Name: network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia
Uploaded: 2023-04-07T14:10:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

تم دعم هذا البحث من قبل فريق تطوير المنتجات والابتكار في TCM Health Conservation and Rehabilitation (2022C005) والبحث حول تكامل الأعمال الجديدة عبر الحدود ل "الحفاظ على الصحة وإعادة التأهيل +".

تم إجراء جميع الإجراءات التي تنطوي على التعامل مع الحيوانات وفقا لدليل جامعة تشنغدو للطب الصيني التقليدي لرعاية واستخدام المختبر وتمت الموافقة عليها من قبل لجنة الأخلاقيات المؤسسية بجامعة تشنغدو للطب الصيني التقليدي (رقم البروتوكول 2020-36). تم استخدام ذكور C57BL / 6 الفئران (20 ± 2 جم) في هذه الد?...

في السنوات الأخيرة ، كان معدل الإصابة بفرط شحميات الدم في ازدياد ، ويرجع ذلك أساسا إلى عادات الأكل غير الصحية على المدى الطويل. الطب الصيني التقليدي ومكوناته الكيميائية لها أنشطة دوائية مختلفة ، والتي تمت دراستها على نطاق واسع في السنوات الأخيرة37,38. FP هو نو?...

فرط شحميات الدم هو مرض استقلابي شائع له آثار خطيرة على صحة الإنسان ، وهو أيضا عامل الخطر الرئيسي لأمراض القلب والأوعية الدموية1. في الآونة الأخيرة ، كان هناك اتجاه هبوطي مرتبط بالعمر لهذا المرض ، وأصبح الشباب أكثر عرضة بسبب أنماط الحياة غير المنتظمة طويلة الأجل وعادات الأكل غير الصحية2. في العيادة ، تم استخدام العديد من الأدوية لعلاج فرط شحميات الدم. على سبيل المثال ، واحدة من الأدوية الأكثر استخداما للمرضى الذين يعانون من فرط شحميات الدم واضطرابات تصلب الشرايين ذات الصلة هي العقاقير المخفضة للكوليسترول. ومع ذلك ، فإن الاستخدام طويل الأمد للعقاقير المخفضة للكوليسترول له آثار جانبية لا يمكن إهمالها ، مما يؤدي إلى سوء التشخيص ، مثل عدم تحمل ، ومقاومة العلاج ، والأحداث الضائرة 3,4. أصبحت أوجه القصور هذه آلاما إضافية لمرضى فرط شحميات الدم. لذلك ، ينبغي اقتراح علاجات جديدة لفعالية مستقرة لخفض الدهون وآثار جانبية أقل.
يستخدم الطب الصيني التقليدي (TCM) على نطاق واسع لعلاج الأمراض بسبب فعاليته الجيدة وآثاره الجانبية القليلة5. Fructus Phyllanthi (FP) ، الفاكهة المجففة من Phyllanthus emblica Linn. (المعروف شعبيا باسم أملا التوت أو عنب الثعلب الهندي) ، هو دواء مشهور ومواد غذائية متماثلة من الأدوية الصينية والهندية التقليدية 6,7. تم استخدام هذا الدواء لإزالة الحرارة وتبريد الدم وتعزيز الهضم ، وفقا لنظريات الطب الصيني التقليدي8. أظهرت الدراسات الدوائية الحديثة أن FP غني بالمركبات النشطة بيولوجيا مثل أحماض الغال والأحماض الإيلاجية والكيرسيتين9 ، المسؤولة عن مجموعة من الخصائص البيولوجية متعددة الأوجه ، من خلال العمل كمضاد للأكسدة ، ومضاد للالتهابات ، وحماية الكبد ، ومضاد لنقص شحميات الدم ، وما إلى ذلك10. أظهرت الأبحاث الحديثة أيضا أن FP يمكن أن ينظم بشكل فعال نسبة الدهون في الدم للمرضى الذين يعانون من فرط شحميات الدم. على سبيل المثال ، أظهر Variya et al.11 أن عصير الفاكهة FP ومكونه الكيميائي الرئيسي لحمض الغال يمكن أن يقلل من نسبة الكوليسترول في البلازما ويقلل من تسلل الزيت في الكبد والشريان الأورطي. كانت الفعالية العلاجية مرتبطة بتنظيم FP في زيادة التعبير عن مستقبلات ألفا المنشطة بتكاثر البيروكسيسوم وتقليل النشاط الشحمي الكبدي. ومع ذلك ، ينبغي إجراء مزيد من التحقيق في الآلية الأساسية ل FP في تحسين فرط شحميات الدم ، لأن مكوناته النشطة بيولوجيا واسعة جدا. سعينا لاستكشاف الآلية المحتملة للفعالية العلاجية ل FP ، والتي قد تكون مفيدة لمزيد من التطوير والاستفادة من هذا الدواء.
حاليا ، يعتبر علم الصيدلة الشبكي تقنية شاملة وفعالة لدراسة الآلية العلاجية للطب الصيني التقليدي. بدلا من البحث عن جينات واحدة مسببة للأمراض وعقاقير تعالج هدفا فرديا فقط ، يتم إنشاء شبكة كاملة من مكونات الأدوية والجينات والأمراض للعثور على آلية متعددة الأهداف للدواء متعدد المكونات فيما يتعلق بعلاجهم الشامل12. هذه التقنية مناسبة بشكل خاص للطب الصيني التقليدي ، حيث أن تركيباتها الكيميائية ضخمة. لسوء الحظ ، لا يمكن استخدام علم الأدوية الشبكي إلا للتنبؤ بالأهداف المتأثرة بالمكونات الكيميائية من الناحية النظرية. يجب ملاحظة المستقلبات الداخلية في نموذج المرض للتحقق من فعالية علم الأدوية الشبكي. تعد طريقة الأيض ، التي تظهر مع تطور بيولوجيا الأنظمة ، أداة مهمة لرصد التغيرات في المستقلبات الداخلية13. تعكس التغييرات في المستقلبات تغيرات الحالة المستقرة للمضيف ، وهو أيضا مؤشر مهم لدراسة الآلية الداخلية. نجح بعض الباحثين في دمج علم الأدوية الشبكي والأيض لاستكشاف آلية التفاعل بين الأدوية والأمراض14,15.
تستكشف هذه المقالة الأساس الميكانيكي ل FP ضد فرط شحميات الدم من خلال دمج تقنيات علم الأدوية الشبكي والتمثيل الغذائي. تم تطبيق علم الأدوية الشبكي لتحليل العلاقة بين المكونات النشطة الرئيسية في FP والأهداف الجزيئية لفرط شحميات الدم. في وقت لاحق ، تم إجراء الأيض لمراقبة تغير المستقلبات الداخلية في النموذج الحيواني ، والتي يمكن أن تفسر إجراءات الدواء على مستوى التمثيل الغذائي. بالمقارنة مع تطبيق علم الأدوية الشبكي أو الأيض وحده ، قدم هذا التحليل المتكامل آلية بحث أكثر تحديدا وشمولا. بالإضافة إلى ذلك ، تم استخدام استراتيجية الالتحام الجزيئي لتحليل التفاعل بين المكونات النشطة والبروتينات الرئيسية. بشكل عام ، يمكن لهذا النهج المتكامل أن يعوض عن نقص الأدلة التجريبية لعلم الأدوية الشبكي وعدم وجود آلية داخلية لطريقة الأيض ، ويمكن استخدامه لتحليل الآلية العلاجية للطب الطبيعي. يظهر المخطط الانسيابي التخطيطي الرئيسي للبروتوكول في الشكل 1.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>101-3B Oven</td>
