Name: analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method
Uploaded: 2022-05-02T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

Argonne Ulusal Laboratuvarı'nın ve işbirliği yapan biyoinformatikçilerimizin yardımları için teşekkür ederiz. Bu çalışma çeşitli NIH ve dahili hibelerle desteklenmektedir.

B6.129P2(Cg)-Cx3cr1tm1Litt/J farelerinin Cx3cr1 gfp/gfp lokusu, MRL/lpr-CX3CR1 gfp/gfp fareleri üretmek için 10 nesil boyunca MRL/MpJ-Fas lpr/J'ye (MRL/lpr) geri döndürüldü. Tek nükleotid polimorfizmi (SNP) panelleri kullanılarak yapılan genom taraması, yeni üretilen farelerin genetik arka planının MRL / lpr'ninkiyle % 97'den fazla aynı olduğunu doğruladı. Bundan sonra, fareler Virginia Tech'teki Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım ...

<ol>
	<li>Lee, Y. K., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Has+the+microbiota+played+a+critical+role+in+the+evolution+of+the+adaptive+immune+system.">Has the microbiota played a critical role in the evolution of the adaptive immune system.</a> Science. 330 (6012), 1768-1773 (2010).</li><li>Lee, Y. K., Menezes, J. S., Umesaki, Y., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proinflammatory+T-cell+responses+to+gut+microbiota+promote+experimental+autoimmune+encephalomyelitis.">Proinflammatory T-cell responses to gut microbiota promote experimental autoimmune encephalomyelitis.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108, 4615-4622 (2011).</li><li>Yeoh, N., Burton, J. P., Suppiah, P., Reid, G., Stebbings, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+the+microbiome+in+rheumatic+diseases.">The role of the microbiome in rheumatic diseases.</a> Current Rheumatology Reports. 15 (3), 314 (2013).</li><li>Larsen, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microbiota+in+human+adults+with+type+2+diabetes+differs+from+non-diabetic+adults.">Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults.</a> PLoS One. 5 (2), 9085 (2010).</li><li>Alam, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+imbalance+in+inflammatory+bowel+disease+patients+at+different+taxonomic+levels.">Microbial imbalance in inflammatory bowel disease patients at different taxonomic levels.</a> Gut Pathogens. 12 (1), (2020).</li><li>Vieira, S. M., Pagovich, O. E., Kriegel, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet,+microbiota+and+autoimmune+diseases.">Diet, microbiota and autoimmune diseases.</a> Lupus. 23 (6), 518-526 (2014).</li><li>Mu, Q., Zhang, H., Luo, X. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLE:+another+autoimmune+disorder+influenced+by+microbes+and+diet.">SLE: another autoimmune disorder influenced by microbes and diet.</a> Frontiers of Immunology. 6, 608 (2015).</li><li>Tektonidou, M. G., Wang, Z., Dasgupta, A., Ward, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Burden+of+serious+infections+in+adults+with+systemic+lupus+erythematosus:+a+national+population-based+study.">Burden of serious infections in adults with systemic lupus erythematosus: a national population-based study.</a> Arthritis Care &amp; Research. 67 (8), 1078-1085 (2015).</li><li>Mu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+lupus+nephritis+by+changes+of+gut+microbiota.">Control of lupus nephritis by changes of gut microbiota.</a> Microbiome. 5 (1), 73 (2017).</li><li>Panek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methodology+challenges+in+studying+human+gut+microbiota+-+effects+of+collection,+storage,+DNA+extraction+and+next+generation+sequencing+technologies.">Methodology challenges in studying human gut microbiota - effects of collection, storage, DNA extraction and next generation sequencing technologies.</a> Scientific Reports. 8 (1), 5143 (2018).</li><li>Fiedorov&#225;, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+dna+extraction+methods+on+stool+bacterial+and+fungal+microbiota+community+recovery.">The impact of dna extraction methods on stool bacterial and fungal microbiota community recovery.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 821 (2019).</li><li>Gerasimidis, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+DNA+extraction+methodology+on+gut+microbiota+research+applications.">The effect of DNA extraction methodology on gut microbiota research applications.</a> BMC Research Notes. 9, 365 (2016).</li><li>Bukin, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+16S+rRNA+region+choice+on+bacterial+community+metabarcoding+results.">The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results.</a> Scientific Data. 6 (1), 190007 (2019).</li><li>Galloway-Pe&#241;a, J., Hanson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tools+for+analysis+of+the+microbiome.">Tools for analysis of the microbiome.</a> Digestive Diseases and Sciences. 65 (3), 674-685 (2020).</li><li>Sharpton, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+the+analysis+of+shotgun+metagenomic+data.">An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data.</a> Frontiers in Plant Science. 5, 209 (2014).</li></ol>

