Name: mycorrhizal maps as a tool to explore colonization patterns and fungal strategies in the roots of festuca rubra and zea mays
Uploaded: 2022-08-26T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mycorrhizal Maps as a Tool to Explore Colonization Patterns and Fungal Strategies in the Roots of Festuca rubra and Zea mays at JoVE.com

تستخدم هذه الورقة البيانات الناتجة عن دراستين للدكتوراه في المجال المواضيعي "أنماط الذرة الفطرية المدفوعة بالمدخلات الزراعية" ، التي أجرتها فيكتوريا بوب مولدوفا ، و "حالة الميكوريزال وتطور الاستعمار في الأنواع المهيمنة في الأراضي العشبية الجبلية" ، التي أجرتها لاريسا كوركوز ، بتنسيق من الأستاذة الدكتورة روكسانا فيديكان.

1. اختيار المواد البيولوجية ، وأخذ عينات الجذر ، والتخزين
<ol><li>جمع الجذر الكامل للنباتات مع مجرفة (الشكل 1A) بشكل منفصل لكل متغير وتكرارها. إزالة بلطف ، باليد ، مجاميع التربة الكبيرة من الجذور. اغسل نظام الجذر بأكمله وقم بقياسه على مقياس بخلايا 1 سم × 1 سم (...

<ol>
	<li>Trivedi, P., Leach, J. E., Tringe, S. G., Sa, T., Singh, B. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant-microbiome+interactions:+From+community+assembly+to+plant+health.">Plant-microbiome interactions: From community assembly to plant health.</a> Nature Reviews Microbiology. 18 (11), 607-621 (2020).</li><li>Jeffries, P., Barea, J. M., Hock, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+Arbuscular+Mycorrhiza:+A+Key+Component+of+Sustainable+Plant-Soil+Ecosystems.">4 Arbuscular Mycorrhiza: A Key Component of Sustainable Plant-Soil Ecosystems.</a> The Mycota. IX Fungal Associations. , 51-75 (2012).</li><li>Parniske, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arbuscular+mycorrhiza:+the+mother+of+plant+root+endosymbioses.">Arbuscular mycorrhiza: the mother of plant root endosymbioses.</a> Nature Reviews Microbiology. 6 (10), 763-775 (2008).</li><li>Gianinazzi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agroecology:+The+key+role+of+arbuscular+mycorrhizas+in+ecosystem+services.">Agroecology: The key role of arbuscular mycorrhizas in ecosystem services.</a> Mycorrhiza. 20 (8), 519-530 (2010).</li><li>Lee, E. -. H., Eo, J. -. K., Ka, K. -. H., Eom, A. -. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+arbuscular+mycorrhizal+fungi+and+their+roles+in+ecosystems.">Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi and their roles in ecosystems.</a> Mycobiology. 41 (3), 121-125 (2013).</li><li>Zhang, Y., Zeng, M., Xiong, B., Yang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+significance+of+arbuscular+mycorrhiza+biotechnology+in+modern+agricultural+system.">Ecological significance of arbuscular mycorrhiza biotechnology in modern agricultural system.</a> Ying Yong Sheng Tai Xue Bao = The Journal of Applied Ecology. 14 (4), 613-617 (2003).</li><li>Shah, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+endophytic+Bacillus+megaterium+colonization+on+structure+strengthening,+microbial+community,+chemical+composition+and+stabilization+properties+of+Hybrid+Pennisetum.">Effect of endophytic Bacillus megaterium colonization on structure strengthening, microbial community, chemical composition and stabilization properties of Hybrid Pennisetum.</a> Journal of the Science of Food and Agriculture. 100 (3), 1164-1173 (2020).</li><li>Souza, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Arbuscular Mycorrhizal Fungi. , (2015).</li><li>Sun, X. -. G., Tang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+four+routinely+used+methods+for+assessing+root+colonization+by+arbuscular+mycorrhizal+fungi.">Comparison of four routinely used methods for assessing root colonization by arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Botany. 90 (11), 1073-1083 (2012).</li><li>Smith, S., Read, D., Smith, S. E., Read, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization+of+Roots+and+Anatomy+of+Arbuscular+Mycorrhiza.">Colonization of Roots and Anatomy of Arbuscular Mycorrhiza.</a> Mycorrhizal Symbiosis. , 42-90 (2008).</li><li>Stoian, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+approach+and+future+perspectives+in+microscopic+patterns+of+mycorrhizal+roots.">Sensitive approach and future perspectives in microscopic patterns of mycorrhizal roots.</a> Scientific Reports. 9 (1), 10233 (2019).</li><li>Pop-Moldovan, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Divergence+in+corn+mycorrhizal+colonization+patterns+due+to+organic+treatment.">Divergence in corn mycorrhizal colonization patterns due to organic treatment.</a> Plants. 10 (12), 2760 (2021).</li><li>Corcoz, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycorrhizal+patterns+in+the+roots+of+dominant+Festuca+rubra+in+a+high-natural-value+grassland.">Mycorrhizal patterns in the roots of dominant Festuca rubra in a high-natural-value grassland.</a> Plants. 11 (1), 112 (2021).</li><li>Corcoz, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+colonization+strategies+in+roots+of+long-term+fertilized+Festuca+rubra.">Deciphering the colonization strategies in roots of long-term fertilized Festuca rubra.</a> Agronomy. 12 (3), 650 (2022).</li><li>Stoian, V., Florian, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycorrhiza+-+Benefits,+influence,+diagnostic+method.">Mycorrhiza - Benefits, influence, diagnostic method.</a> Bulletin of University of Agricultural Sciences and Veterinary Medicine Cluj-Napoca. Agriculture. 66 (1), 2009 (2009).</li><li>Prates J&#250;nior, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agroecological+coffee+management+increases+arbuscular+mycorrhizal+fungi+diversity.">Agroecological coffee management increases arbuscular mycorrhizal fungi diversity.</a> PLoS One. 14 (1), 0209093 (2019).</li><li>Rillig, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+farmers+should+manage+the+arbuscular+mycorrhizal+symbiosis.">Why farmers should manage the arbuscular mycorrhizal symbiosis.</a> New Phytologist. 222 (3), 1171-1175 (2019).</li><li>Rillig, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Towards+an+integrated+mycorrhizal+technology:+Harnessing+mycorrhiza+for+sustainable+intensification+in+agriculture.">Towards an integrated mycorrhizal technology: Harnessing mycorrhiza for sustainable intensification in agriculture.</a> Frontiers in Plant Science. 7, 1625 (2016).</li><li>Bhale, U. N., Bansode, S. A., Singh, S., Gehlot, P., Singh, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multifactorial+Role+of+Arbuscular+Mycorrhizae+in+Agroecosystem.">Multifactorial Role of Arbuscular Mycorrhizae in Agroecosystem.</a> Fungi and their Role in Sustainable Development: Current Perspectives. , 205-220 (2018).</li><li>Khaliq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrated+control+of+dry+root+rot+of+chickpea+caused+by+Rhizoctonia+bataticola+under+the+natural+field+condition.">Integrated control of dry root rot of chickpea caused by Rhizoctonia bataticola under the natural field condition.</a> Biotechnology Reports. 25, 00423 (2020).</li><li>Vaida, I., P&#259;curar, F., Rotar, I., Tomo&#537;, L., Stoian, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+diversity+due+to+long-term+management+in+a+high+natural+value+grassland.">Changes in diversity due to long-term management in a high natural value grassland.</a> Plants. 10 (4), 739 (2021).</li><li>. The International Collection of (Vesicular) Arbuscular Mycorrhizal Fungi Available from: <a target="_blank" href="https://invam.wvu.edu/collection">https://invam.wvu.edu/collection</a> (2022)</li><li>. The International Bank for the Glomeromycota Available from: <a target="_blank" href="https://www.i-beg.eu/">https://www.i-beg.eu/</a> (2022)</li></ol>

