Name: network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia
Uploaded: 2023-04-07T14:10:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

Dit onderzoek werd ondersteund door het Product Development and Innovation Team van TCM Health Preservation and Rehabilitation (2022C005) en Research on New Business Cross-border Integration of "Health Preservation and Rehabilitation+".

Alle procedures met betrekking tot de behandeling van dieren werden uitgevoerd in overeenstemming met de Chengdu University of Traditional Chinese Medicine Guide for the Care and Use of Laboratory Animals en werden goedgekeurd door de institutionele ethische commissie van de Chengdu University of Traditional Chinese Medicine (protocolnummer 2020-36). Mannelijke C57BL/6 muizen (20 ± 2 g) werden gebruikt voor deze studie. De muizen werden verkregen uit een commerciële bron (zie Tabel van Materialen)....

In de afgelopen jaren is de incidentie van hyperlipidemie toegenomen, voornamelijk als gevolg van langdurige ongezonde eetgewoonten. TCM en zijn chemische ingrediënten hebben verschillende farmacologische activiteiten, die de afgelopen jaren op grote schaal zijn bestudeerd37,38. FP is een soort fruitbron, gebruikt als medicijn en voedsel, en heeft een belangrijk potentieel voor de behandeling van hyperlipidemie. Het potentiële therapeutische mechanisme van FP t...

