Name: network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia
Uploaded: 2023-04-07T14:10:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

מחקר זה נתמך על ידי צוות פיתוח המוצר והחדשנות של TCM Health Preservation and Rehabilitation (2022C005) ומחקר על שילוב חוצה גבולות של עסקים חדשים של "שימור בריאות ושיקום+".

כל ההליכים הנוגעים לטיפול בבעלי חיים נערכו בהתאם למדריך הרפואה הסינית המסורתית של אוניברסיטת צ'נגדו לטיפול ושימוש בחיות מעבדה ואושרו על ידי ועדת האתיקה המוסדית של אוניברסיטת צ'נגדו לרפואה סינית מסורתית (פרוטוקול מספר 2020-36). עכברי C57BL/6 זכרים (20 ± 2 גרם) שימשו במחקר הנוכחי. העכברים התקבלו ממק?...

בשנים האחרונות שיעור ההיארעות של היפרליפידמיה נמצא במגמת עלייה, בעיקר בשל הרגלי אכילה לא בריאים ארוכי טווח. TCM ומרכיביו הכימיים יש פעילויות פרמקולוגיות שונות, אשר נחקרו רבות בשנים האחרונות37,38. FP הוא סוג של משאב פירות, המשמש הן כתרופה והן כמזון, ויש לו פוטנצי?...

