Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

تم دعم هذا العمل بمنحة من مؤسسة العلوم الروسية (17-75-20102 ، تطوير البروتوكول). تم دعم التجارب الموصوفة في قسم النتائج التمثيلية (تحليل الفسفرة) من قبل جمعيات السرطان في ستوكهولم (181301) والسويدية (190345).

1. إعداد النظام
ملاحظة: تم بناء النماذج الجزيئية لأشكال البروتين الأصلية والمتحولة بناء على بنية بلورية مناسبة تم الحصول عليها من بنك بيانات البروتين15,16.
<ol><li>لاسترداد بنية PDB المحددة ، استخدم القائمة المنسدلة تنزيل الملفات</stron...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

يسمح نهج MD الموصوف بنمذجة كل من الأشكال البرية والمتحولة من caspase باستخدام حزم المحاكاة الجزيئية الحيوية. تتم مناقشة العديد من القضايا المهمة للمنهجية هنا. أولا ، يجب اختيار بنية بلورية تمثيلية للكاسباز من بنك بيانات البروتين. الأهم من ذلك ، كل من الأشكال الأحادية والثنائية من caspase مقبولة. ?...

موت الخلايا المبرمج هو واحد من أكثر العمليات الخلوية التي تمت دراستها على نطاق واسع والتي تنظم التشكل وتوازن الأنسجة للكائنات متعددة الخلايا. يمكن أن يبدأ موت الخلايا المبرمج من خلال مجموعة واسعة من المحفزات الخارجية أو الداخلية ، مثل تنشيط مستقبلات الموت ، واضطراب في إشارات دورة الخلية ، وتلف الحمض النووي ، وإجهاد الشبكة الإندوبلازمية (ER) ، والالتهابات البكتيرية والفيروسية المختلفة1. يتم تصنيف الكاسباس - لاعبو موت الخلايا المبرمج الرئيسيين - تقليديا إلى مجموعتين: المبادرون (caspase-2 و caspase-8 و caspase-9 و caspase-10) والمستجيبات (caspase-3 و caspase-6 و caspase-7) ، اعتمادا على بنية مجالها والمكان في سلسلة caspase 2,3. عند إشارات موت الخلية ، تتفاعل كاسباس البادئ مع جزيئات المحول التي تسهل التثبيط الناجم عن القرب والمعالجة الذاتية لتشكيل إنزيم نشط. يتم تنشيط كاسباس المستجيب من خلال الانقسام بواسطة كاسباس البادئ وتنفيذ خطوات التنفيذ النهائية عن طريق شق ركائز خلوية متعددة4.
يتم تنظيم نضوج ووظيفة البادئ والمستجيب caspases من خلال عدد كبير من الآليات المختلفة داخل الخلايا ، من بينها التعديل بعد الترجمة يلعب دورا لا غنى عنه في تعديل موت الخلية5. تؤدي إضافة مجموعات معدلة (الفسفرة أو النيتروسيل أو المثيلة أو الأستيلة) أو البروتينات (الوجود في كل مكان أو SUMOylation) إلى تغيير النشاط الأنزيمي للكاسباز أو تكوين البروتين واستقراره الذي ينظم موت الخلايا المبرمج. يتم تطبيق الطفرات الموجهة للموقع على نطاق واسع للتحقيق في مواقع التعديل المحتملة بعد الترجمة وتمييز دورها. عادة ما يتم استبدال موقع التعديل المفترض بحمض أميني آخر ، والذي لا يمكن تعديله مرة أخرى. وبالتالي ، يتم تحور سيرين وثريونين المفسفرين إلى ألانين ، ويتم استبدال مواقع اللايسين في كل مكان بالأرجينين. تتضمن الإستراتيجية الأخرى استبدال حمض أميني يحاكي بشكل خاص التعديل اللاحق للترجمة (على سبيل المثال ، تم استخدام الغلوتامات والأسبارتات لتقليد سيرين أو ثريونين المفسفر)6. ومع ذلك ، فإن بعض هذه البدائل الموجودة في المنطقة المجاورة العالية لموقع نشط أو في مواقع حرجة يمكن أن تغير بنية الكاسباز ، وتزعج النشاط التحفيزي ، وتقمع موت الخلايا المبرمج7. يمكن ملاحظة تأثيرات مماثلة في حالات الطفرات الخاطئة المرتبطة بالورم في جينات الكاسباز. على سبيل المثال ، أدت الطفرة المرتبطة بالورم في caspase-6 - R259H - إلى تغييرات توافقية للحلقات في جيب ربط الركيزة ، مما قلل من الدوران الحفاز الفعال للركائز8. يمكن أن يؤدي استبدال الأحماض الأمينية G325A في caspase-8 المحدد في سرطان الخلايا الحرشفية في الرأس والرقبة إلى إعاقة نشاط caspase-8 ، مما أدى إلى تعديل إشارات العامل النووي kB (NF-kB) وتعزيز تكوين الورم9.
لتقييم التأثير المحتمل لبدائل الأحماض الأمينية على بنية الكاسباز ووظيفته ، يمكن تطبيق النمذجة الجزيئية. تم وصف نهج الديناميات الجزيئية (MD) في هذا العمل لنمذجة الكاسباز من النوع البري وأشكاله الطافرة باستخدام حزمة المحاكاة الجزيئية الحيوية (العنبر). تعطي طريقة MD نظرة على التطور الديناميكي لبنية البروتين بعد إدخال الطفرات. تم تطوير حزمة Amber في الأصل بواسطة مجموعة Peter Kollman ، وأصبحت واحدة من أكثر أدوات البرامج شيوعا للمحاكاة الجزيئية الحيوية10،11،12،13. ينقسم هذا البرنامج إلى جزأين: (1) AmberTools ، وهي مجموعة من البرامج المستخدمة بشكل روتيني لإعداد النظام (تعيين نوع الذرة ، وإضافة الهيدروجين وجزيئات الماء الصريح ، وما إلى ذلك) وتحليل المسار ؛ و (2) العنبر ، الذي يتمحور حول برنامج محاكاة PMEMD. AmberTools عبارة عن حزمة مجانية (وشرط أساسي لتثبيت Amber نفسه) ، بينما يتم توزيع Amber بترخيص منفصل وهيكل رسوم. يمكن أن تؤدي المحاكاة المتوازية على كمبيوتر عملاق و / أو استخدام وحدات معالجة الرسومات (GPUs) إلى تحسين أداء البحث العلمي لديناميكيات بنية البروتين14 بشكل كبير. أحدث إصدارات البرامج المتاحة هي AmberTools21 و Amber20 ، ولكن يمكن أيضا استخدام البروتوكولات الموضحة مع الإصدارات السابقة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