			<td>Luyue Instrument and Equipment Factory</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80312/80302 Glass Slide</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80340-1630 Cover Slip</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AccucoreTM C18 (3 mm &#215; 100 mm, 2. 6 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A998</td>
			<td>Version 1.5.6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC HSS T3 Column (2.1 mm &#215; 100 mm, 1.8 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aethanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A995</td>
			<td>Version 3.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonia Solution</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1336-21-6</td>
			<td>Version 3.9.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AutoDockTools</td>
			<td>Scripps Institution of Oceanography</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BS-240VT Full-automatic Animal Biochemical Detection System</td>
			<td>Shenzhen Mindray Bio-Medical Electronics Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytoscape</td>
			<td>Cytoscape Consortium</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DM500 Optical Microscope</td>
			<td>Leica</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DV215CD Electronic Balance</td>
			<td>Ohaus Corporation ., Ltd</td>
			<td>T15A63</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Alcohol</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A112-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hematoxylin Staining Solution</td>
			<td>Biosharp</td>
			<td>BL700B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Fat Diet</td>
			<td>ENSIWEIER</td>
			<td>202211091031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hitachi CT15E/CT15RE Centrifuge</td>
			<td>Hitachi., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Homogenizer</td>
			<td>Oulaibo Technology Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>7647-01-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-forming System</td>
			<td>LIOO</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Freezer</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Tissue Embedder</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JK-5/6 Microtome</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JT-12S Hydroextractor</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KQ3200E Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Kun Shan Ultrasonic Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A113-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Male C57BL/6 Mice</td>
			<td>&#160;SBF Biotechnology Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 2.3.2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neutral Balsam</td>
			<td>Shanghai Yiyang Instrument Co., Ltd</td>
			<td>10021190865934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure Water</td>
			<td>Guangzhou Watson&#39;s Food &#38; Beverage Co., Ltd</td>
			<td>GB19298</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyMOL</td>
			<td>DeLano Scientific LLC</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 14.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RE-3000 Rotary Evaporator</td>
			<td>Yarong Biochemical Instrument Factory ., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RM2016 Pathological Microtome</td>
			<td>Shanghai Leica Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 26.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SIMCA-P</td>
			<td>Umetrics AB</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Simvastatin</td>
			<td>Merck Sharp &#38; Dohme., Ltd</td>
			<td>14202220051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPSS</td>
			<td>International Business Machines Corporation</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TC Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A111-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TG Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A110-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UPLC-Q-Exactive Quadrupole Electrostatic Field Orbital Hydrazine High Resolution Mass Spectrometry</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Vibrator</td>
			<td>Beijing PowerStar Technology Co., Ltd.</td>
			<td>LC-Vortex-P1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1330-20-7</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia

أصبح فرط شحميات الدم عامل خطر رئيسي لأمراض القلب والأوعية الدموية وإصابات الكبد في جميع أنحاء العالم. Fructus Phyllanthi (FP) هو دواء فعال ضد فرط شحميات الدم في الطب الصيني التقليدي (TCM) ونظريات الطب الهندي ، ولكن الآلية المحتملة تتطلب مزيدا من الاستكشاف. يهدف البحث الحالي إلى الكشف عن آلية FP ضد فرط شحميات الدم بناء على استراتيجية متكاملة تجمع بين التنبؤ بعلم الأدوية الشبكي والتحقق من صحة الأيض. تم إنشاء نموذج الفئران التي يسببها نظام غذائي عالي الدهون (HFD) من خلال تقييم مستويات الدهون في البلازما ، بما في ذلك الكوليسترول الكلي (TC) والدهون الثلاثية (TG) وكوليسترول البروتين الدهني منخفض الكثافة (LDL-C) وكوليسترول البروتين الدهني عالي الكثافة (HDL-C). تم تطبيق علم الأدوية الشبكي لمعرفة المكونات النشطة ل FP والأهداف المحتملة ضد فرط شحميات الدم. تم إجراء الأيض للبلازما والكبد لتحديد المستقلبات التفاضلية والمسارات المقابلة لها بين المجموعة الطبيعية ومجموعة النموذج ومجموعة التدخل. تم بناء العلاقة بين علم الأدوية الشبكي والأيض للحصول على رؤية شاملة لعملية FP ضد فرط شحميات الدم. تم التحقق من البروتينات المستهدفة الرئيسية التي تم الحصول عليها عن طريق الالتحام الجزيئي. عكست هذه النتائج أن FP حسن مستويات الدهون في البلازما وإصابة الكبد من فرط شحميات الدم الناجم عن HFD. تم عرض حمض الغال ، كيرسيتين ، وبيتا سيتوستيرول في FP كمركبات نشطة رئيسية. تم العثور على ما مجموعه 16 وستة مستقلبات تفاضلية محتملة في البلازما والكبد ، على التوالي ، للمشاركة في الآثار العلاجية ل FP ضد فرط شحميات الدم عن طريق الأيض. علاوة على ذلك ، أشار تحليل التكامل إلى أن تأثيرات التدخل كانت مرتبطة ب CYP1A1 و AChE و MGAM ، بالإضافة إلى تعديل L-kynurenine و corticosterone و acetylcholine و raffinose ، والتي تتضمن بشكل أساسي مسار استقلاب التربتوفان. يضمن الالتحام الجزيئي أن المكونات المذكورة أعلاه التي تعمل على أهداف البروتين المرتبطة بفرط شحميات الدم لعبت دورا رئيسيا في خفض الدهون. باختصار ، قدم هذا البحث إمكانية جديدة لمنع وعلاج فرط شحميات الدم.

علم الأدوية الشبكي تم فحص ما مجموعه 18 مكونا محتملا في FP وفقا لخصائصها الدوائية والديناميكية الدوائية من قاعدة البيانات وتحليل LC-MS (يتم عرض إجمالي الكروماتوجرام الأيوني في الشكل التكميلي 1). من خلال الأدبيات ذات الصلة ، يكون محتوى حمض الغال أعلى بكثير من المكونات الأخرى ...

Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia

يصف هذا البروتوكول استراتيجية متكاملة لاستكشاف الأهداف والآليات الرئيسية ل Fructus Phyllanthi ضد فرط شحميات الدم بناء على التنبؤ بعلم الأدوية الشبكي والتحقق من الأيض.

التنبؤ بعلم الأدوية الشبكي والتحقق من صحة الأيض لآلية Fructus Phyllanthi ضد فرط شحميات الدم

Hyperlipidemia has become a leading risk factor for cardiovascular diseases and liver injury worldwide. Fructus Phyllanthi (FP) is an effective drug ...

يتضمن بحثنا تقنية تجريبية تسلسلية ويحتوي البروتوكول على هذه التفاصيل الضرورية للقراء لفهم أساليبنا. طريقتنا المتكاملة تعوض عن عيوب علم الأدوية الشبكي والأيض ، ويمكن استخدامها للتحليل التلوي العلاجي للطب الطبيعي. تستخدم هذه الطريقة لفحص المركب النشط من مكونات الشركة وبدلة الركض ذات التركيب الكيميائي الهائل ، مثل الطب الصيني التقليدي.للبدء ، حدد المكونات النشطة والأهداف الرئيسية من خلال البحث عن الكلمة الرئيسية phyllanthi fructus في قاعدة بيانات علم الأدوية لأنظمة الطب الصيني التقليدي. للحصول على قائمة المكونات النشطة المرشحة وأهداف fructus phyllanthi ، أو FP ، ابحث عن الكلمة الرئيسية hyperlipidemia في قاعدة بيانات بطاقات الجينات ، وقاعدة بيانات الميراث المندلي على الإنترنت في الإنسان ، وقاعدة البيانات المستهدفة العلاجية للحصول على الأهداف المرشحة المعنية لفرط شحميات الدم. قم بتنزيل جداول بيانات أهداف المرض واحفظها في مجلد واحذف الأهداف المتكررة للحصول على قائمة أهداف فرط شحميات الدم.ثم انسخ قوائم المكونات النشطة FP وأهداف FP وأهداف فرط شحميات الدم في جدول بيانات جديد. استخدم وظيفة تحديد البيانات المكررة في شريط الأدوات للحصول على أهداف التقاطع. استيراد قائمة هدف التقاطع إلى قاعدة معارف UniProt لتوحيد أسماء الجينات والبروتينات.لإنشاء شبكة تفاعل بروتين البروتين ، الصق قائمة هدف التقاطع ل FP ضد فرط شحميات الدم في مربع حوار قائمة الأسماء في قاعدة بيانات السلسلة 11.5. حدد الإنسان العاقل في الكائنات الحية. انقر فوق بحث ثم متابعة.بمجرد توفر النتائج ، قم بتمكين العقد العالية غير المتصلة في الشبكة في الإعدادات المتقدمة. اضبط أعلى ثقة على 0.900 في الحد الأدنى من نقاط التفاعل المطلوبة. ثم انقر فوق زر التحديث.انقر فوق الصادرات في شريط العنوان وقم بتنزيل النص الجدولي القصير لشبكة تفاعل بروتين البروتين بتنسيق PNG و TSV. لإنشاء شبكة هدف مرض مكون دوائي، افتح Cytoscape 3.9.1 واستورد ملف تنسيق TSV. قم بتحسين لون عقد الشبكة وخطها وجانبها من خلال شريط الأنماط في لوحة التحكم.باستخدام وظيفة تحليل الشبكة لتحليل طوبولوجيا الشبكة ، والحصول على جينات المحور في CytoHubba في Cytoscape ، وإنشاء شبكة المرض المستهدف لمكونات الدواء. لإجراء تحليل التخصيب GO و KEGG ، افتح موارد المعلوماتية الحيوية ل Dav. انقر فوق بدء التحليل والصق القائمة المستهدفة في مربع الحوار الأيسر.حدد رمز الجين الرسمي في معرف محدد والإنسان العاقل في أنواع محددة. ثم قم بتمكين قائمة الجينات في نوع القائمة وانقر فوق إرسال القائمة. بعد ذلك ، انقر فوق تجميع التعليقات التوضيحية الوظيفية ضمن تحليل قائمة الجينات أعلاه باستخدام إحدى أدوات ديفيد.قم بتمكين مصطلح GO BP المباشر ومصطلح GO CC المباشر ومصطلح GO MF المباشر وأنطولوجيا الجينات لتحليل إثراء وظيفة GO. تمكين مسار KEGG في مسارات لتحليل إثراء مسار KEGG. انقر فوق مخطط التعليقات التوضيحية الوظيفية لعرض النتائج.