היפרליפידמיה היא מחלה מטבולית נפוצה עם השפעות חמורות על בריאות האדם, והיא גם גורם הסיכון העיקרי למחלות לב וכלי דם1. לאחרונה, חלה מגמת ירידה הקשורה לגיל למחלה זו, ואנשים צעירים הפכו רגישים יותר בגלל אורח חיים לא סדיר לטווח ארוך והרגלי אכילה לא בריאים2. במרפאה נעשה שימוש בתרופות שונות לטיפול בהיפרליפידמיה. לדוגמה, אחת התרופות הנפוצות ביותר עבור חולים עם היפרליפידמיה והפרעות טרשת עורקים הקשורות היא סטטינים. עם זאת, לשימוש ארוך טווח בסטטינים יש תופעות לוואי שלא ניתן להזניח, אשר מובילות לפרוגנוזה גרועה, כגון חוסר סובלנות, עמידות לטיפול ותופעות לוואי 3,4. חסרונות אלה הפכו לכאבים נוספים עבור חולי היפרליפידמיה. לכן, יש להציע טיפולים חדשניים ליעילות יציבה להורדת שומנים ופחות תופעות לוואי.
הרפואה הסינית המסורתית (TCM) נמצאת בשימוש נרחב לטיפול במחלות בגלל יעילותה הטובה ומעט תופעות לוואי5. Fructus Phyllanthi (FP), הפרי היבש של Phyllanthus emblica Linn. (הידוע בכינויו אמלה ברי או דומדמניות הודיות), הוא חומר הומולוגי מפורסם של תרופות סיניות מסורתיות והודו 6,7. תרופה זו שימשה לניקוי חום, קירור דם וקידום העיכול, לפי תיאוריות TCM8. מחקרים פרמקולוגיים מודרניים הראו כי FP עשיר בתרכובות ביו-אקטיביות כגון חומצות גאליות, חומצות אלגיות וקוורצטין9, אשר אחראיות למגוון תכונות ביולוגיות מרובות פנים, על ידי פעולה כנוגד חמצון, אנטי דלקתי, הגנה על הכבד, אנטי היפוליפידמי, וכן הלאה10. מחקרים אחרונים הראו גם כי FP יכול לווסת ביעילות את שומני הדם של חולים עם היפרליפידמיה. לדוגמה, Variya et al.11 הוכיחו כי מיץ פירות FP והמרכיב הכימי העיקרי שלו של חומצה גאלית יכולים להפחית את הכולסטרול בפלזמה ולהפחית חדירת שמן בכבד ובאבי העורקים. היעילות הטיפולית הייתה קשורה לוויסות של FP בהגברת הביטוי של קולטן אלפא המופעל על ידי פרוליפרטור פרוליפרטור ובהפחתת הפעילות הליפוגנית בכבד. עם זאת, המנגנון הבסיסי של FP בשיפור היפרליפידמיה צריך להיחקר עוד יותר, כי המרכיבים הביו-אקטיביים שלה הם די נרחבים. ביקשנו לחקור את המנגנון הפוטנציאלי של היעילות הטיפולית של FP, אשר עשוי להועיל להמשך הפיתוח והשימוש של תרופה זו.
כיום, פרמקולוגיה של הרשת נחשבת לטכניקה הוליסטית ויעילה לחקר המנגנון הטיפולי של TCM. במקום לחפש גנים גורמי מחלה בודדים ותרופות המטפלות אך ורק במטרה בודדת, נבנית רשת שלמה של תרופות-מרכיבים-גנים-מחלות כדי למצוא את המנגנון הרב-תכליתי של התרופה מרובת המרכיבים בנוגע לטיפול המקיף שלהם12. טכניקה זו מתאימה במיוחד עבור TCM, כמו ההרכב הכימי שלהם הם מאסיביים. למרבה הצער, פרמקולוגיה של רשת יכולה לשמש רק כדי לחזות מטרות המושפעות מרכיבים כימיים בתיאוריה. מטבוליטים אנדוגניים במודל המחלה יש לראות כדי לאמת את האפקטיביות של פרמקולוגיה ברשת. שיטת המטבולומיקה, המתהווה עם התפתחות הביולוגיה של המערכות, היא כלי חשוב למעקב אחר השינויים במטבוליטים אנדוגניים13. השינויים במטבוליטים משקפים את שינויי המצב היציב של המארח, שהוא גם אינדיקטור חשוב לחקר המנגנון הפנימי. כמה חוקרים שילבו בהצלחה פרמקולוגיה רשת ומטבולומיקה כדי לחקור את מנגנון האינטראקציה בין תרופות ומחלות14,15.
מאמר זה בוחן את הבסיס המכניסטי של FP נגד היפרליפידמיה על ידי שילוב פרמקולוגיה רשת וטכניקות מטבולומיקה. פרמקולוגיה ברשת יושמה כדי לנתח את הקשר בין החומרים הפעילים העיקריים ב- FP לבין מטרות מולקולריות עבור היפרליפידמיה. לאחר מכן, metabolomics בוצע כדי לבחון את השינוי של מטבוליטים אנדוגניים במודל החי, אשר יכול להסביר את פעולות התרופה ברמה המטבולית. בהשוואה ליישום של פרמקולוגיה ברשת או מטבונומיה בלבד, ניתוח משולב זה סיפק מנגנון מחקר ספציפי ומקיף יותר. בנוסף, אסטרטגיית העגינה המולקולרית שימשה לניתוח האינטראקציה בין חומרים פעילים וחלבוני מפתח. באופן כללי, גישה משולבת זו יכולה לפצות על היעדר ראיות ניסיוניות לפרמקולוגיה רשתית והיעדר מנגנון אנדוגני לשיטת המטבולומיקה, וניתן להשתמש בה לניתוח המנגנון הטיפולי של הרפואה הטבעית. תרשים הזרימה הסכמטי הראשי של הפרוטוקול מוצג באיור 1.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>101-3B Oven</td>
			<td>Luyue Instrument and Equipment Factory</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80312/80302 Glass Slide</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80340-1630 Cover Slip</td>
			<td>Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AccucoreTM C18 (3 mm &#215; 100 mm, 2. 6 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A998</td>
			<td>Version 1.5.6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC HSS T3 Column (2.1 mm &#215; 100 mm, 1.8 &#956;m)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aethanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A995</td>