الدراسات حول الاستعمار الفطري حيوية لتطوير استراتيجية جديدة في المجال الزراعي. إن قدرة النباتات المزروعة المتعددة على تكوين ارتباط تكافلي مع الميكوريزا المفصلية جعلتها مكونا مهما في التنمية المستدامة للنظام الإيكولوجي الزراعي والحفاظ على صحته16،17،<sup class...

فطريات الميكوريزا المفصلية (AM) هي فئة من النباتات الداخلية التي تنقلها التربة والتي تعد باستمرار مجالا لاهتمام الباحثين. وجودها في جذور معظم النباتات ومشاركتها في دورات المغذيات يجعلها مكونات حيوية في استقرار كل نظام بيئي حيث توجد النباتات العشبية 1,2. من خلال الميسيليوم خارج الجذر ، يعمل AM كامتداد فطري لجذور النباتات ، خاصة في المناطق التي يصعب الوصول إليها3. النشاط الرئيسي هو في جذور النباتات المضيفة ، حيث تقوم AM بتطوير شبكات hyphae كبيرة وهياكل محددة داخل الخلايا تسمى arbuscules. يسمح عدم وجود خصوصية للمضيف للتكافل باستعمار أنواع متعددة في نفس الوقت. توفر هذه القدرة ل AM دور تخصيص الموارد وتنظيم المغذيات في النظام الإيكولوجي ؛ يوفر الفطر أيضا الدعم في بقاء النبات ويساعد في أداء النبات4،5،6،7. يكون تفاعل أنواع AM مع الجذور المضيفة مرئيا في امتداد وموقع الميسيليوم داخل الجذر ووجود وشكل المفصليات التي تطورت داخل الخلايا. تعمل المفصليات داخل الخلايا كنقطة تبادل بين المتكافلتين وتمثل مناطق تتميز بعمليات نقل سريعة. تعتمد الهياكل التي تنتجها AM على الأنواع ، وبالإضافة إلى arbuscules ، في الجذور ، فإنها تطور أيضا حويصلات وجراثيم وخلايا مساعدة.
هناك العديد من التحديات في تقييم التكافل AM في جذور النباتات 8,9. الأول هو تطورها المستمر خلال فترة الغطاء النباتي بأكملها للمضيفين ، مما يؤدي إلى تغييرات متعددة في البنية المفصلية الواصلة. المراحل المختلفة من النمو المفصلي ، حتى انهيارها ، موجودة بوضوح في الجذور ، ولكن يتم هضم هياكل AM الشائخة في بعض الأحيان ، مما يجعلها مرئية جزئيا فقط10. ويتمثل التحدي الثاني في طريقة التلطيخ وبروتوكوله ، والتنوع الكبير في أنظمة الجذر ، وأبعاد خلاياها ، والاختلافات في السمك ، مما يجعل من الصعب اقتراح طريقة موحدة. ويتمثل التحدي الأخير في تقييم وتسجيل الاستعمار AM. هناك العديد من الطرق التي تسجل AM بدرجات مختلفة من الموضوعية ، ولا يزال معظمها مقتصرا على تقنيات الفحص المجهري. تعتمد الهياكل البسيطة على وجود / عدم وجود هياكل في قشرة الجذر ، في حين أن الهياكل الأكثر تعقيدا تستند إلى التسجيل البصري واستخدام فئات الاستعمار ، مع دمج تواتر وشدة ظاهرة الاستعمار. تم إنتاج الكثير من البيانات في العقود الأخيرة حول الحالة الفطرية لأنواع متعددة ، ولكن معظم الطرق تقتصر على القيمة الملحوظة للاستعمار دون الإشارة إلى الموقع الحقيقي لكل هيكل في قشرة الجذر. استجابة لضرورة الحصول على نتائج أكثر دقة حول استعمار AM ، تم تطوير طريقة تعتمد على التحليل المجهري لأنماط mycorrhizal (MycoPatt) في الجذور لتجميع ، في شكل رقمي ، خرائط mycorrhizal التفصيلية11. أيضا ، تسمح الطريقة بالحساب الموضوعي لمعلمات الاستعمار وتحديد الموضع الفعلي لكل هيكل في الجذر.
يمكن أن يكون موضع الهياكل الفطرية AM مهما في الإجابة على السؤالين التاليين. الأول يتعلق بتحليل الاستعمار في لحظة واحدة محددة من دورة الغطاء النباتي للنبات. في هذا السياق ، من المفيد جدا مراقبة وفرة المفصليات / الحويصلات ، والإبلاغ عن كيفية وجودها في الجذر ، وتقديم صورة ومعلمات استعمارية واضحة للغاية. والثاني يتعلق بالكشف عن الاستراتيجية الفطرية وتوجهها وحتى التنبؤ بتطورها المستقبلي. يمكن أن يكون أحد تطبيقات MycoPatt للنباتات التي يتم تحليلها يوميا ، كل 2-3 أيام ، أسبوعيا ، أو خلال مراحل النمو المختلفة. في هذا السياق ، يعد موقع الحويصلات / arbuscules مهما لفهم الآلية البيولوجية لاستعمار AM بشكل أفضل. هذه المعلمات والملاحظات مفيدة جدا لتكملة المعلمات الرياضية.
الهدف من هذه المقالة هو إظهار قدرة نظام MycoPatt على استكشاف إمكانات واستراتيجية استعمار الفطريات AM الأصلية في جذور Zea mays (الذرة) خلال مراحل التطور المختلفة وفي جذور Festuca rubra (الفسكو الأحمر) في ظل ظروف إخصاب مختلفة طويلة الأجل. لتحقيق الهدف ، تم تحليل قاعدتي بيانات كبيرتين من تجربتين. تم تأسيس تجربة الذرة في كوجوكنا (46°44′56" lat. N و 23°50′0" طويلة. E) ، في المزرعة التعليمية التجريبية بجامعة العلوم الزراعية والطب البيطري كلوج على phaeoziom مع تربة طميية الملمس12. تجربة الفسكو الأحمر هي جزء من موقع تجريبي أكبر تم إنشاؤه في عام 2001 في غيتشاري ، جبال أبوسيني (46 ° 49'064 " lat. N و 22 ° 81'418 ''' طويلة. E) ، على نوع التربة preluvosol (terra rossa)13,14. تم جمع الذرة في خمس مراحل ظاهرية مختلفة للنمو12: B1 = 2-4 أوراق (كنقطة تحكم لبدء الاستعمار الفطري) ؛ B2 = 6 أوراق; B3 = 8-10 أوراق ؛ B4 = تكوين قطعة خبز. B5 = النضج الفسيولوجي. بدءا من مرحلة 2-4 أوراق (A0) ، تم تطبيق معالجة عضوية ، مما أدى إلى عامل التخرج المزدوج (A1 = التحكم و A2 = المعالجة). تم جمع جذور الفسكو الأحمر عند الإزهار من تجربة مع خمسة تسميد طويل الأجل13,14: V1 = التحكم ، غير المخصب. V2 = 10 t·ha-1 السماد; V3 = 10 t·ha-1 السماد + N 50 كجم ·ha-1 ، P 2 O5 25 kg·ha-1 ، K2O 25 kg ·ha-1 ؛ V4 = N 100 kg·ha-1, P 2 O5 50 kg·ha-1, K2O 50 kg·ha-1; V5 = 10 t·ha-1 السماد + N 100 kg·ha-1, P 2 O5 50 kg·ha-1, K2O 50 kg·ha-1. تم جمع خمسة نباتات في كل مرحلة تطوير من كل متغير تسميد. تم تحليل بروتوكولات التلطيخ وأدائها من حيث وقت معالجة العينات وجودة التلطيخ. تم تحليل العلاقة بين تطور AM-hyphae ووجود هياكلها في الجذور بشكل منفصل لكل نوع واستمرت مع تحديد الجذور الأكثر تساهلا للاستعمار. تم تحليل أنماط الاستعمار المحددة لكل نظام جذر بناء على خرائط الاستعمار وقيمة معلمات AM.
