass (or coverslips)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>152460</td>
			<td>Alternatively, Olen - Kasvi Cover Glass (24 x 60 mm) - K5-2460</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM - High Glucose</td>
			<td>LGC/Gibco</td>
			<td>BR30211-05/12100046</td>
			<td>Use culture media specific for the cell line used.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E5314</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Epifluorescence Microscope Axiovert 200</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>-</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FBS (Fetal Bovine Serum)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>12657-029</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma Series II Water Jacketed CO2 Incubator</td>
			<td>Thermo Scientific 3110</td>
			<td>13-998-074</td>
			<td>Use cell incubator present in the laboratory</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass slide jar</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5516</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>56-81-5</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Idu</td>
			<td>Millipore-Sigma</td>
			<td>I7125</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Chloride</td>
			<td>Synth</td>
			<td>7791-18-6</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Merck</td>
			<td>67-56-1</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope slides</td>
			<td>Denville</td>
			<td>M1021</td>
			<td>Alternatively, Olen - Kasvi Microscope Slides - K5-7105 OR Precision Glass Line - 7105-1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MOPS (&#193;cido 3-morfolinopropano 1-sulf&#244;nico)</td>
			<td>Synth</td>
			<td>1132-61-2</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nocodazole</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>31430-18-9</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS (Phosphate Buffer Saline)</td>
			<td>Life Thechnologies</td>
			<td>3002</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15140122</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ProLong Gold AntiFade Mountant</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>P36930</td>
			<td>Any antifade moutant solution for immunofluorescence could be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S1 nuclease purified from Aspergillus oryzae</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>18001-016</td>
			<td>Pre-dilute the S1 nuclease (1/100 - 1/200) in S1 nuclease dilution buffer provided by the manufacturer, aliquote and store at -20 &#176;C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS (Sodium Dodecyl Sulfate)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>161-0302</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Acetate Trihydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>6131-90-4</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Synth</td>
			<td>&#160;7647-14-5</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>57-50-1</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>West Lab Research</td>
			<td>BP152-1</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Synth</td>
			<td>9002-93-1</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25200072</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P1379</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UVC Lamp</td>
			<td>Non Specific</td>
			<td>-</td>
			<td>Essential: emission lenght of 254 nm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VLX-3W UV Radiometer</td>
			<td>Vilber Loumart</td>
			<td>-</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zinc Acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>557-34-6</td>
			<td>Or similar</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection of post-replicative gaps accumulation and repair in human cells using the dna fiber assay

DNA 섬유 분석은 인간 세포에서 DNA 합성 중에 혼입되는 뉴클레오티드 유사체의 면역검출에 기초한 복제 포크 역학의 분석을 위한 간단하고 강력한 방법이다. 그러나이 기술은 수천 킬로베이스의 제한된 해상도를 가지고 있습니다. 결과적으로, 수백 염기만큼 작은 복제 후 단일 가닥 DNA (ssDNA) 갭은 표준 검정에 의해 검출 가능하지 않다. 여기에서는 ssDNA를 특이적으로 절단하는 효소인 S1 뉴클레아제를 활용하는 DNA 섬유 분석의 변형된 버전을 설명한다. 복제 후 ssDNA 갭이 있는 경우, S1 뉴클레아제는 틈새를 표적으로 하고 절단하여 진행 중인 포크에서 ssDNA 갭에 대한 판독으로 사용할 수 있는 더 짧은 영역을 생성합니다. 이러한 복제 후 ssDNA 갭은 손상된 DNA가 불연속적으로 복제될 때 형성된다. 그들은 게놈 복제와 결합되지 않은 메커니즘을 통해 갭 채우기 또는 복제 후 수리로 알려진 과정에서 복구 할 수 있습니다. 갭 채우기 메커니즘은 S 단계와 무관하게 DNA 합성을 포함하기 때문에 DNA 섬유 라벨링 체계의 변경은 또한 갭 채우기 이벤트를 모니터링하기 위해 사용될 수 있습니다. 전체적으로, DNA 섬유 분석의 이러한 변형은 복제 후 갭이 인간 세포의 게놈에서 어떻게 형성되고 채워지는지를 이해하는 강력한 전략입니다.

