Name: exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches
Uploaded: 2022-10-13T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Bu çalışma, Rus Bilim Vakfı'ndan (17-75-20102, protokol geliştirme) bir hibe ile desteklenmiştir. Temsili sonuçlar bölümünde (fosforilasyon analizi) açıklanan deneyler Stockholm (181301) ve İsveç (190345) Kanser Dernekleri tarafından desteklenmiştir.

1. Sistem hazırlığı
NOT: Doğal ve mutant protein formlarının moleküler modelleri, Protein Bilgi Bankası 15,16'dan elde edilen uygun bir kristal yapıya dayanarak oluşturulmuştur.
<ol><li>Seçilen PDB yapısını almak için, Dosyaları İndir açılır listesini kullanın ve PDB Biçimi'ne tıklayın. Açıklamaları ve bağlantı verilerini kaldırın ve PDB dosyasındaki...

<ol>
	<li>Olsson, M., Zhivotovsky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspases+and+cancer.">Caspases and cancer.</a> Cell Death and Differentiation. 18 (9), 1441-1449 (2011).</li><li>Lavrik, I. N., Golks, A., Krammer, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase:+Pharmacological+manipulation+of+cell+death.">Caspase: Pharmacological manipulation of cell death.</a> Journal of Clinical Investigation. 115 (10), 2665-2672 (2005).</li><li>Degterev, A., Boyce, M., Yuan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+decade+of+caspases.">A decade of caspases.</a> Oncogene. 22 (53), 8543-8567 (2003).</li><li>Pop, C., Salvesen, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+caspases:+Activation,+specificity,+and+regulation.">Human caspases: Activation, specificity, and regulation.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (33), 21777-21781 (2009).</li><li>Zamaraev, A. V., Kopeina, G. S., Prokhorova, E. A., Zhivotovsky, B., Lavrik, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-translational+modification+of+caspases:+The+other+side+of+apoptosis+regulation.">Post-translational modification of caspases: The other side of apoptosis regulation.</a> Trends in Cell Biology. 27 (5), 322-339 (2017).</li><li>Pearlman, S. M., Serber, Z., Ferrell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mechanism+for+the+evolution+of+phosphorylation+sites.">A mechanism for the evolution of phosphorylation sites.</a> Cell. 147 (4), 934-946 (2011).</li><li>Zamaraev, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+for+Serine-384+in+Caspase-2+processing+and+activity.">Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity.</a> Cell Death and Disease. 11 (10), 825 (2020).</li><li>Dagbay, K. B., Hill, M. E., Barrett, E., Hardy, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor-associated+mutations+in+caspase-6+negatively+impact+catalytic+efficiency.">Tumor-associated mutations in caspase-6 negatively impact catalytic efficiency.</a> Biochemistry. 56 (34), 4568-4577 (2017).</li><li>Ando, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-associated+missense+mutations+of+caspase-8+activate+nuclear+factor-&#954;B+signaling.">Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-&#954;B signaling.</a> Cancer Science. 104 (8), 1002-1008 (2013).</li><li>Case, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AMBER 2020. , (2020).</li><li>Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+the+Amber+biomolecular+simulation+package.">An overview of the Amber biomolecular simulation package.</a> WIREs Computational Molecular Science. 3 (2), 198-210 (2013).</li><li>Roe, D. R., Cheatham, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTRAJ+and+CPPTRAJ:+Software+for+processing+and+analysis+of+molecular+dynamics+trajectory+data.">PTRAJ and CPPTRAJ: Software for processing and analysis of molecular dynamics trajectory data.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (7), 3084-3095 (2013).</li><li>Maier, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ff14SB:+Improving+the+accuracy+of+protein+side+chain+and+backbone+parameters+from+ff99SB.">ff14SB: Improving the accuracy of protein side chain and backbone parameters from ff99SB.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 11 (8), 3696-3713 (2015).</li><li>Salomon-Ferrer, R., G&#246;tz, A. W., Poole, D., Le Grand, S., Walker, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+microsecond+molecular+dynamics+simulations+with+AMBER+on+GPUs.+2.+Explicit+solvent+particle+mesh+ewald.">Routine microsecond molecular dynamics simulations with AMBER on GPUs. 2. Explicit solvent particle mesh ewald.</a> Journal of Chemical Theory and Computation. 9 (9), 3878-3888 (2013).</li><li>Berman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids Research. 28 (1), 235-242 (2000).</li><li>Burley, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RCSB+Protein+Data+Bank:+Powerful+new+tools+for+exploring+3D+structures+of+biological+macromolecules+for+basic+and+applied+research+and+education+in+fundamental+biology,+biomedicine,+biotechnology,+bioengineering+and+energy+sciences.">RCSB Protein Data Bank: Powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules for basic and applied research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology, bioengineering and energy sciences.</a> Nucleic Acids Research. 49, 437-451 (2021).</li><li>Martinez, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+graphics:+Bridging+structural+biologists+and+computer+scientists.">Molecular graphics: Bridging structural biologists and computer scientists.</a> Structure. 27 (11), 1617-1623 (2019).</li><li>Lee, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-accelerated+molecular+dynamics+and+free+energy+methods+in+Amber18:+Performance+enhancements+and+new+features.">GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features.</a> Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (10), 2043-2050 (2018).</li><li>J&#228;ger, R., Zwacka, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+roles+of+caspases+in+tumor+development.">The enigmatic roles of caspases in tumor development.</a> Cancers. 2 (4), 1952-1979 (2010).</li></ol>

