Name: using single-worm data to quantify heterogeneity in caenorhabditis elegans-bacterial interactions
Uploaded: 2022-07-22T14:20:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions at JoVE.com

המחברים רוצים להודות ל-H. Schulenberg ול-C. LaRock על השיתוף הנדיב שלהם בזני חיידקים ששימשו בניסויים אלה. עבודה זו נתמכה על ידי מימון מאוניברסיטת אמורי ו- NSF (PHY2014173).

תולעים ששימשו בניסויים אלה התקבלו מהמרכז הגנטי Caenorhabditis , הממומן על ידי המשרד לתוכניות תשתית מחקר של NIH (P40 OD010440). בריסטול N2 הוא הסוג הפראי. המוטנטים DAF-2/IGF daf-16(mu86) I (CGC CF1038) ו-daf-2(e1370) III (CGC CB1370) משמשים להמחשת הבדלים בעומס חיידקי במעיים.
HT115(DE3) E. coli הנושא את וקטור RNA...

<ol>
	<li>Armitage, D. W., Jones, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+sample+heterogeneity+can+obscure+the+signal+of+microbial+interactions.">How sample heterogeneity can obscure the signal of microbial interactions.</a> The ISME Journal. 13 (11), 2639-2646 (2019).</li><li>Stephenson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+heterogeneity+affects+both+parasite+transmission+to+and+fitness+on+subsequent+hosts.">Host heterogeneity affects both parasite transmission to and fitness on subsequent hosts.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 372 (1719), 20160093 (2017).</li><li>VanderWaal, K. L., Ezenwa, V. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+in+pathogen+transmission:+mechanisms+and+methodology.">Heterogeneity in pathogen transmission: mechanisms and methodology.</a> Functional Ecology. 30 (10), 1606-1622 (2016).</li><li>Dwyer, G., Elkinton, J. S., Buonaccorsi, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+heterogeneity+in+susceptibility+and+disease+dynamics:+tests+of+a+mathematical+model.">Host heterogeneity in susceptibility and disease dynamics: tests of a mathematical model.</a> The American Naturalist. 150 (6), 685-707 (1997).</li><li>Wu, D., Rea, S. L., Yashin, A. I., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+hidden+heterogeneity+in+isogenic+populations+of+C.+elegans.">Visualizing hidden heterogeneity in isogenic populations of C. elegans.</a> Experimental Gerontology. 41 (3), 261-270 (2006).</li><li>Yashin, A. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heat+shock+changes+the+heterogeneity+distribution+in+populations+of+Caenorhabditis+elegans+does+it+tell+us+anything+about+the+biological+mechanism+of+stress+response.">Heat shock changes the heterogeneity distribution in populations of Caenorhabditis elegans does it tell us anything about the biological mechanism of stress response.</a> The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences. 57 (3), 83-92 (2002).</li><li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+forms+of+death+in+ageing+Caenorhabditis+elegans.">Two forms of death in ageing Caenorhabditis elegans.</a> Nature Communications. 8 (1), 1-8 (2017).</li><li>Eckley, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+the+transition+to+mid-life+in+Caenorhabditis+elegans.">Molecular characterization of the transition to mid-life in Caenorhabditis elegans.</a> AGE. 35 (3), 689-703 (2012).</li><li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans.">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li><li>Kinser, H. E., Mosley, M. C., Plutzer, I. B., Pincus, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global,+cell+non-autonomous+gene+regulation+drives+individual+lifespan+among+isogenic+C.+elegans.">Global, cell non-autonomous gene regulation drives individual lifespan among isogenic C. elegans.</a> eLife. , (2021).</li><li>Churgin, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Longitudinal+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+in+a+microfabricated+device+reveals+variation+in+behavioral+decline+during+aging.">Longitudinal imaging of Caenorhabditis elegans in a microfabricated device reveals variation in behavioral decline during aging.</a> eLife. 6, 26652 (2017).</li><li>Perez, M. F., Francesconi, M., Hidalgo-Carcedo, C., Lehner, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maternal+age+generates+phenotypic+variation+in+Caenorhabditis+elegans.">Maternal age generates phenotypic variation in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 552 (7683), 106-109 (2017).</li><li>Baeriswyl, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+aging+profiles+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans+by+bacteria+causing+different+extrinsic+mortality+rates.">Modulation of aging profiles in isogenic populations of Caenorhabditis elegans by bacteria causing different extrinsic mortality rates.</a> Biogerontology. 11 (1), 53 (2009).</li><li>Taylor, M., Vega, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+immunity+alters+community+ecology+and+stability+of+the+microbiome+in+a+Caenorhabditis+elegans+model.">Host immunity alters community ecology and stability of the microbiome in a Caenorhabditis elegans model.</a> mSystems. 6 (2), 00608-00620 (2021).</li><li>Diaz, S. A., Restif, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spread+and+transmission+of+bacterial+pathogens+in+experimental+populations+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Spread and transmission of bacterial pathogens in experimental populations of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (17), 5411-5418 (2014).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Berg, M., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+separation+of+C.+elegans+variably+colonized+by+a+bacterial+pathogen.">Automated separation of C. elegans variably colonized by a bacterial pathogen.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (85), e51090 (2014).</li><li>Ortiz, A., Vega, N. M., Ratzke, C., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interspecies+bacterial+competition+regulates+community+assembly+in+the+C.+elegans+intestine.">Interspecies bacterial competition regulates community assembly in the C. elegans intestine.</a> The ISME Journal. 15 (7), 2131-2145 (2021).</li><li>Berg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TGF&#946;/BMP+immune+signaling+affects+abundance+and+function+of+C.+elegans+gut+commensals.">TGF&#946;/BMP immune signaling affects abundance and function of C. elegans gut commensals.</a> Nature Communications. 10 (1), 604 (2019).</li><li>Portal-Celhay, C., Blaser, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+and+resilience+between+founder+and+introduced+bacteria+in+the+Caenorhabditis+elegans+gut.">Competition and resilience between founder and introduced bacteria in the Caenorhabditis elegans gut.</a> Infection and Immunity. 80 (3), 1288-1299 (2012).