الذرة هي نبات سنوي ، مما يعني النمو المستمر للجذور ، وكان هذا هو السبب الرئيسي لتطبيق MycoPatt في مراحل النمو. Red fescue هو نبات معمر من أرض عشبية تعامل لفترة طويلة بأسمدة مختلفة. جذورها لها تطور أقصر من 1 سنة ، ويعتبر anthesis كنقطة الغطاء النباتي عندما يغير النبات عملية التمثيل الغذائي من الخضري إلى التوليدية. للقبض على هذه النباتات خلال فترات النشاط المكثف هذه ، تم اختيار النقاط الزمنية المذكورة أعلاه. أخذ العينات خلال فترة الغطاء النباتي أمر صعب بالنسبة لهذا النوع عندما يزرع في الأراضي العشبية الطبيعية.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Apple vinegar 5%</td>
			<td>FABRICA DE CONSERVE RAURENI S.R.L.</td>
			<td>O&#538;ET DE MERE</td>
			<td>https://www.raureni.ro/ro-ro/produs/otet-de-mere</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blue Ink</td>
			<td>Pelikan</td>
			<td>4001</td>
			<td>https://www.pelikan.com/pulse/Pulsar/ro_RO.Store.displayStore.224848./cerneal%C4%83-4001-de-la-pelikan</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cover slips</td>
			<td>Menzel-Glaser</td>
			<td>D 263 M</td>
			<td>https://si.vwr.com/store/product/20545757/cover-glasses-menzel-glaser</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps, PMP</td>
			<td>Vitalab</td>
			<td>9.171 411</td>
			<td>http://shop.llg.de/info881_Forceps_PMP_lang_UK. 
			htm?UID=55005bf838d8000000000000 
			&#38;amp;OFS=33</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass jar 47 mL</td>
			<td>Indigo Cards</td>
			<td>BORCAN 47 ML HEXAGONAL</td>
			<td>https://indigo.com.ro/borcan-47-ml-hexagonal</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laminating Pouches</td>
			<td>Peach</td>
			<td>PP525-08</td>
			<td>Business Card (60x90mm) / https://supremoffice.ro/folie-laminare-60x90mm-125mic-carte-vizita-100-top-peach-pp525-08-510328</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microflow Class II ABS Cabinet</td>
			<td>Bioquell UK Ltd</td>
			<td>Microflow Class II ABS Cabinet</td>
			<td>http://www.laboratoryanalysis.co.uk/graphics/products/034_11%20CLASS%202BSC%20(STD).pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope slides</td>
			<td>Deltalab</td>
			<td>D100001</td>
			<td>https://distrimed.ro/lame-microscop-matuite-la-un-capat-26x76-mm-deltalab/?utm_source=Google%20Shopping&#38;utm_campaign= 
			google%20shopping%20distrimed&#38;utm_medium=cpc&#38; 
			utm_term=1647&#38;gclid=CjwKCAjwu 
			YWSBhByEiwAKd_n_odzr8CaCXQ 
			hl9VQkAB3p-ODo2Ssuou9cnoRtz1Gb 
			xsjqPY7F05HmhoCj6oQAvD_BwE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microsoft Office 365</td>
			<td>Microsoft</td>
			<td>Office 365</td>
			<td>Excel and Powerpoint; spreadsheet and presentation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Oltchim</td>
			<td>01-2119457892-27-0065</td>
			<td>http://www.sodacaustica.com.ro/pdf/fisa-tehnica-soda-caustica.pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nitrile gloves</td>
			<td>SemperGuard</td>
			<td>816780637</td>
			<td>https://www.sigmaaldrich.com/RO/en/product/aldrich/816780637?gclid=CjwKCAjwuYWSBhByEiwAKd 
			_n_rmo4RRt8zBql7ul8ox 
			AAYhwhxuXHWZcw4hlR 
			x0Iro_4IyVt69aFHRoCmd 
			wQAvD_BwE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optika camera</td>
			<td>OPTIKA</td>
			<td>CP-8; P8 Pro Camera, 8.3 MP CMOS, USB 3.0</td>
			<td>https://www.optikamicroscopes.com/optikamicroscopes/product/c-p-series/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optika Microscope</td>
			<td>OPTIKA</td>
			<td>B383pL</td>
			<td>https://www.optikamicroscopes.com/optikamicroscopes/product/b-380-series/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protective mask FFP3</td>
			<td>Hermes Gift</td>
			<td>HERMES000100</td>
			<td>EN 149-2001+A1:2009 / https://www.emag.ro/set-10-masti-de-protectie-respiratorie-hermes-gift-ffp3-5-straturi-albe-hermes000100/pd/DTZ8CXMBM/#specification-section</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scalpel</td>
			<td>Cutfix</td>
			<td>9409814</td>
			<td>https://shop.thgeyer-lab.com/erp/catalog/search/search.action;jsessionid=C258CA 
			663588CD1CBE65BF 
			100F85241B?model.query=9409809</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>White wine vinegar 9%</td>
			<td>FABRICA DE CONSERVE RAURENI S.R.L.</td>
			<td>O&#538;ET DE VIN ALB</td>
			<td>https://www.raureni.ro/ro-ro/produs/otet-de-vin-alb</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mycorrhizal maps as a tool to explore colonization patterns and fungal strategies in the roots of festuca rubra and zea mays