			<td>Version 3.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonia Solution</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1336-21-6</td>
			<td>Version 3.9.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AutoDockTools</td>
			<td>Scripps Institution of Oceanography</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BS-240VT Full-automatic Animal Biochemical Detection System</td>
			<td>Shenzhen Mindray Bio-Medical Electronics Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytoscape</td>
			<td>Cytoscape Consortium</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DM500 Optical Microscope</td>
			<td>Leica</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DV215CD Electronic Balance</td>
			<td>Ohaus Corporation ., Ltd</td>
			<td>T15A63</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Alcohol</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A112-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hematoxylin Staining Solution</td>
			<td>Biosharp</td>
			<td>BL700B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Fat Diet</td>
			<td>ENSIWEIER</td>
			<td>202211091031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hitachi CT15E/CT15RE Centrifuge</td>
			<td>Hitachi., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Homogenizer</td>
			<td>Oulaibo Technology Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>7647-01-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-forming System</td>
			<td>LIOO</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Freezer</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JB-L5 Tissue Embedder</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JK-5/6 Microtome</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JT-12S Hydroextractor</td>
			<td>Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KQ3200E Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Kun Shan Ultrasonic Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LDL-C Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A113-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Male C57BL/6 Mice</td>
			<td>&#160;SBF Biotechnology Co., Ltd.</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 2.3.2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neutral Balsam</td>
			<td>Shanghai Yiyang Instrument Co., Ltd</td>
			<td>10021190865934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure Water</td>
			<td>Guangzhou Watson&#39;s Food &#38; Beverage Co., Ltd</td>
			<td>GB19298</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyMOL</td>
			<td>DeLano Scientific LLC</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 14.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RE-3000 Rotary Evaporator</td>
			<td>Yarong Biochemical Instrument Factory ., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RM2016 Pathological Microtome</td>
			<td>Shanghai Leica Instruments Co., Ltd</td>
			<td>\</td>
			<td>Version 26.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SIMCA-P</td>
			<td>Umetrics AB</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Simvastatin</td>
			<td>Merck Sharp &#38; Dohme., Ltd</td>
			<td>14202220051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPSS</td>
			<td>International Business Machines Corporation</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TC Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A111-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TG Assay Kit</td>
			<td>Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute</td>
			<td>A110-1-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UPLC-Q-Exactive Quadrupole Electrostatic Field Orbital Hydrazine High Resolution Mass Spectrometry</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Vibrator</td>
			<td>Beijing PowerStar Technology Co., Ltd.</td>
			<td>LC-Vortex-P1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD</td>
			<td>1330-20-7</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of fructus phyllanthi against hyperlipidemia