</li><li>Scott, E., Holden-Dye, L., O'Connor, V., Wand, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intra+strain+variation+of+the+effects+of+gram-negative+ESKAPE+pathogens+on+intestinal+colonization,+host+viability,+and+host+response+in+the+model+organism+Caenorhabditis+elegans.">Intra strain variation of the effects of gram-negative ESKAPE pathogens on intestinal colonization, host viability, and host response in the model organism Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 3113 (2020).</li><li>Kamath, R. S., Martinez-Campos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effectiveness+of+specific+RNA-mediated+interference+through+ingested+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Genome Biology. 2 (1), (2001).</li><li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+native+microbiome+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans:+gateway+to+a+new+host-microbiome+model.">The native microbiome of the nematode Caenorhabditis elegans: gateway to a new host-microbiome model.</a> BMC Biology. 14, 38 (2016).</li><li>Vega, N. M., Allison, K. R., Samuels, A. N., Klempner, M. S., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salmonella+typhimurium+intercepts+Escherichia+coli+signaling+to+enhance+antibiotic+tolerance.">Salmonella typhimurium intercepts Escherichia coli signaling to enhance antibiotic tolerance.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (35), 14420-14425 (2013).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , (2006).</li><li>Tabara, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rde-1+gene,+RNA+interference,+and+transposon+silencing+in+C.+elegans.">The rde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C. elegans.</a> Cell. 99 (2), 123-132 (1999).</li><li>Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse+genetics.">Reverse genetics.</a> WormBook. , (2006).</li><li>Rual, J. -. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+improving+Caenorhabditis+elegans+phenome+mapping+with+an+ORFeome-based+RNAi+library.">Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library.</a> Genome Research. 14 (10), 2162-2168 (2004).</li><li>Revtovich, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+characterization+of+high-throughput+Caenorhabditis+elegans+-+Enterococcus+faecium+infection+model.">Development and characterization of high-throughput Caenorhabditis elegans - Enterococcus faecium infection model.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 667327 (2021).</li><li>Anderson, Q. L., Revtovich, A. V., Kirienko, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-throughput,+high-content,+liquid-based+C.+elegans+pathosystem.">A high-throughput, high-content, liquid-based C. elegans pathosystem.</a> JoVE (Journal of Visualized Experiments. (137), e58068 (2018).</li><li>Scholz, M., Dinner, A. R., Levine, E., Biron, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+feeding+dynamics+arise+from+the+need+for+information+and+energy.">Stochastic feeding dynamics arise from the need for information and energy.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (35), 9261-9266 (2017).</li><li>Wu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pheromones+modulate+learning+by+regulating+the+balanced+signals+of+two+insulin-like+peptides.">Pheromones modulate learning by regulating the balanced signals of two insulin-like peptides.</a> Neuron. 104 (6), 1095-1109 (2019).</li><li>Ching, T. -. T., Hsu, A. -. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solid+plate-based+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans.">Solid plate-based dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (51), e2701 (2011).</li><li>Walker, A. C., Bhargava, R., Vaziriyan-Sani, A. S., Brust, A. S., Czyz, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+bacterial+loads+in+Caenorhabditis+elegans.">Quantification of bacterial loads in Caenorhabditis elegans.</a> Bio-protocol. 12 (2), 4291-4291 (2022).</li><li>Manjarrez, J. R., Mailler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress+and+timing+associated+with+Caenorhabditis+elegans+immobilization+methods.">Stress and timing associated with Caenorhabditis elegans immobilization methods.</a> Heliyon. 6 (7), 04263 (2020).</li><li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans.">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS ONE. 6 (4), 0019505 (2011).</li><li>Garsin, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-lived+C.+elegans+daf-2+mutants+are+resistant+to+bacterial+pathogens.">Long-lived C. elegans daf-2 mutants are resistant to bacterial pathogens.</a> Science. 300 (5627), 1921 (2003).</li><li>Thutupalli, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Farming+and+public+goods+production+in+Caenorhabditis+elegans+populations.">Farming and public goods production in Caenorhabditis elegans populations.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (9), 2289-2294 (2017).</li><li>Ly, K., Reid, S. J., Snell, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+RNA+analysis+of+individual+Caenorhabditis+elegans.">Rapid RNA analysis of individual Caenorhabditis elegans.</a> MethodsX. 2, 59-63 (2015).</li><li>Johnke, J., Dirksen, P., Schulenburg, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Community+assembly+of+the+native+C.+elegans+microbiome+is+influenced+by+time,+substrate,+and+individual+bacterial+taxa.">Community assembly of the native C. elegans microbiome is influenced by time, substrate, and individual bacterial taxa.</a> Environmental Microbiology. 22 (4), 1265-1279 (2020).</li><li>Vega, N. M., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+assembly+produces+heterogeneous+communities+in+the+Caenorhabditis+elegans+intestine.">Stochastic assembly produces heterogeneous communities in the Caenorhabditis elegans intestine.</a> PLOS Biology. 15 (3), 2000633 (2017).</li><li>Gulyas, L., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cold+shock+induces+a+terminal+investment+reproductive+response+in+C.+elegans.">Cold shock induces a terminal investment reproductive response in C. elegans.</a> Scientific Reports. 12 (1), 1338 (2022).</li><li>Jiang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+program+mediates+cold-warming+response+and+promotes+stress-induced+phenoptosis+in+C.+elegans.">A genetic program mediates cold-warming response and promotes stress-induced phenoptosis in C. elegans.</a> eLife. 7, 35037 (2018).</li><li>Robinson, J. D., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+recovery+from+acute+cold+shock+in+Caenorhabditis+elegans.">Long-term recovery from acute cold shock in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Cell Biology. 17 (1), 2 (2016).</li></ol>