موت الخلايا المبرمج هو نوع من موت الخلايا المبرمج الذي يقضي على الخلايا التالفة ويتحكم في نمو الكائنات الحية متعددة الخلايا وتوازنها في الأنسجة. تلعب Caspases ، وهي عائلة من بروتياز السيستين ، دورا رئيسيا في بدء موت الخلايا المبرمج وتنفيذه. يتم ضبط نضوج الكاسباس ونشاطها من خلال تعديلات ما بعد الترجمة بطريقة ديناميكية للغاية. لتقييم تأثير التغييرات اللاحقة للترجمة ، يتم تحور المواقع المحتملة بشكل روتيني مع استمرار المخلفات لأي تعديلات. على سبيل المثال ، يتم استبدال بقايا سيرين بألانين أو حمض الأسبارتيك. ومع ذلك ، يمكن لمثل هذه البدائل أن تغير تشكيل موقع كاسباز النشط ، مما يؤدي إلى اضطرابات في النشاط التحفيزي والوظائف الخلوية. علاوة على ذلك ، يمكن أن تؤدي طفرات بقايا الأحماض الأمينية الأخرى الموجودة في المواضع الحرجة إلى كسر بنية ووظائف الكاسباز وتؤدي إلى اضطراب موت الخلايا المبرمج. لتجنب صعوبات استخدام المخلفات الطافرة ، يمكن تطبيق مناهج النمذجة الجزيئية بسهولة لتقدير التأثير المحتمل لبدائل الأحماض الأمينية على بنية الكاسباز. يسمح البروتوكول الحالي بنمذجة كل من الكاسباز من النوع البري وأشكاله الطافرة باستخدام حزمة المحاكاة الجزيئية الحيوية (العنبر) ومرافق الكمبيوتر العملاق لاختبار تأثير الطفرات على بنية البروتين ووظيفته.