Hyperlipidemie is een veel voorkomende stofwisselingsziekte met ernstige gevolgen voor de menselijke gezondheid en is ook de primaire risicofactor voor hart- en vaatziekten1. Onlangs is er een neerwaartse leeftijdsgerelateerde trend voor deze ziekte en jongere mensen zijn vatbaarder geworden vanwege langdurige onregelmatige levensstijlen en ongezonde eetgewoonten2. In de kliniek zijn verschillende medicijnen gebruikt om hyperlipidemie te behandelen. Een van de meest gebruikte geneesmiddelen voor patiënten met hyperlipidemie en gerelateerde atherosclerotische aandoeningen is bijvoorbeeld statines. Langdurig gebruik van statines heeft echter bijwerkingen die niet kunnen worden verwaarloosd, wat leidt tot een slechte prognose, zoals intolerantie, behandelingsresistentie en bijwerkingen 3,4. Deze tekortkomingen zijn extra pijnen geworden voor hyperlipidemiepatiënten. Daarom moeten nieuwe behandelingen voor stabiele lipidenverlagende werkzaamheid en minder bijwerkingen worden voorgesteld.
Traditionele Chinese geneeskunde (TCM) is op grote schaal gebruikt om ziekten te behandelen vanwege de goede werkzaamheid en weinig bijwerkingen5. Fructus Phyllanthi (FP), de gedroogde vrucht van Phyllanthus emblica Linn. (in de volksmond bekend als amla-bes of Indiase kruisbes), is een beroemd medicijn en voedsel homoloog materiaal van traditionele Chinese en Indiase medicijnen 6,7. Dit geneesmiddel is gebruikt voor het opruimen van warmte, het koelen van bloed en het bevorderen van de spijsvertering, volgens TCM-theorieën8. Moderne farmacologische studies hebben aangetoond dat FP rijk is aan bioactieve verbindingen zoals galluszuren, ellaginezuren en quercetine9, die verantwoordelijk zijn voor een reeks veelzijdige biologische eigenschappen, door op te treden als een antioxidant, een ontstekingsremmer, leverbescherming, een anti-hypolipidaemische, enzovoort10. Recent onderzoek heeft ook aangetoond dat FP de bloedlipiden van patiënten met hyperlipidemie effectief kan reguleren. Variya et al.11 hebben bijvoorbeeld aangetoond dat FP-vruchtensap en het belangrijkste chemische ingrediënt van galluszuur het plasmacholesterol kunnen verlagen en olie-infiltratie in de lever en aorta kunnen verminderen. De therapeutische werkzaamheid was gerelateerd aan de regulatie van FP bij het verhogen van de expressie van peroxisoom proliferator-geactiveerde receptor-alfa en het verminderen van hepatische lipogene activiteit. Het onderliggende mechanisme van FP bij het verbeteren van hyperlipidemie moet echter verder worden onderzocht, omdat de bioactieve ingrediënten vrij uitgebreid zijn. We probeerden het potentiële mechanisme van de therapeutische werkzaamheid van FP te onderzoeken, wat gunstig kan zijn voor de verdere ontwikkeling en het gebruik van dit geneesmiddel.
Momenteel wordt netwerkfarmacologie beschouwd als een holistische en efficiënte techniek om het therapeutische mechanisme van TCM te bestuderen. In plaats van te zoeken naar enkele ziekteverwekkende genen en geneesmiddelen die alleen een individueel doelwit behandelen, wordt een compleet netwerk van geneesmiddelen-ingrediënten-genen-ziekten geconstrueerd om het multi-doelmechanisme van het geneesmiddel met meerdere ingrediënten te vinden met betrekking tot hun uitgebreide behandeling12. Deze techniek is vooral geschikt voor TCM, omdat hun chemische samenstellingen enorm zijn. Helaas kan netwerkfarmacologie alleen worden gebruikt om doelen te voorspellen die in theorie worden beïnvloed door chemische ingrediënten. De endogene metabolieten in het ziektemodel moeten worden geobserveerd om de effectiviteit van netwerkfarmacologie te valideren. De metabolomics-methode, die ontstaat met de ontwikkeling van systeembiologie, is een belangrijk hulpmiddel voor het monitoren van de veranderingen in endogene metabolieten13. De veranderingen in metabolieten weerspiegelen de steady state veranderingen van de gastheer, wat ook een belangrijke indicator is voor het bestuderen van het interne mechanisme. Sommige onderzoekers hebben met succes netwerkfarmacologie en metabolomica geïntegreerd om het interactiemechanisme tussen geneesmiddelen en ziekten te onderzoeken14,15.
Dit artikel onderzoekt de mechanistische basis van FP tegen hyperlipidemie door netwerkfarmacologie en metabolomics-technieken te integreren. Netwerkfarmacologie werd toegepast om de relatie tussen de belangrijkste actieve ingrediënten in FP en moleculaire doelen voor hyperlipidemie te analyseren. Vervolgens werd metabolomics uitgevoerd om de verandering van endogene metabolieten in het diermodel te observeren, wat de geneesmiddelacties op metabolisch niveau kan verklaren. Vergeleken met de toepassing van netwerkfarmacologie of metabonomica alleen, leverde deze geïntegreerde analyse een specifieker en uitgebreider onderzoeksmechanisme op. Bovendien werd de moleculaire koppelingsstrategie gebruikt om de interactie tussen actieve ingrediënten en belangrijke eiwitten te analyseren. In het algemeen zou deze geïntegreerde benadering het gebrek aan experimenteel bewijs voor netwerkfarmacologie en het ontbreken van een endogene mechanisme voor de metabolomics-methode kunnen compenseren en kan het worden gebruikt voor de therapeutische mechanismeanalyse van natuurlijke geneeskunde. Het belangrijkste schematische stroomdiagram van het protocol is weergegeven in figuur 1.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>101-3B Oven</td>
			<td>Luyue Instrument and Equipment Factory</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80312/80302 Glass Slide</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80340-1630 Cover Slip</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AccucoreTM C18 (3 mm &#215; 100 mm, 2. 6 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A998</td>
			<td>Version 1.5.6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC HSS T3 Column (2.1 mm &#215; 100 mm, 1.8 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aethanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A995</td>
			<td>Version 3.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonia Solution</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1336-21-6</td>
			<td>Version 3.9.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AutoDockTools</td>
			<td>Scripps Institution of Oceanography</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BS-240VT Full-automatic Animal Biochemical Detection System</td>
			<td>Shenzhen Mindray Bio-Medical Electronics Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytoscape</td>
			<td>Cytoscape Consortium</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DM500 Optical Microscope</td>
			<td>Leica</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DV215CD Electronic Balance</td>
			<td>Ohaus Corporation ., Ltd</td>
			<td>T15A63</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Alcohol</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A112-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hematoxylin Staining Solution</td>
			<td>Biosharp</td>
			<td>BL700B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Fat Diet</td>
			<td>ENSIWEIER</td>
			<td>202211091031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hitachi CT15E/CT15RE Centrifuge</td>
			<td>Hitachi., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Homogenizer</td>
			<td>Oulaibo Technology Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>7647-01-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-forming System</td>
			<td>LIOO</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Freezer</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Tissue Embedder</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JK-5/6 Microtome</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JT-12S Hydroextractor</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KQ3200E Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Kun Shan Ultrasonic Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A113-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Male C57BL/6 Mice</td>
			<td>&#160;SBF Biotechnology Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 2.3.2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neutral Balsam</td>
			<td>Shanghai Yiyang Instrument Co., Ltd</td>
			<td>10021190865934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure Water</td>
			<td>Guangzhou Watson&#39;s Food &#38; Beverage Co., Ltd</td>
			<td>GB19298</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyMOL</td>
			<td>DeLano Scientific LLC</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 14.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RE-3000 Rotary Evaporator</td>
			<td>Yarong Biochemical Instrument Factory ., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RM2016 Pathological Microtome</td>
			<td>Shanghai Leica Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 26.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SIMCA-P</td>
			<td>Umetrics AB</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Simvastatin</td>
			<td>Merck Sharp &#38; Dohme., Ltd</td>
			<td>14202220051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPSS</td>
			<td>International Business Machines Corporation</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TC Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A111-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TG Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A110-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UPLC-Q-Exactive Quadrupole Electrostatic Field Orbital Hydrazine High Resolution Mass Spectrometry</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Vibrator</td>
			<td>Beijing PowerStar Technology Co., Ltd.</td>
			<td>LC-Vortex-P1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1330-20-7</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia

Hyperlipidemie is wereldwijd een belangrijke risicofactor geworden voor hart- en vaatziekten en leverbeschadiging. Fructus Phyllanthi (FP) is een effectief medicijn tegen hyperlipidemie in de traditionele Chinese geneeskunde (TCM) en de Indiase geneeskunde theorieën, maar het potentiële mechanisme vereist verder onderzoek. Het huidige onderzoek heeft tot doel het mechanisme van FP tegen hyperlipidemie te onthullen op basis van een geïntegreerde strategie die netwerkfarmacologievoorspelling combineert met metabolomics-validatie. Een vetrijk dieet (HFD) -geïnduceerd muizenmodel werd vastgesteld door de plasmalipideniveaus te evalueren, waaronder totaal cholesterol (TC), triglyceride (TG), lipoproteïnecholesterol met lage dichtheid (LDL-C) en lipoproteïnecholesterol met hoge dichtheid (HDL-C). Netwerkfarmacologie werd toegepast om de actieve ingrediënten van FP en potentiële doelwitten tegen hyperlipidemie te achterhalen. Metabolomica van plasma en lever werden uitgevoerd om differentiële metabolieten en hun overeenkomstige routes te identificeren tussen de normale groep, modelgroep en interventiegroep. De relatie tussen netwerkfarmacologie en metabolomica werd verder geconstrueerd om een uitgebreid beeld te krijgen van het proces van FP tegen hyperlipidemie. De verkregen belangrijkste doeleiwitten werden geverifieerd door moleculaire docking. Deze resultaten weerspiegelden dat FP de plasmalipidespiegels en leverbeschadiging van hyperlipidemie geïnduceerd door een HFD verbeterde. Galluszuur, quercetine en bèta-sitosterol in FP werden aangetoond als de belangrijkste actieve verbindingen. Een totaal van 16 en zes potentiële differentiële metabolieten in respectievelijk plasma en lever bleken betrokken te zijn bij de therapeutische effecten van FP tegen hyperlipidemie door metabolomica. Verder gaf integratieanalyse aan dat de interventie-effecten geassocieerd waren met CYP1A1, AChE en MGAM, evenals de aanpassing van L-kynurenine, corticosteron, acetylcholine en raffinose, voornamelijk met betrekking tot tryptofaanmetabolismeroute. Moleculaire docking zorgde ervoor dat de bovenstaande ingrediënten die inwerken op hyperlipidemie-gerelateerde eiwitdoelen een sleutelrol speelden bij het verlagen van lipiden. Samenvattend bood dit onderzoek een nieuwe mogelijkheid voor het voorkomen en behandelen van hyperlipidemie.