כאן מוצגים נתונים על היתרונות של כימות תולעת בודדת של עומס חיידקים ב- C. elegans, יחד עם פרוטוקול שיבוש של 96 בארות כדי לאפשר רכישה מהירה ועקבית של מערכי נתונים גדולים מסוג זה. בהשוואה לשיטות הקיימות33, פרוטוקולים אלה מאפשרים מדידה בתפוקה גבוהה יותר של קהילות מיקרוביאליות במעיי...

הטרוגניות באסוציאציות בין חיידקים מארחים נצפית בכל מקום, ושונות בין פרטים מוכרת יותר ויותר כגורם תורם בתהליכים ברמת האוכלוסייה מתחרות ודו-קיום1 ועד העברת מחלות 2,3,4. ב- C. elegans, "הטרוגניות נסתרת" בתוך אוכלוסיות איזוגניות נצפתה שוב ושוב, כאשר תת-אוכלוסיות של פרטים הראו פנוטיפים שונים בתגובת הלם חום 5,6, הזדקנות ותוחלת חיים 7,8,9,10,11, והיבטים רבים אחרים של פיזיולוגיה ופיתוח12 . רוב הניתוחים המנסים לזהות מבנה תת-אוכלוסייה מספקים ראיות לשתי תת-אוכלוסיות באוכלוסיות ניסיוניות של תולעים איזוגניות ומסונכרנות 5,7,8, אם כי נתונים אחרים מצביעים על האפשרות של התפלגות בתוך האוכלוסייה של תכונות ולא קבוצות מובחנות 7,12,13 . רלוונטי כאן, הטרוגניות משמעותית באוכלוסיות מעיים נצפית אפילו בתוך אוכלוסיות איזוגניות של תולעים המיושבות ממקור משותף של מיקרובים 13,14,15,16, והטרוגניות זו יכולה להיות מוסתרת על ידי מדידות תקציר אצווה הנמצאות בשימוש נרחב 17,18,19,20 לכימות חיידקים בתולעת.
עבודה זו מציגה נתונים המצביעים על צורך בהסתמכות רבה יותר על מדידות של תולעים בודדות בקשר בין מיקרובים מארחים, כמו גם פרוטוקולים להגברת הדיוק והתפוקה בהפרעה לתולעת בודדת. פרוטוקולים אלה נועדו להקל על הפרעה מכנית של מספר גדול של C. elegans בודדים לכימות של עומס חיידקי בר-קיימא, תוך מתן יכולת חזרה טובה יותר ומאמץ נמוך יותר לכל דגימה מאשר הפרעה מבוססת מזיקים של תולעים בודדות. שלב מומלץ לטיהור המעיים, שבו תולעים מורשות להיזון מאי קולי מומת בחום לפני ההכנה לשיבוש, נכלל כדי למזער את התרומות של חיידקים ארעיים (שאינם דבקים) שנבלעו לאחרונה ואחרים (שאינם דבקים). פרוטוקולים אלה כוללים שיטת שיתוק קר לניקוי הציפורן עם טיפול באקונומיקה משטח בריכוז נמוך; הלבנת פני השטח יכולה לשמש כשלב הכנה בהפרעה לתולעת בודדת או כשיטה להכנת תולעים חיות, נטולות חיידקים מבחוץ. שיטת הלבנת פני השטח הזו מספיקה כדי להסיר מגוון רחב של חיידקים חיצוניים, וטיפול בקור מספק אלטרנטיבה לשיתוק קונבנציונלי מבוסס לבאמיזול; בעוד ש-levamisole יהיה מועדף לניסויים רגישים לקור, שיתוק קר ממזער את התרומות לזרמי פסולת מסוכנים ומאפשר חידוש מהיר של פעילות תקינה. בעוד שהפרוטוקול המלא מתאר ניסוי מעבדה שבו תולעים מתיישבות עם חיידקים ידועים, ההליכים לניקוי תולעים ושיבוש תולעים בודדות יכולים להיות מיושמים בקלות על תולעים שבודדו מדגימות בר או התיישבו בניסויי מיקרוקוסמוס. הפרוטוקולים המתוארים כאן מייצרים חיידקים חיים המופקים ממעי התולעת, המתאימים לציפוי ולכימות של יחידות יוצרות מושבה (CME) בתולעים בודדות; לצורך ניתוח קהילת המעיים המבוסס על ריצוף, יש להוסיף לפרוטוקולים אלה את שלבי התזה התאית ומיצוי חומצות הגרעין הבאים.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96-well flat-bottom polypropylene plates, 300 uL</td>
			<td>Evergreen Labware</td>
			<td>290-8350-03F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plate sealing mat, silicon, square wells (AxyMat)</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>AM-2ML-SQ</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well plates, 2 mL, square wells</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>P-2ML-SQ-C-S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well polypropylene plate lids</td>
			<td>Evergreen Labware</td>
			<td>290-8020-03L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>443570050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bead mill adapter set for 96-well plates</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>119900</td>
			<td>Adapter plates for use with two 96-well plates on the TissueLyser II</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bead mill tissue homogenizer (TissueLyser II)</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>85300</td>
			<td>Mechanical homogenizer for medium to high-throughput sample disruption</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioSorter</td>
			<td>Union Biometrica</td>
			<td>By quotation</td>
			<td>Large object sorter equipped with a 250 micron focus for C. elegans</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bleach, commercial, 8.25% sodium hypochlorite</td>
			<td>Clorox</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Breathe-Easy 96-well gas permeable sealing membrane</td>
			<td>Diversified Biotech</td>
			<td>BEM-1</td>
			<td>Multiwell plate gas permeable polyurethane membranes. Thin sealing film is permeable to O2, CO2, and water vapors and is UV transparent down to 300 nm. Sterile, 100/box.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride dihydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC423525000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholesterol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>AAA11470-30</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Citric acid monohydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC124910010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copper (II) sulfate pentahydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC197722500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 6765 LSE Mini Microcentrifuge</td>
			<td>Corning</td>