Açıklanan MD yaklaşımı, biyomoleküler simülasyon paketlerini kullanarak hem vahşi tip hem de mutant kaspaz formlarının modellenmesine izin verir. Metodolojinin birkaç önemli konusu burada tartışılmaktadır. İlk olarak, Protein Veri Bankası'ndan kaspazın temsili bir kristal yapısının seçilmesi gerekir. Önemli olarak, kaspazın hem monomerik hem de dimerik formları kabul edilebilir. Minimum sayıda eksik kalıntı içeren yüksek çözünürlüklü yapıların seçilmesi iyi bir fikirdir. Bazı kal?...

Apoptoz, çok hücreli organizmaların morfogenezini ve doku homeostazını düzenleyen en çok çalışılan hücresel süreçlerden biridir. Apoptoz, ölüm reseptörlerinin aktivasyonu, hücre döngüsü sinyallerindeki bozulma, DNA hasarı, endoplazmik retikulum (ER) stresi ve çeşitli bakteriyel ve viral enfeksiyonlar gibi çok çeşitli dış veya iç uyaranlarla başlatılabilir1. Kaspazlar - anahtar apoptotik oyuncular - geleneksel olarak iki gruba ayrılır: başlatıcılar (kaspaz-2, kaspaz-8, kaspaz-9 ve kaspaz-10) ve efektörler (kaspaz-3, kaspaz-6 ve kaspaz-7), etki alanı yapılarına ve kaspaz kaskadın 2,3'teki yerine bağlı olarak. Hücre ölüm sinyalleri üzerine, başlatıcı kaspazlar, aktif bir enzim oluşturmak için yakınlık kaynaklı dimerizasyonu ve otomatik işlemeyi kolaylaştıran adaptör molekülleri ile etkileşime girer. Efektör kaspazlar, başlatıcı kaspazlar tarafından bölünme yoluyla aktive edilir ve çoklu hücresel substratları parçalayarak aşağı akış yürütme adımlarını gerçekleştirir4.
Başlatıcı ve efektör kaspazların olgunlaşması ve işlevi, translasyonel sonrası modifikasyonun hücre ölümü modülasyonunda vazgeçilmez bir rol oynadığı çok sayıda farklı hücre içi mekanizma tarafından düzenlenir5. Modifiye edici grupların (fosforilasyon, nitrosilasyon, metilasyon veya asetilasyon) veya proteinlerin (ubikitinasyon veya SUMOilasyon) eklenmesi, kaspazların enzimatik aktivitesini veya apoptozu düzenleyen protein konformasyonunu ve stabilitesini değiştirir. Sahaya yönelik mutagenez, potansiyel post-translasyonel modifikasyon bölgelerini araştırmak ve rollerini ayırt etmek için yaygın olarak uygulanmaktadır. Varsayılan bir modifikasyon bölgesi genellikle daha fazla değiştirilemeyen başka bir amino asit ile değiştirilir. Böylece, potansiyel olarak fosforile serin ve treonin, alanine mutasyona uğrar ve lizin ubikitinasyon bölgeleri arginin ile değiştirilir. Başka bir strateji, özellikle post-translasyonel modifikasyonu taklit eden bir amino asidin ikame edilmesini içerir (örneğin, fosforile serin veya treonini taklit etmek için glutamat ve aspartat kullanılmıştır)6. Bununla birlikte, aktif bir bölgenin yüksek çevresinde veya kritik pozisyonlarda bulunan bu ikamelerin bazıları kaspaz yapısını değiştirebilir, katalitik aktiviteyi bozabilir ve apoptotik hücre ölümünü baskılayabilir7. Benzer etkiler, kaspaz genlerinde tümörle ilişkili yanlış anlam mutasyonları vakalarında da gözlenebilir. Örneğin, kaspaz-6'nın tümörle ilişkili mutasyonu - R259H - substrat bağlayıcı cepteki döngülerin konformasyonel değişikliklerine neden oldu ve substratların verimli katalitik döngüsünü azalttı8. Baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomunda tanımlanan kaspaz-8'deki G325A amino asit ikamesi, nükleer faktör-kB (NF-kB) sinyallemesinin modülasyonuna yol açan ve tümörigenezi teşvik eden kaspaz-8 aktivitesini engelleyebilir9.
Amino asit ikamelerinin kaspaz yapısı ve fonksiyonu üzerindeki potansiyel etkisini değerlendirmek için moleküler modelleme uygulanabilir. Moleküler dinamik (MD) yaklaşımı, biyomoleküler simülasyon paketi (Amber) kullanılarak vahşi tip kaspaz ve mutant formlarının modellenmesi için bu çalışmada açıklanmıştır. MD yöntemi, mutasyonların ortaya çıkmasını takiben protein yapısının dinamik evrimi hakkında bir fikir verir. Başlangıçta Peter Kollman'ın grubu tarafından geliştirilen Amber paketi, biyomoleküler simülasyonlar için en popüler yazılım araçlarından biri haline geldi10,11,12,13. Bu yazılım iki bölüme ayrılmıştır: (1) AmberTools, sistem hazırlığı (atom tipi atama, hidrojen ve açık su molekülleri ekleme, vb.) ve yörünge analizi için rutin olarak kullanılan programların bir koleksiyonu; ve (2) pmemd simülasyon programı etrafında merkezlenen Amber. AmberTools ücretsiz bir pakettir (ve Amber'in kendisini kurmak için bir ön koşuldur), Amber ise ayrı bir lisans ve ücret yapısı ile dağıtılmaktadır. Bir süper bilgisayarda ve / veya grafik işlem birimleri (GPU'lar) kullanılarak yapılan paralel simülasyonlar, protein yapı dinamiklerinin bilimsel araştırması için performansı önemli ölçüde artırabilir14. Mevcut en son yazılım sürümleri AmberTools21 ve Amber20'dir, ancak açıklanan protokoller eski sürümlerle de kullanılabilir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amber20</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular dynamics simulation 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmberTools21</td>
			<td>University of California, San Francisco</td>
			<td></td>
			<td>Software for molecular modeling and analysis 
			http://ambermd.org</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

