Name: analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method
Uploaded: 2022-05-02T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

نحن نقدر المساعدة المقدمة من مختبر أرغون الوطني وأخصائيي المعلوماتية الحيوية المتعاونين معنا. يتم دعم هذا العمل من خلال العديد من المعاهد الوطنية للصحة والمنح الداخلية.

تم عبور موضع Cx3cr1 gfp / gfp لفئران B6.129P2 (Cg) - Cx3cr1tm1Litt / J إلى MRL / MpJ-Fas lpr / J (MRL / lpr) لمدة 10 أجيال لإنشاء فئران MRL / lpr-CX3 CR1gfp / gfp. أكد فحص الجينوم باستخدام لوحات تعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة (SNP) أن الخلفية الجينية للفئران المتولدة حديثا كانت أكثر من 97٪ مطابقة لت...

<ol>
	<li>Lee, Y. K., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Has+the+microbiota+played+a+critical+role+in+the+evolution+of+the+adaptive+immune+system.">Has the microbiota played a critical role in the evolution of the adaptive immune system.</a> Science. 330 (6012), 1768-1773 (2010).</li><li>Lee, Y. K., Menezes, J. S., Umesaki, Y., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proinflammatory+T-cell+responses+to+gut+microbiota+promote+experimental+autoimmune+encephalomyelitis.">Proinflammatory T-cell responses to gut microbiota promote experimental autoimmune encephalomyelitis.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108, 4615-4622 (2011).</li><li>Yeoh, N., Burton, J. P., Suppiah, P., Reid, G., Stebbings, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+the+microbiome+in+rheumatic+diseases.">The role of the microbiome in rheumatic diseases.</a> Current Rheumatology Reports. 15 (3), 314 (2013).</li><li>Larsen, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microbiota+in+human+adults+with+type+2+diabetes+differs+from+non-diabetic+adults.">Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults.</a> PLoS One. 5 (2), 9085 (2010).</li><li>Alam, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+imbalance+in+inflammatory+bowel+disease+patients+at+different+taxonomic+levels.">Microbial imbalance in inflammatory bowel disease patients at different taxonomic levels.</a> Gut Pathogens. 12 (1), (2020).</li><li>Vieira, S. M., Pagovich, O. E., Kriegel, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet,+microbiota+and+autoimmune+diseases.">Diet, microbiota and autoimmune diseases.</a> Lupus. 23 (6), 518-526 (2014).</li><li>Mu, Q., Zhang, H., Luo, X. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLE:+another+autoimmune+disorder+influenced+by+microbes+and+diet.">SLE: another autoimmune disorder influenced by microbes and diet.</a> Frontiers of Immunology. 6, 608 (2015).</li><li>Tektonidou, M. G., Wang, Z., Dasgupta, A., Ward, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Burden+of+serious+infections+in+adults+with+systemic+lupus+erythematosus:+a+national+population-based+study.">Burden of serious infections in adults with systemic lupus erythematosus: a national population-based study.</a> Arthritis Care &amp; Research. 67 (8), 1078-1085 (2015).</li><li>Mu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+lupus+nephritis+by+changes+of+gut+microbiota.">Control of lupus nephritis by changes of gut microbiota.</a> Microbiome. 5 (1), 73 (2017).</li><li>Panek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methodology+challenges+in+studying+human+gut+microbiota+-+effects+of+collection,+storage,+DNA+extraction+and+next+generation+sequencing+technologies.">Methodology challenges in studying human gut microbiota - effects of collection, storage, DNA extraction and next generation sequencing technologies.</a> Scientific Reports. 8 (1), 5143 (2018).</li><li>Fiedorov&#225;, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+dna+extraction+methods+on+stool+bacterial+and+fungal+microbiota+community+recovery.">The impact of dna extraction methods on stool bacterial and fungal microbiota community recovery.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 821 (2019).</li><li>Gerasimidis, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+DNA+extraction+methodology+on+gut+microbiota+research+applications.">The effect of DNA extraction methodology on gut microbiota research applications.</a> BMC Research Notes. 9, 365 (2016).</li><li>Bukin, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+16S+rRNA+region+choice+on+bacterial+community+metabarcoding+results.">The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results.</a> Scientific Data. 6 (1), 190007 (2019).</li><li>Galloway-Pe&#241;a, J., Hanson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tools+for+analysis+of+the+microbiome.">Tools for analysis of the microbiome.</a> Digestive Diseases and Sciences. 65 (3), 674-685 (2020).</li><li>Sharpton, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+the+analysis+of+shotgun+metagenomic+data.">An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data.</a> Frontiers in Plant Science. 5, 209 (2014).</li></ol>

