Name: collecting marine gnathiid isopod fish parasites with light traps
Uploaded: 2023-09-25T14:35:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Collecting Marine Gnathiid Isopod Fish Parasites with Light Traps at JoVE.com

Finansman ABD Ulusal Bilim Vakfı (NSF OCE 2023420 ve DEB 2231250, P. Sikkel PI) tarafından sağlandı. Filipinler'in Negros Oriental kentindeki Dumaguete Şehri belediyesine bu çalışmayı yürütmeye izin verdiği için teşekkür ederiz. Ayrıca, saha yardımları için birçok gönüllüye ve Silliman Üniversitesi Çevre ve Deniz Bilimleri Enstitüsü'ndeki personele ve meslektaşlarımıza destekleri için teşekkür ederiz.

Örneklerin toplanmasına Tarım Bakanlığı-Balıkçılık ve Su Kaynakları Bürosu (0154-18 DA-BFAR) tarafından Filipin yasa ve yönetmeliklerine uygun olarak izin verilmiştir (RA 9147; FAO 233) ve Silliman Üniversitesi (SU) hayvan etik komitesi tarafından onaylanmıştır.
1. Işık Tuzakları
<ol><li>İnşaat<ol><li>Orijinal olarak sıhhi tesisat için tasarlanmış ticari polivinil klorür (PVC) tüplerinden ışık tuzakları oluşturun. 30-40 cm uzunluğa kadar ...

