Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Dette arbejde blev støttet af et tilskud fra Russian Science Foundation (17-75-20102, protokoludviklingen). Eksperimenter beskrevet i afsnittet om repræsentative resultater (analyse af fosforylering) blev støttet af Stockholm (181301) og svenske (190345) Cancer Societies.

1. Forberedelse af systemet
BEMÆRK: De molekylære modeller af de oprindelige og mutante proteinformer er bygget baseret på en passende krystalstruktur opnået fra Protein Data Bank15,16.
<ol><li>For at hente den valgte PDB-struktur skal du bruge rullelisten Download filer og klikke på PDB-format. Fjern bemærkninger og forbindelsesdata, og indsæt et TER-kort mellem separate prot...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

Den beskrevne MD-tilgang gør det muligt at modellere både vildtype og mutante former for caspase ved hjælp af de biomolekylære simuleringspakker. Flere vigtige spørgsmål om metoden diskuteres her. For det første skal en repræsentativ krystalstruktur af caspase vælges fra proteindatabanken. Det er vigtigt, at både monomere og dimeriske former for caspase er acceptable. Det er en god idé at vælge strukturer med høj opløsning med et minimum af manglende rester. Protonationstilstanden for nogle rester kan indst...

Apoptose er en af de mest studerede cellulære processer, der regulerer morfogenese og vævshomeostase af flercellede organismer. Apoptose kan initieres af en bred vifte af eksterne eller interne stimuli, såsom aktivering af dødsreceptorer, forstyrrelse i cellecyklussignalerne, DNA-skade, endoplasmatisk retikulum (ER) stress og forskellige bakterielle og virale infektioner1. Caspaserne - nøgle apoptotiske spillere - er traditionelt klassificeret i to grupper: initiativtagere (caspase-2, caspase-8, caspase-9 og caspase-10) og effektorer (caspase-3, caspase-6 og caspase-7), afhængigt af deres domænestruktur og stedet i caspase-kaskaden 2,3. Ved celledødssignaler interagerer initiatorcaspaserne med adaptermolekyler, der letter nærhedsinduceret dimerisering og autoprocessing for at danne et aktivt enzym. Effektorcaspaserne aktiveres gennem spaltning af initiator-caspaser og udfører nedstrøms udførelsestrin ved at spalte flere cellulære substrater4.
Modningen og funktionen af initiator- og effektorcaspaerne reguleres af et stort antal forskellige intracellulære mekanismer, blandt hvilke den posttranslationelle modifikation spiller en uundværlig rolle i celledødsmodulation5. Tilsætningen af modificerende grupper (phosphorylering, nitrosylering, methylering eller acetylering) eller proteiner (ubiquitination eller SUMOylation) ændrer den enzymatiske aktivitet af caspaser eller proteinkonformationen og stabiliteten, der regulerer apoptose. Site-rettet mutagenese anvendes bredt til at undersøge de potentielle posttranslationelle modifikationssteder og skelne deres rolle. Et formodet modifikationssted erstattes normalt af en anden aminosyre, som ikke kan ændres yderligere. Således muteres potentielt phosphoryleret serin og threonin til alanin, og lysinubiquitineringssteder erstattes med arginin. En anden strategi omfatter erstatning af en aminosyre, der især efterligner posttranslationel modifikation (f.eks. er glutamat og aspartat blevet brugt til at efterligne phosphoryleret serin eller threonin)6. Imidlertid kan nogle af disse substitutioner placeret i nærheden af et aktivt sted eller i kritiske positioner ændre caspasestruktur, forstyrre katalytisk aktivitet og undertrykke apoptotisk celledød7. Lignende virkninger kunne observeres i tilfælde af tumorassocierede missense-mutationer i caspase-gener. For eksempel resulterede den tumorassocierede mutation af caspase-6 - R259H - i konformationsændringer af sløjfer i substratbindingslommen, hvilket reducerede den effektive katalytiske omsætning af substrater8. G325A-aminosyresubstitutionen i caspase-8 identificeret i pladecellecarcinom i hoved og hals kunne hæmme caspase-8-aktivitet, hvilket førte til modulering af nuklear faktor-kB (NF-kB) signalering og fremmet tumorigenese9.
For at vurdere den potentielle virkning af aminosyresubstitutioner på caspasestruktur og funktion kan molekylær modellering anvendes. Den molekylære dynamik (MD) tilgang er beskrevet i dette arbejde til modellering af vildtype caspase og dens mutante former ved hjælp af den biomolekylære simuleringspakke (Amber). MD-metoden giver et billede af den dynamiske udvikling af proteinstrukturen efter introduktionen af mutationer. Amber -pakken blev oprindeligt udviklet af Peter Kollmans gruppe og blev et af de mest populære softwareværktøjer til biomolekylære simuleringer10,11,12,13. Denne software er opdelt i to dele: (1) AmberTools, en samling af programmer, der rutinemæssigt anvendes til systemforberedelse (atomtypetildeling, tilsætning af hydrogener og eksplicitte vandmolekyler osv.) og baneanalyse; og (2) Amber, som er centreret omkring pmemd-simuleringsprogrammet. AmberTools er en gratis pakke (og en forudsætning for at installere Amber selv), mens Amber distribueres med en separat licens- og gebyrstruktur. Parallelle simuleringer på en supercomputer og/eller ved hjælp af grafikbehandlingsenheder (GPU'er) kan i væsentlig grad forbedre ydeevnen for den videnskabelige forskning i proteinstrukturdynamik14. De nyeste tilgængelige softwareversioner er AmberTools21 og Amber20, men de beskrevne protokoller kan også bruges med de tidligere versioner.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

