Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Dit werk werd ondersteund door een subsidie van de Russian Science Foundation (17-75-20102, de protocolontwikkeling). Experimenten beschreven in de sectie met representatieve resultaten (analyse van fosforylering) werden ondersteund door de Stockholm (181301) en Zweedse (190345) kankerverenigingen.

1. Systeemvoorbereiding
OPMERKING: De moleculaire modellen van de inheemse en mutante eiwitvormen zijn gebouwd op basis van een geschikte kristalstructuur verkregen uit de Protein Data Bank15,16.
<ol><li>Om de geselecteerde PDB-structuur op te halen, gebruikt u de vervolgkeuzelijst Bestanden downloaden en klikt u op PDB-indeling. Verwijder opmerkingen en connectiviteitsgegevens en pl...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

De beschreven MD-benadering maakt het mogelijk om zowel de wild-type als mutante vormen van caspase te modelleren met behulp van de biomoleculaire simulatiepakketten. Verschillende belangrijke kwesties van de methodologie worden hier besproken. Eerst moet een representatieve kristalstructuur van caspase worden geselecteerd uit de Protein Data Bank. Belangrijk is dat zowel monomere als dimerische vormen van caspase acceptabel zijn. Het kiezen van structuren met een hoge resolutie met een minimum aantal ontbrekende residue...

Apoptose is een van de meest bestudeerde cellulaire processen die de morfogenese en weefselhomeostase van meercellige organismen reguleren. Apoptose kan worden geïnitieerd door een breed scala aan externe of interne stimuli, zoals de activering van doodsreceptoren, verstoring van de celcyclussignalen, DNA-schade, endoplasmatisch reticulum (ER) stress en verschillende bacteriële en virale infecties1. De caspasen - belangrijke apoptotische spelers - worden conventioneel ingedeeld in twee groepen: initiators (caspase-2, caspase-8, caspase-9 en caspase-10) en effectors (caspase-3, caspase-6 en caspase-7), afhankelijk van hun domeinstructuur en de plaats in de caspase cascade 2,3. Bij celdoodsignalen interageren de initiator caspases met adaptermoleculen die nabijheidsgeïnduceerde dimerisatie en autoprocessing vergemakkelijken om een actief enzym te vormen. De caspasen van de effector worden geactiveerd door splitsing door initiator caspasen en voeren stroomafwaartse uitvoeringsstappen uit door meerdere cellulaire substratente splitsen 4.
De rijping en functie van de initiator en effector caspasen worden gereguleerd door een groot aantal verschillende intracellulaire mechanismen, waaronder de posttranslationele modificatie een onmisbare rol speelt bij celdoodmodulatie5. De toevoeging van modificerende groepen (fosforylering, nitrosylering, methylatie of acetylering) of eiwitten (ubiquitinatie of SUMOylation) verandert de enzymatische activiteit van caspasen of de eiwitconformatie en stabiliteit die apoptose reguleren. Site-gerichte mutagenese wordt op grote schaal toegepast om de potentiële posttranslationele modificatiesites te onderzoeken en hun rol te onderscheiden. Een vermeende modificatieplaats wordt meestal vervangen door een ander aminozuur, dat niet verder kan worden gewijzigd. Zo worden potentieel gefosforyleerde serine en threonine gemuteerd tot alanine en worden lysine-ubiquitinatieplaatsen vervangen door arginine. Een andere strategie omvat het vervangen van een aminozuur dat met name posttranslationele modificatie nabootst (glutamaat en aspartaat zijn bijvoorbeeld gebruikt om gefosforyleerde serine of threonine na te bootsen)6. Sommige van deze substituties in de hoge omgeving van een actieve locatie of in kritieke posities kunnen echter de caspasestructuur veranderen, de katalytische activiteit verstoren en apoptotische celdood onderdrukken7. Vergelijkbare effecten kunnen worden waargenomen in gevallen van tumor-geassocieerde missense mutaties in caspase genen. De tumor-geassocieerde mutatie van caspase-6 - R259H - resulteerde bijvoorbeeld in conformatieveranderingen van lussen in de substraatbindende pocket, waardoor de efficiënte katalytische omzet van substratenwerd verminderd 8. De G325A-aminozuursubstitutie in caspase-8 geïdentificeerd in hoofd-hals plaveiselcelcarcinoom zou de caspase-8-activiteit kunnen belemmeren, wat leidde tot de modulatie van nucleaire factor-kB (NF-kB) signalering en tumorigenese bevorderde9.
Om het potentiële effect van aminozuursubstituties op de structuur en functie van caspase te beoordelen, kan moleculaire modellering worden toegepast. De moleculaire dynamica (MD) benadering wordt in dit werk beschreven voor het modelleren van het wild-type caspase en zijn mutante vormen met behulp van het biomoleculaire simulatiepakket (Amber). De MD-methode geeft een beeld van de dynamische evolutie van de eiwitstructuur na de introductie van mutaties. Oorspronkelijk ontwikkeld door de groep van Peter Kollman, werd het Amber-pakket een van de meest populaire softwaretools voor biomoleculaire simulaties 10,11,12,13. Deze software is verdeeld in twee delen: (1) AmberTools, een verzameling programma's die routinematig worden gebruikt voor systeemvoorbereiding (atoomtypetoewijzing, toevoegen van waterstofatomen en expliciete watermoleculen, enz.) en trajectanalyse; en (2) Amber, dat is gecentreerd rond het pmemd-simulatieprogramma. AmberTools is een gratis pakket (en een voorwaarde voor het installeren van Amber zelf), terwijl Amber wordt gedistribueerd met een aparte licentie- en vergoedingsstructuur. Parallelle simulaties op een supercomputer en/of met behulp van grafische verwerkingseenheden (GPU's) kunnen de prestaties voor het wetenschappelijk onderzoek naar eiwitstructuurdynamica aanzienlijk verbeteren14. De nieuwste beschikbare softwareversies zijn AmberTools21 en Amber20, maar de beschreven protocollen kunnen ook worden gebruikt met de vorige versies.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