			<td>&#160;COR-6765</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disodium EDTA</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>409971000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DL 1,4 Dithiothreitol, 99+%, for mol biology, DNAse, RNAse and Protease free, ACROS Organics</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>327190010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 1.5 mL microcentrifuge tubes, natural</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5424R microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5406000640</td>
			<td>24-place refrigerated benchtop microcentrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5810R centrifuge with rotor S-4-104</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22627040</td>
			<td>3L benchtop centrifuge with adaptors for 15-50 mL tubes and plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf plate bucket (x2), for Rotor S-4-104</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22638930</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol 100%</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP2818500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads, 2.7 mm</td>
			<td>Life Science Products</td>
			<td>LS-79127</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads, acid-washed, 425-600 &#181;m</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G877-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass plating beads</td>
			<td>VWR</td>
			<td>76005-124</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH7204-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron (II) sulfate heptahydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>423731000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimble Kontes pellet pestle motor</td>
			<td>DWK Life Sciences</td>
			<td>749540-0000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimble Kontes polypropylene pellet pestles and microtubes, 0.5 mL</td>
			<td>DWK Life Sciences</td>
			<td>749520-0590</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica DMi8 motorized inverted microscope with motorized stage</td>
			<td>Leica</td>
			<td>11889113</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica LAS X Premium software</td>
			<td>Leica</td>
			<td>11640687</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate heptahydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC124900010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manganese(II) chloride tetrahydrate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>470301-706</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PARAFILM M flexible laboratory sealing film</td>
			<td>Amcor</td>
			<td>PM996</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes, round, 10 cm</td>
			<td>VWR</td>
			<td>25384-094</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes, round, 6 cm</td>
			<td>VWR</td>
			<td>25384-092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes, square, 10 x 10 cm</td>
			<td>VWR</td>
			<td>10799-140</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phospho-buffered saline (1X PBS)</td>
			<td>Gold Bio</td>
			<td>P-271-200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene autoclave tray, shallow</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-361-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium hydroxide</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC134062500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate dibasic</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP363-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate monobasic</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP362-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R 4.1.3/RStudio 2022.02.0 build 443</td>
			<td>R Foundation</td>
			<td>n/a</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scoop-type laboratory spatula, metal</td>
			<td>VWR</td>
			<td>470149-438</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicon carbide 36 grit</td>
			<td>MJR Tumblers</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Black extra coarse silicon carbide grit. Available in 0.5-5 lb sizes from this vendor.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP166-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH7247-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate dibasic anhydrous</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP332-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodum chloride</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP358-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC419760010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tri-potassium citrate monohydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC611755000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP151-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zinc sulfate heptahydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC205982500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using single-worm data to quantify heterogeneity in caenorhabditis elegans-bacterial interactions

