Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Detta arbete stöddes av ett bidrag från Russian Science Foundation (17-75-20102, protokollutvecklingen). Experiment som beskrivs i avsnittet representativa resultat (analys av fosforylering) stöddes av Stockholms (181301) och Sveriges (190345) cancerföreningar.

1. Förberedelse av systemet
OBS: De molekylära modellerna av de inhemska och mutanta proteinformerna är byggda baserat på en lämplig kristallstruktur erhållen från Protein Data Bank15,16.
<ol><li>För att hämta den valda PDB-strukturen, använd rullgardinsmenyn Ladda ner filer och klicka på PDB-format. Ta bort anmärkningar och anslutningsdata och sätt in ett TER-kort mella...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

Den beskrivna MD-metoden möjliggör modellering av både vildtyp och mutanta former av kaspase med hjälp av de biomolekylära simuleringspaketen. Flera viktiga frågor om metodiken diskuteras här. Först måste en representativ kristallstruktur av kaspas väljas från Protein Data Bank. Viktigt är att både monomera och dimeriska former av kaspas är acceptabla. Att välja högupplösta strukturer med ett minimalt antal saknade rester är en bra idé. Protoneringstillståndet för vissa rester kan ställas in manuell...

Apoptos är en av de mest studerade cellulära processerna som reglerar morfogenesen och vävnadshomeostasen hos flercelliga organismer. Apoptos kan initieras av ett brett spektrum av yttre eller inre stimuli, såsom aktivering av dödsreceptorer, störningar i cellcykelsignalerna, DNA-skador, endoplasmatisk retikulum (ER) stress och olika bakteriella och virusinfektioner1. Caspaserna - viktiga apoptotiska spelare - klassificeras vanligtvis i två grupper: initiatorer (caspase-2, caspase-8, caspase-9 och caspase-10) och effektorer (caspase-3, caspase-6 och caspase-7), beroende på deras domänstruktur och platsen i caspase-kaskaden 2,3. Vid celldödssignaler interagerar initiatorkaspaserna med adaptermolekyler som underlättar närhetsinducerad dimerisering och autoprocessing för att bilda ett aktivt enzym. Effektorkaspaserna aktiveras genom klyvning av initiatorkaspaser och utför nedströms exekveringssteg genom att klyva flera cellulära substrat4.
Mognaden och funktionen hos initiator- och effektorkaspaserna regleras av ett stort antal olika intracellulära mekanismer, bland vilka den post-translationella modifieringen spelar en oumbärlig roll vid celldödsmodulering5. Tillsatsen av modifierande grupper (fosforylering, nitrosylering, metylering eller acetylering) eller proteiner (ubiquitination eller SUMOylation) förändrar den enzymatiska aktiviteten hos caspaser eller proteinkonformationen och stabiliteten som reglerar apoptos. Platsstyrd mutagenes används i stor utsträckning för att undersöka de potentiella post-translationella modifieringsplatserna och urskilja deras roll. En förmodad modifieringsplats ersätts vanligtvis av en annan aminosyra, som inte kan modifieras ytterligare. Således muteras potentiellt fosforylerat serin och treonin till alanin, och lysin ubiquitinationsställen ersätts med arginin. En annan strategi inkluderar att ersätta en aminosyra som särskilt efterliknar post-translationell modifiering (t.ex. glutamat och aspartat har använts för att efterlikna fosforylerat serin eller treonin)6. Några av dessa substitutioner som ligger i närheten av en aktiv plats eller i kritiska positioner kan emellertid förändra kaspasstrukturen, störa katalytisk aktivitet och undertrycka apoptotisk celldöd7. Liknande effekter kan observeras i fall av tumörassocierade missensemutationer i kaspasgener. Till exempel resulterade den tumörassocierade mutationen av caspase-6 - R259H - i konformationsförändringar av slingor i substratbindningsfickan, vilket minskade den effektiva katalytiska omsättningen av substrat8. G325A-aminosyrasubstitutionen i caspase-8 identifierad i skivepitelcancer i huvud och nacke kan hämma caspase-8-aktivitet, vilket ledde till modulering av kärnfaktor-kB (NF-kB) signalering och främjade tumorigenes9.
För att bedöma den potentiella effekten av aminosyrasubstitutioner på kaspasstruktur och funktion kan molekylär modellering tillämpas. Den molekylära dynamiken (MD) beskrivs i detta arbete för modellering av den vilda typen av kaspase och dess mutanta former med hjälp av det biomolekylära simuleringspaketet (Amber). MD-metoden ger en bild av den dynamiska utvecklingen av proteinstrukturen efter införandet av mutationer. Amber-paketet, som ursprungligen utvecklades av Peter Kollmans grupp, blev ett av de mest populära mjukvaruverktygen för biomolekylära simuleringar10,11,12,13. Denna programvara är uppdelad i två delar: (1) AmberTools, en samling program som rutinmässigt används för systemberedning (atomtypstilldelning, tillsats av väten och explicit-vattenmolekyler, etc.) och bananalys; och (2) Amber, som är centrerad kring simuleringsprogrammet pmemd. AmberTools är ett gratispaket (och en förutsättning för att installera Amber själv), medan Amber distribueras med en separat licens- och avgiftsstruktur. Parallella simuleringar på en superdator och/eller med grafikprocessorer (GPU: er) kan avsevärt förbättra prestandan för den vetenskapliga forskningen av proteinstrukturdynamik14. De senaste tillgängliga programvaruversionerna är AmberTools21 och Amber20, men de beskrivna protokollen kan också användas med de tidigare versionerna.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