<ol>
	<li>Sikkel, P. C., Welicky, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+significance+of+parasitic+crustaceans.">The ecological significance of parasitic crustaceans.</a> Parasitic Crustacea. 17 (17), 421-477 (2019).</li><li>Svavarsson, J., Bruce, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+gnathiid+isopod+crustaceans+(Cymothoida)+from+Heron+Island+and+Wistari+Reef,+southern+Great+Barrier+Reef.">New gnathiid isopod crustaceans (Cymothoida) from Heron Island and Wistari Reef, southern Great Barrier Reef.</a> Zootaxa. 4609 (1), 4609 (2019).</li><li>Shodipo, M. O., Sikkel, P. C., Smit, N. J., Hadfield, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=First+record+and+molecular+characterisation+of+two+Gnathia+species+(Crustacea,+Isopoda,+Gnathiidae)+from+Philippine+coral+reefs,+including+a+summary+of+all+Central-Indo+Pacific+Gnathia+species.">First record and molecular characterisation of two Gnathia species (Crustacea, Isopoda, Gnathiidae) from Philippine coral reefs, including a summary of all Central-Indo Pacific Gnathia species.</a> International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife. 14, 355-367 (2021).</li><li>Losey, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleaning+symbiosis+in+Puerto+Rico+with+comparison+to+the+tropical+Pacific.">Cleaning symbiosis in Puerto Rico with comparison to the tropical Pacific.</a> 4 (4), 960-970 (1974).</li><li>Grutter, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Parasite+infestation+increases+on+coral+reefs+without+cleaner+fish.">Parasite infestation increases on coral reefs without cleaner fish.</a> Coral Reefs. 37, 15-24 (2018).</li><li>Smit, N. J., Davies, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+curious+life-style+of+the+parasitic+stages+of+gnathiid+isopods.">The curious life-style of the parasitic stages of gnathiid isopods.</a> Advances in Parasitology. 58. , 289-391 (2004).</li><li>Tanaka, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+history+of+gnathiid+isopods-current+knowledge+and+future+directions.">Life history of gnathiid isopods-current knowledge and future directions.</a> Plankton and Benthos Research. 2 (1), 1-11 (2007).</li><li>Sikkel, P. C., Schaumburg, C. S., Mathenia, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diel+infestation+dynamics+of+gnathiid+isopod+larvae+parasitic+on+Caribbean+reef+fish.">Diel infestation dynamics of gnathiid isopod larvae parasitic on Caribbean reef fish.</a> Coral Reefs. 25, 683-689 (2006).</li><li>Santos, T. R. N., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Habitat+associations+of+fish-parasitic+gnathiid+isopods+in+a+shallow+reef+system+in+the+central+Philippines.">Habitat associations of fish-parasitic gnathiid isopods in a shallow reef system in the central Philippines.</a> Marine Biodiversity. 4, 83-96 (2019).</li><li>Nagel, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+vision+in+host-finding+behaviour+of+the+ectoparasite+Gnathia+falcipenis+(Crustacea).">The role of vision in host-finding behaviour of the ectoparasite Gnathia falcipenis (Crustacea).</a> Isopoda). Marine and Freshwater Behaviour and Physiology. 42 (1), 31-42 (2009).</li><li>Sikkel, P. C., Sears, W. T., Weldon, B., Tuttle, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+experimental+field+test+of+host-finding+mechanisms+in+a+Caribbean+gnathiid+isopod.">An experimental field test of host-finding mechanisms in a Caribbean gnathiid isopod.</a> Marine Biology. 158, 1075-1083 (2011).</li><li>Vondriska, C., Dixson, D. L., Packard, A. J., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentially+susceptible+host+fishes+exhibit+similar+chemo-attractiveness+to+a+common+coral+reef+ectoparasite.">Differentially susceptible host fishes exhibit similar chemo-attractiveness to a common coral reef ectoparasite.</a> Symbiosis. 81 (3), 247-253 (2020).</li><li>Grutter, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Parasite+infection+rather+than+tactile+stimulation+is+the+proximate+cause+of+cleaning+behaviour+in+reef+fish.">Parasite infection rather than tactile stimulation is the proximate cause of cleaning behaviour in reef fish.</a> Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. 268 (1474), 1361-1365 (2001).</li><li>Sikkel, P. C., Cheney, K. L., C&#244;t&#233;, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+evidence+for+ectoparasites+as+a+proximate+cause+of+cleaning+interactions+in+reef+fish.">In situ evidence for ectoparasites as a proximate cause of cleaning interactions in reef fish.</a> Animal Behaviour. 68 (2), 241-247 (2004).</li><li>Sikkel, P. C., Herzlieb, S. E., Kramer, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compensatory+cleaner-seeking+behavior+following+spawning+in+female+yellowtail+damselfish.">Compensatory cleaner-seeking behavior following spawning in female yellowtail damselfish.</a> Marine Ecology Progress Series. , 1-11 (2005).</li><li>Triki, Z., Grutter, A. S., Bshary, R., Ros, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+short-term+exposure+to+ectoparasites+on+fish+cortisol+and+hematocrit+levels.">Effects of short-term exposure to ectoparasites on fish cortisol and hematocrit levels.</a> Marine Biology. 163, 1-6 (2016).</li><li>Hayes, P. M., Smit, N. J., Grutter, A. S., Davies, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unexpected+response+of+a+captive+blackeye+thicklip,+Hemigymnus+melapterus+(Bloch),+from+Lizard+Island,+Australia,+exposed+to+juvenile+isopods+Gnathia+aureamaculosa+Ferreira+&amp;+Smit.">Unexpected response of a captive blackeye thicklip, Hemigymnus melapterus (Bloch), from Lizard Island, Australia, exposed to juvenile isopods Gnathia aureamaculosa Ferreira &amp; Smit.</a> Journal of Fish Diseases. 34 (7), 563-566 (2011).</li><li>Grutter, A. S., Pickering, J. L., McCallum, H., McCormick, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+micropredatory+gnathiid+isopods+on+young+coral+reef+fishes.">Impact of micropredatory gnathiid isopods on young coral reef fishes.</a> Coral Reefs. 27 (3), 655-661 (2008).</li><li>Artim, J. M., Sellers, J. C., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micropredation+by+gnathiid+isopods+on+settlement-stage+reef+fish+in+the+eastern+Caribbean+Sea.">Micropredation by gnathiid isopods on settlement-stage reef fish in the eastern Caribbean Sea.</a> Bulletin of Marine Science. 91 (4), 479-487 (2015).</li><li>Sellers, J. C., Holstein, D. M., Botha, T. L., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lethal+and+sublethal+impacts+of+a+micropredator+on+post-settlement+Caribbean+reef+fishes.">Lethal and sublethal impacts of a micropredator on post-settlement Caribbean reef fishes.</a> Oecologia. 189, 293-305 (2019).</li><li>Allan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Parasite+infection+directly+impacts+escape+response+and+stress+levels+in+fish.">Parasite infection directly impacts escape response and stress levels in fish.</a> Journal of Experimental Biology. 223 (16), (2020).</li><li>Spitzer, C. A., Anderson, T. W., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Habitat+associations+and+impacts+on+a+juvenile+fish+host+by+a+temperate+gnathiid+isopod.">Habitat associations and impacts on a juvenile fish host by a temperate gnathiid isopod.</a> International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife. 17, 65-73 (2022).</li><li>Sikkel, P. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nocturnal+migration+reduces+exposure+to+micropredation+in+a+coral+reef+fish.">Nocturnal migration reduces exposure to micropredation in a coral reef fish.</a> Bulletin of Marine Science. 93 (2), 475-489 (2017).</li><li>Artim, J. M., Hook, A., Grippo, R. S., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+parasitic+gnathiid+isopods+on+coral+reefs:+a+comparison+of+Caribbean+cleaning+gobies+with+non-cleaning+microcarnivores.">Predation on parasitic gnathiid isopods on coral reefs: a comparison of Caribbean cleaning gobies with non-cleaning microcarnivores.</a> Coral Reefs. 36, 1213-1223 (2017).</li><li>Artim, J. M., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+coral+repels+a+common+reef+fish+ectoparasite.">Live coral repels a common reef fish ectoparasite.</a> Coral Reefs. 32, 487-494 (2013).</li><li>Paula, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+corals+on+the+abundance+of+a+fish+ectoparasite+in+the+Great+Barrier+Reef.">The role of corals on the abundance of a fish ectoparasite in the Great Barrier Reef.</a> Coral Reefs. 40, 535-542 (2021).</li><li>Sikkel, P. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+abundance+of+fish-parasitic+gnathiid+isopods+associated+with+warm-water+bleaching+events+on+the+northern+Great+Barrier+Reef.">Changes in abundance of fish-parasitic gnathiid isopods associated with warm-water bleaching events on the northern Great Barrier Reef.</a> Coral Reefs. 38 (4), 721-730 (2019).</li><li>Shodipo, M. O., Duong, B., Graba-Landry, A., Grutter, A. S., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+acute+seawater+temperature+increase+on+the+survival+of+a+fish+ectoparasite.">Effect of acute seawater temperature increase on the survival of a fish ectoparasite.</a> In Oceans. 1 (4), (2020).</li><li>Artim, J. M., Nicholson, M. D., Hendrick, G. C., Brandt, M., Smith, T. B., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abundance+of+a+cryptic+generalist+parasite+reflects+degradation+of+an+ecosystem.">Abundance of a cryptic generalist parasite reflects degradation of an ecosystem.</a> Ecosphere. 11 (10), (2020).</li><li>Richardson, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+continuous+plankton+recorder+data.">Using continuous plankton recorder data.</a> Progress in Oceanography. 68 (1), 27-74 (2006).</li><li>McLeod, L. E., Costello, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light+traps+for+sampling+marine+biodiversity.">Light traps for sampling marine biodiversity.</a> Helgoland Marine Research. 71 (1), 1-8 (2017).</li><li>Artim, J. M., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+sampling+methodologies+and+estimation+of+population+parameters+for+a+temporary+fish+ectoparasite.">Comparison of sampling methodologies and estimation of population parameters for a temporary fish ectoparasite.</a> International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife. 5 (2), 145-157 (2016).</li><li>Pag&#225;n, J. A., Ver&#237;ssimo, A., Sikkel, P. C., Xavier, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hurricane-induced+disturbance+increases+genetic+diversity+and+population+admixture+of+the+direct-brooding+isopod,+Gnathia+marleyi.">Hurricane-induced disturbance increases genetic diversity and population admixture of the direct-brooding isopod, Gnathia marleyi.</a> Scientific reports. 10 (1), (2020).</li><li>Doherty, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light-traps:+selective+but+useful+devices+for+quantifying+the+distributions+and+abundances+of+larval+fishes.">Light-traps: selective but useful devices for quantifying the distributions and abundances of larval fishes.</a> Bulletin of Marine Science. 41, 423-431 (1987).</li><li>Jones, C. M., Nagel, L., Hughes, G. L., Cribb, T. H., Grutter, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+specificity+of+two+species+of+Gnathia+(Isopoda)+determined+by+DNA+sequencing+blood+meals.">Host specificity of two species of Gnathia (Isopoda) determined by DNA sequencing blood meals.</a> International Journal for Parasitology. 37 (8-9), 927-935 (2007).</li><li>Hendrick, G. C., Dolan, M. C., McKay, T., Sikkel, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+DNA+integrity+within+blood+meals+of+hematophagous+larval+gnathiid+isopods+(Crustacea).">Host DNA integrity within blood meals of hematophagous larval gnathiid isopods (Crustacea).</a> Isopoda, Gnathiidae). Parasites &amp; Vectors. 12 (1), 1-9 (2019).</li></ol>