Netwerk farmacologie In totaal werden 18 potentiële ingrediënten in KP gescreend op basis van hun farmacokinetische en farmacodynamische eigenschappen uit de database en LC-MS-analyse (de totale ionchromatogrammen zijn weergegeven in aanvullende figuur 1). Door relevante literatuur is het gehalte aan galluszuur veel hoger dan andere ingrediënten en is het effectief in het verlagen van lipiden 9,11. Daarom werd dit ingredië...

Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia

Het huidige protocol beschrijft een geïntegreerde strategie voor het verkennen van de belangrijkste doelen en mechanismen van Fructus Phyllanthi tegen hyperlipidemie op basis van netwerkfarmacologievoorspelling en metabolomics-verificatie.

Netwerk farmacologie voorspelling en metabolomics validatie van het mechanisme van fructus phyllanthi tegen hyperlipidemie

Hyperlipidemia has become a leading risk factor for cardiovascular diseases and liver injury worldwide. Fructus Phyllanthi (FP) is an effective drug ...

Ons onderzoek omvat seriële experimentele techniek en het protocol heeft deze details die nodig zijn voor lezers om onze methoden te begrijpen. Onze geïntegreerde methode compenseert het nadeel van netwerkfarmacologie en metabolomica en kan worden gebruikt voor de therapeutische meta-analyse van natuurlijke geneeskunde. Deze methode wordt gebruikt om de actieve verbinding te screenen van het ingrediënt van het bedrijf en het pak voor joggers met een enorme chemische samenstelling, zoals een traditioneel Chinees medicijn.Selecteer om te beginnen de actieve ingrediënten en belangrijkste doelen door te zoeken op het trefwoord phyllanthi fructus in de farmacologiedatabase van traditionele Chinese geneeskundesystemen. Om de lijst van de kandidaat-actieve ingrediënten en doelen van fructus phyllanthi, of FP, te verkrijgen, zoekt u het trefwoord hyperlipidemie in de genkaartendatabase, de online Mendeliaanse overerving in de man-database en de therapeutische doeldatabase om de respectieve kandidaat-doelen van hyperlipidemie te verkrijgen. Download de spreadsheets van ziektedoelen en sla ze op in een map en verwijder de herhaalde doelen om de lijst met hyperlipidemiedoelen te verkrijgen.Kopieer vervolgens de lijsten met FP-actieve ingrediënten, FP-doelen en hyperlipidemiedoelen naar een nieuwe spreadsheet. Gebruik de functie voor het identificeren van duplicaten van gegevens in de werkbalk om kruispuntdoelen te krijgen. Importeer de kruispuntdoellijst in de UniProt-kennisbank om de gen- en eiwitnamen te standaardiseren.Als u een eiwiteiwitinteractienetwerk wilt construeren, plakt u de kruispuntdoellijst van FP tegen hyperlipidemie in het dialoogvenster lijst met namen van String-database 11.5. Selecteer homo sapiens in organismen. Klik op zoeken en ga verder.Zodra de resultaten beschikbaar zijn, schakelt u de hoge niet-verbonden knooppunten in het netwerk in geavanceerde instellingen in. Stel het hoogste vertrouwen in op 0,900 in de minimaal vereiste interactiescore. Klik vervolgens op de knop Bijwerken.Klik op exports in de titelbalk en download de korte tabeltekst van het protein protein interaction network in PNG en TSV formaat. Om een doelnetwerk voor geneesmiddelcomponentziekten te construeren, opent u Cytoscape 3.9.1 en importeert u het TSV-formaatbestand. Optimaliseer de kleur, het lettertype en de zijkant van de netwerkknooppunten via de stijlbalk in het configuratiescherm.Met behulp van de analysenetwerkfunctie voor netwerktopologie-analyse, verkrijgt u hubgenen in CytoHubba in Cytoscape en stelt u het doelziektenetwerk voor geneesmiddelingrediënten vast. Om GO- en KEGG-verrijkingsanalyses uit te voeren, opent u David bioinformatica-bronnen. Klik op analyse starten en plak de doellijst in het linkerdialoogvenster.Selecteer het officiële gensymbool in select identifier en homo sapiens in select species. Schakel vervolgens genenlijst in lijsttype in en klik op lijst verzenden. Klik vervolgens op functionele annotatieclustering onder bovenstaande genenlijst analyseren met een van de David-tools.Schakel GO-term BP direct, GO-term CC direct, GO-term MF direct en genontologie in voor GO-functieverrijkingsanalyse. Schakel KEGG-pathway in pathways in voor KEGG-pathwayverrijkingsanalyse. Klik op de functionele annotatiegrafiek om de resultaten weer te geven.Gebruik SIMCA P-software