الفطريات الفطرية المفصلية هي متكافلات في جذور النباتات. ويتمثل دورها في الحفاظ على تنمية المضيف والحفاظ على التوازن الغذائي في النظم الإيكولوجية. تعتمد عملية الاستعمار على عدة عوامل مثل بيئة التربة ، والتنوع الجيني للفطريات والمضيف ، والممارسات الزراعية. يؤدي عملها المتزامن إلى تطوير شبكة واصلة معقدة ويؤدي إلى التطور الثانوي للحويصلات والمفصليات في الخلايا الجذرية. كان الهدف من هذا البحث هو تحليل كفاءة طريقة أنماط الميكوريزال (MycoPatt) لتحديد مواقع الهياكل الفطرية في جذور Festuca rubra و Zea mays. كان الهدف الآخر هو استكشاف استراتيجية الاستعمار الفطري كما كشفت عنها الخرائط الفطرية لكل نوع. يسمح الحصول على صور مجهرية متعددة وتجميعها بتقييم الاستعمار الفطري في كل من نباتات الذرة والبراز الأحمر لتوفير معلومات عن الوضع الواقعي للهياكل المتقدمة. تسلط أنماط الميكوريزال المرصودة الضوء على الكفاءة المتغيرة لكل نبات من حيث تطوير الروابط مع الفطريات التكافلية للتربة ، الناجمة عن العلاجات التطبيقية ومرحلة النمو. الخرائط التفصيلية Mycorrhizal التي تم الحصول عليها من خلال طريقة MycoPatt مفيدة للكشف المبكر عن كفاءة النبات في الاستحواذ التكافلي من التربة.

يوفر الاستخدام الصحيح لطريقة التكسير اللطيفة للجذور بعد إجراءات التلطيخ تفاصيل جيدة عن الهياكل الفطرية ، لكل من Zea mays (الشكل 8A-C) و Festuca rubra (الشكل 9A-E) ، والتباين الجيد بين الهياكل الفطرية والخلايا الجذرية ، وتأكيد اللوح بسبب اللون الأزرق...

Watch this Scientific Journal Video about Mycorrhizal Maps as a Tool to Explore Colonization Patterns and Fungal Strategies in the Roots of Festuca rubra and Zea mays at JoVE.com

Mycorrhizal Maps as a Tool to Explore Colonization Patterns and Fungal Strategies in the Roots of Festuca rubra and Zea mays

يصف البروتوكول هنا طرق تقييم أنماط الاستعمار الفطري المفصلي والاستراتيجية في الجذور لنوعين: Zea mays و Festuca rubra. يسمح استخدام طريقة MycoPatt بحساب المعلمات ، وتحويل الهياكل الفطرية إلى بيانات رقمية ، ورسم خرائط لموقعها الحقيقي في الجذور.