Dengeli bağırsak mikrobiyotası insan vücudunu hastalıklardan koruyabilir. Bu denge dış veya iç tetikleyiciler tarafından bozulduğunda, sonuçlar yıkıcı olabilir. Bu yöntem, murin modellerinde bağırsak mikrobiyotasının dinamiklerini analiz etmenin bir yolunu sunar. Yöntem sadece gruplar arasındaki karşılaştırmalar için değil, aynı zamanda bağırsak mikrobiyotasını bozan zamana bağlı faktörleri daha iyi tanımlamak için bağırsak mikrobiyotasını zaman içinde izlemek için de uygundur.<...

İnsanlar ve bakteriler uzun süredir bir arada var olmuşlardır. Konakçı immün yanıtlarını nicel ve nitel yollarla etkileyen karşılıklı yararlı etkilerle birlikte bağımlı bir ilişki kurmuşlardır1. Son zamanlarda yapılan çalışmalar, bağırsak mikrobiyota bileşimi ile multipl skleroz 2, romatoid artrit3, tip2 diyabet4, İnflamatuar bağırsak hastalığı5 ve sistemik lupus eritematozus (SLE)6'yı içeren otoimmün hastalıkların patogenezi arasında bir ilişki olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte, bağırsak mikrobiyotasının bu otoimmün hastalıkların ana nedeni mi yoksa ikincil bir etkisi mi olduğu hala belirsizdir7. Potansiyel olarak, bağırsak mikrobiyotası, otoimmün bozuklukların efektör fazı sırasında hastalığı şiddetlendirebilir veya bu hastalıkların indüksiyonunu düzenlemede rol oynayabilir8.
Lupus eğilimli dişi MRL/Mp-Faslpr (MRL/lpr) farelerde intestinal dysbiosis bildirilmiştir ve Lactobacilli'nin belirgin bir şekilde tükenmesiyle bağırsak mikrobiyota değişiklikleri gözlenmiştir9. Beş Lactobacillus suşunun bir karışımı oral yoldan uygulandığında, bu farelerde lupus benzeri semptomlar büyük ölçüde azaldı ve bu da SLE patogenezini düzenlemede mikrobiyotanın önemli bir rol oynadığını düşündürdü.
Aşağıdaki DNA ekstraksiyon tekniği, lupus eğilimli farelerde murin SLE benzeri hastalığın seyri sırasında mikrobiyota dalgalanmalarını takip etmeyi ve bunları kalitatif ve kantitatif olarak analiz etmeyi sağlar. Sağlıklı bağırsak mikrobiyotasını incelemek veya dysbiosis'i tanımlamak olsun, verilerin nasıl toplandığını ve doğru ve tekrarlanabilir olup olmadığını eleştirel olarak incelemek önemlidir10. Bu süreçte atılan her adım kritik öneme sahiptir. Mikrobiyal DNA'yı çıkarmak için uygun bir metodoloji kullanılmalıdır, çünkü DNA ekstraksiyon işlemi sırasında önyargılara neden olan olası herhangi bir sorun, yanlış mikrobiyal temsile neden olabilir. Fenol-kloroform yöntemi burada tarif edilirken, belirli durumlarda iyi çalışan bakterilerden DNA çıkarmak için ticari olarak temin edilebilen kitler vardır11. Bununla birlikte, kullanılabilirlikleri maliyet ve gerekli numune miktarı ile sınırlıdır.
Burada sunulan protokol uygun maliyetlidir ve sadece az miktarda örnek gerektirir. Her türlü dışkı örneği ile iyi çalışır ve zaman içinde bağırsak mikrobiyotasının dinamiklerini ve gruplar arasındaki karşılaştırmaları incelemede yararlıdır. DNA, fenol, kloroform ve izoamil alkol kullanan bir alkol saflaştırma yöntemi ile izole edilir. Alkol bazlı ekstraksiyon, DNA'nın son adımda çökeldiği protein ve lipit örneğinin temizlenmesine ve çıkarılmasına yardımcı olur. Önerilen yöntem önemli ölçüde yüksek verimlilik ve kaliteye sahiptir ve bakteri popülasyonlarının tanımlanmasında doğru olduğu kanıtlanmıştır. İşlem sırasında kritik bir not, DNA kontaminasyonunun meydana gelebileceği ve bu nedenle uygun numune elleçlemesinin gerekli olduğudur12.
DNA daha sonra Illumina MiSeq gibi 16S rRNA geni için Yeni Nesil Dizileme platformları tarafından analiz edilir. Özellikle, V4 hiper değişken bölgesi, yüksek dereceli taksonlar13 için daha iyi bir niceleme sağlamak üzere analiz edilir. Sonraki biyoinformatik analizler dış kaynaklı olup, bunu standart istatistiksel yöntemler kullanılarak kurum içi analiz izlemektedir. Aşağı akış dizilimi için çok sayıda açık kaynaklı biyoinformatik yazılım programı mevcuttur ve yapılan analizlerin türü büyük ölçüde ilgilenilen spesifik biyolojik soruya bağlıdır14. Bu protokol özellikle dizilemeden önceki deneysel adımlara odaklanır ve dışkı örneklerinden DNA elde etmek için daha çok yönlü, uygun maliyetli, karşılaştırılabilir ve verimli bir yöntem sağlar.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.1 mm glass beads</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>11079101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL screw cap tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>3488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20% SDS</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1311-1</td>
			<td>SDS 20%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96% Ethanol, Molecular Biology Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>T032021000CS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Acetate (5 M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9071</td>
			<td>NH4AC 5M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B6.129P2(Cg)-Cx3cr1tm1Litt/J</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>005582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bullet Blender storm 24</td>
			<td>Next Advance</td>
			<td>4116-BBY24M</td>
			<td>Homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>C298-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DEPC-Treated Water</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9916</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediamine Tetraacetic Acid</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP118-500</td>
			<td>EDTA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foil plate seal</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>NC0302491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes-Kimtech 34256</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>06-666C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MRL/MpJ-Faslpr/J (MRL/lpr) mice</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>000485</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000 spectrophotomer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>ND2000CLAPTOP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenol: chloroform: isoamylalchohol (25:24:1)</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1752I-400</td>
			<td>PCI</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scale with 4 decimals</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td>MS205DU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skirted 96-well plates</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AB-0800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>15528154</td>
			<td>NaCl</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Hydrochloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1757-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method