הנמטודה Caenorhabditis elegans היא מערכת מודל לאינטראקציות בין פונדקאי למיקרוב ולמיקרוביום מארח-מיקרוביום. מחקרים רבים עד כה משתמשים בתקצירי אצווה ולא בדגימות תולעים בודדות כדי לכמת את עומס החיידקים באורגניזם זה. כאן נטען כי השונות הבין-אישית הגדולה הנראית בהתיישבות חיידקית במעי C. elegans היא אינפורמטיבית, וכי שיטות העיכול של האצווה משליכות מידע החשוב להשוואה מדויקת בין תנאים. מכיוון שתיאור השונות הטבועה בדגימות אלה דורש מספר רב של פרטים, נקבע פרוטוקול נוח של לוחות 96 בארות לשיבוש וציפוי מושבה של תולעים בודדות.

עיקור אקונומיקה של תולעים חיות תולעים מולבנות על פני השטח נקיות למעשה מחיידקים חיצוניים עד שהתנועתיות חוזרת וההפרשה מתחדשת. בתנאים המשמשים כאן, נצפית הכחדה מהירה של חיידקים במאגר (איור 1A-C, איור משלים 2, וידאו 1) מבלי להפריע לחיידקים הקשורים למע?...

Watch this Scientific Journal Video about Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions at JoVE.com

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

פרוטוקול זה מתאר שיבוש של 96 קידוחים של קאנורהבדיטיס אלגאן (Caenorhabditis elegans ) המיושבים בחיידקים בעקבות שיתוק קר והלבנת פני השטח כדי לסלק חיידקים חיצוניים. התרחיף המתקבל מצופה על לוחות אגר כדי לאפשר כימות מדויק בתפוקה בינונית של עומס חיידקים במספר גדול של תולעים בודדות.

שימוש בנתונים של תולעת בודדת כדי לכמת את ההטרוגניות באינטראקציות של Caenorhabditis elegans-Bacterial

The nematode Caenorhabditis elegans is a model system for host-microbe and host-microbiome interactions. Many studies to date use batch digests rather ...