voor multivariate statistische analyse van de integraalwaarden verkregen uit LCMS-bevindingen. Gebruik orthogonale partiële kleinste kwadratenanalyse, of OPLSDA, voor de gemiddelde centrumgegevens en de modellering van steekproefklassen. Beschouw na de OPLSDA-test de metabolieten met integraal variabel belang in de projectie, of VIP-waarden, van groter dan één en een P-waarde van minder dan 0,05 van de T-test van de student als de potentiële differentiële metabolieten.Identificeer de verstoorde metabolieten en metabole routes door open databasebronnen, waaronder menselijk metaboloom, Kyoto-encyclopedie van genen en genomen en MetaboAnalyst 5.0. Visualiseer de resultaatweergaven door MetaboAnalyst 5.0 en het Wukong-platform. Download de geselecteerde FP-ingrediënten 3D-structuur uit de farmacologiedatabase van traditionele Chinese geneeskundesystemen.Zoek de namen van de ingrediënten in het zoekvak voor chemische namen en download de bijbehorende 3D-structuurbestanden in MOL two-indeling. Download vervolgens de kristalstructuren van de belangrijkste doelen uit de alfa-vouweiwitstructuurdatabase. Zoek de doelnamen in het zoekvak en download de bijbehorende kristalstructuurbestanden in PDB-indeling.Importeer vervolgens ingrediënten en doelstructuurbestanden in AutoDock-toolssoftware. Klik op bewerken en water verwijderen om watermoleculen te verwijderen. Klik vervolgens op waterstof bewerken en toevoegen om waterstof toe te voegen.Stel de ingrediënten in als het ligand en voer blind docking uit door de hele doelen als receptor te selecteren. Voer een waarde in het vak achter het midden en de grootte in om de nieuw ontwikkelde ruimte aan te passen, waardoor het mogelijk wordt om het ligand en de receptor volledig te omvatten. Sla de ligand- en receptorbestanden op in PDBQT-indeling.Gebruik AutoDock Vina om moleculaire docking uit te voeren. Stel de receptorbalk in op de naam van de receptorpunt PDBQT en de ligandbalk op de naam van de ligandpunt PDBQT. Verkrijg de optimale locatie voor ligandbinding aan de receptor en noteer de bindingsenergiewaarde op de optimale positie.Importeer de dockingbestanden in de eiwitligandinteractieprofiler om het visuele systeemmodel te krijgen. Download de modelbestanden in PSC-formaat en importeer ze in PyMOL-software om verdere visualisatie te maken. Via netwerkfarmacologie werden in totaal 19 ingrediënten en 134 ingrediëntgerelateerde doelen van FP gevonden.Na het matchen van de FP-gerelateerde doelen met de hyperlipidemie-gerelateerde doelen, werden 62 geïdentificeerd als potentiële doelen voor FP tegen hyperlipidemie. Het eiwiteiwitinteractienetwerk werd geconstrueerd door String en Cytoscape. De GO-verrijkingsresultaten suggereerden dat de biologische processen en moleculaire functie van FP tegen hyperlipidemie voornamelijk verband hielden met genexpressie en eiwitbinding.De KEGG-verrijking bewees dat FP kon ingrijpen in het lipidenmetabolisme en atherosclerose. OPLSDA-analyse werd gebruikt om de metabolietscheiding tussen de negatieve controle-, vetrijke dieet- en hoge dosis FP-muizengroepen te onderzoeken, waaruit bleek dat dezelfde groepsmonsters samen clusterden en verschillende groepsmonsters goed onderscheidden. Een totaal van 16 en zes metabolieten werden geïdentificeerd als differentiële metabolieten in FP die HFD-muizen in het plasma en de lever beïnvloeden.Heatmaps uitgezet door MetaboAnalyst 5.0 toonden aan dat alle differentiële metabolieten in het plasma en de lever waren veranderd in de vetrijke dieetgroep en de meeste waren omgekeerd in de FP-groep. Het tryptofaanmetabolisme werd significant beïnvloed in het plasma. Het metabolisme van taurine en hypotaurine werd significant beïnvloed in de lever.Differentiële metabolieten werden geïmporteerd in de MetScape-plug-in in Cytoscape en kwamen overeen met de hubgenen die in de netwerkfarmacologie werden geïdentificeerd om de samengestelde reactie-enzymgennetwerken te verzamelen. Verder is het netwerk van de ingrediëntendoelen voor metabolieten geconstrueerd. Moleculaire docking werd gebruikt om hun ligand-actieve site-interacties te analyseren.Deze technologie is een uitgebreide methode om de farmacologische genetische ingrediënten van de traditionele Chinese geneeskunde te starten. Het biedt een nieuw idee voor onderzoek met geneesmiddelen met complete ingrediënten.