خرائط Mycorrhizal كأداة لاستكشاف أنماط الاستعمار والاستراتيجيات الفطرية في جذور Festuca rubra و Zea mays

Arbuscular mycorrhizal fungi are symbionts in the roots of plants. Their role is to sustain host development and maintain the nutritional equilibrium in ...

تسمح طريقة MycoPatt باستكشاف متعمق للاستعمار الفطري المفصلي في الجذور. تشير الخرائط الفطرية إلى التوسع الفطري وتقدم الموقع الحقيقي لكل هيكل كنمط محدد. يتم تحليل الاستعمار الفطري بشكل موضوعي بدقة 1٪.يتم تحويل كل جزء جذر تلقائيا إلى مصفوفة رقمية ويولد قاعدة بيانات واسعة من معلمات الاستعمار. للبدء ، قم بإزالة الجذور من الثلاجة ووضعها على منصة عمل لإذابتها في درجة حرارة الغرفة. لإجراء تطهير الجذر ، ضع جميع الجذور من نبات واحد في جرة من 30 إلى 50 ملليلتر ، ثم قم بإعداد محلول هيدروكسيد الصوديوم بنسبة 10٪ بماء الصنبور وصبه في الجرة حتى يغطي الجذور بالكامل.هز الجرة بقوة لمدة دقيقة إلى دقيقتين للتشتت المتجانس لمحلول التطهير في الجذور. اسمح للجذور بالبقاء في محلول المقاصة لمدة 48 ساعة. لشطف الجذر ، مرر محتوى الجرة من خلال غربال.شطف الجذور عدة مرات في ماء الصنبور حتى تتم إزالة محلول المقاصة تماما. بعد ذلك ضع الجذور المغسولة في جرة نظيفة للتلطيخ. ثم قم بإعداد محلول خل الحبر بنسبة خمسة إلى خمسة بالمائة بماء الصنبور.اسكبه في الجرة حتى يغطي الجذور وهزه لمدة دقيقة إلى دقيقتين. بعد 48 ساعة لإزالة البقع جزئيا ، اشطف الجذور الملطخة في ماء الصنبور لمدة دقيقة إلى دقيقتين. هز الجرة بقوة لإزالة محلول التلطيخ الإضافي.كرر الإجراء حتى تصبح الجذور واضحة للتقييم المجهري. لتجزئة الجذر ، ضع الجذور الملطخة على لوح تقطيع مقشر. قطع الجذور إلى شرائح سنتيمتر واحد.اختر 15 شريحة لكل متغير. بعد ذلك ، انشر الجذور على شريحة لإعداد المقطع ، واستخدم حقيبة تصفيح لتغطية الجذور وسحقها بلطف ، بدءا من الحافة. استخدم أداة بلاستيكية ناعمة لعرض الجذور على الشريحة.قم بإزالة الحقيبة الترققية بعناية وقم بتغطية العينة بقسيمة غطاء. أضف الماء إلى زاوية من الشريحة باستخدام ماصة ، واترك الماء ينتشر ببطء على الشريحة. قم بإزالة الماء الزائد بمنشفة ورقية.للتحليل المجهري ، استخدم مجهرا مجهرا مزودا بكاميرا جيدة الدقة. تحليل الشرائح بدءا من طرف. التقط كل حقل مجهري.استخدم تكبير 10 أو 40x للجذور السميكة و 40x للجذور الرقيقة. بعد الالتقاط ، أعد تسمية كل صورة برمز يسمح بتجميع ما بعد التجميع الحقيقي لأجزاء الجذر. استخدم برنامج العرض التقديمي لتصميم لوحة رسم لتجميع الصور، واضبط العرض بعرض عرضين إلى ثلاثة سنتيمترات من عرض الصورة.بعد التقاط 15 صورة، أضف جميع الصور الملتقطة من مقطع واحد بترتيب التقاطها، بدءا من صورة واحدة إلى 15 صورة، وأعد بناء كامل طول المقطع الجذر. بعد ذلك ، استخدم المحاذاة الرأسية لمحاذاة الصور في الوسط والتأكد من أن كل صورة تتبع الصورة السابقة. ضع شبكة من 10 × 150 خلية على جميع الصور لتغطية جزء الجذر بأكمله.بالإضافة إلى ذلك، ضع شبكة 10 × 10 على كل صورة وفي كل خلية من هذه الشبكة، أدخل رقما من واحد إلى ستة إذا كانت بنية mycorrhizal أو AM المفصلية مرئية، أو اتركها فارغة إذا لم تكن هناك بنية AM. أضف جدولا لشبكة من 10 خلايا بعرض وطول 150 خلية. قم بتغيير الجدول ذي الأبعاد إلى عرض الصور، ثم قم بتغيير طول الجدول ليشمل جميع الصور.لتسجيل الاستعمار الفطري ، استخدم الرقم الفريد لتسجيل كل نوع من أنواع البنية كما هو موضح في طريقة نمط mycorrhizal. استخدم واحدا للهيفاي ، واثنان للمفصليات ، وثلاثة للحويصلات ، وأربعة للجراثيم ، وخمسة للخلايا المساعدة ، وستة لنقاط الدخول. سجل كل بنية فطرية ملحوظة من كل خلية من الشبكات المطبقة سابقا.بعد التسجيل ، أدخل جميع الدرجات التي تم الحصول عليها في جدول بيانات MycoPatt. استخدم وظيفة نسخ اللصق لنقل كافة الدرجات من العرض التقديمي إلى الورقة الأولى المسماة البيانات الأولية. بالنسبة للتحليل الأساسي، استخدم الورقة الثالثة المسماة المعلمات لتصور النتائج كنسب مئوية بشكل منفصل في ثلاثة أشكال.استخدم الأعمدة من A إلى K لتحليل الصورة الأفقية للاستعمار، والأعمدة من M إلى W للصورة الرأسية للاستعمار، والأعمدة من Y إلى الذكاء الاصطناعي لتحليل الاستعمار المستعرض لكل مربع من المربعات 15 10 × 10 ومتوسط الاستعمار النهائي. بعد ذلك ، قم بتطبيق التعريفات والصيغ الخاصة بكل معلمة. لإنتاج واستخراج الخرائط الفطرية ، تصور الصورة التي تم الحصول عليها من تحويل رمز الهياكل الفطرية إلى ألوان في الورقة الثانية المسماة الرسوم البيانية.ثم قم بتصدير الصورة الناتجة في ورقة الرسم البياني كصورة واستخدم رمز اللون في وسيلة الإيضاح لتحليل أنماط mycorrhizal. لتحليل الخريطة الفطرية ، حدد أهم الهياكل وتجميعها. ثم صف نمط الاستعمار الفطري الذي لوحظ في الجذور التي تم تحليلها ، تليها استراتيجية استعمار تستند إلى التطور الهيكلي الملحوظ في الجذر ، ونمط التفرع ، وتطور الحويصلة المفصلية.يوفر هذا البروتوكول تفاصيل الهياكل الفطرية مع تباين جيد بين الهياكل الفطرية والخلايا الجذرية ل Zea mays و Festal rubra. أدت إجراءات الإزالة والتلطيخ غير الناجحة إلى صور مجهرية غير واضحة للهياكل الفطرية في Festal rubra و Zea mays. سمحت أنماط الاستعمار الفطري باستكشاف كامل لآلية الاستعمار ، وتوفر هذه الطريقة استكشافا عميقا وصغيرا لأنماط واستراتيجيات الاستعمار ل Zea mays و Festuca rubra مع تعبير مرئي إضافي عن معلمات الاستعمار.في Zea mays ، لوحظت إمكانات استعمار شديدة التقلب اعتمادا على مرحلة نمو النبات ، ومع ذلك ، في Festuca rubra ، تحدث عمليات الاستعمار داخل الجذور وارتبط تطور شبكات hyphal بسرعة تطور منخفضة للجذور. MycoPatt مناسب لرسم خرائط الاستعمار الفطري المفصلي في أي نبات. من المفيد أيضا استكشاف آلية الاستعمار بالكامل وتقييم الاستراتيجية الفطرية على طول الجذور.