היפרליפידמיה הפכה לגורם סיכון מוביל למחלות לב וכלי דם ולפגיעה בכבד ברחבי העולם. פרוקטוס פילנטי (FP) היא תרופה יעילה נגד היפרליפידמיה ברפואה הסינית המסורתית (TCM) ובתיאוריות הרפואה ההודית, אולם המנגנון הפוטנציאלי דורש חקירה נוספת. המחקר הנוכחי נועד לחשוף את המנגנון של FP נגד היפרליפידמיה המבוסס על אסטרטגיה משולבת המשלבת חיזוי פרמקולוגיה ברשת עם אימות מטבולומי. מודל עכברים עם דיאטה עתירת שומן (HFD) הוקם על ידי הערכת רמות השומנים בפלזמה, כולל כולסטרול כולל (TC), טריגליצרידים (TG), כולסטרול ליפופרוטאין בצפיפות נמוכה (LDL-C) וכולסטרול ליפופרוטאין בצפיפות גבוהה (HDL-C). פרמקולוגיה ברשת יושמה כדי לגלות את החומרים הפעילים של FP ומטרות פוטנציאליות נגד היפרליפידמיה. מטבולומיקה של פלזמה וכבד בוצעה כדי לזהות מטבוליטים דיפרנציאליים ואת המסלולים המתאימים להם בין הקבוצה הנורמלית, קבוצת המודל וקבוצת ההתערבות. הקשר בין פרמקולוגיה רשת ומטבולומיקה נבנה עוד יותר כדי לקבל מבט מקיף על תהליך FP נגד היפרליפידמיה. חלבוני המטרה העיקריים שהתקבלו אומתו על ידי עגינה מולקולרית. תוצאות אלה שיקפו כי FP שיפר את רמות השומנים בפלזמה ואת הפגיעה בכבד של היפרליפידמיה הנגרמת על ידי HFD. חומצה גאלית, קוורצטין ובטא-סיטוסטרול ב-FP הודגמו כתרכובות הפעילות העיקריות. בסך הכל 16 ושישה מטבוליטים דיפרנציאליים פוטנציאליים בפלזמה ובכבד, בהתאמה, נמצאו מעורבים בהשפעות הטיפוליות של FP נגד היפרליפידמיה על ידי מטבולומיקה. יתר על כן, ניתוח אינטגרציה הצביע על כך שהשפעות ההתערבות היו קשורות ל- CYP1A1, AChE ו- MGAM, כמו גם להתאמה של L-kynurenine, קורטיקוסטרון, אצטילכולין ורפינוז, בעיקר הקשורים למסלול חילוף החומרים של טריפטופן. עגינה מולקולרית הבטיחה כי המרכיבים הנ"ל הפועלים על מטרות חלבוניות הקשורות להיפרליפידמיה מילאו תפקיד מפתח בהורדת השומנים. לסיכום, מחקר זה סיפק אפשרות חדשה למניעה וטיפול בהיפרליפידמיה.