Research

JoVE Journal

Medicine

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain (PPOP)

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain PPOP

Een experimentele paradigma voor de Voorspelling van de post-operatieve pijn (PPOP)

Many women undergo cesarean delivery without problems, however some experience significant pain after cesarean section. Pain is associated with negative ...

The Application Of Permanent Middle Cerebral Artery Ligation in the Mouse

De toepassing van permanente midden cerebrale slagader Ligatie in de muis

Focal cerebral ischemia is among the most common type of stroke seen in patients. Due to the clinical significance there has been a prolonged effort to ...

Generation of Subcutaneous and Intrahepatic Human Hepatocellular Carcinoma Xenografts in Immunodeficient Mice

Generatie van subcutane en Intrahepatic Human Hepatocellular carcinoom Xenografts in immunodeficiënte muizen

In  vivo experimental models of hepatocellular carcinoma (HCC) that recapitulate  the human disease provide a valuable platform for research into disease  ...

Pharmacologic Induction of Epidermal Melanin and Protection Against Sunburn in a Humanized Mouse Model

Farmacologische Inductie van epidermale melanine en bescherming tegen zonnebrand in een gehumaniseerd muismodel

Fairness of skin, UV sensitivity and skin cancer  risk all correlate with the physiologic function of the melanocortin 1  receptor, a Gs-coupled signaling ...

Network Analysis of the Default Mode Network Using Functional Connectivity MRI in Temporal Lobe Epilepsy

Netwerk Analyse van de default-Functioneel Connectiviteit MRI in temporale kwab epilepsie

Functional connectivity MRI (fcMRI) is an fMRI method that examines the connectivity of different brain areas based on the correlation of BOLD signal ...

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

In vivo en ex vivo benaderingen van eierstokkanker uitgezaaide Kolonisatie van Milky Spot Structuren Bestudeer in peritoneale Adipose

High-grade serous ovarian cancer (HGSC), the cause of widespread peritoneal metastases, continues to have an extremely poor prognosis; fewer than 30% of ...

Network Analysis of Foramen Ovale Electrode Recordings in Drug-resistant Temporal Lobe Epilepsy Patients

Network Analysis van foramen Ovale elektrode Recordings in Resistente temporale lob epilepsiepatiënten

Approximately 30% of epilepsy patients are refractory to antiepileptic drugs. In these cases, surgery is the only alternative to eliminate/control ...

Harvest of Endothelial Cells from the Balloon Tips of Swan-Ganz Catheters after Right Heart Catheterization

Oogst van de endotheliale cellen van de ballontips van Swan-Ganz katheters na het rechterdeel van het hart catheterisatie

A variety of pathologies lead to pulmonary hypertension (PH), which is defined as a mean pulmonary artery pressure exceeding 25 mmHg at rest. To further ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

On-Site bemonstering en extractie van hersentumoren voor metabolomics en lipidomics analyse

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusie voor het behoud van Pancreas allogläts vóór transplantatie

Pancreas transplantation (PTx) is a curative treatment for people who live with the burden of a diagnosis of diabetes mellitus (DM). However, due to organ ...