exploring caspase mutations and post-translational modification by molecular modeling approaches

Apoptoz, hasarlı hücreleri ortadan kaldıran ve çok hücreli organizmaların gelişimini ve doku homeostazını kontrol eden bir tür programlanmış hücre ölümüdür. Sistein proteazlarının bir ailesi olan kaspazlar, apoptozun başlatılmasında ve uygulanmasında anahtar rol oynamaktadır. Kaspazların olgunlaşması ve aktiviteleri, son derece dinamik bir şekilde çeviri sonrası modifikasyonlarla ince ayarlanmıştır. Translasyonel sonrası değişikliklerin etkisini değerlendirmek için, potansiyel bölgeler rutin olarak herhangi bir modifikasyona kalıcı kalıntılarla mutasyona uğrar. Örneğin, serin kalıntısı alanin veya aspartik asit ile değiştirilir. Bununla birlikte, bu tür ikameler kaspaz aktif bölgesinin konformasyonunu değiştirebilir ve katalitik aktivite ve hücresel fonksiyonlarda bozulmalara neden olabilir. Ayrıca, kritik pozisyonlarda bulunan diğer amino asit kalıntılarının mutasyonları da kaspazların yapısını ve fonksiyonlarını bozabilir ve apoptoz pertürbasyonuna yol açabilir. Mutasyona uğramış kalıntıların kullanılmasının zorluklarından kaçınmak için, amino asit ikamelerinin kaspaz yapısı üzerindeki potansiyel etkisini tahmin etmek için moleküler modelleme yaklaşımları kolayca uygulanabilir. Mevcut protokol, mutasyonların protein yapısı ve fonksiyonu üzerindeki etkisini test etmek için hem vahşi tip kaspaz hem de mutant formlarının biyomoleküler simülasyon paketi (Amber) ve süper bilgisayar tesisleri ile modellenmesine izin verir.