Bağırsak mikrobiyotası bağışıklık sisteminin eğitiminde önemli bir role sahiptir. Bu ilişki, sadece genetik faktörler tarafından yönlendirilen otoimmün hastalıkları değil, aynı zamanda hastalığın başlangıcını tetikleyebilecek ve / veya hastalığın seyrini kötüleştirebilecek çevresel faktörleri anlamak için son derece önemlidir. Lupus eğilimli MRL / lpr dişi farelerde bağırsak mikrobiyotasının dinamikleri üzerine daha önce yayınlanmış bir çalışma, bağırsak mikrobiyotasındaki değişikliklerin hastalığın ilerlemesini nasıl değiştirebileceğini göstermiştir. Burada, otoimmünite çalışmaları için bağırsak mikrobiyotasından temsili örneklerin çıkarılması için bir protokol açıklanmaktadır. Mikrobiyota örnekleri anüsten toplanır ve DNA'nın bir fenol-kloroform yöntemi kullanılarak ekstrakte edildiği ve alkol çökeltmesi ile saflaştırıldığı işlenir. PCR yapıldıktan sonra, saflaştırılmış amplikler Argonne Ulusal Laboratuvarı'nda Yeni Nesil Dizileme platformu kullanılarak sıralanır. Son olarak, 16S ribozomal RNA gen dizileme verileri analiz edilir. Örnek olarak, CX3CR1 olan veya olmayan MRL / lpr farelerinin bağırsak mikrobiyota karşılaştırmalarından elde edilen veriler gösterilmiştir. Sonuçlar, filum Proteobakteriler gibi patojenik bakteriler içeren cinslerde ve sağlıklı kommensal mikrobiyotanın bir parçası olarak kabul edilen Bifidobacterium cinsinde önemli farklılıklar göstermiştir. Özetle, bu basit, uygun maliyetli DNA izolasyon yöntemi güvenilirdir ve otoimmün hastalıklarla ilişkili bağırsak mikrobiyota değişikliklerinin araştırılmasına yardımcı olabilir.