يمكن للميكروبات المعوية المتوازنة حماية جسم الإنسان من الأمراض. بمجرد أن يتعطل هذا التوازن بسبب المحفزات الخارجية أو الداخلية ، يمكن أن تكون العواقب مدمرة. تقدم هذه الطريقة طريقة لتحليل ديناميكيات ميكروبات الأمعاء في نماذج الفئران. هذه الطريقة مناسبة ليس فقط للمقارنات بين المجموعات ولك?...

لقد تعايش البشر والبكتيريا لفترة طويلة. لقد أقاموا علاقة اعتماد متبادل مع تأثيرات متبادلة المنفعة تؤثر على الاستجابات المناعية للمضيف بطرق كمية ونوعية1. تشير الدراسات الحديثة إلى وجود ارتباط بين تكوين ميكروبات الأمعاء والتسبب في أمراض المناعة الذاتية التي تشمل التصلب المتعدد 2 ، والتهاب المفاصل الروماتويدي3 ، ومرض السكري من النوع2 4 ، ومرض التهاب الأمعاء5 ، والذئبة الحمامية الجهازية (SLE)6. ومع ذلك ، ما إذا كانت ميكروبات الأمعاء هي السبب الرئيسي أو التأثير الثانوي لهذه الأمراض المناعية الذاتية لا يزال غير واضح7. من المحتمل أن تؤدي ميكروبات الأمعاء إلى تفاقم المرض خلال المرحلة المستجيبة لاضطرابات المناعة الذاتية أو تلعب دورا في تنظيم تحريض هذه الأمراض8.
تم الإبلاغ عن dysbiosis المعوية في الفئران MRL / Mp-Faslpr (MRL / lpr) المعرضة للذئبة ، ولوحظت تغيرات ميكروبات الأمعاء مع استنفاد كبير من العصيات اللبنية9. عندما تم إعطاء خليط من خمس سلالات من Lactobacillus عن طريق الفم ، تم تخفيف الأعراض الشبيهة بالذئبة إلى حد كبير في هذه الفئران ، مما يشير إلى دور أساسي للميكروبات في تنظيم التسبب في مرض الذئبة الحمراء.
تسمح التقنية التالية لاستخراج الحمض النووي بمتابعة تقلبات الميكروبات وتحليلها نوعيا وكميا أثناء الإصابة بمرض يشبه الذئبة الحمراء الفئران في الفئران المعرضة للذئبة. سواء لفحص ميكروبات الأمعاء الصحية أو تعريف dysbiosis ، من المهم أن تدرس بشكل نقدي كيفية جمع البيانات وما إذا كانت دقيقة وقابلة للتكرار10. كل خطوة حاسمة في هذه العملية. يجب استخدام منهجية مناسبة لاستخراج الحمض النووي الميكروبي لأن أي مشكلة محتملة في إدخال تحيزات أثناء عملية استخراج الحمض النووي يمكن أن تؤدي إلى تمثيل ميكروبي غير دقيق. في حين يتم وصف طريقة الفينول كلوروفورم هنا ، هناك مجموعات متاحة تجاريا لاستخراج الحمض النووي من البكتيريا التي تعمل بشكل جيد في حالات معينة11. ومع ذلك ، فإن قابليتها للاستخدام محدودة بالتكلفة وكمية العينة المطلوبة.
البروتوكول المعروض هنا فعال من حيث التكلفة ولا يتطلب سوى كمية صغيرة من العينة. وهو يعمل بشكل جيد مع أي نوع من عينات البراز وهو مفيد في دراسة ديناميكيات ميكروبات الأمعاء بمرور الوقت وكذلك المقارنات بين المجموعات. يتم عزل الحمض النووي بطريقة تنقية الكحول ، والتي تستخدم الفينول والكلوروفورم وكحول الأيزواميل. يساعد الاستخراج القائم على الكحول على تنظيف وإزالة عينة البروتينات والدهون ، حيث يتم ترسيب الحمض النووي في الخطوة النهائية. تتميز الطريقة المقترحة بكفاءة وجودة عالية بشكل كبير وقد ثبت أنها دقيقة في تحديد مجموعات البكتيريا. إحدى الملاحظات الهامة أثناء الإجراء هي أن تلوث الحمض النووي يمكن أن يحدث ، وبالتالي يلزم التعامل مع العينات المناسبة12.
ثم يتم تحليل الحمض النووي بواسطة منصات تسلسل الجيل التالي لجين 16S rRNA ، مثل Illumina MiSeq. على وجه الخصوص ، يتم تحليل منطقة V4 فائقة التغير لتوفير تقدير كمي أفضل للأصناف عالية الرتبة13. يتم الاستعانة بمصادر خارجية لتحليل المعلوماتية الحيوية اللاحق ، يليه تحليل داخلي باستخدام الأساليب الإحصائية القياسية. هناك العديد من برامج المعلوماتية الحيوية مفتوحة المصدر المتاحة للتسلسل النهائي ، ويعتمد نوع التحليلات التي يتم إجراؤها بشكل كبير على المسألة البيولوجية المحددة ذات الأهمية14. يركز هذا البروتوكول بشكل خاص على الخطوات التجريبية قبل التسلسل ويوفر طريقة أكثر تنوعا وفعالية من حيث التكلفة وقابلة للمقارنة وفعالة للحصول على الحمض النووي من عينات البراز.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.1 mm glass beads</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>11079101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL screw cap tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>3488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20% SDS</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1311-1</td>
			<td>SDS 20%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96% Ethanol, Molecular Biology Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>T032021000CS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Acetate (5 M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9071</td>
			<td>NH4AC 5M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B6.129P2(Cg)-Cx3cr1tm1Litt/J</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>005582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bullet Blender storm 24</td>
			<td>Next Advance</td>
			<td>4116-BBY24M</td>
			<td>Homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>C298-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DEPC-Treated Water</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9916</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediamine Tetraacetic Acid</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP118-500</td>
			<td>EDTA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foil plate seal</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>NC0302491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes-Kimtech 34256</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>06-666C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MRL/MpJ-Faslpr/J (MRL/lpr) mice</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>000485</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000 spectrophotomer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>ND2000CLAPTOP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenol: chloroform: isoamylalchohol (25:24:1)</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1752I-400</td>
			<td>PCI</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scale with 4 decimals</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td>MS205DU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skirted 96-well plates</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AB-0800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>15528154</td>
			<td>NaCl</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Hydrochloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1757-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method