Larva balıklarını toplamak için kullanılanlar gibi geleneksel ışık tuzakları büyüktür ve su sütunu34'te asılıdır. Buna karşılık, burada açıklanan ışık tuzakları küçüktür ve deniz dibinde konuşlandırılmıştır. Bu tuzaklar kolayca taşınabilir ve hızlı bir şekilde konuşlandırılabilir. Sığ bölgelerde (bu çalışmada olduğu gibi) nefes tutma (serbest) dalış yoluyla veya daha derin bölgelerde tüplü dalış yaparak yerleştirilebilirler ve hem beslenen ...

Paraziter kabuklular, resif balıklarının ekolojisinde ve yaşam öykülerinde önemlidir. Ev sahiplerinden çıkardıkları biyokütle ve enerji önemlidir ve davranışı, fizyolojiyi ve hayatta kalmayı etkiler1. Gnathiid izopod kabukluları, tropikal ve subtropikal resif sistemlerinde en belirgin balık paraziti grubunu temsil eder, burada hem bol hem de çeşitlidir 2,3 ve daha temiz balıkların birincil gıda maddesidir 4,5. Gnathiidler genellikle 1-3 mm büyüklüğündedir. Sadece üç yavru evrenin balıkların kan ve vücut sıvılarıyla beslendiği olağandışı yaşam geçmişleri vardır 6,7. En çok gece 8,9'da aktiftirler ve görme bir rol oynuyor gibi görünse de, konakçı bulma 10, konakçı 11,12'yi bulmak için koku alma ipuçlarına büyük ölçüde dayanır. Üç yavru besleme aşamasının her biri, tek bir konakçı balıkla beslenir ve her yem bir erime aşaması ile ayrılır. Son yemden sonra, üçüncü aşama larvaları, çoğalan ve sonra ölen beslenmeyen yetişkinlere dönüşür. Beslenmenin konakçı ile sadece kısa bir ilişki gerektirdiği göz önüne alındığında, her bir beslenme aralığı günler sürerken, gnathiidler yaşamlarının çoğunu benthos'ta serbest yaşayarak geçirirler.
Gnathiidler konakçıları çeşitli şekillerde etkiler1. Daha temiz balıklar ve müşteriler arasındaki etkileşimlerin itici gücü olarak rollerinin yanı sıra 13,14,15, gnathiidler kortizol seviyelerini artırabilir ve yetişkin balık konakçılarında hematokriti azaltabilir16 ve yüksek sayılarda ölüme bile neden olabilir 17. Yavru balıklar için, tek bir gnathiid bile ölümcül olabilir 18,19,20 ve balık hayatta kalsa bile, uzay için rekabet etme ve avcılardan kaçma kabiliyetitehlikeye girer 20,21,22. Gnathiidlerden kaçınmak, bazı resif balıklarında gece göçünün faydalarından birini bile oluşturabilir23.
Daha temiz balıklara ek olarak, gnathiid popülasyonları diğer mikro etçil balıklardan24 ve mercanlar25,26'dan etkilenebilir. Okyanus ısınması ve buna bağlı canlı mercanların kaybı, gnathiidler 27,28,29 üzerinde zıt etkilere sahip gibi görünmektedir.
Açık ekolojik önemleri ve antropojenik çevresel değişimin popülasyonları üzerindeki olası etkileri göz önüne alındığında, onları mercan resiflerinin ekolojik çalışmalarına dahil etmek için zorlayıcı nedenler vardır. Bununla birlikte, benzersiz yaşam öyküleri ve onları inceleyen az sayıda araştırmacı, araştırma için onları toplamak için güvenilir, tekrarlanabilir örnekleme yöntemlerinin geliştirilmesi, uygulanması ve yayılması için bir engel oluşturmaktadır.
Işık tuzakları, geceleri küçük deniz organizmalarını toplamak için uzun zamandır kullanılmaktadır30,31. Eklembacaklılar da dahil olmak üzere gece aktif birçok organizmanın ışığa çekilmesinden yararlanırlar ve buna dayanırlar. Geleneksel olarak, su sütunu30'daki planktonik organizmaları toplamak için kullanılmıştır. Bununla birlikte, temel ilkeler, benthos yakınında aktif olan serbest yüzme organizmalarını toplamak için uygulanabilir. Burada, Filipinler gibi uzak mercan resifi ortamlarında okyanus dibine yakın gnathiid izopodlarının serbest yaşam aşamalarını toplamak için uyarlanmış bir ışık yakalama yöntemi sunuyoruz. Uzak bölgelerde toplama için, bu ışık tuzakları (Şekil 1), bu organizmaları toplamak için geliştirilen diğer yöntemlere göre bazı avantajlar sunar32. Son derece taşınabilir ve dayanıklıdırlar, kolayca elde edilebilen ve ucuz olan sadece üç parça gerektirirler. Ayrıca, konuşlandırıldıklarında tamamen deniz suyuyla dolduruldukları için negatif olarak yüzdürücüdürler. Çekim için ışığa bağımlı olduklarından, sadece geceleri gece aktif türlerin toplanmasında etkilidirler. Ayrıca, hedef türlerden daha fazlasını çekerler ve hedef organizmaları elde etmek için örneklerin diseksiyon kapsamı altında sıralanmasını gerektirirler. Ekibimiz ve işbirlikçilerimiz tarafından şimdiye kadar dünya çapında mercan resif sistemlerinde gnathiidleri toplamak için üç yöntem kullanılmıştır32. Bunlar arasında ortaya çıkma tuzakları, canlı balık yemi tuzakları ve her biri avantajları ve sınırlamaları olan ışık tuzakları bulunur.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Buckets, small sample containers</td>
			<td></td>
			<td>hardware store</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Funnels</td>
			<td>Supplier No. 2209-03</td>
			<td>Funnels: AMERICAN SCIENTIFIC LLC SE&#160;-&#160;75 mm (3&#8221;)&#160;</td>
			<td>https://us.vwr.com/store/product/8884369/plastic-funnels</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Main body of light traps (made from commercially available PVC sanitarty pipes)</td>
			<td>(SKU 145640)&#160;</td>
			<td>Alasco Sanitary uPVC Pipes Series 1000 107mm/4&#39;&#160;</td>
			<td>https://alascopvcpipes.com/product/alasco-standard-sanitary-upvc-pipe-series-1000/.&#160; This brand can be found in the Philippines. Other simular brands can also be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Modeling clay&#160;</td>
			<td></td>
			<td>Can be found in art suppliy and childreans toy stores</td>
			<td>To seal the funnel after retreival</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plankton mesh (50-100 &#181;m)</td>
			<td></td>
			<td>any reputable brand and source</td>
			<td>https://www.adkinstruments.in/products/plankton-nets-in-various-mesh-size-1633936883</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Screw on lids for the light trap</td>
			<td></td>
			<td>Alasco&#160; Sanitary &#160;Clean-Out&#160; 4&#34;</td>
			<td>https://alascopvcpipes.com/product/alasco-standard-sanitary-upvc-clean-out/. This brand can be found in the Philippines. Other simular brands can also be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scuba/snorkel equipment</td>
			<td></td>
			<td>any reputable brand and source</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stereo-microscopes</td>
			<td></td>
			<td>Scientific suppliers</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Underwater touches</td>
			<td></td>
			<td>Princeton Tec Ecoflare or&#160;Fantasea Nanospotter 6023</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