Apoptos är en typ av programmerad celldöd som eliminerar skadade celler och kontrollerar utvecklingen och vävnadshomeostasen hos flercelliga organismer. Caspaser, en familj av cysteinproteaser, spelar en nyckelroll vid initiering och avrättning av apoptos. Mognaden av caspaser och deras aktivitet finjusteras av post-translationella modifieringar på ett mycket dynamiskt sätt. För att bedöma effekten av post-translationella förändringar muteras potentiella platser rutinmässigt med rester som är beständiga för eventuella modifieringar. Till exempel ersätts serinresten med alanin eller asparaginsyra. Sådana substitutioner kan emellertid förändra den kaspasaktiva platsens konformation, vilket leder till störningar i katalytisk aktivitet och cellulära funktioner. Dessutom kan mutationer av andra aminosyrarester som ligger i kritiska positioner också bryta strukturen och funktionerna hos kaspaser och leda till apoptosstörning. För att undvika svårigheterna med att använda muterade rester kan molekylära modelleringsmetoder lätt tillämpas för att uppskatta den potentiella effekten av aminosyrasubstitutioner på kaspasstrukturen. Detta protokoll tillåter modellering av både kaspaset av vildtyp och dess mutanta former med det biomolekylära simuleringspaketet (Amber) och superdatoranläggningar för att testa effekten av mutationer på proteinstrukturen och funktionen.

Detta protokoll kan lätt tillämpas i studier av post-translationell modifiering av kaspaser eller patogena mutationer. I det här avsnittet illustreras MD-modelleringsarbetsflödet (figur 1), som framgångsrikt har använts i studien av caspase-27. Med hjälp av in vitro-riktad mutagenes av potentiella fosforyleringsställen (Ser/Thr till Ala) och biokemiska metoder visades att Ser384Ala-mutationen förhindrade kaspas-2-bearbetning och blockerade enzymatisk...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

Detta protokoll använder ett biomolekylärt simuleringspaket och beskriver molekyldynamikmetoden (MD) för modellering av kaspaset av vild typ och dess mutanta former. MD-metoden gör det möjligt att bedöma den dynamiska utvecklingen av caspasestrukturen och den potentiella effekten av mutationer eller post-translationella modifieringar.

Utforska kastasmutationer och post-translationell modifiering genom molekylära modelleringsmetoder

