Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av et tilskudd fra Russian Science Foundation (17-75-20102, protokollutviklingen). Eksperimenter beskrevet i den representative resultatdelen (analyse av fosforylering) ble støttet av Stockholm (181301) og svenske (190345) kreftforeninger.

1. Forberedelse av systemet
MERK: De molekylære modellene av de innfødte og mutante proteinformene er bygget basert på en passende krystallstruktur hentet fra Protein Data Bank15,16.
<ol><li>For å hente den valgte PDB-strukturen, bruk rullegardinlisten Last ned filer og klikk på PDB-format. Fjern merknader og tilkoblingsdata, og sett inn et TER-kort mellom separate proteinkjeder...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

Den beskrevne MD-tilnærmingen gjør det mulig å modellere både villtype og mutante former for caspase ved hjelp av biomolekylære simuleringspakker. Flere viktige spørsmål ved metodikken diskuteres her. Først må en representativ krystallstruktur av caspase velges fra Protein Data Bank. Det er viktig at både monomere og dimeriske former for caspase er akseptable. Å velge høyoppløselige strukturer med et minimum antall manglende rester er en god idé. Protoneringstilstanden til noen rester kan stilles inn manuel...

Apoptose er en av de mest studerte cellulære prosessene som regulerer morfogenese og vevhomeostase av multicellulære organismer. Apoptose kan initieres av et bredt spekter av eksterne eller interne stimuli, for eksempel aktivering av dødsreseptorer, forstyrrelse i cellesyklussignalene, DNA-skade, endoplasmatisk retikulum (ER) stress og ulike bakterielle ogvirusinfeksjoner. Caspases - viktige apoptotiske spillere - er konvensjonelt klassifisert i to grupper: initiatorer (caspase-2, caspase-8, caspase-9 og caspase-10) og effektorer (caspase-3, caspase-6 og caspase-7), avhengig av deres domenestruktur og stedet i caspase-kaskaden 2,3. Ved celledødssignaler interagerer initiatorens caspases med adaptermolekyler som letter nærhetsindusert dimerisering og autoprosessering for å danne et aktivt enzym. Effektoren caspases aktiveres gjennom spaltning av initiator caspases og utfører nedstrøms utførelsestrinn ved å spalte flere cellulære substrater4.
Modningen og funksjonen til initiator- og effektor-caspasene reguleres av et stort antall forskjellige intracellulære mekanismer, blant annet den posttranslasjonelle modifikasjonen spiller en uunnværlig rolle i celledødsmodulasjon5. Tilsetningen av modifiserende grupper (fosforylering, nitrosylering, metylering eller acetylering) eller proteiner (ubiquitination eller SUMOylation) endrer den enzymatiske aktiviteten til caspases eller proteinkonformasjonen og stabiliteten som regulerer apoptose. Site-rettet mutagenese er mye brukt for å undersøke potensielle post-translasjonelle modifikasjonssteder og skille deres rolle. Et antatt modifikasjonssted erstattes vanligvis av en annen aminosyre, som ikke kan modifiseres ytterligere. Dermed blir potensielt fosforylert serin og treonin mutert til alanin, og lysin ubiquitination steder er erstattet med arginin. En annen strategi inkluderer å erstatte en aminosyre som spesielt etterligner posttranslasjonell modifikasjon (f.eks. glutamat og aspartat har blitt brukt til å etterligne fosforylert serin eller treonin)6. Noen av disse substitusjonene som befinner seg i nærheten av et aktivt sted eller i kritiske posisjoner, kan imidlertid endre kaspasestrukturen, forstyrre katalytisk aktivitet og undertrykke apoptotisk celledød7. Lignende effekter kan observeres i tilfeller av tumorassosierte missense-mutasjoner i caspase-gener. For eksempel resulterte den tumorassosierte mutasjonen av caspase-6 - R259H - i konformasjonsendringer av sløyfer i den substratbindende lommen, noe som reduserte den effektive katalytiske omsetningen av substrater8. G325A-aminosyresubstitusjonen i caspase-8 identifisert i hode- og nakkeplateepitelkarsinom kunne hemme caspase-8-aktivitet, noe som førte til modulering av nukleær faktor-kB (NF-kB) signalering og fremmet tumorigenese9.
For å vurdere den potensielle effekten av aminosyresubstitusjoner på caspase struktur og funksjon, kan molekylær modellering brukes. Den molekylære dynamikken (MD) tilnærmingen er beskrevet i dette arbeidet for modellering av villtype caspase og dens mutante former ved hjelp av biomolekylær simuleringspakke (Amber). MD-metoden gir et syn på den dynamiske utviklingen av proteinstrukturen etter innføring av mutasjoner. Opprinnelig utviklet av Peter Kollmans gruppe, ble Amber-pakken et av de mest populære programvareverktøyene for biomolekylære simuleringer10,11,12,13. Denne programvaren er delt inn i to deler: (1) AmberTools, en samling av programmer som rutinemessig brukes til systemforberedelse (atomtypeoppgave, tilsetning av hydrogener og eksplisitte vannmolekyler, etc.) og baneanalyse; og (2) Amber, som er sentrert rundt pmemd-simuleringsprogrammet. AmberTools er en gratis pakke (og en forutsetning for å installere Amber selv), mens Amber distribueres med en egen lisens- og avgiftsstruktur. Parallelle simuleringer på en superdatamaskin og/eller ved hjelp av grafikkbehandlingsenheter (GPUer) kan forbedre ytelsen betydelig for vitenskapelig forskning av proteinstrukturdynamikk14. De siste tilgjengelige programvareversjonene er AmberTools21 og Amber20, men de beskrevne protokollene kan også brukes med de tidligere versjonene.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