Argonne Ulusal Laboratuvarı'ndan elde edilen sonuçlar, nitelikli bir biyoinformatikçi tarafından analiz edilir ve ardından standart istatistiksel yöntemler kullanılarak verilerin kurum içi analizi yapılır. Tipik mikrobiyom analizleri, benzer dizilerin bir numunedeki farklı mikroorganizmalar için bir vekil olarak operasyonel taksonomik birimlere (OTU'lar) veya amplikon dizisi varyantlarına (ASV'ler) kümelenmesini içerir. Numuneler arasındaki OTU'ların veya ASV'lerin sayıları daha sonra numune içi (alfa...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method

Bu protokol, otoimmün hastalığın gelişimi sırasında murin bağırsak mikrobiyota değişikliklerinin analizi için basit, uygun maliyetli bir DNA izolasyon yöntemi sağlar.

Lupus Eğilimli Farelerde Fekal Mikrobiyota Dinamiğinin Basit, Uygun Maliyetli Bir DNA İzolasyon Yöntemi Kullanılarak Analizi

Gut microbiota has an important role in educating the immune system. This relationship is extremely important for understanding autoimmune diseases that ...

Önerilen DNA izolasyon yöntemi, otoimmün hastalıklar fare modellerinde bağırsak mikrobiyota dinamiklerini incelemeye hizmet edebilir. Ticari olarak temin edilebilen kitlerle karşılaştırılabilir dışkı örneklerinden DNA elde etmek için daha çok yönlü, uygun maliyetli ve verimli bir yöntem önerilmektedir. Başlamak için, her fareyi ayrı ayrı kafesinden çıkarın, doğrudan anüsten bir dışkı topağı toplayın ve işlenene kadar eksi 80 santigrat derecede saklayın.Numuneleri steril ve temiz forseps, tüp ve eldivenlerle işleyin. Önceden tartılmış, iki mililitrelik vidalı kapak tüpüne dondurulmuş bir pelet ekleyin ve dışkı ağırlığını gram cinsinden kaydedin, bu da dışkı peleti başına 0,02 ila 0,05 gram arasında olmalıdır. Pelet üzerine ince bir 0.1 milimetre cam boncuk tabakası, 500 mikrolitre lizis tamponu ve 200 mikrolitre% 20 sodyum dodesil sülfat ekleyin.Boncuk, tüpü bir homojenizatörde dört dakika boyunca dövdü, ardından üç ila beş dakika girdap yaptı. Kabarcıkları ve köpüğü gidermek için tüpleri kısa bir süre santrifüj yapın. Mikrobiyota örneklerinden DNA çıkarmak için, 350 mikrolitre numune süpernatanı, herhangi bir enkaz olmadan, yeni, 1.5 mililitrelik bir çıtçıtlı kapak tüpüne aktarın.500 mikrolitre fenol:kloroform:izoamil alkol, 25:24:1 oranında ve bir dakika boyunca vorteks ekleyin. Santrifüjlemeden sonra, üst sulu fazın 180 mikrolitresini yeni, 1,5 mililitrelik bir çıtçıtlı kapak tüpüne aktarın. 180 mikrolitre kloroform ekleyin, ters çevirin ve karıştırın.Bundan, sulu fazın 180 mikrolitresini yeni bir çıtçıtlı kapak tüpüne aktarın. Bir biyogüvenlik kabininde, 180 mikrolitre soğuk izopropanol ve 36 mikrolitre beş molar amonyum asetat ekleyin. Karıştırmak için birkaç kez ters çevirin ve tüpü 20 dakika boyunca buzun üzerine yerleştirin.Süper natantı atın, ardından peletleri 500 mikrolitre soğuk% 70 etanol ile birkaç kez yıkayın. Süper natantı atın ve pelet netleşene kadar tüpü kağıt mendil üzerinde 20 dakika boyunca baş aşağı kurutun. Peleti 50 mikrolitre moleküler sınıf suda askıya alın ve büyük DNA peletlerini tamamen çözmek için sıvıyı 10 dakika boyunca 37 santigrat derecede ısıtın.Isıtmadan sonra, kapaktaki yoğuşma damlacıklarını geri kazanmak için bu tüpleri bir dakika boyunca 3.400 kez G'de santrifüj yapın. Konsantrasyonu ölçün ve bir spektrofotometre kullanarak 260/280 oranını elde edin. Kaliteli DNA için bir oran genellikle 1.8 ila iki arasındadır.Hazırlanan numuneleri oda sıcaklığında bir dakika boyunca 600 kez G'de santrifüjleyin, 24 saat boyunca eksi 80 santigrat derecede dondurmadan önce. Daha sonra, mikrolitre başına bir ila 50 nanogram arasında değişen konsantrasyonlara sahip 20 mikrolitre numuneyi, sıralama için Argonne Ulusal Laboratuvarı'na gönderin. CX3CR1 reseptöründen yoksun fare suşu, vahşi tip MRL / lpr, MRL / lpr-CX3CR1 GFP / GFP farelere kıyasla farklı bir bağırsak mikrobiyota bileşimine sahiptir, filum Proteobakteriler gibi potansiyel olarak patojenik bakterilerle ilgili olarak belirli cinslerde önemli farklılıklar gösterir.Numuneyi kirletmeye dikkat edin. Steril olması gerekiyor. Ayrıca, süpernatantı yeni bir tüpe aktarırken doğru pipetleme önemlidir.Bu yöntem PCR, restriksiyon enzim sindirimi veya genomik kütüphane yapımı gibi moleküler analizler için uygundur. Lupusta, bağırsak mikrobiyotası ile lupus progresyonu arasında güçlü bir ilişki olduğunu kanıtladık.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