S1 Fiber 분석에서, 유전 독성제로 처리하면 복제 후 ssDNA 갭이 생기면 S1 처리 된 핵으로부터의 DNA 섬유의 전체 길이는 유전 독성제로 처리되었지만 S1 절단에 제출되지 않은 샘플뿐만 아니라 처리되지 않은 샘플에 비해 DNA 손상으로 처리 할 때 짧아집니다 (그림 1).
대안적으로, S1 뉴클레아제를 사용한 치료가 처리되지 않은 세포에 비해 DNA 섬유의 길이에 ?...

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Detection of Post-Replicative Gaps Accumulation and Repair in Human Cells Using the DNA Fiber Assay

여기서 우리는 병변 유도 후 DNA를 복제하는 데있어 단일 가닥 DNA 갭을 조사하기 위해 DNA 섬유 분석의 두 가지 변형을 설명합니다. S1 섬유 분석은 ssDNA 특이적 S1 엔도뉴클레아제를 사용하여 복제 후 갭을 검출할 수 있게 하며, 갭 채우기 분석은 갭 복구의 시각화 및 정량화를 가능하게 합니다.

DNA 섬유 분석을 이용한 인간 세포에서의 복제 후 갭 축적 및 복구 검출

The DNA fiber assay is a simple and robust method for the analysis of replication fork dynamics, based on the immunodetection of nucleotide analogs that ...