Apoptose er en type programmert celledød som eliminerer skadede celler og styrer utviklingen og vevshomeostase av multicellulære organismer. Caspases, en familie av cysteinproteaser, spiller en nøkkelrolle i apoptoseinitiering og utførelse. Modningen av caspases og deres aktivitet er finjustert av posttranslasjonelle modifikasjoner på en svært dynamisk måte. For å vurdere effekten av posttranslasjonelle endringer, blir potensielle steder rutinemessig mutert med rester som er vedvarende for eventuelle modifikasjoner. For eksempel erstattes serinresten med alanin eller asparaginsyre. Slike substitusjoner kan imidlertid endre dannelsen av det aktive kaspasestedet, noe som kan føre til forstyrrelser i katalytisk aktivitet og cellulære funksjoner. Videre kan mutasjoner av andre aminosyrerester lokalisert i kritiske posisjoner også bryte strukturen og funksjonene til caspases og føre til apoptoseforstyrrelse. For å unngå vanskelighetene med å bruke muterte rester, kan molekylære modelleringsmetoder lett brukes til å estimere den potensielle effekten av aminosyresubstitusjoner på kaspasestrukturen. Den nåværende protokollen tillater modellering av både villtype-kaspase og dens mutantformer med biomolekylær simuleringspakke (Amber) og superdatamaskinfasiliteter for å teste effekten av mutasjoner på proteinstrukturen og funksjonen.

Denne protokollen kan lett anvendes i studier av posttranslasjonell modifisering av caspases eller patogene mutasjoner. I denne delen er MD-modelleringsarbeidsflyten illustrert (figur 1), som har blitt brukt med hell i studiet av caspase-27. Ved bruk av in vitro stedsrettet mutagenese av potensielle fosforyleringssteder (Ser/Thr til Ala) og biokjemiske tilnærminger ble det vist at Ser384Ala-mutasjonen forhindret caspase-2-prosessering og blokkerte enzymatisk...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

Den nåværende protokollen bruker en biomolekylær simuleringspakke og beskriver molekylærdynamikken (MD) tilnærming for modellering av villtype caspase og dens mutante former. MD-metoden gjør det mulig å vurdere den dynamiske utviklingen av caspasestrukturen og den potensielle effekten av mutasjoner eller posttranslasjonelle modifikasjoner.

Utforske caspase mutasjoner og post-translasjonell modifikasjon ved molekylære modelleringsmetoder