استخدم برنامج SIMCA P للتحليل الإحصائي متعدد المتغيرات للقيم المتكاملة التي تم الحصول عليها من نتائج LCMS. استخدم التحليل التمييزي للمربعات الصغرى الجزئية المتعامدة ، أو OPLSDA ، لبيانات المركز المتوسط ونمذجة فئات العينة. بعد اختبار OPLSDA ، ضع في اعتبارك المستقلبات ذات الأهمية المتغيرة المتكاملة في الإسقاط ، أو قيم VIP ، أكبر من واحد وقيمة P أقل من 0.05 من اختبار T للطالب باعتبارها المستقلبات التفاضلية المحتملة.تحديد المستقلبات المضطربة والمسارات الأيضية من خلال مصادر قاعدة البيانات المفتوحة ، بما في ذلك الأيض البشري ، وموسوعة كيوتو للجينات والجينوم ، و MetaboAnalyst 5.0. تصور طرق عرض النتائج بواسطة MetaboAnalyst 5.0 ومنصة Wokong. قم بتنزيل بنية 3D لمكونات FP المحددة من قاعدة بيانات علم الأدوية لأنظمة الطب الصيني التقليدي.ابحث في أسماء المكونات في مربع البحث عن الأسماء الكيميائية وقم بتنزيل ملفات بنية 3D المقابلة بتنسيق MOL اثنين. بعد ذلك ، قم بتنزيل الهياكل البلورية للأهداف الرئيسية من قاعدة بيانات بنية بروتين أضعاف ألفا. ابحث عن الأسماء المستهدفة في مربع البحث وقم بتنزيل ملفات البنية البلورية المقابلة بتنسيق PDB.ثم قم باستيراد المكونات وملفات البنية المستهدفة إلى برنامج أدوات AutoDock. انقر فوق تحرير وحذف الماء لحذف جزيئات الماء. ثم انقر فوق تحرير الهيدروجين وأضفه لإضافة الهيدروجين.اضبط المكونات على أنها الليجند وقم بإجراء الالتحام الأعمى عن طريق تحديد الأهداف بأكملها كمستقبلات. أدخل قيمة في المربع خلف المركز والحجم لضبط المساحة المطورة حديثا ، مما يجعل من الممكن تضمين الرباط والمستقبل بالكامل. احفظ ملفات الليجند والمستقبلات بتنسيق PDBQT.استخدم AutoDock Vina لإجراء الإرساء الجزيئي. اضبط شريط المستقبل على اسم نقطة المستقبل PDBQT وشريط ligand على اسم نقطة ligand PDBQT. الحصول على الموقع الأمثل لربط الرباط بالمستقبل وتسجيل قيمة طاقة الربط في الموضع الأمثل.قم باستيراد ملفات الإرساء إلى منشئ ملفات تعريف تفاعل ليجند البروتين للحصول على نموذج النظام المرئي. قم بتنزيل ملفات النموذج بتنسيق PSC واستيرادها إلى برنامج PyMOL لإنشاء مزيد من التصور. من خلال علم الصيدلة الشبكي ، تم العثور على ما مجموعه 19 مكونا و 134 هدفا متعلقا بالمكونات ل FP.بعد مطابقة الأهداف المتعلقة ب FP مع الأهداف المتعلقة بفرط شحميات الدم ، تم تحديد 62 كأهداف محتملة ل FP ضد فرط شحميات الدم. تم بناء شبكة تفاعل البروتين البروتيني بواسطة String و Cytoscape. أشارت نتائج إثراء GO إلى أن العمليات البيولوجية ل FP والوظيفة الجزيئية ضد فرط شحميات الدم كانت مرتبطة بشكل أساسي بالتعبير الجيني وربط البروتين.أثبت إثراء KEGG أن FP يمكن أن يتدخل في استقلاب الدهون وتصلب الشرايين. تم استخدام تحليل OPLSDA لاستكشاف فصل الأيض بين مجموعات الفئران الضابطة والنظام الغذائي عالي الدهون والجرعة العالية من FP ، والتي أظهرت أن نفس عينات المجموعة متجمعة معا وعينات المجموعة المختلفة تميزت بشكل جيد. تم تحديد ما مجموعه 16 وستة مستقلبات على أنها مستقلبات تفاضلية في FP تؤثر على الفئران HFD في البلازما والكبد.أظهرت الخرائط الحرارية التي رسمها MetaboAnalyst 5.0 أن جميع المستقلبات التفاضلية في البلازما والكبد قد تغيرت في مجموعة النظام الغذائي عالي الدهون وتم عكس معظمها في مجموعة FP. تأثر استقلاب التربتوفان بشكل كبير في البلازما. تأثر استقلاب التورين والهيبوتورين بشكل كبير في الكبد.تم استيراد المستقلبات التفاضلية إلى المكون الإضافي MetScape في Cytoscape ومطابقة الجينات المحورية المحددة في علم الأدوية الشبكي لجمع شبكات جينات إنزيم التفاعل المركب. علاوة على ذلك ، تم بناء شبكة مسارات المستقلبات المستهدفة للمكونات المسكية. تم استخدام الالتحام الجزيئي لتحليل تفاعلات موقع الرباط النشط.هذه التكنولوجيا هي طريقة شاملة لبدء المكونات الوراثية الدوائية للطب الصيني التقليدي. يوفر فكرة جديدة للبحث الذي يتضمن أدوية ذات مكونات كاملة.