우리의 프로토콜은 손상된 DNA에서 복제가 어떻게 발생하는지 조사 할 수있는 새로운 가능성을 열어줍니다. 이 기술은 DNA 병변 반대편에있는 단일 가닥 DNA 갭의 형성과 복구를 감지 할 수 있습니다. S1 뉴클레아제는 단일 가닥 DNA를 절단하고 복제 후 갭을 검출할 수 있습니다.이 접근법은 브라질에서 1970 년대에 Meneghini 박사와 Cordiero-Stone 박사에 의해 처음 사용되었으며 최근에는 DNA 섬유 분석에 적용되었습니다. 복제 후 갭의 형성 및 복구를 연구하기 위해 여기에 설명 된 기술을 사용하면 게놈 무결성을 유지하는 DNA 복구 및 복제 스트레스 반응의 메커니즘에 대한 통찰력을 제공 할 수 있습니다. 여기에 설명된 두 프로토콜, S1 파이버 및 갭 필링 분석의 경우, 데이터의 정확한 해석을 보장하기 위해 모든 컨트롤을 포함하는 것이 중요합니다.이 절차는 우리 실험실의 박사 과정 학생 인 Davi J.Martins와 우리 그룹에서 일할 때 이전에 이러한 기술을 개발 한 공동 작업자 인 Annabel Quinone 박사가 시연합니다. 우선, 배양 배지를 흡인하고, 즉시 20-마이크로몰의 IDU 배지를 갖는 배양 배지를 세포에 첨가한다. 세포를 섭씨 37도 및 5 % 이산화탄소에서 정확하게 20 분 동안 배양하십시오.그런 다음, 미리 가온된 PBS로 세포를 두 번 신속하게 세척하고 미터 평방 UV-C 당 20 줄로 조사한다. 처리되지 않은 세포를 대조군으로 사용하십시오. 즉시 200 마이크로 몰의 CldU가있는 배지를 세포에 첨가하고 섭씨 37도 및 5 % 이산화탄소에서 정확하게 60 분 동안 배양하십시오.그 후, 세포를 미리 가온된 PBS로 두 번 세척하고, 실온에서 세포주에 따라 2 내지 10분 동안 CSK 100 완충액으로 이들을 투과시킨다. CSK 투과화 후, 세포질이 거의 없는 핵은 투과 전의 핵과 비교하여 볼 수 있다. PBS를 각 웰의 측면 아래로 조심스럽게 부어 PBS로 핵을 세척한다.그런 다음 핵을 S1 버퍼로 세척하십시오. S1 버퍼 내의 핵을 밀리리터 S1 핵클레아제 당 20 유닛으로 인큐베이션하고, S1 뉴클레아제를 없이 섭씨 37도에서 30분 동안 인큐베이션한다. 다음으로, S1 버퍼를 흡인하고 PBS에 0.1%BSA를 첨가한다.핵을 긁어 대략 주석이 달린 1.5 밀리리터 튜브로 옮깁니다. 튜브를 항상 얼음 위에 보관하십시오. 핵을 섭씨 4도에서 5분 동안 약 4, 600배 G에서 원심분리한다.펠렛을 마이크로리터 당 대략 1, 500 세포의 농도로 PBS에 재현탁시킨다. 튜브를 얼음 위에 놓고 즉시 프로토콜을 확산시켜 DNA 섬유 준비를 진행하십시오. 현미경 슬라이드에 탄소 연필로 주석을 달고 트레이에 평평하게 놓습니다.튜브의 바닥을 탭하여 균질화를 보장하고 해당 슬라이드의 상단에 두 마이크로 리터의 셀을 추가하십시오. 용해 완충액의 여섯 마이크로 리터를 추가하고 약 다섯 번 위아래로 피펫팅하여 세포를 용해시킵니다. 피펫 팁을 사용하여 방울을 슬라이드의 바닥쪽으로 약간 당기고 실온에서 다섯 분 동안 배양하여 핵을 용해시킵니다.슬라이드를 약 20도에서 40도 정도 기울이고 드롭이 일정한 저속으로 슬라이드 바닥으로 퍼지도록 합니다. 슬라이드를 어둠 속에서 실온에서 10 내지 15분 동안 건조시키십시오. 그런 다음, 갓 준비된 고정 용액이 들어있는 항아리에 담그고 실온에서 다섯 분 동안 인큐베이션하여 DNA를 슬라이드 상에 고정시킨다.슬라이드를 PBS로 5분 동안 두 번 세척하고, 실온에서 40 내지 60분 동안 갓 제조된 2.5-몰 코리드르산으로 DNA를 변성시켰다. 슬라이드를 PBS로 5분 동안 세 번 세척하고 섭씨 37도에서 30-60분 동안 미리 예온한 5%BSA로 차단합니다. 용지를 부드럽게 탭하여 슬라이드에서 과도한 액체를 제거합니다.슬라이드에 30 마이크로 리터의 일차 항체를 적하하고 덮개 슬립을 위에 놓습니다. 어둡고 습한 챔버에서 실온에서 1 내지 1.5시간 동안 인큐베이션한다. 슬라이드를 PBS가 있는 항아리에 한두 분 동안 넣은 다음 조심스럽게 덮개 슬립을 제거합니다.항아리에 PBST로 다섯 분 동안 세 번 씻고 슬라이드를 PBS에 넣습니다. 종이를 부드럽게 두드려 과도한 액체를 제거하고 30 마이크로 리터의 보조 항체를 슬라이드에 적가하십시오. 덮개 슬립을 위에 놓습니다.어둡고 습한 챔버에서 실온에서 45 내지 60분 동안 인큐베이션한다. 슬라이드를 세척하고 과량의 PBS를 한 번 더 제거하고 20 마이크로리터의 장착 시약을 슬라이드에 적하하는 단계를 반복합니다. 덮개 슬립을 위에 놓고 거품을 피하십시오.침지 오일 한 방울을 세포가 용해 된 슬라이드 상단 근처에 놓습니다. 녹색 채널을 사용하여 배경의 녹색 점을 검색하여 초점을 찾습니다. 라이카 애플리케이션 스위트 소프트웨어를 열고 구입을 클릭한 다음 녹색 채널을 선택하십시오.분석하기 전에 녹색 채널의 설정을 조정하십시오. 그런 다음 빨간색 채널로 변경하고 설정을 조정합니다. 섬유의 주요 농도를 찾아 가장자리로 이동하여 잘 퍼지고 겹치지 않는 개별 섬유를 찾으십시오.하나의 채널만 사용하여 사진의 영역을 선택하고 잠재적 편향을 피하십시오. 오버레이 획득 아이콘을 클릭하고 올바른 현미경 배율을 위해 소프트웨어를 조정하십시오. 슬라이드당 약 15~20장의 사진을 녹색 채널에서 전체 슬라이드와 함께 찍은 다음 빨간색 채널에서 촬영합니다.이제 두 채널이 병합되고 생성된 오버레이가 고유한 폴더로 이동됩니다. 빨간색과 녹색의 섬유를 볼 수 있습니다. ImageJ 소프트웨어를 열고 다섯 번째 아이콘을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하고 두 번째 옵션을 선택한 다음 세그먼트 선 도구를 선택하십시오.왼쪽 버튼을 클릭하여 빨간색 또는 녹색 트랙의 정확한 경로를 그리고 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 드로잉을 중지합니다. 키보드의 M 버튼을 눌러 길이를 측정합니다. S1 섬유의 경우 각 섬유에 대한 적색 및 녹색 트랙트 측정을 추적하고 다른 그림의 최소 150 개 섬유에서 적색 및 녹색 트랙트 길이를 측정합니다.S1 섬유는 이러한 대표적인 이미지에 표시됩니다. 대조군-갭이 없는 초기 DNA 관과 S1 뉴클레아제에 의한 절단에 불침투성이 여기에 도시되어 있다. S1 뉴클레아제에 의해 절단된 갭에 대해 양성인 DNA 관은 더 짧은 CldU 관 길이를 초래하였다.텍스트 원고에 광범위하게 설명된 차등 라벨링 체계는 갭 채우기 이벤트에 라벨링하기 위해 수행될 수 있다. 갭-필링 분석으로 명명된 이 분석에서, 적어도 하나의 CldU 패치 또는 더 적은 CldU 패치를 갖는 더 긴 IDU 트랙은 낮은 갭-채우기 밀도와 상응한다. 적어도 하나의 CldU 패치가 있는 더 짧은 IDU 트랙과 더 많은 CldU 패치가 있는 더 긴 IDU 트랙은 높은 갭 채우기 밀도와 일치합니다.이 프로토콜의 투과화 단계는 S1 뉴클레아제가 손상된 DNA의 복제 동안 형성된 갭에 작용하는 데 매우 중요합니다. S1 뉴클레아제는 또한 혜성 분석 프로토콜에 사용되어 치료 후 지속되는 손상된 DNA의 복제 중에 형성된 갭을 검출 할 수 있습니다. S1 섬유 분석은 복제 후 갭이 암 취약성, 특히 BRCA1 및 2 유전자에 돌연변이를 옮기는 유방암 및 난소 암에서 암 취약성을 유발할 수 있다는 새로운 패러다임을위한 길을 열었습니다.