Apoptose is een soort geprogrammeerde celdood die beschadigde cellen elimineert en de ontwikkeling en weefselhomeostase van meercellige organismen regelt. Caspasen, een familie van cysteïneproteasen, spelen een sleutelrol bij de initiatie en uitvoering van apoptose. De rijping van caspasen en hun activiteit wordt verfijnd door posttranslationele modificaties op een zeer dynamische manier. Om het effect van posttranslationele veranderingen te beoordelen, worden potentiële locaties routinematig gemuteerd met residuen die persistent zijn voor eventuele wijzigingen. Het serineresidu wordt bijvoorbeeld vervangen door alanine of asparaginezuur. Dergelijke substituties kunnen echter de conformatie van de caspase actieve site veranderen, wat leidt tot verstoringen in katalytische activiteit en cellulaire functies. Bovendien kunnen mutaties van andere aminozuurresiduen op kritieke posities ook de structuur en functies van caspasen breken en leiden tot apoptoseverstoring. Om de moeilijkheden van het gebruik van gemuteerde residuen te voorkomen, kunnen moleculaire modelleringsbenaderingen gemakkelijk worden toegepast om het potentiële effect van aminozuursubstituties op de caspasestructuur te schatten. Het huidige protocol maakt het modelleren van zowel het wild-type caspase als zijn mutante vormen mogelijk met het biomoleculaire simulatiepakket (Amber) en supercomputerfaciliteiten om het effect van mutaties op de eiwitstructuur en -functie te testen.

Het huidige protocol kan gemakkelijk worden toegepast in studies van posttranslationele modificatie van caspasen of pathogene mutaties. In deze sectie wordt de MD-modelleringsworkflow geïllustreerd (figuur 1), die met succes is gebruikt in de studie van caspase-27. Met behulp van in vitro site-gerichte mutagenese van potentiële fosforyleringsplaatsen (Ser/Thr tot Ala) en biochemische benaderingen, werd aangetoond dat de Ser384Ala-mutatie caspase-2-verwerkin...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

Het huidige protocol maakt gebruik van een biomoleculair simulatiepakket en beschrijft de moleculaire dynamica (MD) benadering voor het modelleren van het wild-type caspase en zijn mutante vormen. De MD-methode maakt het mogelijk om de dynamische evolutie van de caspasestructuur en het potentiële effect van mutaties of posttranslationele modificaties te beoordelen.

Onderzoek naar Caspase-mutaties en posttranslationele modificatie door moleculaire modelleringsbenaderingen