פרוטוקול זה מדגים שיבוש מכני של אלגנס ים. בפורמט של 96 בארות המאפשר כימות תפוקה בינונית של עומס חיידקים בתולעים בודדות. טכניקה זו מגבירה את המהירות והאחידות של שיבוש מכני בהשוואה לשיטות מבוססות פאסל המאפשרות לחוקרים לייצר בקלות ערכות נתונים גדולות יותר של מדידות תולעת בודדת באיכות גבוהה.טכניקה זו כוללת חלקים נעים רבים וקל לאבד את מקומך. ודאו שיש לכם את כל החומרים, הצינורות המסומנים, המאגרים והצלחות שהוכנו לפני שתתחילו. מי שתדגים את ההליך תהיה מייגן טיילור, מומחית מחקר מובילה מהמעבדה שלי.התחל על ידי השעיה מחדש של דגימת התולעת במיליליטר אחד של M nine TX zero one בצינור מיקרו צנטריפוגה. לאסוף את התולעים הבוגרות על ידי צנטריפוגה ולהשליך את supernatant. שימוש באותם פרמטרים של צנטריפוגה.שטפו את התולעים פעמיים עם מיליליטר אחד של M9TX01 ופעם אחת עם מיליליטר אחד של מאגר תולעים M9, כדי למזער את החיידקים החיצוניים. לאחר מכן, להשעות מחדש כל דגימה במיליליטר אחד של S בינוני ועוד שני x חום הרג OP50 בצינור תרבית. דגרו את הצינורות בטמפרטורה של 25 מעלות צלזיוס למשך 20 עד 30 דקות כדי להעביר את החיידקים שאינם דבקים במעיים.לאחר הדגירה, שטפו את התולעים המטוהרות פעמיים עם מיליליטר אחד של M9TX01 קר והשליכו את הסופר נטנט. שים את הצינורות על הקרח במשך 10 דקות כדי לשתק את התולעים. לאחר מכן הוסיפו מיליליטר אחד של חיץ תולעת M תשע קר כקרח עם אקונומיקה ללא בישום לכל צינור.דגירה של הצינורות על הקרח למשך 10 דקות לפחות כדי להרוג חיידקים חיצוניים. השליכו את חיץ האקונומיקה והחזירו את הצינורות לקרח כדי למנוע מהתולעים לשאוב. לאחר מכן, הוסף מיליליטר אחד של M9TX01 קר לכל צינור וצנטריפוגה למשך חמש שניות.במיני צנטריפוגה. החזירו את הצינורות לקרח והסירו את הסופרנטנט. חזור על שלב זה פעם אחת.עבור permeabilization כימי של הקוטיקולה תולעת. מעבירים את הצינורות המכילים את התולעים ב-20 מיקרוליטרים של חיץ למתלה צינורות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן הוסיפו 100 מיקרוליטרים של תמיסת SDS/DTT לכל דגימה חמה.לדגור את הצינורות עד שמונה דקות על הספסל כדי לשבור חלקית את הקוטיקולה של התולעים הבוגרות. בשלב זה, התולעים ימותו וישקעו בתחתית הצינור. לאחר הדגירה, יש להשליך בזהירות את ה-SDS/DTT.לאחר מכן, הוסף מיליליטר אחד של M9TX01 לכל צינור וצנטריפוגה לזמן קצר כדי לגלגל את התולעים. השליכו את הסופר-נטנט ושעו מחדש את התולעים במיליליטר אחד M 9 תולעת חיץ עם 0.1% טריטון x-100. כדי להתכונן לשיבוש מכני של תולעים, להשיג באר סטרילית בעומק שני מיליליטר 96 צלחת באר וכיסוי צלחת סיליקון.השתמש במרית סקופ סטרילית כדי להוסיף כמות קטנה של קרביד סיליקון סטרילי 36 רשת לכל באר, כך שהרשת בקושי מכסה את תחתית הבאר. הוסף 180 מיקרוליטרים של מאגר תולעים M תשע לכל באר. תייג את העמודות והשורות ולאחר מכן כסה את הצלחת באופן רופף בכיסוי צלחת הסיליקון.