Mevcut protokol, kaspazların veya patojenik mutasyonların post-translasyonel modifikasyonu çalışmalarında kolayca uygulanabilir. Bu bölümde, kaspaz-27 çalışmasında başarıyla kullanılan MD modelleme iş akışı gösterilmiştir (Şekil 1). Potansiyel fosforilasyon bölgelerinin (Ser/Thr to Ala) in vitro bölgeye yönelik mutagenezi ve biyokimyasal yaklaşımlar kullanılarak, Ser384Ala mutasyonunun kaspaz-2 işlemesini önlediği ve enzimatik a...

Watch this Scientific Journal Video about Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches at JoVE.com

Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches

Mevcut protokol bir biyomoleküler simülasyon paketi kullanır ve vahşi tip kaspaz ve mutant formlarını modellemek için moleküler dinamik (MD) yaklaşımını açıklar. MD yöntemi, kaspaz yapısının dinamik evrimini ve mutasyonların veya post-translasyonel modifikasyonların potansiyel etkisini değerlendirmeye izin verir.

Kaspaz Mutasyonlarının ve Post-Translasyonel Modifikasyonun Moleküler Modelleme Yaklaşımlarıyla Araştırılması

Apoptosis is a type of programmed cell death that eliminates damaged cells and controls the development and tissue homeostasis of multicellular organisms. ...

moleküler modelleme kullanılarak başlatma ve yürütmede önemli bir rol oynar. Çeviri sonrası modifikasyonların ve mutasyonların Kaspiz yapı ve fonksiyonu üzerindeki etkisini inceliyoruz. Atomik düzeyde yapısal modifikasyonların tanıtılmasını takiben, proteinin evrimi hakkında bir görüş veren moleküler dinamik yaklaşımını açıklıyoruz.Böyle bir yaklaşım, program hücre ölümünü ve ilişkili bozuklukları düzenleyen mekanizmaları anlamak ve yeni etkili tedaviler geliştirmek için özel bir öneme sahiptir. En popüler araçlardan biri olan Amber 20 ile moleküler modelleme yeteneklerini gösteriyoruz. Ancak sunulan protokol, bu yazılımın resmi sürümleriyle de kullanılabilir.Aşağıdaki videoda, Caspase yapısının simülasyon için hazırlanması ve bu proteinlerin vahşi tip ve modifiye formlarının ascilica araştırmasının yapılması ile ilgili adım adım talimatlar açıklanmaktadır. Seçilen protein veri bankasını veya P D B yapısını almak için, indirme dosyaları açılır listesini kullanın ve P D B formatına tıklayın. Açıklamaları ve bağlantı verilerini kaldırın ve P D B dosyasındaki ayrı protein zincirleri arasına bir T E R kartı takın.Başlangıç modelini hazırlamak için Amber Tools paketinden T-LEAP programını başlatın. Daha sonra, komut satırında belirtilen komutları girerek proteini moleküler mekanikle ve su molekülleri ve sodyum ve klorür gibi atomik iyonlar için parametrelerle tanımlamak için F F 14 S B kuvvet alanını yükleyin. Ardından, P D B dosyasını yükleyin ve mol adında bir nesne oluşturan hidrojenler için koordinatlar oluşturun.check mol komutunu kullanarak sorunlara neden olabilecek iç tutarsızlıkları denetleyin. Proteinin etrafında bir çözücü kutusu oluşturun. Ardından, şarj molünü girerek toplam şarjı kontrol edin ve sistemi nötralize etmek için sayaç iyonları ekleyin.Belirtilen komutu girerek topoloji P R M üst dosyasını ve koordinat I N P C R D dosyasını oluşturun. İşiniz bittiğinde, T-lEAP programından çıkın. Eklenen hidrojen atomlarının ve su moleküllerinin konumlarını optimize etmek için enerji minimizasyonunun ilk aşamasını gerçekleştirirken, protein koordinatlarını ağır atomlar üzerindeki konumsal kısıtlamalarla sabit tutun.Belirtilen komutu girerek P M E M D programını çalıştırın. Verileri kontrol ederken gerekli bağımsız değişkenleri izleyin. P moleküler topoloji, kuvvet alanı parametreleri ve atom isimleri.C başlangıç koordinatları. O kullanıcı tarafından okunabilir günlük çıkışı R son koordinatları. REF, konum kısıtlamaları için referans koordinatları.Ardından, belirtilen komutun girişlerini kullanarak tüm sistemi optimize etmek için enerji minimizasyonunun ikinci aşamasını kısıtlama olmadan gerçekleştirin. Bu aşama, sistemi sıfırdan 300 kelvin'e ısıtmayı amaçlamaktadır. Verilen komutu girdi olarak kullanarak sabit hacimde 50 pikosaniye ile protein atomları üzerinde konumsal kısıtlamalarla ısıtma işlemini gerçekleştirin.X koordinat kümeleri moleküler dinamik yörüngesi üzerinden kaydedilirken gerekli argümanı izleyin. Bir sonraki aşama, suyun yoğunluğunu ayarlamak ve proteinin denge durumunu elde etmek için gereklidir. Denge başarıyla sağlandıktan sonra belirtilen komutu kullanarak sabit basınçta 500 pikosaniye boyunca 300 kelvin'de dengeyi herhangi bir kısıtlama olmadan gerçekleştirin.Sabit basınçta 10 nanosaniye veya daha uzun süre bir üretim moleküler dinamik simülasyonu gerçekleştirin ve belirtilen komutu kullanarak protein yapısının daha sonraki analizi için yörünge dosyasını oluşturun. Programın paralel versiyonu, P M E M D M P I veya G P U hızlandırılmış versiyon P M E M D cuda bilgisayar kümelerinde ve süper bilgisayarlarda kullanılabilir. Uzun bir moleküler dinamik simülasyonu birkaç bölüme ayrılabilir ve sırayla gerçekleştirilebilir.Bu analizde, moleküler dinamik modelleme iş akışını takiben vahşi tip Kaspaz iki ve Serin-384 alanin mutantı araştırılmıştır. Serin-384 alanin ikamesi, aktif bölge kalıntısı Arginin-378'de önemli konformasyonel değişikliklere neden oldu. Ayrıca, Serin-384 alanin ikamesinin, aktif bölgedeki arginin kalıntıları tarafından substrat tanımayı etkilediği ve döküm baz aktivitesini bozduğu gösterilmiştir.Bölgeye yönelik mutagenez ve biyokimyasal testler, Serin-384 alanin mutasyonunun Kaspiz ikisinin işlenmesindeki enzimatik aktiviteyi bloke ettiğini ve kanser hücrelerinin apoptozunu baskıladığını göstermiştir. Tarif edilen yaklaşım, çeşitli kanser hastalıklarında rol oynayan diğer kaspazların yanı sıra iki kaspazdaki amino asit mutasyonlarının ve post-translasyonel modifikasyonların etkisini değerlendirmek için kullanılabilir.