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

spela en nyckelroll i initiering och exekvering med hjälp av molekylär modellering. Vi studerar effekten av modifieringar och mutationer efter översättning på Caspases struktur och funktion. Vi beskriver den molekylära dynamikmetoden som ger en bild av proteinets utveckling, efter införandet av strukturella modifieringar på atomnivå.Ett sådant tillvägagångssätt är en särskild betydelse för att förstå mekanismerna som reglerar programcelldöd och associerade störningar och utveckla nya effektiva terapier. Vi demonstrerar molekylära modelleringsfunktioner med ett av de mest populära verktygen, Amber 20. Men det presenterade protokollet kan också användas med de formella versionerna av denna programvara.Följande video beskriver steg för steg instruktioner om hur man förbereder Caspase-strukturen för simulering och utför en ascilica-undersökning av denna proteins vilda typ och modifierade former. För att hämta den valda proteindatabanken eller P D B-strukturen, använd rullgardinsmenyn ladda ner filer och klicka på P D B-format. Ta bort anmärkningar och anslutningsdata och sätt in ett T E R-kort mellan separata proteinkedjor i P D B-filen.För att förbereda startmodellen lansera T-LEAP-programmet från Amber Tools-paketet. Ladda sedan kraftfältet F F 14 S B för att beskriva proteinet med molekylär mekanik och parametrarna för vattenmolekyler och atomjoner som natrium och klorid genom att ange de angivna kommandona i kommandoraden. Ladda sedan P D B-filen och bygg koordinater för väten som skapar ett objekt med namnet mol.Sök efter interna inkonsekvenser som kan orsaka problem med kommandot check mol. Skapa en lösningsmedelslåda runt proteinet. Kontrollera sedan den totala laddningen genom att ange laddningsmol och lägg till motjoner för att neutralisera systemet.Skapa topologin P R M toppfil och koordinatfilen I N P C R D genom att ange det angivna kommandot. När du är klar avslutar du T-lEAP-programmet. Utför det första steget i energiminimeringen för att optimera positionerna för tillsatta väteatomer och vattenmolekyler samtidigt som proteinkoordinaterna hålls fixerade av positionsbegränsningar på tunga atomer.Kör P M E M D-programmet genom att ange det angivna kommandot. Följ de argument som krävs när jag kontrollerar data. P molekylär topologi, kraftfältparametrar och atomnamn.C initiala koordinater. O användarläsbar loggutmatning R slutliga koordinater. REF, referenskoordinater för positionsbegränsningar.Utför sedan det andra steget i energiminimeringen utan begränsningar för att optimera hela systemet med hjälp av ingångarna till indikerat kommando. Detta steg syftar till att värma systemet från noll till 300 kelviner. Utför uppvärmningsprocessen med positionsbegränsningar på proteinatomerna med 50 pikosekunder vid konstant volym genom att använda det givna kommandot som ingångar.Följ det obligatoriska argumentet när X-koordinatuppsättningar sparas över molekyldynamikbanan. Nästa steg är nödvändigt för att justera densiteten av vatten och erhålla proteinets jämviktstillstånd. Utför jämvikten vid 300 kelvin i 500 pikosekunder vid konstant tryck utan några begränsningar med hjälp av det angivna kommandot efter att jämvikt har uppnåtts.Utföra en produktionsmolekylär dynamiksimulering under 10 nanosekunder eller längre vid konstant tryck och generera banfilen för efterföljande analys av proteinstrukturen med hjälp av det angivna kommandot. Den parallella versionen av programmet, P M E M D M P I eller G P U accelererad version P M E M D cuda kan användas på datorkluster och superdatorer. En lång molekyldynamiksimulering kan delas upp i flera segment och utföras sekventiellt.I denna analys undersöktes vildtyp Caspase två och dess Serine-384 alaninmutant efter arbetsflödet för molekylär dynamikmodellering. Serin-384 alaninsubstitutionen inducerade viktig konformationsförändring i den aktiva platsresten arginin-378. Vidare visades att Serine-384 alaninsubstitutionen påverkade substratigenkänningen av argininresterna i det aktiva stället som försämrade gjutbasaktiviteten.Webbplatsen riktade mutagenes och biokemiska tester visade att Serine-384 alaninmutationen blockerade den enzymatiska aktiviteten vid bearbetning av Caspase två och undertryckte apoptos av cancerceller. Det beskrivna tillvägagångssättet kan användas för att bedöma effekten av aminosyramutationer och post-translationella modifieringar i kaspas två samt andra kaspaser som är involverade i olika cancersjukdomar.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Experimentella metoder för att Tissue Engineering

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

Identifiera Effekter av BRCA1 mutationer på homolog rekombination med hjälp av celler som uttrycker Endogent vildtyp-BRCA1

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

Upptäckt av post-translationella modifieringar på inhemska intakt nukleosomer med ELISA

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

Spirande jästprotein extraktion och rening för studien av funktion, interaktioner, och post-translationella modifieringar

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Analys av apoptos i Zebrafish embryon genom Hela montering Immunofluorescence att upptäcka Aktiverad Caspas 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Identifiering av posttranslationella modifieringar av växtproteinkomplex

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Icke-apoptotiska kaspasaktivitet i Drosophila

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Komplett arbetsflöde för analys av Histon posttranslationella modifieringar med botten upp masspektrometri: Från Histon Extraction till dataanalys

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

Genetisk modifiering av cyanobakterier genom konjugering med hjälp av den modulbaserade klonings verktygslådan Cyanogat

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

Samtidig affinitetsberikning av två ändringar efter translationella för kvantifiering och lokalisering

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...