פרמקולוגיה רשתית סך של 18 מרכיבים פוטנציאליים ב-FP נבדקו על פי התכונות הפרמקוקינטיות והפרמקודינמיות שלהם ממסד הנתונים ומניתוח LC-MS (סך כרומטוגרמות היונים מוצג באיור משלים 1). באמצעות ספרות רלוונטית, התוכן של חומצה גאלית הוא הרבה יותר גבוה מאשר מרכיבים אחרים והוא יעיל בהור...

Watch this Scientific Journal Video about Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia at JoVE.com

Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia

הפרוטוקול הנוכחי מתאר אסטרטגיה משולבת לחקר המטרות והמנגנונים העיקריים של Fructus Phyllanthi נגד היפרליפידמיה המבוססת על חיזוי פרמקולוגיה של הרשת ואימות מטבולומי.

חיזוי פרמקולוגיה ברשת ותיקוף מטבולומיקה של מנגנון פרוקטוס פילנתי נגד היפרליפידמיה

Hyperlipidemia has become a leading risk factor for cardiovascular diseases and liver injury worldwide. Fructus Phyllanthi (FP) is an effective drug ...

המחקר שלנו כולל טכניקת ניסוי סדרתי והפרוטוקול כולל את הפרטים האלה הנחוצים לקוראים כדי להבין את השיטות שלנו. השיטה המשולבת שלנו מפצה על החיסרון של פרמקולוגיה רשתית ומטבולומיקה, וניתן להשתמש בה למטא-אנליזה טיפולית של רפואה טבעית. שיטה זו משמשת לסינון החומר הפעיל מהמרכיב של החברה והחליפה לרצים בעלי הרכב כימי מאסיבי, כמו רפואה סינית מסורתית.כדי להתחיל, בחר את החומרים הפעילים ואת המטרות העיקריות על ידי חיפוש מילת המפתח phyllanthi fructus במסד הנתונים פרמקולוגיה של מערכות רפואה סינית מסורתית. כדי לקבל את רשימת החומרים הפעילים המועמדים והמטרות של פרוקטוס פילנטי, או FP, חפש את מילת המפתח היפרליפידמיה במסד הנתונים של כרטיסי הגנים, במסד הנתונים המקוון של תורשה מנדליאנית באדם, ובמסד הנתונים של המטרות הטיפוליות כדי להשיג את המטרות המועמדות בהתאמה של היפרליפידמיה. הורד את הגיליונות האלקטרוניים של יעדי המחלה ושמור אותם בתיקיה ומחק את המטרות החוזרות כדי לקבל את רשימת המטרות להיפרליפידמיה.לאחר מכן העתק את רשימות החומרים הפעילים של FP, יעדי FP ויעדי היפרליפידמיה לגיליון אלקטרוני חדש. השתמש בפונקציה Data ID duplicates בסרגל הכלים כדי לקבל יעדי הצטלבות. ייבא את רשימת יעדי ההצטלבות לבסיס הידע של UniProt כדי לתקנן את שמות הגנים והחלבונים.כדי לבנות רשת אינטראקציה של חלבונים, הדבק את רשימת יעדי החיתוך של FP כנגד היפרליפידמיה בתיבת הדו-שיח של רשימת השמות של מסד הנתונים String 11.5. בחר הומו ספיינס באורגניזמים. לחץ על חיפוש ולאחר מכן המשך.לאחר שהתוצאות יהיו זמינות, הפעל את הצמתים המנותקים הגבוהים ברשת בהגדרות מתקדמות. הגדר את הביטחון הגבוה ביותר ל- 0.900 בציון האינטראקציה המינימלי הנדרש. לאחר מכן לחץ על לחצן העדכון.לחץ על ייצוא בשורת הכותרת והורד את הטקסט הטבלאי הקצר של רשת האינטראקציה עם חלבון חלבון בפורמט PNG ו- TSV. כדי לבנות רשת יעד למחלה של רכיבי תרופות, פתח את Cytoscape 3.9.1 וייבא את הקובץ בפורמט TSV. מטב את הצבע, הגופן והצד של צמתי הרשת דרך סרגל הסגנון בלוח הבקרה.שימוש בפונקציית רשת הניתוח לניתוח טופולוגיית רשת, להשיג גנים רכזת ב- CytoHubba ב- Cytoscape, ולהקים את רשת מחלות היעד של מרכיבי התרופה. כדי לבצע ניתוח העשרה של GO ו-KEGG, פתח את משאבי דיוויד ביואינפורמטיקה. לחץ על התחל ניתוח והדבק את רשימת היעד בתיבת הדו-שיח השמאלית.בחר סמל גן רשמי במזהה נבחר והומו ספיינס במינים נבחרים. לאחר מכן הפעל רשימת גנים בסוג רשימה ולחץ על שלח רשימה. לאחר מכן, לחץ על אשכולות ביאור פונקציונלי תחת נתח מעל רשימת גנים עם אחד הכלים דוד.אפשר מונח GO BP ישיר, מונח GO CC ישיר, מונח GO MF ישיר, ואונטולוגיה גנטית לניתוח העשרת פונקציות GO. אפשר מסלול KEGG במסלולים לניתוח העשרת מסלול KEGG. לחץ על תרשים הביאור הפונקציונלי כדי להציג את התוצאות.