לאחר מכן, העבירו את התולעים החדירות לצלחת פטרי קטנה עם M9TX01 מלא עד לעומק של סנטימטר אחד. באמצעות ניתוח מיקרוסקופ פיפטה החוצה תולעים בודדות בנפחים של 20 מיקרוליטר ולהעביר אותם לבארות בודדות של צלחת 96 באר כדי להוציא את כל התולעים דבוקות לפיפטה, לשאוף 20 מיקרוליטרים של M9TX01 מאזור ברור של צלחת פטרי ולשחרר אותו בחזרה לתוך המנה. לאחר העברת כל התולעים מכסים את צלחת הבאר 96 עם גיליון של סרט תקרה גמיש כאשר הצד המגובה בנייר פונה כלפי מטה אל בארות הדגימה.הניחו קלות את שטיחון תקרת הסיליקון על גבי סרט התקרה הגמיש מבלי ללחוץ את הכיסוי אל תוך הבארות. הניחו את הצלחת על ארבע מעלות צלזיוס למשך 30 עד 60 דקות כדי למנוע התחממות יתר במהלך הפרעה. לאחר קירור הצלחת לחץ על משטח תקרת הסיליקון בחוזקה לתוך הבארות כדי לאטום אותן.לאחר מכן אבטחו צלחות במשבש הרקמות. מנערים את הצלחות במשך דקה אחת ב-30 הרץ. לאחר מכן סובב את הצלחות ב -180 מעלות וחזור על הרעד במשך דקה אחת.הקש את הצלחות בחוזקה על הספסל פעמיים או שלוש כדי לנתק כל חצץ מסרט התקרה הגמיש. צנטריפוגה צלחת להגדיר 2, 400 פעמים G במשך שתי דקות כדי לאסוף את הדגימות בתחתית הבארות. לאחר מכן הסר את מכסה הסיליקון ומשוך את סרט התקרה.כדי להכין דילול סדרתי פי עשרה של עיכול התולעת, מלאו 180 מיקרוליטרים של X PBS אחד בשורות B עד D של צלחת 96 באר. באמצעות פייפטר רב-באר המוגדר ל-200 מיקרוליטרים, מערבבים באיטיות את תקציר התולעת על ידי פיפטינג. מעבירים את הכמות המרבית של הנוזל לשורה A של לוחית 96 הבאר המכילה PBS.באמצעות פיפטה רב ערוצית, הסר 20 מיקרוליטרים מהשורה העליונה וחלק לשורה B.ולאחר מכן ערבוב. חזור על שלב זה עבור שורה B עד C ולאחר מכן שורה C עד D כדי לקבל דילול פי 1000 עבור כימות חיידקי של תולעים מונו-קולוניאליות. צלחת 10 עד 20 מיקרוליטר של כל דילול על צלחות אגר מוצקות.עבור התיישבות מרובת מינים, צלחת 100 מיקרוליטר של כל דילול על לוחות אגר 10 ס"מ. באמצעות פרוטוקול זה, חיטוי חיצוני יעיל נצפה לאחר הלבנה על פני השטח של תולעים משותקות קרות כפי שניתן לראות על ידי ירידה של חיידקים חיצוניים במאגר. מבלי להשפיע על החיידקים הקשורים למעי.שיבוש ידני של תולעים הביא להטרוגניות רבה יותר. חצץ סיליקון קרביד היה אידיאלי לשיבוש עם או בלי טרי אנדקס. בשיטת 96 באר, חרוזי זכוכית גדולים לא התאימו לטכניקת 96 באר.חרוזי זכוכית קטנים הניבו תוצאות עקביות אך סתמו את הצינור בקצהו. תולעים שהתיישבו על אותו מאגר חיידקים הראו שונות גבוהה בעומס המעיים כאשר נצפו עבור חיידקים בודדים וקהילות חיידקים מרובות מינים. תולעים שהתיישבו עם חיידקים המבטאים GFP, הראו הטרוגניות במדידות תולעים בודדות.עבור GFP זה מבטא זן חיידקי המשווה את ההתיישבות של סוג בר בריסטול לן שתי תולעים. ל-DAF שני מוטנטים של IGF הראו כי המוטציה DAF 16 תומכת באוכלוסיות גדולות יותר של חיידקים, בעוד ש-DAF שתיים עמידות להתיישבות. הטרוגניות זו הייתה אופיינית ועקבית לאורך ריצות שונות של אותו ניסוי.דגימה מחדש של נתונים כדי לדמות תקצירי אצווה נמצאה כמשנה את ההתפלגות בהשוואה לנתוני תולעים בודדים. האצווה אקסטרפולציה של CFU לכל תולעת התרכזה סביב הממוצע האריתמטי של הנתונים הבודדים שהובילו לאובדן השונות הביולוגית. במקום להמשיך לעכל אקונומיקה של משטח חי ולשטוף תולעים ניתן להשתמש בהן לניסויים נוספים.התנועה תתחדש במהירות לאחר הסרת התולעים מהקור.