الميكروبات المعوية لها دور مهم في تثقيف الجهاز المناعي. هذه العلاقة مهمة للغاية لفهم أمراض المناعة الذاتية التي لا تحركها العوامل الوراثية فحسب ، بل أيضا العوامل البيئية التي يمكن أن تؤدي إلى ظهور المرض و / أو تفاقم مسار المرض. أظهرت دراسة نشرت سابقا حول ديناميكيات ميكروبات الأمعاء في الفئران الإناث المعرضة للذئبة MRL / lpr كيف يمكن للتغيرات في ميكروبات الأمعاء أن تغير تطور المرض. هنا ، يتم وصف بروتوكول لاستخراج عينات تمثيلية من ميكروبات الأمعاء لدراسات المناعة الذاتية. يتم جمع عينات الميكروبات من فتحة الشرج ومعالجتها ، والتي يتم استخراج الحمض النووي منها باستخدام طريقة الفينول كلوروفورم وتنقيتها عن طريق هطول الأمطار الكحولية. بعد إجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، يتم تسلسل الأمبليونات النقية باستخدام منصة تسلسل الجيل التالي في مختبر أرغون الوطني. أخيرا ، يتم تحليل بيانات تسلسل جين الحمض النووي الريبوسومي الريبوسومي 16S. على سبيل المثال ، يتم عرض البيانات التي تم الحصول عليها من مقارنات ميكروبات الأمعاء لفئران MRL / lpr مع أو بدون CX3CR1. أظهرت النتائج اختلافات كبيرة في الأجناس التي تحتوي على البكتيريا المسببة للأمراض مثل تلك الموجودة في فصيلة البروتيوباكتيريا ، وكذلك جنس Bifidobacterium ، الذي يعتبر جزءا من الميكروبات المصاحبة الصحية. باختصار ، هذه الطريقة البسيطة والفعالة من حيث التكلفة لعزل الحمض النووي موثوقة ويمكن أن تساعد في التحقيق في تغيرات ميكروبات الأمعاء المرتبطة بأمراض المناعة الذاتية.