collecting marine gnathiid isopod fish parasites with light traps

Işık tuzakları kullanılarak deniz gnathiid izopod balık parazitlerini toplamak için bir yöntem sunulmaktadır. Gnathiid izopodları, çoğunlukla geceleri konakçı balıklardan kan ve sıvı ile beslenen önemli bir deniz balığı parazit grubudur. Karadaki keneler ve sivrisinekler gibi, sadece geçici olarak ev sahipleriyle ilişki kurarlar ve hayatlarının çoğunu benthos'ta özgürce yaşayarak geçirirler. Yüksek hareketlilikleri ve konakçılarla geçici ve ağırlıklı olarak gece ilişkileri göz önüne alındığında, serbest yaşayan konakçıları yakalayarak kolayca toplanamazlar. Bununla birlikte, su altı ışık kaynaklarına kolayca çekilirler ve bu da onları ışık tuzaklarında toplama fırsatı yaratır. Burada, gnathiid izopodlarının serbest yaşam aşamalarını toplamak için özel olarak uyarlanmış ışık tuzaklarının konuşlandırılması ve işlenmesinde yer alan tasarım ve bireysel adımlar özetlenmiştir. Numune sonuçları ve çeşitli farklı örnekleme ihtiyaçları için temel protokolün olası modifikasyonları sunulmakta ve tartışılmaktadır.

Orta Filipinler'de örnekleme için, ana hatlarıyla belirtilen tuzak tasarımı (Şekil 1) kullanılmıştır. Bir gecede 36 tuzak kurulduğunda (bir bölgede), tuzak başına 1 ila 1343 gnathiid (275 ± 54) toplandı. Bunlar hem beslenen hem de beslenmeyen çocuk evrelerini içeriyordu (Şekil 2; Tablo 1, 2). Bu sonuçlar, çalışma koşulları altında gnathiid izopodlarının toplanmasında ışık tuzaklarının etkinliğini göstermektedi...

Watch this Scientific Journal Video about Collecting Marine Gnathiid Isopod Fish Parasites with Light Traps at JoVE.com

Collecting Marine Gnathiid Isopod Fish Parasites with Light Traps

Deniz gnathiid izopod balık parazitlerini nefes tutma dalışı veya tüplü dalış yoluyla saha alanlarına yerleştirilen ışık tuzaklarını kullanarak toplamak için bir yöntem sunuyoruz.

Deniz Gnathiid İzopod Balık Parazitlerinin Işık Tuzakları ile Toplanması

A method to collect marine gnathiid isopod fish parasites with the use of light traps is presented. Gnathiid isopods are a major group of marine fish ...