mycorrhizal-maps-as-tool-to-explore-colonization-patterns-fungal

Research

JoVE Journal

Biology

Mycorrhizal Maps as a Tool to Explore Colonization Patterns and Fungal Strategies in the Roots of Festuca rubra and Zea mays

Correlative Light and Electron Microscopy (CLEM) as a Tool to Visualize Microinjected Molecules and their Eukaryotic Sub-cellular Targets

The eukaryotic cell relies on complex, highly regulated, and functionally distinct membrane bound compartments that preserve a biochemical polarity necessary for proper cellular function. Understanding how the enzymes, proteins, and cytoskeletal components govern and maintain this biochemical segregation is therefore of paramount importance. The use of fluorescently tagged molecules to localize to and/or perturb subcellular compartments has yielded a wealth of knowledge and advanced our understanding of cellular regulation. Imaging techniques such as fluorescent and confocal microscopy make ascertaining the position of a fluorescently tagged small molecule relatively straightforward, however the resolution of very small structures is limited 1.
On the other hand, electron microscopy has revealed details of subcellular morphology at very high resolution, but its static nature makes it difficult to measure highly dynamic processes with precision 2,3. Thus, the combination of light microscopy with electron microscopy of the same sample, termed Correlative Light and Electron Microscopy (CLEM) 4,5, affords the dual advantages of ultrafast fluorescent imaging with the high-resolution of electron microscopy 6. This powerful technique has been implemented to study many aspects of cell biology 5,7. Since its inception, this procedure has increased our ability to distinguish subcellular architectures and morphologies at high resolution. 
Here, we present a streamlined method for performing rapid microinjection followed by CLEM (Fig. 1). The microinjection CLEM procedure can be used to introduce specific quantities of small molecules and/or proteins directly into the eukaryotic cell cytoplasm and study the effects from millimeter to multi-nanometer resolution (Fig. 2). The technique is based on microinjecting cells grown on laser etched glass gridded coverslips affixed to the bottom of live cell dishes and imaging with both confocal fluorescent and electron microscopy. Localization of the cell(s) of interest is facilitated by the grid pattern, which is easily transferred, along with the cells of interest, to the Epon resin used for immobilization of samples and sectioning prior to electron microscopy analysis (Fig. 3). Overlay of fluorescent and EM images allows the user to determine the subcellular localization as well as any morphological and/or ultrastructural changes induced by the microinjected molecule of interest (Fig. 4). This technique is amenable to time points ranging from &le;5 s up to several hours, depending on the nature of the microinjected sample.

Correlative Light and Electron Microscopy CLEM as a Tool to Visualize Microinjected Molecules and their Eukaryotic Sub-cellular Targets

The CLEM technique has been adapted to analyze ultrastructural morphology of membranes, organelles, and subcellular structures affected by microinjected molecules. This method combines the powerful techniques of micromanipulation/microinjection, confocal fluorescent microscopy, and electron microscopy to allow millimeter to multi-nanometer resolution. This technique is amenable to a wide variety of applications.

ضوء مترابط والمجهر الإلكتروني (CLEM) كأداة لتصور الجزيئات Microinjected وحقيقية النواة من الأهداف الفرعية الخلوية


The eukaryotic cell relies on complex, highly regulated, and functionally distinct membrane bound compartments that preserve a biochemical polarity ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway that polypeptide chain follows during co-translational folding to achieve its functional form is still an enigma. In order to understand this process and to determine the exact conformation of the co-translational folding intermediates, it is essential to develop techniques that allow the isolation of RNCs carrying nascent chains of predetermined sizes to allow their further structural analysis.
SecM (secretion monitor) is a 170 amino acid E. coli protein that regulates expression of the downstream SecA (secretion driving) ATPase in the secM-secA operon6. Nakatogawa and Ito originally found that a 17 amino acid long sequence (150-FSTPVWISQAQGIRAGP-166) in the C-terminal region of the SecM protein is sufficient and necessary to cause stalling of SecM elongation at Gly165, thereby producing peptidyl-glycyl-tRNA stably bound to the ribosomal P-site7-9. More importantly, it was found that this 17 amino acid long sequence can be fused to the C-terminus of virtually any full-length and/or truncated protein thus allowing the production of RNCs carrying nascent chains of predetermined sizes7. Thus, when fused or inserted into the target protein, SecM stalling sequence produces arrest of the polypeptide chain elongation and generates stable RNCs both in vivo in E. coli cells and in vitro in a cell-free system. Sucrose gradient centrifugation is further utilized to isolate RNCs.
The isolated RNCs can be used to analyze structural and functional features of the co-translational folding intermediates. Recently, this technique has been successfully used to gain insights into the structure of several ribosome bound nascent chains10,11. Here we describe the isolation of bovine Gamma-B Crystallin RNCs fused to SecM and generated in an in vitro translation system.