يتم تحليل النتائج من مختبر أرغون الوطني من قبل أخصائي معلوماتية حيوية مؤهل ، يليه تحليل داخلي للبيانات باستخدام الأساليب الإحصائية القياسية. تتضمن تحليلات الميكروبيوم النموذجية تجميع تسلسلات مماثلة في وحدات تصنيفية تشغيلية (OTUs) أو متغيرات تسلسل أمبليكون (ASVs) كبديل للكائنات الحية الدقيق?...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method

يوفر هذا البروتوكول طريقة بسيطة وفعالة من حيث التكلفة لعزل الحمض النووي لتحليل تغيرات ميكروبات الأمعاء الفئرانية أثناء تطور أمراض المناعة الذاتية.

تحليل ديناميكيات الميكروبات البرازية في الفئران المعرضة لمرض الذئبة باستخدام طريقة بسيطة وفعالة من حيث التكلفة لعزل الحمض النووي

Gut microbiota has an important role in educating the immune system. This relationship is extremely important for understanding autoimmune diseases that ...

يمكن أن تعمل طريقة عزل الحمض النووي المقترحة على دراسة ديناميكيات ميكروبات الأمعاء في نماذج الفئران الخاصة بأمراض المناعة الذاتية. يقترح استخدام طريقة أكثر تنوعا وفعالية من حيث التكلفة وكفاءة للحصول على الحمض النووي من عينات البراز التي يمكن مقارنتها بالمجموعات المتاحة تجاريا. للبدء ، خذ كل فأر على حدة من قفصه ، وجمع حبيبة براز مباشرة من فتحة الشرج وتخزينها عند 80 درجة مئوية تحت الصفر حتى تتم معالجتها.قم بمعالجة العينات باستخدام ملقط وأنابيب وقفازات معقمة ونظيفة. أضف حبيبة مجمدة إلى أنبوب غطاء لولبي بسعة ملليلتر تم وزنه مسبقا ، وسجل وزن البراز بالجرام ، والذي يجب أن يتراوح بين 0.02 إلى 0.05 جرام لكل حبيبة برازية. أضف إلى الكريات طبقة رقيقة من الخرز الزجاجي 0.1 ملم ، و 500 ميكرولتر من المخزن المؤقت للتحلل ، و 200 ميكرولتر من كبريتات دوديسيل الصوديوم بنسبة 20٪.ضربت حبة الأنبوب لمدة أربع دقائق في مجانس ، تليها ثلاث إلى خمس دقائق من الدوامة. الطرد المركزي للأنابيب لفترة قصيرة للقضاء على الفقاعات والرغوة. لاستخراج الحمض النووي من عينات الميكروبات ، انقل 350 ميكرولتر من العينة الفائقة إلى أنبوب غطاء جديد ، 1.5 ملليلتر ، دون أي حطام.أضف 500 ميكرولتر من الفينول: الكلوروفورم: كحول الأيزواميل، بنسبة 25:24:1، والدوامة لمدة دقيقة واحدة. بعد الطرد المركزي ، انقل 180 ميكرولتر من المرحلة المائية العليا إلى أنبوب غطاء جديد بسعة 1.5 ملليلتر. أضف 180 ميكرولتر من الكلوروفورم ، وقلبها واخلطها.من هذا ، انقل 180 ميكرولتر من المرحلة المائية إلى أنبوب غطاء مفاجئ جديد. في خزانة السلامة الأحيائية ، أضف 180 ميكرولتر من الأيزوبروبانول البارد و 36 ميكرولتر من خمسة أسيتات أمونيوم مولار. قلبه عدة مرات للخلط ، وضع الأنبوب على الجليد لمدة 20 دقيقة.تخلص من السوبرناتانت ، متبوعا بغسل الكريات عدة مرات ب 500 ميكرولتر من الإيثانول البارد بنسبة 70٪. تخلص من السوبرناتانت ، وجفف الأنبوب رأسا على عقب رأسا على عقب على المناديل الورقية لمدة 20 دقيقة ، حتى تصبح الكريات واضحة. الكريات في 50 ميكرولتر من الماء الجزيئي ، وقم بتسخين السائل عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقائق لإذابة كريات الحمض النووي الكبيرة بالكامل.بعد التسخين ، قم بطرد مركزي هذه الأنابيب عند 3،400 مرة G لمدة دقيقة واحدة لاستعادة قطرات التكثيف من الغطاء. قياس التركيز، والحصول على نسبة 260/280 باستخدام مقياس الطيف الضوئي. تتراوح نسبة الحمض النووي عالي الجودة بشكل عام بين 1.8 واثنين.الطرد المركزي للعينات المحضرة بسرعة 600 مرة G لمدة دقيقة واحدة في درجة حرارة الغرفة، قبل التجمد عند 80 درجة مئوية تحت الصفر لمدة 24 ساعة. ثم أرسل 20 ميكرولترا من العينات بتركيزات تتراوح من واحد إلى 50 نانوغرام لكل ميكرولتر إلى مختبر أرغون الوطني للتسلسل. تحتوي سلالة الفئران التي تفتقر إلى المستقبل CX3CR1 على تركيبة ميكروبات معوية مختلفة مقارنة بالفئران MRL / lpr من النوع البري ، MRL / lpr-CX3CR1 GFP / GFP ، اختلافات كبيرة في أجناس معينة ، ذات صلة بالبكتيريا المسببة للأمراض المحتملة مثل تلك الموجودة في البكتيريا البروتينية.كن حذرا في تلويث العينة. يجب أن تكون معقمة. أيضا ، من المهم سحب السحب بدقة عند نقل supernatant في أنبوب جديد.هذه الطريقة مناسبة للتحليل الجزيئي مثل PCR أو هضم إنزيم التقييد أو بناء مكتبة الجينوم. في مرض الذئبة ، أثبتنا وجود علاقة قوية بين ميكروبات الأمعاء وتطور مرض الذئبة.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