Paraziter kabuklular, resif balıklarının ekolojisinde ve yaşam tarihinde önemli faktörlerdir. Ev sahiplerinden çıkardıkları biyokütle ve enerji ile önemli ve davranışları, fizyolojiyi ve hayatta kalmayı etkiliyor. Gnathiid izopod kabukluları, tropikal ve subtropikal resif sistemlerinde hem bol hem de çeşitli oldukları ve daha temiz balıkların birincil besin maddesi oldukları en belirgin balık paraziti grubunu temsil eder.Gnathiidler, sadece üç yavru aşamanın balıkların kan ve vücut sıvılarıyla beslendiği, yetişkin aşamasında ise artık beslenmedikleri olağandışı yaşam geçmişlerine sahiptir. Beslenmenin konakçı ile sadece kısa bir ilişki gerektirdiği göz önüne alındığında, her bir beslenme aralığı son günlerdeyken, Gnathiidler hayatlarının çoğunu benthos'ta serbest yaşayarak geçirirler. Gnathiidlerin konakçılarını etkilediği birçok yol göz önüne alındığında, onları mercan resiflerinin ekolojik çalışmalarına dahil etmek için zorlayıcı nedenler vardır.Bununla birlikte, benzersiz yaşam öyküleri ve onları inceleyen az sayıda araştırmacı, araştırma için onları toplamak için güvenilir tekrarlanabilir örnekleme yöntemlerinin geliştirilmesi, uygulanması ve yayılması için bir engel oluşturmaktadır. Işık tuzakları, geceleri küçük deniz organizmalarını toplamak için uzun zamandır kullanılmaktadır. Eklembacaklılar da dahil olmak üzere gece aktif birçok organizmanın ışığa çekilmesinden yararlanırlar ve buna dayanırlar.Geleneksel olarak, su sütununda planktonik organizmaları toplamak için kullanılmıştır. Bununla birlikte, temel ilkeler, benthos yakınında aktif olan serbest yüzme organizmalarını toplamak için uygulanabilir. Burada, Filipinler gibi uzak mercan resif ortamlarında okyanus dibine yakın Gnathiid izopodlarının serbest yaşam aşamalarını toplamak için uyarlanmış bir ışık yakalama yöntemi sunuyoruz.Uzak bölgelerin toplanmasında, bu tuzaklar, bu organizmaları toplamak için geliştirilen diğer yöntemlere göre bazı avantajlar sunar. Son derece taşınabilir ve dayanıklıdırlar ve kolayca elde edilebilen ve ucuz olan sadece üç parça gerektirirler. Ayrıca negatif olarak yüzdürücüdürler.Çekim için ışığa bağımlı oldukları için, sadece geceleri gece aktif türleri toplamak için etkilidirler. Ayrıca, hedef organizmaları elde etmek için örneklerin diseksiyon mikroskobu altında sıralanmasını gerektiren hedef türlerden daha fazlasını çekerler. Işık tuzakları. İnşaat.Işık tuzakları en iyi şekilde orijinal olarak sıhhi tesisat amacıyla tasarlanmış ticari PVC borulardan yapılmıştır. 30 ila 40 santimetre uzunluğunda kesilmiş 20 ila 25 santimetre çapında PVC kullanın. Tüpün her iki ucuna, açıklığın ortasına yerleştirilmiş şeffaf akrilik hunilere sahip PVC kapaklar ekleyin ve şeffaf epoksi yapıştırıcı ile yerine yapıştırın.Borunun bir ucunda, aksi takdirde çıkarılabilir kapakta bir vida bulunduğundan ve tuzak kapatıldığında her iki ucun da su geçirmez olduğundan emin olun. Işık kaynağı. Konuşlandırmadan önce, Fantasea nano spotter 6023 gibi bir su altı meşalesi açılmalı ve şeffaf huniye bakan tüpe yerleştirilmelidir, böylece su altı meşalesinden gelen ışık tüpün bir tarafının önündeki dışını aydınlatır.Işık, Gnathiidler de dahil olmak üzere çeşitli küçük gece organizmalarını çeker ve onları berrak huni ile tüpe yüzmeye yönlendirir. Tüpe girdikten sonra, ışık tuzağının geometrisi ve bir ışık kaynağının devam eden varlığı nedeniyle kaçamazlar. Yerleştirme. Işık tuzaklarını ışık açıkken ve deniz suyuyla doldurun ve her iki ucunu da sabitleyin.Deniz tabanındaki tuzakları, mercan kafalarının veya balıkları çektiği bilinen diğer karmaşık yapıların yanındaki kuma veya molozlara yerleştirin. Işık konisini içeriye doğru balıkların toplandığı alanlara doğru odaklayın. Sığ sularda, tuzaklar nefes tutma dalışı ile yerleştirilebilir.Daha derin dağıtım tüplü dalış gerektirir. Alma. Işıkların pillerinin süresi dolduğunda ve ışık artık yanmadığında organizmalar tuzakta kalacaktır. Bu, tuzakların alındığı sürede esneklik sağlar.Tuzağı almadan hemen önce, tüpün her iki ucundaki her iki huninin açıklıklarını, tüm deniz suyunu ve içerdiği organizmaları içeride tutarak bir parça kil veya kauçuk tıpa sızdırmazlığı ile kapatın. Taşıma. Tuzaklar dipten alındıktan sonra, dalgıçlar tarafından bir tekneye taşınabilir veya karaya yüzebilirler. Bununla birlikte, tuzakları okyanustan çıkarıldıktan sonra ortam deniz suyu sıcaklığına mümkün olduğunca yakın tutmak en iyisidir.Okyanustan çıkarıldıktan sonra gaz veya su değişimi olmayacağından, mümkün olan en kısa sürede işlenmek üzere laboratuvara taşıyın. Laboratuvar işlemleri. Örneklerin depolanması ve filtrelenmesi.Bir ışık tuzağı okyanustan çıkarıldıktan ve laboratuvara geri getirildikten sonra, içeriklerini tatlı deniz suyu ile kovalara boşaltın. Filtrelemeye kadar organizmaları canlı tutmak için havalandırma ekleyin. Kovanın içeriğini, 50 ila 100 UM plankton ağ ile kaplı bir huniden dökerek filtreleyin.Ardından içeriği yüz mililitrelik tatlı deniz suyu kabına boşaltın. Numunenin alikotlarını mikroskopi için bir Petri kabına yerleştirmek üzere bu küçük kaptan çekmek için bir pipet kullanın. Numunenin tamamı işlenene kadar bu işlemi tekrarlayın.Gnathiid izopod tanımlama ve yetiştirme. Işık tuzağı örnekleri birden fazla küçük omurgasız türünü çekeceğinden, Gnathiids izopodlarını tanımlamak ve çıkarmak için numuneler dikkatlice taranmalıdır. 10 ila 20 kat büyütme bu görev için en iyisidir.Gnathiidleri aile düzeyinde tanımlamak, canlı örnekler gerektirmez. Bununla birlikte, nadiren ışık tuzaklarına yakalanan yetişkin Gnathiidler, morfolojik tür kimliği ve üreme için gereklidir. Bu nedenle, Gnathiidlerin yetiştirme konusunda canlı tutulması gereken durumlarda, onları bir pipetle yavaşça çıkarın ve küçük plastik tatlı deniz suyu kaplarına yerleştirin.Temsili sonuçlar. Orta Filipinler'deki örnekleme, anahat tuzağı tasarımı, tuzaklar bir gecede kurulduğunda kullanıldı. Tuzak başına bir ila 1.343 Gnathiid toplandı.Bunlar hem beslenen hem de beslenmeyen çocuk aşamalarını içeriyordu. Bu sonuçlar, çalışma koşulları altında Gnathiid izopodlarının toplanmasında ışık tuzaklarının etkinliğini açıkça göstermektedir. Gnathiid toplama için bu yöntem, çeşitli saha alanları ve bilimsel sorular için etkili ve yeterince esnektir.Örneğin, Artim ve arkadaşları tarafından 2020 yılında Karayipler'de yapılan bir çalışmada, Gnathiid bolluğunda mercan örtüsünü ve balık biyokütlesini ölçmek için ışık tuzakları kullandılar. Son. Gnathiidleri toplamak için başka teknikler geliştirilmiş ve kullanılmış olsa da, bu teknik özellikle etkilidir. Burada tarif edilen ışık tuzakları çok çeşitli küçük mobil omurgasızları çekerken, bu yan yakalamanın bileşimi oldukça değişkendir.Bununla birlikte, moloz ve balık içeren habitatlara yerleştirildiğinde, Gnathiidler sürekli olarak yakalanır. Bu gösteri çalışması Filipinler'deki sitelere odaklanmış olsa da, benzer bir tasarıma sahip tuzaklar Karayipler bölgesindeki ve Büyük Bariyer Resifi'ndeki sitelerdeki çalışmalar için de başarıyla kullanılmıştır.