Apoptose er en type programmeret celledød, der eliminerer beskadigede celler og styrer udviklingen og vævshomeostase af flercellede organismer. Caspases, en familie af cysteinproteaser, spiller en nøglerolle i apoptoseinitiering og udførelse. Modningen af caspaser og deres aktivitet finjusteres ved posttranslationelle modifikationer på en meget dynamisk måde. For at vurdere effekten af posttranslationelle ændringer muteres potentielle steder rutinemæssigt med restkoncentrationer, der er vedholdende for eventuelle ændringer. For eksempel erstattes serinresten med alanin eller asparaginsyre. Sådanne substitutioner kan imidlertid ændre det caspaseaktive steds konformation, hvilket fører til forstyrrelser i katalytisk aktivitet og cellulære funktioner. Desuden kan mutationer af andre aminosyrerester placeret i kritiske positioner også bryde caspasernes struktur og funktioner og føre til apoptoseforstyrrelse. For at undgå vanskelighederne ved at anvende muterede rester kan molekylære modelleringsmetoder let anvendes til at estimere den potentielle virkning af aminosyresubstitutioner på caspasestruktur. Den nuværende protokol tillader modellering af både vildtype-caspase og dens mutantformer med den biomolekylære simuleringspakke (Amber) og supercomputerfaciliteter for at teste effekten af mutationer på proteinstrukturen og funktionen.

Den nuværende protokol kan let anvendes i undersøgelser af posttranslationel modifikation af caspaser eller patogene mutationer. I dette afsnit er MD-modelleringsarbejdsgangen illustreret (figur 1), som med succes er blevet brugt i undersøgelsen af caspase-27. Ved hjælp af in vitro-stedsrettet mutagenese af potentielle phosphoryleringssteder (Ser/Thr til Ala) og biokemiske tilgange blev det påvist, at Ser384Ala-mutationen forhindrede caspase-2-behandling...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

Den nuværende protokol bruger en biomolekylær simuleringspakke og beskriver den molekylære dynamik (MD) tilgang til modellering af vildtype-caspase og dens mutantformer. MD-metoden gør det muligt at vurdere den dynamiske udvikling af caspasestrukturen og den potentielle virkning af mutationer eller posttranslationelle modifikationer.

Udforskning af caspasemutationer og posttranslationel modifikation ved molekylære modelleringsmetoder