השתמש בתוכנת SIMCA P לניתוח סטטיסטי רב-משתני של הערכים האינטגרליים המתקבלים מממצאי LCMS. השתמש בניתוח דיסקרימיננטי אורתוגונלי חלקי לפחות ריבועים, או OPLSDA, עבור נתוני המרכז הממוצע ומידול של מחלקות מדגם. לאחר מבחן OPLSDA, שקול את המטבוליטים עם חשיבות משתנה אינטגרלי בהיטל, או ערכי VIP, של גדול מאחד וערך P של פחות מ -0.05 ממבחן T של התלמיד כמטבוליטים דיפרנציאליים פוטנציאליים.זהה את המטבוליטים והמסלולים המטבוליים המופרעים על ידי מקורות מסד נתונים פתוחים, כולל מטבוליזם אנושי, אנציקלופדיית קיוטו של גנים וגנומים, ו- MetaboAnalyst 5.0. דמיינו את תצוגות התוצאות על ידי MetaboAnalyst 5.0 ופלטפורמת Wukong. הורד את המבנה התלת-ממדי של רכיבי FP שנבחרו ממסד הנתונים הפרמקולוגי של מערכות הרפואה הסינית המסורתית.חפש את שמות המרכיבים בתיבת החיפוש של שמות כימיים והורד את קובצי המבנה התלת-ממדי המתאימים בפורמט MOL Two. לאחר מכן, הורד את המבנים הגבישיים של מטרות המפתח ממסד הנתונים של מבנה חלבון קפל אלפא. חפש את שמות היעד בתיבת החיפוש והורד את קובצי מבנה הגביש המתאימים בפורמט PDB.לאחר מכן ייבא רכיבים וקובצי מבנה יעד לתוכנת כלי AutoDock. לחץ על ערוך ומחק מים כדי למחוק מולקולות מים. לאחר מכן, לחץ על ערוך מימנים והוסף כדי להוסיף מימן.הגדר את המרכיבים כליגנד ובצע עגינה עיוורת על ידי בחירת המטרות השלמות כקולטן. הזן ערך בתיבה מאחורי המרכז והגודל כדי להתאים את החלל החדש שפותח, כך שתאפשר להקיף את הליגנד ואת הקולטן במלואם. שמור את קבצי הליגנד והקולטן בתבנית PDBQT.השתמש ב- AutoDock Vina כדי לבצע עגינה מולקולרית. הגדר את סרגל הקולטן לשם נקודת הקולטן PDBQT ואת סרגל הליגנד לשם נקודת הליגנד PDBQT. השג את המיקום האופטימלי לקשירת ליגנד לקולטן ורשום את ערך אנרגיית הקישור במיקום האופטימלי.ייבא את קובצי העגינה לתוך פרופיל האינטראקציה של ליגנד החלבונים כדי לקבל את מודל מערכת הראייה. הורד את קבצי המודל בפורמט PSC וייבא אותם לתוכנת PyMOL כדי לבנות הדמיה נוספת. באמצעות פרמקולוגיה רשתית, נמצאו בסך הכל 19 רכיבים ו-134 יעדים הקשורים לרכיבים של FP.לאחר התאמת המטרות הקשורות ל-FP עם המטרות הקשורות להיפרליפידמיה, 62 זוהו כמטרות פוטנציאליות עבור FP נגד היפרליפידמיה. רשת האינטראקציה של חלבוני החלבונים נבנתה על ידי String ו-Cytoscape. תוצאות העשרת GO הצביעו על כך שהתהליכים הביולוגיים של FP והפונקציה המולקולרית נגד היפרליפידמיה היו קשורים בעיקר לביטוי גנים ולקשירת חלבונים.העשרת KEGG הוכיחה כי FP יכול להתערב במטבוליזם שומנים וטרשת עורקים. ניתוח OPLSDA שימש כדי לחקור את ההפרדה מטבוליטים בין קבוצת הביקורת השלילית, דיאטה עתירת שומן ועכברי FP במינון גבוה, אשר הראתה כי אותן דגימות קבוצתיות מקובצות יחד ודגימות קבוצתיות שונות הבחינו היטב. בסך הכל זוהו 16 ושישה מטבוליטים כמטבוליטים דיפרנציאליים ב- FP המשפיעים על עכברי HFD בפלזמה ובכבד.מפות חום ששורטטו על ידי MetaboAnalyst 5.0 הראו כי כל המטבוליטים הדיפרנציאליים בפלזמה ובכבד השתנו בקבוצת הדיאטה עתירת השומן ורובם התהפכו בקבוצת FP. מטבוליזם טריפטופן הושפע באופן משמעותי פלזמה. מטבוליזם טאורין והיפוטאורין הושפע באופן משמעותי בכבד.מטבוליטים דיפרנציאליים יובאו לתוסף MetScape ב-Cytoscape והתאימו את גני הרכזת שזוהו בפרמקולוגיה של הרשת כדי לאסוף את רשתות הגנים של אנזימי התגובה המורכבת. יתר על כן, המרכיבים מכוונים לרשת מסלולי מטבוליטים נבנתה. עגינה מולקולרית שימשה לניתוח אינטראקציות האתר הפעיל של הליגנד שלהם.טכנולוגיה זו היא שיטה מקיפה להתחלת המרכיבים הגנטיים הפרמקולוגיים של הרפואה הסינית המסורתית. הוא מספק רעיון חדש למחקר המערב תרופות עם מרכיבים מלאים.