collecting-marine-gnathiid-isopod-fish-parasites-with-light-traps

Research

JoVE Journal

Biology

Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers

The degree to which planktonic microbes can exploit microscale resource patches will have considerable implications for oceanic trophodynamics and biogeochemical flux. However, to take advantage of nutrient patches in the ocean, swimming microbes must overcome the influences of physical forces including molecular diffusion and turbulent shear, which will limit the availability of patches and the ability of bacteria to locate them. Until recently, methodological limitations have precluded direct examinations of microbial behaviour within patchy habitats and realistic small-scale flow conditions. Hence, much of our current knowledge regarding microbial behaviour in the ocean has been procured from theoretical predictions. To obtain new information on microbial foraging behaviour in the ocean we have applied soft lithographic fabrication techniques to develop 2 microfluidic devices, which we have used to create (i) microscale nutrient patches with dimensions and diffusive characteristics relevant to oceanic processes and (ii) microscale vortices, with shear rates corresponding to those expected in the ocean. These microfluidic devices have permitted a first direct examination of microbial swimming and chemotactic behaviour within a heterogeneous and dynamic seascape. The combined use of epifluorescence and phase contrast microscopy allow direct examinations of the physical dimensions and diffusive characteristics of nutrient patches, while observing the population-level aggregative response, in addition to the swimming behaviour of individual microbes. These experiments have revealed that some species of phytoplankton, heterotrophic bacteria and phagotrophic protists are adept at locating and exploiting diffusing microscale resource patches within very short time frames. We have also shown that up to moderate shear rates, marine bacteria are able to  fight the flow  and swim through their environment at their own accord. However, beyond a threshold high shear level, bacteria are aligned in the shear flow and are less capable of swimming without disturbance from the flow. Microfluidics represents a novel and inexpensive approach for studying aquatic microbial ecology, and due to its suitability for accurately creating realistic flow fields and substrate gradients at the microscale, is ideally applicable to examinations of microbial behaviour at the smallest scales of interaction.  We therefore suggest that microfluidics represents a valuable tool for obtaining a better understanding of the ecology of microorganisms in the ocean.

The fabrication of microfluidic channels and their implementation in experiments for studying the chemotactic foraging behaviour of marine microbes within a patchy nutrient seascape and the swimming behaviour of bacteria within shear flow are described.

Mikro Ölçekli Besin Katmanlar Deniz Mikro-organizmalar kemotaktik Tepki

The degree to which planktonic microbes can exploit microscale resource patches will have considerable implications for oceanic trophodynamics and ...

Biyoloji

Presynaptically Silent Synapses Studied with Light Microscopy

Synaptic plasticity likely underlies the nervous system's ability to learn and remember and may also represent an adaptability that prevents otherwise damaging insults from becoming neurotoxic.  We have been studying a form of presynaptic plasticity that is interesting in part because it is expressed as a digital switching on and off of a presynaptic terminal s ability to release vesicles containing the neurotransmitter glutamate.  Here we demonstrate a protocol for visualizing the activity status of presynaptic terminals in dissociated cell cultures prepared from the rodent hippocampus.  The method relies on detecting active synapses using staining with a fixable form of the styryl dye FM1-43, commonly used to label synaptic vesicles.  This staining profile is compared with immunostaining of the same terminals with an antibody directed against the vesicular glutamate transporter 1 (vGluT-1), a stain designed to label all glutamate synapses regardless of activation status.   We find that depolarizing stimuli induce presynaptic silencing.  The population of synapses that is silent under baseline conditions can be activated by prolonged electrical silencing or by activation of cAMP signaling pathways.