Research

JoVE Journal

Biology

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Doku Mühendisliği Deneysel Yaklaşımlar

Biyoloji

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

Endojen Wild-tip BRCA1 Express hücreler kullanarak Homolog Rekombinasyon BRCA1 Mutasyonlar Etkileri belirlenmesi

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

ELISA yöntemi ile yerli bozulmamış nükleozom Post-translasyonel modifikasyonlar Algılama

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Budding Yeast Protein Extraction and Purification for the Study of Function, Interactions, and Post-translational Modifications

Fonksiyon Çalışma, Etkileşimler, ve Post-translasyonel değişiklikler için tomurcuklanan Maya Protein Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması

Homogenization by bead beating is a fast and efficient way to release DNA, RNA, proteins, and metabolites from budding yeast cells, which are notoriously ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Aktif Kaspaz 3 Algılama Tüm montaj immünofloresans tarafından Zebra balığı Embriyolar Apaptozun Analizi

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Plant protein kompleksleri, çevirim sonrası değişikliklerin belirlenmesi

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biosensor Tracks Non-apoptotic Caspase Activity in Drosophila

In Vivo Biyosensör Drosophila olmayan apoptotik Kaspaz Aktivite Tracks

Caspases are the key mediators of apoptotic cell death via their proteolytic activity. When caspases are activated in cells to levels detectable by ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Genetic Modification of Cyanobacteria by Conjugation Using the CyanoGate Modular Cloning Toolkit

CyanoGate Modüler Klonlama Araç Kiti Kullanılarak Konjugasyon ile Siyanobakterilerin Genetik Modifikasyonu

Cyanobacteria are a diverse group of prokaryotic photosynthetic organisms that can be genetically modified for the renewable production of useful ...

Simultaneous Affinity Enrichment of Two Post-Translational Modifications for Quantification and Site Localization

Niceleme ve Site Yerelleştirmesi Için İki Çeviri Sonrası Modifikasyonun Eşzamanlı Affinity Zenginleştirmesi

Studying multiple post-translational modifications (PTMs) of proteins is a crucial step to understand PTM crosstalk and gain more holistic insights into ...