Research

JoVE Journal

Medicine

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain (PPOP)

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain PPOP

والنموذج التجريبي للتنبؤ ألم ما بعد العملية (PPOP)

Many women undergo cesarean delivery without problems, however some experience significant pain after cesarean section. Pain is associated with negative ...

The Application Of Permanent Middle Cerebral Artery Ligation in the Mouse

تطبيق الربط الدائم الشريان المخي الأوسط في الماوس

Focal cerebral ischemia is among the most common type of stroke seen in patients. Due to the clinical significance there has been a prolonged effort to ...

Generation of Subcutaneous and Intrahepatic Human Hepatocellular Carcinoma Xenografts in Immunodeficient Mice

جيل من تحت الجلد والخلايا الكبدية داخل الكبد سرطان Xenografts الإنسان في الفئران العوز المناعي

In  vivo experimental models of hepatocellular carcinoma (HCC) that recapitulate  the human disease provide a valuable platform for research into disease  ...

Pharmacologic Induction of Epidermal Melanin and Protection Against Sunburn in a Humanized Mouse Model

الحث الدوائية من الميلانين البشرة والحماية من حروق الشمس في نموذج انساني ماوس

Fairness of skin, UV sensitivity and skin cancer  risk all correlate with the physiologic function of the melanocortin 1  receptor, a Gs-coupled signaling ...

Network Analysis of the Default Mode Network Using Functional Connectivity MRI in Temporal Lobe Epilepsy

تحليل شبكة من وضع الشبكة الافتراضية باستخدام التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي الربط في صرع الفص الصدغي

Functional connectivity MRI (fcMRI) is an fMRI method that examines the connectivity of different brain areas based on the correlation of BOLD signal ...

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

في فيفو وفيفو السابقين المداخل لدراسة سرطان المبيض النقيلي الاستعمار من الهياكل التبانة بقعة في البريتوني الدهنية

High-grade serous ovarian cancer (HGSC), the cause of widespread peritoneal metastases, continues to have an extremely poor prognosis; fewer than 30% of ...

Network Analysis of Foramen Ovale Electrode Recordings in Drug-resistant Temporal Lobe Epilepsy Patients

تحليل شبكة الثقبة البيضوية الكهربائي تسجيلات في الفص الصدغي الصرع المرضى المقاوم للأدوية

Approximately 30% of epilepsy patients are refractory to antiepileptic drugs. In these cases, surgery is the only alternative to eliminate/control ...

Harvest of Endothelial Cells from the Balloon Tips of Swan-Ganz Catheters after Right Heart Catheterization

حصاد خلايا بطانية من تلميحات البالون من سوان-غانز القسطرة بعد قسطرة القلب الصحيح

A variety of pathologies lead to pulmonary hypertension (PH), which is defined as a mean pulmonary artery pressure exceeding 25 mmHg at rest. To further ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

أخذ العينات في الموقع واستخراج أورام المخ لتحليل الاستقلابات والدهون

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

نضح البنكرياس خارج الجسم الحي للحفاظ على الطعم الخيفي للبنكرياس قبل الزرع

Pancreas transplantation (PTx) is a curative treatment for people who live with the burden of a diagnosis of diabetes mellitus (DM). However, due to organ ...