Glutamatergic synapses can switch from an active mode to a silent mode. We demonstrate that presynaptic activity status in dissociated culture of rodent neurons is visualized using a fixable form of the FM1-43 dye to visualize active synapses and immunostaining with vGluT-1 antibody to visualize all glutamate synapses.

Işık Mikroskop ile İncelenen Presynaptically Sessiz Sinapslar

Synaptic plasticity likely underlies the nervous system's ability to learn and remember and may also represent an adaptability that prevents otherwise ...

DNA-based Fish Species Identification Protocol

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. This versatile method employs PCR amplification of genomic DNA extracted from fish samples, followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis to generate fragment patterns that can be resolved on the Agilent 2100 Bioanalyzer and matched to the correct species using RFLP pattern matching software.
The fish identification method uses a simple, reliable, spin column- based protocol to isolate DNA from fish samples. The samples are treated with proteinase K to release the nucleic acids into solution. DNA is then isolated by suspending the sample in binding buffer and loading onto a micro- spin cup containing a silica- based fiber matrix. The nucleic acids in the sample bind to the fiber matrix. The immobilized nucleic acids are washed to remove contaminants, and total DNA is recovered in a final volume of 100 &mu;l. The isolated DNA is ready for PCR amplification with the provided primers that bind to sequences found in all fish genomes. The PCR products are then digested with three different restriction enzymes and resolved on the Agilent 2100 Bioanalyzer. The fragment lengths produced in the digestion reactions can be used to determine the species of fish from which the DNA sample was prepared, using the RFLP pattern matching software containing a database of experimentally- derived RFLP patterns from commercially relevant fish species.

This publication describes how to use the Agilent Fish Species Identification System to identify the species of a fish by extracting DNA and performing PCR and RFLP analysis.

DNA tabanlı Balık Türleri Tanımlama Protokolü

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to the histological and morphological development of vertebrate embryos. In particular, the use of chimeric embryos has established the importance of neural crest in directing the species-specific morphology of the craniofacial complex. The method described herein utilizes two avian species, duck and quail, with remarkably different craniofacial morphology. This method greatly facilitates the investigation of molecular and cellular regulation of species-specific pattern in the craniofacial complex.&#160;Experiments in quail and duck chimeric embryos have already revealed neural crest-mediated tissue interactions and cell-autonomous behaviors that regulate species-specific pattern in the craniofacial skeleton, musculature, and integument. The great diversity of neural crest derivatives suggests significant potential for future applications of the quail-duck chimeric system to understanding vertebrate development, disease, and evolution.

This article describes a method to generate chimeric embryos that are&#160;designed to test the species-specific contributions of neural crest and/or other tissues to craniofacial development.

Bıldırcın-ördek Chimeras kullanma Kraniyofasiyal Kalkınma için Türlere özgü Katılımlar değerlendirilmesi

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Preparation and Observation of Thick Biological Samples by Scanning Transmission Electron Tomography

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It also describes an imaging method for studying the 3D structure of thick biological specimens by scanning transmission electron tomography. The sample preparation protocol is based on conventional methods in which the sample is fixed using chemical agents, treated with a heavy atom salt contrasting agent, dehydrated in a series of ethanol baths, and embedded in resin. The specific imaging conditions for observing thick samples by scanning transmission electron microscopy are then described. Sections of the sample are observed using a through-focus method involving the collection of several images at various focal planes. This enables the recovery of in-focus information at various heights throughout the sample. This particular collection pattern is performed at each tilt angle during tomography data collection. A single image is then generated, merging the in-focus information from all the different focal planes. A classic tilt-series dataset is then generated. The advantage of the method is that the tilt-series alignment and reconstruction can be performed using standard tools. The collection of through-focal images allows the reconstruction of a 3D volume that contains all of the structural details of the sample in focus.

This report describes a sample preparation protocol and specific imaging conditions for performing scanning transmission electron tomography of thick biological specimens.

Tarama Transmisyon Elektron Tomografi ile hazırlanması ve Kalın Biyolojik Örneklerinin Gözlem

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It ...

Analysis of the Gap Junction-dependent Transfer of miRNA with 3D-FRAP Microscopy

Small antisense RNAs, like miRNA and siRNA, play an important role in cellular physiology and pathology and, moreover, can be used as therapeutic agents in the treatment of several diseases. The development of new, innovative strategies for miRNA/siRNA therapy is based on an extensive knowledge of the underlying mechanisms. Recent data suggest that small RNAs are exchanged between cells in a gap junction-dependent manner, thereby inducing gene regulatory effects in the recipient cell. Molecular biological techniques and flow cytometric analysis are commonly used to study the intercellular exchange of miRNA. However, these methods do not provide high temporal resolution, which is necessary when studying the gap junctional flux of molecules. Therefore, to investigate the impact of miRNA/siRNA as intercellular signaling molecules, novel tools are needed that will allow for the analysis of these small RNAs at the cellular level. The present protocol describes the application of three-dimensional fluorescence recovery after photobleaching (3D-FRAP) microscopy to elucidating the gap junction-dependent exchange of miRNA molecules between cardiac cells. Importantly, this straightforward and non-invasive live-cell imaging approach allows for the visualization and quantification of the gap junctional shuttling of fluorescently labeled small RNAs in real time, with high spatio-temporal resolution. The data obtained by 3D-FRAP confirm a novel pathway of intercellular gene regulation, where small RNAs act as signaling molecules within the intercellular network.

Here, we describe the application of three-dimensional fluorescence recovery after photobleaching (3D-FRAP) for the analysis of the gap junction-dependent shuttling of miRNA. In contrast to commonly applied methods, 3D-FRAP allows for the quantification of the intercellular transfer of small RNAs in real time, with high spatio-temporal resolution.

3D-FRAP Mikroskopisi ile Gap Birleşimine Bağlı MiRNA Transferinin Analizi

Small antisense RNAs, like miRNA and siRNA, play an important role in cellular physiology and pathology and, moreover, can be used as therapeutic agents ...