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

spille en nøkkelrolle i initiering og utførelse ved hjelp av molekylær modellering. Vi studerer effekten av modifikasjoner og mutasjoner etter oversettelse på Caspases struktur og funksjon. Vi beskriver den molekylære dynamikktilnærmingen som gir et syn på utviklingen av proteinet, etter innføring av strukturelle modifikasjoner på atomnivå.En slik tilnærming er en spesiell betydning for å forstå mekanismene som regulerer programcelledød og tilhørende lidelser og utvikle nye effektive terapier. Vi demonstrerer molekylære modelleringsevner med et av de mest populære verktøyene, Amber 20. Men den presenterte protokollen kan også brukes med de formelle versjonene av denne programvaren.Følgende video beskriver trinnvise instruksjoner om å forberede Caspase-strukturen for simulering og utføre en ascilica-undersøkelse av denne proteinens villtype og modifiserte former. For å hente den valgte proteindatabanken eller P D B-strukturen, bruk rullegardinlisten Last ned filer og klikk på P D B-format. Fjern merknader og tilkoblingsdata, og sett inn et T E R-kort mellom separate proteinkjeder i P D B-filen.For å forberede startmodellen, start T-LEAP-programmet fra Amber Tools-pakken. Last deretter F F 14 S B-kraftfeltet for å beskrive proteinet med molekylær mekanikk og parametrene for vannmolekyler og atomioner som natrium og klorid ved å skrive inn de angitte kommandoene i kommandolinjen. Deretter laster du inn PDB-filen og bygger koordinater for hydrogener som lager et objekt som heter mol.Se etter interne uoverensstemmelser som kan forårsake problemer ved å bruke kommandoen check mol. Lag en løsningsmiddelboks rundt proteinet. Kontroller deretter den totale ladningen ved å legge inn ladningsmol og legge til tellerioner for å nøytralisere systemet.Opprett toppfilen topologi P R M og koordinatfilen I N P C R D ved å skrive inn den angitte kommandoen. Når du er ferdig, avslutter du T-lEAP-programmet. Utfør den første fasen av energiminimeringen for å optimalisere posisjonene til tilsatte hydrogenatomer og vannmolekyler mens du holder proteinkoordinatene fast ved posisjonsbegrensninger på tunge atomer.Kjør P M E M D-programmet ved å skrive inn den angitte kommandoen. Følg de nødvendige argumentene når jeg kontrollerer data. P molekylær topologi, kraftfeltparametere og atomnavn.C innledende koordinater. O brukerlesbar loggutgang R endelige koordinater. REF, referansekoordinater for posisjonsbegrensninger.Deretter utfører du den andre fasen av energiminimeringen uten begrensninger for å optimalisere hele systemet ved hjelp av inngangene til indikert kommando. Dette stadiet tar sikte på å varme opp systemet fra null til 300 kelvin. Utfør oppvarmingsprosessen med posisjonsbegrensninger på proteinatomene med 50 picosekunder ved konstant volum ved å bruke den gitte kommandoen som innganger.Følg det nødvendige argumentet som X-koordinatsett lagret over molekylær dynamikkbane. Neste trinn er nødvendig for å justere tettheten av vann og oppnå likevektstilstanden til proteinet. Utfør likevekten ved 300 kelvins i 500 picosekunder ved konstant trykk uten begrensninger ved hjelp av den angitte kommandoen etter at likevekten er oppnådd.Utfør en produksjonsmolekyldynamikksimulering i 10 nanosekunder eller lenger ved konstant trykk og generer banefilen for etterfølgende analyse av proteinstrukturen ved hjelp av den angitte kommandoen. Den parallelle versjonen av programmet, P M E M D M P I eller G P U akselerert versjon P M E M D CUDA kan brukes på dataklynger og superdatamaskiner. En lang molekyldynamikksimulering kan brytes inn i flere segmenter og utføres sekvensielt.I denne analysen ble villtype Caspase to og dens Serine-384 alaninmutant undersøkt etter arbeidsflyten for modellering av molekylær dynamikk. Serine-384 alaninsubstitusjonen induserte viktig konformasjonsendring i rester av det aktive stedet Arginine-378. Videre ble det vist at Serine-384 alaninsubstitusjonen påvirket substratgjenkjenningen av argininrester i det aktive stedet som svekket støpt baseaktivitet.Nettstedet rettet mutagenese og biokjemiske tester viste at Serine-384 alaninmutasjonen blokkerte den enzymatiske aktiviteten ved behandling av Caspase to og undertrykte apoptose av kreftceller. Den beskrevne tilnærmingen kan brukes til å vurdere effekten av aminosyremutasjoner og posttranslasjonelle modifikasjoner i caspase to, samt andre caspase involvert i ulike kreftsykdommer.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

Spirende Gjær Protein Extraction og rensing for studier av funksjon, interaksjoner, og posttranslasjonelle modifikasjoner

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Identifisering av Post-translasjonell Modifikasjoner av Plant Protein komplekser

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In vivo Biosensor Tracks Non-apoptotiske caspase aktivitet i Drosophila

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Komplett arbeidsflyt for analyse av Histone posttranslasjonelle modifikasjoner hjelp Bottom-up massespektrometri: Fra Histone Utvinning til dataanalyse

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

Genetisk modifisering av cyanobakterier av Bøyning bruke CyanoGate Modular kloning Toolkit

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

Samtidig affinitetberikelse av to post-translational modifikasjoner for kvantifisering og lokalisering av nettstedet

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...