I vores laboratorium er vi interesserede i at forstå, hvilke lipider og proteinmaskiner der er involveret i ATG9A vesikelhandel. ATG9A er afgørende i autofagivejen for fagofordannelse og modning. Vi har dog for nylig studeret virkningen af ATG9A i organeller homeostase.
Den største udfordring er at afdække de molekylære detaljer om, hvordan proteiner og proteinmaskiner fungerer. Teknologier som proteinteknologi baseret på AlphaFold og in-situ cryo-EM med høj opløsning giver i øjeblikket de fleste fremskridt. Mit laboratoriums arbejde har etableret grundlæggende indsigt i, hvordan autofagosomer dannes.
Disse indsigter er blevet understøttet af avancerede molekylære cellebiologiske teknikker som den, der er beskrevet her. Vi beskriver nogle ulemper ved at bruge visse proteinmærker, og hvordan ATG9A's adfærd kan ændre sig afhængigt af lokaliseringen af mærket. Så enten N eller C-terminal.
Vi foreslår også måder at opdage disse ulemper på, og hvordan man undgår dem. Udover dette leverer vi også en arbejdsgang til kvantificering af ATG9A-spredning på en reproducerbar måde. Her leverer vi en arbejdsgang fra immunofluorescens og live imaging til billedoptagelse og analyse til analyse af spredningen af ATG9 blandt forskellige cellulære rum.
Og vi mener, at standardisering af pipelines til billedanalyse er en prioritet for cellebiologer for at kunne øge pålideligheden og reproducerbarheden af vores resultater.