يمكن تطبيق البروتوكول الحالي بسهولة في دراسات التعديل اللاحق للترجمة للكاسباز أو الطفرات المسببة للأمراض. في هذا القسم ، يتم توضيح سير عمل نمذجة MD (الشكل 1) ، والذي تم استخدامه بنجاح في دراسة caspase-27. باستخدام الطفرات الموجهة للموقع في المختبر لمواقع الفسفر...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

يستخدم البروتوكول الحالي حزمة محاكاة جزيئية حيوية ويصف نهج الديناميات الجزيئية (MD) لنمذجة الكاسباز من النوع البري وأشكاله الطافرة. تسمح طريقة MD بتقييم التطور الديناميكي لهيكل الكاسباز والتأثير المحتمل للطفرات أو تعديلات ما بعد الترجمة.

استكشاف طفرات Caspase وتعديل ما بعد الترجمة بواسطة مناهج النمذجة الجزيئية

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

تلعب دورا رئيسيا في البدء والتنفيذ باستخدام النمذجة الجزيئية. ندرس تأثير التعديلات والطفرات اللاحقة للترجمة على بنية Caspase ووظيفته. وصفنا نهج الديناميات الجزيئية الذي يعطي نظرة على تطور البروتين ، بعد إدخال التعديلات الهيكلية على المستوى الذري.مثل هذا النهج له أهمية خاصة لفهم الآليات التي تنظم برنامج موت الخلايا والاضطرابات المرتبطة به وتطوير علاجات فعالة جديدة. نظهر قدرات النمذجة الجزيئية باستخدام واحدة من أكثر الأدوات شيوعا ، Amber 20. ولكن يمكن أيضا استخدام البروتوكول المقدم مع الإصدارات الرسمية من هذا البرنامج.يصف الفيديو التالي تعليمات خطوة بخطوة حول إعداد بنية Caspase للمحاكاة وإجراء تحقيق استسقاء لهذا النوع البري من البروتينات والأشكال المعدلة. لاسترداد بنك بيانات البروتين المحدد أو بنية P D B ، استخدم القائمة المنسدلة لتنزيل الملفات وانقر على تنسيق P D B. قم بإزالة الملاحظات وبيانات الاتصال وأدخل بطاقة T E R بين سلاسل البروتين المنفصلة في ملف P D B.لإعداد نموذج البداية ، قم بتشغيل برنامج T-LEAP من حزمة Amber Tools. ثم قم بتحميل حقل قوة F F 14 S B لوصف البروتين بالميكانيكا الجزيئية ومعلمات جزيئات الماء والأيونات الذرية مثل الصوديوم والكلوريد عن طريق إدخال الأوامر المشار إليها في سطر الأوامر. بعد ذلك ، قم بتحميل ملف P D B وإنشاء إحداثيات للهيدروجين لإنشاء كائن يسمى mol.تحقق من عدم الاتساق الداخلي الذي قد يسبب مشاكل باستخدام الأمر check mol. قم بإنشاء صندوق مذيب حول البروتين. ثم تحقق من إجمالي الشحن عن طريق إدخال مول الشحن وإضافة أيونات مضادة لتحييد النظام.قم بإنشاء ملف TOPOLOGY P R M العلوي وملف الإحداثيات I N P C R D عن طريق إدخال الأمر المشار إليه. بمجرد الانتهاء من ذلك ، قم بإنهاء برنامج T-lEAP. نفذ المرحلة الأولى من تقليل الطاقة لتحسين مواضع ذرات الهيدروجين المضافة وجزيئات الماء مع الحفاظ على إحداثيات البروتين ثابتة بواسطة قيود موضعية على الذرات الثقيلة.قم بتشغيل برنامج P M E M D عن طريق إدخال الأمر المشار إليه. اتبع الوسيطات المطلوبة أثناء التحكم في البيانات. الطوبولوجيا الجزيئية P ، معلمات مجال القوة وأسماء الذرات.(ج) الإحداثيات الأولية. O إخراج سجل قابل للقراءة للمستخدم R الإحداثيات النهائية. المرجع ، إحداثيات مرجعية لقيود الموقف.