شاملة والتكلفة الفعالة لمختبر مراقبة فيروس نقص المناعة البشرية / الإيدز : قدوة الأفريقية

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

طريقة فعالة من حيث التكلفة لتعقب مصدر الميكروبات عن طريق محددة الفيروسات البشرية والحيوانية

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

A Method for Labeling Vasculature in Embryonic Mice

A طريقة لوصفها الأوعية الدموية في الفئران الجنينية

The establishment of a functional blood vessel network is an essential part of organogenesis, and is required for optimal organ function. For example, in ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Chelex بروتوكول بسيط لاستخراج الحمض النووي من<em&gt; الأنوفيلة</em&gt; النيابة.

Endemic countries are increasingly adopting molecular tools for  efficient typing, identification and surveillance against malaria parasites and  vector ...

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

العزلة وتحليل الجينوم Virions واحدة باستخدام &#39;جينوم فيروس واحد&#39;

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota

نموذج في المختبر دفعة الثقافة لتقدير آثار النظم التدخلية على ميكروبيوتا البراز البشري

The emerging role of the gut microbiome in several human diseases demands a breakthrough of new tools, techniques and technologies. Such improvements are ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

تحليل التفاعلات بين بطانة الرحم وميكروبيوتا الأمعاء البشرية باستخدام أنظمة تخمير الحمام في المختبر

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

A DNA/Ki67-Based Flow Cytometry Assay for Cell Cycle Analysis of Antigen-Specific CD8 T Cells in Vaccinated Mice

فحص قياس الخلايا التدفقي القائم على الحمض النووي/Ki67 لتحليل دورة الخلية لخلايا CD8 T الخاصة بالمضاد في الفئران الملقحة

The cell cycle of antigen-specific T cells in vivo has been examined by using a few methods, all of which possess some limitations. Bromodeoxyuridine ...

Fecal (micro) RNA Isolation

Fecal micro RNA Isolation

البراز (الصغير) عزل الحمض النووي الريبي

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs ...

Therapeutic Evaluation of Fecal Microbiota Transplantation in an Interleukin 10-Deficient Mouse Model

التقييم العلاجي لزرع الميكروبات البرازية في نموذج فأر ناقص إنترلوكين 10

With the development of microecology in recent years, the relationship between intestinal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has attracted ...