Research

JoVE Journal

Medicine

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain (PPOP)

An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain PPOP

פרדיגמה ניסויית עבור חיזוי של הכאבים שלאחר הניתוח (PPOP)

Many women undergo cesarean delivery without problems, however some experience significant pain after cesarean section. Pain is associated with negative ...

The Application Of Permanent Middle Cerebral Artery Ligation in the Mouse

היישום של קשירת העורקים התיכון הקבע מוחין העכבר

Focal cerebral ischemia is among the most common type of stroke seen in patients. Due to the clinical significance there has been a prolonged effort to ...

Generation of Subcutaneous and Intrahepatic Human Hepatocellular Carcinoma Xenografts in Immunodeficient Mice

דור של תת עורי וintrahepatic אדם xenografts קרצינומה hepatocellular בעכברים עם מערכת חיסון חלשים

In  vivo experimental models of hepatocellular carcinoma (HCC) that recapitulate  the human disease provide a valuable platform for research into disease  ...

Pharmacologic Induction of Epidermal Melanin and Protection Against Sunburn in a Humanized Mouse Model

אינדוקציה תרופתי של עוריות מלנין והגנה מפני כוויות שמש בדגם מואנש מאוס

Fairness of skin, UV sensitivity and skin cancer  risk all correlate with the physiologic function of the melanocortin 1  receptor, a Gs-coupled signaling ...

Network Analysis of the Default Mode Network Using Functional Connectivity MRI in Temporal Lobe Epilepsy

ניתוח רשת של ברירת מחדל מצב הרשת באמצעות קישוריות ה-MRI התפקודי באונה הטמפורלית אפילפסיה

Functional connectivity MRI (fcMRI) is an fMRI method that examines the connectivity of different brain areas based on the correlation of BOLD signal ...

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

In Vivo and Ex Vivo Approaches to Study Ovarian Cancer Metastatic Colonization of Milky Spot Structures in Peritoneal Adipose

In vivo לשעבר vivo גישות לחקר סרטן השחלות גרורתי התיישבות של מבני ספוט החלב בהצפק שומני

High-grade serous ovarian cancer (HGSC), the cause of widespread peritoneal metastases, continues to have an extremely poor prognosis; fewer than 30% of ...

Network Analysis of Foramen Ovale Electrode Recordings in Drug-resistant Temporal Lobe Epilepsy Patients

ניתוח רשת של הקלטות אלקטרודה foramen ovale בחולים עמידים בפני תרופות Temporal Lobe אפילפסיה

Approximately 30% of epilepsy patients are refractory to antiepileptic drugs. In these cases, surgery is the only alternative to eliminate/control ...

Harvest of Endothelial Cells from the Balloon Tips of Swan-Ganz Catheters after Right Heart Catheterization

הקציר של תאי אנדותל של קצות בלון קטטר Swan-גנץ לאחר צנתור הלב הימני

A variety of pathologies lead to pulmonary hypertension (PH), which is defined as a mean pulmonary artery pressure exceeding 25 mmHg at rest. To further ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

באתר דגימה וחילוץ של גידולים במוח עבור מטבולומיקה וניתוח Lipidomics

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

Normothermic Ex Vivo Pancreas Perfusion for the Preservation of Pancreas Allografts before Transplantation

זילוח לבלב Normothermic Ex Vivo לשימור אלושתלי לבלב לפני השתלה

Pancreas transplantation (PTx) is a curative treatment for people who live with the burden of a diagnosis of diabetes mellitus (DM). However, due to organ ...