We describe here a technique that is now routinely used to isolate stably bound ribosome nascent chain complexes (RNCs). This technique takes advantage of the discovery that a 17 amino acid long SecM "arrest sequence" can halt translation elongation in a prokaryotic (E. coli) system, when inserted into (or fused to the C-terminus) of virtually any protein.

باستخدام SecM تسلسل توقيف كأداة لعزل البروتينية منضم ريبوسوم

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the function and regulation of protein folding was studied in vitro, in isolated tissue culture cells and in unicellular organisms. Recent studies have uncovered links between protein homeostasis (proteostasis), metabolism, development, aging, and temperature-sensing. These findings have led to the development of new tools for monitoring protein folding in the model metazoan organism Caenorhabditis elegans. In our laboratory, we combine behavioral assays, imaging and biochemical approaches using temperature-sensitive or naturally occurring metastable proteins as sensors of the folding environment to monitor protein misfolding. Behavioral assays that are associated with the misfolding of a specific protein provide a simple and powerful readout for protein folding, allowing for the fast screening of genes and conditions that modulate folding. Likewise, such misfolding can be associated with protein mislocalization in the cell. Monitoring protein localization can, therefore, highlight changes in cellular folding capacity occurring in different tissues, at various stages of development and in the face of changing conditions. Finally, using biochemical tools ex vivo, we can directly monitor protein stability and conformation. Thus, by combining behavioral assays, imaging and biochemical techniques, we are able to monitor protein misfolding at the resolution of the organism, the cell, and the protein, respectively.

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

To study the relationship between protein homeostasis, stress and aging, we monitored changes in protein folding by following protein dysfunction, protein localization in the cell and protein stability at the organismal, cellular and protein levels, using the genetically tractable metazoan Caenorhabditis elegans as a model system.

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

دليل لمودرن الكمية نيون الغربية التنشيف مع استراتيجيات استكشاف الأخطاء وإصلاحها

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

The c-FOS Protein Immunohistological Detection: A Useful Tool As a Marker of Central Pathways Involved in Specific Physiological Responses In Vivo and Ex Vivo

Many studies seek to identify and map the brain regions involved in specific physiological regulations. The proto-oncogene c-fos, an immediate early gene, is expressed in neurons in response to various stimuli. The protein product can be readily detected with immunohistochemical techniques leading to the use of c-FOS detection to map groups of neurons that display changes in their activity. In this article, we focused on the identification of brainstem neuronal populations involved in the ventilatory adaptation to hypoxia or hypercapnia. Two approaches were described to identify involved neuronal populations in vivo in animals and ex vivo in deafferented brainstem preparations. In vivo, animals were exposed to hypercapnic or hypoxic gas mixtures. Ex vivo, deafferented preparations were superfused with hypoxic or hypercapnic artificial cerebrospinal fluid. In both cases, either control in vivo animals or ex vivo preparations were maintained under normoxic and normocapnic conditions. The comparison of these two approaches allows the determination of the origin of the neuronal activation i.e., peripheral and/or central. In vivo and ex vivo, brainstems were collected, fixed, and sliced into sections. Once sections were prepared, immunohistochemical detection of the c-FOS protein was made in order to identify the brainstem groups of cells activated by hypoxic or hypercapnic stimulations. Labeled cells were counted in brainstem respiratory structures. In comparison to the control condition, hypoxia or hypercapnia increased the number of c-FOS labeled cells in several specific brainstem sites that are thus constitutive of the neuronal pathways involved in the adaptation of the central respiratory drive.

The c-FOS Protein Immunohistological Detection: A Useful Tool As a Marker of Central Pathways Involved in Specific Physiological Responses In Vivo and Ex Vivo

Here, we present a protocol based on c-FOS protein immunohistological detection, a classical technique used for the identification of neuronal populations involved in specific physiological responses in vivo and ex vivo.

بروتين ج-FOS كشف Immunohistological: أداة مفيدة كعلامة للممرات الوسطى تشارك في الاستجابات الفسيولوجية محددة<em&gt; في فيفو</em&gt; و<em&gt; فيفو السابقين</em

Many studies seek to identify and map the brain regions involved in specific physiological regulations. The proto-oncogene c-fos, an immediate early gene, ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix containing polysaccharides that include cellulose microfibrils that form both crystalline structures and cellulose chains of amorphous organization. The orientation of the cellulose fibers and their concentrations dictate the mechanical properties of the cell. Several methods are used to determine the levels of crystalline cellulose, each bringing both advantages and limitations. Some can distinguish the proportion of crystalline regions within the total cellulose. However, they are limited to whole-organ analyses that are deficient in spatiotemporal information. Others relying on live imaging, are limited by the use of imprecise dyes. Here, we report a sensitive polarized light-based system for specific quantification of relative light retardance, representing crystalline cellulose accumulation in cross sections of Arabidopsis thaliana roots. In this method, the cellular resolution and anatomical data are maintained, enabling direct comparisons between the different tissues composing the growing root. This approach opens a new analytical dimension, shedding light on the link between cell wall composition, cellular behavior and whole-organ growth.

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Crystalline cellulose is an important constituent of the plant cell wall. However, its quantification at a cellular resolution is technically challenging. Here, we report the use of polarized light technology and root cross sections to obtain information of cell wall composition at a spatiotemporal resolution.