Assessing Mineral Availability in Fish Feeds using Complementary Methods Demonstrated with the Example of Zinc in Atlantic Salmon

Assessing the availability of dietary micro-minerals is a major challenge in mineral nutrition of fish species. The present article aims to describe a systematic approach combining different methodologies to assess the availability of zinc (Zn) in Atlantic salmon (Salmo salar). Considering that several Zn chemical species can be present in an Atlantic salmon feed, it was hypothesised that Zn availability is influenced by the Zn chemical species present in the feed. Thus, in this study, the first protocol is about how to extract the different Zn chemical species from the feed and to analyze them by a size exclusion chromatography-inductively coupled plasma mass spectroscopy (SEC-ICP-MS) method. Subsequently, an in vitro method was developed to evaluate the solubility of dietary Zn in Atlantic salmon feeds. The third protocol describes the method to study the impact of changing Zn chemical species composition on the uptake of Zn in a fish intestinal epithelial model using a rainbow trout gut cell line (RTgutGC). Together, the findings from the in vitro methods were compared with an in vivo study examining the apparent availability of inorganic and organic sources of Zn supplemented to Atlantic salmon feeds. The results showed that several Zn chemical species can be found in feeds and the efficiency of an organic Zn source depends very much on the amino acid ligand used to chelate Zn. The findings of the in vitro methods had less correlation with that outcome of the in vivo study. Nevertheless, in vitro protocols described in this article provided crucial information regarding Zn availability and its assessment in fish feeds.

This article explains in detail a systematic approach to assess micro-mineral availability in Atlantic salmon. The methodology includes tools and models with increasing biological complexity: (1) chemical speciation analysis, (2) in vitro solubility, (3) uptake studies in cell lines, and (4) in vivo fish studies.&#160;

Atlantik Somonunda Çinko Örneğiyle Gösterilen Tamamlayıcı Yöntemler Kullanılarak Balık Yemlerinde Mineral Kullanılabilirliğinin Değerlendirilmesi

Assessing the availability of dietary micro-minerals is a major challenge in mineral nutrition of fish species. The present article aims to describe a ...

Nucleofection and In Vivo Propagation of Chicken Eimeria Parasites

Transfection is a technical process through which genetic material, such as DNA and double-stranded RNA, are delivered into cells to modify the gene of interest. Currently, transgenic technology is becoming an indispensable tool for the study of Eimeria, the causative agents of coccidiosis in poultry and livestock. This protocol provides a detailed description of stable transfection in eimerian parasites: purification and nucleofection of sporozoites or second-generation merozoites, and in vivo propagation of transfected parasites. Using this protocol, we achieved transfection in several species of Eimeria. Taken together, nucleofection is a useful tool to facilitate genetic manipulation in eimerian parasites.

Nucleofection and In Vivo Propagation of Chicken Eimeria Parasites

Here, we provided a method to achieve stable transfection of chicken Eimeria parasites by nucleofecting sporozoites or second-generation merozoites. Genetically modified eimerian parasites expressing heterologous antigenic genes could be used as vaccine delivery vehicles.

Tavuk Eimeria Parazitlerinin Nükleofeksiyon uyup In Vivo Propagation

Transfection is a technical process through which genetic material, such as DNA and double-stranded RNA, are delivered into cells to modify the gene of ...

Apoptosis Induction and Detection in a Primary Culture of Sea Cucumber Intestinal Cells

Primary cultured cells are used in a variety of scientific disciplines as exceptionally important tools for the functional evaluation of biological substances or characterization of specific biological activities. However, due to the lack of universally applicable cell culture media and protocols, well described cell culture methods for marine organisms are still limited. Meanwhile, the commonly occurring microbial contamination and polytropic properties of marine invertebrate cells further impede the establishment of an effective cell culture strategy for marine invertebrates. Here, we describe an easy-to-handle method for culturing intestinal cells from sea cucumber Apostichopus japonicus; additionally, we provide an example of in vitro apoptosis induction and detection in primary cultured intestinal cells. Moreover, this experiment provides details about the appropriate culture medium and cell collection method. The described protocol is compatible with a variety of widely available tissue samples from marine organisms including Echinodermata, Mollusca, and Crustacea, and it can provide sufficient cells for multiple in vitro experimental applications. This technique would enable researchers to efficiently manipulate primary cell cultures from marine invertebrates and to facilitate the functional evaluation of targeted biological materials on cells.

This protocol provides an easy-to-handle method to culture the intestinal cells from sea cucumber Apostichopus japonicus and is compatible with a variety of widely available tissue samples from marine organisms including Echinodermata, Mollusca, and Crustacea.

Deniz Hıyar Bağırsak Hücrelerinin Birincil Kültüründe Apoptosis İndüksiyon uyupve tayini

Primary cultured cells are used in a variety of scientific disciplines as exceptionally important tools for the functional evaluation of biological ...

A Bacterial Oral Feeding Assay with Antibiotic-Treated Mosquitoes

The mosquito midgut harbors a highly dynamic microbiome that affects the host metabolism, reproduction, fitness, and vector competence. Studies have been conducted to investigate the effect of gut microbes as a whole; however, different microbes could exert distinct effects toward the host. This article provides the methodology to study the effect of each specific mosquito gut microbe and the potential mechanism.
This protocol contains two parts. The first part introduces how to dissect the mosquito midgut, isolate cultivable bacteria colonies, and identify bacteria species. The second part provides the procedure to generate antibiotic-treated mosquitoes and reintroduce one specific bacteria species.

This article presents a protocol to investigate the effect of individual mosquito gut bacteria, including isolation and identification of mosquito midgut cultivable microbes, antibiotic depletion of mosquito gut bacteria, and reintroduce one specific bacteria species.

Antibiyotik Tedavi Sivrisinekler ile Bakteriyel Oral Beslenme Tsay

The mosquito midgut harbors a highly dynamic microbiome that affects the host metabolism, reproduction, fitness, and vector competence. Studies have been ...