HIV / AIDS Kapsamlı ve Maliyet Etkin Laboratuvar Kontrolü: Afrikalı bir Rol Modeli

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

Özgül İnsan ve Hayvan Virüsler Mikrobiyal Kaynak Takip için maliyet-etkin Yöntemi

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

A Method for Labeling Vasculature in Embryonic Mice

Embriyonik Farelerde damarları Etiketleme Bir Yöntem

The establishment of a functional blood vessel network is an essential part of organogenesis, and is required for optimal organ function. For example, in ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

DNA ekstraksiyonu için A Simple Chelex Protokolü<em&gt; Anofel</em&gt; Spp.

Endemic countries are increasingly adopting molecular tools for  efficient typing, identification and surveillance against malaria parasites and  vector ...

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

&#39;Tek Virüs Genomik&#39; kullanarak Tek viryonlar İzolasyonu ve Genom Analizi

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota

Bir In vitro Batch-kültür modeli ınsan dışkı microbiota üzerinde girişimsel rejimlerin etkilerini tahmin etmek

The emerging role of the gut microbiome in several human diseases demands a breakthrough of new tools, techniques and technologies. Such improvements are ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

In Vitro Bath Fermantasyon Sistemleri Kullanılarak Endobiyotikler ve İnsan Bağırsak Mikrobiyotları Arasındaki Etkileşimlerin Analizi

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

A DNA/Ki67-Based Flow Cytometry Assay for Cell Cycle Analysis of Antigen-Specific CD8 T Cells in Vaccinated Mice

Aşılanmış Farelerde Antijene Özgü CD8 T Hücrelerinin Hücre Döngüsü Analizi için DNA/Ki67 Tabanlı Akış Sitometrisi Tahlili

The cell cycle of antigen-specific T cells in vivo has been examined by using a few methods, all of which possess some limitations. Bromodeoxyuridine ...

Fecal (micro) RNA Isolation

Fecal micro RNA Isolation

Fekal (mikro) RNA İzolasyonu

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs ...

Therapeutic Evaluation of Fecal Microbiota Transplantation in an Interleukin 10-Deficient Mouse Model

Fekal Mikrobiyota Transplantasyonunun İnterlökin 10 Eksikliği Olan Fare Modelinde Terapötik Değerlendirmesi

With the development of microecology in recent years, the relationship between intestinal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has attracted ...