قرار الكمي عال من بلوري السليلوز تراكم في<em&gt; نبات الأرابيدوبسيس</em&gt; جذور لرصد الأنسجة محددة جدار الخلية تعديلات

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...

Kinematic Analysis of Cell Division and Expansion: Quantifying the Cellular Basis of Growth and Sampling Developmental Zones in Zea mays Leaves

Growth analyses are often used in plant science to investigate contrasting genotypes and the effect of environmental conditions. The cellular aspect of these analyses is of crucial importance, because growth is driven by cell division and cell elongation. Kinematic analysis represents a methodology to quantify these two processes. Moreover, this technique is easy to use in non-specialized laboratories. Here, we present a protocol for performing a kinematic analysis in monocotyledonous maize (Zea mays) leaves. Two aspects are presented: (1) the quantification of cell division and expansion parameters, and (2) the determination of the location of the developmental zones. This could serve as a basis for sampling design and/or could be useful for data interpretation of biochemical and molecular measurements with high spatial resolution in the leaf growth zone. The growth zone of maize leaves is harvested during steady-state growth. Individual leaves are used for meristem length determination using a DAPI stain and cell-length profiles using DIC microscopy. The protocol is suited for emerged monocotyledonous leaves harvested during steady-state growth, with growth zones spanning at least several centimeters. To improve the understanding of plant growth regulation, data on growth and molecular studies must be combined. Therefore, an important advantage of kinematic analysis is the possibility to correlate changes at the molecular level to well-defined stages of cellular development. Furthermore, it allows for a more focused sampling of specified developmental stages, which is useful in case of limited budget or time.

Kinematic Analysis of Cell Division and Expansion: Quantifying the Cellular Basis of Growth and Sampling Developmental Zones in Zea mays Leaves

Quantifying cell division and expansion is of crucial importance to the understanding of whole-plant growth. Here, we present a protocol to calculate cellular parameters determining maize leaf growth rates and highlight the use of these data for investigating molecular growth regulatory mechanisms by directing developmental stage-specific sampling strategies.

تحليل الحركية من انقسام الخلايا والتوسع: تحديد مقدار الأساس الخلوي للمناطق التنموية النمو وأخذ العينات في<em&gt; ذرة شامية</em&gt; أوراق

Growth analyses are often used in plant science to investigate contrasting genotypes and the effect of environmental conditions. The cellular aspect of ...

Light Sheet Fluorescence Microscopy of Plant Roots Growing on the Surface of a Gel

One of the key questions in understanding plant development is how single cells behave in a larger context of the tissue. Therefore, it requires the observation of the whole organ with a high spatial- as well as temporal resolution over prolonged periods of time, which may cause photo-toxic effects. This protocol shows a plant sample preparation method for light-sheet microscopy, which is characterized by mounting the plant vertically on the surface of a gel. The plant is mounted in such a way that the roots are submerged in a liquid medium while the leaves remain in the air. In order to ensure photosynthetic activity of the plant, a custom-made lighting system illuminates the leaves. To keep the roots in darkness the water surface is covered with sheets of black plastic foil. This method allows long-term imaging of plant organ development in standardized conditions.

This protocol shows a plant sample preparation method for light-sheet microscopy. The setup is characterized by mounting the plant vertically on the surface of a gel and letting it grow in controlled bright conditions. This allows long-term observation of plant organ development in standardized conditions.

المجهر الضوئي ورقة الإسفار من جذور النباتات التي تنمو على سطح الأرض من هلام

One of the key questions in understanding plant development is how single cells behave in a larger context of the tissue. Therefore, it requires the ...

Magnetic-Activated Cell Sorting Strategies to Isolate and Purify Synovial Fluid-Derived Mesenchymal Stem Cells from a Rabbit Model

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for cartilage tissue engineering. MSCs from synovial fluid (SF-MSCs) have been considered promising candidates for articular regeneration, and their potential therapeutic benefit has made them an important research topic of late. SF-MSCs from the knee cavity of the New Zealand white rabbit can be employed as an optimized translational model to assess human regenerative medicine. By means of CD90-based magnetic activated cell sorting (MACS) technologies, this protocol successfully obtains rabbit SF-MSCs (rbSF-MSCs) from this rabbit model and further fully demonstrates the MSC phenotype of these cells by inducing them to differentiate to osteoblasts, adipocytes, and chondrocytes. Therefore, this approach can be applied in cell biology research and tissue engineering using simple equipment and procedures.

This article presents a simple and economic protocol for the straightforward isolation and purification of mesenchymal stem cells from New Zealand white rabbit synovial fluid.

مغناطيسية تنشيط الخلية فرز الاستراتيجيات الرامية إلى عزل وتنقية الزليلي المستمدة من سائل الخلايا الجذعية الوسيطة من طراز الأرنب

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for ...

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological samples, designed for high-resolution magnetic resonance imaging (MRI), also referred to as MR microscopy (MRM). It may be used at pre-clinical MRI spectrometers, demonstrated on Medicago truncatula root samples. Microcoils increase sensitivity by matching the size of the RF resonator to the size of the sample of interest, thereby enabling higher image resolutions in a given data acquisition time. Due to the relatively simple design, solenoidal microcoils are straightforward and cheap to construct and can be easily adapted to the sample requirements. Systematically, we explain how to calibrate new or home-built microcoils, using a reference solution. The calibration steps include: pulse power determination using a nutation curve; estimation of RF-field homogeneity; and calculating a volume-normalized signal-to-noise ratio (SNR) using standard pulse sequences. Important steps in sample preparation for small biological samples are discussed, as well as possible mitigating factors such as magnetic susceptibility differences. The applications of an optimized solenoid coil are demonstrated by high-resolution (13 x 13 x 13 &#956;m3, 2.2 pL) 3D imaging of a root sample.

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

A protocol to study biological tissue at high spatial resolution using ultra-high field magnetic resonance microscopy (MRM) using microcoils is presented. Step-by-step instructions are provided for characterizing the microcoils. Finally, optimization of imaging is demonstrated on plant roots.