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•
05:56 min
October 13th, 2022
DOI :
10.3791/64206-v
Chapters
0:04
Introduction
1:05
System Preparation
2:25
Energy Minimization
3:16
Heating, Equilibration, and Production Dynamics
4:36
Results: Biomolecular Simulation of the Wild-Type Caspase and its Mutant Form
5:27
Conclusion
Transcript
在使用分子建模的启动和执行中发挥关键作用。我们研究了翻译后修饰和突变对半胱天冬酶结构和功能的影响。我们描述了分子动力学方法,该方法在原子水平上引入结构修饰后,给出了蛋白质进化的观点。
这种方法对于理解调节程序细胞死亡和相关疾病的机制以及开发新的有效疗法具有特殊意义。我们使用最流行的工具之一 Amber 20 演示分子建模功能。但是所提出的协议也可以与该软件的正式版本一起使用。
以下视频描述了如何制备半胱天冬酶结构以进行模拟以及对这种蛋白质野生型和修饰形式进行纤毛研究
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Summary
本协议使用生物分子模拟包,并描述了用于模拟野生型半胱天冬酶及其突变形式的分子动力学(MD)方法。MD方法允许评估半胱天冬酶结构的动态演变以及突变或翻译后修饰的潜在影响。
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