Research

JoVE Journal

Biology

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

Analysis of Schwann-astrocyte Interactions Using In Vitro Assays

Analysis of Schwann-astrocyte Interactions Using In Vitro Assays

ניתוח של שוואן-astrocyte אינטראקציות שימוש במבחנה מבחני

Schwann cells are one of the commonly used cells in repair strategies following spinal cord injuries. Schwann cells are capable of supporting axonal ...

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

זמן לשגות מיקרוסקופית של העובר בשלב מוקדם Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes.  The transparency of the 
embryos, the genetic ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

Using Coculture to Detect Chemically Mediated Interspecies Interactions

שימוש Coculture לזהות אינטראקציות interspecies המתווכת כימית

In nature, bacteria rarely exist in isolation; they are instead surrounded by a diverse array of other microorganisms that alter the local environment by ...

A Screenable In Vivo Assay for Mitochondrial Modulators Using Transgenic Bioluminescent Caenorhabditis elegans

A Screenable In Vivo Assay for Mitochondrial Modulators Using Transgenic Bioluminescent Caenorhabditis elegans

Screenable<em&gt; In vivo</em&gt; Assay עבור מיטוכונדריאלי מאפנני שימוש הטרנסגניים Bioluminescent<em&gt; Elegans Caenorhabditis</em

The multicellular model organism Caenorhabditis elegans is a small nematode of approximately 1 mm in size in adulthood that is genetically and ...

Techniques to Induce and Quantify Cellular Senescence

טכניקות כדי להשרות ולכמת סלולר הזדקנות

In response to cellular stress or damage, proliferating cells can induce a specific program that initiates a state of long-term cell-cycle arrest, termed ...

Methods to Study Changes in Inherent Protein Aggregation with Age in Caenorhabditis elegans

Methods to Study Changes in Inherent Protein Aggregation with Age in Caenorhabditis elegans

שיטות מחקר לשינויים הגלום צבירת חלבון עם הגיל ב Caenorhabditis elegans

In the last decades, the prevalence of neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's disease (AD) and Parkinson's disease (PD), has grown. These ...

Nasal Potential Difference to Quantify Trans-epithelial Ion Transport in Mice

האף הפרש הפוטנציאלים לכמת תחבורה טרנס-אפיתל יון בעכברים

The nasal potential difference test has been used for almost three decades to assist in the diagnosis of cystic fibrosis (CF). It has proven to be helpful ...

Using Caenorhabditis elegans to Screen for Tissue-Specific Chaperone Interactions

Using Caenorhabditis elegans to Screen for Tissue-Specific Chaperone Interactions

שימוש באלגנים של Caenorhabditis למסך עבור אינטראקציות ממלווים ספציפיות לרקמות

Correct folding and assembly of proteins and protein complexes are essential for cellular function. Cells employ quality control pathways that correct, ...

High-Throughput Live Imaging of Microcolonies to Measure Heterogeneity in Growth and Gene Expression

הדמיה חיה בעלת תפוקה גבוהה של מיקרוקולוניות למדידת הטרוגניות בצמיחה ובביטוי גנים

Precise measurements of between- and within-strain heterogeneity in microbial growth rates are essential for understanding genetic and environmental ...