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•
11:11 min
March 17th, 2023
DOI :
10.3791/65033-v
Chapters
0:05
Introduction
0:51
Nucleus Isolation
2:15
Nucleus Sorting and Tn5 Tagmentation
4:08
DNA Purification and PCR Amplification
5:32
Real-Time Quantitative PCR (qPCR) Test, Additional PCR Amplification, and Second DNA Purification
6:14
DNA Fragment Size Selection
8:01
Results: Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High-Throughput Sequencing
10:19
Conclusion
Transcript
ATAC-seqは、遺伝子発現調節機構を理解するための強力な技術です。しかし、脂肪組織は、脂質含有量が多く、ミトコンドリア汚染が高く、細胞の不均一性があるため、この技術を使用することは困難です。このプロトコルでは、蛍光活性化核ソーティングを使用して脂肪細胞特異的ATACシーケンシングを実行し、ミトコンドリアDNA汚染を最小限に抑えて高品質のデータを生成します。
この方法は、核標識トランスジェニックレポーター株を有する細胞型特異的Creマウス株が利用可能な他の組織においても使用す
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Summary
トランスジェニックレポーターマウスから単離された脂肪組織との核ソーティングを使用して、脂肪細胞上で特異的にトランスポザーゼアクセス可能なクロマチン(ATAC-seq)を核蛍光標識でアッセイするためのプロトコルを紹介します。
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