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

spille en nøglerolle i initiering og udførelse ved hjælp af molekylær modellering. Vi studerer effekten af postoversættelsesmodifikationer og mutationer på Caspase-strukturen og -funktionen. Vi beskriver den molekylære dynamiktilgang, der giver et billede af proteinets udvikling efter indførelsen af strukturelle modifikationer på atomniveau.En sådan tilgang er en særlig betydning for at forstå de mekanismer, der regulerer programcelledød og tilhørende lidelser og udvikler nye effektive terapier. Vi demonstrerer molekylære modelleringsfunktioner med et af de mest populære værktøjer, Amber 20. Men den præsenterede protokol kan også bruges med de formelle versioner af denne software.Følgende video beskriver trin for trin instruktioner om forberedelse af Caspase-strukturen til simulering og udførelse af en ascilica-undersøgelse af denne proteins vildtype og modificerede former. For at hente den valgte proteindatabank eller P D B-struktur skal du bruge rullelisten downloadfiler og klikke på P D B-format. Fjern bemærkninger og forbindelsesdata, og indsæt et T E R-kort mellem separate proteinkæder i P D B-filen.For at forberede startmodellen skal du starte T-LEAP-programmet fra Amber Tools-pakken. Indlæs derefter F F 14 S B-kraftfeltet for at beskrive proteinet med molekylær mekanik og parametrene for vandmolekyler og atomioner såsom natrium og chlorid ved at indtaste de angivne kommandoer i kommandolinjen. Indlæs derefter P D B-filen og byg koordinater for hydrogener, der skaber et objekt ved navn mol.Kontroller, om der er interne uoverensstemmelser, der kan forårsage problemer ved hjælp af kommandoen Check mol. Opret en opløsningsmiddelkasse omkring proteinet. Kontroller derefter den samlede ladning ved at indtaste ladning mol og tilføj modioner for at neutralisere systemet.Opret topologien P R M topfilen og koordinaten I N P C R D fil ved at indtaste den angivne kommando. Når du er færdig, skal du afslutte T-lEAP-programmet. Udfør den første fase af energiminimeringen for at optimere positionerne for tilsatte hydrogenatomer og vandmolekyler, samtidig med at proteinkoordinaterne holdes fast ved positionelle begrænsninger på tunge atomer.Kør P M E M D-programmet ved at indtaste den angivne kommando. Følg de påkrævede argumenter, når jeg styrer data. P molekylær topologi, kraftfeltparametre og atomnavne.C indledende koordinater. O brugerlæsbar logudgang R endelige koordinater. REF, referencekoordinater for positionsbegrænsninger.Udfør derefter anden fase af energiminimeringen uden begrænsninger for at optimere hele systemet ved hjælp af input fra den angivne kommando. Denne fase sigter mod at opvarme systemet fra nul til 300 kelvin. Udfør opvarmningsprocessen med positionsbegrænsninger på proteinatomerne med 50 picosekunder ved konstant volumen ved at bruge den givne kommando som input.Følg det krævede argument som X-koordinatsæt gemt over molekylær dynamikbane. Det næste trin er nødvendigt for at justere vandets tæthed og opnå proteinets ligevægtstilstand. Udfør ligevægten ved 300 kelvin i 500 picosekunder ved konstant tryk uden nogen begrænsninger ved hjælp af den angivne kommando, efter at ligevægt er opnået.Udfør en produktionsmolekylær dynamiksimulering i 10 nanosekunder eller længere ved konstant tryk og generer banefilen til efterfølgende analyse af proteinstrukturen ved hjælp af den angivne kommando. Den parallelle version af programmet, P M E M D M P I eller G P U accelereret version P M E M D cuda kan bruges på computerklynger og supercomputere. En lang molekylær dynamiksimulering kan opdeles i flere segmenter og udføres sekventielt.I denne analyse blev vildtype Caspase to og dens Serine-384 alaninmutant undersøgt efter den molekylære dynamikmodelleringsarbejdsgang. Serin-384 alaninsubstitutionen inducerede vigtig konformationsændring i den aktive restkoncentration Arginin-378. Endvidere blev det vist, at Serin-384 alaninsubstitutionen påvirkede substratgenkendelsen af argininresterne i det aktive sted, hvilket forringede støbt baseaktivitet.De stedrettede mutagenese og biokemiske tests viste, at Serine-384 alaninmutationen blokerede den enzymatiske aktivitet i behandlingen af Caspase to og undertrykte apoptose af kræftceller. Den beskrevne tilgang kan bruges til at vurdere effekten af aminosyremutationer og posttranslationelle modifikationer i caspase to samt andre caspase involveret i forskellige kræftsygdomme.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

Spirende Gær Protein ekstraktion og oprensning for Studiet af Function, Interactions og post-translationelle modifikationer

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Analyse af apoptose i zebrafisk embryoner Whole-mount Immunofluorescens Detect Aktiveret Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Identifikation af post-translationelle modifikationer til planteprotein Complexes

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In vivo Biosensor Tracks Ikke-apoptotisk Caspase aktivitet i Drosophila

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Komplet Workflow for Analyse af Histon post-translationelle modifikationer Brug Bottom-up-massespektrometri: Fra Histon Extraction til dataanalyse

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

Genetisk modifikation af cyanobakterier ved konjugering ved hjælp af det modulære Cyanogat klonings værktøjssæt

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

Samtidig affinitetberigelse af to ændringer efter oversættelser til kvantificering og lokalisering af lokaliteter på stedet

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...