Research

JoVE Journal

Genetics

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

단일 셀 시퀀싱을 사용하여 복사 번호 수선의 검출

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

연구

유전학

Atomic Force Microscopy Investigations of DNA Lesion Recognition in Nucleotide Excision Repair

핵 포스 현미경 검사에 의한 DNA 절편 검사에서의 DNA 병변 인식 연구

AFM imaging is a powerful technique for the study of protein-DNA interactions. This single molecule method allows the simultaneous resolution of different ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

DNA 수정에 대 한 Immunostaining: 공초점 이미지의 계산 분석

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Highly Efficient Gene Disruption of Murine and Human Hematopoietic Progenitor Cells by CRISPR/Cas9

CRISPR/Cas9에 의해 Murine 인간과 조 혈 조상 세포의 고효율 유전자 장애

Advances in the hematopoietic stem cell (HSCs) field have been aided by methods to genetically engineer primary progenitor cells as well as animal models. ...

A Simple, Rapid, and Quantitative Assay to Measure Repair of DNA-protein Crosslinks on Plasmids Transfected into Mammalian Cells

간단 하 고 빠른, 양적 분석 결과에 플라스 미드 DNA-단백질 Crosslinks의 측정 수리에 포유류 세포로 페

The purpose of this method is to provide a flexible, rapid, and quantitative technique to examine the kinetics of DNA-protein crosslink (DPC) repair in ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

드문 이벤트 감지 오류 수정 DNA와 RNA 시퀀싱을 사용 하 여

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

미토 콘 드리 아 DNA 메 틸 화의 정확한 탐지를 위한 방법론

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

ATAC-seq Assay with Low Mitochondrial DNA Contamination from Primary Human CD4+ T Lymphocytes

ATAC seq 분석 결과 주 인간의 CD4 + T 세포에서 낮은 미토 콘 드리 아 DNA 오염

ATAC-seq has become a widely used methodology in the study of epigenetics due to its rapid and simple approach to mapping genome-wide accessible ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

포유류 세포에서 미세 Coccal 뉴클레아제사용 염색질 면역침전 분석

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Use of Frozen Tissue in the Comet Assay for the Evaluation of DNA Damage

DNA 손상의 평가를 위한 혜성 분석에서 냉동 조직의 사용

The comet assay is gaining popularity as a means to assess DNA damage in cultured cells and tissues, particularly following exposure to chemicals or other ...