بعد ذلك ، قم بتنفيذ المرحلة الثانية من تقليل الطاقة دون قيود لتحسين النظام بأكمله باستخدام مدخلات الأمر المشار إليه. تهدف هذه المرحلة إلى تسخين النظام من صفر إلى 300 كلفن. نفذ عملية التسخين بقيود موضعية على ذرات البروتين مع 50 بيكو ثانية بحجم ثابت باستخدام الأمر المحدد كمدخلات.اتبع الوسيطة المطلوبة حيث تم حفظ مجموعات إحداثيات X على مسار الديناميات الجزيئية. المرحلة التالية ضرورية لضبط كثافة الماء والحصول على حالة توازن البروتين. قم بإجراء التوازن عند 300 كلفن لمدة 500 بيكو ثانية عند ضغط ثابت دون أي قيود باستخدام الأمر المشار إليه بعد تحقيق التوازن بنجاح.قم بإجراء محاكاة ديناميكيات جزيئية للإنتاج لمدة 10 نانوثانية أو أكثر عند ضغط ثابت وقم بإنشاء ملف المسار للتحليل اللاحق لبنية البروتين باستخدام الأمر المشار إليه. يمكن استخدام الإصدار الموازي من البرنامج ، P M E M D M P I أو G P U الإصدار المعجل P M E M D CUDA على مجموعات الكمبيوتر وأجهزة الكمبيوتر العملاقة. يمكن تقسيم محاكاة الديناميات الجزيئية الطويلة إلى عدة أجزاء وتنفيذها بالتتابع.في هذا التحليل ، تم التحقيق في النوع البري Caspase Two ومتحوله Serine-384 alanine بعد سير عمل نمذجة الديناميات الجزيئية. تسبب استبدال Serine-384 alanine في تغيير توافقي مهم في بقايا الموقع النشط Arginine-378. علاوة على ذلك ، تبين أن استبدال Serine-384 alanine أثر على التعرف على الركيزة بواسطة بقايا الأرجينين في الموقع النشط مما يضعف نشاط قاعدة الزهر.أظهر الموقع الموجه للطفرات والاختبارات الكيميائية الحيوية أن طفرة Serine-384 alanine منعت النشاط الأنزيمي في معالجة Caspase Two وقمعت موت الخلايا المبرمج للخلايا السرطانية. يمكن استخدام النهج الموصوف لتقييم تأثير طفرات الأحماض الأمينية وتعديلات ما بعد الترجمة في caspase two بالإضافة إلى caspase الأخرى المشاركة في أمراض السرطان المختلفة.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

مقاربات تجريبية لهندسة الأنسجة

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

تحديد آثار الطفرات BRCA1 على التوحد باستخدام خلايا متماثلة التي تعبر عن الذاتية وحشية من نوع BRCA1

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

الكشف عن مرحلة ما بعد التعديلات متعدية على Nucleosomes سليمة الأصلية بواسطة ELISA

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

مهدها الخميرة استخراج البروتين وتنقية لدراسة وظيفة، والتفاعلات، والتعديلات بعد متعدية

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

تحديد التعديلات بعد متعدية من النباتات بروتين المجمعات

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

في فيفو جهاز الاستشعار البيولوجي المسارات غير أفكارك كاسباس آخر في ذبابة الفاكهة

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

سير العمل كاملا لتحليل هيستون التعديلات بعد متعدية عن طريق أسفل إلى أعلى الطيف الكتلي: من هيستون استخراج لتحليل البيانات

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

التحوير الجيني لبكتيريا السيانيد بالاقتران باستخدام مجموعه أدوات الاستنساخ النموذجية السيسونات

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

إثراء التقارب المتزامن لتعديلات ما بعد الترجمة للقياس الكمي وتوطين الموقع

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...