In ons laboratorium zijn we geïnteresseerd in het begrijpen van welke lipiden en eiwitmachines betrokken zijn bij het transport van ATG9A-blaasjes. ATG9A is cruciaal in de autofagieroute voor fagoforenvorming en rijping. We hebben echter onlangs de impact van ATG9A op de homeostase van organellen bestudeerd.
De grootste uitdaging is om de moleculaire details bloot te leggen van hoe eiwitten en eiwitmachines functioneren. Technologieën zoals eiwittechnologie, gebaseerd op AlphaFold en in-situ cryo-EM met hoge resolutie, zorgen momenteel voor de meeste vooruitgang. Het werk van mijn lab heeft fundamenteel inzicht opgeleverd in hoe autofagosomen worden gevormd.
Deze inzichten zijn ondersteund door geavanceerde moleculaire celbiologische technieken zoals hier beschreven. We beschrijven enkele nadelen van het gebruik van bepaalde eiwittags en hoe het gedrag van ATG9A kan veranderen afhankelijk van de lokalisatie van de tag. Dus ofwel N of C-terminus.
We stellen ook manieren voor om deze nadelen op te sporen en te vermijden. Daarnaast bieden we ook een workflow voor het kwantificeren van ATG9A-verspreiding op een reproduceerbare manier. Hier bieden we een workflow van immunofluorescentie en live beeldvorming tot beeldacquisitie en -analyse voor de analyse van de verspreiding van ATG9 tussen verschillende cellulaire compartimenten.
En we denken dat standaardisatie van pijplijnen voor beeldanalyse een prioriteit is voor celbiologen om de betrouwbaarheid en reproduceerbaarheid van onze resultaten te kunnen vergroten.