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

een sleutelrol spelen bij het initiëren en uitvoeren met behulp van moleculaire modellering. We bestuderen het effect van posttransformatiemodificaties en mutaties op de Caspase structuur en functie. We beschrijven de moleculaire dynamicabenadering die een beeld geeft van de evolutie van het eiwit, na de introductie van structurele modificaties op atomair niveau.Een dergelijke benadering is een bijzondere betekenis van het begrijpen van de mechanismen die programmaceldood en bijbehorende stoornissen reguleren en het ontwikkelen van nieuwe effectieve therapieën. We demonstreren moleculaire modelleringsmogelijkheden met een van de meest populaire tools, Amber 20. Maar het gepresenteerde protocol kan ook worden gebruikt met de formele versies van deze software.De volgende video beschrijft stap voor stap instructies voor het voorbereiden van de Caspase-structuur voor simulatie en het uitvoeren van een ascilica-onderzoek van dit eiwitachtige wilde type en gemodificeerde vormen. Om de geselecteerde eiwitgegevensbank of P D B-structuur op te halen, gebruikt u de vervolgkeuzelijst downloadbestanden en klikt u op P D B-indeling. Verwijder opmerkingen en connectiviteitsgegevens en plaats een T E R-kaart tussen afzonderlijke eiwitketens in het P D B-bestand.Om het startmodel voor te bereiden, start u het T-LEAP-programma van het Amber Tools-pakket. Laad vervolgens het F F 14 S B-krachtveld om het eiwit met moleculaire mechanica en de parameters voor watermoleculen en atomaire ionen zoals natrium en chloride te beschrijven door de aangegeven commando's in de opdrachtregel in te voeren. Laad vervolgens het P D B-bestand en bouw coördinaten voor waterstofatomen die een object met de naam mol maken.Controleer op interne inconsistenties die problemen kunnen veroorzaken met de opdracht check mol. Maak een oplosmiddeldoos rond het eiwit. Controleer vervolgens de totale lading door charge mol in te voeren en voeg tegenionen toe om het systeem te neutraliseren.Maak het topblad P R M en het bestand van de coördinaat I N P C R D door de aangegeven opdracht in te voeren. Als u klaar bent, sluit u het T-lEAP-programma af. Voer de eerste fase van de energieminimalisatie uit om de posities van toegevoegde waterstofatomen en watermoleculen te optimaliseren, terwijl de eiwitcoördinaten worden vastgelegd door positionele beperkingen op zware atomen.Voer het P M E M D-programma uit door de aangegeven opdracht in te voeren. Volg de vereiste argumenten terwijl ik gegevens beheer. P moleculaire topologie, krachtveldparameters en atoomnamen.C begincoördinaten. O door de gebruiker leesbare loguitvoer R eindcoördinaten. REF, referentiecoördinaten voor positiebeperkingen.Voer vervolgens de tweede fase van de energieminimalisatie uit zonder beperkingen om het hele systeem te optimaliseren met behulp van de ingangen van het aangegeven commando. Deze fase heeft tot doel het systeem te verwarmen van nul tot 300 kelvin. Voer het verwarmingsproces uit met positionele beperkingen op de eiwitatomen met 50 picoseconden bij constant volume door het gegeven commando als ingangen te gebruiken.Volg het vereiste argument als X-coördinatensets die zijn opgeslagen over het moleculaire dynamicatraject. De volgende fase is nodig om de dichtheid van water aan te passen en de evenwichtstoestand van het eiwit te verkrijgen. Voer de equilibratie uit bij 300 kelvin gedurende 500 picoseconden bij constante druk zonder enige beperking met behulp van het aangegeven commando nadat het evenwicht met succes is bereikt.Voer een productiemoleculaire dynamicasimulatie uit gedurende 10 nanoseconden of langer bij constante druk en genereer het trajectbestand voor daaropvolgende analyse van de eiwitstructuur met behulp van het aangegeven commando. De parallelle versie van het programma, P M E M D M P I of G P U versnelde versie P M E M D cuda kan worden gebruikt op computerclusters en supercomputers. Een lange moleculaire dynamicasimulatie kan in verschillende segmenten worden opgesplitst en sequentieel worden uitgevoerd.In deze analyse werden wild type Caspase two en zijn Serine-384 alaninemutant onderzocht volgens de moleculaire dynamica modelleringsworkflow. De Serine-384 alaninesubstitutie veroorzaakte belangrijke conformatieverandering in het actieve siteresidu Arginine-378. Verder werd aangetoond dat de Serine-384 alaninesubstitutie de substraatherkenning beïnvloedde door de arginineresiduen op de actieve plaats die de castbasisactiviteit schaadden.De sitegerichte mutagenese en biochemische tests toonden aan dat de Serine-384 alaninemutatie de enzymatische activiteit bij de verwerking van Caspase twee blokkeerde en de apoptose van kankercellen onderdrukte. De beschreven aanpak kan worden gebruikt om het effect van aminozuurmutaties en posttranslationele modificaties in caspase twee en andere caspase die betrokken zijn bij verschillende kankerziekten te beoordelen.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Experimentele benaderingen van Tissue Engineering

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

Het identificeren van de effecten van BRCA1 mutaties op homologe recombinatie met behulp van cellen dat endogene wild-type BRCA1 Express

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

Detectie van post-translationele modificaties op native Intact Nucleosomen door middel van ELISA

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

Ontluikende Gist Protein extractie en zuivering voor de Studie van de functie, interacties, en post-translationele modificaties

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Identificatie van post-translationele modificaties van Plant eiwitcomplexen

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Tracks Biosensor Non-apoptotische caspase activiteit in Drosophila

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Compleet Workflow voor Analyse van histon post-translationele modificaties Met behulp van Bottom-up Massaspectrometrie: Van Histon Extraction om Data Analysis

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

Genetische modificatie van cyanobacteriën door conjugatie met behulp van de CyanoGate modulaire kloon Toolkit

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

Gelijktijdige affiniteitsverrijking van twee posttranslationele wijzigingen voor kwantificering en sitelokalisatie

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...